lowQualScore : 1 1
lowQualScore : 2 8 88888 555 3 7 3 3 2 7 6 3 5 3 5 6 5 999999 3 6 999999 6 3 555 4 5 3
lowQualScore : . . ..... ... . . . . . . . . . . . . . ...... . . ...... . . ... . . .
lowQualScore : 9 1 33333 888 3 3 6 6 5 8 7 3 4 3 2 0 8 666666 3 9 666666 0 3 888 6 0 6
consensus : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTGTTTT-TTT-ATTTGTAAAACATTGATGCAATAGTTTTGTTAAAAAA-GCATGAAAT-AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGCTATTCACTGGTTGTTTGGCTAAAATATTACTTC-CGTAATTCACATTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
Reference ( gi|52529 ) : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAATATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAAGTTTGTTTT-TTT-ATTTGTAAAACACTGATGCAATAGTTTTATTAAAAAA-GCATGAAAT-AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGCTATTCGCTGGTTGTTTGGCTAAAATATTACTTC-CATAATTCACATTATGGAAGATGTAATGTGATTATACTTGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATATATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGTTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAAGTAAGTCACACATGCTCAAGTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52530 : ACAAGAGACGTGGAAATTACCC-AAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTGTAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTCGTTT-TTT-ATTTGTCAAACACTGTTGCAATAGTTTTGTTAAAAAAAGCATGAAAT-AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGCTATTCGCTGGTTGTTTGGCTAAAATATTACTTC-CGTAAGTCACATTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATTCGTTTCCATGAGTGCCCACCAATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTATAAAAT
gi|52531 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTTATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTGTTTT-ATT-ATTTGTAAAACAATGATGCAATTGTTTTGTTTAAAAA-GCATGAAAT-AAAGTTTTTGTCTTGTTTCTGTGCTATTCACTGGTTGTTTGGCTAAAATATTACTAC-TGTAATTCATATTATGAACAATGTAATGTGATTATACTTGGAAACAAACATGC------ATTTTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGCGGTGGTATC-ATTTCC---AGTGCCCACTGATAGG-AGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52532 : ACAAGAGATATGGAAATTTCCC--AAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAACTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTTTTTTTTTT-ATTTGTAAATCATTGATGCAACAGTTTTGTTAAAAAA-GCATGAAAT-AAAGTTTTTCTTTTGTTTCTTTGCTATTCACTGGTTGTTTCGCTAAAATGTTACTTC-CGTAATTCACATTATGAAAGATGAAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-GAAATAATACATCAA------TATTTTTACATTTTGCATTGAGGCTGGAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52533 : ACAAGAGACTTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTTTATCTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TAT-TTT-ATCTGTTAAACATTGATGCAATAGTTTTGTTAAAAAA-GCATGAAATAAAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGCTATTCACTGATTGTTTGGCTAAAATATTACTTT-TGTAATTCACATTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTTGAATT-ATTTCC---AGCGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACATTTGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTC-AAACACGATGTTTTATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52534 : ACAAGAGATGTGGAAATTCCCT-GAAAATCATGTTT------------AGCTTTTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAAAAAATAAATAAGCATACAATTCAAATTTTGTTTT-TTT-ATTTATAAAACACTGATGCAATAGTTTTGTTAAAAAA-GCATGAAAT-AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGCTATTCACTGGTTGTTTGGCTAAAATATTACTTCACAT--------TTATGAAAGAAGTAATGTGATTATATTTTGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAAAACATCAA------TTTTTTCACATTTTGCATTGAGGCTCAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGTAACAATTTCTT-AAACATGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52535 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGTCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAA-TTTGTTTT-TTT-ATTTGTAAAACATTAATGCAATAGTTTTTTTTAAAA-------AAAT-GCAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGCTATTCACTGGTTGTTTGGCTAAAATAATACTTC-CGTAATTCACATTAC-AAACATG---------CATATT--------------C------ATA------AAA-TAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTGTT-GGTTCC---AGTGCCCACCGAAAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAATAATTTCTT-AAACTAGATGTTTGATTTTACAAATATATTACAAAAT
gi|52536 : ACAAGAGACGTGGTAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTTTTCTGTAACTATAA-----A---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTGTTTT-TTTTATTTGTACAACATTGATGCAATAGTTTTGTTAAAAAAAGCATGAAAT-AAA-----------GTTT--------TTCTCT---TGTTT--CTG------TGCT-------ATTCACATTATGAAAGATGTAATGTGATTATACCCGGAAACAAACATGC------GTATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTACCCAAAGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTGCAAATATA
gi|52537 : ACAAGAGACGTGGATATTCCCC-AAAAACCATGTTTTTCAAACATTTAACCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTAGTATATATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTCTTGT-TTT-ATTTGTAAAACACTGATGCAATAGTTTTGTTAAAAAA-GCATGAAAT-AAAGTTATTCCCTTGTTTCTGTGCTATTCACTGATGGTTGGGCTAAAATATTACTTC-CGTAATTCACATTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACACGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTACCCAAAGATA
gi|52539 : ACAAGGGACATGGAAATTCCCC-AAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATTCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAA-CATACAATTCAAATTTTTTTTT-TAT-ATTTGTAAAACATTGA--------------TAAAAAA-GCATGAAAT-AAAGTTTTTGTCTTGTTTCTGTGCTATTCACTGGTTGTTTGGATAAAATATTATTTC-CGTAATTCACATTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATTTTCATCAAAATAATGAAAGAAAAAGATTATTTTCAC-TTT
gi|52540 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCAT-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTAT-CTGTAACTATAA-----C---TCTATATCATGCCAGCAGTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAACAAG
gi|52538 : ACAAGAGACGTTGAAATTCC-----------------------ATTTTAGCAATTCTGTAAC--------------TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAACAAG
gi|52541 : ACAAGAGACGTGTAAATTCCCCCGAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGCGTCTATAAAATGGCGGATAT-TTTCATACAAGCATTTTA-TATACA--AAAGCA
gi|52542 : ACAAGAGACATCGAAATTCCCA-GAACACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACT
gi|52543 : ACAAGAGACATGGAAATTCCCC-AAAAATCATGTTTTTCAAAATTTTTAG
gi|52544 : AGGAGAGCATAAAAA-GCATACAATTCAAATTTTGTTTT-TCT-ATTTGTAAAATATTGATATAATAGTTTTGTTAAAAAA-GCATGAAAT-AA--TTTTTCTCTTATTTCTGTGCTACTCACTGGTTGTTTGGCTAAAATATTACTTC-CTTAATTCACATTATGAAAGATGTAATGTGATTAT------------ACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCACCTAGGCTAAATTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCAATATGAGGTAAGT--CACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTATTAAAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52545 : AAAAAGCATACAATTCAAATTTTGTTTT-TTT-ATTTGTAAATCATTGATGCAATAGTTTTGTTAAAAAA-GCATGAAAT-TAAGTTTTTCTTTTGTTTCTGTGCTATTCACTGGTTGTTTGGCTAAAATATTACTTC-CATAATTCACATTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGCATACATATATTCAT-ACAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGTCCACCGATAGGAGGTAAGTTACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACAATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52546 : AAAAA-GCATGAAAT-AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGCTATTTATTGTTTGTTTGACTAAAATATTACTTC-CGTAATTCACATTATGAAAGATGTAATATGATTATACTTGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACAATTTGCATTGAGGCTTTAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTACCCAAAGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAA
gi|52547 : TAATTGGTTGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAACAAAAATTT-TT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATAAATAACAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111111
lowQualScore : 2 77777 555 3 3 3 3 3 2 66 33 6666 222222222 3 44444444444 44 3 0 888888 3 888888 3 555 3
lowQualScore : . ..... ... . . . . . . .. .. .... ......... . ........... .. . . ...... . ...... . ... .
lowQualScore : 7 77777 444 1 3 1 1 1 9 88 99 1111 333333333 1 66666666666 22 1 7 888888 1 888888 1 444 3
consensus : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
Reference ( family-827 ) : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52529 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAATATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAAGTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACACTGATGCA-ATAGTTTTATT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CGCTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCATA--ATTCACA-TTATGGAAGATGTAATGTGATTATACTTGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATATATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGTTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAAGTAAGTCACACATGCTCAAGTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52530 : ACAAGAGACGTGGAAATTACCC-AAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTGTAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTC-GTTT-TTTATTTGTCAAACACTGTTGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAAAGCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CGCTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--AGTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATTCGTTTCCATGAGTGCCCACCAATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTATAAAAT
gi|52531 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTTATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-ATTATTTGTAAAACAATGATGCA-ATTGTTTTGTT-TAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTGTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTACTGTA--ATTCATA-TTATGAACAATGTAATGTGATTATACTTGGAAACAAACATGC------ATTTTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGCGGTGGTATC-ATTTCC---AGTGCCCACTGATAGGA-GTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52532 : ACAAGAGATATGGAAATTTCCC--AAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAACTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTT-TTTTTTTTATTTGTAAATCATTGATGCA-ACAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTTTTGTTTCTTTGC--TATT----CACTGGTTGTTTC---------GC-TAAAATG-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGAAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-GAAATAATACATCAA------TATTTTTACATTTTGCATTGAGGCTGGAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52533 : ACAAGAGACTTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTTTATCTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG--TAT-TTTATCTGTTAAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAATA-AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGATTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTTTGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTTGAATT-ATTTCC---AGCGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACATTTGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTC-AAACACGATGTTTTATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52534 : ACAAGAGATGTGGAAATTCCCT-GAAAATCATG------------TTTAGCTTTTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAAAAAATAAATAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTATAAAACACTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTAC----------TTCACATTTATGAAAGAAGTAATGTGATTATATTTTGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAAAACATCAA------TTTTTTCACATTTTGCATTGAGGCTCAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGTAACAATTTCTT-AAACATGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52535 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGTCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAA-TTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACATTAATGCA-ATAGTTTTTTT-TAAAA-------AAAT--GCAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------ATACTTCCGTA--ATTCACA-TTAC-AAACATG---------CATATT--------------C------ATA-------AAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTGTT-GGTTCC---AGTGCCCACCGAAAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAATAATTTCTT-AAACTAGATGTTTGATTTTACAAATATATTACAAAAT
gi|52536 : ACAAGAGACGTGGTAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTTTTCTGTAACTATAA-----A---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTGTTTTT-TTTATTTGTACAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTTAAAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CAC
gi|52536 : T-TTTAT--GTA---CATTGAAGCAGAAAAT-------AAAAAA-GCATACAATTCAAATTTTGTTTTTTTTATTTGTACAACATTGATGCAATAGTT--TTGTTAAAAAAAGCATGAAATAAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGCTATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACCCGGAAACAAACATGC------GTATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTACCCAAAGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTGCAAATATAattatgaaagatgtaatgtgattatacccggaaacaaacatgcgtattcataaaataatacatcaatattttcacattttgcattgaggcttaagtggtggtattgtttccagtacccaaagataggaggtaagtcacacatgctcaactgatagcaacaatttcttaaacacgatgtttgattctgcaaatata
gi|52537 : acaagagacgtggtaattccccgaaaaccatgtttttcaaacattttagcttttctgtaactataaatctatttcatgccagaaACAAGAGACGTGGATATTCCCC-AAAAACCATGTTTTTCAAACATTTAACCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTAGTATATATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTC-TTGT-TTTATTTGTAAAACACTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTATTCCCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGATGGTTGG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACACGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTACCCAAAGATA
gi|52538 : ACAAGAGACGTTGAAATTCC-----------------------ATTTTAGCAATTCTGTAAC--------------TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAACAAG
gi|52539 : ACAAGGGACATGGAAATTCCCC-AAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATTCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAA-CATACAATTCAAATTTTT-TTTT-TATATTTGTAAAACATTGAT----------------AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTGTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GA-TAAAATA-----------TTATTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATTTTCATCAAAATAATGAAAGAAAAAGATTATTTTCAC-TTT
gi|52540 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCAT-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTAT-CTGTAACTATAA-----C---TCTATATCATGCCAGCAGTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAACAAG
gi|52541 : ACAAGAGACGTGTAAATTCCCCCGAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGCGTCTATAAAATGGCGGATAT-TTTCATACAAGCATTTTA-TATACA--AAAGCA
gi|52542 : ACAAGAGACATCGAAATTCCCA-GAACACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACT
gi|52543 : ACAAGAGACATGGAAATTCCCC-AAAAATCATGTTTTTCAAAATTTTTAG
gi|52544 : AGGAGAGCATAAAAA-GCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TCTATTTGTAAAATATTGATATA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AA--TTTTTCTCTTATTTCTGTGC--TACT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCTTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTAT------------ACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCACCTAGGCTAAATTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCAATATGAGGTAAGT--CACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTATTAAAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52545 : AAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAATCATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--TAAGTTTTTCTTTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCATA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGCATACATATATTCAT-ACAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGTCCACCGATAGGAGGTAAGTTACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACAATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52546 : AAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----TATTGTTTGTTTG---------AC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATATGATTATACTTGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACAATTTGCATTGAGGCTTTAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTACCCAAAGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAA
gi|52547 : TAATTGGTTGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAACAAAAATTT-TT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATAAATAACAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111111
lowQualScore : 2 77777 555 3 3 3 3 3 2 66 33 6666 222222222 3 44444444444 44 3 0 888888 3 888888 3 555 3
lowQualScore : . ..... ... . . . . . . .. .. .... ......... . ........... .. . . ...... . ...... . ... .
lowQualScore : 7 77777 444 1 3 1 1 1 9 88 99 1111 333333333 1 66666666666 22 1 7 888888 1 888888 1 444 3
consensus : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
Reference ( family-827 ) : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52529 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAATATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAAGTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACACTGATGCA-ATAGTTTTATT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CGCTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCATA--ATTCACA-TTATGGAAGATGTAATGTGATTATACTTGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATATATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGTTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAAGTAAGTCACACATGCTCAAGTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52530 : ACAAGAGACGTGGAAATTACCC-AAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTGTAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTC-GTTT-TTTATTTGTCAAACACTGTTGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAAAGCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CGCTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--AGTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATTCGTTTCCATGAGTGCCCACCAATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTATAAAAT
gi|52531 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTTATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-ATTATTTGTAAAACAATGATGCA-ATTGTTTTGTT-TAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTGTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTACTGTA--ATTCATA-TTATGAACAATGTAATGTGATTATACTTGGAAACAAACATGC------ATTTTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGCGGTGGTATC-ATTTCC---AGTGCCCACTGATAGGA-GTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52532 : ACAAGAGATATGGAAATTTCCC--AAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAACTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTT-TTTTTTTTATTTGTAAATCATTGATGCA-ACAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTTTTGTTTCTTTGC--TATT----CACTGGTTGTTTC---------GC-TAAAATG-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGAAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-GAAATAATACATCAA------TATTTTTACATTTTGCATTGAGGCTGGAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52533 : ACAAGAGACTTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTTTATCTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG--TAT-TTTATCTGTTAAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAATA-AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGATTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTTTGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTTGAATT-ATTTCC---AGCGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACATTTGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTC-AAACACGATGTTTTATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52534 : ACAAGAGATGTGGAAATTCCCT-GAAAATCATG------------TTTAGCTTTTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAAAAAATAAATAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTATAAAACACTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTAC----------TTCACATTTATGAAAGAAGTAATGTGATTATATTTTGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAAAACATCAA------TTTTTTCACATTTTGCATTGAGGCTCAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGTAACAATTTCTT-AAACATGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52535 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGTCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAA-TTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACATTAATGCA-ATAGTTTTTTT-TAAAA-------AAAT--GCAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------ATACTTCCGTA--ATTCACA-TTAC-AAACATG---------CATATT--------------C------ATA-------AAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTGTT-GGTTCC---AGTGCCCACCGAAAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAATAATTTCTT-AAACTAGATGTTTGATTTTACAAATATATTACAAAAT
gi|52536 : ACAAGAGACGTGGTAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTTTTCTGTAACTATAA-----A---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTGTTTTT-TTTATTTGTACAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTTAAAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CAC
gi|52536 : T-TTTAT--GTA---CATTGAAGCAGAAAAT-------AAAAAA-GCATACAATTCAAATTTTGTTTTTTTTATTTGTACAACATTGATGCAATAGTT--TTGTTAAAAAAAGCATGAAATAAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGCTATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACCCGGAAACAAACATGC------GTATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTACCCAAAGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTGCAAATATAattatgaaagatgtaatgtgattatacccggaaacaaacatgcgtattcataaaataatacatcaatattttcacattttgcattgaggcttaagtggtggtattgtttccagtacccaaagataggaggtaagtcacacatgctcaactgatagcaacaatttcttaaacacgatgtttgattctgcaaatata
gi|52537 : acaagagacgtggtaattccccgaaaaccatgtttttcaaacattttagcttttctgtaactataaatctatttcatgccagaaACAAGAGACGTGGATATTCCCC-AAAAACCATGTTTTTCAAACATTTAACCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTAGTATATATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTC-TTGT-TTTATTTGTAAAACACTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTATTCCCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGATGGTTGG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACACGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTACCCAAAGATA
gi|52538 : ACAAGAGACGTTGAAATTCC-----------------------ATTTTAGCAATTCTGTAAC--------------TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAACAAG
gi|52539 : ACAAGGGACATGGAAATTCCCC-AAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATTCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAA-CATACAATTCAAATTTTT-TTTT-TATATTTGTAAAACATTGAT----------------AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTGTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GA-TAAAATA-----------TTATTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATTTTCATCAAAATAATGAAAGAAAAAGATTATTTTCAC-TTT
gi|52540 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCAT-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTAT-CTGTAACTATAA-----C---TCTATATCATGCCAGCAGTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAACAAG
gi|52541 : ACAAGAGACGTGTAAATTCCCCCGAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGCGTCTATAAAATGGCGGATAT-TTTCATACAAGCATTTTA-TATACA--AAAGCA
gi|52542 : ACAAGAGACATCGAAATTCCCA-GAACACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACT
gi|52543 : ACAAGAGACATGGAAATTCCCC-AAAAATCATGTTTTTCAAAATTTTTAG
gi|52544 : AGGAGAGCATAAAAA-GCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TCTATTTGTAAAATATTGATATA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AA--TTTTTCTCTTATTTCTGTGC--TACT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCTTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTAT------------ACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCACCTAGGCTAAATTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCAATATGAGGTAAGT--CACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTATTAAAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52545 : AAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAATCATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--TAAGTTTTTCTTTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCATA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGCATACATATATTCAT-ACAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGTCCACCGATAGGAGGTAAGTTACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACAATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52546 : AAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----TATTGTTTGTTTG---------AC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATATGATTATACTTGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACAATTTGCATTGAGGCTTTAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTACCCAAAGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAA
gi|52547 : TAATTGGTTGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAACAAAAATTT-TT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATAAATAACAAAAT
blockSeqs : C AATGG GGA G T T G A A TC AA GATG TTAAAAAAA A AAGTTTTTCTC CT T ATACAT C AAAGAT C ATG A
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
finalCons : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111111111
lowQualScore : 2 77777 555 3 3 3 3 3 2 66 33 6666 222222222 3 44444444444 44 3 0 888888 3 888888 3 555 3
lowQualScore : . ..... ... . . . . . . .. .. .... ......... . ........... .. . . ...... . ...... . ... .
lowQualScore : 7 77777 444 1 3 1 1 1 9 88 99 1111 333333333 1 66666666666 22 1 7 888888 1 888888 1 444 3
consensus : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
Reference ( family-827 ) : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52529 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAATATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAAGTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACACTGATGCA-ATAGTTTTATT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CGCTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCATA--ATTCACA-TTATGGAAGATGTAATGTGATTATACTTGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATATATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGTTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAAGTAAGTCACACATGCTCAAGTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52530 : ACAAGAGACGTGGAAATTACCC-AAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTGTAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTC-GTTT-TTTATTTGTCAAACACTGTTGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAAAGCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CGCTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--AGTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATTCGTTTCCATGAGTGCCCACCAATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTATAAAAT
gi|52531 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTTATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-ATTATTTGTAAAACAATGATGCA-ATTGTTTTGTT-TAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTGTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTACTGTA--ATTCATA-TTATGAACAATGTAATGTGATTATACTTGGAAACAAACATGC------ATTTTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGCGGTGGTATC-ATTTCC---AGTGCCCACTGATAGGA-GTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52532 : ACAAGAGATATGGAAATTTCCC--AAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAACTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTT-TTTTTTTTATTTGTAAATCATTGATGCA-ACAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTTTTGTTTCTTTGC--TATT----CACTGGTTGTTTC---------GC-TAAAATG-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGAAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-GAAATAATACATCAA------TATTTTTACATTTTGCATTGAGGCTGGAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52533 : ACAAGAGACTTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTTTATCTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTG--TAT-TTTATCTGTTAAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAATA-AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGATTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTTTGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTTGAATT-ATTTCC---AGCGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACATTTGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTC-AAACACGATGTTTTATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52534 : ACAAGAGATGTGGAAATTCCCT-GAAAATCATG------------TTTAGCTTTTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAAAAAATAAATAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTATAAAACACTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTAC----------TTCACATTTATGAAAGAAGTAATGTGATTATATTTTGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAAAACATCAA------TTTTTTCACATTTTGCATTGAGGCTCAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGTAACAATTTCTT-AAACATGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52535 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGTCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAA-TTTG-TTTT-TTTATTTGTAAAACATTAATGCA-ATAGTTTTTTT-TAAAA-------AAAT--GCAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------ATACTTCCGTA--ATTCACA-TTAC-AAACATG---------CATATT--------------C------ATA-------AAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTGTT-GGTTCC---AGTGCCCACCGAAAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAATAATTTCTT-AAACTAGATGTTTGATTTTACAAATATATTACAAAAT
gi|52536 : ACAAGAGACGTGGTAATTCCCC-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTTTTCTGTAACTATAA-----A---TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTGTTTTT-TTTATTTGTACAACATTGATGCA-ATAGTTTTGTTAAAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CAC
gi|52536 : T-TTTAT--GTA---CATTGAAGCAGAAAAT-------AAAAAA-GCATACAATTCAAATTTTGTTTTTTTTATTTGTACAACATTGATGCAATAGTT--TTGTTAAAAAAAGCATGAAATAAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGCTATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACCCGGAAACAAACATGC------GTATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTACCCAAAGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTGCAAATATAattatgaaagatgtaatgtgattatacccggaaacaaacatgcgtattcataaaataatacatcaatattttcacattttgcattgaggcttaagtggtggtattgtttccagtacccaaagataggaggtaagtcacacatgctcaactgatagcaacaatttcttaaacacgatgtttgattctgcaaatata
gi|52537 : acaagagacgtggtaattccccgaaaaccatgtttttcaaacattttagcttttctgtaactataaatctatttcatgccagaaACAAGAGACGTGGATATTCCCC-AAAAACCATGTTTTTCAAACATTTAACCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATGCCAGAATTTTAGTATATATTGAAGCAGAAAATAAAAAAGCATACAATTCAAATTTTC-TTGT-TTTATTTGTAAAACACTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTATTCCCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGATGGTTGG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACACGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTACCCAAAGATA
gi|52538 : ACAAGAGACGTTGAAATTCC-----------------------ATTTTAGCAATTCTGTAAC--------------TCTATTTCATGCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAACAAG
gi|52539 : ACAAGGGACATGGAAATTCCCC-AAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACTATAA-----C---TCTATTTCATTCCAGAATTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAAAAA-CATACAATTCAAATTTTT-TTTT-TATATTTGTAAAACATTGAT----------------AAAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTGTCTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GA-TAAAATA-----------TTATTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGC------ATTTTCATCAAAATAATGAAAGAAAAAGATTATTTTCAC-TTT
gi|52540 : ACAAGAGACGTGGAAATTCCAT-GAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTAT-CTGTAACTATAA-----C---TCTATATCATGCCAGCAGTTTA-TGTACATTGAAGCAGAAAATAAACAAG
gi|52541 : ACAAGAGACGTGTAAATTCCCCCGAAAACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGCGTCTATAAAATGGCGGATAT-TTTCATACAAGCATTTTA-TATACA--AAAGCA
gi|52542 : ACAAGAGACATCGAAATTCCCA-GAACACCATGTTTTTCAAACATTTTAGCTATTCTGTAACT
gi|52543 : ACAAGAGACATGGAAATTCCCC-AAAAATCATGTTTTTCAAAATTTTTAG
gi|52544 : AGGAGAGCATAAAAA-GCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TCTATTTGTAAAATATTGATATA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--AA--TTTTTCTCTTATTTCTGTGC--TACT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCTTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTAT------------ACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCACCTAGGCTAAATTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCAATATGAGGTAAGT--CACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTATTAAAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52545 : AAAAAGCATACAATTCAAATTTTG-TTTT-TTTATTTGTAAATCATTGATGCA-ATAGTTTTGTT-AAAAAA-GCATGAAAT--TAAGTTTTTCTTTTGTTTCTGTGC--TATT----CACTGGTTGTTTG---------GC-TAAAATA-----------TTACTTCCATA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATGTGATTATACTCGGAAACAAACATGCATACATATATTCAT-ACAATAATACATCAA------TATTTTCACATTTTGCATTGAGGCTTAAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTGTCCACCGATAGGAGGTAAGTTACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACAATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAAT
gi|52546 : AAAAA-GCATGAAAT--AAAGTTTTTCTCTTGTTTCTGTGC--TATT----TATTGTTTGTTTG---------AC-TAAAATA-----------TTACTTCCGTA--ATTCACA-TTATGAAAGATGTAATATGATTATACTTGGAAACAAACATGC------ATATTCAT-AAAATAATACATCAA------TATTTTCACAATTTGCATTGAGGCTTTAGTGGTGGTATT-GTTTCC---AGTACCCAAAGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAGCAACAATTTCTT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATATATTACAAAA
gi|52547 : TAATTGGTTGTATT-GTTTCC---AGTGCCCACCGATAGGAGGTAAGTCACACATGCTCAACTGATAACAAAAATTT-TT-AAACACGATGTTTGATTCTACAAATAAATAACAAAAT