lowQualScore : 22222 4444444 1111 1
lowQualScore : 888888 2 0 22222 5 2 8888888 2 33 444 2 77 777777 7 0 8 444 444 6 2 2 2 7777 5 33 2 3 777777
lowQualScore : ...... . . ..... . . ....... . .. ... . .. ...... . . . ... ... . . . . .... . .. . . ......
lowQualScore : 888888 9 6 77777 6 5 4444444 5 44 444 5 44 222222 4 9 2 444 444 0 5 5 5 8888 6 44 5 4 222222
consensus : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCT-ACAGTTCCTTAACAGGCG-A---TCCCCTTAGCACAGATTT-AT--TGGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGA-TTTT---AATGTCATCCC--TT-TTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
Reference ( gi|120390 ) : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCT-ACAGTTCTTTAACAGGTG-T---TCCCCTTAGCACAGCTTT-AT-ATGGACTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGTTGT------TATGTCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATAGT---A---TTTGCCTCCTCGTG-T-GTGA-TTTA---AATGTTATCCC--TT-TTACTAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120396 : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCT-ACATATCTTTAACAGGCG-A---TCCCTTAAGATCAGCTTT-AT-AAGGG-TTTCCTAAAGCTAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTACTGT------TATGCCTCTGTTTA--TT-TGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGATGATAGT---G---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGA-TTTC---AATGTCATCCC--TT-TTAATAACAATA------TATTTATCTATCTC
gi|120391 : CATGTTCGTTATACATGTATTTATGTCT-ACAGTTCCTTAACATGTG-A---TCCCCTTGGCACATATTT-AT--TAGGGTTTCCTGAAGATAATAATGAAGTTAAAATACA-AATACATCAGTAACAATT--G---AAA-TTGCTGT------TATACCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGGTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGTCTCCTCGTG-T-GTGA-TTTT---AATGTCACCCC--TT-TTAATAACAATA------TATTTATTTAGCTC
gi|120393 : CATGGTCGTTATA------TTTTTGTCT-ACAGTTCTTTAACAGGCG-A---TCCCCTTAGCACAGCTTT-ATTATAG--TTTCCTGAAAATGATAATGAAGTTAAAGTACA-------TCAGTATCATTT--T---AAA-ATTCTGT------TATGCCTGTCTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGACATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGA-TTTT---AATGTCAACCC--TT-TTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120395 : CGTGGTCGTTATA------TTTATGTCTAACAGTTCTTTAACAGGCG-A---TCTCTTTAACACAGCTTT-AT--TAGGGTTTCCTAAAGATAATGATAAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTTCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTTTGATCACTTGTGCGAAGATATT---A---TCTGCCTCATCGTG-TCGTGA-TTTC---AATGTCATCCT--TT-TT--------TA------TATTTATTTATCTC
gi|120392 : CATGGTCGTTGTA------TTTATGTAT-ACAGTTCCTTAACATGTG-A---TCCCCTCGGCACAGATTT-AT--TAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCAATT--A---AAA-TTACTGT------TATACCTCTGTTAAGTTCATTTGCTGCTATGATCACTTGTGC-AGGATATTAAGA---TCTGTTTCCTCGTG-T-GTAA-TTTT---AATGTCATCCA--TT-TCAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120394 : CATGGTCATTACA------TTTATGCCT-ATAGTTACTTAATAGGTG-A---TCCCCTTAGCACAGATTT-AT--TAGGGTCTCCTGAAGATAATGATGAAGTTATAGGACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAATTTCCTGT------TATGCCTCTGTTTGGTTTATGTGCTGCTATGATCA-TTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCATCCTCATG-T-GTGA-TTTT---AATGTCACCCT--TTCTTA-TAACAATA------TA-TTATTCATTTC
gi|120398 : CATGGTCGTTATA------TTAATGTCT-ACAGTTCTTTAACAGGCG-A---TCCCCTAAGCATAGCTTT-AT--TAGGGTTTCCTGGAGATGATGATGCAGTTAAAATACA-AACACATCAGTATCGTTT--G---TAA-TTGCCGT------TATGCCTCTGTTTA---TATGTGCTGCTATGAT-ACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTACCTACTCGAG-T-GTGA-TTTT---AATGTCATCTT--TT-TTAATAACAATA------ATTTTATTTATTTC
gi|120397 : CATGGTCGTTAT------------GTCT-TCAGTTCCTTAACAAGTG-A---CCCCCTTAGCACAGATTT-AT-TTGGG-TTACCTGAAGATAATGATGA-GTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGC--------------CTCTGTTTAGTTTATGAGCTGCTACGATCACTTGTACGAGGATATT---A---TCTGTCTCATCGTG-T-ATGATTTTAAATAATGTCATCCC--TT-TTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120399 : CGTGGTCGTTATA------TTTATGTAT-ACAGTTCCTAAATAGGTG-A---TCCC-TTAGCACAAATTTCAG-AGGG--TTTCCTGAAGATAATGATGAAGGTCAAGTACA-AACACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGTTGCCGGTATATCTCTGTTTAGTTTATGTGCTTCTATGATCACTTGTGAGGGGATAAT---A---TCTGC--------G-T-GTGA-TTTT---AATGTTATCCA--TT-TTAATAACAATA------TATTTATTGATCTC
gi|120401 : CAAGGTAGTTAAA------TGTATGTCT-ACAGTTCTTTAACAGGCG-A---CCCCCTTAGCACAGCTGT-AT--TAGGGTTTCCTGAGGATAATGATGAAGTTGAAGTACA-AATACATCAGTATCATTTTAGTATAAA-TTTCTGT------TATGTCTCTGTTTA---TATGTGCTGCTATGATCACTTGTGTGAGGATAGT---G---TCTGCCTCTTCGTG-T-GTGA-TT------------------------CTAACAATA------TTTTTTTTTATCTC
gi|120400 : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCT-ACAATTCCTTAACAAGTG-A---TTCCCTTAACACAGATGT-GT-TTGGG-TTACCTGAAGATAATGATAAAGTTAAAATTCA-AATACATCAATATCATTT--G---AAA-TTGC--------------CCCTGTTAAGTTTATATGTTGCTACGATAATTTGTTCTAGGATATT---A---TCTGCCTATTCGTG-T-GGGA-TTTT---AATGTCATCCC--TT-TTAATAACAATATACATGTATGTATTCATCTC
gi|120402 : ATGGTTGTTATA------TTTATGTCT-ACATTTCCTTAACAGGTGATCGATCCCCTTAGCACAGAATT-AT--TGAGATTTCCTGATGATAAAAATGAAATTAAAGTAAATAAAACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TCTGCCTCTGTTTAGTTAATGTGCTGCTATGATTATTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGTCTCCTCGTG-T-ATGA-TTTT---GATA-CATACCAGTC-TTACT----ATA------TATATATTTATCTC
gi|120403 : GGTCGTTAAA------TT-ATGTCT-ACATTTCCTTAGCATGTG-A---TCCCTTTAGCACAGATTT-AT--TAGGGTTTCCCGAAGATAATGATGAAGTTAATGTACA-AATATATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATA-CTC-----ACT---TGTGC------------------GAAGATATT---A---TCTGTCTCCTCATGAT-GTGA-TTTT---AATGTCACCCC--TT-TTAATAACAATA------TATTCATTTATCTC
gi|120405 : ATGTAT-ACAGTTCCTAAACATGTG-A---TCCCCTTGGCACATATTT-ATTAAGG--TTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACAT-------------------A-T----AT------TATACCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGC-AGGATATT---AAAATCTGTCTCCTCGTG-T-GTAA-TTTT---AATGTCATCCG--TT-TCAATAACAATA------TATTTATTTTTCTC
gi|120404 : ---TCCCCTTAGCACAGATTT-AT--TGGGGTTTTCTTTAGATAATAATGAAGTTAAAGTGCA-CATACGTTAGTATCATTT--G---AAA-TTACTGT------TATGCCTCTGATTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTCGTGCAAGGACAGT---A---TCTGCCTCCTCGCG-T-GTGG-TTTA---AATGTCAACAC--TT-TTAATAACAACA------TATTAATTTATATC
gi|120406 : atgttcattttattcatttaggggtgatcggCCCTTTAGCACAGCTTT-AT--TAGTGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTAAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTA--G---AAA-TTGCTGT------TATACCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATTATTACTTGTGTGAGGATAGT---T---TCTGCCTCTTCATG-T-GTGA-TTTT---TATGTCACCCC--TT-TTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
Alignments
lowQualScore : 888888 2 5555 0 2 4 2 33 444 2 1 666666 0 444 444 2 2 5555 33 666666
lowQualScore : ...... . .... . . . . .. ... . . ...... . ... ... . . .... .. ......
lowQualScore : 222222 7 3333 9 4 2 4 22 111 4 6 888888 3 111 111 4 4 0000 22 888888
consensus : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAGTTCCTTAACAGG----CGATCCCCTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
Reference ( family-863 ) : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAGTTCCTTAACAGG----CGATCCCCTTAGCACAGATTTAT-TGGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120390 : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAGTTCTTTAACAGG----TGTTCCCCTTAGCACAGCTTTATATGGACTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGTTGT------TATGTCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATAGT---A---TTTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----AAATGTTATCCC--TTTTACTAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120391 : CATGTTCGTTATACATGTATTTATGTCTA-CAGTTCCTTAACATG----TGATCCCCTTGGCACATATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATAATGAAGTTAAAATACA-AATACATCAGTAACAATT--G---AAA-TTGCTGT------TATACCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGGTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGTCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCACCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTAGCTC
gi|120392 : CATGGTCGTTGTA------TTTATGTATA-CAGTTCCTTAACATG----TGATCCCCTCGGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCAATT--A---AAA-TTACTGT------TATACCTCTGTTAAGTTCATTTGCTGCTATGATCACTTGTGC-AGGATATTAAGA---TCTGTTTCCTCGTG-T-GTAATTT----TAATGTCATCCA--TTTCAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120393 : CATGGTCGTTATA------TTTTTGTCTA-CAGTTCTTTAACAGG----CGATCCCCTTAGCACAGCTTTAT-TATAGTTTCCTGAAAATGATAATGAAGTTAAAGTACA-------TCAGTATCATTT--T---AAA-ATTCTGT------TATGCCTGTCTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGACATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCAACCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120394 : CATGGTCATTACA------TTTATGCCTA-TAGTTACTTAATAGG----TGATCCCCTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTCTCCTGAAGATAATGATGAAGTTATAGGACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAATTTCCTGT------TATGCCTCTGTTTGGTTTATGTGCTGCTATGATCA-TTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCATCCTCATG-T-GTGATTT----TAATGTCACCCT--TTCTTATAACAATA------TA-TTATTCATTTC
gi|120395 : CGTGGTCGTTATA------TTTATGTCTAACAGTTCTTTAACAGG----CGATCTCTTTAACACAGCTTTAT-TAGGGTTTCCTAAAGATAATGATAAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTTCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTTTGATCACTTGTGCGAAGATATT---A---TCTGCCTCATCGTG-TCGTGATTT----CAATGTCATCCT--TTTT--------TA------TATTTATTTATCTC
gi|120396 : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CATATCTTTAACAGG----CGATCCCTTAAGATCAGCTTTAT-AAGGGTTTCCTAAAGCTAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTACTGT------TATGCCTCTGTTTA-TT--TGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGATGATAGT---G---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----CAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATCTATCTC
gi|120397 : CATGGTCGTTAT------------GTCTT-CAGTTCCTTAACAAG----TGACCCCCTTAGCACAGATTTAT-TTGGGTTACCTGAAGATAATGATGA-GTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGC--------------CTCTGTTTAGTTTATGAGCTGCTACGATCACTTGTACGAGGATATT---A---TCTGTCTCATCGTG-T-ATGATTTTAAATAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120398 : CATGGTCGTTATA------TTAATGTCTA-CAGTTCTTTAACAGG----CGATCCCCTAAGCATAGCTTTAT-TAGGGTTTCCTGGAGATGATGATGCAGTTAAAATACA-AACACATCAGTATCGTTT--G---TAA-TTGCCGT------TATGCCTCTGTTTA---TATGTGCTGCTATGAT-ACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTACCTACTCGAG-T-GTGATTT----TAATGTCATCTT--TTTTAATAACAATA------ATTTTATTTATTTC
gi|120399 : CGTGGTCGTTATA------TTTATGTATA-CAGTTCCTAAATAGG----TGATCCC-TTAGCACAAATTTCA-GAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGGTCAAGTACA-AACACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGTTGCCGGTATATCTCTGTTTAGTTTATGTGCTTCTATGATCACTTGTGAGGGGATAAT---A---TCTGC--------G-T-GTGATTT----TAATGTTATCCA--TTTTAATAACAATA------TATTTATTGATCTC
gi|120400 : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAATTCCTTAACAAG----TGATTCCCTTAACACAGATGTGT-TTGGGTTACCTGAAGATAATGATAAAGTTAAAATTCA-AATACATCAATATCATTT--G---AAA-T--------------TGCCCCTGTTAAGTTTATATGTTGCTACGATAATTTGTTCTAGGATATT---A---TCTGCCTATTCGTG-T-GGGATTT----TAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATATACATGTATGTATTCATCTC
gi|120401 : CAAGGTAGTTAAA------TGTATGTCTA-CAGTTCTTTAACAGG----CGACCCCCTTAGCACAGCTGTAT-TAGGGTTTCCTGAGGATAATGATGAAGTTGAAGTACA-AATACATCAGTATCATTTTAGTATAAA-TTTCTGT------TATGTCTCTGTTTA---TATGTGCTGCTATGATCACTTGTGTGAGGATAGT---G---TCTGCCTCTTCGTG-T-GTGATTC------------------------TAACAATA------TTTTTTTTTATCTC
gi|120402 : ATGGTTGTTATA------TTTATGTCTA-CATTTCCTTAACAGGTGATCGATCCCCTTAGCACAGAATTAT-TGAGATTTCCTGATGATAAAAATGAAATTAAAGTAAATAAAACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TCTGCCTCTGTTTAGTTAATGTGCTGCTATGATTATTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGTCTCCTCGTG-T-ATGATTT----TGATA-CATACCAGTCTTACT----ATA------TATATATTTATCTC
gi|120403 : GGTCGTTAAA------TT-ATGTCTA-CATTTCCTTAGCATG----TGATCCCTTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCCGAAGATAATGATGAAGTTAATGTACA-AATATATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATAC------TCACT---TGTGC------------------GAAGATATT---A---TCTGTCTCCTCATGAT-GTGATTT----TAATGTCACCCC--TTTTAATAACAATA------TATTCATTTATCTC
gi|120404 : ----CGGTCCCCTTAGCACAGATTTAT-TGGGGTTTTCTTTAGATAATAATGAAGTTAAAGTGCA-CATACGTTAGTATCATTT--G---AAA-TTACTGT------TATGCCTCTGATTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTCGTGCAAGGACAGT---A---TCTGCCTCCTCGCG-T-GTGGTTT----AAATGTCAACAC--TTTTAATAACAACA------TATTAATTTATATC
gi|120405 : atgttcattttattcatttaggggtgatATGTATA-CAGTTCCTAAACATG----TGATCCCCTTGGCACATATTTAT-TAAGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACAT-------------------A-T----AT------TATACCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGC-AGGATATT---AAAATCTGTCTCCTCGTG-T-GTAATTT----TAATGTCATCCG--TTTCAATAACAATA------TATTTATTTTTCTC
gi|120406 : GAACCCTTTAGCACAGCTTTAT-TAGTGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTAAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTA--G---AAA-TTGCTGT------TATACCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATTATTACTTGTGTGAGGATAGT---T---TCTGCCTCTTCATG-T-GTGATTT----TTATGTCACCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
Alignments
lowQualScore : 888888 2 5555 0 2 2 33 444 2 1 666666 0 444 444 2 2 5555 33 666666
lowQualScore : ...... . .... . . . .. ... . . ...... . ... ... . . .... .. ......
lowQualScore : 222222 7 3333 9 4 4 22 111 4 6 888888 3 111 111 4 4 0000 22 888888
consensus : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAGTTCCTTAACAGG----CGATCCCCTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
Reference ( family-863 ) : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAGTTCCTTAACAGG----CGATCCCCTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120390 : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAGTTCTTTAACAGG----TGTTCCCCTTAGCACAGCTTTATATGGACTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGTTGT------TATGTCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATAGT---A---TTTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----AAATGTTATCCC--TTTTACTAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120391 : CATGTTCGTTATACATGTATTTATGTCTA-CAGTTCCTTAACATG----TGATCCCCTTGGCACATATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATAATGAAGTTAAAATACA-AATACATCAGTAACAATT--G---AAA-TTGCTGT------TATACCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGGTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGTCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCACCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTAGCTC
gi|120392 : CATGGTCGTTGTA------TTTATGTATA-CAGTTCCTTAACATG----TGATCCCCTCGGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCAATT--A---AAA-TTACTGT------TATACCTCTGTTAAGTTCATTTGCTGCTATGATCACTTGTGC-AGGATATTAAGA---TCTGTTTCCTCGTG-T-GTAATTT----TAATGTCATCCA--TTTCAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120393 : CATGGTCGTTATA------TTTTTGTCTA-CAGTTCTTTAACAGG----CGATCCCCTTAGCACAGCTTTAT-TATAGTTTCCTGAAAATGATAATGAAGTTAAAGTACA-------TCAGTATCATTT--T---AAA-ATTCTGT------TATGCCTGTCTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGACATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCAACCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120394 : CATGGTCATTACA------TTTATGCCTA-TAGTTACTTAATAGG----TGATCCCCTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTCTCCTGAAGATAATGATGAAGTTATAGGACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAATTTCCTGT------TATGCCTCTGTTTGGTTTATGTGCTGCTATGATCA-TTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCATCCTCATG-T-GTGATTT----TAATGTCACCCT--TTCTTATAACAATA------TA-TTATTCATTTC
gi|120395 : CGTGGTCGTTATA------TTTATGTCTAACAGTTCTTTAACAGG----CGATCTCTTTAACACAGCTTTAT-TAGGGTTTCCTAAAGATAATGATAAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTTCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTTTGATCACTTGTGCGAAGATATT---A---TCTGCCTCATCGTG-TCGTGATTT----CAATGTCATCCT--TTTT--------TA------TATTTATTTATCTC
gi|120396 : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CATATCTTTAACAGG----CGATCCCTTAAGATCAGCTTTAT-AAGGGTTTCCTAAAGCTAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTACTGT------TATGCCTCTGTTTA-TT--TGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGATGATAGT---G---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----CAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATCTATCTC
gi|120397 : CATGGTCGTTAT------------GTCTT-CAGTTCCTTAACAAG----TGACCCCCTTAGCACAGATTTAT-TTGGGTTACCTGAAGATAATGATGA-GTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGC--------------CTCTGTTTAGTTTATGAGCTGCTACGATCACTTGTACGAGGATATT---A---TCTGTCTCATCGTG-T-ATGATTTTAAATAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120398 : CATGGTCGTTATA------TTAATGTCTA-CAGTTCTTTAACAGG----CGATCCCCTAAGCATAGCTTTAT-TAGGGTTTCCTGGAGATGATGATGCAGTTAAAATACA-AACACATCAGTATCGTTT--G---TAA-TTGCCGT------TATGCCTCTGTTTA---TATGTGCTGCTATGAT-ACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTACCTACTCGAG-T-GTGATTT----TAATGTCATCTT--TTTTAATAACAATA------ATTTTATTTATTTC
gi|120399 : CGTGGTCGTTATA------TTTATGTATA-CAGTTCCTAAATAGG----TGATCCC-TTAGCACAAATTTCA-GAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGGTCAAGTACA-AACACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGTTGCCGGTATATCTCTGTTTAGTTTATGTGCTTCTATGATCACTTGTGAGGGGATAAT---A---TCTGC--------G-T-GTGATTT----TAATGTTATCCA--TTTTAATAACAATA------TATTTATTGATCTC
gi|120400 : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAATTCCTTAACAAG----TGATTCCCTTAACACAGATGTGT-TTGGGTTACCTGAAGATAATGATAAAGTTAAAATTCA-AATACATCAATATCATTT--G---AAA-T--------------TGCCCCTGTTAAGTTTATATGTTGCTACGATAATTTGTTCTAGGATATT---A---TCTGCCTATTCGTG-T-GGGATTT----TAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATATACATGTATGTATTCATCTC
gi|120401 : CAAGGTAGTTAAA------TGTATGTCTA-CAGTTCTTTAACAGG----CGACCCCCTTAGCACAGCTGTAT-TAGGGTTTCCTGAGGATAATGATGAAGTTGAAGTACA-AATACATCAGTATCATTTTAGTATAAA-TTTCTGT------TATGTCTCTGTTTA---TATGTGCTGCTATGATCACTTGTGTGAGGATAGT---G---TCTGCCTCTTCGTG-T-GTGATTC------------------------TAACAATA------TTTTTTTTTATCTC
gi|120402 : ATGGTTGTTATA------TTTATGTCTA-CATTTCCTTAACAGGTGATCGATCCCCTTAGCACAGAATTAT-TGAGATTTCCTGATGATAAAAATGAAATTAAAGTAAATAAAACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TCTGCCTCTGTTTAGTTAATGTGCTGCTATGATTATTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGTCTCCTCGTG-T-ATGATTT----TGATA-CATACCAGTCTTACT----ATA------TATATATTTATCTC
gi|120403 : GGTCGTTAAA------TT-ATGTCTA-CATTTCCTTAGCATG----TGATCCCTTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCCGAAGATAATGATGAAGTTAATGTACA-AATATATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATAC------TCACT---TGTGC------------------GAAGATATT---A---TCTGTCTCCTCATGAT-GTGATTT----TAATGTCACCCC--TTTTAATAACAATA------TATTCATTTATCTC
gi|120404 : ----CGGTCCCCTTAGCACAGATTTAT-TGGGGTTTTCTTTAGATAATAATGAAGTTAAAGTGCA-CATACGTTAGTATCATTT--G---AAA-TTACTGT------TATGCCTCTGATTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTCGTGCAAGGACAGT---A---TCTGCCTCCTCGCG-T-GTGGTTT----AAATGTCAACAC--TTTTAATAACAACA------TATTAATTTATATC
gi|120405 : atgttcattttattcatttaggggtgatATGTATA-CAGTTCCTAAACATG----TGATCCCCTTGGCACATATTTAT-TAAGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACAT-------------------A-T----AT------TATACCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGC-AGGATATT---AAAATCTGTCTCCTCGTG-T-GTAATTT----TAATGTCATCCG--TTTCAATAACAATA------TATTTATTTTTCTC
gi|120406 : GAACCCTTTAGCACAGCTTTAT-TAGTGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTAAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTA--G---AAA-TTGCTGT------TATACCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATTATTACTTGTGTGAGGATAGT---T---TCTGCCTCTTCATG-T-GTGATTT----TTATGTCACCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
blockSeqs : CATGTA A TGAT . T TA TAT T G TGCCGG AAG AAA A C TAAA AG TACATG
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAGTTCCTTAACAGG----CGATCCCCTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
finalCons : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAGTTCCTTAACAGG----CGATCCCCTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
Alignments
lowQualScore : 888888 2 5555 0 2 2 33 444 2 1 666666 0 444 444 2 2 5555 33 666666
lowQualScore : ...... . .... . . . .. ... . . ...... . ... ... . . .... .. ......
lowQualScore : 222222 7 3333 9 4 4 22 111 4 6 888888 3 111 111 4 4 0000 22 888888
consensus : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAGTTCCTTAACAGG----CGATCCCCTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
Reference ( family-863 ) : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAGTTCCTTAACAGG----CGATCCCCTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120390 : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAGTTCTTTAACAGG----TGTTCCCCTTAGCACAGCTTTATATGGACTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGTTGT------TATGTCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGATAGT---A---TTTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----AAATGTTATCCC--TTTTACTAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120391 : CATGTTCGTTATACATGTATTTATGTCTA-CAGTTCCTTAACATG----TGATCCCCTTGGCACATATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATAATGAAGTTAAAATACA-AATACATCAGTAACAATT--G---AAA-TTGCTGT------TATACCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGGTATGATCACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGTCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCACCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTAGCTC
gi|120392 : CATGGTCGTTGTA------TTTATGTATA-CAGTTCCTTAACATG----TGATCCCCTCGGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCAATT--A---AAA-TTACTGT------TATACCTCTGTTAAGTTCATTTGCTGCTATGATCACTTGTGC-AGGATATTAAGA---TCTGTTTCCTCGTG-T-GTAATTT----TAATGTCATCCA--TTTCAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120393 : CATGGTCGTTATA------TTTTTGTCTA-CAGTTCTTTAACAGG----CGATCCCCTTAGCACAGCTTTAT-TATAGTTTCCTGAAAATGATAATGAAGTTAAAGTACA-------TCAGTATCATTT--T---AAA-ATTCTGT------TATGCCTGTCTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGAGGACATT---A---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----TAATGTCAACCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120394 : CATGGTCATTACA------TTTATGCCTA-TAGTTACTTAATAGG----TGATCCCCTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTCTCCTGAAGATAATGATGAAGTTATAGGACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAATTTCCTGT------TATGCCTCTGTTTGGTTTATGTGCTGCTATGATCA-TTGTGCGAGGATATT---A---TCTGCATCCTCATG-T-GTGATTT----TAATGTCACCCT--TTCTTATAACAATA------TA-TTATTCATTTC
gi|120395 : CGTGGTCGTTATA------TTTATGTCTAACAGTTCTTTAACAGG----CGATCTCTTTAACACAGCTTTAT-TAGGGTTTCCTAAAGATAATGATAAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTTCTGT------TATGCCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTTTGATCACTTGTGCGAAGATATT---A---TCTGCCTCATCGTG-TCGTGATTT----CAATGTCATCCT--TTTT--------TA------TATTTATTTATCTC
gi|120396 : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CATATCTTTAACAGG----CGATCCCTTAAGATCAGCTTTAT-AAGGGTTTCCTAAAGCTAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTACTGT------TATGCCTCTGTTTA-TT--TGTGCTGCTATGATCACTTGTGCGATGATAGT---G---TCTGCCTCCTCGTG-T-GTGATTT----CAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATCTATCTC
gi|120397 : CATGGTCGTTAT------------GTCTT-CAGTTCCTTAACAAG----TGACCCCCTTAGCACAGATTTAT-TTGGGTTACCTGAAGATAATGATGA-GTTAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGC--------------CTCTGTTTAGTTTATGAGCTGCTACGATCACTTGTACGAGGATATT---A---TCTGTCTCATCGTG-T-ATGATTTTAAATAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC
gi|120398 : CATGGTCGTTATA------TTAATGTCTA-CAGTTCTTTAACAGG----CGATCCCCTAAGCATAGCTTTAT-TAGGGTTTCCTGGAGATGATGATGCAGTTAAAATACA-AACACATCAGTATCGTTT--G---TAA-TTGCCGT------TATGCCTCTGTTTA---TATGTGCTGCTATGAT-ACTTGTGCGAGGATATT---A---TCTACCTACTCGAG-T-GTGATTT----TAATGTCATCTT--TTTTAATAACAATA------ATTTTATTTATTTC
gi|120399 : CGTGGTCGTTATA------TTTATGTATA-CAGTTCCTAAATAGG----TGATCCC-TTAGCACAAATTTCA-GAGGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGGTCAAGTACA-AACACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGTTGCCGGTATATCTCTGTTTAGTTTATGTGCTTCTATGATCACTTGTGAGGGGATAAT---A---TCTGC--------G-T-GTGATTT----TAATGTTATCCA--TTTTAATAACAATA------TATTTATTGATCTC
gi|120400 : CATGGTCGTTATA------TTTATGTCTA-CAATTCCTTAACAAG----TGATTCCCTTAACACAGATGTGT-TTGGGTTACCTGAAGATAATGATAAAGTTAAAATTCA-AATACATCAATATCATTT--G---AAA-T--------------TGCCCCTGTTAAGTTTATATGTTGCTACGATAATTTGTTCTAGGATATT---A---TCTGCCTATTCGTG-T-GGGATTT----TAATGTCATCCC--TTTTAATAACAATATACATGTATGTATTCATCTC
gi|120401 : CAAGGTAGTTAAA------TGTATGTCTA-CAGTTCTTTAACAGG----CGACCCCCTTAGCACAGCTGTAT-TAGGGTTTCCTGAGGATAATGATGAAGTTGAAGTACA-AATACATCAGTATCATTTTAGTATAAA-TTTCTGT------TATGTCTCTGTTTA---TATGTGCTGCTATGATCACTTGTGTGAGGATAGT---G---TCTGCCTCTTCGTG-T-GTGATTC------------------------TAACAATA------TTTTTTTTTATCTC
gi|120402 : ATGGTTGTTATA------TTTATGTCTA-CATTTCCTTAACAGGTGATCGATCCCCTTAGCACAGAATTAT-TGAGATTTCCTGATGATAAAAATGAAATTAAAGTAAATAAAACATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TCTGCCTCTGTTTAGTTAATGTGCTGCTATGATTATTTGTGCGAGGATATT---A---TCTGTCTCCTCGTG-T-ATGATTT----TGATA-CATACCAGTCTTACT----ATA------TATATATTTATCTC
gi|120403 : GGTCGTTAAA------TT-ATGTCTA-CATTTCCTTAGCATG----TGATCCCTTTAGCACAGATTTAT-TAGGGTTTCCCGAAGATAATGATGAAGTTAATGTACA-AATATATCAGTATCATTT--G---AAA-TTGCTGT------TATAC------TCACT---TGTGC------------------GAAGATATT---A---TCTGTCTCCTCATGAT-GTGATTT----TAATGTCACCCC--TTTTAATAACAATA------TATTCATTTATCTC
gi|120404 : ----CGGTCCCCTTAGCACAGATTTAT-TGGGGTTTTCTTTAGATAATAATGAAGTTAAAGTGCA-CATACGTTAGTATCATTT--G---AAA-TTACTGT------TATGCCTCTGATTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTCGTGCAAGGACAGT---A---TCTGCCTCCTCGCG-T-GTGGTTT----AAATGTCAACAC--TTTTAATAACAACA------TATTAATTTATATC
gi|120405 : atgttcattttattcatttaggggtgatATGTATA-CAGTTCCTAAACATG----TGATCCCCTTGGCACATATTTAT-TAAGGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTTAAAGTACA-AATACAT-------------------A-T----AT------TATACCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATGATCACTTGTGC-AGGATATT---AAAATCTGTCTCCTCGTG-T-GTAATTT----TAATGTCATCCG--TTTCAATAACAATA------TATTTATTTTTCTC
gi|120406 : GAACCCTTTAGCACAGCTTTAT-TAGTGTTTCCTGAAGATAATGATGAAGTAAAAGTACA-AATACATCAGTATCATTA--G---AAA-TTGCTGT------TATACCTCTGTTTAGTTTATGTGCTGCTATTATTACTTGTGTGAGGATAGT---T---TCTGCCTCTTCATG-T-GTGATTT----TTATGTCACCCC--TTTTAATAACAATA------TATTTATTTATCTC