lowQualScore : 11 22222222 111111111
lowQualScore : 2 55 22222222 7777777 111111111 2 33 33 666 444 2
lowQualScore : . .. ........ ....... ......... . .. .. ... ... .
lowQualScore : 7 99 11111111 6666666 888888888 4 22 44 999 444 7
consensus : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGTCG-AGAGA--AG-C--AA-------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
Reference ( gi|128901 ) : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGTCC-AGAGA--CG-A--AA-------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128903 : AAATATTGAA-AAGACTAAAATGTCA-AGAGA--AG-C--AA-------TAGAAATGCAACAGG---------AG-GGAGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128902 : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAATCG-AGAGA--AG-C--AA-------TAGAAATATAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATTGGT---ACATA---A-AAATTTC
gi|128904 : AAACATTGAA-AAGGCTAAAAAGTCG-AGAGAAGCG-A--GAGAAGCGATAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---G-AAGTTTC
gi|128906 : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGTCG-AGAGA--CA-C--AA-------AAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CATATAGAT---ACATA---A-AGGTTT
gi|128900 : AACTATTGAA-AATGCTAAAAAGTCG-AGAAA--AG-C--AA-------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGC--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTGTC
gi|128909 : AAATAATGAA-AAGGCTAAAAAGTCC-AGAGA--AG-C--AA-------GTGAAATGTACCAGGA--------AA-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATG---A-AAGTTTC
gi|128907 : AAAAATTGAA-AAGGCTAAAAAGTCG-AGAGA--AG-C--AA-------TTGAAATGTAACATG---------AG-GTGGT--TA--TAAATAGGT---TCATT---A-AAGTTTC
gi|128908 : AAATATTGAA-AATACTAAAAAGTAG-AGAGA--AG-C--AA-------TAGAAATGTAATAGG---------AA-GGGAT--TA--CAAATAAGT---ACATA---G-TAGTTTC
gi|128905 : AAATATTGAA-AAGGTTAAAAAGTC---GAGA--AG-AGCAA-------TAGAAATTTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGTACAACATA---A-AA
gi|128910 : AGATATTGCATAAGGCTAAAAAGTCG-AGAAA--AGCA--AA-------T-GAAATATAACAGG---------AG-AGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-
gi|128911 : AAATATTGAC-ATTACTAAAAAGCCG-AGAGA--AG-C--AA-------TAGAACTGTAACAGGTGTGGGGGAGG-GGGGTGGTA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128912 : AAATAGTGAA-AAGGCTAAAACGACG-AGAGA--AG-C--AA-------AAGAAATGTAACATA---------AG-GGGGT--AA--CAAATAGTT---ACATA---ACAAGGTTC
gi|128913 : AAAT-TTGAA-AAGGCTAAAATGTTG-AGAGA--AG-C--AA-------TAGAAATGTTACAGG---------AG-GGGGT--TATTCACATATAT---ATATA---
gi|128914 : AAATATTGAA-AATACTAAAAAGTGCGAGAGA--AG-C--AA-------CAGAAATGTAACAGA---------AGCGGGAT--T
gi|128915 : AA-AAGGCTAAAAAGTCG-ATAGA--AG-C--AA-------TAGAA----AACAGG---------AA-GGG----TA--CAAATAGGTA--ACCTACTTA-AAATTT
gi|128916 : GTTAAAAAGTCG-AGAGA--AA-A--AA-------TATAAATGAAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGA---ACATA---A-AA
gi|128917 : TGAAAAGTCG-AGAAA--AG-C--AA-------TAAAAATGTATCAGG---------AA-TGGGT--TA--CATATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 2 2 888888888 111111111 2 33 33 666 444 2
lowQualScore : . . ......... ......... . .. .. ... ... .
lowQualScore : 5 2 999999999 111111111 2 11 22 555 111 5
consensus : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
Reference ( family-834 ) : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128900 : AACTATTGAA-AATGCTAAAAAGT-CGAGAAAAGCAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGC--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTGTC
gi|128901 : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CCAGAGACGAAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128902 : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAAT-CGAGAGAAGCAA---------TAGAAATATAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATTGGT---ACATA---A-AAATTTC
gi|128903 : AAATATTGAA-AAGACTAAAATGT-CAAGAGAAGCAA---------TAGAAATGCAACAGG---------AG-GGAGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128904 : AAACATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCGAGAGAAGCGATAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---G-AAGTTTC
gi|128905 : AAATATTGAA-AAGGTTAAAAAGT-CGAGAAGAGCAA---------TAGAAATTTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGTACAACATA---A-AA
gi|128906 : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGACACAA---------AAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CATATAGAT---ACATA---A-AGGTTT
gi|128907 : AAAAATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCAA---------TTGAAATGTAACATG---------AG-GTGGT--TA--TAAATAGGT---TCATT---A-AAGTTTC
gi|128908 : AAATATTGAA-AATACTAAAAAGT-AGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTAATAGG---------AA-GGGAT--TA--CAAATAAGT---ACATA---G-TAGTTTC
gi|128909 : AAATAATGAA-AAGGCTAAAAAGT-CCAGAGAAGCAA---------GTGAAATGTACCAGGA--------AA-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATG---A-AAGTTTC
gi|128910 : AGATATTGCATAAGGCTAAAAAGT-CGAGAAAAGCAA---------ATGAAATATAACAGG---------AG-AGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-
gi|128911 : AAATATTGAC-ATTACTAAAAAGC-CGAGAGAAGCAA---------TAGAACTGTAACAGGTGTGGGGGAGG-GGGGTGGTA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128912 : AAATAGTGAA-AAGGCTAAAACGA-CGAGAGAAGCAA---------AAGAAATGTAACATA---------AG-GGGGT--AA--CAAATAGTT---ACATA---ACAAGGTTC
gi|128913 : AAAT-TTGAA-AAGGCTAAAATGT-TGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTTACAGG---------AG-GGGGT--TATTCACATATAT---ATATA---
gi|128914 : AAATATTGAA-AATACTAAAAAGTGCGAGAGAAGCAA---------CAGAAATGTAACAGA---------AGCGGGAT--T
gi|128915 : AA-AAGGCTAAAAAGT-CGATAGAAGCAA---------TAGAA----AACAGG---------AA-GGG----TA--CAAATAGGTA--ACCTACTTA-AAATTT
gi|128916 : GTTAAAAAGT-CGAGAGAAAAAA---------TATAAATGAAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGA---ACATA---A-AA
gi|128917 : TGAAAAGT-CGAGAAAAGCAA---------TAAAAATGTATCAGG---------AA-TGGGT--TA--CATATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 2 2 888888888 111111111 2 33 33 666 444 2
lowQualScore : . . ......... ......... . .. .. ... ... .
lowQualScore : 5 2 999999999 111111111 2 11 22 555 111 5
consensus : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
Reference ( family-834 ) : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128900 : AACTATTGAA-AATGCTAAAAAGT-CGAGAAAAGCAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGC--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTGTC
gi|128901 : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CCAGAGACGAAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128902 : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAAT-CGAGAGAAGCAA---------TAGAAATATAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATTGGT---ACATA---A-AAATTTC
gi|128903 : AAATATTGAA-AAGACTAAAATGT-CAAGAGAAGCAA---------TAGAAATGCAACAGG---------AG-GGAGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128904 : AAACATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCGAGAGAAGCGATAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---G-AAGTTTC
gi|128905 : AAATATTGAA-AAGGTTAAAAAGT-CGAGAAGAGCAA---------TAGAAATTTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGTACAACATA---A-AA
gi|128906 : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGACACAA---------AAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CATATAGAT---ACATA---A-AGGTTT
gi|128907 : AAAAATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCAA---------TTGAAATGTAACATG---------AG-GTGGT--TA--TAAATAGGT---TCATT---A-AAGTTTC
gi|128908 : AAATATTGAA-AATACTAAAAAGT-AGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTAATAGG---------AA-GGGAT--TA--CAAATAAGT---ACATA---G-TAGTTTC
gi|128909 : AAATAATGAA-AAGGCTAAAAAGT-CCAGAGAAGCAA---------GTGAAATGTACCAGGA--------AA-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATG---A-AAGTTTC
gi|128910 : AGATATTGCATAAGGCTAAAAAGT-CGAGAAAAGCAA---------ATGAAATATAACAGG---------AG-AGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-
gi|128911 : AAATATTGAC-ATTACTAAAAAGC-CGAGAGAAGCAA---------TAGAACTGTAACAGGTGTGGGGGAGG-GGGGTGGTA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128912 : AAATAGTGAA-AAGGCTAAAACGA-CGAGAGAAGCAA---------AAGAAATGTAACATA---------AG-GGGGT--AA--CAAATAGTT---ACATA---ACAAGGTTC
gi|128913 : AAAT-TTGAA-AAGGCTAAAATGT-TGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTTACAGG---------AG-GGGGT--TATTCACATATAT---ATATA---
gi|128914 : AAATATTGAA-AATACTAAAAAGTGCGAGAGAAGCAA---------CAGAAATGTAACAGA---------AGCGGGAT--T
gi|128915 : AA-AAGGCTAAAAAGT-CGATAGAAGCAA---------TAGAA----AACAGG---------AA-GGG----TA--CAAATAGGTA--ACCTACTTA-AAATTT
gi|128916 : GTTAAAAAGT-CGAGAGAAAAAA---------TATAAATGAAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGA---ACATA---A-AA
gi|128917 : TGAAAAGT-CGAGAAAAGCAA---------TAAAAATGTATCAGG---------AA-TGGGT--TA--CATATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
blockSeqs : T G GAGAAGCGA TGTGGGGGA C GG TT ACA CTT C
blockSeqs : . . . A . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
finalCons : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
Alignments
lowQualScore : 111111111
lowQualScore : 2 2 888888888 111111111 2 33 33 666 444 2
lowQualScore : . . ......... ......... . .. .. ... ... .
lowQualScore : 5 2 999999999 111111111 2 11 22 555 111 5
consensus : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
Reference ( family-834 ) : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128900 : AACTATTGAA-AATGCTAAAAAGT-CGAGAAAAGCAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGC--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTGTC
gi|128901 : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CCAGAGACGAAA---------TAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128902 : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAAT-CGAGAGAAGCAA---------TAGAAATATAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATTGGT---ACATA---A-AAATTTC
gi|128903 : AAATATTGAA-AAGACTAAAATGT-CAAGAGAAGCAA---------TAGAAATGCAACAGG---------AG-GGAGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128904 : AAACATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCGAGAGAAGCGATAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---G-AAGTTTC
gi|128905 : AAATATTGAA-AAGGTTAAAAAGT-CGAGAAGAGCAA---------TAGAAATTTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGTACAACATA---A-AA
gi|128906 : AAATATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGACACAA---------AAGAAATGTAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CATATAGAT---ACATA---A-AGGTTT
gi|128907 : AAAAATTGAA-AAGGCTAAAAAGT-CGAGAGAAGCAA---------TTGAAATGTAACATG---------AG-GTGGT--TA--TAAATAGGT---TCATT---A-AAGTTTC
gi|128908 : AAATATTGAA-AATACTAAAAAGT-AGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTAATAGG---------AA-GGGAT--TA--CAAATAAGT---ACATA---G-TAGTTTC
gi|128909 : AAATAATGAA-AAGGCTAAAAAGT-CCAGAGAAGCAA---------GTGAAATGTACCAGGA--------AA-GGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATG---A-AAGTTTC
gi|128910 : AGATATTGCATAAGGCTAAAAAGT-CGAGAAAAGCAA---------ATGAAATATAACAGG---------AG-AGGGT--TA--CAAATAGGT---ACATA---A-
gi|128911 : AAATATTGAC-ATTACTAAAAAGC-CGAGAGAAGCAA---------TAGAACTGTAACAGGTGTGGGGGAGG-GGGGTGGTA--CAAATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC
gi|128912 : AAATAGTGAA-AAGGCTAAAACGA-CGAGAGAAGCAA---------AAGAAATGTAACATA---------AG-GGGGT--AA--CAAATAGTT---ACATA---ACAAGGTTC
gi|128913 : AAAT-TTGAA-AAGGCTAAAATGT-TGAGAGAAGCAA---------TAGAAATGTTACAGG---------AG-GGGGT--TATTCACATATAT---ATATA---
gi|128914 : AAATATTGAA-AATACTAAAAAGTGCGAGAGAAGCAA---------CAGAAATGTAACAGA---------AGCGGGAT--T
gi|128915 : AA-AAGGCTAAAAAGT-CGATAGAAGCAA---------TAGAA----AACAGG---------AA-GGG----TA--CAAATAGGTA--ACCTACTTA-AAATTT
gi|128916 : GTTAAAAAGT-CGAGAGAAAAAA---------TATAAATGAAACAGG---------AG-GGGGT--TA--CAAATAGGA---ACATA---A-AA
gi|128917 : TGAAAAGT-CGAGAAAAGCAA---------TAAAAATGTATCAGG---------AA-TGGGT--TA--CATATAGGT---ACATA---A-AAGTTTC