lowQualScore                  :                         2222222222        33333333333333333           11111111111111             11     11             111           111  1111               11                                                                 
lowQualScore                  :    7   5    2         0 0000000000        33333333333333333 66666     44444444444444         2   00 7   55       0     111   88 5555 111  6666 44    888     00 3  77777      3      0     3     4 8888    4              6     
lowQualScore                  :    .   .    .         . ..........        ................. .....     ..............         .   .. .   ..       .     ...   .. .... ...  .... ..    ...     .. .  .....      .      .     .     . ....    .              .     
lowQualScore                  :    2   3    5         6 3333333333        11111111111111111 22222     77777777777777         5   33 5   99       4     999   55 6666 555  5555 22    222     33 3  77777      3      5     6     1 5555    4              5     
consensus                     : TCAAAAC-AAAA-TTACTCAACCG---------CGACAAGGG-----------------G-----TCATA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT---AT--ACGGNATGGAAATAA-TA--A--ATCGCA-ATAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAANTGTTT
Reference ( gi|24005 )        : TCATAAC-AAAA-TTACTCAACCG---------GGATAAGGG-----------------G-----TCATA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGATCATAACTTACA--CA---T---GT---AT--ACGGAATGGAAATGA-TA--A--ATTGCA-ATAAACATTATT-ACATGTA----ACTT-TATTTTGATAAGAAATGTTT
gi|24006                      : TCATAAC-AAAA-TTACTCAACCG---------GGATAAGGG-----------------G-----GCATA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGATCATAATTTACA--CA---T---GT---AT--ACGGAATGGAAATAA-TA--A--ATTGCA-ATAAACATTATT-ACAGGAA----ACTT-TATTTCGAAAAGAAATGTTT
gi|24007                      : TCATAAC-AAAA-TTACTCAACCG---------GGATAAGGG-----------------G-----TCATA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGATCATAATTTACA--CA---T---G-----T--ACGGAATGGAAATAA-TA--A--ATTGCA-ATAAAGATTATA-ACATGCA----AC-T-TATTTTGGTAAGAAGTGCTT
gi|24008                      : TCATAAC-AAA--TTACTCATCCG---------CGATAAAGC-----------------G-----TCATA--------------AAGTCACAA-TCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTTACA--CA---T---GT---AT--ACGGAATGGAAATAA-TA--A--ATTGCA-AGAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAAACGTTT
gi|24010                      : TCAAAAC-AAA-----CACAAATG---------CGATAAGGG-----------------G-----TCATA--------------TTGTTACAA-TCC--C-CATTTTTTATGACCATAATTAACA--AG---TGTCGT---AT--ACGGTATGGAAAAAATTA--C--ATTGTA-GTAAACAATATT-ATATGCA----GCTA-TA
gi|24011                      : TCAAAAG-AAAT-TTACTCAACTG---------CGACAAGAG-----------------G-----CCATA--------------AAGTCACAA-CCC--CTCAA-TTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT----T--ATCAA---GGAATTA-TA--T--ATCACATATA-----TATC-ACATATA----CGTTGTACATTGATGAGA
gi|24009                      : TCAAAAG-AAAA-TTACTCAACTG---------CGACAAGGG-----------------G-----TCATA--------------AAGGCACAA-CCC--CTCAA-TTTTATGACCATAATTAAC
gi|24012                      : TCAAAAG-AAAA-TTACTTAACTG---------CGACAAGAG-----------------G-----TCATA--------------AAGTAACAA-ACC--C-TCAGTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT----T--ATCAA---GGAATTA-TA--T--ATCAC--ATATACGTTG-T-ACAT
gi|24013                      : TCAAAACTAAAA-TTACTCAACTGCGACAAGGGGGATAAAGG-----------------GGCCCGTCATA--------------AAGTCACAA-CCCCTC-CAG--TTTATGACCTTAA
gi|24014                      :     AAC-AAAAATTACTCAACTG---------CGACAAGTA-----------------G-----TCATT--------------AAGTCACAATCCT--T-CAA-TTTTATGACCACAA--TA-A--CA---T---GTC--ATGCACGACATGGAAA--A-CA--GTTATCACA-ATAAAC-TTATTGATATATATTTTTCTT-TACTTTGGTA
gi|24015                      :     AACTAAAA-TTACTCAACTG---------CGACAAGGG-----------------G-----TCATAAAGGGGCCCGTCATAAGTCACAA-CCCCGC-CAG--TTTATGACCTTAA
gi|24016                      :       C-AAAA-TTACTCAACCG---------CGATAAGGG-----------------G-----TCATA--------------GAGTCACAA-CCC--C-CAATATCTTTAATTATAATTAACATGCG---TC--GT---AT--ACGGTAGAGAAATAA-TA--A--ATTGCA-GTAAACATAATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAATTGTTT
gi|24017                      :       C-AAAA-TTACTCAACAG---------CGATAAGGG-----------------G-----TCATA--------------GAGTCACAA-CCA--C-CAATATTTATAATTATAATTAACA--CG---C---GTCGTAT--ACGGTAGAGAAATAA-TA--A--ATTGCA-GTAAACATAATA-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAATTGTTT
gi|24018                      :       C-AAAA-TAACTCAACCG---------CGATAAGGG-----------------G-----TCATA--------------GAGTCACAA-CCC--C-CAATATTTATAATTATAATTAACATGCG---TC--GT---AT--ACGCTAGAGAAATAA-TA--A--ATTGCA-GTAAACATAATA-ACATGCA----ACGT-TATTTTGATAAGAATTGTTT
gi|24019                      :       C-AAAG-TTCCTCAACCG---------CGATAAGAG-----------------G-----TCATA--------------GAGTCGCAA-CCC--T-TAGTATTTATAATTATAATTAACA--CGCGTC---GT---AT--ACGGTAGAGAAATAA-TA--A--ATTGTA-GTAAACATAATT-ACATGCA----A
gi|24020                      :        -AAAA-TTACTCAACTG---------TGACAAGGGGTCATAAAGGGGCCC--G-----TCATA--------------AAGTCACAA-CCCCTC-CAG--TTTATGACCTTAAGTAACA--CG---T---GTTACGT--ACGGTATGGAAA--A-CAGTA--ATCATA-ATAAAATTTAT
gi|24021                      :           AA-TTACTCAACTG---------CGACAAGGGCTCATAGGGTACTCGGGG-----TCATA--------------AAGTCACAA-CCC--CTCAA-TTTTATGACCATAA-TTA-A--CA---T---GT---GT--





Alignments
lowQualScore                  :                                  33333333333333333    111111111111111  11111111111111                    11                           111  1111                                                                               
lowQualScore                  :    2   5    2                    00000000000000000    444444444444444  33333333333333         2   99 7   33                   77  555 333  2222     1 2  3      3   44  1   3            3       7777    4              1     
lowQualScore                  :    .   .    .                    .................    ...............  ..............         .   .. .   ..                   ..  ... ...  ....     . .  .      .   ..  .   .            .       ....    .              .     
lowQualScore                  :    6   0    4                    33333333333333333    777777777777777  88888888888888         4   77 1   99                   99  000 666  7777     0 4  1      1   22  1   1            3       7777    0              0     
consensus                     : TCANAAC-AAAA-TTACTCAACCGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT---ATACGGNANGG-AAATAA-TAA--ATCGCA-ATAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAANTGTTT
Reference ( family-874 )      : TCAAAAC-AAAA-TTACTCAACCGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT---ATACGGNATGG-AAATAA-TAA--ATCGCA-ATAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAANTGTTT
gi|24005                      : TCATAAC-AAAA-TTACTCAACCGGGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGATCATAACTTACA--CA---T---GT---ATACGGAATGG-AAATGA-TAA--ATTGCA-ATAAACATTATT-ACATGTA----ACTT-TATTTTGATAAGAAATGTTT
gi|24006                      : TCATAAC-AAAA-TTACTCAACCGGGATAAGGG-----------------GGCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGATCATAATTTACA--CA---T---GT---ATACGGAATGG-AAATAA-TAA--ATTGCA-ATAAACATTATT-ACAGGAA----ACTT-TATTTCGAAAAGAAATGTTT
gi|24007                      : TCATAAC-AAAA-TTACTCAACCGGGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGATCATAATTTACA--CA---T---G-----TACGGAATGG-AAATAA-TAA--ATTGCA-ATAAAGATTATA-ACATGCA----AC-T-TATTTTGGTAAGAAGTGCTT
gi|24008                      : TCATAAC-AAA--TTACTCATCCGCGATAAAGC-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-TCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTTACA--CA---T---GT---ATACGGAATGG-AAATAA-TAA--ATTGCA-AGAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAAACGTTT
gi|24009                      : TCAAAAG-AAAA-TTACTCAACTGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGGCACAA-CCC--CTCAA-TTTTATGACCATAATTAAC
gi|24010                      : TCAAAAC-AAA-----CACAAATGCGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------TTGTTACAA-TCC--C-CATTTTTTATGACCATAATTAACA--AG---TGTCGT---ATACGGTATGG-AAAAAATTAC--ATTGTA-GTAAACAATATT-ATATGCA----GCTA-TA
gi|24011                      : TCAAAAG-AAAT-TTACTCAACTGCGACAAGAG-----------------GCCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--CTCAA-TTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT----TAT--CAAGG--AATTA-TAT--ATCACATATA-----TATC-ACATATA----CGTTGTACATTGATGAGA
gi|24012                      : TCAAAAG-AAAA-TTACTTAACTGCGACAAGAG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTAACAA-ACC--C-TCAGTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT----TAT--CAAGG--AATTA-TAT--ATCAC--ATATACGTTG-T-ACAT
gi|24013                      : TCAAAACTAAAA-TTACTCAACTGCGACAAGGGGGATAAAGGGGCCC---GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCCCTC-CAG--TTTATGACCTTAA
gi|24014                      :     AAC-AAAAATTACTCAACTGCGACAAGTA-----------------GTCA---------------TT--------------AAGTCACAATCCT--T-CAA-TTTTATGACCACAA-TAACA--TG---TC--AT---GCACGACATGG-AA--AA-CAGTTATCACA-ATAAAC-TTATTGATATATATTTTTCTT-TACTTTGGTA
gi|24015                      :     AACTAAAA-TTACTCAACTGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TAAAGGGGCCCGTCATAAGTCACAA-CCCCGC-CAG--TTTATGACCTTAA
gi|24016                      :       C-AAAA-TTACTCAACCGCGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------GAGTCACAA-CCC--C-CAATATCTTTAATTATAATTAACATGCG---TC--GT---ATACGGTAGAG-AAATAA-TAA--ATTGCA-GTAAACATAATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAATTGTTT
gi|24017                      :       C-AAAA-TTACTCAACAGCGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------GAGTCACAA-CCA--C-CAATATTTATAATTATAATTAACA--CG---C---GTCGTATACGGTAGAG-AAATAA-TAA--ATTGCA-GTAAACATAATA-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAATTGTTT
gi|24018                      :       C-AAAA-TAACTCAACCGCGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------GAGTCACAA-CCC--C-CAATATTTATAATTATAATTAACATGCG---TC--GT---ATACGCTAGAG-AAATAA-TAA--ATTGCA-GTAAACATAATA-ACATGCA----ACGT-TATTTTGATAAGAATTGTTT
gi|24019                      :       C-AAAG-TTCCTCAACCGCGATAAGAG-----------------GTCA---------------TA--------------GAGTCGCAA-CCC--T-TAGTATTTATAATTATAATTAACA--CGCGTC---GT---ATACGGTAGAG-AAATAA-TAA--ATTGTA-GTAAACATAATT-ACATGCA----A
gi|24020                      :        -AAAA-TTACTCAACTGTGACAAGGG-----------------GTCATAAAGGGGCCCGTCATA--------------AAGTCACAA-CCCCTC-CAG--TTTATGACCTTAAGTAACA--CG---T---GTTACGTACGGTATGGAAAACAG-T-A--ATCATA-ATAAAATTTAT
gi|24021                      :           AA-TTACTCAACTGCGACAAGGGCTCATAGGGTACTCGGGGTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--CTCAA-TTTTATGACCATAATTAACA--TG---T---GT---





Alignments
lowQualScore                  :                                  33333333333333333    111111111111111  11111111111111                    11                           111  1111                                                                               
lowQualScore                  :    1   5    2                    00000000000000000    444444444444444  33333333333333         2   99 7   33                   77  555 333  2222     1 1  3      3   44  1   3            3       7777    4              1     
lowQualScore                  :    .   .    .                    .................    ...............  ..............         .   .. .   ..                   ..  ... ...  ....     . .  .      .   ..  .   .            .       ....    .              .     
lowQualScore                  :    0   0    4                    33333333333333333    777777777777777  88888888888888         4   77 1   99                   99  000 666  7777     0 0  1      1   22  1   1            3       7777    0              0     
consensus                     : TCANAAC-AAAA-TTACTCAACCGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT---ATACGGNANGG-AAATAA-TAA--ATCGCA-ATAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAANTGTTT
Reference ( family-874 )      : TCANAAC-AAAA-TTACTCAACCGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT---ATACGGNANGG-AAATAA-TAA--ATCGCA-ATAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAANTGTTT
gi|24005                      : TCATAAC-AAAA-TTACTCAACCGGGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGATCATAACTTACA--CA---T---GT---ATACGGAATGG-AAATGA-TAA--ATTGCA-ATAAACATTATT-ACATGTA----ACTT-TATTTTGATAAGAAATGTTT
gi|24006                      : TCATAAC-AAAA-TTACTCAACCGGGATAAGGG-----------------GGCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGATCATAATTTACA--CA---T---GT---ATACGGAATGG-AAATAA-TAA--ATTGCA-ATAAACATTATT-ACAGGAA----ACTT-TATTTCGAAAAGAAATGTTT
gi|24007                      : TCATAAC-AAAA-TTACTCAACCGGGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGATCATAATTTACA--CA---T---G-----TACGGAATGG-AAATAA-TAA--ATTGCA-ATAAAGATTATA-ACATGCA----AC-T-TATTTTGGTAAGAAGTGCTT
gi|24008                      : TCATAAC-AAA--TTACTCATCCGCGATAAAGC-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-TCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTTACA--CA---T---GT---ATACGGAATGG-AAATAA-TAA--ATTGCA-AGAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAAACGTTT
gi|24009                      : TCAAAAG-AAAA-TTACTCAACTGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGGCACAA-CCC--CTCAA-TTTTATGACCATAATTAAC
gi|24010                      : TCAAAAC-AAA-----CACAAATGCGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------TTGTTACAA-TCC--C-CATTTTTTATGACCATAATTAACA--AG---TGTCGT---ATACGGTATGG-AAAAAATTAC--ATTGTA-GTAAACAATATT-ATATGCA----GCTA-TA
gi|24011                      : TCAAAAG-AAAT-TTACTCAACTGCGACAAGAG-----------------GCCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--CTCAA-TTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT----TAT--CAAGG--AATTA-TAT--ATCACATATA-----TATC-ACATATA----CGTTGTACATTGATGAGA
gi|24012                      : TCAAAAG-AAAA-TTACTTAACTGCGACAAGAG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTAACAA-ACC--C-TCAGTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT----TAT--CAAGG--AATTA-TAT--ATCAC--ATATACGTTG-T-ACAT
gi|24013                      : TCAAAACTAAAA-TTACTCAACTGCGACAAGGGGGATAAAGGGGCCC---GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCCCTC-CAG--TTTATGACCTTAA
gi|24014                      :     AAC-AAAAATTACTCAACTGCGACAAGTA-----------------GTCA---------------TT--------------AAGTCACAATCCT--T-CAA-TTTTATGACCACAA-TAACA--TG---TC--AT---GCACGACATGG-AA--AA-CAGTTATCACA-ATAAAC-TTATTGATATATATTTTTCTT-TACTTTGGTA
gi|24015                      :     AACTAAAA-TTACTCAACTGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TAAAGGGGCCCGTCATAAGTCACAA-CCCCGC-CAG--TTTATGACCTTAA
gi|24016                      :       C-AAAA-TTACTCAACCGCGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------GAGTCACAA-CCC--C-CAATATCTTTAATTATAATTAACATGCG---TC--GT---ATACGGTAGAG-AAATAA-TAA--ATTGCA-GTAAACATAATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAATTGTTT
gi|24017                      :       C-AAAA-TTACTCAACAGCGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------GAGTCACAA-CCA--C-CAATATTTATAATTATAATTAACA--CG---C---GTCGTATACGGTAGAG-AAATAA-TAA--ATTGCA-GTAAACATAATA-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAATTGTTT
gi|24018                      :       C-AAAA-TAACTCAACCGCGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------GAGTCACAA-CCC--C-CAATATTTATAATTATAATTAACATGCG---TC--GT---ATACGCTAGAG-AAATAA-TAA--ATTGCA-GTAAACATAATA-ACATGCA----ACGT-TATTTTGATAAGAATTGTTT
gi|24019                      :       C-AAAG-TTCCTCAACCGCGATAAGAG-----------------GTCA---------------TA--------------GAGTCGCAA-CCC--T-TAGTATTTATAATTATAATTAACA--CGCGTC---GT---ATACGGTAGAG-AAATAA-TAA--ATTGTA-GTAAACATAATT-ACATGCA----A
gi|24020                      :        -AAAA-TTACTCAACTGTGACAAGGG-----------------GTCATAAAGGGGCCCGTCATA--------------AAGTCACAA-CCCCTC-CAG--TTTATGACCTTAAGTAACA--CG---T---GTTACGTACGGTATGGAAAACAG-T-A--ATCATA-ATAAAATTTAT
gi|24021                      :           AA-TTACTCAACTGCGACAAGGGCTCATAGGGTACTCGGGGTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--CTCAA-TTTTATGACCATAATTAACA--TG---T---GT---


blockSeqs                     :    T   T    A                    CTCATAGGGTACTCGGG    TAAAGGGGCCCGTCA  AAGGGGCCCGTCAT         T   CT T   TT                   TG  CGT GTC  CGTA     A T  A      T   TT  T   T            G       TTTT    G              A
blockSeqs                     :    T   T    .                    GGATAAAGGGGCCC       .                .                      .   CG T   TT                   TG  .   C    TACG     A T  .      .   .   T   .            .       .       .              G
blockSeqs                     :    T   .    .                    .                    .                .                      .   CT T   TT                   .   .   C    A        A T  .      .   .   T   .            .       .       .              A
blockSeqs                     :    A   .    .                    .                    .                .                      .   .  .   TT                   .   .   C    A        T T  .      .   .   T   .            .       .       .              T
blockSeqs                     :    A   .    .                    .                    .                .                      .   .  .   GT                   .   .   .    A        C A  .      .   .   C   .            .       .       .              T
blockSeqs                     :    A   .    .                    .                    .                .                      .   .  .   TA                   .   .   .    G        C A  .      .   .   C   .            .       .       .              T
blockSeqs                     :    A   .    .                    .                    .                .                      .   .  .   TA                   .   .   .    A        C T  .      .   .   C   .            .       .       .               
blockSeqs                     :    A   .    .                    .                    .                .                      .   .  .   TA                   .   .   .    A        T G  .      .   .   T   .            .       .       .               
blockSeqs                     :        .    .                    .                    .                .                      .   .  .   TA                   .   .   .    A        T G  .      .   .   T   .            .       .       .               
blockSeqs                     :        .    .                    .                    .                .                      .   .  .   T                    .   .   .    .        T G  .      .   .   T   .            .       .                       
blockSeqs                     :        .    .                    .                    .                .                      .   .  .   T                    .   .   .    .        T G  .      .   .   T   .            .                               
blockSeqs                     :        .    .                    .                    .                .                      .   .  .   T                    .   .   .    .        T T  .      .   .   C   .                                            
blockSeqs                     :        .    .                    .                    .                .                      .   .  .   T                    .   .   .                                                                                  
blockSeqs                     :        .    .                    .                    .                .                      .   .  .   .                                                                                                               
blockSeqs                     :        .    .                    .                    .                .                      .   .  .   .                                                                                                               
blockSeqs                     :             .                    .                    .                .                      .   .  .   .                                                                                                               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TCANAAC-AAAA-TTACTCAACCGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT---ATACGGNANGG-AAATAA-TAA--ATCGCA-ATAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAANTGTTT
finalCons                     : TCANAAC-AAAA-TTACTCAACCGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT---ATACGGNANGG-AAATAA-TAA--ATCGCA-ATAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAANTGTTT





Alignments
lowQualScore                  :                                  33333333333333333    111111111111111  11111111111111                    11                           111  1111                                                                               
lowQualScore                  :    1   5    2                    00000000000000000    444444444444444  33333333333333         2   99 7   33                   77  555 333  2222     1 1  3      3   44  1   3            3       7777    4              1     
lowQualScore                  :    .   .    .                    .................    ...............  ..............         .   .. .   ..                   ..  ... ...  ....     . .  .      .   ..  .   .            .       ....    .              .     
lowQualScore                  :    0   0    4                    33333333333333333    777777777777777  88888888888888         4   77 1   99                   99  000 666  7777     0 0  1      1   22  1   1            3       7777    0              0     
consensus                     : TCANAAC-AAAA-TTACTCAACCGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT---ATACGGNANGG-AAATAA-TAA--ATCGCA-ATAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAANTGTTT
Reference ( family-874 )      : TCANAAC-AAAA-TTACTCAACCGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT---ATACGGNANGG-AAATAA-TAA--ATCGCA-ATAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAANTGTTT
gi|24005                      : TCATAAC-AAAA-TTACTCAACCGGGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGATCATAACTTACA--CA---T---GT---ATACGGAATGG-AAATGA-TAA--ATTGCA-ATAAACATTATT-ACATGTA----ACTT-TATTTTGATAAGAAATGTTT
gi|24006                      : TCATAAC-AAAA-TTACTCAACCGGGATAAGGG-----------------GGCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGATCATAATTTACA--CA---T---GT---ATACGGAATGG-AAATAA-TAA--ATTGCA-ATAAACATTATT-ACAGGAA----ACTT-TATTTCGAAAAGAAATGTTT
gi|24007                      : TCATAAC-AAAA-TTACTCAACCGGGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--C-CAATTTTTATGATCATAATTTACA--CA---T---G-----TACGGAATGG-AAATAA-TAA--ATTGCA-ATAAAGATTATA-ACATGCA----AC-T-TATTTTGGTAAGAAGTGCTT
gi|24008                      : TCATAAC-AAA--TTACTCATCCGCGATAAAGC-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-TCC--C-CAATTTTTATGACCATAATTTACA--CA---T---GT---ATACGGAATGG-AAATAA-TAA--ATTGCA-AGAAACATTATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAAACGTTT
gi|24009                      : TCAAAAG-AAAA-TTACTCAACTGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGGCACAA-CCC--CTCAA-TTTTATGACCATAATTAAC
gi|24010                      : TCAAAAC-AAA-----CACAAATGCGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------TTGTTACAA-TCC--C-CATTTTTTATGACCATAATTAACA--AG---TGTCGT---ATACGGTATGG-AAAAAATTAC--ATTGTA-GTAAACAATATT-ATATGCA----GCTA-TA
gi|24011                      : TCAAAAG-AAAT-TTACTCAACTGCGACAAGAG-----------------GCCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--CTCAA-TTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT----TAT--CAAGG--AATTA-TAT--ATCACATATA-----TATC-ACATATA----CGTTGTACATTGATGAGA
gi|24012                      : TCAAAAG-AAAA-TTACTTAACTGCGACAAGAG-----------------GTCA---------------TA--------------AAGTAACAA-ACC--C-TCAGTTTTATGACCATAATTAACA--CG---T---GT----TAT--CAAGG--AATTA-TAT--ATCAC--ATATACGTTG-T-ACAT
gi|24013                      : TCAAAACTAAAA-TTACTCAACTGCGACAAGGGGGATAAAGGGGCCC---GTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCCCTC-CAG--TTTATGACCTTAA
gi|24014                      :     AAC-AAAAATTACTCAACTGCGACAAGTA-----------------GTCA---------------TT--------------AAGTCACAATCCT--T-CAA-TTTTATGACCACAA-TAACA--TG---TC--AT---GCACGACATGG-AA--AA-CAGTTATCACA-ATAAAC-TTATTGATATATATTTTTCTT-TACTTTGGTA
gi|24015                      :     AACTAAAA-TTACTCAACTGCGACAAGGG-----------------GTCA---------------TAAAGGGGCCCGTCATAAGTCACAA-CCCCGC-CAG--TTTATGACCTTAA
gi|24016                      :       C-AAAA-TTACTCAACCGCGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------GAGTCACAA-CCC--C-CAATATCTTTAATTATAATTAACATGCG---TC--GT---ATACGGTAGAG-AAATAA-TAA--ATTGCA-GTAAACATAATT-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAATTGTTT
gi|24017                      :       C-AAAA-TTACTCAACAGCGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------GAGTCACAA-CCA--C-CAATATTTATAATTATAATTAACA--CG---C---GTCGTATACGGTAGAG-AAATAA-TAA--ATTGCA-GTAAACATAATA-ACATGCA----ACTT-TATTTTGATAAGAATTGTTT
gi|24018                      :       C-AAAA-TAACTCAACCGCGATAAGGG-----------------GTCA---------------TA--------------GAGTCACAA-CCC--C-CAATATTTATAATTATAATTAACATGCG---TC--GT---ATACGCTAGAG-AAATAA-TAA--ATTGCA-GTAAACATAATA-ACATGCA----ACGT-TATTTTGATAAGAATTGTTT
gi|24019                      :       C-AAAG-TTCCTCAACCGCGATAAGAG-----------------GTCA---------------TA--------------GAGTCGCAA-CCC--T-TAGTATTTATAATTATAATTAACA--CGCGTC---GT---ATACGGTAGAG-AAATAA-TAA--ATTGTA-GTAAACATAATT-ACATGCA----A
gi|24020                      :        -AAAA-TTACTCAACTGTGACAAGGG-----------------GTCATAAAGGGGCCCGTCATA--------------AAGTCACAA-CCCCTC-CAG--TTTATGACCTTAAGTAACA--CG---T---GTTACGTACGGTATGGAAAACAG-T-A--ATCATA-ATAAAATTTAT
gi|24021                      :           AA-TTACTCAACTGCGACAAGGGCTCATAGGGTACTCGGGGTCA---------------TA--------------AAGTCACAA-CCC--CTCAA-TTTTATGACCATAATTAACA--TG---T---GT---