lowQualScore                  :                1                                                                      22                      11111111            1111111                              11111111                                                                                    888888888888888888888888888888888888  1111111111111                            1                                      11                                              
lowQualScore                  :                1             33   33 5  6     777777 2               2          6666  11       33             33333333            3333333    55   33 2       2   2     00000000          2   0 2          4   0 777   555    0       555     0              888888 666666666666666666666666666666666666  1111111111111  555 88888                 7                         33           22    555     555    66                         
lowQualScore                  :                .             ..   .. .  .     ...... .               .          ....  ..       ..             ........            .......    ..   .. .       .   .     ........          .   . .          .   . ...   ...    .       ...     .              ...... ....................................  .............  ... .....                 .                         ..           ..    ...     ...    ..                         
lowQualScore                  :                0             99   99 3  6     777777 7               7          2222  33       99             33333333            9999999    55   77 7       7   7     99999999          9   1 9          9   7 999   000    2       444     2              888888 666666666666666666666666666666666666  4444444444444  444 33333                 0                         99           44    000     000    88                         
consensus                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT-TTATACATGAG---TA-TATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAGT------AATTA-TAGT--G-TAATACA-ATT-AATTA------T-ATTTGGAAAT-TATCT-TTTCTGGTATATTGGA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATACACATCATTTACA------T---------------C---------AT--ATT--ACCT----G--------TT---C-----AAAGCGTACACATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTACG---ATGA--TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
Reference ( gi|149356 )       : GAGTGTGATTATCATTTCATTTACATTCT--CAC--GTACGCCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT-TTATACATGAG---TA-AATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAGT------GATTA-CAGT--G-TAATACA-ATT-AATTA------T-ATTTGGAAAT-TATCT-TTTCTGGTATGTTGGA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATACACATCATTTACA------T---------------C---------AT---------CT----G--------TT---C-----AAAGCGTACACATGGGAATCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-CACAT---GTACG---ATGA--TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149355                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT-TTATACATGAG---TA-TATAAAAT--TATGACGATAAAA--------GGTAAATTAAGT------AATTA-TAGT--G-TAATACA-ATT-AATTA------T-ATTTGGAAAT-TATTT-TTTCTGGTATAATGGA---TTT---TCAACATAAACA---AGAAATACACATCATTTACA------T---------------C---------ATATATTGCACCT----G--------TT---C-----AAAGCGTACACATGGGATTCAACAACACGCTCACAA------T--CATACACCATG-TACAT---GTACG---ATGA--TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149359                     : GAGTGTGATAGTCATGTCATTTATATTCT--CACACGCACACCGAA------A-TCTAAATATAGCTAT-TTATACATGTG---T---TTAAAATTATATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAGT------AATTA-TAGT--G-TAATACA-ATT-AATTA------T-ATTTGAAAAT-TATCT-TTTCTGGTATATTGGA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATACGCATCATTTATA------T---------------C---------AT---------TT----A--------TTGCAC-----AAAGCATACACATAGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTATG---ATGGT-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149357                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCAAA------A-GCTAAATATAGCTAT-TTATACATGAG---TA-TCCAAAAT--CATGATGATAAAT--------GGTAAATTAAGT------AATTA-TAGT--G-TAATACA-ATT-AATTA------T-ATTTAGAAAT-TATCT-TTCCTGGTATATAGGA---TTT---TTTACATAAACA---AGAAATACACATCATTTAAA------T---------------C---------ATCCATTGCACCT----G--------AT---C-----AAAGCGTACACATGGGATTCAATAACACGCTGACAAATGTACG--TGTACACCATG-TACAT---GTACG---ATGC--CGGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149358                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GAACACCGAA------A-GCTAAATATAACTAT-TTATACATGAA---TA-TATAGTAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAGT------AATTA-TAGT--G-TAAAACA-ATTAAATTA--------ATTTAGAAAT-TATATATTTCTGGTATATTGTA---TTT---TCTACATAAACA---GGAAAAATACATTATTTACA------TCGGATTCATCTATTGC---------AC---------CT----G--------TT---C-----AAAGCGTACACATGGGATTCTATAACACGCTCATAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAA---GTACG---ATGA--TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149360                     : GAGTGTGATAATCATGTCATTTACATTCT--CGC--GC-CAACGAA------A-GCTAAATATAAC-AT-TTATACATGAA---TA-TATAGTAT--CATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAAT------AATTA-TAGT--G-TAATACA-ATT-AATTA------T-ATTTGGACAT-TATCT-TTTCTGGTATAATGTA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATACACATCATTTACA------TCGGATTCATCTATTGC---------AC---------CT----G--------TT---C-----AAAGTGTACACATTGGATTCAATAACACGCTCATAAACGTACT--TGTACACATTG-TACAT---GTACG---ATGA--TTGTTGTACCAGGTTCGACTCGAAC
gi|149361                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTTACTATAGCTAT-TTATACATGAG---TA-TATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAGT------AATTT-TAGT--G-TAATACA-ATA-AAGTT------T-ATTTAGAAAT-TATCA-TTTCTTGTATACTGGA---TTT---TCCGTGTAAACA---AGAAATACACTTCATTTACA------T---------------C---------ATCTATTGCACCT----G--------TT---C-----AAAGCGTACACATGGGATTCAATAACACACTCACAAATGTACT--TTTACACC--------------------ATGA--TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149362                     : GAGTGTGATTATAATGTTATTTTCATTCT--CAC--GCACACCGAA------AAGCTAAATATAGCTTT-TTATACATGTG---TA---TACATG--TAT-ATGATAAAAAG------GGTAAATTAAGC------AATTA-TAGT--T-AAATACA-ATT-AATAA------T-ATTTAACAAT-TATCT-TTTCTGGTATATTGGA---TAT---TCCAAATAAACA---AGAAACACGCATCATTTTCA------T---------------C---------ATCTATTATACCT----G--------TT---C-----AAAGCGTACACATAGGATTAAATAACACGCTCACAAACGAACT--TGTACA-CATG-TAAAT---GTACG---ATGA--TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149363                     : GAATGTGATTATCATTTCATTTA-AT------------------AT------A-GCTAAATATAGCTAT-TTATACATGA----------------------TGATAAGA--------C-TAAATTAAGT------GATTA-CAGG--G-TAATACA-ATT-AATTA------T-ACTTGGAAAT-GATCT-TTTCTGGTATATTGGA---TTTCAATCTA
gi|149364                     :   GTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATAAAGCTAT-TTATACATGAG---TA-TATAAAAT--TATGATTATAAAA--------AGTAAATTAAGT------TATCA-TAGT--G-TAATACA-ATT-AGTTA------T-ATTTGGAAAT-TATCT-TTTCTGGTATATTGGA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATACACATCGTTTACA------T---------------C---------ATCTATTGCACCT----G--------TT---T-----AAAGCGTACACATGGGATTCAATAACAAGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACA----GTCGG---ATGA--TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149365                     :   GTATGATTATCATTTCATTTACATTCT--CAC--GTACACCGAA------A-GCTTAATATAGCTAT-TTATACAT------T------AAAT--TATGATAATAAAA--------GGTAAATTAAGT------GATTA-TAGT--G-TNNNNNN-NNN-NAT
gi|149366                     :   GTGTGATTGTCATGATATTTTCACTCTCACAC--GTGCACCGAATTCAATA-GCTAATTATAGTCAT-T
gi|149367                     :    TGGGATTGTCATGCCATTTGAATTGT--AAT--GCAAACCAAT------A-TCTAAATATA-------TATACGT------TATAATGTATT--TATGATGAAAAAATGAATAAAGGCAAATCA-GT-------ATTG-CATT--GATGTTA-A-ATT-AATTA------A-ATTTGAAAAT-GTTAT-TTAGTAGTGTATTGCAC--TTC---TCT-TATATACA---AGAAACACATGTCGTTGATA------T---------------CATTTATTGGAT---------CT----G--------AT---T-----AAAGCATACACATAGGATTCAATAACAT-TTGACAGATGTA-TAATGTAC
gi|149369                     :                 TCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATAAAGCTAT-TTATACAGGAG---TA-TATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAGT------AATTA-TTGT--A-TAATACA-ATT-AATTATACATGT-ATTTGGAAAT-TATCT-TTTCTGGTTTATTGTATTTTTT---TCTGCATAAACA---AGAAATACACATCATTTACATCGGATT---------------C---------AT---------CT----ATTGCACCTTT---C-----AAAGCGTACACATGGGATTCAATAACGCGCTCATCAACGTACT--TGTACGCCATG-TACAT---GCACG---ATGA--TTGTTGTACCAGGCTTGGCT
gi|149370                     :                       tgATTTT--CAT--GCACACCGAA--------------TATAGTTACATTGT-CATTATCTTTATGATGAAAC--AATGA--ATAAA---------GATTAATTAAGTTAATTGAATTAACATTTAA-CAATAAA-ATT-AATTA--------GTTTGAAAAA-TATGT-TTCATGGTGTATTGCA---TTT---CCCAAATATTCATTGAGAAACACCCAACATTAGTT------T---------------C---------AT---------TT----A--------TT---
gi|149368                     :                                        CACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT-TTATACATGAG---TA-TATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAGT------GATTG-TAGT--G-TAATACA-ATT-AATTA------T-ATTTGGAAAA-TATCT-TTTCTGGTATATTGGA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATACACATCATTTACA------T---------------C---------AT---------CT----G--------TT---C-----AAAGCATACACATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTTCT--TGTTCACCATGTTACAT---GTACG---ATGA--TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAACggacctgcatggtaaacccatacacatatatataggattca
gi|149371                     :                                                                                            cacgtcataatattccAAA--------GGTAAATGAAGT------TATTG-TATT--G-TAAT-TATATT-AATTG------TTGTTTTGAAGTGCAT----------TACGTT-------TT---TCTA-ATAAACA---ACAAA--CACATCATTAATA------T---------------C---------AT---------TCAGTGG--------TT---CTGATAAAAGCATACACATATGATTCAATAAAATGTTGACAA------C--TGTACA--ATG-TATATAGGGTATG---G------TGTTGAACAATTCTTGGCTCAA
gi|149372                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACATGGGATTCAATAACATGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATGTTACAT---GTACG---ATGA--TTGTTGAACCAGGCTTGACTCCAAC
gi|149358                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CGTACT--TGTACATGGTG-TACAA---GTACGTTTATGAGCGTGTTATA
gi|149373                     :                                                                                                                                       gagtgtgattatcatgtcatttacattctcacgaacaccgaaagctaaatataactatttatacatgaatatatagtattatgatgataaaaggtaaattaagtaattatagtgtaaaacaattaaattaatttagaaattatatatttctggtatattgtattttctacataaacaggaaaaatacattatttacatcggattcatctattgcacctgttcaaagcgtacacatgggattcG-TACAT---GTACG---ATGA--CTGTTGTACCAGACTTGACTCAAACatgattgttgtaccaggcttgactcgaac





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                 11111111                                                                                                                                            77777777777777777777                                                                                                                           
lowQualScore                  :                              33   33          777777 2               666          5555   2       66             22222222           2      444     2 66666         2     777777                2      33        2  777   444            555        555               99999999999999999999 0    6666  77777           777777                                33           5     555         2                         
lowQualScore                  :                              ..   ..          ...... .               ...          ....   .       ..             ........           .      ...     . .....         .     ......                .      ..        .  ...   ...            ...        ...               .................... .    ....  .....           ......                                ..           .     ...         .                         
lowQualScore                  :                              44   44          222222 5               999          1111   7       33             55555555           5      444     5 22222         5     777777                7      77        7  333   777            000        000               11111111111111111111 1    1111  11111           777777                                99           7     000         9                         
consensus                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATCA--------T--AT----TGCACCTGT----TC-----AAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
Reference ( family-824 )      : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATCA--------T--AT----T--ACCTGT----TC-----AAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149355                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGACGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATTT-TTTCTG--GTATAATG-GA---TTT---TCAACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATCA--------T--ATATTGC--ACCTGT----TC-----AAAGCGTACAC------ATGGGATTCAACAACACGCTCACAA------T--CATACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149356                     : GAGTGTGATTATCATTTCATTTACATTCT--CAC--GTACGCCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAA-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TGATTA---CAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATGTTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATCA--------T-------------CTGT----TC-----AAAGCGTACAC------ATGGGAATCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-CACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149357                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCAAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-CCAAAAT--CATGATGATAAAT--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTAGAAATTATCT-TTCCTG--GTATATAG-GA---TTT---TTTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTAAATCA--------TCCAT----TGCACCTGA----TC-----AAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTGACAAATGTACG--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGC-CGGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149358                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GAACACCGAA------A-GCTAAATATAACTAT---TTATACATGA---ATAT-ATAGTAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AAAACAATTAAATTA-------ATTTAGAAATTATATATTTCTG--GTATATTG-TA---TTT---TCTACATAAACA---GGAAAAAT---ACATTATTTACATCGGATTCATCT--AT----TGCACCTGT----TC-----AAAGCGTACAC------ATGGGATTCTATAACACGCTCATAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAA---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149359                     : GAGTGTGATAGTCATGTCATTTATATTCT--CACACGCACACCGAA------A-TCTAAATATAGCTAT---TTATACAT-----GTGT-TTAAAATTATATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGAAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---GCATCATTTATATCA--------T---T----T--A-TTGC----AC-----AAAGCATACAC------ATAGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTATGATGGTTTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149360                     : GAGTGTGATAATCATGTCATTTACATTCT--CGC--GC-CAACGAA------A-GCTAAATATAAC-AT---TTATACATGA---ATAT-ATAGTAT--CATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAA-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGACATTATCT-TTTCTG--GTATAATG-TA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATCGGATTCATCT--AT----TGCACCTGT----TC-----AAAGTGTACAC------ATTGGATTCAATAACACGCTCATAAACGTACT--TGTACACATTG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGTTCGACTCGAAC
gi|149361                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTTACTATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTT---TAGTG-T-----AATACAATA-AAGTT------TATTTAGAAATTATCA-TTTCTT--GTATACTG-GA---TTT---TCCGTGTAAACA---AGAAATAC---ACTTCATTTACATCATC------T--AT----TGCACCTGT----TC-----AAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACACTCACAAATGTACT--TTTACACC-----------------ATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149362                     : GAGTGTGATTATAATGTTATTTTCATTCT--CAC--GCACACCGAA------AAGCTAAATATAGCTTT---TTATACATGT---GTAT-ACA---TG-TAT-ATGATAAAAAG------GGTAAATTAAG-CAATTA---TAGTT-A-----AATACAATT-AATAA------TATTTAACAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TAT---TCCAAATAAACA---AGAAACAC---GCATCATTTTCATCATC------T--ATTA--T--ACCTGT----TC-----AAAGCGTACAC------ATAGGATTAAATAACACGCTCACAAACGAACT--TGTACA-CATG-TAAAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149363                     : GAATGTGATTATCATTTCATTTA-AT------------------AT------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA----------------------TGATAAGA--------C-TAAATTAAG-TGATTA---CAGGG-T-----AATACAATT-AATTA------TACTTGGAAATGATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTTCAATCTA
gi|149364                     :   GTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATAAAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATTATAAAA--------AGTAAATTAAG-TTATCA---TAGTG-T-----AATACAATT-AGTTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCGTTTACATCATC------T--AT----TGCACCTGT----TT-----AAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACAAGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACA----GTCGGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149365                     :   GTATGATTATCATTTCATTTACATTCT--CAC--GTACACCGAA------A-GCTTAATATAGCTAT---TTATACAT------T------AAAT--TATGATAATAAAA--------GGTAAATTAAG-TGATTA---TAGTG-T-----NNNNNNNNN-NAT
gi|149366                     :   GTGTGATTGTCATGATATTTTCACTCTCACAC--GTGCACCGAATTCAATA-GCTAATTATAGTCAT---T
gi|149367                     :    TGGGATTGTCATGCCATTTGAATTGT--AAT--GCAAACCAAT------A-TCTAAATATA--TATACGTTATA-ATG-------T-AT----T--TATGATGAAAAAATGAATAAAGGCAAATCA-G-TA-TTG---CATTGAT-----GTTA-AATT-AATTA------AATTTGAAAATGTTAT-TTAGTA--GTGTATTG-CAC--TTC---TCT-TATATACA---AGAAACAC---ATGTCGTTGATATCATT------T--AT----TGGATCTGA----TT-----AAAGCATACAC------ATAGGATTCAATAACAT-TTGACAGATGTA-TAATGTAC
gi|149368                     :             CACGTCATA-ATATTCC--CAC--------CGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TGATTG---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAAATATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATCA--------T-------------CTGT----TC-----AAAGCATACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTTCT--TGTTCACCATGTTACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149369                     :               TGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATAAAGCTAT---TTATACAGGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TTGTA-T-----AATACAATT-AATTATACATGTATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTTTATTG-TATTTTTT---TCTGCATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATCGGATTCATCT--AT----TGCACCT-T----TC-----AAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACGCGCTCATCAACGTACT--TGTACGCCATG-TACAT---GCACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGGCT
gi|149370                     :                         ATTTT--CAT--GCACACCG--------------AATATAGTTACA--TTGT-CATTATCTTTATGATGAAAC--AATGA--AT-AAA--------GATTAATTAAGTTAATTGAATTAACA-TTTAACAATAAAATT-AATTA-------GTTTGAAAAATATGT-TTCATG--GTGTATTG-CA---TTT---CCCAAATATTCATTGAGAAACACCCAACATTAGTTTCATT---------T--AT----TGGACCTGCATGGTA-----AACCCATACACATATATATAGGATTCA
gi|149371                     :                                                                                                              AAA--------GGTAAATGAAG-TTATTG---TATTG-T-----AAT----------TA------TATT----AATTGTTG-TTT-TGAAGTGCATTACGT---TTT---TCTA-ATAAACA---ACAAA--C---ACATCATTAATATCA--------T---T----C--AGTGGT----TCTGATAAAAGCATACAC------ATATGATTCAATAAAATGTTGACAA------C--TGTACA--ATG-TATATAGGGTATGG-----TGTTGAACAATTCTTGGCTCAA
gi|149372                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AC------ATGGGATTCAATAACATGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATGTTACAT---GTACGATGA-TTGTTGAACCAGGCTTGACTCCAAC
gi|149373                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       G-TACAT---GTACGATGA-CTGTTGTACCAGACTTGACTCAAAC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                 11111111                                                                                                                                           55555555555                                                                                                                              
lowQualScore                  :                              33   33          777777 2               666          5555   2       66             22222222           2      444     2 66666         2     777777                2      33        2  777   444            555        555              22222222222 77    0      6666             777777                                33           5     555         2                         
lowQualScore                  :                              ..   ..          ...... .               ...          ....   .       ..             ........           .      ...     . .....         .     ......                .      ..        .  ...   ...            ...        ...              ........... ..    .      ....             ......                                ..           .     ...         .                         
lowQualScore                  :                              44   44          222222 5               999          1111   7       33             55555555           5      444     5 22222         5     777777                7      77        7  333   777            000        000              44444444444 99    1      1111             777777                                99           7     000         9                         
consensus                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
Reference ( family-824 )      : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149355                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGACGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATTT-TTTCTG--GTATAATG-GA---TTT---TCAACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATCATA--------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAACAACACGCTCACAA------T--CATACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149356                     : GAGTGTGATTATCATTTCATTTACATTCT--CAC--GTACGCCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAA-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TGATTA---CAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATGTTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T---------CTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGAATCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-CACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149357                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCAAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-CCAAAAT--CATGATGATAAAT--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTAGAAATTATCT-TTCCTG--GTATATAG-GA---TTT---TTTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTAAATC--A--------TCCATTGCACCTGA----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTGACAAATGTACG--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGC-CGGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149358                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GAACACCGAA------A-GCTAAATATAACTAT---TTATACATGA---ATAT-ATAGTAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AAAACAATTAAATTA-------ATTTAGAAATTATATATTTCTG--GTATATTG-TA---TTT---TCTACATAAACA---GGAAAAAT---ACATTATTTACATC--GGATTCATCT--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCTATAACACGCTCATAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAA---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149359                     : GAGTGTGATAGTCATGTCATTTATATTCT--CACACGCACACCGAA------A-TCTAAATATAGCTAT---TTATACAT-----GTGT-TTAAAATTATATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGAAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---GCATCATTTATATC--ATT------T--ATTGCA----------CAAAGCATACAC------ATAGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTATGATGGTTTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149360                     : GAGTGTGATAATCATGTCATTTACATTCT--CGC--GC-CAACGAA------A-GCTAAATATAAC-AT---TTATACATGA---ATAT-ATAGTAT--CATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAA-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGACATTATCT-TTTCTG--GTATAATG-TA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--GGATTCATCT--ATTGCACCTGT----TCAAAGTGTACAC------ATTGGATTCAATAACACGCTCATAAACGTACT--TGTACACATTG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGTTCGACTCGAAC
gi|149361                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTTACTATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTT---TAGTG-T-----AATACAATA-AAGTT------TATTTAGAAATTATCA-TTTCTT--GTATACTG-GA---TTT---TCCGTGTAAACA---AGAAATAC---ACTTCATTTACATC--ATC------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACACTCACAAATGTACT--TTTACACC-----------------ATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149362                     : GAGTGTGATTATAATGTTATTTTCATTCT--CAC--GCACACCGAA------AAGCTAAATATAGCTTT---TTATACATGT---GTAT-ACA---TG-TAT-ATGATAAAAAG------GGTAAATTAAG-CAATTA---TAGTT-A-----AATACAATT-AATAA------TATTTAACAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TAT---TCCAAATAAACA---AGAAACAC---GCATCATTTTCATC--ATC------T--ATTATACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATAGGATTAAATAACACGCTCACAAACGAACT--TGTACA-CATG-TAAAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149363                     : GAATGTGATTATCATTTCATTTA-AT------------------AT------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA----------------------TGATAAGA--------C-TAAATTAAG-TGATTA---CAGGG-T-----AATACAATT-AATTA------TACTTGGAAATGATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTTCAATCTA
gi|149364                     :   GTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATAAAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATTATAAAA--------AGTAAATTAAG-TTATCA---TAGTG-T-----AATACAATT-AGTTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCGTTTACATC--ATC------T--ATTGCACCTGT----TTAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACAAGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACA----GTCGGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149365                     :   GTATGATTATCATTTCATTTACATTCT--CAC--GTACACCGAA------A-GCTTAATATAGCTAT---TTATACAT------T------AAAT--TATGATAATAAAA--------GGTAAATTAAG-TGATTA---TAGTG-T-----NNNNNNNNN-NAT
gi|149366                     :   GTGTGATTGTCATGATATTTTCACTCTCACAC--GTGCACCGAATTCAATA-GCTAATTATAGTCAT---T
gi|149367                     :    TGGGATTGTCATGCCATTTGAATTGT--AAT--GCAAACCAAT------A-TCTAAATATA--TATACGTTATA-ATG-------T-AT----T--TATGATGAAAAAATGAATAAAGGCAAATCA-G-TA-TTG---CATTGAT-----GTTA-AATT-AATTA------AATTTGAAAATGTTAT-TTAGTA--GTGTATTG-CAC--TTC---TCT-TATATACA---AGAAACAC---ATGTCGTTGATATC--ATT------T--ATTGGATCTGA----TTAAAGCATACAC------ATAGGATTCAATAACAT-TTGACAGATGTA-TAATGTAC
gi|149368                     :             CACGTCATA-ATATTCC--CAC--------CGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TGATTG---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAAATATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T---------CTGT----TCAAAGCATACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTTCT--TGTTCACCATGTTACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149369                     :               TGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATAAAGCTAT---TTATACAGGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TTGTA-T-----AATACAATT-AATTATACATGTATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTTTATTG-TATTTTTT---TCTGCATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--GGATTCATCT--ATTGCACCT-T----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACGCGCTCATCAACGTACT--TGTACGCCATG-TACAT---GCACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGGCT
gi|149370                     :                         ATTTT--CAT--GCACACCG--------------AATATAGTTACA--TTGT-CATTATCTTTATGATGAAAC--AATGA--AT-AAA--------GATTAATTAAGTTAATTGAATTAACA-TTTAACAATAAAATT-AATTA-------GTTTGAAAAATATGT-TTCATG--GTGTATTG-CA---TTT---CCCAAATATTCATTGAGAAACACCCAACATTAGTTTCATT-----------T--ATTGGACCTGCATGGTAAACCCATACACATATATATAGGATTCA
gi|149371                     :                                                                                                              AAA--------GGTAAATGAAG-TTATTG---TATTG-T-----AAT----------TA------TATT----AATTGTTG-TTT-TGAAGTGCATTACGT---TTT---TCTA-ATAAACA---ACAAA--C---ACATCATTAATATC--A--------TTCAGTGGTTCTGA----TAAAAGCATACAC------ATATGATTCAATAAAATGTTGACAA------C--TGTACA--ATG-TATATAGGGTATGG-----TGTTGAACAATTCTTGGCTCAA
gi|149372                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AC------ATGGGATTCAATAACATGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATGTTACAT---GTACGATGA-TTGTTGAACCAGGCTTGACTCCAAC
gi|149373                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                G-TACAT---GTACGATGA-CTGTTGTACCAGACTTGACTCAAAC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                 11111111                                                                                                                                           55555555555                                                                                                                              
lowQualScore                  :                              33   33          777777 2               666          5555   2       66             22222222           2      444     2 66666         2     777777                2      33        2  777   444            555        555              22222222222 77    0      6666             777777                                33           5     555         2                         
lowQualScore                  :                              ..   ..          ...... .               ...          ....   .       ..             ........           .      ...     . .....         .     ......                .      ..        .  ...   ...            ...        ...              ........... ..    .      ....             ......                                ..           .     ...         .                         
lowQualScore                  :                              44   44          222222 5               999          1111   7       33             55555555           5      444     5 22222         5     777777                7      77        7  333   777            000        000              44444444444 99    1      1111             777777                                99           7     000         9                         
consensus                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
Reference ( family-824 )      : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149355                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGACGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATTT-TTTCTG--GTATAATG-GA---TTT---TCAACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATCATA--------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAACAACACGCTCACAA------T--CATACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149356                     : GAGTGTGATTATCATTTCATTTACATTCT--CAC--GTACGCCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAA-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TGATTA---CAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATGTTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T---------CTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGAATCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-CACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149357                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCAAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-CCAAAAT--CATGATGATAAAT--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTAGAAATTATCT-TTCCTG--GTATATAG-GA---TTT---TTTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTAAATC--A--------TCCATTGCACCTGA----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTGACAAATGTACG--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGC-CGGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149358                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GAACACCGAA------A-GCTAAATATAACTAT---TTATACATGA---ATAT-ATAGTAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AAAACAATTAAATTA-------ATTTAGAAATTATATATTTCTG--GTATATTG-TA---TTT---TCTACATAAACA---GGAAAAAT---ACATTATTTACATC--GGATTCATCT--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCTATAACACGCTCATAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAA---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149359                     : GAGTGTGATAGTCATGTCATTTATATTCT--CACACGCACACCGAA------A-TCTAAATATAGCTAT---TTATACAT-----GTGT-TTAAAATTATATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGAAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---GCATCATTTATATC--ATT------T--ATTGCA----------CAAAGCATACAC------ATAGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTATGATGGTTTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149360                     : GAGTGTGATAATCATGTCATTTACATTCT--CGC--GC-CAACGAA------A-GCTAAATATAAC-AT---TTATACATGA---ATAT-ATAGTAT--CATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAA-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGACATTATCT-TTTCTG--GTATAATG-TA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--GGATTCATCT--ATTGCACCTGT----TCAAAGTGTACAC------ATTGGATTCAATAACACGCTCATAAACGTACT--TGTACACATTG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGTTCGACTCGAAC
gi|149361                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTTACTATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTT---TAGTG-T-----AATACAATA-AAGTT------TATTTAGAAATTATCA-TTTCTT--GTATACTG-GA---TTT---TCCGTGTAAACA---AGAAATAC---ACTTCATTTACATC--ATC------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACACTCACAAATGTACT--TTTACACC-----------------ATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149362                     : GAGTGTGATTATAATGTTATTTTCATTCT--CAC--GCACACCGAA------AAGCTAAATATAGCTTT---TTATACATGT---GTAT-ACA---TG-TAT-ATGATAAAAAG------GGTAAATTAAG-CAATTA---TAGTT-A-----AATACAATT-AATAA------TATTTAACAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TAT---TCCAAATAAACA---AGAAACAC---GCATCATTTTCATC--ATC------T--ATTATACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATAGGATTAAATAACACGCTCACAAACGAACT--TGTACA-CATG-TAAAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149363                     : GAATGTGATTATCATTTCATTTA-AT------------------AT------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA----------------------TGATAAGA--------C-TAAATTAAG-TGATTA---CAGGG-T-----AATACAATT-AATTA------TACTTGGAAATGATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTTCAATCTA
gi|149364                     :   GTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATAAAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATTATAAAA--------AGTAAATTAAG-TTATCA---TAGTG-T-----AATACAATT-AGTTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCGTTTACATC--ATC------T--ATTGCACCTGT----TTAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACAAGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACA----GTCGGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149365                     :   GTATGATTATCATTTCATTTACATTCT--CAC--GTACACCGAA------A-GCTTAATATAGCTAT---TTATACAT------T------AAAT--TATGATAATAAAA--------GGTAAATTAAG-TGATTA---TAGTG-T-----NNNNNNNNN-NAT
gi|149366                     :   GTGTGATTGTCATGATATTTTCACTCTCACAC--GTGCACCGAATTCAATA-GCTAATTATAGTCAT---T
gi|149367                     :    TGGGATTGTCATGCCATTTGAATTGT--AAT--GCAAACCAAT------A-TCTAAATATA--TATACGTTATA-ATG-------T-AT----T--TATGATGAAAAAATGAATAAAGGCAAATCA-G-TA-TTG---CATTGAT-----GTTA-AATT-AATTA------AATTTGAAAATGTTAT-TTAGTA--GTGTATTG-CAC--TTC---TCT-TATATACA---AGAAACAC---ATGTCGTTGATATC--ATT------T--ATTGGATCTGA----TTAAAGCATACAC------ATAGGATTCAATAACAT-TTGACAGATGTA-TAATGTAC
gi|149368                     :             CACGTCATA-ATATTCC--CAC--------CGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TGATTG---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAAATATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T---------CTGT----TCAAAGCATACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTTCT--TGTTCACCATGTTACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149369                     :               TGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATAAAGCTAT---TTATACAGGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TTGTA-T-----AATACAATT-AATTATACATGTATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTTTATTG-TATTTTTT---TCTGCATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--GGATTCATCT--ATTGCACCT-T----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACGCGCTCATCAACGTACT--TGTACGCCATG-TACAT---GCACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGGCT
gi|149370                     :                         ATTTT--CAT--GCACACCG--------------AATATAGTTACA--TTGT-CATTATCTTTATGATGAAAC--AATGA--AT-AAA--------GATTAATTAAGTTAATTGAATTAACA-TTTAACAATAAAATT-AATTA-------GTTTGAAAAATATGT-TTCATG--GTGTATTG-CA---TTT---CCCAAATATTCATTGAGAAACACCCAACATTAGTTTCATT-----------T--ATTGGACCTGCATGGTAAACCCATACACATATATATAGGATTCA
gi|149371                     :                                                                                                              AAA--------GGTAAATGAAG-TTATTG---TATTG-T-----AAT----------TA------TATT----AATTGTTG-TTT-TGAAGTGCATTACGT---TTT---TCTA-ATAAACA---ACAAA--C---ACATCATTAATATC--A--------TTCAGTGGTTCTGA----TAAAAGCATACAC------ATATGATTCAATAAAATGTTGACAA------C--TGTACA--ATG-TATATAGGGTATGG-----TGTTGAACAATTCTTGGCTCAA
gi|149372                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AC------ATGGGATTCAATAACATGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATGTTACAT---GTACGATGA-TTGTTGAACCAGGCTTGACTCCAAC
gi|149373                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                G-TACAT---GTACGATGA-CTGTTGTACCAGACTTGACTCAAAC


blockSeqs                     :                              CA   AC          TTCAAT A               ACG          TCTT   G       TA             TGAATAAA           T      AAT     A TTAAC         A     TACATG                A      AA        C  TTT   CAA            TTG        CCA              GGATTCATC   CC           ATGG             ATATAT                                AA           T     AGG         T
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               A            G      .       G              AG                 .      .       . .             .     .                     .      .         .  C     .              .          .                GGATTCATC   TC           .                .                                     .            T     .           .
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .            G      .       .              .                  .      .       . .             .     .                     .      .         .  .     .              .          .                GGATTCATC   .            .                .                                     .            .     .           .
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .            A      .       .              .                  .      .       . .             .     .                     .      .         .  .     .              .          .                ATT         .            .                .                                     .            .     .           .
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .            G      .       .              .                  .      .       . .             .     .                     .      .         .  .     .              .          .                ATC         .            .                .                                     .            .     .           .
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .            A      .       .              .                  .      .       . .             .     .                     .      .         .  .     .              .          .                ATC         .            .                .                                     .            .     .           .
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .            G      .       .              .                  .      .       . .             .     .                     .      .         .  .     .              .          .                ATC         .            .                .                                     .            .     .           .
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .            G      .       .              .                  .      .       . .             .     .                     .      .         .  .     .              .          .                ATT         .            .                .                                     .            .     .           .
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .            G      .       .              .                  .      .       . .             .     .                     .      .         .  .     .              .          .                A           .            .                .                                     .            .     .           .
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .            G      .       .              .                  .      .       . .             .     .                     .      .         .  .     .              .          .                A           .            .                .                                     .            .     .           .
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .            G      .       .              .                  .      .       . .             .     .                     .      .         .  .     .              .          .                A           .            .                .                                     .            .     .           .
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .            .      .       .              .                  .      .       . .             .     .                     .      .         .  .     .              .          .                A           .            .                .                                     .            .     .           .
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .            .      .       .              .                  .      .       . .             .     .                     .      .         .  .     .              .          .                .           .            .                .                                     .            .     .           .
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .            .      .       .              .                  .      .       . .             .     .                     .      .         .  .     .                                                                                    .                                                                     
blockSeqs                     :                              .    .           .      .               .                                          .                  .      .       . .             .                                                                                                                                                                                                                


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
finalCons                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                 11111111                                                                                                                                           55555555555                                                                                                                              
lowQualScore                  :                              33   33          777777 2               666          5555   2       66             22222222           2      444     2 66666         2     777777                2      33        2  777   444            555        555              22222222222 77    0      6666             777777                                33           5     555         2                         
lowQualScore                  :                              ..   ..          ...... .               ...          ....   .       ..             ........           .      ...     . .....         .     ......                .      ..        .  ...   ...            ...        ...              ........... ..    .      ....             ......                                ..           .     ...         .                         
lowQualScore                  :                              44   44          222222 5               999          1111   7       33             55555555           5      444     5 22222         5     777777                7      77        7  333   777            000        000              44444444444 99    1      1111             777777                                99           7     000         9                         
consensus                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
Reference ( family-824 )      : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149355                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGACGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATTT-TTTCTG--GTATAATG-GA---TTT---TCAACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATCATA--------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAACAACACGCTCACAA------T--CATACACCATG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149356                     : GAGTGTGATTATCATTTCATTTACATTCT--CAC--GTACGCCGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAA-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TGATTA---CAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATGTTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T---------CTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGAATCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-CACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149357                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCAAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-CCAAAAT--CATGATGATAAAT--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTAGAAATTATCT-TTCCTG--GTATATAG-GA---TTT---TTTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTAAATC--A--------TCCATTGCACCTGA----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTGACAAATGTACG--TGTACACCATG-TACAT---GTACGATGC-CGGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149358                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GAACACCGAA------A-GCTAAATATAACTAT---TTATACATGA---ATAT-ATAGTAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AAAACAATTAAATTA-------ATTTAGAAATTATATATTTCTG--GTATATTG-TA---TTT---TCTACATAAACA---GGAAAAAT---ACATTATTTACATC--GGATTCATCT--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCTATAACACGCTCATAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAA---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149359                     : GAGTGTGATAGTCATGTCATTTATATTCT--CACACGCACACCGAA------A-TCTAAATATAGCTAT---TTATACAT-----GTGT-TTAAAATTATATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGAAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---GCATCATTTATATC--ATT------T--ATTGCA----------CAAAGCATACAC------ATAGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACAT---GTATGATGGTTTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149360                     : GAGTGTGATAATCATGTCATTTACATTCT--CGC--GC-CAACGAA------A-GCTAAATATAAC-AT---TTATACATGA---ATAT-ATAGTAT--CATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAA-TAATTA---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGACATTATCT-TTTCTG--GTATAATG-TA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--GGATTCATCT--ATTGCACCTGT----TCAAAGTGTACAC------ATTGGATTCAATAACACGCTCATAAACGTACT--TGTACACATTG-TACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGTTCGACTCGAAC
gi|149361                     : GAGTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTTACTATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTT---TAGTG-T-----AATACAATA-AAGTT------TATTTAGAAATTATCA-TTTCTT--GTATACTG-GA---TTT---TCCGTGTAAACA---AGAAATAC---ACTTCATTTACATC--ATC------T--ATTGCACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACACACTCACAAATGTACT--TTTACACC-----------------ATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149362                     : GAGTGTGATTATAATGTTATTTTCATTCT--CAC--GCACACCGAA------AAGCTAAATATAGCTTT---TTATACATGT---GTAT-ACA---TG-TAT-ATGATAAAAAG------GGTAAATTAAG-CAATTA---TAGTT-A-----AATACAATT-AATAA------TATTTAACAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TAT---TCCAAATAAACA---AGAAACAC---GCATCATTTTCATC--ATC------T--ATTATACCTGT----TCAAAGCGTACAC------ATAGGATTAAATAACACGCTCACAAACGAACT--TGTACA-CATG-TAAAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149363                     : GAATGTGATTATCATTTCATTTA-AT------------------AT------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA----------------------TGATAAGA--------C-TAAATTAAG-TGATTA---CAGGG-T-----AATACAATT-AATTA------TACTTGGAAATGATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTTCAATCTA
gi|149364                     :   GTGTGATTATCATGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATAAAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATTATAAAA--------AGTAAATTAAG-TTATCA---TAGTG-T-----AATACAATT-AGTTA------TATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCGTTTACATC--ATC------T--ATTGCACCTGT----TTAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACAAGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATG-TACA----GTCGGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149365                     :   GTATGATTATCATTTCATTTACATTCT--CAC--GTACACCGAA------A-GCTTAATATAGCTAT---TTATACAT------T------AAAT--TATGATAATAAAA--------GGTAAATTAAG-TGATTA---TAGTG-T-----NNNNNNNNN-NAT
gi|149366                     :   GTGTGATTGTCATGATATTTTCACTCTCACAC--GTGCACCGAATTCAATA-GCTAATTATAGTCAT---T
gi|149367                     :    TGGGATTGTCATGCCATTTGAATTGT--AAT--GCAAACCAAT------A-TCTAAATATA--TATACGTTATA-ATG-------T-AT----T--TATGATGAAAAAATGAATAAAGGCAAATCA-G-TA-TTG---CATTGAT-----GTTA-AATT-AATTA------AATTTGAAAATGTTAT-TTAGTA--GTGTATTG-CAC--TTC---TCT-TATATACA---AGAAACAC---ATGTCGTTGATATC--ATT------T--ATTGGATCTGA----TTAAAGCATACAC------ATAGGATTCAATAACAT-TTGACAGATGTA-TAATGTAC
gi|149368                     :             CACGTCATA-ATATTCC--CAC--------CGAA------A-GCTAAATATAGCTAT---TTATACATGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TGATTG---TAGTG-T-----AATACAATT-AATTA------TATTTGGAAAATATCT-TTTCTG--GTATATTG-GA---TTT---TCTACATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--A--------T---------CTGT----TCAAAGCATACAC------ATGGGATTCAATAACACGCTCACAAACGTTCT--TGTTCACCATGTTACAT---GTACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGACTCGAAC
gi|149369                     :               TGTCATTTACATTCT--CAC--GCACACCGAA------A-GCTAAATAAAGCTAT---TTATACAGGA---GTAT-ATAAAAT--TATGATGATAAAA--------GGTAAATTAAG-TAATTA---TTGTA-T-----AATACAATT-AATTATACATGTATTTGGAAATTATCT-TTTCTG--GTTTATTG-TATTTTTT---TCTGCATAAACA---AGAAATAC---ACATCATTTACATC--GGATTCATCT--ATTGCACCT-T----TCAAAGCGTACAC------ATGGGATTCAATAACGCGCTCATCAACGTACT--TGTACGCCATG-TACAT---GCACGATGA-TTGTTGTACCAGGCTTGGCT
gi|149370                     :                         ATTTT--CAT--GCACACCG--------------AATATAGTTACA--TTGT-CATTATCTTTATGATGAAAC--AATGA--AT-AAA--------GATTAATTAAGTTAATTGAATTAACA-TTTAACAATAAAATT-AATTA-------GTTTGAAAAATATGT-TTCATG--GTGTATTG-CA---TTT---CCCAAATATTCATTGAGAAACACCCAACATTAGTTTCATT-----------T--ATTGGACCTGCATGGTAAACCCATACACATATATATAGGATTCA
gi|149371                     :                                                                                                              AAA--------GGTAAATGAAG-TTATTG---TATTG-T-----AAT----------TA------TATT----AATTGTTG-TTT-TGAAGTGCATTACGT---TTT---TCTA-ATAAACA---ACAAA--C---ACATCATTAATATC--A--------TTCAGTGGTTCTGA----TAAAAGCATACAC------ATATGATTCAATAAAATGTTGACAA------C--TGTACA--ATG-TATATAGGGTATGG-----TGTTGAACAATTCTTGGCTCAA
gi|149372                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AC------ATGGGATTCAATAACATGCTCACAAACGTACT--TGTACACCATGTTACAT---GTACGATGA-TTGTTGAACCAGGCTTGACTCCAAC
gi|149373                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                G-TACAT---GTACGATGA-CTGTTGTACCAGACTTGACTCAAAC