lowQualScore : 11111 11111111
lowQualScore : 22222 2 33 2 2 2 0 5555 77 777777 44444444 444 2 55
lowQualScore : ..... . .. . . . . .... .. ...... ........ ... . ..
lowQualScore : 33333 7 77 7 5 5 2 3333 22 222222 55555555 444 5 99
consensus : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTCGTTGATGTCATTTCAAA
Reference ( gi|39346 ) : GTTGAAAAAT----GA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-AC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTTGTTGATGTCATTTCAAA
gi|39347 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATTAAT-GC------CG------A-TGGTTGTACT---AG-CTTCATTTATGTCATTTCAAA
gi|39348 : GTTGAAAAAT----AA-GGTAA--A-TCTGAATGAAC-A-TGG----TATCAATCAT------CC------A-TGGTTGTACT---AG-CTTAATTGATGTCATTTCAAA
gi|39349 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--G-TTTAG-TAAAATA-TTA----TACCAAT-CC------TT------A-TGGTTGTACT---AG-CTTTGTTGATTTTATTTGAAA
gi|39352 : GTTGGAAAAT----CA-AGTAA--A-TTTAGGTGAAA-A-TTA----TGTCACT-AC------AT------C-TGGTTGTGCTGACAGACTATGTAGATGTCATTTCAAA
gi|39353 : GTTGAAAAAT----AA-AGCAA--A-TTTTGTTTAAA---TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTT-TATT---AG-CTTCGCTGATATCATATCAAA
gi|39350 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TCTGGCAGAAA-A-TTC----TATCAAT-GC------CA------G-TAATTGTACC---AG-CTTCATTTATGTCATTTTGAA
gi|39351 : GTTGAAATAT----AA-AGTAA--A-TTTTGGTAAAA-AGTTACAAATATCAAT-GC------CT------A-TGGTTGTAGT---AG-CTTTGTTGATAAAATTTTAAA
gi|39354 : GTTGAAAAAT----AA-TGTAA--A-TTTGAGTGAAA-A-TAA----TATCAAC-GC------AT------A-TGGTTGCACT---AG-TTTCCTTGCTATCCTATCAAA
gi|39356 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGAGTGAAA-A---A----AACCAAT-GC------CTATACCAG-TAGTTGTATT---AA-CTTAAATGAAGTCATTTCAA
gi|39355 : GTTGAAAAAT----AA-TGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TTCCAAT-GCTAAAGACT------GAAGGTTGTACG---AT-CTTCATTTATGTAATTTCCAA
gi|39358 : TTAAGAAAT----AA-AGTAA--T-TTTGGGTGAAC-A-TTA----TACCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CCTCATTGATGCCATTTCAAA
gi|39357 : TTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGATGAAA-A-TTA----T----AT-GC------CG------T-TGGTTGTACT---AG-CTCTGTTGATGTCATTTC
gi|39359 : TTGAAAAATTATAAA-AAAAATCA-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------A-TGACTGTACT---AG-CTTC-T--ATGTAATTTCAAA
gi|39360 : TTGTAAATT----AA-AGTAA--A-TTTCAGTAAAA-A-T--------------GC------CT------------TGTACT---AG-CTTTGTTGATGTTATTTCAAA
gi|39361 : AAAT----AAGAGTAA--AATTTGGGTGAAA-A-TTA----TGTCATT-GC------CT------T-TGGTTGTGCT---GG-CTTCTTTGATGTC-TTTCAAA
gi|39362 : GTGAAA-A-TGA----TATCAAT-GC------CT------A-AGGTTGTACA---AG-CTCCACTGATGTCATTTCAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 5555 2 33 2 2 2 5555 2 666666 33333333 444 2 2
lowQualScore : .... . .. . . . .... . ...... ........ ... . .
lowQualScore : 3333 5 44 5 4 4 0000 4 888888 11111111 111 4 5
consensus : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTCGTTGATGTCATTTCAAA
Reference ( family-869 ) : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTCGTTGATGTCATTTCAAA
gi|39346 : GTTGAAAAAT----GA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-AC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTTGTTGATGTCATTTCAAA
gi|39347 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATTAAT-GC------CG------A-TGGTTGTACT---AG-CTTCATTTATGTCATTTCAAA
gi|39348 : GTTGAAAAAT----AA-GGTAA--A-TCTGAATGAAC-A-TGG----TATCAATCAT------CC------A-TGGTTGTACT---AG-CTTAATTGATGTCATTTCAAA
gi|39349 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--G-TTT-AGTAAAATA-TTA----TACCAAT-CC------TT------A-TGGTTGTACT---AG-CTTTGTTGATTTTATTTGAAA
gi|39350 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TCTGGCAGAAA-A-TTC----TATCAAT-GC------CA------G-TAATTGTACC---AG-CTTCATTTATGTCATTTTGAA
gi|39351 : GTTGAAATAT----AA-AGTAA--A-TTTTGGTAAAA-AGTTACAAATATCAAT-GC------CT------A-TGGTTGTAGT---AG-CTTTGTTGATAAAATTTTAAA
gi|39352 : GTTGGAAAAT----CA-AGTAA--A-TTTAGGTGAAA-A-TTA----TGTCACT-AC------AT------C-TGGTTGTGCTGACAGACTATGTAGATGTCATTTCAAA
gi|39353 : GTTGAAAAAT----AA-AGCAA--A-TTTTGTTTAAA---TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTT-TATT---AG-CTTCGCTGATATCATATCAAA
gi|39354 : GTTGAAAAAT----AA-TGTAA--A-TTTGAGTGAAA-A-TAA----TATCAAC-GC------AT------A-TGGTTGCACT---AG-TTTCCTTGCTATCCTATCAAA
gi|39355 : GTTGAAAAAT----AA-TGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TTCCAAT-GCTAAAGACT------GAAGGTTGTACG---AT-CTTCATTTATGTAATTTCCAA
gi|39356 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGAGTGAAA-A---A----AACCAAT-GC------CTATACCAG-TAGTTGTATT---AA-CTTAAATGAAGTCATTTCAA
gi|39357 : TTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGATGAAA-A-TTA----T----AT-GC------CG------T-TGGTTGTACT---AG-CTCTGTTGATGTCATTTC
gi|39358 : TTAAGAAAT----AA-AGTAA--T-TTTGGGTGAAC-A-TTA----TACCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CCTCATTGATGCCATTTCAAA
gi|39359 : TTGAAAAATTATAAA-AAAAATCA-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------A-TGACTGTACT---AG-CTTC-T--ATGTAATTTCAAA
gi|39360 : TTGTAAATT----AA-AGTAA--A-TTTCAGTAAAA-A-T--------------GC------CT------------TGTACT---AG-CTTTGTTGATGTTATTTCAAA
gi|39361 : AAAT----AAGAGTAA--AATTTGGGTGAAA-A-TTA----TGTCATT-GC------CT------T-TGGTTGTGCT---GG-CTTCTTTGATGTC-TTTCAAA
gi|39362 : GTGAAA-A-TGA----TATCAAT-GC------CT------A-AGGTTGTACA---AG-CTCCACTGATGTCATTTCAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 5555 2 33 2 2 2 5555 2 666666 33333333 444 2 2
lowQualScore : .... . .. . . . .... . ...... ........ ... . .
lowQualScore : 3333 5 44 5 4 4 0000 4 888888 11111111 111 4 5
consensus : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTCGTTGATGTCATTTCAAA
Reference ( family-869 ) : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTCGTTGATGTCATTTCAAA
gi|39346 : GTTGAAAAAT----GA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-AC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTTGTTGATGTCATTTCAAA
gi|39347 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATTAAT-GC------CG------A-TGGTTGTACT---AG-CTTCATTTATGTCATTTCAAA
gi|39348 : GTTGAAAAAT----AA-GGTAA--A-TCTGAATGAAC-A-TGG----TATCAATCAT------CC------A-TGGTTGTACT---AG-CTTAATTGATGTCATTTCAAA
gi|39349 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--G-TTT-AGTAAAATA-TTA----TACCAAT-CC------TT------A-TGGTTGTACT---AG-CTTTGTTGATTTTATTTGAAA
gi|39350 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TCTGGCAGAAA-A-TTC----TATCAAT-GC------CA------G-TAATTGTACC---AG-CTTCATTTATGTCATTTTGAA
gi|39351 : GTTGAAATAT----AA-AGTAA--A-TTTTGGTAAAA-AGTTACAAATATCAAT-GC------CT------A-TGGTTGTAGT---AG-CTTTGTTGATAAAATTTTAAA
gi|39352 : GTTGGAAAAT----CA-AGTAA--A-TTTAGGTGAAA-A-TTA----TGTCACT-AC------AT------C-TGGTTGTGCTGACAGACTATGTAGATGTCATTTCAAA
gi|39353 : GTTGAAAAAT----AA-AGCAA--A-TTTTGTTTAAA---TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTT-TATT---AG-CTTCGCTGATATCATATCAAA
gi|39354 : GTTGAAAAAT----AA-TGTAA--A-TTTGAGTGAAA-A-TAA----TATCAAC-GC------AT------A-TGGTTGCACT---AG-TTTCCTTGCTATCCTATCAAA
gi|39355 : GTTGAAAAAT----AA-TGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TTCCAAT-GCTAAAGACT------GAAGGTTGTACG---AT-CTTCATTTATGTAATTTCCAA
gi|39356 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGAGTGAAA-A---A----AACCAAT-GC------CTATACCAG-TAGTTGTATT---AA-CTTAAATGAAGTCATTTCAA
gi|39357 : TTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGATGAAA-A-TTA----T----AT-GC------CG------T-TGGTTGTACT---AG-CTCTGTTGATGTCATTTC
gi|39358 : TTAAGAAAT----AA-AGTAA--T-TTTGGGTGAAC-A-TTA----TACCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CCTCATTGATGCCATTTCAAA
gi|39359 : TTGAAAAATTATAAA-AAAAATCA-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------A-TGACTGTACT---AG-CTTC-T--ATGTAATTTCAAA
gi|39360 : TTGTAAATT----AA-AGTAA--A-TTTCAGTAAAA-A-T--------------GC------CT------------TGTACT---AG-CTTTGTTGATGTTATTTCAAA
gi|39361 : AAAT----AAGAGTAA--AATTTGGGTGAAA-A-TTA----TGTCATT-GC------CT------T-TGGTTGTGCT---GG-CTTCTTTGATGTC-TTTCAAA
gi|39362 : GTGAAA-A-TGA----TATCAAT-GC------CT------A-AGGTTGTACA---AG-CTCCACTGATGTCATTTCAAA
blockSeqs : TATA G TC A T G CAAA C TAAAGA ATACCAG GAC A A
blockSeqs : . . . . . . . . . GA . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTCGTTGATGTCATTTCAAA
finalCons : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTCGTTGATGTCATTTCAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 5555 2 33 2 2 2 5555 2 666666 33333333 444 2 2
lowQualScore : .... . .. . . . .... . ...... ........ ... . .
lowQualScore : 3333 5 44 5 4 4 0000 4 888888 11111111 111 4 5
consensus : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTCGTTGATGTCATTTCAAA
Reference ( family-869 ) : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTCGTTGATGTCATTTCAAA
gi|39346 : GTTGAAAAAT----GA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-AC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CTTTGTTGATGTCATTTCAAA
gi|39347 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATTAAT-GC------CG------A-TGGTTGTACT---AG-CTTCATTTATGTCATTTCAAA
gi|39348 : GTTGAAAAAT----AA-GGTAA--A-TCTGAATGAAC-A-TGG----TATCAATCAT------CC------A-TGGTTGTACT---AG-CTTAATTGATGTCATTTCAAA
gi|39349 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--G-TTT-AGTAAAATA-TTA----TACCAAT-CC------TT------A-TGGTTGTACT---AG-CTTTGTTGATTTTATTTGAAA
gi|39350 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TCTGGCAGAAA-A-TTC----TATCAAT-GC------CA------G-TAATTGTACC---AG-CTTCATTTATGTCATTTTGAA
gi|39351 : GTTGAAATAT----AA-AGTAA--A-TTTTGGTAAAA-AGTTACAAATATCAAT-GC------CT------A-TGGTTGTAGT---AG-CTTTGTTGATAAAATTTTAAA
gi|39352 : GTTGGAAAAT----CA-AGTAA--A-TTTAGGTGAAA-A-TTA----TGTCACT-AC------AT------C-TGGTTGTGCTGACAGACTATGTAGATGTCATTTCAAA
gi|39353 : GTTGAAAAAT----AA-AGCAA--A-TTTTGTTTAAA---TTA----TATCAAT-GC------CT------G-TGGTT-TATT---AG-CTTCGCTGATATCATATCAAA
gi|39354 : GTTGAAAAAT----AA-TGTAA--A-TTTGAGTGAAA-A-TAA----TATCAAC-GC------AT------A-TGGTTGCACT---AG-TTTCCTTGCTATCCTATCAAA
gi|39355 : GTTGAAAAAT----AA-TGTAA--A-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TTCCAAT-GCTAAAGACT------GAAGGTTGTACG---AT-CTTCATTTATGTAATTTCCAA
gi|39356 : GTTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGAGTGAAA-A---A----AACCAAT-GC------CTATACCAG-TAGTTGTATT---AA-CTTAAATGAAGTCATTTCAA
gi|39357 : TTGAAAAAT----AA-AGTAA--A-TTTGGATGAAA-A-TTA----T----AT-GC------CG------T-TGGTTGTACT---AG-CTCTGTTGATGTCATTTC
gi|39358 : TTAAGAAAT----AA-AGTAA--T-TTTGGGTGAAC-A-TTA----TACCAAT-GC------CT------G-TGGTTGTACT---AG-CCTCATTGATGCCATTTCAAA
gi|39359 : TTGAAAAATTATAAA-AAAAATCA-TTTGGGTGAAA-A-TTA----TATCAAT-GC------CT------A-TGACTGTACT---AG-CTTC-T--ATGTAATTTCAAA
gi|39360 : TTGTAAATT----AA-AGTAA--A-TTTCAGTAAAA-A-T--------------GC------CT------------TGTACT---AG-CTTTGTTGATGTTATTTCAAA
gi|39361 : AAAT----AAGAGTAA--AATTTGGGTGAAA-A-TTA----TGTCATT-GC------CT------T-TGGTTGTGCT---GG-CTTCTTTGATGTC-TTTCAAA
gi|39362 : GTGAAA-A-TGA----TATCAAT-GC------CT------A-AGGTTGTACA---AG-CTCCACTGATGTCATTTCAAA