lowQualScore : 111111 11 22222222 222222222222 11 1111
lowQualScore : 4 999999 44 1 0 99 22 22 22 2 1 333 333 5 3 99999999 22 1 1 2 6666 1 1 4444444 1 22222 4 1 666 1 22 22 222 00000000 1 5 1 4 77 55 777777777777 0 0 00 3 55 2222
lowQualScore : . ...... .. . . .. .. .. .. . . ... ... . . ........ .. . . . .... . . ....... . ..... . . ... . .. .. ... ........ . . . . .. .. ............ . . .. . .. ....
lowQualScore : 4 555555 22 2 9 44 99 99 88 5 8 222 222 7 6 88888888 44 6 4 9 4444 3 3 3333333 4 22222 1 4 333 4 00 00 888 99999999 7 0 7 6 66 00 000000000000 2 5 00 6 00 7777
consensus : GGTATTTTACCCT--CA--TGGTTTAAGCTAAA--T--A--CCCCTTAG-T---T---TTCA-AA--------A--A-T-G-GAG-G--TAA-AT-T-------TACC-CC-TT--A-CT-TTT--A-AA--A--G---T--T---G-G-G-G-TAAANTTACTCC--TCC-AA---------ACAAATTTTCTG--A-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
Reference ( gi|7697 ) : GGTGTTTTACACT--GA--TGGTTTAAGCTAAA--T--A--CTCCTTAG-T---T---TTCA-AA--------A--A-T-G-GAG-G--TAA-AT-T-------TACC-CC-TT--A-CT-TTC--A-AA--A--G---T--T---G-G-G-G-TAAAGTTACTTC--TCC-AA--------TACAAATTTTCTG--A-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7696 : GGTATTTTACCCT--CA--TGGTTCA-GCTAAA--T--A--CATCTTAG-T---T---TTCAGAA--------A--A-T-G-GAG-G--TAA-AT-T-------TACC-CC-TT--A-CT-TTT--A-AA--A--G---T--T---G-G-GAG-TAAAGTTACTCC--TCT-TA--------TACAAATTTTCTG--A-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7698 : GGTATTTTACTCT--CA--TGGTTTA-GCTAAA--T--A--CCCCTTAG-T---T---TTCA-AA--------A--T-T-G-GAG-G--TAA-AT-T-------TACC-CT-TT--A-TC-TTT--A-AA--A--G---TA-G---G-G-G-G-AAAAGTTACTCC--T-C-AA---------ACAAAATTTCTA--T-ACCGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7700 : GGTATTTTACCCA--CA--TGATTTA-GCTAAA--T--A--TCCCTTAG-T---TAAACT---AA--------A--A-T-G-GTG-G--TAT-AT-T-------TACC-GC-TT--A-CT-TTA--A-AA--A--G---T--T---G-G-G-GGTAATGTTACTCC--TCT-AA--------TACAAATTTTCTG--A-ACTGA--AAT----ATGA
gi|7699 : GGTATTTTACCCT--CA--TCATTGAA-CTAAA--T--G--CCCCTAAG-G---T---TTCA-AA--------A--A-AAG-GAG-G--TAA-AT-T-------TACC-CTATT--A-CC-TTT--A-AA--A--G---T--T---A-A-AAG-TAAATTTACTCC--TCC-AA--------AACAAATTTTCTG--A-ACTGA--AAT----AGGAAAAAC
gi|7702 : GGTATTTTACTCT--CA--TGGTTTAATC-AAA--T--A--CGCCACAGAT---T---TTTA-AA--------T--A-T-G--------TAA-AT-T-------TACC----TT-----T-GTC--AGAA--A--A-------------------AAAGTTACTTC--TCTGAA--------AACAAAATTTCTA--A-ACTTA--AAT----ATGAAAAA
gi|7701 : GGTATTTTACCCTCTGACATGATT-AAACTAAA--T--A--CTCCTTAG-T---T---TTCA-AA--------A--A-T-G-GAG-G--TAA-AT-T-------T
gi|7703 : GTATTTTACTCT--CA--TGGTTTA-GCTAAA--T--A--CCCCTTAG-T---T---TTCA-AA--------A--A-T-G-GAG-G--TAA-AT-T-------TACC-TC-TCTAA-CT-TTC--A-AA--A--G---T--TG--G-G-G-G-TAAAGTTAATCC--TCC-AA--------TACAAATGTTCTG--A-AGTGA--AAT----ATGATAAA
gi|7706 : TGTTTTAC---------TG-TTTA-GCTAAA--T--ATACCACTTAG-T---T---TTTA-AA--------G--A-T-T-GGG-G--TAA-AT-T-------TACC-GC-TT--A-CT-TTC--A-AA--A--G---T--
gi|7704 : TATTTCACCCT--AA--TAATTAAAGCTAAA--T--A--CCATTCAG-T---T---CTCA-AA--------A--A-C-G-GAG-G--TAA-AT-T-------TACC-CA-TT--A-Cagtgagt
gi|7705 : TATTTTATCCC--CA--TGATGCA-GCCAAA--T--A--TCCCTTAG-T---T---TTCA-AA--------A--A-T-T-TAG-G--CAA-AT-T-------TACC-TC-Tc
gi|7703 : TTTGTATT--GG--AGGATTAACTT-----T--A--CCCCCAAC-T---T---TTGA-AA--------GTTA-G-A-GAG-G--TAA-AT-T-------TACC-TC--C--A-TT-TTT--G-AA--A--A---C--TAA-G-G-G-G-TA
gi|7707 : gtattttactctcatggtttagctaaaTTTACTCT--CA--TGGTTTAGCCTAA---T--A--TCCCTTGG-T---T---TTTG-AA--------A--A-T-G-GA--G--TAA-ATGTAATAAAATATC-CC-TT--A-CT-TTT--T-AATTA--G----------G-A-G-G-TAAAGT---TTC--TCC-------------------TTCT---A-AGTGA--AATAA--ATGAAAAtgttctgaagtgaaatatgataaa
gi|7708 : TACCCT--CA--TGATTTA-GCTAAATTT--A--CCCTTTAG-T---T---CTAA-AA--------T--A-T---GAG-G-------T-T-------CACT-CT-TA--A-CC-TAT--A-GA--A--A---T--A---G-GTG-G-TAAGTTTTCCCCT-TCC-AAATATTTTTTACAAAGTTTC
gi|7699 : TAAA--TTTA--CTT-TTAA-C---T---TTTA-AAGGT-----A--A-T-A-G-G-G--TAA-AT-T-------TACCTCC-TT--T-TT-TTG--A-AA--C--C---T--T---A-G-G-G-
gi|7710 : ggtattttaccctcatcattgaactaaatgcA--C--A--CTCATTAG-TAAGT---T--A-AA--------A--A-T-G-GGA-A--TAA-AT-T-------CACC-AA-TT--A-CT-TTT--A-AA--ATAG---T--------G-G-G-TAAAGTTACCTCCTTCC-AA---------ATAA----TTTG--A-ACTAAGTAATTATGATGAAActcctccaaaacaaattttctgaactgaaataggaaaaac
gi|7711 : A--T--A--CCGCTT-G-T---G---TTAA-AA--------A--AAC-G-GAG----TAATGT-T-------T-CC-CT-TT--A-CCATTT--A-AA--A--T---G--G---G-G-G-G-TAAAATAACTCC--TTC-CA--------GATATATTT
gi|7696 : --T--A--CTCCC-AA-C---T---TTTA-AA--------A--G-T-AAGGG-G--TAA-AT-T-------TACC-TC--C--A-TT-TTCTGA-AA--A--
gi|7712 : ggtattttaccctcatggttcagctaaatacatcttag--T--A--CTCCC-AA-C---T---TTTA-AA--------A--G-T-AAGGG-G--TAA-AT-T-------TACC-TC--C--A-TT-TTCTGA-AA--A--aagttactcctcttatacaaattttctgaactgaaatatgaaaaac
gi|7709 : ggagtaactt--T--A--CTCCTTAC-C---T---TT-A-AA--------A--A-T-C-GAGAG--TAA-AT-T-------TAC---------A-CT-TTC--A-AA--A--ctaagatgt
gi|7698 : tatatacccttataacagtttctaaaacgacaagtatgct--CCCCCTAC-T---T---TT-A-AA--------G--A-T-A-AAG-GG-TAA-AT-T-------TACC-TC-CA--A-TT-TTG--A-AA--A--C---TA-A---G-G-G-G-TAtaa
gi|7712 : ggtattttactctcatggtttagctaaaCTTAG-T---T---TTCAGAA--------A--A-T-G-GAG-G--TAA-AT-T-------TACC-CC-TT--A-CT-TTT--A-AA--A--G---T--T---G-G-GAG-TAAAGTTACTCC--aaaagttactcctcaaacaaaatttctataccgaaatatgaaaaac
gi|7710 : CTTAG-T---T-----CA-AATTATTTGGA--A---G-GAG-G--TAA-CT-T-------TACC-CA-CT--A--T-TTT--A-AA--A--GTAAT--T-------G-G-TGAATTTATTCC--atgt
gi|7705 : acactcattagtaagttaaaaatg--A-T-G-CAG-C--CAA-AT----------ATC-CC-TT--AGTT-TTC--A-AA--A--A---T--T---T-A-G-G-CAAATTTACCTC--Ttaattatgatgaaa
gi|7703 : tattttatccccatg-T-G-GAG-GATTAA-CT-T-------TACC-CC-CA--A-CT-TTT--G-AA--A--G---T--TAGAG-A-G-G-TAAATTTAC--C--TCC-A
gi|7699 : gtattttactctcatggtttagctaaataccccttagttttcaaaaa-T-G-GAG-GAGTAA-AT-T-------TACT-TT-TA--A-CT-TTT--A-AA--G--G---TAAT---A-G-G-G-TAAATTTACCTC--atacaaatgttctgaagtgaaatatgataaa
gi|7696 : ggtattttaccctcatcattgaactaaatgcccctaaggtttcaaaaaaag-G-GAG----TAA-CT-T-------TACT-CC-CA--A-CT-TTT--A-AA--A--G---T--AA--G-G-G-G-TAAATTTAC--C--TCC----------------ATTTTCTGAAA-ACTAA--GAT----GTaaacaaattttctgaactgaaataggaaaaac
gi|7698 : ggtattttaccctcatggttcagctaaat-G-GAG----TAA-CT-T-------TTCC-CC-CT--A-CT-TTT--A-AA--G--A---T--A---AAG-G-G-TAAATTTAC--C--TCC-AA--------Ttcttatacaaattttctgaactgaaatatgaaaaac
gi|7712 : ggtattttactctcatggtttagctaaataccccttagttttcaaa-G-GAG----TAA-CT-T-------TACT-CC-CA--A-CT-TTT--A-AA--A--G---T--AA--G-G-G-G-TAAATTTAC--C--TCC----------------ATTTTCTGAAA-ACTAA--GAT----GTtcaaacaaaatttctataccgaaatatgaaaaac
gi|7706 : AG-C--TAA-AT-A-------TACC-AC-TT--AGTT-TTT--A-AA--G--A---T--T---G-G-G-G-TAAATTTAC
gi|7701 : tgttttactgttt--TAA-AT----------ACT-CC-TT--AGTT-TTC--A-AA--A--A---T--G---G-A-G-G-TAAATTTcgcttactttcaaaagtagtgagt
gi|7713 : ggtattttaccctctgacatgattaaac-TT--A-CC-TTT--A-AA--A--G---T--TT--A-A-G-G-TAAAATTATTTA--TCC-CA-----------AAATTTT--A--ATACTAA--AAT----ATGAAAAA
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 1111
lowQualScore : 6666 000 33 33 2 2 777 444 0 4 2 2 2 2 2 7777777 2 33 2 2 66 666666666 1 2 8 3 44 9 3 4 55 4444
lowQualScore : .... ... .. .. . . ... ... . . . . . . . ....... . .. . . .. ......... . . . . .. . . . .. ....
lowQualScore : 5555 555 44 44 4 4 444 111 2 7 4 4 4 4 4 6666666 2 22 5 5 99 888888888 0 7 0 1 22 2 1 0 55 0000
consensus : GGTATTTTACCCTC----ATGGTTTAAGCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-G-GTAAAGTTA-CTCC-TC-C--AA-A-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
Reference ( family-840 ) : GGTATTTTACCCTC----ATGGTTTAAGCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-G-GTAAANTTA-CTCC-TC-C--AA-A-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7696 : GGTATTTTACCCTC----ATGGTTC-AGCTAAA--TA--CATCT-TAG-T---T---TTCAGAAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-GAGTAAAGTTA-CTCC-TCTT--AT-A-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7697 : GGTGTTTTACACTG----ATGGTTTAAGCTAAA--TA--CTCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTCA-AA--AGT-T-G-G-G-GTAAAGTTA-CTTC-TC-C--AATA-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7698 : GGTATTTTACTCTC----ATGGTTTA-GCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAT-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCT-TT--ATC-TTTA-AA--AGTAG-G-G-G-GAAAAGTTA-CTCC-T--C--AA-A-CAAAATTTCTAT-ACCGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7699 : GGTATTTTACCCTC----ATCATTGAA-CTAAA--TG--CCCCT-AAG-G---T---TTCA-AAAA-AAGG-AGGTAA-AT-T-------TACCCTATT--ACC-TTTA-AA--AGT-T-A-A-AAGTAAATTTA-CTCC-TC-C--AA-AACAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----AGGAAAAAC
gi|7700 : GGTATTTTACCCAC----ATGATTT-AGCTAAA--TA--TCCCT-TAG-T---TAAACT---AAAA-T-GG-TGGTAT-AT-T-------TACCGC-TT--ACT-TTAA-AA--AGT-TGG-G-G-GTAATGTTA-CTCC-TC-T--AATA-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGA
gi|7701 : GGTATTTTACCCTCTGACATGATT-AAACTAAA--TA--CTCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------T
gi|7702 : GGTATTTTACTCTC----ATGGTTTAATC-AAA--TA--CGCCA-CAGAT---T---TTTA-AATA-T-G-----TAA-AT-T-------TACC---TT----T-GTCAGAA--AA------------AAAGTTA-CTTC-TC-TGAAA-A-CAAAATTTCTAA-ACTTA--AAT----ATGAAAAA
gi|7703 : GTATTTTACTCTC----ATGGTTTA-GCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCTC-TCTAACT-TTCA-AA--AGT-TGG-G-G-GTAAAGTTA-ATCC-TC-C--AATA-CAAATGTTCTGA-AGTGA--AAT----ATGATAAA
gi|7704 : TATTTCACCCTA----ATAATTAAAGCTAAA--TA--CCATT-CAG-T---T---CTCA-AAAA-C-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCA-TT--AC
gi|7705 : TATTTTATCCCC----ATGATGCA-GCCAAA--TA--TCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-TT-AGGCAA-AT-T-------TACCTC-Tc
gi|7706 : TGTTTTACT----------GTTTA-GCTAAA--TATACCACT-TAG-T---T---TTTA-AAGA-T-TG-GGGTAA-AT-T-------TACCGC-TT--ACT-TTCA-AA--AGT-
gi|7706 : ACTCA-CT--ACT-TTTG-AA--AGT-A-A-GCG-GTAAATTTA-CCCC-agtgagt
gi|7707 : tgttttactgtttagctaaatataccacttagtttttaaagattTTTACTCTC----ATGGTTTAGCCTAA---TA--TCCCT-TGG-T---T---TTTG-AAAA-T-GG-A-GTAA-ATGTAATAAAATATCCC-TT--ACT-TTTT-AATTAG----G-A-G-GTAAAGTTT-CTCC------------------TTCT-A-AGTGA--AATAA--ATGAAAA
gi|7708 : TACCCTC----ATGATTT-AGCTAAATTTA--CCCTT-TAG-T---T---CTAA-AATA-T--G-AGG-----T-T-------CACTCT-TA--ACC-TATA-GA--AAT-A-G-GTG-GTAAGTTTT-CCCCTTC-C--AA-A-T--ATTTTTT
gi|7709 : TATA--TA--CCCTTATAA-CAG-T---TTCT-AAAA-C-GACAAGTAT-GC-T-------TACTCC-TT--ACC-TTTA-AA--AAT-C-GAG-A-GTAAATTTA-CACT-TT-C--AA-A-acaaagtttc
gi|7710 : A--CA--CTCAT-TAG-TAAGT---T--A-AAAA-T-GG-GAATAA-AT-T-------CACCAA-TT--ACT-TTTA-AAATAGT-----G-G-GTAAAGTTACCTCCTTC-C--AA-A-TAA----TTTGA-ACTAAGTAATTATGATGAAAataa
gi|7711 : A--TA--CCGCT-T-G-T---G---TTAA-AAAAAC-GG-AG-TAATGT-T-------T-CCCT-TT--ACCATTTA-AA--ATG-G-G-G-G-GTAAAATAA-CTCCTTC-C--AG-A-TATATTT
gi|7712 : CT-TAG-T---T---TTCAGAAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-GAGTAAAGTTA-CTCC-
gi|7713 : -TT--ACC-TTTA-AA--AGT-TTA-A-G-GTAAAATTA-TTTA-TC-C--CA----AAATTT--TAATACTAA--AAT----ATGAAAAAatgt
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 1111
lowQualScore : 6666 000 33 33 2 2 777 444 0 4 2 2 2 2 2 7777777 2 33 2 2 66 666666666 2 8 3 44 9 33 4 55 4444
lowQualScore : .... ... .. .. . . ... ... . . . . . . . ....... . .. . . .. ......... . . . .. . .. . .. ....
lowQualScore : 5555 555 44 44 4 4 444 111 2 7 4 4 4 4 4 6666666 2 22 5 5 99 888888888 7 0 1 22 2 33 0 55 0000
consensus : GGTATTTTACCCTC----ATGGTTTAAGCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-G-GTAAAGTTA-CTCC-TC-C--AA-A-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
Reference ( family-840 ) : GGTATTTTACCCTC----ATGGTTTAAGCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-G-GTAAAGTTA-CTCC-TC-C--AA-A-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7696 : GGTATTTTACCCTC----ATGGTTC-AGCTAAA--TA--CATCT-TAG-T---T---TTCAGAAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-GAGTAAAGTTA-CTCC-TCTT--AT-A-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7697 : GGTGTTTTACACTG----ATGGTTTAAGCTAAA--TA--CTCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTCA-AA--AGT-T-G-G-G-GTAAAGTTA-CTTC-TC-C--AATA-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7698 : GGTATTTTACTCTC----ATGGTTTA-GCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAT-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCT-TT--ATC-TTTA-AA--AGTAG-G-G-G-GAAAAGTTA-CTCC-T--C--AA-A-CAAAATTTCTAT-ACCGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7699 : GGTATTTTACCCTC----ATCATTGAA-CTAAA--TG--CCCCT-AAG-G---T---TTCA-AAAA-AAGG-AGGTAA-AT-T-------TACCCTATT--ACC-TTTA-AA--AGT-T-A-A-AAGTAAATTTA-CTCC-TC-C--AA-AACAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----AGGAAAAAC
gi|7700 : GGTATTTTACCCAC----ATGATTT-AGCTAAA--TA--TCCCT-TAG-T---TAAACT---AAAA-T-GG-TGGTAT-AT-T-------TACCGC-TT--ACT-TTAA-AA--AGT-TGG-G-G-GTAATGTTA-CTCC-TC-T--AATA-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGA
gi|7701 : GGTATTTTACCCTCTGACATGATT-AAACTAAA--TA--CTCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------T
gi|7702 : GGTATTTTACTCTC----ATGGTTTAATC-AAA--TA--CGCCA-CAGAT---T---TTTA-AATA-T-G-----TAA-AT-T-------TACC---TT----T-GTCAGAA--AA------------AAAGTTA-CTTC-TC-TGAAA-A-CAAAATTTCTAA-ACTTA--AAT----ATGAAAAA
gi|7703 : GTATTTTACTCTC----ATGGTTTA-GCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCTC-TCTAACT-TTCA-AA--AGT-TGG-G-G-GTAAAGTTA-ATCC-TC-C--AATA-CAAATGTTCTGA-AGTGA--AAT----ATGATAAA
gi|7704 : TATTTCACCCTA----ATAATTAAAGCTAAA--TA--CCATT-CAG-T---T---CTCA-AAAA-C-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCA-TT--AC
gi|7705 : TATTTTATCCCC----ATGATGCA-GCCAAA--TA--TCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-TT-AGGCAA-AT-T-------TACCTC-Tc
gi|7706 : TGTTTTACT----------GTTTA-GCTAAA--TATACCACT-TAG-T---T---TTTA-AAGA-T-TG-GGGTAA-AT-T-------TACCGC-TT--ACT-TTCA-AA--AGT-
gi|7706 : ACTCA-CT--ACT-TTTG-AA--AGT-A-A-GCG-GTAAATTTA-CCCC-agtgagt
gi|7707 : tgttttactgtttagctaaatataccacttagtttttaaagattTTTACTCTC----ATGGTTTAGCCTAA---TA--TCCCT-TGG-T---T---TTTG-AAAA-T-GG-A-GTAA-ATGTAATAAAATATCCC-TT--ACT-TTTT-AATTAG----G-A-G-GTAAAGTTT-CTCC------------------TTCT-A-AGTGA--AATAA--ATGAAAA
gi|7708 : TACCCTC----ATGATTT-AGCTAAATTTA--CCCTT-TAG-T---T---CTAA-AATA-T--G-AGG-----T-T-------CACTCT-TA--ACC-TATA-GA--AAT-A-G-GTG-GTAAGTTTT-CCCCTTC-C--AA-A-T--ATTTTTT
gi|7709 : TATA--TA--CCCTTATAA-CAG-T---TTCT-AAAA-C-GACAAGTAT-GC-T-------TACTCC-TT--ACC-TTTA-AA--AAT-C-GAG-A-GTAAATTTA-CACT-TT-C--AA-A-acaaagtttc
gi|7710 : A--CA--CTCAT-TAG-TAAGT---T--A-AAAA-T-GG-GAATAA-AT-T-------CACCAA-TT--ACT-TTTA-AAATAGT-----G-G-GTAAAGTTACCTCCTTC-C--AA-A-TAA----TTTGA-ACTAAGTAATTATGATGAAAataa
gi|7711 : A--TA--CCGCT-T-G-T---G---TTAA-AAAAAC-GG-AG-TAATGT-T-------T-CCCT-TT--ACCATTTA-AA--ATG-G-G-G-G-GTAAAATAA-CTCCTTC-C--AG-A-TATATTT
gi|7712 : CT-TAG-T---T---TTCAGAAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-GAGTAAAGTTA-CTCC-
gi|7713 : -TT--ACC-TTTA-AA--AGT-TTA-A-G-GTAAAATTA-TTTA-TC-C--CA-A---AATTTT--AATACTAA--AAT----ATGAAAAAatgt
blockSeqs : TGAC TAA TT TA A A AAG AAA G A A C T G AATAAAA A TA A G TT AGGGG C T . GA T AC T GT TATG
blockSeqs : . GAA . . . . AG . . . . . . . . . . . . AT TAAAA . T . . T C . . AA
blockSeqs : . TAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGGGG . T . . T C . . .
blockSeqs : . AAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGGGG . . . . . C . . .
blockSeqs : . TAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAGCG . . . . . C . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGGTG . . . . . C . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . CGAGA . . . . . T . . .
blockSeqs : . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGGGA . . . . . T . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTAAG . . . . . T . . .
blockSeqs : . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGGG . . . . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGGG . . . . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . GAG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . GG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : GGTATTTTACCCTC----ATGGTTTAAGCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-G-GTAAAGTTA-CTCC-TC-C--AA-A-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
finalCons : GGTATTTTACCCTC----ATGGTTTAAGCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-G-GTAAAGTTA-CTCC-TC-C--AA-A-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 1111
lowQualScore : 6666 000 33 33 2 2 777 444 0 4 2 2 2 2 2 7777777 2 33 2 2 66 666666666 2 8 3 44 9 33 4 55 4444
lowQualScore : .... ... .. .. . . ... ... . . . . . . . ....... . .. . . .. ......... . . . .. . .. . .. ....
lowQualScore : 5555 555 44 44 4 4 444 111 2 7 4 4 4 4 4 6666666 2 22 5 5 99 888888888 7 0 1 22 2 33 0 55 0000
consensus : GGTATTTTACCCTC----ATGGTTTAAGCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-G-GTAAAGTTA-CTCC-TC-C--AA-A-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
Reference ( family-840 ) : GGTATTTTACCCTC----ATGGTTTAAGCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-G-GTAAAGTTA-CTCC-TC-C--AA-A-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7696 : GGTATTTTACCCTC----ATGGTTC-AGCTAAA--TA--CATCT-TAG-T---T---TTCAGAAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-GAGTAAAGTTA-CTCC-TCTT--AT-A-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7697 : GGTGTTTTACACTG----ATGGTTTAAGCTAAA--TA--CTCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTCA-AA--AGT-T-G-G-G-GTAAAGTTA-CTTC-TC-C--AATA-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7698 : GGTATTTTACTCTC----ATGGTTTA-GCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAT-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCT-TT--ATC-TTTA-AA--AGTAG-G-G-G-GAAAAGTTA-CTCC-T--C--AA-A-CAAAATTTCTAT-ACCGA--AAT----ATGAAAAAC
gi|7699 : GGTATTTTACCCTC----ATCATTGAA-CTAAA--TG--CCCCT-AAG-G---T---TTCA-AAAA-AAGG-AGGTAA-AT-T-------TACCCTATT--ACC-TTTA-AA--AGT-T-A-A-AAGTAAATTTA-CTCC-TC-C--AA-AACAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----AGGAAAAAC
gi|7700 : GGTATTTTACCCAC----ATGATTT-AGCTAAA--TA--TCCCT-TAG-T---TAAACT---AAAA-T-GG-TGGTAT-AT-T-------TACCGC-TT--ACT-TTAA-AA--AGT-TGG-G-G-GTAATGTTA-CTCC-TC-T--AATA-CAAATTTTCTGA-ACTGA--AAT----ATGA
gi|7701 : GGTATTTTACCCTCTGACATGATT-AAACTAAA--TA--CTCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------T
gi|7702 : GGTATTTTACTCTC----ATGGTTTAATC-AAA--TA--CGCCA-CAGAT---T---TTTA-AATA-T-G-----TAA-AT-T-------TACC---TT----T-GTCAGAA--AA------------AAAGTTA-CTTC-TC-TGAAA-A-CAAAATTTCTAA-ACTTA--AAT----ATGAAAAA
gi|7703 : GTATTTTACTCTC----ATGGTTTA-GCTAAA--TA--CCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCTC-TCTAACT-TTCA-AA--AGT-TGG-G-G-GTAAAGTTA-ATCC-TC-C--AATA-CAAATGTTCTGA-AGTGA--AAT----ATGATAAA
gi|7704 : TATTTCACCCTA----ATAATTAAAGCTAAA--TA--CCATT-CAG-T---T---CTCA-AAAA-C-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCA-TT--AC
gi|7705 : TATTTTATCCCC----ATGATGCA-GCCAAA--TA--TCCCT-TAG-T---T---TTCA-AAAA-T-TT-AGGCAA-AT-T-------TACCTC-Tc
gi|7706 : TGTTTTACT----------GTTTA-GCTAAA--TATACCACT-TAG-T---T---TTTA-AAGA-T-TG-GGGTAA-AT-T-------TACCGC-TT--ACT-TTCA-AA--AGT-
gi|7706 : ACTCA-CT--ACT-TTTG-AA--AGT-A-A-GCG-GTAAATTTA-CCCC-agtgagt
gi|7707 : tgttttactgtttagctaaatataccacttagtttttaaagattTTTACTCTC----ATGGTTTAGCCTAA---TA--TCCCT-TGG-T---T---TTTG-AAAA-T-GG-A-GTAA-ATGTAATAAAATATCCC-TT--ACT-TTTT-AATTAG----G-A-G-GTAAAGTTT-CTCC------------------TTCT-A-AGTGA--AATAA--ATGAAAA
gi|7708 : TACCCTC----ATGATTT-AGCTAAATTTA--CCCTT-TAG-T---T---CTAA-AATA-T--G-AGG-----T-T-------CACTCT-TA--ACC-TATA-GA--AAT-A-G-GTG-GTAAGTTTT-CCCCTTC-C--AA-A-T--ATTTTTT
gi|7709 : TATA--TA--CCCTTATAA-CAG-T---TTCT-AAAA-C-GACAAGTAT-GC-T-------TACTCC-TT--ACC-TTTA-AA--AAT-C-GAG-A-GTAAATTTA-CACT-TT-C--AA-A-acaaagtttc
gi|7710 : A--CA--CTCAT-TAG-TAAGT---T--A-AAAA-T-GG-GAATAA-AT-T-------CACCAA-TT--ACT-TTTA-AAATAGT-----G-G-GTAAAGTTACCTCCTTC-C--AA-A-TAA----TTTGA-ACTAAGTAATTATGATGAAAataa
gi|7711 : A--TA--CCGCT-T-G-T---G---TTAA-AAAAAC-GG-AG-TAATGT-T-------T-CCCT-TT--ACCATTTA-AA--ATG-G-G-G-G-GTAAAATAA-CTCCTTC-C--AG-A-TATATTT
gi|7712 : CT-TAG-T---T---TTCAGAAAA-T-GG-AGGTAA-AT-T-------TACCCC-TT--ACT-TTTA-AA--AGT-T-G-G-GAGTAAAGTTA-CTCC-
gi|7713 : -TT--ACC-TTTA-AA--AGT-TTA-A-G-GTAAAATTA-TTTA-TC-C--CA-A---AATTTT--AATACTAA--AAT----ATGAAAAAatgt