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Reference ( gi|16620 )        : CCCTTAAATTTCTTAAC----CCAACGAAAAACTGTTCTTAATGTTACAGTAGAA--CTTTCATGCATACGTCACAATTCAGAATAAATCTCTTTTGGCGATAACTGCAAAGAAACTC--GGGCTTTAATATAAGCCCTTATTTCTA---ATTTTT
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Reference ( family-855 )      : CCCTTAAATTTCTTAAC----CCAACGAAAAACTGTTCTTAATGTTACGGTAGAA--CTATCATGTATACGACACAATTCAGAATAAATCTCTTTTGGCGATAACTGCAAAGAAACTC--GGGCTTTAATGTAAGCCCTTATTTCTA---ATTTTT
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Reference ( family-855 )      : CCCTTAAATTTCTTAAC----CCAACGAAAAACTGTTCTTAATGTTACGGTAGAA--CTATCATGTATACGACACAATTCAGAATAAATCTCTTTTGGCGATAACTGCAAAGAAACTC--GGGCTTTAATGTAAGCCCTTATTTCTA---ATTTTT
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blockSeqs                     :                  .                                     .                                    T                         .                           AA   
blockSeqs                     :                  .                                     .                                    T                         .                           CT   
blockSeqs                     :                  .                                     .                                    T                         .                           AC   
blockSeqs                     :                  .                                     .                                    T                         .                           AT   
blockSeqs                     :                  .                                     .                                    C                         .                           AA   
blockSeqs                     :                  .                                     .                                    T                         .                           .    
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blockSeqs                     :                  .                                     .                                    T                         .                                
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CCCTTAAATTTCTTAAC----CCAACGAAAAACTGTTCTTAATGTTACGGTAGAA--CTATCATGTATACGACACAATTCAGAATAAATCTCTTTTGGCGATAACTGCAAAGAAACTC--GGGCTTTAATGTAAGCCCTTATTTCTA---ATTTTT
finalCons                     : CCCTTAAATTTCTTAAC----CCAACGAAAAACTGTTCTTAATGTTACGGTAGAA--CTATCATGTATACGACACAATTCAGAATAAATCTCTTTTGGCGATAACTGCAAAGAAACTC--GGGCTTTAATGTAAGCCCTTATTTCTA---ATTTTT





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lowQualScore                  :                  ....                                  ..                                   .                         ..                          .....     
lowQualScore                  :                  3333                                  22                                   4                         66                          11111     
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Reference ( family-855 )      : CCCTTAAATTTCTTAAC----CCAACGAAAAACTGTTCTTAATGTTACGGTAGAA--CTATCATGTATACGACACAATTCAGAATAAATCTCTTTTGGCGATAACTGCAAAGAAACTC--GGGCTTTAATGTAAGCCCTTATTTCTA---ATTTTT
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gi|16633                      :  CCTTAGATGTCTTATC----CCAA-----AACTGTTCTTAACGTTACGGTAGAA--CTATCATGTATACGGCACAATTCAGAATAAATCTCTTTTGGTGATAACTGCAAAGAAACTC--GGGCTTTAATGTAAGCCCTTATTTCT-----TTTTT
gi|16634                      :  CCTTAAATTTCTTAAC----CCAACGAAAAACTGTTCTTAATGTTACGGTAAAA--CTATCATGTATACGACAGAATTCAGAATAAATCCC--TTGGCTATAACTGCAAAGGAACTC--GGTCTTTAATGAAAGGCCCTATTTTT-----TTTTT
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gi|16636                      :                                    TTCATAATAATACAGTTTAA--CTGTCATATAAACGACACAATTTAGAATATATCTCTTTTGGTGATAACTGCAAAGAAATGC--GGGCTTTAATGTAAGCCCTTATTTCTA---ATTTTT