lowQualScore                  :                                               1                   1      
lowQualScore                  :   6     33        777777        2             4                   6      
lowQualScore                  :   .     ..        ......        .             .                   .      
lowQualScore                  :   0     99        777777        7             4                   8      
consensus                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGGCCTCGACCCCAATTGACCTA
Reference ( gi|130344 )       : ATACATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGCGGATGGCCTCGACCCCAATAGACCTA
gi|130345                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGTTGGCCTCGACCCTAATTGATCT
gi|130346                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-ATATGGTTAATTGGGGACAGCCTCAACCCCAGTTGACCT
gi|130349                     : ATGCAGAA--ATTTACAT------GAAACTTT-GTATGGTTAATTTAGAATGGCCTCGACCCCAATTGAACTA
gi|130347                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTCAATTAGAGATGGCGTCGACCCAAAATGACCTA
gi|130348                     : ATGCATAA--ACTTATAT------GAAACCTT-ATATGGTTAATTGGGGATAGTGTTGACCCCAATTGACCTA
gi|130351                     : ATGCAAAA--ATTCAAAT------GAAACTTTTGTACGGTTAATTGGGGATTGGCTCGGCCCAAATTAACCTA
gi|130355                     : ATGCATAA--ACGTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGACG
gi|130352                     : ATGCATAATTATTTATATTTAAATGAAACTTT-GTACGGCCAA-TGGGGAAGAGTTCGACCCTAATTGACTT
gi|130353                     : ATGCATAA--TTTTATAT------GAAACT-------GG--------GGATAGCCTCGACCTCAATTGACCTA
gi|130356                     : ATGCATAC--ATTTATAT------GAAACTTG-GTTCAGGTAGTTTGAAATAGATTAGACCCCAAT
gi|130357                     :  TGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTATTTAGGGATGGCCTCAACCCTGACTGACCTt
gi|130354                     :     ATAA--ACCTAAGT------ACAACTTC-GTACGGTTAATTGGGGATGACTTTTACTCCAACTGAACTA
gi|130358                     :  atggTAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GAACAGTTAATTGTGGATGACCTCGACTACAATTGACCTA
gi|130350                     :      TAA--ACTTAAAT------GAAACTTT-GTATGGTTAATTGAGGATGACCTCGACCCC--TCGACCTA
gi|130359                     :            atgttAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGACTTCGAATGCAATTGAC





Alignments
lowQualScore                  :         33        777777        2                                        
lowQualScore                  :         ..        ......        .                                        
lowQualScore                  :         77        222222        5                                        
consensus                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGGCCTCGACCCCAATTGACCTA
Reference ( family-888 )      : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGGCCTCGACCCCAATTGACCTA
gi|130344                     : ATACATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGCGGATGGCCTCGACCCCAATAGACCTA
gi|130345                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGTTGGCCTCGACCCTAATTGATCT
gi|130346                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-ATATGGTTAATTGGGGACAGCCTCAACCCCAGTTGACCT
gi|130347                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTCAATTAGAGATGGCGTCGACCCAAAATGACCTA
gi|130348                     : ATGCATAA--ACTTATAT------GAAACCTT-ATATGGTTAATTGGGGATAGTGTTGACCCCAATTGACCTA
gi|130349                     : ATGCAGAA--ATTTACAT------GAAACTTT-GTATGGTTAATTTAGAATGGCCTCGACCCCAATTGAACTA
gi|130350                     : ATGTTTAA--ACTTAAAT------GAAACTTT-GTATGGTTAATTGAGGATGACCTCGACCCC--TCGACCTA
gi|130351                     : ATGCAAAA--ATTCAAAT------GAAACTTTTGTACGGTTAATTGGGGATTGGCTCGGCCCAAATTAACCTA
gi|130352                     : ATGCATAATTATTTATATTTAAATGAAACTTT-GTACGGCCAA-TGGGGAAGAGTTCGACCCTAATTGACTT
gi|130353                     : ATGCATAA--TTTTATAT------GAAACT---------------GGGGATAGCCTCGACCTCAATTGACCTA
gi|130354                     : ATGGATAA--ACCTAAGT------ACAACTTC-GTACGGTTAATTGGGGATGACTTTTACTCCAACTGAACTA
gi|130355                     : ATGCATAA--ACGTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGACG
gi|130356                     : ATGCATAC--ATTTATAT------GAAACTTG-GTTCAGGTAGTTTGAAATAGATTAGACCCCAATT
gi|130357                     :  TGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTATTTAGGGATGGCCTCAACCCTGACTGACCT
gi|130358                     :      TAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GAACAGTTAATTGTGGATGACCTCGACTACAATTGACCTA
gi|130359                     :                 AT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGACTTCGAATGCAATTGAC





Alignments
lowQualScore                  :         33        777777        2                                        
lowQualScore                  :         ..        ......        .                                        
lowQualScore                  :         77        222222        5                                        
consensus                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGGCCTCGACCCCAATTGACCTA
Reference ( family-888 )      : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGGCCTCGACCCCAATTGACCTA
gi|130344                     : ATACATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGCGGATGGCCTCGACCCCAATAGACCTA
gi|130345                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGTTGGCCTCGACCCTAATTGATCT
gi|130346                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-ATATGGTTAATTGGGGACAGCCTCAACCCCAGTTGACCT
gi|130347                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTCAATTAGAGATGGCGTCGACCCAAAATGACCTA
gi|130348                     : ATGCATAA--ACTTATAT------GAAACCTT-ATATGGTTAATTGGGGATAGTGTTGACCCCAATTGACCTA
gi|130349                     : ATGCAGAA--ATTTACAT------GAAACTTT-GTATGGTTAATTTAGAATGGCCTCGACCCCAATTGAACTA
gi|130350                     : ATGTTTAA--ACTTAAAT------GAAACTTT-GTATGGTTAATTGAGGATGACCTCGACCCC--TCGACCTA
gi|130351                     : ATGCAAAA--ATTCAAAT------GAAACTTTTGTACGGTTAATTGGGGATTGGCTCGGCCCAAATTAACCTA
gi|130352                     : ATGCATAATTATTTATATTTAAATGAAACTTT-GTACGGCCAA-TGGGGAAGAGTTCGACCCTAATTGACTT
gi|130353                     : ATGCATAA--TTTTATAT------GAAACT---------------GGGGATAGCCTCGACCTCAATTGACCTA
gi|130354                     : ATGGATAA--ACCTAAGT------ACAACTTC-GTACGGTTAATTGGGGATGACTTTTACTCCAACTGAACTA
gi|130355                     : ATGCATAA--ACGTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGACG
gi|130356                     : ATGCATAC--ATTTATAT------GAAACTTG-GTTCAGGTAGTTTGAAATAGATTAGACCCCAATT
gi|130357                     :  TGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTATTTAGGGATGGCCTCAACCCTGACTGACCT
gi|130358                     :      TAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GAACAGTTAATTGTGGATGACCTCGACTACAATTGACCTA
gi|130359                     :                 AT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGACTTCGAATGCAATTGAC


blockSeqs                     :         TT        TTAAAT        T
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :         .         .             .
blockSeqs                     :                   .             .


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGGCCTCGACCCCAATTGACCTA
finalCons                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGGCCTCGACCCCAATTGACCTA





Alignments
lowQualScore                  :         33        777777        2                                        
lowQualScore                  :         ..        ......        .                                        
lowQualScore                  :         77        222222        5                                        
consensus                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGGCCTCGACCCCAATTGACCTA
Reference ( family-888 )      : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGGCCTCGACCCCAATTGACCTA
gi|130344                     : ATACATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGCGGATGGCCTCGACCCCAATAGACCTA
gi|130345                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGTTGGCCTCGACCCTAATTGATCT
gi|130346                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-ATATGGTTAATTGGGGACAGCCTCAACCCCAGTTGACCT
gi|130347                     : ATGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTCAATTAGAGATGGCGTCGACCCAAAATGACCTA
gi|130348                     : ATGCATAA--ACTTATAT------GAAACCTT-ATATGGTTAATTGGGGATAGTGTTGACCCCAATTGACCTA
gi|130349                     : ATGCAGAA--ATTTACAT------GAAACTTT-GTATGGTTAATTTAGAATGGCCTCGACCCCAATTGAACTA
gi|130350                     : ATGTTTAA--ACTTAAAT------GAAACTTT-GTATGGTTAATTGAGGATGACCTCGACCCC--TCGACCTA
gi|130351                     : ATGCAAAA--ATTCAAAT------GAAACTTTTGTACGGTTAATTGGGGATTGGCTCGGCCCAAATTAACCTA
gi|130352                     : ATGCATAATTATTTATATTTAAATGAAACTTT-GTACGGCCAA-TGGGGAAGAGTTCGACCCTAATTGACTT
gi|130353                     : ATGCATAA--TTTTATAT------GAAACT---------------GGGGATAGCCTCGACCTCAATTGACCTA
gi|130354                     : ATGGATAA--ACCTAAGT------ACAACTTC-GTACGGTTAATTGGGGATGACTTTTACTCCAACTGAACTA
gi|130355                     : ATGCATAA--ACGTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGACG
gi|130356                     : ATGCATAC--ATTTATAT------GAAACTTG-GTTCAGGTAGTTTGAAATAGATTAGACCCCAATT
gi|130357                     :  TGCATAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GTACGGTTATTTAGGGATGGCCTCAACCCTGACTGACCT
gi|130358                     :      TAA--ATTTATAT------GAAACTTT-GAACAGTTAATTGTGGATGACCTCGACTACAATTGACCTA
gi|130359                     :                 AT------GAAACTTT-GTACGGTTAATTGGGGATGACTTCGAATGCAATTGAC