lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222222222222 1111111 111111 11111 11111 11 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222 1111 11111111 111111111 1111 111111 111
lowQualScore : 3 1 0 8 77 888888888888888 1 2 7 1 8 777 1 7777777 222222 99999999 4 0 3 55 00000 999 0 3 3 77777 5555 1 7777 3 55 0 11 0 88888 1 2 33 0 2 2 777 33 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99999999 2 33 33 1111111 5 1111 22222222 3 77 4 444444444 2 999 2 2 0 55 2 55 0000 4 333333 1 000 555 1 4 7 5 0
lowQualScore : . . . . .. ............... . . . . . ... . ....... ...... ........ . . . .. ..... ... . . . ..... .... . .... . .. . .. . ..... . . .. . . . ... .. ....................................................................... ........ . .. .. ....... . .... ........ . .. . ......... . ... . . . .. . .. .... . ...... . ... ... . . . . .
lowQualScore : 7 4 1 4 99 000000000000000 8 7 2 3 9 888 1 0000000 888888 77777777 0 7 9 66 00000 888 7 6 6 11111 5555 8 7777 6 11 8 44 4 99999 5 9 33 1 9 9 666 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555 7 77 77 4444444 7 6666 44444444 1 99 0 999999999 4 111 9 1 7 55 9 99 0000 8 999999 6 222 888 1 4 9 7 6
consensus : ATTATNTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATCGTCTATTTCCATAATAAAAGTGTTGAG-GTAT---TGTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA-G-AAGNG---GC-A--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAN-TGGTTCCATAA---T-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGACTTTCT-CAT--NATTTCAGT--TC--T-----NG---A--A---A-----ATG-----G-----T----G-----A----------T-G------TCTCTG------CTA-TTT--CT--TAA-----ATTG-TA--CGTT--GT--TNTTTC--ATTAACATT--T---GGNGGGAACAAATCANCTA-TATAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAAGTAAT---ATTGCTGTAATGT-TCTNCG-ATAAGAAAG
Reference ( gi|11560 ) : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTCGAG-GTAT---TGTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA-G-AAGCG---GC-A--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAG-TGGTTCCATAA---T-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGACTTTCT-CAT--GATTTCAGT--TC--C-----CG---A--A---A-----ACG-----G-----T----G-----A----------T-G------TCTCTG------CTA-TTT--CT--TAG-----ATTG-TA--CGTT--GT--TCTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCAACTA-TGTAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAAGTCAT---ATTGCTGTAATGT-TCTGCG-ATAAGAAAG
gi|11559 : ATTATATTTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---CA---ATTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTTGAG-GTAT---TGTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA-G-AAGCG---GC-A--GACTTA----AAGTT-ATTATCTAAG-TGGTTCCATAA---T-ATAATT-GA-GGAAGGTACAC-ATGACTTTCT-CAT--GATTTCAGT--TC--T-----CG---A--A---A-----ACGGTATAG-----T----G-----A----------T-G------TCCCTT------CTA-TTT--CT--TAG-----ATTG-TA--CGTT--GT--TCTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCAACTA-TGTAAGATGGTACCAT-ATT-GT----TGCTA------ACCTTATACATAAAGTAAT---ATTGCTGTAATGT-TCTGCG-ATAAGAAAG
gi|11561 : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAACATAA--CTGA---AA---ATTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGTTGAG-GTAT---TGTA---A---TAT------TATTTTC---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA-G-AAGCG---GC-A--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAC-TGGTTCCATAA---T-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGACTTTCT-CAT--GATTTCAGT--TC--T-----CG---A--A---A-----ACGGTATAG-----T----G-----A----------T-G------TCTCTG------CTA-TTT--CT--TAA-----ATTG-TG--TGTT--GT--TTTTGC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCAACTA-TGTAAGATGGAACCAT-CTC-TT----TGCTA------ACCTTATACAAAAAGTAAT---ATTGCTGTAATGT-TCT-CGAATAAGAAAG
gi|11562 : ATTATATCTTAATCTTGC-TAATATAA--CAGA---AA---AAAATCTATTTCCATAATAAAAGTGATGAC-GTAT---TTTA---A---TAT------TATTTTG---TTTTTC-TCATGGAGC-GCTT-----AAACACAGTTAAA-G-AAGGG---GC-A--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAG-TGGTTCCATAA---T-ATAATT-GA-GGAAGATAGAC-ATGACTTTCT-CAT--GATTTCAGT--TC--T-----TA---A--A---ATCGTTATG-----G-----A----A-----A----------T-G------TCTCTG------CTA-TTT--CT--TAA-----ATTG-TA--CGTT--GT--T-TTTT--ATTAACATT--T---GGCGGGAACAAATCAACTA-TGTAAGATGAAACCAT-ATT-TT----TACTA------ACCTTATACATAAAGTAAT---ATTGCTGTAATGG-TCTGCG-ATAAGAAAG
gi|11563 : TTATTTCTTAACCTGG---AATGTAAAACTGA---CA---AATGCCCCTTGCCATGA-AAAAATGTAAAG-GTAT---ATTA---C---TGT------TATTGTG---ATTT-T-T-ATTGATTTGTTTTTTAAAAAC-CA--TAAGTG-AAG-----GCGA--GGTTTG----AATTTCATTATCTAAA-GATTTCAATAA---A-GAAATG-GA-TGAAGGTATAC-ATGATTTTTT-CATCAGATAT--GT--TCTAC-----AGTGTG--G---G-----ATA-----G-----T----A-----AAAT-------T-G------TTT---------CTA-TTT--CT--AAGTGGGTATTG--------T--GT--TTTCTC--ACGAACATA--T---GATGGAATTAAATC-ATTAGTATAGGATGGGACATT-ATT-AT----TACAA------ACTTTAAATATAAAATGAT---
gi|11564 : TTGTGTCTAAGCCTTGCATGATA-AA--CTGA---GACACATCGT---TTGCCATGAGAATAATATGGTG-GTAT---TTTA---AATTTAG------TATTTTG---T----CGTTATGTATT--TTT-----AAA-G-ATTGAAA-GTGAATGT--GC-T--GCTCTA----ATATT-TTCACC-AAGCTGATTCCA-AA---G-AGAAATAGA-AGAGGGAATGC-ATGACTTTCG-TAT--TATCTCTGT--TCTAC-----AG---T--ATGGA-----GTA-----G-----TATA-G-----T----------T-A------TCTCTG----------TTT--CT--AAG-------TG-GG--TATTCAGT--TGTTGC--ACCAAC-----TAGAGGTGGGAAAAGATCATTTA-TATAACTTGTAA---T-ACT-TGAA--TGGTAT-----ACATTATACATAAGGTCAT---ATT-TTTTAATATCTCT
gi|11565 : TTGTTTCTGAGTCTTGCATGATA-AA--CTGAGTCAC---ATCGT---TTGCCATGAGAATAATATGGTG-ATAT---TTTA---AATTTAG------TATTTTG---G----C-GTAAGGA-T-ATTT-----TAAAG--ATTGAA----AGTGAATGC-ACTGCTTTA----AGATT-GCCCTC-AAGCTGATTCAAAAG---A-AAAATA-GA-AGATGGAATGC-ATGACTTTCG-CAT--TATCTCTGT--TC--T----------A--C---A-----ATA-----T-----T----G-----AGTAGTATAATT-G------TCTCTG----------TTT--CTAATGG--------G-TA----TTCAGT--TATG-C--ACCAAC-----TAGAGGTGGGAAAGGATCAATTA-TATAACTTGGAA------TT-TTAGAATGGTAT-----ACATTATACATAAGTTAAT---ATTTCTG-AAT-T-TCT
gi|11566 : TCTTAATCTTGC-TAA---------------A---AT-----ATCTCAATAATAAAAGTTTTGGGTGTAT---TGAA---A---TACATCTACTATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT----T-----AAATGCAGTGAAC-G-AAGCG---GC-A--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAA-TGATTCCATAA---T-GTAATT-GA-GGAAGGTATGC-ATAAATTTCT-CAT--GATTTAAGT--TC--T-----TG---A--A---A-----AAG-----G-----T----ATATTTA----------T-G------TCGCTG------CTG-TTT--CT--T
gi|11567 : TATATCTATAATAAAA-TGTTGAG-GTAT---TGAC---A---TAT------GATTTTG---CTTT-C-TCATGG
gi|11568 : CCGTAATAGAAATG-CATGTGTATATTTGTACACA---TAT------T--TTTA---TT------AATTGATT-GTTT-----AAAGGCTGAAAGA-G-AAGGT---GC-C--GATTTATGATAAG---G--ATCCAAC-TGTTTCCATAA---TGATA-TT-GA-AGAGGGAATGC-ATGGCTTTCT-CAT--TATTTCAGT--TT--T-----TA---A--AT--G-----ACG-----------TACA-G-----A----------A-GAA----TCATTC------CTA-TTT--CT--CAA-----GTTA-TA--GATT------TTTTTC--GTTAACGTT--G---AGAGGAAATAAGTCAGTGA-TATAAAATGGTACCTT-ATT-AT----TATCT------ACTTTGTACATAAAATAAT---ATTGTTGTTATGT-TCTTCG-AT
gi|11569 : TTTGGATTTCT-C-TCACGGAGT-GCTT-----GTATGCAGCTAT--G-AAGTG---AC-A--TACTTA----AAATC-GTCACCTAAT-TGATTCCGTAA---T-ATAATT-GA-AGAAGGTATATAATGTATTTAT-CAT--GATTACAGT--TA--T-----TG---A--A---A-----GGG-----G-----T----------A----------T-A------GTTCTGGCGCTTCTA-TTT--CT--TAA-----ATTG-TA--TGTT--GG--TCTTTC--TTTAACATT--T---GGTGGAAACACATT-----------GATCAAACAAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATTAAATAAT---ATTTCTGTGATGT-TCTTCG-ATACGACAG
gi|11570 : T-GTTT-----AAA---AATTGAA-A-AAGAT---GC-A--GA------------T-G--ATCTAGT-TGATTCCATAAAAAG-ACACCT-GATGGAA----TAC-ATGATTTTTTTCAT--AACAGCTGT--TC--TACAATTG---G--G---A-----ATA-----A-----C----A-----A----------T-A------TTTTTA------CTA-TTT--CT--AAG-----TGGG-TA--AGTT-----------C--AT----ACTAGT---GGTGGAAACAAATCTTCGA-CATAAGTTGGAA-CATGATT-AT----TGTGT------ACTTTATACAT
gi|11571 : AGA-G-AAGGT---GC-G--GATTTA----AGGTT-GGGATCCCAA-TGGTATCATAA---TGATA-TT-GA-AGAGGGAATAC-ATGACTTTCT-TAT--TGTTTCAGT--TC--T-----TA---A--G---T-----ATG-----G-----TACAGA-----A----------TAA------TCATTC------CTT-TTT--CT--TAA-----GTTA-TA--ATTT--GT--CCCGTC--ATTAACATT--G---AGAGGAAATACGTCAGGTA-TATAGGATG-----AT-A-C-TT----TACTAGAATCTACTTTGTACATAA---CATATGATTGTTGTAATGT-TCTTCG-ATgtaacactgtttttgaatttct
gi|11572 : TCTAAC-TTGTTCCACAA---T-GCTATC-GA-AGAAGGTATAC-ATAATTGTCT-ACT--TATTTCAGTTGTG--C-----AG---T--A---A-------G-----G-----A----G-----A----------T-GCTGCATTATCTG------A-A-TTT--CT--TA------ATTGATA--ACTA--GTAGTGTTGCGAATCAA------T---GGAGGAATCAAGTCGCTTA-TATAGGAAGGGACCAT-ATTATT----TG-TG------GCTTTGTACATGAA--CAT---A
gi|11573 : TCTAAC-TTGTTCCACAA---T-ACTATC-GA-GGAAGGTATAC-AAGATTGCCT-ACT--TATTTCAGT--TCTGC-----AG---T--A---A-------G-----G-----A----G-----T----------T-GCTACATTATCCG------A-A-TTT--CT--TA------ATTGATAATCAGT--AG--TGTTGCGAATCAA------T---GGAGGAATCAAGTCGCCTA-TATAGGAAGGGAACAT-ATTATT----TG-GG------ACTTTGTACATGAA--CAT---Aagtttttgttgct
gi|11574 : GTTCCAAAC---T-GAAATA-GA-TGAGGGTATAC-ATGATTTGCG-GCT--TAGTTCAGT------C-----CG---AGTA---A-----TTG-----GAATATT----T-----A----------T-A------TCATTA------TTA-TTT--CT--TAAGGCATATGG-TA--CGTT---T--TC--TC--CT--ACAGA--A---GAAGGGATAAGGTCTGATA-TATAAGACGGGATCAT-GTT-AT----GGGTA------GCTTTGTACATAAAagtttttgttgct
gi|11575 : G------CTAATTTGGCT--TCA-----ATTG-TA--TGTT--GT--TTTTTT--ATTAACATT--T---GTCGGGAACAAATCAGCTA-TGCAAGATGTAACTAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAAGTAAT---ATTGTTGTAATAG-TCTGCG-ATACGAAAG
Alignments
lowQualScore : 1 111111111111111 1111111 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 11111111 111111111 111111 11111
lowQualScore : 1 0 6 66 888888888888888 0 1 4 0 8 4 4444444 111111 666 1 3 3 2 44 99999 77 999 77777 44 0 7777 3 33 1 444 5 0 2 2 2 2 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0000000 0 2 33 2 66666 5 5 44444444 33 1 77 3 111111111 1 22 0 1 2 5 9999 3 333333 0 5 44444 55 2 3 1
lowQualScore : . . . .. ............... . . . . . . ....... ...... ... . . . . .. ..... .. ... ..... .. . .... . .. . ... . . . . . . . .................................................................. . ....... . . .. . ..... . . ........ .. . .. . ......... . .. . . . . .... . ...... . . ..... .. . . .
lowQualScore : 0 0 2 99 999999999999999 7 4 0 3 0 0 4444444 555555 444 2 6 6 5 22 11111 11 222 22222 66 8 1111 3 22 0 777 3 8 7 7 7 7 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 1111111 1 5 44 3 77777 3 3 55555555 77 0 33 1 555555555 0 33 1 1 7 3 3333 8 000000 8 3 33333 00 0 6 0
consensus : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATCGTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGNG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAANTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATNATTTCAGTTCT------NGAA-----A-----ATG-----G-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TNTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCANCTATATAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTNCGATAAGAAAG
Reference ( family-868 ) : ATTATNTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATCGTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGNG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAANTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATNATTTCAGTTCT------NGAA-----A-----ATG-----G-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TNTTTC--ATTAACATT--T---GGNGGGAACAAATCANCTATATAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTNCGATAAGAAAG
gi|11559 : ATTATATTTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---CA---ATTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGCG---GCA--GACTTA----AAGTT-ATTATCTAAGTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTACAC-ATGA-CTTTCTCATGATTTCAGTTCT------CGAA-----A-----ACGGTATAG-----T----G-----A----------T-G------TC-CCTT------CTA-TTT--CTTAG-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TCTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCAACTATGTAAGATGGTACCAT-ATT-GT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTGCGATAAGAAAG
gi|11560 : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-CGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGCG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAGTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATGATTTCAGTTCC------CGAA-----A-----ACG-----G-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAG-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TCTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCAACTATGTAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTCA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTGCGATAAGAAAG
gi|11561 : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAACATAA--CTGA---AA---ATTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTC---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGCG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAACTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATGATTTCAGTTCT------CGAA-----A-----ACGGTATAG-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TG--TGTT--GT--TTTTGC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCAACTATGTAAGATGGAACCAT-CTC-TT----TGCTA------ACCTTATACAAAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTCGAATAAGAAAG
gi|11562 : ATTATATCTTAATCTTGC-TAATATAA--CAGA---AA---AAAATCTATTTCCATAATAAAAGTGA-TGAC-GTATT-TTA---A---TAT------TATTTTG---TTTTTC-TCATGGAGC-GCTT-----AAACACAGTTAAA---GAAGGG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAGTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGATAGAC-ATGA-CTTTCTCATGATTTCAGTTCT------TAAA-----ATCGTTATG-----G-----A----A-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TTTTT---ATTAACATT--T---GGCGGGAACAAATCAACTATGTAAGATGAAACCAT-ATT-TT----TACTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGG-TCTGCGATAAGAAAG
gi|11563 : TTATTTCTTAACCTGG---AATGTAAAACTGAC--AA---AT-GCCCCTTGCCATGA-AAAAATGT-AAAG-GTATA-TTA---C---TGT------TATTGTG---ATTT-T-T-ATTGATTTGTTTTTTAAAAAC-CA--TAAGT--GAAGGC---G-A--GGTTTG----AATTTCATTATCTAAAGATTTCAAT---AAA-GAAATG-GA-TGAAGGTATAC-ATGA-TTTTTTCATCAGATATGTTCT------ACAGTGTGGG-----ATA-----G-----T----A-----AAAT-------T-G------TT-TCT---------A-TTT--C-TAA-----GTGGG-TA--TTGT--GT--TTTCTC--ACGAACATA--T---GATGGAATTAAATCATTAGTATAGGATGGGACATT-ATT-AT----TACAA------ACTTTAAATATAAA-ATGA-----T
gi|11564 : TTGTGTCTAAGCCTTGCATGATA-AA--CTGA---GACACATCGT---TTGCCATGAGAATAATAT-GGTG-GTATT-TTA---AATTTAG------TATTTTG---T----CGTTATGTATT--TTT-----AAA---GATTGAAAGTGAATGT---GCT--GCTCTA----ATATT-TTCACCAAGCTGATTCCA----AAG-AGAAATAGA-AGAGGGAATGC-ATGA-CTTTCGTATTATCTCTGTTCT------ACAG-----T-----ATG-----G-----A----GTAGT-A----------TAG------TTATCT-------CTG-TTT--CT--A-----AG-TG-GG--TATTCAGT--TGTTGC--ACCAAC-----TAGAGGTGGGAAAAGATCATTTATATAACTTGTA---AT-ACT-TGAA--TGGTAT-----ACATTATACATAAG-GTCA-----TATT-TTTT--AATATCTCT
gi|11565 : TTGTTTCTGAGTCTTGCATGATA-AA--CTGAGTCAC---ATCGT---TTGCCATGAGAATAATAT-GGTG-ATATT-TTA---AATTTAG------TATTTTG---G----C-GTAAGGA-T-ATTT-----TAAAG--ATTGAA-----AGTGAATGCACTGCTTTA----AGATT-GCCCTCAAGCTGATTCAAA---AGA-AAAATA-GA-AGATGGAATGC-ATGA-CTTTCGCATTATCTCTGTTCT------ACAA-----T-----AT------------T----G-----AGTAGTATAATT-G------TC-TCTG----------TTT--CT--A-----ATGGG-TA----TTCAGT--TA-TGC--ACCAAC-----TAGAGGTGGGAAAGGATCAATTATATAACTTGGA------ATT-TTAGAATGGTAT-----ACATTATACATAAG-TTAA-----TATTTCTG---AAT-T-TCT
gi|11566 : TCTTAATCTTGC-TAA---------------A---AT-----ATCTCAATAATAAAAGTTT-TGGGTGTATT-GAA---A---TACATCTACTATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT----T-----AAATGCAGTGAAC---GAAGCG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAATGATTCCAT---AAT-GTAATT-GA-GGAAGGTATGC-ATAA-ATTTCTCATGATTTAAGTTCT------TGAA-----A-----AAG-----G-----T----ATATTTA----------T-G------TC-GCTG------CTG-TTT--CTT
gi|11567 : TATATCTATAATAAAA-TGT-TGAG-GTATT-GAC---A---TAT------GATTTTG---CTTT-C-TCATGG
gi|11568 : CCGTAATAGAAATGCATGTGTATATTTGTACACA---TAT------T--TTTA---TT------AATTGATT-GTTT-----AAAGGCTGAAAGA---GAAGGT---GCC--GATTTATGATAAG---G--ATCCAACTGTTTCCAT---AATGATA-TT-GA-AGAGGGAATGC-ATGG-CTTTCTCATTATTTCAGTTTT------T--A-----A-----ATGAC---G-----TACA-G-----A----------A-GAA----TC-ATTC------CTA-TTT--CTCAA-----GT-TA-TA--GATT------TTTTTC--GTTAACGTT--G---AGAGGAAATAAGTCAGTGATATAAAATGGTACCTT-ATT-AT----TATCT------ACTTTGTACATAAA-ATAA-----TATTGTTGT--TATGT-TCTTCGAT
gi|11569 : TTTGGATTTCT-C-TCACGGAGT-GCTT-----GTATGCAGCTAT----GAAGTG---ACA--TACTTA----AAATC-GTCACCTAATTGATTCCGT---AAT-ATAATT-GA-AGAAGGTATATAATGT-ATTTATCATGATTACAGTTAT------TGAA-----A-----GGG-----G-----T----------A----------T-A------GT-TCTGGCGCTTCTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--TGTT--GG--TCTTTC--TTTAACATT--T---GGTGGAAACACATT----------GATCAAACAAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATTAA-ATAA-----TATTTCTGT--GATGT-TCTTCGATACGACAG
gi|11570 : T-GTTT-----AAA---AATTGAA---AAAGAT---GCA--GA------------T-G--ATCTAGTTGATTCCATAAAAAG-ACACCT-GATGGA----ATAC-ATGATTTTTTTCATAACAGCTGTTCT------ACAATTGGGA-----ATA-----A-----C----A-----A----------T-A------TT-TTTA------CTA-TTT--C-TAA-----GT-GG-----------GT--AAGTTC--AT----ACTAGT---GGTGGAAACAAATCTTCGACATAAGTTGGAA-CATGATT-AT----TGTGT------ACTTTATACAT----GTAA-----CACTGTTTTTGAAT-T-TCT
gi|11571 : AGA---GAAGGT---GCG--GATTTA----AGGTT-GGGATCCCAATGGTATCAT---AATGATA-TT-GA-AGAGGGAATAC-ATGA-CTTTCTTATTGTTTCAGTTCT------TAAG-----T-----ATG-----G-----TACAGA-----A----------TAA------TC-ATTC------CTT-TTT--CTTAA-----GT-TA-TA--ATTT--GT--CCCGTC--ATTAACATT--G---AGAGGAAATACGTCAGGTATATAGGATG-----AT-A-C-TT----TACTAGAATCTACTTTGTACATAAC-ATAT-----GATTGTTGT--AATGT-TCTTCGAT
gi|11572 : TCTAACTTGTTCCAC---AAT-GCTATC-GA-AGAAGGTATAC-ATAA-TTGTCTACTTATTTCAGTTGTGCAGTAAGGA-----G-----ATG-----C-----T----GC----A----------T--------TA-TCTG------A-A-TTT--CTT-A-----AT-TGATA--ACTA--GTAGTGTTGCGAATCAA------T---GGAGGAATCAAGTCGCTTATATAGGAAGGGACCAT-ATTATT----TG-TG------GCTTTGTACATGAACATAAGTTTTTGTTGCT
gi|11573 : TCTAACTTGTTCCAC---AAT-ACTATC-GA-GGAAGGTATAC-AAGA-TTGCCTACTTATTTCAGTTCT------GCAG-----T-----AAG-----G-----A----G-----T----------T-GCTACATTA-TCCG------A-A-TTT--CTT-A-----AT-TGATAATCAGT--AG--TGTTGCGAATCAA------T---GGAGGAATCAAGTCGCCTATATAGGAAGGGAACAT-ATTATT----TG-GG------ACTTTGTACATGAACATAAGTTTTTGTTGCT
gi|11574 : GTTCCAA---ACT-GAAATA-GA-TGAGGGTATAC-ATGA-TTTGCGGCTTAGTTCAGTCCG------AGTA-----A-----TTG-----GAATATT----T-----A----------T-A------TC-ATTA------TTA-TTT--CTTAAGGCATAT-GG-TA--C-----GT--TTTCTC--CT--ACAGA--A---GAAGGGATAAGGTCTGATATATAAGACGGGATCAT-GTT-AT----GGGTA------GCTTTGTACATAAA-
gi|11575 : G------CTAATTTGGCTTCA-----AT-TG-TA--TGTT--GT--TTTTTT--ATTAACATT--T---GTCGGGAACAAATCAGCTATGCAAGATGTAACTAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGTTGT--AATAG-TCTGCGATACGAAAG
Alignments
lowQualScore : 1 111111111111111 1111111 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 11111111 111111111 111111 11111
lowQualScore : 1 0 6 66 888888888888888 0 1 4 0 8 4 4444444 111111 666 1 3 3 2 44 99999 77 999 77777 44 0 7777 3 33 1 444 5 0 2 2 2 2 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0000000 0 2 33 2 66666 5 5 44444444 33 1 77 3 111111111 1 22 0 1 2 5 9999 3 333333 0 5 44444 55 2 3 1
lowQualScore : . . . .. ............... . . . . . . ....... ...... ... . . . . .. ..... .. ... ..... .. . .... . .. . ... . . . . . . . .................................................................. . ....... . . .. . ..... . . ........ .. . .. . ......... . .. . . . . .... . ...... . . ..... .. . . .
lowQualScore : 9 0 2 99 999999999999999 7 4 0 3 0 0 4444444 555555 444 2 6 6 5 22 11111 11 222 22222 66 8 1111 3 22 0 777 3 8 7 7 7 7 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 1111111 1 5 44 3 77777 3 3 55555555 77 0 33 1 555555555 7 33 1 1 7 3 3333 8 000000 8 3 33333 00 0 6 0
consensus : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATCGTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGNG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAANTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATNATTTCAGTTCT------NGAA-----A-----ATG-----G-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TNTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCANCTATATAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTNCGATAAGAAAG
Reference ( family-868 ) : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATCGTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGNG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAANTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATNATTTCAGTTCT------NGAA-----A-----ATG-----G-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TNTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCANCTATATAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTNCGATAAGAAAG
gi|11559 : ATTATATTTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---CA---ATTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGCG---GCA--GACTTA----AAGTT-ATTATCTAAGTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTACAC-ATGA-CTTTCTCATGATTTCAGTTCT------CGAA-----A-----ACGGTATAG-----T----G-----A----------T-G------TC-CCTT------CTA-TTT--CTTAG-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TCTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCAACTATGTAAGATGGTACCAT-ATT-GT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTGCGATAAGAAAG
gi|11560 : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-CGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGCG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAGTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATGATTTCAGTTCC------CGAA-----A-----ACG-----G-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAG-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TCTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCAACTATGTAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTCA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTGCGATAAGAAAG
gi|11561 : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAACATAA--CTGA---AA---ATTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTC---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGCG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAACTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATGATTTCAGTTCT------CGAA-----A-----ACGGTATAG-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TG--TGTT--GT--TTTTGC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCAACTATGTAAGATGGAACCAT-CTC-TT----TGCTA------ACCTTATACAAAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTCGAATAAGAAAG
gi|11562 : ATTATATCTTAATCTTGC-TAATATAA--CAGA---AA---AAAATCTATTTCCATAATAAAAGTGA-TGAC-GTATT-TTA---A---TAT------TATTTTG---TTTTTC-TCATGGAGC-GCTT-----AAACACAGTTAAA---GAAGGG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAGTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGATAGAC-ATGA-CTTTCTCATGATTTCAGTTCT------TAAA-----ATCGTTATG-----G-----A----A-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TTTTT---ATTAACATT--T---GGCGGGAACAAATCAACTATGTAAGATGAAACCAT-ATT-TT----TACTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGG-TCTGCGATAAGAAAG
gi|11563 : TTATTTCTTAACCTGG---AATGTAAAACTGAC--AA---AT-GCCCCTTGCCATGA-AAAAATGT-AAAG-GTATA-TTA---C---TGT------TATTGTG---ATTT-T-T-ATTGATTTGTTTTTTAAAAAC-CA--TAAGT--GAAGGC---G-A--GGTTTG----AATTTCATTATCTAAAGATTTCAAT---AAA-GAAATG-GA-TGAAGGTATAC-ATGA-TTTTTTCATCAGATATGTTCT------ACAGTGTGGG-----ATA-----G-----T----A-----AAAT-------T-G------TT-TCT---------A-TTT--C-TAA-----GTGGG-TA--TTGT--GT--TTTCTC--ACGAACATA--T---GATGGAATTAAATCATTAGTATAGGATGGGACATT-ATT-AT----TACAA------ACTTTAAATATAAA-ATGA-----T
gi|11564 : TTGTGTCTAAGCCTTGCATGATA-AA--CTGA---GACACATCGT---TTGCCATGAGAATAATAT-GGTG-GTATT-TTA---AATTTAG------TATTTTG---T----CGTTATGTATT--TTT-----AAA---GATTGAAAGTGAATGT---GCT--GCTCTA----ATATT-TTCACCAAGCTGATTCCA----AAG-AGAAATAGA-AGAGGGAATGC-ATGA-CTTTCGTATTATCTCTGTTCT------ACAG-----T-----ATG-----G-----A----GTAGT-A----------TAG------TTATCT-------CTG-TTT--CT--A-----AG-TG-GG--TATTCAGT--TGTTGC--ACCAAC-----TAGAGGTGGGAAAAGATCATTTATATAACTTGTA---AT-ACT-TGAA--TGGTAT-----ACATTATACATAAG-GTCA-----TATT-TTTT--AATATCTCT
gi|11565 : TTGTTTCTGAGTCTTGCATGATA-AA--CTGAGTCAC---ATCGT---TTGCCATGAGAATAATAT-GGTG-ATATT-TTA---AATTTAG------TATTTTG---G----C-GTAAGGA-T-ATTT-----TAAAG--ATTGAA-----AGTGAATGCACTGCTTTA----AGATT-GCCCTCAAGCTGATTCAAA---AGA-AAAATA-GA-AGATGGAATGC-ATGA-CTTTCGCATTATCTCTGTTCT------ACAA-----T-----AT------------T----G-----AGTAGTATAATT-G------TC-TCTG----------TTT--CT--A-----ATGGG-TA----TTCAGT--TA-TGC--ACCAAC-----TAGAGGTGGGAAAGGATCAATTATATAACTTGGA------ATT-TTAGAATGGTAT-----ACATTATACATAAG-TTAA-----TATTTCTG---AAT-T-TCT
gi|11566 : TCTTAATCTTGC-TAA---------------A---AT-----ATCTCAATAATAAAAGTTT-TGGGTGTATT-GAA---A---TACATCTACTATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT----T-----AAATGCAGTGAAC---GAAGCG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAATGATTCCAT---AAT-GTAATT-GA-GGAAGGTATGC-ATAA-ATTTCTCATGATTTAAGTTCT------TGAA-----A-----AAG-----G-----T----ATATTTA----------T-G------TC-GCTG------CTG-TTT--CTT
gi|11567 : TATATCTATAATAAAA-TGT-TGAG-GTATT-GAC---A---TAT------GATTTTG---CTTT-C-TCATGG
gi|11568 : CCGTAATAGAAATGCATGTGTATATTTGTACACA---TAT------T--TTTA---TT------AATTGATT-GTTT-----AAAGGCTGAAAGA---GAAGGT---GCC--GATTTATGATAAG---G--ATCCAACTGTTTCCAT---AATGATA-TT-GA-AGAGGGAATGC-ATGG-CTTTCTCATTATTTCAGTTTT------T--A-----A-----ATGAC---G-----TACA-G-----A----------A-GAA----TC-ATTC------CTA-TTT--CTCAA-----GT-TA-TA--GATT------TTTTTC--GTTAACGTT--G---AGAGGAAATAAGTCAGTGATATAAAATGGTACCTT-ATT-AT----TATCT------ACTTTGTACATAAA-ATAA-----TATTGTTGT--TATGT-TCTTCGAT
gi|11569 : TTTGGATTTCT-C-TCACGGAGT-GCTT-----GTATGCAGCTAT----GAAGTG---ACA--TACTTA----AAATC-GTCACCTAATTGATTCCGT---AAT-ATAATT-GA-AGAAGGTATATAATGT-ATTTATCATGATTACAGTTAT------TGAA-----A-----GGG-----G-----T----------A----------T-A------GT-TCTGGCGCTTCTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--TGTT--GG--TCTTTC--TTTAACATT--T---GGTGGAAACACATT----------GATCAAACAAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATTAA-ATAA-----TATTTCTGT--GATGT-TCTTCGATACGACAG
gi|11570 : T-GTTT-----AAA---AATTGAA---AAAGAT---GCA--GA------------T-G--ATCTAGTTGATTCCATAAAAAG-ACACCT-GATGGA----ATAC-ATGATTTTTTTCATAACAGCTGTTCT------ACAATTGGGA-----ATA-----A-----C----A-----A----------T-A------TT-TTTA------CTA-TTT--C-TAA-----GT-GG-----------GT--AAGTTC--AT----ACTAGT---GGTGGAAACAAATCTTCGACATAAGTTGGAA-CATGATT-AT----TGTGT------ACTTTATACAT----GTAA-----CACTGTTTTTGAAT-T-TCT
gi|11571 : AGA---GAAGGT---GCG--GATTTA----AGGTT-GGGATCCCAATGGTATCAT---AATGATA-TT-GA-AGAGGGAATAC-ATGA-CTTTCTTATTGTTTCAGTTCT------TAAG-----T-----ATG-----G-----TACAGA-----A----------TAA------TC-ATTC------CTT-TTT--CTTAA-----GT-TA-TA--ATTT--GT--CCCGTC--ATTAACATT--G---AGAGGAAATACGTCAGGTATATAGGATG-----AT-A-C-TT----TACTAGAATCTACTTTGTACATAAC-ATAT-----GATTGTTGT--AATGT-TCTTCGAT
gi|11572 : TCTAACTTGTTCCAC---AAT-GCTATC-GA-AGAAGGTATAC-ATAA-TTGTCTACTTATTTCAGTTGTGCAGTAAGGA-----G-----ATG-----C-----T----GC----A----------T--------TA-TCTG------A-A-TTT--CTT-A-----AT-TGATA--ACTA--GTAGTGTTGCGAATCAA------T---GGAGGAATCAAGTCGCTTATATAGGAAGGGACCAT-ATTATT----TG-TG------GCTTTGTACATGAACATAAGTTTTTGTTGCT
gi|11573 : TCTAACTTGTTCCAC---AAT-ACTATC-GA-GGAAGGTATAC-AAGA-TTGCCTACTTATTTCAGTTCT------GCAG-----T-----AAG-----G-----A----G-----T----------T-GCTACATTA-TCCG------A-A-TTT--CTT-A-----AT-TGATAATCAGT--AG--TGTTGCGAATCAA------T---GGAGGAATCAAGTCGCCTATATAGGAAGGGAACAT-ATTATT----TG-GG------ACTTTGTACATGAACATAAGTTTTTGTTGCT
gi|11574 : GTTCCAA---ACT-GAAATA-GA-TGAGGGTATAC-ATGA-TTTGCGGCTTAGTTCAGTCCG------AGTA-----A-----TTG-----GAATATT----T-----A----------T-A------TC-ATTA------TTA-TTT--CTTAAGGCATAT-GG-TA--C-----GT--TTTCTC--CT--ACAGA--A---GAAGGGATAAGGTCTGATATATAAGACGGGATCAT-GTT-AT----GGGTA------GCTTTGTACATAAA-
gi|11575 : G------CTAATTTGGCTTCA-----AT-TG-TA--TGTT--GT--TTTTTT--ATTAACATT--T---GTCGGGAACAAATCAGCTATGCAAGATGTAACTAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGTTGT--AATAG-TCTGCGATACGAAAG
blockSeqs : T A T AA GACACATCGT G A T T AATT ATCTAC GAT T T G G TG TTTAA CG AGT TGAAT CT TGAT C TT G AAA G A T A T G ACAGTGTGGGATAGTAAAATTG A GGCGCTT A GG A GGCAT G A TATTCA AG C GA T ACTAGT T AC C G A AGAA C GAATCT C GTTTT TG G C G
blockSeqs : T A T . GTCACATCGT G . T . AATT . . T . . G G . CG T CG . . . TT C . G . . . . G ACAATATTGAGTAGTATAATTG . G . . A . G A ATCAGT . T GA T ATTT T AC C . A AA C T C GTTTT . G . C
blockSeqs : A . T . AAATTTTCT G . . . CACA . . T . . G G . CA . CG . . . TT G . . . . . . G GCAGTAAGGAGATGCTGCAT . G . . A . . . CGTT . T . T ATTT C AC C . . . C T . . . G . G
blockSeqs : T . T . AAATTTTCT A . . . A . . T . . T G . AG . GG . . . TT A . . . . . . C GCAGTAAGGAGTTGCTACAT . G . . A . . . TGTT . T . G ATTT T TT C . . . C . . . . A . T
blockSeqs : G . . . AAAAAATCT A . . . A . . T . . T A . TG . GC . . . TC C . . . . . . T CGAAAACGGTATAGTGATG . G . . A . . . CGTT . G . C ATAT T TT C . . . G . . . . G . T
blockSeqs : T . . . CAAATGCCC A . . . A . . T . . G G . GG . GT . . . CC C . . . . . . T TAAAATCGTTATGGAAATG . G . . A . . . TTGT . A . C TAGA T AT C . . . G . . . . G . T
blockSeqs : . . . AAT G . . . C . . C . . T G . TG . CG . . . TT A . . . . . . G ACAGTATGGAGTAGTATAG . C . . A . . . TTCA . T . T TAGA A GT C . . . T . . . . G . G
blockSeqs : A . . . A . . . . . G G . C . GT . . . TC C . . . . . . T TGAAAAAGGTATATTTATG . A . . A . . . GATT . C . T GTTG T TC A . . . C . . . . A .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . TG . . . GG T . . . . . . G TAAATGACGTACAGAAGAA . C . . A . . . TGTT . A . T ATTT T GG T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AT . . . . T . . . . . . A ACAATTGGGAATAACAATA . G . . C . . . ATTT . C . C ATTG A CT C . . . C . . . . . .
blockSeqs : . GT . . . . A . . . . . . T TAAGTATGGTACAGAATAA . G . . . . . . ACTA . G . C AGAA A CC . . . . G . . .
blockSeqs : C . . . . . . T AGTAATTGGAATATTTATA . A . . . . . . TGTT . G . T ATTT A GA . . . . C . . .
blockSeqs : C . . . . . . T CGAAAACGGTGATG . G . . . . . . C . T . . T A GC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T TGAAAGGGGTATA . . . . . . . . . . T . . T C . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATCGTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGNG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAANTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATNATTTCAGTTCT------NGAA-----A-----ATG-----G-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TNTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCANCTATATAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTNCGATAAGAAAG
finalCons : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATCGTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGNG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAANTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATNATTTCAGTTCT------NGAA-----A-----ATG-----G-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TNTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCANCTATATAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTNCGATAAGAAAG
Alignments
lowQualScore : 1 111111111111111 1111111 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 11111111 111111111 111111 11111
lowQualScore : 1 0 6 66 888888888888888 0 1 4 0 8 4 4444444 111111 666 1 3 3 2 44 99999 77 999 77777 44 0 7777 3 33 1 444 5 0 2 2 2 2 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0000000 0 2 33 2 66666 5 5 44444444 33 1 77 3 111111111 1 22 0 1 2 5 9999 3 333333 0 5 44444 55 2 3 1
lowQualScore : . . . .. ............... . . . . . . ....... ...... ... . . . . .. ..... .. ... ..... .. . .... . .. . ... . . . . . . . .................................................................. . ....... . . .. . ..... . . ........ .. . .. . ......... . .. . . . . .... . ...... . . ..... .. . . .
lowQualScore : 9 0 2 99 999999999999999 7 4 0 3 0 0 4444444 555555 444 2 6 6 5 22 11111 11 222 22222 66 8 1111 3 22 0 777 3 8 7 7 7 7 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 1111111 1 5 44 3 77777 3 3 55555555 77 0 33 1 555555555 7 33 1 1 7 3 3333 8 000000 8 3 33333 00 0 6 0
consensus : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATCGTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGNG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAANTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATNATTTCAGTTCT------NGAA-----A-----ATG-----G-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TNTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCANCTATATAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTNCGATAAGAAAG
Reference ( family-868 ) : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATCGTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGNG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAANTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATNATTTCAGTTCT------NGAA-----A-----ATG-----G-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TNTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCANCTATATAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTNCGATAAGAAAG
gi|11559 : ATTATATTTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---CA---ATTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGCG---GCA--GACTTA----AAGTT-ATTATCTAAGTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTACAC-ATGA-CTTTCTCATGATTTCAGTTCT------CGAA-----A-----ACGGTATAG-----T----G-----A----------T-G------TC-CCTT------CTA-TTT--CTTAG-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TCTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCAACTATGTAAGATGGTACCAT-ATT-GT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTGCGATAAGAAAG
gi|11560 : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAATATAA--CTGA---AA---ATTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-CGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGCG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAGTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATGATTTCAGTTCC------CGAA-----A-----ACG-----G-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAG-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TCTTTC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCAACTATGTAAGATGGAACCAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTCA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTGCGATAAGAAAG
gi|11561 : ATTATTTCTTAATCTTGC-TAACATAA--CTGA---AA---ATTTTCTATTTCCATAATAAAAGTGT-TGAG-GTATT-GTA---A---TAT------TATTTTC---TTTT-C-TCATGGAGT-GTTT-----AAACGCAGTTAAA---GAAGCG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAACTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGGTATAC-ATGA-CTTTCTCATGATTTCAGTTCT------CGAA-----A-----ACGGTATAG-----T----G-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TG--TGTT--GT--TTTTGC--ATTAACATT--T---GGTGGGAACAAATCAACTATGTAAGATGGAACCAT-CTC-TT----TGCTA------ACCTTATACAAAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGT-TCTCGAATAAGAAAG
gi|11562 : ATTATATCTTAATCTTGC-TAATATAA--CAGA---AA---AAAATCTATTTCCATAATAAAAGTGA-TGAC-GTATT-TTA---A---TAT------TATTTTG---TTTTTC-TCATGGAGC-GCTT-----AAACACAGTTAAA---GAAGGG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAGTGGTTCCAT---AAT-ATAATT-GA-GGAAGATAGAC-ATGA-CTTTCTCATGATTTCAGTTCT------TAAA-----ATCGTTATG-----G-----A----A-----A----------T-G------TC-TCTG------CTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--CGTT--GT--TTTTT---ATTAACATT--T---GGCGGGAACAAATCAACTATGTAAGATGAAACCAT-ATT-TT----TACTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGCTGT--AATGG-TCTGCGATAAGAAAG
gi|11563 : TTATTTCTTAACCTGG---AATGTAAAACTGAC--AA---AT-GCCCCTTGCCATGA-AAAAATGT-AAAG-GTATA-TTA---C---TGT------TATTGTG---ATTT-T-T-ATTGATTTGTTTTTTAAAAAC-CA--TAAGT--GAAGGC---G-A--GGTTTG----AATTTCATTATCTAAAGATTTCAAT---AAA-GAAATG-GA-TGAAGGTATAC-ATGA-TTTTTTCATCAGATATGTTCT------ACAGTGTGGG-----ATA-----G-----T----A-----AAAT-------T-G------TT-TCT---------A-TTT--C-TAA-----GTGGG-TA--TTGT--GT--TTTCTC--ACGAACATA--T---GATGGAATTAAATCATTAGTATAGGATGGGACATT-ATT-AT----TACAA------ACTTTAAATATAAA-ATGA-----T
gi|11564 : TTGTGTCTAAGCCTTGCATGATA-AA--CTGA---GACACATCGT---TTGCCATGAGAATAATAT-GGTG-GTATT-TTA---AATTTAG------TATTTTG---T----CGTTATGTATT--TTT-----AAA---GATTGAAAGTGAATGT---GCT--GCTCTA----ATATT-TTCACCAAGCTGATTCCA----AAG-AGAAATAGA-AGAGGGAATGC-ATGA-CTTTCGTATTATCTCTGTTCT------ACAG-----T-----ATG-----G-----A----GTAGT-A----------TAG------TTATCT-------CTG-TTT--CT--A-----AG-TG-GG--TATTCAGT--TGTTGC--ACCAAC-----TAGAGGTGGGAAAAGATCATTTATATAACTTGTA---AT-ACT-TGAA--TGGTAT-----ACATTATACATAAG-GTCA-----TATT-TTTT--AATATCTCT
gi|11565 : TTGTTTCTGAGTCTTGCATGATA-AA--CTGAGTCAC---ATCGT---TTGCCATGAGAATAATAT-GGTG-ATATT-TTA---AATTTAG------TATTTTG---G----C-GTAAGGA-T-ATTT-----TAAAG--ATTGAA-----AGTGAATGCACTGCTTTA----AGATT-GCCCTCAAGCTGATTCAAA---AGA-AAAATA-GA-AGATGGAATGC-ATGA-CTTTCGCATTATCTCTGTTCT------ACAA-----T-----AT------------T----G-----AGTAGTATAATT-G------TC-TCTG----------TTT--CT--A-----ATGGG-TA----TTCAGT--TA-TGC--ACCAAC-----TAGAGGTGGGAAAGGATCAATTATATAACTTGGA------ATT-TTAGAATGGTAT-----ACATTATACATAAG-TTAA-----TATTTCTG---AAT-T-TCT
gi|11566 : TCTTAATCTTGC-TAA---------------A---AT-----ATCTCAATAATAAAAGTTT-TGGGTGTATT-GAA---A---TACATCTACTATTTTG---TTTT-C-TCATGGAGT----T-----AAATGCAGTGAAC---GAAGCG---GCA--GACTTA----AAGTT-GTTATCTAAATGATTCCAT---AAT-GTAATT-GA-GGAAGGTATGC-ATAA-ATTTCTCATGATTTAAGTTCT------TGAA-----A-----AAG-----G-----T----ATATTTA----------T-G------TC-GCTG------CTG-TTT--CTT
gi|11567 : TATATCTATAATAAAA-TGT-TGAG-GTATT-GAC---A---TAT------GATTTTG---CTTT-C-TCATGG
gi|11568 : CCGTAATAGAAATGCATGTGTATATTTGTACACA---TAT------T--TTTA---TT------AATTGATT-GTTT-----AAAGGCTGAAAGA---GAAGGT---GCC--GATTTATGATAAG---G--ATCCAACTGTTTCCAT---AATGATA-TT-GA-AGAGGGAATGC-ATGG-CTTTCTCATTATTTCAGTTTT------T--A-----A-----ATGAC---G-----TACA-G-----A----------A-GAA----TC-ATTC------CTA-TTT--CTCAA-----GT-TA-TA--GATT------TTTTTC--GTTAACGTT--G---AGAGGAAATAAGTCAGTGATATAAAATGGTACCTT-ATT-AT----TATCT------ACTTTGTACATAAA-ATAA-----TATTGTTGT--TATGT-TCTTCGAT
gi|11569 : TTTGGATTTCT-C-TCACGGAGT-GCTT-----GTATGCAGCTAT----GAAGTG---ACA--TACTTA----AAATC-GTCACCTAATTGATTCCGT---AAT-ATAATT-GA-AGAAGGTATATAATGT-ATTTATCATGATTACAGTTAT------TGAA-----A-----GGG-----G-----T----------A----------T-A------GT-TCTGGCGCTTCTA-TTT--CTTAA-----AT-TG-TA--TGTT--GG--TCTTTC--TTTAACATT--T---GGTGGAAACACATT----------GATCAAACAAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATTAA-ATAA-----TATTTCTGT--GATGT-TCTTCGATACGACAG
gi|11570 : T-GTTT-----AAA---AATTGAA---AAAGAT---GCA--GA------------T-G--ATCTAGTTGATTCCATAAAAAG-ACACCT-GATGGA----ATAC-ATGATTTTTTTCATAACAGCTGTTCT------ACAATTGGGA-----ATA-----A-----C----A-----A----------T-A------TT-TTTA------CTA-TTT--C-TAA-----GT-GG-----------GT--AAGTTC--AT----ACTAGT---GGTGGAAACAAATCTTCGACATAAGTTGGAA-CATGATT-AT----TGTGT------ACTTTATACAT----GTAA-----CACTGTTTTTGAAT-T-TCT
gi|11571 : AGA---GAAGGT---GCG--GATTTA----AGGTT-GGGATCCCAATGGTATCAT---AATGATA-TT-GA-AGAGGGAATAC-ATGA-CTTTCTTATTGTTTCAGTTCT------TAAG-----T-----ATG-----G-----TACAGA-----A----------TAA------TC-ATTC------CTT-TTT--CTTAA-----GT-TA-TA--ATTT--GT--CCCGTC--ATTAACATT--G---AGAGGAAATACGTCAGGTATATAGGATG-----AT-A-C-TT----TACTAGAATCTACTTTGTACATAAC-ATAT-----GATTGTTGT--AATGT-TCTTCGAT
gi|11572 : TCTAACTTGTTCCAC---AAT-GCTATC-GA-AGAAGGTATAC-ATAA-TTGTCTACTTATTTCAGTTGTGCAGTAAGGA-----G-----ATG-----C-----T----GC----A----------T--------TA-TCTG------A-A-TTT--CTT-A-----AT-TGATA--ACTA--GTAGTGTTGCGAATCAA------T---GGAGGAATCAAGTCGCTTATATAGGAAGGGACCAT-ATTATT----TG-TG------GCTTTGTACATGAACATAAGTTTTTGTTGCT
gi|11573 : TCTAACTTGTTCCAC---AAT-ACTATC-GA-GGAAGGTATAC-AAGA-TTGCCTACTTATTTCAGTTCT------GCAG-----T-----AAG-----G-----A----G-----T----------T-GCTACATTA-TCCG------A-A-TTT--CTT-A-----AT-TGATAATCAGT--AG--TGTTGCGAATCAA------T---GGAGGAATCAAGTCGCCTATATAGGAAGGGAACAT-ATTATT----TG-GG------ACTTTGTACATGAACATAAGTTTTTGTTGCT
gi|11574 : GTTCCAA---ACT-GAAATA-GA-TGAGGGTATAC-ATGA-TTTGCGGCTTAGTTCAGTCCG------AGTA-----A-----TTG-----GAATATT----T-----A----------T-A------TC-ATTA------TTA-TTT--CTTAAGGCATAT-GG-TA--C-----GT--TTTCTC--CT--ACAGA--A---GAAGGGATAAGGTCTGATATATAAGACGGGATCAT-GTT-AT----GGGTA------GCTTTGTACATAAA-
gi|11575 : G------CTAATTTGGCTTCA-----AT-TG-TA--TGTT--GT--TTTTTT--ATTAACATT--T---GTCGGGAACAAATCAGCTATGCAAGATGTAACTAT-ATT-TT----TGCTA------ACCTTATACATAAA-GTAA-----TATTGTTGT--AATAG-TCTGCGATACGAAAG