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lowQualScore                  :                          ....             ...........                      .. .                        .              ....                   ......        .    .....   .  .  .      .        
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Alignments
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Alignments
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lowQualScore                  :                          1111             44444444 44                      9                        77                 7777                   777777                 33333  6         0        
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gi|134590                     :                                                                         AAAATTAATGTTTATTACATGATCATAA--CGTGTAAAGCTAGTGGT----GTGCTTACTGTAACTGAAGTACTGTTAATACAATTATTTAA
gi|134591                     :                                                                                                 ATAATCCCTTTAAAGCTAGTGGTCATGGTACTTACTGTAAATGAAA------TAATAAGATTATTTAAG-----GTAAGATAAGGTAATCACAGC
gi|134592                     :                                                                                                             AAGCTAGTGGT----GTACATACTGTAACTG-AG------AAATAAAATTGTTTAAG-----GACACACATGGTAATCACAA


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blockSeqs                     :                          .                .        A                       C                        .                  .                      .                      .                T
blockSeqs                     :                          .                .        A                       C                        .                  .                      .                      .                T
blockSeqs                     :                          .                .        A                       C                        .                  .                      .                      .                T
blockSeqs                     :                          .                .        A                       T                        .                  .                      .                      .                A
blockSeqs                     :                          .                .        A                       C                        .                  .                      .                      .                T
blockSeqs                     :                          .                .        G                       A                        .                  .                      .                      .                A
blockSeqs                     :                          .                .        A                       A                        .                  .                      .                      .                A
blockSeqs                     :                          .                .        A                       C                        .                  .                      .                      .                A
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blockSeqs                     :                          .                .        .                       .                        .                  .                      .                                        
blockSeqs                     :                          .                .        .                       .                        .                  .                      .                                        
blockSeqs                     :                                                                                                     .                  .                      .                                        


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTTTTATGTTTACCCCAAGCTGTTT----GTATTCGGAACAA--------AA-GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAA--CGTTTAAAGCTAGTGGT----GTACTTACTGTAAATGAAG------TAATAAAATTATTTAAG-----GTAAGATAAGGTNATCACAAC
finalCons                     : TTTTTATGTTTACCCCAAGCTGTTT----GTATTCGGAACAA--------AA-GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAA--CGTTTAAAGCTAGTGGT----GTACTTACTGTAAATGAAG------TAATAAAATTATTTAAG-----GTAAGATAAGGTNATCACAAC





Alignments
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lowQualScore                  :                          6666             00000000 55                      1                        33                 5555                   777777                 88888  0         1        
lowQualScore                  :                          ....             ........ ..                      .                        ..                 ....                   ......                 .....  .         .        
lowQualScore                  :                          1111             44444444 44                      9                        77                 7777                   777777                 33333  6         0        
consensus                     : TTTTTATGTTTACCCCAAGCTGTTT----GTATTCGGAACAA--------AA-GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAA--CGTTTAAAGCTAGTGGT----GTACTTACTGTAAATGAAG------TAATAAAATTATTTAAG-----GTAAGATAAGGTNATCACAAC
Reference ( family-877 )      : TTTTTATGTTTACCCCAAGCTGTTT----GTATTCGGAACAA--------AA-GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAA--CGTTTAAAGCTAGTGGT----GTACTTACTGTAAATGAAG------TAATAAAATTATTTAAG-----GTAAGATAAGGTNATCACAAC
gi|134576                     : TTTTTATGTTTACCCCAAGCTGTTT----GTATTCGGAACAA--------AA-GCGATATATAAACATCAACAAACATAATGTTTATTGCATGATCATAA--CGGTTAAAGCTAGTGGT----GTACTTACTGTAAATGAAG------TAATAAAACTATTTAAA-----GTAAGGTAAGGTTATCACAAC
gi|134577                     : TTTTTATGTTAACCCCAAGCTGTTT----GTATTCGGAACAA--------AA-GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAA--CGGTTAAA-CTAGTGGT----GTACTTACTGTAAATGAAG------TAATAAAACTATTTAAG-----GTAAGATAAGGTTATCACAAC
gi|134578                     : TTTTTATGTTCACCCCAAGCTGTTT----TTATTCGTAACAA--------AA-GCGATATATAAACATAAACAAACCTAATGTTTATTGCATGATCATAA--CGTTTAAAGCTAGTGGT----GTACTTACTGTAAATGAAG------TTATAAAACTATTTAAG-----GTAAGATAAGGTTATCACAAC
gi|134579                     : TTTTTATGTTTACCCCAAGCTGTTT----GTATTCGGAATAA--------AA-GCGATATATAAACATCAACAATCTTAATGTTTATTGCATGATCATTA--CGTTTAAAACTAGTGGT----GTACTTACTGTAAATGACA------TAACAAAATTATTTATG-----GTGAGATGAGGTTATCACAAC
gi|134580                     : TTGTTATGTTTACCCCAAGCTGTTT----GTATGAGGAATAA--------AA-GTGATATATAAAC-----CAAACCTAATGTTTATTGCATAATCATAA--CGTTTAAAGCTTGTGGT----GTACTTACTGTAAATGAAG------TAATACAACTATTTAAGGTAAAGTAAGGTAAGGTTATCACAAC
gi|134581                     : TTTTTATGTTTAACCCAAACTGTTT----GTATTCAGAACAA--------AA-CCAACATGTAAACATCACCAAATTTAATGTCTATTGCATGACCACAA--CGTTTTAAGCTAGTGGT----GTACTTACTGTAACTGAAG------AAATAAAATTGTTTAAG-----GCCAGACATGGTAATCACAA
gi|134582                     : TTTTTATGTTTACCCCAAGCTGTTT----GTATTCGGAACAA--------AG------------------------TTGATGTTTATTGCATGATCATAA--TGGCTAAAGCTAGTGGT----GTACTTATTGTAAATGAAG------TAATAAAACTATTTAAG-----ATAAGATCAGGTTATCACAAC
gi|134583                     : TTTTTATGTTTACCCCAAGCTGTTT----GCATTTGAAACAA--------AA-GCGACATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGTATGATCATAA--CGTTTAAAG
gi|134584                     : TTTTTATGTTTACCTCAAGCTGTTTAATAGTATTCAGAATAA--------A-------------------------TTA-TGTTTCTTGCATGATCTTAA--CTTTTAAAGCTAGTTGT----GTACTTACTGTAAATGAAG------TAATAAAAGTATTTA
gi|134585                     :  TTTTATATTTACCCCAAGCTGTTT----ATAATCGGAACAG--------A--GTGATTTATAAACATCAACAAAATCAATGTTTATTGCATGACCATAA--CATTTAAAGCTAGTGGT----CTACTTATTGTAAACTAAG------TAATAAAATTATTTAAG-----GTTAGATAAGGTAATCACAAC
gi|134586                     :  TTTTATGTTTACTCCAAGCTGTTT----GCTTTTGGAACAA--------AAAGCGACATGTAAACATCAACAAAATTAATGGTTATTGCATGATCATAA--TGTTTAAAGCTTGTGGC----GTATTTACTGTAAATGAAG------TACTACAATTACTTAAG-----GTAAGATTACGTAATCACAAC
gi|134587                     :  TTTTATGCTTACCCCAAG-----------TATTCGGAAGAA--------AA-GCGATATATAAACATCAATAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAA--CAGTTAAAGCTAGTGGT----GTACTAATTGTAAATGAAG------TAACAA
gi|134588                     :   TTTATGTTTACCCGAAGCTGTTT----GTATTTTGTTCTA--------A--GCAACATATAAACATCAAAAAAATTAATGTTTATTGCATGATGATAA--TGTTTAAAGCTAGTGGT----GTACTAACTGTAAATGAAG------TAACAAAATTATTTAAG-----GTTAGATAAGGTAATCACAGC
gi|134589                     :                     TGTTT----GTATTCAGAACAATTGTACACAA-GTGATATATAAATATCAACAAA
gi|134590                     :                                                                         AAAATTAATGTTTATTACATGATCATAA--CGTGTAAAGCTAGTGGT----GTGCTTACTGTAACTGAAGTACTGTTAATACAATTATTTAA
gi|134591                     :                                                                                                 ATAATCCCTTTAAAGCTAGTGGTCATGGTACTTACTGTAAATGAAA------TAATAAGATTATTTAAG-----GTAAGATAAGGTAATCACAGC
gi|134592                     :                                                                                                             AAGCTAGTGGT----GTACATACTGTAACTG-AG------AAATAAAATTGTTTAAG-----GACACACATGGTAATCACAA