lowQualScore : 22 1 1111111 11
lowQualScore : 5 6 777 22 55 2 9 7 7 4444444 4 5 1 33 88 1 3 2
lowQualScore : . . ... .. .. . . . . ....... . . . .. .. . . .
lowQualScore : 7 0 888 99 22 9 0 0 0 4444444 0 2 4 22 11 7 0 0
consensus : TCAT-TATGATTTGGCTTCAAGCACCATCGGGA---AAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCAGAAGGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAANGGTGGAGCATATTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACACGTTATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAAATT
Reference ( gi|14131 ) : TCAT-TATAACTTGGCTTCAAGCACCATCAGGA---AAAATAAAGAGCAACAACCTCTTCTGAATGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAATGGTAGAGCATACTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATTTAAGGGCCCTTGAAATT
gi|14133 : TCAT-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGA---AAAATAAATAGCAACAACCTCTTAAGAATGAAGAGGGGATT-------GCGATGAACAATGGAAGAGCATACTTGAGATTCGATGTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATT
gi|14132 : TCAT-TATGATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGATTTACAATA----GCAACAATCTCTACAGAAGGAAGATGCGACT-------GCGATGAACAAAGGTGGAGCATACTAAAGATCCTATGTTT--AGATCTTTCATGTTATATCCTATTTAAGAGCCCTTGAAATT
gi|14134 : TCATATATGATTTGGCTTTAAG-GCCATCGAGA---AAAATAATGA-TAACA-CCTCTTCAGAAGCATGAGGAGACT-------GCGATGAACAAAAGTGGAGCTTATTTGAGATCCTATTTTT--AGATC-TACATGTTATATTCTATTTAAGAATCCTTGAAA
gi|14135 : T-TATAATTTGGCTCTAAGCACCATCAGGA---AAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCATAAGGAAGAGGGGACT-------TCGATTAACAATGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATTTTT--AGATATAACATGTTATATCTTATTTAAGGGCTCTTGAAA
gi|14136 : T-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGA---AAAACAA-TAGCAACCGTGTTTTTAGAAGGAAGAGAGGACTTCAATGAACAATGAACAATGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATGT
gi|14137 : -TATGATTTGGCTTTAAGCACCATTGGGA---AAAACAA-TAATAACA-CCTCTTCAGAAGCATGAGGAGACT-------GCGATGAACAAAAGTTGAGCATATTAAAGATCCAATTTTT--AGATC-TACATGTTATATTCTATTTAAGAATCCTTGAAA
gi|14138 : -TATGATTTGGCTTTAAGCACTATCGGGA---AAAACAATGA-TAACA-CCTCTTCAGAAGCAGAAGGAGACT-------GTGATGAATAAAAGTGGAGCATATTTATGATCCTATTTTT--AGATC-TACAT-TTATATTCTATTTAAGAATCTTTGAAA
gi|14139 : TAATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGA---AAA-CAAATAGCAACAACCTCTTCAGAATGAAGAGGGAACA-------GCGATGAACAATGGTGGAGCATACTTAAGACCCTATTTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATTTAAGGGCCCTTGGAATT
gi|14140 : TAATTTGGCTTTAAGCACCATCAGGA---AAA-CAAATAGCAAAAACCTTTTCAGAATGAAGAGGGAACA-------GCGATGAACAAACGTGGAGCATACTTAAGACCTTAAGTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATTTAAGGGCCCTTGAAATT
gi|14141 : AACAATGA-----CATATTTAAGATGCTATGTTT--AGATC-TACACGTAAAATCCTATTTAAGAGTCCTTGAA
gi|14142 : CAATGATATAG-----TTAAGATCCTATGTTT--AGATC-TACACGTAATATCCTATGTGAGAGTCCTTGAAA
gi|14143 : CAAAAGTGGAGCATATTTAAGATCCTTTTTTTTTAGATGT-ACATGTTATATTCTATTTCAGAATCCTTGAAA
gi|14144 : CATATTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACACGTAATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAA
gi|14145 : CATATTTAAGATGCTATGTTT--AGATC-TACAAGTAATATCCTATTTGAGAGTCCTTGAA
gi|14148 : CATATTTAAGATGCTATGTTT--ATATCT-ACACATAATATCCTATTTGAAAGTCCTTGAAA
gi|14147 : CATAGTTAAGATGCTATGTTT--AGATC-TACACGTACTATCCTATGTGAGAGTCCTTGAA
gi|14146 : CATTTTTAAGATGCTATGTTA--AGATCT-ACACATAATATCCTATTTAAGAGTCATTGAA
gi|14149 : AAGCTCCTATGTTA--AGATCT-ACACGTTATATCCTATTTGAGAGTCCTTGAAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1
lowQualScore : 5 1 8 7 3333333 1 33 6 0 1
lowQualScore : . . . . ....... . .. . . .
lowQualScore : 0 2 0 2 0000000 0 11 9 3 1
consensus : TCAT-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCGGGAAAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCAGAAGGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAANGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACACGTTATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAAATT
Reference ( family-825 ) : TCAT-TATGATTTGGCTTCAAGCACCATCGGGAAAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCAGAAGGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAANGGTGGAGCATATTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACACGTTATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAAATT
gi|14131 : TCAT-TATAACTTGGCTTCAAGCACCATCAGGAAAAATAAAGAGCAACAACCTCTTCTGAATGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAATGGTAGAGCATACTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATTTAAGGGCCCTTGAAATT
gi|14132 : TCAT-TATGATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGATTTACAA-TAGCAACAATCTCTACAGAAGGAAGATGCGACT-------GCGATGAACAAAGGTGGAGCATACTAAAGATCCTATGTTT--AGATCTTTCATGTTATATCCTATTTAAGAGCCCTTGAAATT
gi|14133 : TCAT-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGAAAAATAAATAGCAACAACCTCTTAAGAATGAAGAGGGGATT-------GCGATGAACAATGGAAGAGCATACTTGAGATTCGATGTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATT
gi|14134 : TCATATATGATTTGGCTTTAAG-GCCATCGAGAAAAATAA-TGATAACA-CCTCTTCAGAAGCATGAGGAGACT-------GCGATGAACAAAAGTGGAGCTTATTTGAGATCCTATTTTT--AGATC-TACATGTTATATTCTATTTAAGAATCCTTGAAA
gi|14135 : T-TATAATTTGGCTCTAAGCACCATCAGGAAAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCATAAGGAAGAGGGGACT-------TCGATTAACAATGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATTTTT--AGATATAACATGTTATATCTTATTTAAGGGCTCTTGAAA
gi|14136 : T-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGAAAAACAA-TAGCAACCGTGTTTTTAGAAGGAAGAGAGGACTTCAATGAACAATGAACAATGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATGT
gi|14137 : -TATGATTTGGCTTTAAGCACCATTGGGAAAAACAA-TAATAACA-CCTCTTCAGAAGCATGAGGAGACT-------GCGATGAACAAAAGTTGAGCATATTAAAGATCCAATTTTT--AGATC-TACATGTTATATTCTATTTAAGAATCCTTGAAA
gi|14138 : -TATGATTTGGCTTTAAGCACTATCGGGAAAAACAA-TGATAACA-CCTCTTCAGAAGCAGAAGGAGACT-------GTGATGAATAAAAGTGGAGCATATTTATGATCCTATTTTT--AGATC-TACAT-TTATATTCTATTTAAGAATCTTTGAAA
gi|14139 : TAATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGAAAACAAA-TAGCAACAACCTCTTCAGAATGAAGAGGGAACA-------GCGATGAACAATGGTGGAGCATACTTAAGACCCTATTTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATTTAAGGGCCCTTGGAATT
gi|14140 : TAATTTGGCTTTAAGCACCATCAGGAAAACAAA-TAGCAAAAACCTTTTCAGAATGAAGAGGGAACA-------GCGATGAACAAACGTGGAGCATACTTAAGACCTTAAGTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATTTAAGGGCCCTTGAAATT
gi|14141 : AACAATGA-----CATATTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACACGTAAAATCCTATTTAAGAGTCCTTGAA
gi|14142 : ATAGTTAAGATCCTATGTTT--AGATCT-ACACGTAATATCCTATGTGAGAGTCCTTGAAA
gi|14143 : caatgatCAAAAGTGGAGCATATTTAAGATCCTTTTTTTTTAGATGT-ACATGTTATATTCTATTTCAGAATCCTTGAAA
gi|14144 : CATATTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACACGTAATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAA
gi|14145 : CATATTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACAAGTAATATCCTATTTGAGAGTCCTTGAA
gi|14146 : CATTTTTAAGATGCTATGTTA--AGATCT-ACACATAATATCCTATTTAAGAGTCATTGAA
gi|14147 : CATAGTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACACGTACTATCCTATGTGAGAGTCCTTGAA
gi|14148 : CATATTTAAGATGCTATGTTT--ATATCT-ACACATAATATCCTATTTGAAAGTCCTTGAAA
gi|14149 : AAGCTCCTATGTTA--AGATCT-ACACGTTATATCCTATTTGAGAGTCCTTGAAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1
lowQualScore : 5 1 8 7 3333333 1 0 33 6 0 1
lowQualScore : . . . . ....... . . .. . . .
lowQualScore : 0 2 0 2 0000000 0 8 11 9 3 1
consensus : TCAT-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCGGGAAAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCAGAAGGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAANGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACACGTTATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAAATT
Reference ( family-825 ) : TCAT-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCGGGAAAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCAGAAGGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAANGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACACGTTATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAAATT
gi|14131 : TCAT-TATAACTTGGCTTCAAGCACCATCAGGAAAAATAAAGAGCAACAACCTCTTCTGAATGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAATGGTAGAGCATACTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATTTAAGGGCCCTTGAAATT
gi|14132 : TCAT-TATGATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGATTTACAA-TAGCAACAATCTCTACAGAAGGAAGATGCGACT-------GCGATGAACAAAGGTGGAGCATACTAAAGATCCTATGTTT--AGATCTTTCATGTTATATCCTATTTAAGAGCCCTTGAAATT
gi|14133 : TCAT-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGAAAAATAAATAGCAACAACCTCTTAAGAATGAAGAGGGGATT-------GCGATGAACAATGGAAGAGCATACTTGAGATTCGATGTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATT
gi|14134 : TCATATATGATTTGGCTTTAAG-GCCATCGAGAAAAATAA-TGATAACA-CCTCTTCAGAAGCATGAGGAGACT-------GCGATGAACAAAAGTGGAGCTTATTTGAGATCCTATTTTT--AGATC-TACATGTTATATTCTATTTAAGAATCCTTGAAA
gi|14135 : T-TATAATTTGGCTCTAAGCACCATCAGGAAAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCATAAGGAAGAGGGGACT-------TCGATTAACAATGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATTTTT--AGATATAACATGTTATATCTTATTTAAGGGCTCTTGAAA
gi|14136 : T-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGAAAAACAA-TAGCAACCGTGTTTTTAGAAGGAAGAGAGGACTTCAATGAACAATGAACAATGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATGT
gi|14137 : -TATGATTTGGCTTTAAGCACCATTGGGAAAAACAA-TAATAACA-CCTCTTCAGAAGCATGAGGAGACT-------GCGATGAACAAAAGTTGAGCATATTAAAGATCCAATTTTT--AGATC-TACATGTTATATTCTATTTAAGAATCCTTGAAA
gi|14138 : -TATGATTTGGCTTTAAGCACTATCGGGAAAAACAA-TGATAACA-CCTCTTCAGAAGCAGAAGGAGACT-------GTGATGAATAAAAGTGGAGCATATTTATGATCCTATTTTT--AGATC-TACAT-TTATATTCTATTTAAGAATCTTTGAAA
gi|14139 : TAATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGAAAACAAA-TAGCAACAACCTCTTCAGAATGAAGAGGGAACA-------GCGATGAACAATGGTGGAGCATACTTAAGACCCTATTTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATTTAAGGGCCCTTGGAATT
gi|14140 : TAATTTGGCTTTAAGCACCATCAGGAAAACAAA-TAGCAAAAACCTTTTCAGAATGAAGAGGGAACA-------GCGATGAACAAACGTGGAGCATACTTAAGACCTTAAGTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATTTAAGGGCCCTTGAAATT
gi|14141 : AACAATGA-----CATATTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACACGTAAAATCCTATTTAAGAGTCCTTGAA
gi|14142 : ATAGTTAAGATCCTATGTTT--AGATCT-ACACGTAATATCCTATGTGAGAGTCCTTGAAA
gi|14143 : caatgatCAAAAGTGGAGCATATTTAAGATCCTTTTTTTTTAGATGT-ACATGTTATATTCTATTTCAGAATCCTTGAAA
gi|14144 : CATATTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACACGTAATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAA
gi|14145 : CATATTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACAAGTAATATCCTATTTGAGAGTCCTTGAA
gi|14146 : CATTTTTAAGATGCTATGTTA--AGATCT-ACACATAATATCCTATTTAAGAGTCATTGAA
gi|14147 : CATAGTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACACGTACTATCCTATGTGAGAGTCCTTGAA
gi|14148 : CATATTTAAGATGCTATGTTT--ATATCT-ACACATAATATCCTATTTGAAAGTCCTTGAAA
gi|14149 : AAGCTCCTATGTTA--AGATCT-ACACGTTATATCCTATTTGAGAGTCCTTGAAGT
blockSeqs : A A A A TCAATGA A TT T T
blockSeqs : . A . A . T . T T
blockSeqs : . G . A . A . T T
blockSeqs : . A . G . T . A T
blockSeqs : . A . A . T . T T
blockSeqs : . G . A . A . T T
blockSeqs : . G . . . A . T T
blockSeqs : A . . . T . T T
blockSeqs : A . . . A . . A
blockSeqs : T . . A
blockSeqs : A . . T
blockSeqs : . . A
blockSeqs : . . A
blockSeqs : . . A
blockSeqs : . . A
blockSeqs : . . A
blockSeqs : . . T
blockSeqCons :
originalCons : TCAT-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCGGGAAAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCAGAAGGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAANGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACACGTTATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAAATT
finalCons : TCAT-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCGGGAAAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCAGAAGGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAANGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACACGTTATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAAATT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1
lowQualScore : 5 1 8 7 3333333 1 0 33 6 0 1
lowQualScore : . . . . ....... . . .. . . .
lowQualScore : 0 2 0 2 0000000 0 8 11 9 3 1
consensus : TCAT-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCGGGAAAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCAGAAGGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAANGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACACGTTATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAAATT
Reference ( family-825 ) : TCAT-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCGGGAAAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCAGAAGGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAANGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACACGTTATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAAATT
gi|14131 : TCAT-TATAACTTGGCTTCAAGCACCATCAGGAAAAATAAAGAGCAACAACCTCTTCTGAATGAAGAGGGGACT-------GCGATGAACAATGGTAGAGCATACTTAAGATCCTATGTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATTTAAGGGCCCTTGAAATT
gi|14132 : TCAT-TATGATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGATTTACAA-TAGCAACAATCTCTACAGAAGGAAGATGCGACT-------GCGATGAACAAAGGTGGAGCATACTAAAGATCCTATGTTT--AGATCTTTCATGTTATATCCTATTTAAGAGCCCTTGAAATT
gi|14133 : TCAT-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGAAAAATAAATAGCAACAACCTCTTAAGAATGAAGAGGGGATT-------GCGATGAACAATGGAAGAGCATACTTGAGATTCGATGTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATT
gi|14134 : TCATATATGATTTGGCTTTAAG-GCCATCGAGAAAAATAA-TGATAACA-CCTCTTCAGAAGCATGAGGAGACT-------GCGATGAACAAAAGTGGAGCTTATTTGAGATCCTATTTTT--AGATC-TACATGTTATATTCTATTTAAGAATCCTTGAAA
gi|14135 : T-TATAATTTGGCTCTAAGCACCATCAGGAAAAACAA-TAGCAACAACCTCTTCATAAGGAAGAGGGGACT-------TCGATTAACAATGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATTTTT--AGATATAACATGTTATATCTTATTTAAGGGCTCTTGAAA
gi|14136 : T-TATAATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGAAAAACAA-TAGCAACCGTGTTTTTAGAAGGAAGAGAGGACTTCAATGAACAATGAACAATGGTGGAGCATACTTAAGATCCTATGT
gi|14137 : -TATGATTTGGCTTTAAGCACCATTGGGAAAAACAA-TAATAACA-CCTCTTCAGAAGCATGAGGAGACT-------GCGATGAACAAAAGTTGAGCATATTAAAGATCCAATTTTT--AGATC-TACATGTTATATTCTATTTAAGAATCCTTGAAA
gi|14138 : -TATGATTTGGCTTTAAGCACTATCGGGAAAAACAA-TGATAACA-CCTCTTCAGAAGCAGAAGGAGACT-------GTGATGAATAAAAGTGGAGCATATTTATGATCCTATTTTT--AGATC-TACAT-TTATATTCTATTTAAGAATCTTTGAAA
gi|14139 : TAATTTGGCTTCAAGCACCATCAGGAAAACAAA-TAGCAACAACCTCTTCAGAATGAAGAGGGAACA-------GCGATGAACAATGGTGGAGCATACTTAAGACCCTATTTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATTTAAGGGCCCTTGGAATT
gi|14140 : TAATTTGGCTTTAAGCACCATCAGGAAAACAAA-TAGCAAAAACCTTTTCAGAATGAAGAGGGAACA-------GCGATGAACAAACGTGGAGCATACTTAAGACCTTAAGTTT--AGATCTTACATGTTATATCCTATTTAAGGGCCCTTGAAATT
gi|14141 : AACAATGA-----CATATTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACACGTAAAATCCTATTTAAGAGTCCTTGAA
gi|14142 : ATAGTTAAGATCCTATGTTT--AGATCT-ACACGTAATATCCTATGTGAGAGTCCTTGAAA
gi|14143 : caatgatCAAAAGTGGAGCATATTTAAGATCCTTTTTTTTTAGATGT-ACATGTTATATTCTATTTCAGAATCCTTGAAA
gi|14144 : CATATTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACACGTAATATCCTATTTAAGAGTCCTTGAA
gi|14145 : CATATTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACAAGTAATATCCTATTTGAGAGTCCTTGAA
gi|14146 : CATTTTTAAGATGCTATGTTA--AGATCT-ACACATAATATCCTATTTAAGAGTCATTGAA
gi|14147 : CATAGTTAAGATGCTATGTTT--AGATCT-ACACGTACTATCCTATGTGAGAGTCCTTGAA
gi|14148 : CATATTTAAGATGCTATGTTT--ATATCT-ACACATAATATCCTATTTGAAAGTCCTTGAAA
gi|14149 : AAGCTCCTATGTTA--AGATCT-ACACGTTATATCCTATTTGAGAGTCCTTGAAGT