lowQualScore : 111 22222222222222 11 1 33 1 1111 22222 5555 1 1 1 1
lowQualScore : 6 5 55 111 33333333333333 5 5 55 5 9999 66 3 3 00 0 7777 3 3 3 1 4 6 66 3 5 55 44 0 7 5555 3 33333 8 3 6666 7 7 6 7
lowQualScore : . . .. ... .............. . . .. . .... .. . . .. . .... . . . . . . .. . . .. .. . . .... . ..... . . .... . . . .
lowQualScore : 0 0 55 000 55555555555555 5 6 55 4 4444 11 6 6 00 9 7777 6 6 6 8 0 7 11 9 0 44 44 1 0 5555 6 66666 8 6 5555 0 0 8 0
consensus : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTANTGTGAACCACTTA----TATGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTN-AATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACA----AGT-TTATATCA-AATGTC-TACATTCT-TAAGAT--TTNATGTATATCATA-TTTTTTTAAT-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTATT----TTACTT-ATTTAT----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATG-ATAT--ATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAATTGAATTGAAT
Reference ( gi|140893 ) : TGCCTAACGATTTGAGGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCTTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACTTA----TATGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTC-AATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACA----AGT-TTATATCA-AATGTT-TTCATTCT-TAACAT--TTCATGTATATCATA-TTTTTTTAAT-TTTTAAAAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAATTAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTATT----TTACTT-ATTTA-----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATG-ATATACATATATGTTGTATTATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGATTTGATTTGATTTGAAT
gi|140892 : TGCCTAACGATCTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTAAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCCGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACTTA----TATGTACTATTCAGTTATTCAAGGTATAAGATAATTC-AATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACA----AGT-TTATATAA-AATGTT-TACATTCT-TAACAT--TTGATGTATATCATA-TTTTTTTAATCTTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATGATTATTTTACTTACTT-ATTTA-----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATGTTATCATCATCATG-ATAT--ATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTAAATAAATTTGAATTGAGTTGAATTGAAT
gi|140894 : TGCCTAACGATCTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCGGGCTAGAGAAAATTTG--AATTTTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACTTA----TATGTACTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTC-AATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACA----AGT-TTATATCA-AATGTT-TACATTCT-TAACAT--TTCATGTATATCATA-TTTTTTTAAT-TTTT-TAAAAAAATCACAATTCTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATC-----TTTTTAGATGATTACTATGATTAAT----CTACTT-ATTTA-----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATC-ATAT--ATATACGTTGTATAACGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAATTGAATTG
gi|140895 : TGCCTGACGATTTGAAGAAAT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAAA--AA--------------CATTTATGTAGCTCATCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTA----TATGTATTATTTAGTTATTCAGTGTATAAGGTAATTA-AATG-TTTTTAGTATTGTT-A--CATTTTTACA----ATT-TTATATCA-AATGTC-TACATTCT-TAAGAT--TAAATGCATATCATA-TTTTTTTAAA-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATGAGCGCGTTTGCTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATGAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTATT----TTACTT-ATTTAT----TTTTCTTGATTTATTACTGTCATTTT---ATCATCATG-AT----ATATATGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTAAATTGAATTGAAT
gi|140896 : TGCCTAACGATTTGAAAAAAAATAACCAATAAGCAGACTTA-AAACGTGAAG--TTAAAAAAAAA--------------CATTTATGTAGCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTA----TATGTATTATTCAGTTATTAAGGTTACAAGATAATTC-AATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACA----AGT-TTATATCA-AATATC-TACATTCT-TAAGAT--TTCATGTATTTC--A-TTTTTTTAA------AAAAAAAAAATACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAGTTATT----TTACTT-CTATAT----TTTTCTTGATTTATTACTGCTATTTT---ATCATCATG-ATAT--ATATATGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAATTGAATTGAAT
gi|140897 : TGCCTAACGATTTGAAGAAAT-CGACCAGTAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTAGCTACTGGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTGAGTATATATTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTATAATTATGTATTGTTCGGTTATTCAGGGTATAAGATAATTA-AATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACA----AGT-TTATATCA-AATGTC-TACATTCT-TAAGAT--TTAATGTATATCATA-TTTTTTAAAT-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGCTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTCAATTTTTAGATGATTACCATAATTATT----TTACTT-ATTTAT----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATGATATATATACATA
gi|140898 : TGCCTAAAGATCTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCGGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACT--------NNNNNNNNNNAGTT--------TATA-------TCAAATG----TTTACATTCTTAA--CATTTCA---------T-GTATATCA-TATGTT-TTTATTTT-Tgctctaacaacagctatagctga
gi|140900 : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACTAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TT---A---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTAACAAAATTCAAttaaaaaaatcacaattttaagggaagggaccccgttggaaataagcgcgtttgttgctttaatgggttatctcaggttataagatctttaatttttagatgattactaggattattttacttacttatttattttcttgatttattactgttattttatcatcatcatgatatatatacgttgtataatgatcttatatacctgaataaatttgaattgaattgaattgaat
gi|140899 : TGCCTAAAGATTTAAAGAAAT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAATGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTA-GTCCTCGCAGGCTAAAGAAAATTTA--GGTAT
gi|140902 : AACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAGCCTTAAAA---AA--------------CATGTATGTAGCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAGTTTTTAAGTTTGTGTTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTA----AATGTATAATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTA-AATG-TGTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACA----AGT-TTATATCA-AATGTC-TACATTCT-TAAGAT--TTAATGTATATCATATTTTTTTTAAT-TTTT--TAAAAAATCACAATTTTA
gi|140901 : AACTAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AAATATTTATGTATCTCATTTATGTATCTCTTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTTATGTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTATTGTAATGTTAACCACTTA----TATGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTC-AATG---TTTTGTGTTATT-T--TATTTT----------T-TTAAATCACAATTTT-
gi|140903 : TGTTGAAAATATATCTTGTATTGTGAACCACTTA----TATGTATTATTCAGTTATGCAGGGTATAAGATAATTA-AATGTTTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACA----AGT-TTATATCA-AATGTC-TACATTCT-TAAGAT--TTAATGTACAaagggaagggacctcgttgaaaataagcgcgtttgttgctttaatggattatcccaggttataagatctttaatttttagatgattactataattattttcttgatttattttcttgatttattactgttattttatcatcatcatgatatatatgttgtataatgatcttatatacctgaataaatttgaattgaagaaaaataatttgaattgagt
gi|140898 : TATTTAATTTTTAAG--TATATGTTGA--A-AATA-TTTCTTGTAATGTG-AACCACTNNNNNNNNNNAGT-TTATATCA-AATGTT-TACATTCT-TAACAT--TTCATGTATATCATA-TGTTTTTATT-TTTTTAAAA-AAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCTCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTAGGATTATTTTACTTACTT-ATTTA-----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATG-ATAT--ATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAATTGAATTGAAT
gi|140901 : tgcctaaagatctgaagaagttaaccaataagcaaacttttaaacgtgaagttaaaaaacatttatgtatctcctcgcgggctagagaaaatttgaa-AATA-TTTATTGTAATGTT-AACCACTT--ATA----TGTATTAT-TCA----GTTATTCAGGGTATAAGATAATTCA-ATGTTTTGTG-TTATTTTATT-TTTTTAAA-----TCACAATTTTAAGGGAAGGGACCTCGTTGAAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGATTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTATT----TT-CTTGATTTA-----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATG-AT----ATATATGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGA
gi|140905 : aactaataagcaaacttttaaacgtgaagttaaaaaaatatttatgtatctcatttatgtatctcttcgcaggctagagaaaatttgaatattttatgtttaagtatatgttgaaAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCTGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTATT----TTAATT-ATTTA-----TTTT-TTGATTTATTACTATTATTTTATCATCATCATG-AT----ATATGTGTTATATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAACTGAATTGAATTagaaaaataatttgaattgagt
gi|140906 : AAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTAGCTGATTTAATGGG
gi|140904 : AGGTACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGCTGCTTAAATGGGTTATCCCAGATTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTTTAATTATT----TTACTT-ATCTAT----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTT---ATCATCATG-AT----ATATATGTTGTATAATGATCTTATATACCTGGATAAATTTGAATTGAATTGAATTGAA
gi|140907 : caaggtaaaacaaatacaatagtgttatgtattttcaatgatgtcccttttttcaaaagatttagaaatatacatgcttaaatttataactacattttcatctttactactATGGGTTATCCCAGGTTAAAAGTTCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTATT----TTACTT-ATTTA-----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATG-AT----ATATATGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAATTGAATTGAAT
gi|140908 : ATCCCAGGTAATAAGATATTTAATTTTTAGATGATGACTATAATTATT----TCATTT-ATTTATTTATTTTTCTTGA-TTATTACTGTTATTTT---ATCATCATG-AT----ATATATGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAATTCAATTGAAT
Alignments
lowQualScore : 111 22222222222222 111 1111 111 22 1111111111
lowQualScore : 4 55 000 11111111111111 4 55 1 8888 1 3 3 55 3 3 1 8888 4 777 4 0 0 4 000 66 7777 3 9999 222 44 00 5555555555
lowQualScore : . .. ... .............. . .. . .... . . . .. . . . .... . ... . . . . ... .. .... . .... ... .. .. ..........
lowQualScore : 4 00 000 44444444444444 2 00 0 5555 0 6 6 00 6 6 4 5555 0 000 9 9 8 4 999 11 1111 3 0000 888 66 77 9999999999
consensus : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTANTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATA-TTTTTTTAA-T-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATAT--ATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
Reference ( family-875 ) : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTANTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTNAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTNATGTATATCATA-TTTTTTTAA-T-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATAT--ATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
gi|140892 : TGCCTAACGATCTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTAAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCCGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACTTATA----TGTACTATTCAGTTATTCAAGGTATAAGATAATTCAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATAA-AATGTTTACATTC----T-TAACAT---TTGATGTATATCATA-TTTTTTTAA-TCTTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATGATTAT----TTTACTT-ACTTATTTATTTTCTTGATTTATTACTGTTATGTTATCATCATCATGATAT--ATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTAAATAAATTTGAATTGAG----------TTGAATTGAAT
gi|140893 : TGCCTAACGATTTGAGGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCTTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTCAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTTTTCATTC----T-TAACAT---TTCATGTATATCATA-TTTTTTTAA-T-TTTTAAAAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAATTAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTA----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATATACATATATGTTGTATTATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGATTTGAT----------TTGATTTGAAT
gi|140894 : TGCCTAACGATCTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCGGGCTAGAGAAAATTTG--AATTTTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACTTATA----TGTACTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTCAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTTTACATTC----T-TAACAT---TTCATGTATATCATA-TTTTTTTAATT-TTTT--AAAAAAATCACAATTCTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATC-----TTTTTAGATGATTACTATGATTAA----TCTACTT-ATTTA----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATCATAT--ATATACGTTGTATAACGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTG
gi|140895 : TGCCTGACGATTTGAAGAAAT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAAA--AA--------------CATTTATGTAGCTCATCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTTAGTTATTCAGTGTATAAGGTAATTAAATG-TTTTTAGTATTGTT-A--CATTTTTACAATT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TAAATGCATATCATA-TTTTTTTAA-A-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATGAGCGCGTTTGCTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATGAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTCATTTT---ATCATCATGATAT--ATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTAAA----------TTGAATTGAAT
gi|140896 : TGCCTAACGATTTGAAAAAAAATAACCAATAAGCAGACTTA-AAACGTGAAG--TTAAAAAAAAA--------------CATTTATGTAGCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTAAGGTTACAAGATAATTCAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATATCTACATTC----T-TAAGAT---TTCATGTATTTC--A-TTTTTTTAA-----AA--AAAAAAAATACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAGTTAT----TTTACTT-CTATAT---TTTTCTTGATTTATTACTGCTATTTT---ATCATCATGATAT--ATATATGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
gi|140897 : TGCCTAACGATTTGAAGAAAT-CGACCAGTAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTAGCTACTGGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTGAGTATATATTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTATAATTATGTATTGTTCGGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATA-TTTTTTAAA-T-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGCTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTCAATTTTTAGATGATTACCATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTT---ATCATCATGATAT--ATATACAT
gi|140898 : TGCCTAAAGATCTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCGGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACT--------NNNNNNNNNNAGTT--------TAT------ATCAAATG----TTTACATTCTTAA--CATTTCA-----T-GTATATCA-TATGT-------------------T---TT-----------TA-TTTT---------TTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCTCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTAGGATTAT----TTTACTT-ACTTATTTATTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATAT--ATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAATagctctaacaacagctatagctga
gi|140899 : TGCCTAAAGATTTAAAGAAAT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAATGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTA-GTCCTCGCAGGCTAAAGAAAATTTA--GGTAT
gi|140900 : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACTAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TT---A---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTAACAAAATTCAA
gi|140901 : AACTAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AAATATTTATGTATCTCATTTATGTATCTCTTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTTATGTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTATTGTAATGTTAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTCAATG---TTTTGTGTTATT-T--TATTTT------T-TTAAATCACAAT
gi|140901 : GTATATGTTGA--AAATA-TTTATTGTAATGTT-AACCACTT--ATATGTATTAT-TCA----GTT---ATTCAGGGTATAAGATAATTCAATGT-T-TTGTG-TTATTTTAT-T-TTTT--TAAA---TCACAATTTTAAGGGAAGGGACCTCGTTGAAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGATTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTT-CTTGATTTA----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATAT--ATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAAGAAAAATAATTTGAATTGAGTtttaagggaagggacctcgttgaaaataagcgcgtttgttgctttaatggattatcccaggttataagatctttaatttttagatgattactataattattttcttgatttattttcttgatttattactgttattttatcatcatcatgatatatatgttgtataatgatcttatatacctgaataaatttgaattgaagaaaaataatttgaattgagt
gi|140902 : aactaataagcaaacttttaaacgtgaagttaaaaaaatatttatgtatctcatttatgtatctcttcgcaggctagagaaaatttgaatattttatgtttaaAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAGCCTTAAAA---AA--------------CATGTATGTAGCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAGTTTTTAAGTTTGTGTTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTAAA----TGTATAATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TGTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATATTTTTTTTAA-T-TTTT--TAAAAAATCACAATTTTA
gi|140903 : TGTTGAAAATATATCTTGTATTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATGCAGGGTATAAGATAATTAAATGTTTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTACA
gi|140904 : AGGTACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGCTGCTTAAATGGGTTATCCCAGATTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTTTAATTAT----TTTACTT-ATCTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTT---ATCATCATGATAT--ATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGGATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAA
gi|140905 : caaggtaaaacaaatacaatagtgttatgtattttcaatgatgtcccttttttcaaaagatttagaaatatacatgcttaaatttataactacattttcatctttactactAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCTGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTAATT-ATTTAT---TTT--TTGATTTATTACTATTATTTTATCATCATCATGATAT--ATGT--GTTATATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAACTGAA----------TTGAATT
gi|140906 : AAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTAGCTGATTTAATGGG
gi|140907 : ATGGGTTATCCCAGGTTAAAAGTTCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTA----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATAT--ATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
gi|140908 : ATCCCAGGTAATAAGATATTTAATTTTTAGATGATGACTATAATTATTTCATTTATTT-ATTTAT---TTTTCTTGA-TTATTACTGTTATTTT---ATCATCATGATAT--ATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTCAATTGAAT
Alignments
lowQualScore : 111 22222222222222 111 1111 111 22 1111111111
lowQualScore : 4 55 000 11111111111111 4 55 1 8888 1 3 3 55 3 3 1 8888 4 777 4 0 0 4 000 66 7777 3 9999 222 44 00 5555555555
lowQualScore : . .. ... .............. . .. . .... . . . .. . . . .... . ... . . . . ... .. .... . .... ... .. .. ..........
lowQualScore : 4 00 000 44444444444444 2 00 0 5555 9 6 6 00 6 6 4 5555 0 000 6 9 8 4 999 11 1111 3 0000 888 66 77 9999999999
consensus : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTANTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATA-TTTTTTTAA-T-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATAT--ATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
Reference ( family-875 ) : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTANTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATA-TTTTTTTAA-T-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATAT--ATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
gi|140892 : TGCCTAACGATCTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTAAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCCGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACTTATA----TGTACTATTCAGTTATTCAAGGTATAAGATAATTCAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATAA-AATGTTTACATTC----T-TAACAT---TTGATGTATATCATA-TTTTTTTAA-TCTTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATGATTAT----TTTACTT-ACTTATTTATTTTCTTGATTTATTACTGTTATGTTATCATCATCATGATAT--ATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTAAATAAATTTGAATTGAG----------TTGAATTGAAT
gi|140893 : TGCCTAACGATTTGAGGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCTTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTCAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTTTTCATTC----T-TAACAT---TTCATGTATATCATA-TTTTTTTAA-T-TTTTAAAAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAATTAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTA----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATATACATATATGTTGTATTATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGATTTGAT----------TTGATTTGAAT
gi|140894 : TGCCTAACGATCTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCGGGCTAGAGAAAATTTG--AATTTTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACTTATA----TGTACTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTCAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTTTACATTC----T-TAACAT---TTCATGTATATCATA-TTTTTTTAATT-TTTT--AAAAAAATCACAATTCTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATC-----TTTTTAGATGATTACTATGATTAA----TCTACTT-ATTTA----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATCATAT--ATATACGTTGTATAACGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTG
gi|140895 : TGCCTGACGATTTGAAGAAAT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAAA--AA--------------CATTTATGTAGCTCATCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTTAGTTATTCAGTGTATAAGGTAATTAAATG-TTTTTAGTATTGTT-A--CATTTTTACAATT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TAAATGCATATCATA-TTTTTTTAA-A-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATGAGCGCGTTTGCTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATGAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTCATTTT---ATCATCATGATAT--ATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTAAA----------TTGAATTGAAT
gi|140896 : TGCCTAACGATTTGAAAAAAAATAACCAATAAGCAGACTTA-AAACGTGAAG--TTAAAAAAAAA--------------CATTTATGTAGCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTAAGGTTACAAGATAATTCAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATATCTACATTC----T-TAAGAT---TTCATGTATTTC--A-TTTTTTTAA-----AA--AAAAAAAATACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAGTTAT----TTTACTT-CTATAT---TTTTCTTGATTTATTACTGCTATTTT---ATCATCATGATAT--ATATATGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
gi|140897 : TGCCTAACGATTTGAAGAAAT-CGACCAGTAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTAGCTACTGGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTGAGTATATATTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTATAATTATGTATTGTTCGGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATA-TTTTTTAAA-T-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGCTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTCAATTTTTAGATGATTACCATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTT---ATCATCATGATAT--ATATACAT
gi|140898 : TGCCTAAAGATCTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCGGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACT--------NNNNNNNNNNAGTT--------TAT------ATCAAATG----TTTACATTCTTAA--CATTTCA-----T-GTATATCA-TATGT-------------------T---TT-----------TA-TTTT---------TTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCTCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTAGGATTAT----TTTACTT-ACTTATTTATTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATAT--ATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAATagctctaacaacagctatagctga
gi|140899 : TGCCTAAAGATTTAAAGAAAT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAATGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTA-GTCCTCGCAGGCTAAAGAAAATTTA--GGTAT
gi|140900 : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACTAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TT---A---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTAACAAAATTCAA
gi|140901 : AACTAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AAATATTTATGTATCTCATTTATGTATCTCTTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTTATGTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTATTGTAATGTTAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTCAATG---TTTTGTGTTATT-T--TATTTT------T-TTAAATCACAAT
gi|140901 : GTATATGTTGA--AAATA-TTTATTGTAATGTT-AACCACTT--ATATGTATTAT-TCA----GTT---ATTCAGGGTATAAGATAATTCAATGT-T-TTGTG-TTATTTTAT-T-TTTT--TAAA---TCACAATTTTAAGGGAAGGGACCTCGTTGAAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGATTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTT-CTTGATTTA----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATAT--ATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAAGAAAAATAATTTGAATTGAGTtttaagggaagggacctcgttgaaaataagcgcgtttgttgctttaatggattatcccaggttataagatctttaatttttagatgattactataattattttcttgatttattttcttgatttattactgttattttatcatcatcatgatatatatgttgtataatgatcttatatacctgaataaatttgaattgaagaaaaataatttgaattgagt
gi|140902 : aactaataagcaaacttttaaacgtgaagttaaaaaaatatttatgtatctcatttatgtatctcttcgcaggctagagaaaatttgaatattttatgtttaaAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAGCCTTAAAA---AA--------------CATGTATGTAGCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAGTTTTTAAGTTTGTGTTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTAAA----TGTATAATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TGTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATATTTTTTTTAA-T-TTTT--TAAAAAATCACAATTTTA
gi|140903 : TGTTGAAAATATATCTTGTATTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATGCAGGGTATAAGATAATTAAATGTTTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTACA
gi|140904 : AGGTACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGCTGCTTAAATGGGTTATCCCAGATTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTTTAATTAT----TTTACTT-ATCTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTT---ATCATCATGATAT--ATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGGATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAA
gi|140905 : caaggtaaaacaaatacaatagtgttatgtattttcaatgatgtcccttttttcaaaagatttagaaatatacatgcttaaatttataactacattttcatctttactactAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCTGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTAATT-ATTTAT---TTT--TTGATTTATTACTATTATTTTATCATCATCATGATAT--ATGT--GTTATATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAACTGAA----------TTGAATT
gi|140906 : AAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTAGCTGATTTAATGGG
gi|140907 : ATGGGTTATCCCAGGTTAAAAGTTCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTA----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATAT--ATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
gi|140908 : ATCCCAGGTAATAAGATATTTAATTTTTAGATGATGACTATAATTATTTCATTTATTT-ATTTAT---TTTTCTTGA-TTATTACTGTTATTTT---ATCATCATGATAT--ATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTCAATTGAAT
blockSeqs : A CC AAA ATATTTATGTATCT T AC A ATTA C T A AC A C T AGGG A AAT C T TT AA TTCA G TTTA ATC AC AT GAAAAATAAT
blockSeqs : . . A . T . A . C . . . . . T . . . C . T . . . T ATC . AC .
blockSeqs : . . . . G . T . A . . . . . C . . . A . A . . . T ATC . AT .
blockSeqs : . . . . G . T . C . . . . . C . . . C . T . . . T ATC . AC .
blockSeqs : . . . . G . T . A . . . . . C . . . A . T . . . T ATC . AC .
blockSeqs : . . . . T . A . A . . . . . T . . . A . T . . . T ATC . . .
blockSeqs : . . . . T . A . C . . . . . C . . . A . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . T . T . A . . . . . C . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : T** T*** **
originalCons : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTANTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATA-TTTTTTTAA-T-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATAT--ATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
finalCons : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTANTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATA-TTTTTTTAAT--TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATAT--ATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
Alignments
lowQualScore : 111 22222222222222 111 1111 11 1111111111
lowQualScore : 4 55 000 11111111111111 4 55 1 8888 1 3 3 55 3 3 1 8888 4 777 4 0 0 4 000 66 7777 3 4444 7 7777 33 5555555555
lowQualScore : . .. ... .............. . .. . .... . . . .. . . . .... . ... . . . . ... .. .... . .... . .... .. ..........
lowQualScore : 4 00 000 44444444444444 2 00 0 5555 9 6 6 00 6 6 4 5555 0 000 6 9 8 4 999 11 1111 3 9999 3 1111 88 9999999999
consensus : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTANTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATA-TTTTTTTAA-T-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGAT----ATATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
Reference ( family-875 ) : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTANTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATA-TTTTTTTAA-T-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGAT----ATATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
gi|140892 : TGCCTAACGATCTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTAAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCCGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACTTATA----TGTACTATTCAGTTATTCAAGGTATAAGATAATTCAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATAA-AATGTTTACATTC----T-TAACAT---TTGATGTATATCATA-TTTTTTTAA-TCTTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATGATTAT----TTTACTT-ACTTATTTATTTTCTTGATTTATTACTGTTATGTTATCATCATCATGAT----ATATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTAAATAAATTTGAATTGAG----------TTGAATTGAAT
gi|140893 : TGCCTAACGATTTGAGGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCTTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTCAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTTTTCATTC----T-TAACAT---TTCATGTATATCATA-TTTTTTTAA-T-TTTTAAAAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAATTAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTA----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGATATACATATAT--GTTGTATTATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGATTTGAT----------TTGATTTGAAT
gi|140894 : TGCCTAACGATCTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCGGGCTAGAGAAAATTTG--AATTTTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACTTATA----TGTACTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTCAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTTTACATTC----T-TAACAT---TTCATGTATATCATA-TTTTTTTAATT-TTTT--AAAAAAATCACAATTCTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATC-----TTTTTAGATGATTACTATGATTAA----TCTACTT-ATTTA----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATCAT----ATATATACGTTGTATAACGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTG
gi|140895 : TGCCTGACGATTTGAAGAAAT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAAA--AA--------------CATTTATGTAGCTCATCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTTAGTTATTCAGTGTATAAGGTAATTAAATG-TTTTTAGTATTGTT-A--CATTTTTACAATT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TAAATGCATATCATA-TTTTTTTAA-A-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATGAGCGCGTTTGCTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATGAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTCATTTT---ATCATCATGAT----ATATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTAAA----------TTGAATTGAAT
gi|140896 : TGCCTAACGATTTGAAAAAAAATAACCAATAAGCAGACTTA-AAACGTGAAG--TTAAAAAAAAA--------------CATTTATGTAGCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTAAGGTTACAAGATAATTCAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATATCTACATTC----T-TAAGAT---TTCATGTATTTC--A-TTTTTTTAA-----AA--AAAAAAAATACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAGTTAT----TTTACTT-CTATAT---TTTTCTTGATTTATTACTGCTATTTTATCATCATGAT-AT----ATATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
gi|140897 : TGCCTAACGATTTGAAGAAAT-CGACCAGTAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTAGCTACTGGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTGAGTATATATTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTATAATTATGTATTGTTCGGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATA-TTTTTTAAA-T-TTTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGCTGCTTTAATGGGTTATCCCAGGTTATAAGATCTTCAATTTTTAGATGATTACCATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTT---ATCATCATGAT----ATATAT--
gi|140898 : TGCCTAAAGATCTGAAGAAGT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCGGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAATTTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTCTTGTAATGTGAACCACT--------NNNNNNNNNNAGTT--------TAT------ATCAAATG----TTTACATTCTTAA--CATTTCA-----T-GTATATCA-TATGT-------------------T---TT-----------TA-TTTT---------TTT--AAAAAAATCACAATTTTAAGGGAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCTCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTAGGATTAT----TTTACTT-ACTTATTTATTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGAT----ATATATACGTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAATacatagctctaacaacagctatagctga
gi|140899 : TGCCTAAAGATTTAAAGAAAT-TAACCAATAAGCAAACTTTTAAATGTGAAG--TTAAAA---AA--------------CATTTATGTA-GTCCTCGCAGGCTAAAGAAAATTTA--GGTAT
gi|140900 : TGCCTAACGATTTGAAGAAGT-TAACTAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TT---A---AA--------------CATTTATGTATCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTAACAAAATTCAA
gi|140901 : AACTAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAG--TTAAAA---AAATATTTATGTATCTCATTTATGTATCTCTTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTTATGTTTAAGTATATGTTGAAAATATTTATTGTAATGTTAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTCAATG---TTTTGTGTTATT-T--TATTTT------T-TTAAATCACAAT
gi|140901 : GTATATGTTGA--AAATA-TTTATTGTAATGTT-AACCACTT--ATATGTATTAT-TCA----GTT---ATTCAGGGTATAAGATAATTCAATGT-T-TTGTG-TTATTTTAT-T-TTTT--TAAA---TCACAATTTTAAGGGAAGGGACCTCGTTGAAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGATTATCCCAGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTT-CTTGATTTA----TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGAT----ATATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAAGAAAAATAATTTGAATTGAGTtttaagggaagggacctcgttgaaaataagcgcgtttgttgctttaatggattatcccaggttataagatctttaatttttagatgattactataattattttcttgatttattttcttgatttattactgttattttatcatcatcatgatatatatgttgtataatgatcttatatacctgaataaatttgaattgaagaaaaataatttgaattgagt
gi|140902 : aactaataagcaaacttttaaacgtgaagttaaaaaaatatttatgtatctcatttatgtatctcttcgcaggctagagaaaatttgaatattttatgtttaaAACCAATAAGCAAACTTTTAAACGTGAAGCCTTAAAA---AA--------------CATGTATGTAGCTCCTCGCAGGCTAGAGAAAATTTG--AATATTTAGTTTTTAAGTTTGTGTTGAAAATATTTCTTGTATTGTGAACCACTTAAA----TGTATAATTCAGTTATTCAGGGTATAAGATAATTAAATG-TGTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTATATCATATTTTTTTTAA-T-TTTT--TAAAAAATCACAATTTTA
gi|140903 : TGTTGAAAATATATCTTGTATTGTGAACCACTTATA----TGTATTATTCAGTTATGCAGGGTATAAGATAATTAAATGTTTTTTTGTATTGTT-A--CATTTTAACAAGT-TTATATCA-AATGTCTACATTC----T-TAAGAT---TTAATGTACA
gi|140904 : AGGTACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGCTGCTTAAATGGGTTATCCCAGATTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTTTAATTAT----TTTACTT-ATCTAT---TTTTCTTGATTTATTACTGTTATTTT---ATCATCATGAT----ATATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGGATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAA
gi|140905 : caaggtaaaacaaatacaatagtgttatgtattttcaatgatgtcccttttttcaaaagatttagaaatatacatgcttaaatttataactacattttcatctttactactAAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTTGTTGCTTTAATGGGTTATCCCTGGTTATAAGATCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTAATT-ATTTAT---TTT--TTGATTTATTACTATTATTTTATCATCATCATGAT----ATATGT--GTTATATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAACTGAA----------TTGAATT
gi|140906 : AAGGGACCCCGTTGGAAATAAGCGCGTTAGCTGATTTAATGGG
gi|140907 : ATGGGTTATCCCAGGTTAAAAGTTCTTTAATTTTTAGATGATTACTATAATTAT----TTTACTT-ATTTAT---TTT-CTTGATTTATTACTGTTATTTTATCATCATCATGAT----ATATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTGAATTGAAT
gi|140908 : ATCCCAGGTAATAAGATATTTAATTTTTAGATGATGACTATAATTATTTCATTTATTT-ATTTAT---TTTTCTTGA-TTATTACTGTTATTTT---ATCATCATGAT----ATATAT--GTTGTATAATGATCTTATATACCTGAATAAATTTGAATTGAA----------TTCAATTGAAT