lowQualScore : 5555 777777 5555 5 33 2
lowQualScore : .... ...... .... . .. .
lowQualScore : 7777 777777 7777 6 77 7
consensus : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
Reference ( gi|126496 ) : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGACCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126498 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGACCTAGCCT--GA-TTTTTACTAAGCCATTGTTTGTCATTGAT
gi|126497 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCTTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126502 : TCTTGTCAT----CTTTGTTAT------G----ACCGGCCTGGCCT--GA-TATTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126501 : TCTTGTCCTGAGACTTTGCTAT------G----ACTGGCCAAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126499 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGTCTAGCCT--GA-ATTTTACCAATCCACTGTTTGTTATTGAT
gi|126500 : TCTTGTCCT----CTTTGCTACATGTAAG----ACCGGTCTAGCCT--GA-TTTTTACTAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126503 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----GCCGGCCCTGCCT--GA-ATTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTAAT
gi|126504 : TCTTGTCGT----CTTTGCTAT------GTATGACCGGCATATCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126505 : TCTTGACCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCTTAGTCT--GA-TTATTACCAAGTCATTGTTTGTTATTAAT
gi|126506 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--AATTTTTTACCAAACCGCTGTTTGTTAT
gi|126508 : TCTTGTTCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTTGTCT--GA-TTTTTACAAAACAATTGTTTGTTGTTGAT
gi|126507 : TCTTGTCCT----CTTTCCTAT------G----ACCAGTGTAGTCT--GA-TTTTTACCAAGCTATTGTTTGTTA
gi|126509 : TCCTGTCCT----CTT------------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCAGTGTTTGTTATCGGT
gi|126510 : TCTTGTCAT----CTTTGTTTT------G----ACCGGCCTAGCTTCAAA----TTACCAACCCATTGTTTGTTATCAAT
gi|126511 : TTGTCCT----CTTTGCTAT------G----A-----------------TTTTTACCAAGCCATTGTCTGTTATTGAT
Alignments
lowQualScore : 5555 777777 5555 33 2
lowQualScore : .... ...... .... .. .
lowQualScore : 3333 222222 3333 44 5
consensus : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
Reference ( family-900 ) : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126496 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGACCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126497 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCTTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126498 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGACCTAGCCT--GA-TTTTTACTAAGCCATTGTTTGTCATTGAT
gi|126499 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGTCTAGCCT--GA-ATTTTACCAATCCACTGTTTGTTATTGAT
gi|126500 : TCTTGTCCT----CTTTGCTACATGTAAG----ACCGGTCTAGCCT--GA-TTTTTACTAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126501 : TCTTGTCCTGAGACTTTGCTAT------G----ACTGGCCAAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126502 : TCTTGTCAT----CTTTGTTAT------G----ACCGGCCTGGCCT--GA-TATTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126503 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----GCCGGCCCTGCCT--GA-ATTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTAAT
gi|126504 : TCTTGTCGT----CTTTGCTAT------GTATGACCGGCATATCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126505 : TCTTGACCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCTTAGTCT--GA-TTATTACCAAGTCATTGTTTGTTATTAAT
gi|126506 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--AATTTTTTACCAAACCGCTGTTTGTTAT
gi|126507 : TCTTGTCCT----CTTTCCTAT------G----ACCAGTGTAGTCT--GA-TTTTTACCAAGCTATTGTTTGTTA
gi|126508 : TCTTGTTCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTTGTCT--GA-TTTTTACAAAACAATTGTTTGTTGTTGAT
gi|126509 : TCCTGTCCT----CTT------------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCAGTGTTTGTTATCGGT
gi|126510 : TCTTGTCAT----CTTTGTTTT------G----ACCGGCCTAGCTTCAAA----TTACCAACCCATTGTTTGTTATCAAT
gi|126511 : TTGTCCT----CTTTGCTAT------G----A-----------------TTTTTACCAAGCCATTGTCTGTTATTGAT
Alignments
lowQualScore : 5555 777777 5555 33 2
lowQualScore : .... ...... .... .. .
lowQualScore : 3333 222222 3333 44 5
consensus : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
Reference ( family-900 ) : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126496 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGACCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126497 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCTTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126498 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGACCTAGCCT--GA-TTTTTACTAAGCCATTGTTTGTCATTGAT
gi|126499 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGTCTAGCCT--GA-ATTTTACCAATCCACTGTTTGTTATTGAT
gi|126500 : TCTTGTCCT----CTTTGCTACATGTAAG----ACCGGTCTAGCCT--GA-TTTTTACTAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126501 : TCTTGTCCTGAGACTTTGCTAT------G----ACTGGCCAAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126502 : TCTTGTCAT----CTTTGTTAT------G----ACCGGCCTGGCCT--GA-TATTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126503 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----GCCGGCCCTGCCT--GA-ATTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTAAT
gi|126504 : TCTTGTCGT----CTTTGCTAT------GTATGACCGGCATATCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126505 : TCTTGACCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCTTAGTCT--GA-TTATTACCAAGTCATTGTTTGTTATTAAT
gi|126506 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--AATTTTTTACCAAACCGCTGTTTGTTAT
gi|126507 : TCTTGTCCT----CTTTCCTAT------G----ACCAGTGTAGTCT--GA-TTTTTACCAAGCTATTGTTTGTTA
gi|126508 : TCTTGTTCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTTGTCT--GA-TTTTTACAAAACAATTGTTTGTTGTTGAT
gi|126509 : TCCTGTCCT----CTT------------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCAGTGTTTGTTATCGGT
gi|126510 : TCTTGTCAT----CTTTGTTTT------G----ACCGGCCTAGCTTCAAA----TTACCAACCCATTGTTTGTTATCAAT
gi|126511 : TTGTCCT----CTTTGCTAT------G----A-----------------TTTTTACCAAGCCATTGTCTGTTATTGAT
blockSeqs : GAGA ATGTAA TATG CA T
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
finalCons : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
Alignments
lowQualScore : 5555 777777 5555 33 2
lowQualScore : .... ...... .... .. .
lowQualScore : 3333 222222 3333 44 5
consensus : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
Reference ( family-900 ) : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126496 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGACCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126497 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCTTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126498 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGACCTAGCCT--GA-TTTTTACTAAGCCATTGTTTGTCATTGAT
gi|126499 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGTCTAGCCT--GA-ATTTTACCAATCCACTGTTTGTTATTGAT
gi|126500 : TCTTGTCCT----CTTTGCTACATGTAAG----ACCGGTCTAGCCT--GA-TTTTTACTAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126501 : TCTTGTCCTGAGACTTTGCTAT------G----ACTGGCCAAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126502 : TCTTGTCAT----CTTTGTTAT------G----ACCGGCCTGGCCT--GA-TATTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126503 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----GCCGGCCCTGCCT--GA-ATTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTAAT
gi|126504 : TCTTGTCGT----CTTTGCTAT------GTATGACCGGCATATCCT--GA-TTTTTACCAAGCCATTGTTTGTTATTGAT
gi|126505 : TCTTGACCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCTTAGTCT--GA-TTATTACCAAGTCATTGTTTGTTATTAAT
gi|126506 : TCTTGTCCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTAGCCT--AATTTTTTACCAAACCGCTGTTTGTTAT
gi|126507 : TCTTGTCCT----CTTTCCTAT------G----ACCAGTGTAGTCT--GA-TTTTTACCAAGCTATTGTTTGTTA
gi|126508 : TCTTGTTCT----CTTTGCTAT------G----ACCGGCCTTGTCT--GA-TTTTTACAAAACAATTGTTTGTTGTTGAT
gi|126509 : TCCTGTCCT----CTT------------G----ACCGGCCTAGCCT--GA-TTTTTACCAAGCCAGTGTTTGTTATCGGT
gi|126510 : TCTTGTCAT----CTTTGTTTT------G----ACCGGCCTAGCTTCAAA----TTACCAACCCATTGTTTGTTATCAAT
gi|126511 : TTGTCCT----CTTTGCTAT------G----A-----------------TTTTTACCAAGCCATTGTCTGTTATTGAT