lowQualScore : 1111111 11111111 222 1
lowQualScore : 4 555 555 888 6 3 9999999 2 2 33 55 3333333 44444444 33 222 8888 2 2 777777 6 5 33 33 3 4 7 0
lowQualScore : . ... ... ... . . ....... . . .. .. ....... ........ .. ... .... . . ...... . . .. .. . . . .
lowQualScore : 2 888 444 555 0 1 4444444 9 9 99 44 9999999 33333333 99 666 0000 7 7 777777 6 3 99 99 4 6 4 5
consensus : AATAGATGATGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATTA-C--ACTA-TAATT------ACTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATAATTTTATA-TA---CTCATGTATAA-ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCTTCACCAAGTT
Reference ( gi|114441 ) : AACAGATGATGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAACATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATTA-C--ACTG-TAATC------ACTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATAATTTTATT-TA---CTCATGTATAA-ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGCGTAC--GTG--AGAATGTAAATGAAATGATAATCACACTCCGGTTTTACCAGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114431 : AATATATGATGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTTGA---AAA---TCCATTATACCAGAAA-AAATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATTA-C--ACTA-TAATT------ACTTAATTTACC--------TTTTATCGTC--ATAATTTTATA-TA---CTCATGTATAA-ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTTCTTCGCCAAGTT
gi|114432 : tgcAATGGATGATTTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAAA---AAA---TCCTATATACCAGGAA-AGATAATTTCTAAATA------TAATT-AATTGTATTA-C--ACTA-TAATT------ACTTAATTTACC--------ATTTATCATC--ATGATTTTGGA-TA---CTCATGTATAA-ATAGCTATATTTAGC-T------TTTGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCTGGTTTTACCAGGTCCTTCGCCAAG
gi|114434 : tgcAATAGATGATGTAAATGAAGTGTATTTCT---TGTTTACACGGA---AAA---TCCAGTATACAAGAAA-TGATAATTTCTAAATA------AACTT-TATTGTATTA-C--ACTA-AAATT------ACTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATAATTTTATA-TA---CTCATGTATAA-ATAGCTATAGTAAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114433 : tgcAATAAATGATATAAATGATGCGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTTCAAATA------TAATT-AATTGTATTA-C--ACTA-TAATT------ACTTAATTTACC--------TTTTATCATCATATAATTTTA---AA---CACATGTATAA-ATAGCTATATTTAGA-T------TTCGGTGTGCGTGTG--AGAATATAAATGACATGACTATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCTTTACCAAGTT
gi|114437 : tgcAATAGATGATGTAAACGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAACT-AATTGTATTA-C--ACTA-TGATA------ACTTAATTTACT--------TTTTATAATC--ATAATTTTATA-TA---CTCATGTATAA-ATAGCTTTATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACNNNNNNNNNNCC
gi|114442 : tgcAACAGATGATGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATATTTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATTA-C--ACTA-CAATC------ACTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATAATTTTATA-TA---CTCATGTATAA-ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTG
gi|114443 : AATAGATGATGAAAATGATGCGTGTTTCT---TGTTTATTTGGA---ATA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTGTTAAATA------TTATT-AATTGTATTT-A--ACTA-TAATT------GCTTAATTTACCCT------TTTTATCAT---ATACATGTA---TA---CACATGTATAA-AAAGCTATATTTAGCTT------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGAAAATAACATTATAATCACACTCggaatattatgacgtg
gi|114439 : AATAAATGATATCAACGACATGTGTTTCT---TGTATATA-AGA---GAAG--TGCAATACACTACTAA-ATAACATTTTCAAATT------TAATT-AATT-TAACATC--AATG-CAAT-------AC-TGATTTGCCTTTATTCATTTTTTCATC--ATAAATACATTATA------ACGTATA-------TATATTTAGA-T------ATTGGTTTGC--ATT--ACAATTCAAATGGCATGACAATCCCA
gi|114440 : cAATAAATGAAACTAATGTTGGGTGTTTCTCAATGAATATTTGGG---AAA---TGCAATACACCATGAA-ACATATTTTTCAAAC-------TAATT-AATTTTATTG-TTAAATGTTAATTCAATTAACTTAATTAATC---------TTTAT--TC--ATTGTTTCATCATAAAGATAATG-ACAATGTAACTATA--------------TTCGGTGTGC--ATG--AAAAT
gi|114435 : cGATGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TACATTATACCAGAAA-AGATAATGTCCAAATA------TAATT-AATTGTATTA-C--ACTA-TAATT------ATTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATGATACTATA-TA---TTCATGTATAA-AT-GTTATATTTAGC-T------TTCGTTG-GC--GCG--AGAATGTAAATGACATGATTATCACACTCCAGTTTTACCGAGTCCTTCACCAAGTT
gi|114436 : tgcaatagatgaatccGATGTAAATAATGTATTTTTCC---TGTTTATGTAGA---AAA---TACAATATACCAGAAATATATAATTTCTAAAT-------TAATTTAATTGTTTTA-C--ACTA-TAATT------ACTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATAATACTATA-TA---TTCATGTATAA-ATAGTTATATTTAGC-T------TTCGGTGTTC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGAGTCCTTCACCAAGTT
gi|114438 : tgcaatagatgaatccGATGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGCAGA---AAAAAATACAATAAACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATACATGTATAATT-AATTGTATTA-T--ACAA-TAATT------ACTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATAATTTTATA-TA---CTCCTGTATAA-ATAGCTTTATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGA---------CACACTCCGATTTTACGGGGTCCCCCACCAAGTT
gi|114444 : tgcaatagatgaatccTAGATTGAAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATCATTTCCAAGTA------TAATT-AATTGTATTA-C--CCTG-TAATC------ACTTAATTTA-G--------TCTTATCA----------------------TCATGTATAA-ATAGCTATATTTAGC-T------AT------------------AT-TAAATGAAATGATAATCACATTCCGGTTTTACTGGGTCCATCACTAAGTT
gi|114445 : ATN-NNNNNNNNNA-C--ACTA-TAATC------ACTTAATTTACC--------TTTTATTATC--ATAATTT------A------ATGTATAA-ATAGCTATATTAAGC-T------TTCGGTGTAC--GTG--AGAATGTAAATGAAATGATAATCATACACCGGTTTTACCGGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114446 : A-ATGACTATAATTAGC-TATTGAATTCGGTGCAC--GTGTGAGAGTGAAAATATCATGACAATCACAC
gi|114447 : AATGTAAA----ATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114448 : CCCCGGTTTTACCGGGTCCTTCACCAAGTT
Alignments
lowQualScore : 222222 11111111
lowQualScore : 666666 555 555 777 2 888888 2 66666 2 444 2 33333333 33 2 2 8888 666 2 777777 33 33 2
lowQualScore : ...... ... ... ... . ...... . ..... . ... . ........ .. . . .... ... . ...... .. .. .
lowQualScore : 555555 444 000 999 9 222222 7 77777 7 777 7 33333333 77 7 7 5555 999 5 222222 44 44 4
consensus : AATAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCNTCACCAAGTT
Reference ( family-833 ) : AATAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCTTCACCAAGTT
gi|114431 : AATATATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTTGA---AAA---TCCATTATACCAGAAA-AAATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCGTC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTTCTTCGCCAAGTT
gi|114432 : tgcAATGGATGA------TTTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAAA---AAA---TCCTATATACCAGGAA-AGATAATTTCTAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------ATTTATCATC--ATG-ATTTTGG-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTTGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCTGGTTTTACCAGGTCCTTCGCCAAG
gi|114433 : tgcAATAAATGA------TATAAATGATGCGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTTCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATCATATA-ATTTTAA-ACA-----CATGTATAA---ATAGCTATATTTAGA-T------TTCGGTGTGCGTGTG--AGAATATAAATGACATGACTATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCTTTACCAAGTT
gi|114434 : tgcAATAGATGA------TGTAAATGAAGTGTATTTCT---TGTTTACACGGA---AAA---TCCAGTATACAAGAAA-TGATAATTTCTAAATA------AACTT-TATTGTATT-----A-CACTA---AAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATAGTAAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114435 : tgcAATAGATGAATCCGATGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TACATTATACCAGAAA-AGATAATGTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-TTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATG-ATACTAT-ATAT---TCATGTATAA---AT-GTTATATTTAGC-T------TTCGTTG-GC--GCG--AGAATGTAAATGACATGATTATCACACTCCAGTTTTACCGAGTCCTTCACCAAGTT
gi|114436 : tgcAATAGATGAATCCGATGTAAATAATGTATTTTTCC---TGTTTATGTAGA---AAA---TACAATATACCAGAAATATATAATTTCTAAAT-------TAATTTAATTGTTTT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATACTAT-ATAT---TCATGTATAA---ATAGTTATATTTAGC-T------TTCGGTGTTC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGAGTCCTTCACCAAGTT
gi|114437 : tgcAATAGATGA------TGTAAACGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAACT-AATTGTATT-----A-CACTA---TGATAA-CTTAATTTACT--------TTTTATAATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTTTATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACNNNNNNNNNNCC
gi|114438 : tgcAATAGATGAATCCGATGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGCAGA---AAAAAATACAATAAACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATACATGTATAATT-AATTGTATT-----A-TACAA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCCTGTATAA---ATAGCTTTATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGA---------CACACTCCGATTTTACGGGGTCCCCCACCAAGTT
gi|114439 : tgcAATAAATGA------TATCAACGACATGTGTTTCT---TGTATATA-AGA---GAAG--TGCAATACACTACTAA-ATAACATTTTCAAATT------TAATT-AATT-TAAC-----ATCAATG---CAA-TA-C-TGATTTGCCTTTATTCATTTTTTCATC--ATA-A----AT-A-------CAT-TATAACGTATA--TATATTTAGA-T------ATTGGTTTGC--ATT--ACAATTCAAATGGCATGACAATCCCA
gi|114440 : cAATAAATGA------AACTAATGTTGGGTGTTTCTCAATGAATATTTGGG---AAA---TGCAATACACCATGAA-ACATATTTTTCAAAC-------TAATT-AATTTTATTGTTAAA-TGTTAATTCAATTAACTTAATTAATC--------TTT-AT--TC--ATT-GTTTCATCATAAAGATAATG-ACAAT--GTAACTATATT--------------CGGTGTGC--ATG--AAAAT
gi|114441 : cAACAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAACATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTG---TAATCA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-TTAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGCGTAC--GTG--AGAATGTAAATGAAATGATAATCACACTCCGGTTTTACCAGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114442 : AACAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATATTTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---CAATCA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCG--------GTG--GGAATAT-TATGACGTG
gi|114443 : AATAGATGA------TGAAAATGATGCGTGTTTCT---TGTTTATTTGGA---ATA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTGTTAAATA------TTATT-AATTGTATT-----T-AACTA---TAATTG-CTTAATTTACCCT------TTTTATCAT---ATACA---TGT-ATAC---ACATGTATAA---AAAGCTATATTTAGCTT------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGAAAATAACATTATAATCACACTC
gi|114444 : TAGATTGAAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATCATTTCCAAGTA------TAATT-AATTGTATT-----A-CCCTG---TAATCA-CTTAATTTA-G--------TCTTATCA-----------------------TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------AT------------------AT-TAAATGAAATGATAATCACATTCCGGTTTTACTGGGTCCATCACTAAGTT
gi|114445 : ATN-NNNNNNNNN-----A-CACTA---TAATCA-CTTAATTTACC--------TTTTATTATC--ATA-ATTT------A------ATGTATAA---ATAGCTATATTAAGC-T------TTCGGTGTAC--GTG--AGAATGTAAATGAAATGATAATCATACACCGGTTTTACCGGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114446 : A---ATGACTATAATTAGC-TATTGAATTCGGTGCAC--GTGTGAGAGTGAAAATATCATGACAATCACAC
gi|114447 : AATGTAAA----ATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114448 : CCCCGGTTTTACCGGGTCCTTCACCAAGTT
Alignments
lowQualScore : 222222 11111111
lowQualScore : 666666 555 555 777 2 888888 2 66666 2 444 2 33333333 33 2 2 8888 666 2 777777 33 33 1
lowQualScore : ...... ... ... ... . ...... . ..... . ... . ........ .. . . .... ... . ...... .. .. .
lowQualScore : 555555 444 000 999 9 222222 7 77777 7 777 7 33333333 77 7 7 5555 999 5 222222 44 44 0
consensus : AATAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCNTCACCAAGTT
Reference ( family-833 ) : AATAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCNTCACCAAGTT
gi|114431 : AATATATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTTGA---AAA---TCCATTATACCAGAAA-AAATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCGTC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTTCTTCGCCAAGTT
gi|114432 : tgcAATGGATGA------TTTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAAA---AAA---TCCTATATACCAGGAA-AGATAATTTCTAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------ATTTATCATC--ATG-ATTTTGG-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTTGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCTGGTTTTACCAGGTCCTTCGCCAAG
gi|114433 : tgcAATAAATGA------TATAAATGATGCGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTTCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATCATATA-ATTTTAA-ACA-----CATGTATAA---ATAGCTATATTTAGA-T------TTCGGTGTGCGTGTG--AGAATATAAATGACATGACTATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCTTTACCAAGTT
gi|114434 : tgcAATAGATGA------TGTAAATGAAGTGTATTTCT---TGTTTACACGGA---AAA---TCCAGTATACAAGAAA-TGATAATTTCTAAATA------AACTT-TATTGTATT-----A-CACTA---AAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATAGTAAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114435 : tgcAATAGATGAATCCGATGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TACATTATACCAGAAA-AGATAATGTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-TTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATG-ATACTAT-ATAT---TCATGTATAA---AT-GTTATATTTAGC-T------TTCGTTG-GC--GCG--AGAATGTAAATGACATGATTATCACACTCCAGTTTTACCGAGTCCTTCACCAAGTT
gi|114436 : tgcAATAGATGAATCCGATGTAAATAATGTATTTTTCC---TGTTTATGTAGA---AAA---TACAATATACCAGAAATATATAATTTCTAAAT-------TAATTTAATTGTTTT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATACTAT-ATAT---TCATGTATAA---ATAGTTATATTTAGC-T------TTCGGTGTTC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGAGTCCTTCACCAAGTT
gi|114437 : tgcAATAGATGA------TGTAAACGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAACT-AATTGTATT-----A-CACTA---TGATAA-CTTAATTTACT--------TTTTATAATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTTTATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACNNNNNNNNNNCC
gi|114438 : tgcAATAGATGAATCCGATGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGCAGA---AAAAAATACAATAAACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATACATGTATAATT-AATTGTATT-----A-TACAA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCCTGTATAA---ATAGCTTTATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGA---------CACACTCCGATTTTACGGGGTCCCCCACCAAGTT
gi|114439 : tgcAATAAATGA------TATCAACGACATGTGTTTCT---TGTATATA-AGA---GAAG--TGCAATACACTACTAA-ATAACATTTTCAAATT------TAATT-AATT-TAAC-----ATCAATG---CAA-TA-C-TGATTTGCCTTTATTCATTTTTTCATC--ATA-A----AT-A-------CAT-TATAACGTATA--TATATTTAGA-T------ATTGGTTTGC--ATT--ACAATTCAAATGGCATGACAATCCCA
gi|114440 : cAATAAATGA------AACTAATGTTGGGTGTTTCTCAATGAATATTTGGG---AAA---TGCAATACACCATGAA-ACATATTTTTCAAAC-------TAATT-AATTTTATTGTTAAA-TGTTAATTCAATTAACTTAATTAATC--------TTT-AT--TC--ATT-GTTTCATCATAAAGATAATG-ACAAT--GTAACTATATT--------------CGGTGTGC--ATG--AAAAT
gi|114441 : cAACAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAACATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTG---TAATCA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-TTAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGCGTAC--GTG--AGAATGTAAATGAAATGATAATCACACTCCGGTTTTACCAGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114442 : AACAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATATTTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---CAATCA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCG--------GTG--GGAATAT-TATGACGTG
gi|114443 : AATAGATGA------TGAAAATGATGCGTGTTTCT---TGTTTATTTGGA---ATA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTGTTAAATA------TTATT-AATTGTATT-----T-AACTA---TAATTG-CTTAATTTACCCT------TTTTATCAT---ATACA---TGT-ATAC---ACATGTATAA---AAAGCTATATTTAGCTT------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGAAAATAACATTATAATCACACTC
gi|114444 : TAGATTGAAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATCATTTCCAAGTA------TAATT-AATTGTATT-----A-CCCTG---TAATCA-CTTAATTTA-G--------TCTTATCA-----------------------TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------AT------------------AT-TAAATGAAATGATAATCACATTCCGGTTTTACTGGGTCCATCACTAAGTT
gi|114445 : ATN-NNNNNNNNN-----A-CACTA---TAATCA-CTTAATTTACC--------TTTTATTATC--ATA-ATTT------A------ATGTATAA---ATAGCTATATTAAGC-T------TTCGGTGTAC--GTG--AGAATGTAAATGAAATGATAATCATACACCGGTTTTACCGGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114446 : A---ATGACTATAATTAGC-TATTGAATTCGGTGCAC--GTGTGAGAGTGAAAATATCATGACAATCACAC
gi|114447 : AATGTAAA----ATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114448 : CCCCGGTTTTACCGGGTCCTTCACCAAGTT
blockSeqs : ATCCGA CAA TTG AAA T CATGTA T GTTAA T ATT A TTTATTCA AT C C AAGA CGT T ATTGAA GT TG T
blockSeqs : ATCCGA . . G . . . . . . . CT . . . C T . . . . T
blockSeqs : ATCCGA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AATAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCNTCACCAAGTT
finalCons : AATAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCNTCACCAAGTT
Alignments
lowQualScore : 222222 11111111
lowQualScore : 666666 555 555 777 2 888888 2 66666 2 444 2 33333333 33 2 2 8888 666 2 777777 33 33 1
lowQualScore : ...... ... ... ... . ...... . ..... . ... . ........ .. . . .... ... . ...... .. .. .
lowQualScore : 555555 444 000 999 9 222222 7 77777 7 777 7 33333333 77 7 7 5555 999 5 222222 44 44 0
consensus : AATAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCNTCACCAAGTT
Reference ( family-833 ) : AATAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCNTCACCAAGTT
gi|114431 : AATATATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTTGA---AAA---TCCATTATACCAGAAA-AAATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCGTC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTTCTTCGCCAAGTT
gi|114432 : tgcAATGGATGA------TTTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAAA---AAA---TCCTATATACCAGGAA-AGATAATTTCTAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------ATTTATCATC--ATG-ATTTTGG-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTTGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCTGGTTTTACCAGGTCCTTCGCCAAG
gi|114433 : tgcAATAAATGA------TATAAATGATGCGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTTCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATCATATA-ATTTTAA-ACA-----CATGTATAA---ATAGCTATATTTAGA-T------TTCGGTGTGCGTGTG--AGAATATAAATGACATGACTATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCTTTACCAAGTT
gi|114434 : tgcAATAGATGA------TGTAAATGAAGTGTATTTCT---TGTTTACACGGA---AAA---TCCAGTATACAAGAAA-TGATAATTTCTAAATA------AACTT-TATTGTATT-----A-CACTA---AAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATAGTAAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114435 : tgcAATAGATGAATCCGATGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TACATTATACCAGAAA-AGATAATGTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---TAATTA-TTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATG-ATACTAT-ATAT---TCATGTATAA---AT-GTTATATTTAGC-T------TTCGTTG-GC--GCG--AGAATGTAAATGACATGATTATCACACTCCAGTTTTACCGAGTCCTTCACCAAGTT
gi|114436 : tgcAATAGATGAATCCGATGTAAATAATGTATTTTTCC---TGTTTATGTAGA---AAA---TACAATATACCAGAAATATATAATTTCTAAAT-------TAATTTAATTGTTTT-----A-CACTA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATACTAT-ATAT---TCATGTATAA---ATAGTTATATTTAGC-T------TTCGGTGTTC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGAGTCCTTCACCAAGTT
gi|114437 : tgcAATAGATGA------TGTAAACGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAACT-AATTGTATT-----A-CACTA---TGATAA-CTTAATTTACT--------TTTTATAATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTTTATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGACATGATAATCACACNNNNNNNNNNCC
gi|114438 : tgcAATAGATGAATCCGATGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGCAGA---AAAAAATACAATAAACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATACATGTATAATT-AATTGTATT-----A-TACAA---TAATTA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCCTGTATAA---ATAGCTTTATTTAGC-T------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGTAAATGA---------CACACTCCGATTTTACGGGGTCCCCCACCAAGTT
gi|114439 : tgcAATAAATGA------TATCAACGACATGTGTTTCT---TGTATATA-AGA---GAAG--TGCAATACACTACTAA-ATAACATTTTCAAATT------TAATT-AATT-TAAC-----ATCAATG---CAA-TA-C-TGATTTGCCTTTATTCATTTTTTCATC--ATA-A----AT-A-------CAT-TATAACGTATA--TATATTTAGA-T------ATTGGTTTGC--ATT--ACAATTCAAATGGCATGACAATCCCA
gi|114440 : cAATAAATGA------AACTAATGTTGGGTGTTTCTCAATGAATATTTGGG---AAA---TGCAATACACCATGAA-ACATATTTTTCAAAC-------TAATT-AATTTTATTGTTAAA-TGTTAATTCAATTAACTTAATTAATC--------TTT-AT--TC--ATT-GTTTCATCATAAAGATAATG-ACAAT--GTAACTATATT--------------CGGTGTGC--ATG--AAAAT
gi|114441 : cAACAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAACATACCAGAAA-AGATAATTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTG---TAATCA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-TTAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCGGCGTAC--GTG--AGAATGTAAATGAAATGATAATCACACTCCGGTTTTACCAGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114442 : AACAGATGA------TGTAAATGATGTGTATTTCT---TGTTTATGTAGA---AAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATATTTTCCAAATA------TAATT-AATTGTATT-----A-CACTA---CAATCA-CTTAATTTACC--------TTTTATCATC--ATA-ATTTTAT-ATAC---TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------TTCG--------GTG--GGAATAT-TATGACGTG
gi|114443 : AATAGATGA------TGAAAATGATGCGTGTTTCT---TGTTTATTTGGA---ATA---TCCAATATACCAGAAA-AGATAATTGTTAAATA------TTATT-AATTGTATT-----T-AACTA---TAATTG-CTTAATTTACCCT------TTTTATCAT---ATACA---TGT-ATAC---ACATGTATAA---AAAGCTATATTTAGCTT------TTCGGTGTGC--GTG--AGAATGAAAATAACATTATAATCACACTC
gi|114444 : TAGATTGAAA---TCCAATATACCAGAAA-AGATCATTTCCAAGTA------TAATT-AATTGTATT-----A-CCCTG---TAATCA-CTTAATTTA-G--------TCTTATCA-----------------------TCATGTATAA---ATAGCTATATTTAGC-T------AT------------------AT-TAAATGAAATGATAATCACATTCCGGTTTTACTGGGTCCATCACTAAGTT
gi|114445 : ATN-NNNNNNNNN-----A-CACTA---TAATCA-CTTAATTTACC--------TTTTATTATC--ATA-ATTT------A------ATGTATAA---ATAGCTATATTAAGC-T------TTCGGTGTAC--GTG--AGAATGTAAATGAAATGATAATCATACACCGGTTTTACCGGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114446 : A---ATGACTATAATTAGC-TATTGAATTCGGTGCAC--GTGTGAGAGTGAAAATATCATGACAATCACAC
gi|114447 : AATGTAAA----ATGATAATCACACTCCGGTTTTACCGGGTCCGTCACTAAGTT
gi|114448 : CCCCGGTTTTACCGGGTCCTTCACCAAGTT