lowQualScore                  :               111                  1                       
lowQualScore                  :               333  7777            9   33                  
lowQualScore                  :               ...  ....            .   ..                  
lowQualScore                  :               777  1111            3   77                  
consensus                     : ATTCTAACGCACTTA--TACG--TTTTATCATTAAAATTC-GCTCGCTGAACCAAGTTA
Reference ( gi|41360 )        : ATTCTAACGCACTTG--TACA--TTTTATCATTAATATTT-GCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41366                      : ATTCTAACAAACGTA--TACA--TTATATCATTAA-ATTT-GCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41361                      : ATTCTAACGCACTAA--TACG--TTTTATCATTAAAATTC-GCTCGCTGAACCAA-TTA
gi|41363                      : ATTTTAACGCACTAA--TATG--TTTTATCATTAAAATTT-GCTCACAGAACCAAGTTA
gi|41362                      : ATTCTAACGCGCTTA--TTCG--TTAAATCATTAAAATTC-GCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41369                      : ATTCTAACGAACGTA--TAC---TATTATTATTAACATTT-GCTTGCTGAACCAAGT
gi|41364                      : ATTCTAATGCACTT---TATG--TCTTATCATTAAAATTC-TCTTGCTGAACCAAGTTA
gi|41367                      : ATTCTATCGCATTTA--TA-A--TTTTATCATTAA-ATTTCTCTCGCTTAACCAACTTA
gi|41365                      : ATTCTAACACAATTA--TA-A--TTCTATCCTTAAAATTC-ACTGGCTGAATCAAGT
gi|41371                      : ATTTTAATGCACTTT--TACG--TT--A-CATTAAAATTC-GCTCGCTGAAACAA
gi|41368                      : ATTCTATCGCATTT----ACA--TTTT--CATTAAAATTC-GCTCATTTAACCGAGTTA
gi|41370                      : ATTCTAACGCATCTA--TACACGTTTAATCTTTAAAGTCC-ACTCGCTGAACAATGTTA
gi|41372                      :  TTCTAATACACACA--TACA--TTTTATTCTTAAAATTC-ACTTGCTGAACCAAGTTA
gi|41373                      :    CTAACGCACTTG--TACA--TTTTGTCATTAGAATTC-GCTCGCTGAGCCAAGTTA
gi|41374                      :        CGCAATTA--TA-A--CTTTATCATTAAAATTC-GATCGCTGAACAAAGTTA
gi|41375                      :          CACTTAAATATG--TTTTATCATTAAAATTT-GCTCATAGAACCAAGTTA





Alignments
lowQualScore                  :                33  6666                                   
lowQualScore                  :                ..  ....                                   
lowQualScore                  :                44  9999                                   
consensus                     : ATTCTAACGCACTTA--TAC--GTTTTATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAAGTTA
Reference ( family-891 )      : ATTCTAACGCACTTA--TAC--GTTTTATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41360                      : ATTCTAACGCACTTG--TAC--ATTTTATCATTAATATTTGCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41361                      : ATTCTAACGCACTAA--TAC--GTTTTATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAA-TTA
gi|41362                      : ATTCTAACGCGCTTA--TTC--GTTAAATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41363                      : ATTTTAACGCACTAA--TAT--GTTTTATCATTAAAATTTGCTCACAGAACCAAGTTA
gi|41364                      : ATTCTAATGCACTT---TAT--GTCTTATCATTAAAATTCTCTTGCTGAACCAAGTTA
gi|41365                      : ATTCTAACACAATTA--TA---ATTCTATCCTTAAAATTCACTGGCTGAATCAAGT
gi|41366                      : ATTCTAACAAACGTA--TAC--ATTATATCATTAAA-TTTGCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41367                      : ATTCTATCGCATTTA--TA---ATTTTATCATTAAATTTCTCTCGCTTAACCAACTTA
gi|41368                      : ATTCTATCGCATTTA----C--ATTTT--CATTAAAATTCGCTCATTTAACCGAGTTA
gi|41369                      : ATTCTAACGAACGTA--TAC---TATTATTATTAACATTTGCTTGCTGAACCAAGT
gi|41370                      : ATTCTAACGCATCTA--TACACGTTTAATCTTTAAAGTCCACTCGCTGAACAATGTTA
gi|41371                      : ATTTTAATGCACTTT--TAC--GTT--A-CATTAAAATTCGCTCGCTGAAACAA
gi|41372                      :  TTCTAATACACACA--TAC--ATTTTATTCTTAAAATTCACTTGCTGAACCAAGTTA
gi|41373                      :    CTAACGCACTTG--TAC--ATTTTGTCATTAGAATTCGCTCGCTGAGCCAAGTTA
gi|41374                      :        CGCAATTA--TA---ACTTTATCATTAAAATTCGATCGCTGAACAAAGTTA
gi|41375                      :          CACTTAAATAT--GTTTTATCATTAAAATTTGCTCATAGAACCAAGTTA





Alignments
lowQualScore                  :                33  6666                                   
lowQualScore                  :                ..  ....                                   
lowQualScore                  :                44  9999                                   
consensus                     : ATTCTAACGCACTTA--TAC--GTTTTATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAAGTTA
Reference ( family-891 )      : ATTCTAACGCACTTA--TAC--GTTTTATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41360                      : ATTCTAACGCACTTG--TAC--ATTTTATCATTAATATTTGCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41361                      : ATTCTAACGCACTAA--TAC--GTTTTATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAA-TTA
gi|41362                      : ATTCTAACGCGCTTA--TTC--GTTAAATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41363                      : ATTTTAACGCACTAA--TAT--GTTTTATCATTAAAATTTGCTCACAGAACCAAGTTA
gi|41364                      : ATTCTAATGCACTT---TAT--GTCTTATCATTAAAATTCTCTTGCTGAACCAAGTTA
gi|41365                      : ATTCTAACACAATTA--TA---ATTCTATCCTTAAAATTCACTGGCTGAATCAAGT
gi|41366                      : ATTCTAACAAACGTA--TAC--ATTATATCATTAAA-TTTGCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41367                      : ATTCTATCGCATTTA--TA---ATTTTATCATTAAATTTCTCTCGCTTAACCAACTTA
gi|41368                      : ATTCTATCGCATTTA----C--ATTTT--CATTAAAATTCGCTCATTTAACCGAGTTA
gi|41369                      : ATTCTAACGAACGTA--TAC---TATTATTATTAACATTTGCTTGCTGAACCAAGT
gi|41370                      : ATTCTAACGCATCTA--TACACGTTTAATCTTTAAAGTCCACTCGCTGAACAATGTTA
gi|41371                      : ATTTTAATGCACTTT--TAC--GTT--A-CATTAAAATTCGCTCGCTGAAACAA
gi|41372                      :  TTCTAATACACACA--TAC--ATTTTATTCTTAAAATTCACTTGCTGAACCAAGTTA
gi|41373                      :    CTAACGCACTTG--TAC--ATTTTGTCATTAGAATTCGCTCGCTGAGCCAAGTTA
gi|41374                      :        CGCAATTA--TA---ACTTTATCATTAAAATTCGATCGCTGAACAAAGTTA
gi|41375                      :          CACTTAAATAT--GTTTTATCATTAAAATTTGCTCATAGAACCAAGTTA


blockSeqs                     :                AA  CACG
blockSeqs                     :                .   CG  
blockSeqs                     :                .   CG  
blockSeqs                     :                .   TG  
blockSeqs                     :                .   TG  
blockSeqs                     :                .   CA  
blockSeqs                     :                .   CA  
blockSeqs                     :                .   CG  
blockSeqs                     :                .   CA  
blockSeqs                     :                .   CA  
blockSeqs                     :                .   TG  
blockSeqs                     :                .   A   
blockSeqs                     :                .   A   
blockSeqs                     :                .   C   
blockSeqs                     :                .   A   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATTCTAACGCACTTA--TAC--GTTTTATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAAGTTA
finalCons                     : ATTCTAACGCACTTA--TAC--GTTTTATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAAGTTA





Alignments
lowQualScore                  :                33  6666                                   
lowQualScore                  :                ..  ....                                   
lowQualScore                  :                44  9999                                   
consensus                     : ATTCTAACGCACTTA--TAC--GTTTTATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAAGTTA
Reference ( family-891 )      : ATTCTAACGCACTTA--TAC--GTTTTATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41360                      : ATTCTAACGCACTTG--TAC--ATTTTATCATTAATATTTGCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41361                      : ATTCTAACGCACTAA--TAC--GTTTTATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAA-TTA
gi|41362                      : ATTCTAACGCGCTTA--TTC--GTTAAATCATTAAAATTCGCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41363                      : ATTTTAACGCACTAA--TAT--GTTTTATCATTAAAATTTGCTCACAGAACCAAGTTA
gi|41364                      : ATTCTAATGCACTT---TAT--GTCTTATCATTAAAATTCTCTTGCTGAACCAAGTTA
gi|41365                      : ATTCTAACACAATTA--TA---ATTCTATCCTTAAAATTCACTGGCTGAATCAAGT
gi|41366                      : ATTCTAACAAACGTA--TAC--ATTATATCATTAAA-TTTGCTCGCTGAACCAAGTTA
gi|41367                      : ATTCTATCGCATTTA--TA---ATTTTATCATTAAATTTCTCTCGCTTAACCAACTTA
gi|41368                      : ATTCTATCGCATTTA----C--ATTTT--CATTAAAATTCGCTCATTTAACCGAGTTA
gi|41369                      : ATTCTAACGAACGTA--TAC---TATTATTATTAACATTTGCTTGCTGAACCAAGT
gi|41370                      : ATTCTAACGCATCTA--TACACGTTTAATCTTTAAAGTCCACTCGCTGAACAATGTTA
gi|41371                      : ATTTTAATGCACTTT--TAC--GTT--A-CATTAAAATTCGCTCGCTGAAACAA
gi|41372                      :  TTCTAATACACACA--TAC--ATTTTATTCTTAAAATTCACTTGCTGAACCAAGTTA
gi|41373                      :    CTAACGCACTTG--TAC--ATTTTGTCATTAGAATTCGCTCGCTGAGCCAAGTTA
gi|41374                      :        CGCAATTA--TA---ACTTTATCATTAAAATTCGATCGCTGAACAAAGTTA
gi|41375                      :          CACTTAAATAT--GTTTTATCATTAAAATTTGCTCATAGAACCAAGTTA