lowQualScore : 555555555 1 1111 1111 111111 3333333333333333333333333333333333333 11 11 3333333333333333333333333 1 11111111111111111 22222 1111 1111 11
lowQualScore : 8 0 888888888 0 8 6 1 0 3 1 2 0000 7 9999 4 000000 3 0000000000000000000000000000000000000 44444 4444 333 0 00 33 55555 4 3 77 55 555 4 2 5 0 333 33 4444444444444444444444444 3 66666666666666666 0 00000 33 1111 33 0000 55 00 1
lowQualScore : . . ......... . . . . . . . . .... . .... . ...... . ..................................... ..... .... ... . .. .. ..... . . .. .. ... . . . . ... .. ......................... . ................. . ..... .. .... .. .... .. .. .
lowQualScore : 0 8 000000000 8 0 0 4 8 3 4 8 5555 3 8888 0 333333 1 6666666666666666666666666666666666666 44444 8888 111 5 44 11 66666 4 2 99 99 333 9 2 0 9 999 11 1111111111111111111111111 1 00000000000000000 5 66666 22 2222 22 4444 66 99 3
consensus : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACC-ACATCATACATGTACCT-TGTC--ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAATAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTAATATAGTCNTGGACAGCTT---GAAAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCT-------A------ATNT-TAG-----A---T----TCT-T--ATTTCCA---AATA--GTAATAN-A--T-----TAATA-TTNAGCGGATGGAAT-NCTCTCG-TAGATTGG---A--A-A--A--G-T--GAATA--T-C---TTNGATTTCTGT-------A-A--CGAN-TGCA-TTTGA--AAAAAGN-AAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
Reference ( gi|165000 ) : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACC-ACATCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAACGTTCTCGGAATGTAATACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT---GAACAAT-GTGAATGTT-----TTCATCC-------A------ATTT-TAG-----A---T----TCT-T--ATTTCCA---AATA--GTAATAC-A--T-----TAATA-TTAAACGGATTGAAT-TCTCTCG-TAGATTGG---A--A-A--A--G-T--GAATA--T-A---TTAGATTTCTGT-------A-A--CGAC-TACA-CTTAA--AAAAAGA-AAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
gi|164998 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCTAT-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTAGATATAGTCCTGGACAGCTT---GAAAAAT-GTGAATGTT-----TTCATTC-------A------ATTT-TAG-----A---T----TCT-T--ATTTCCA---AATA--GTAATAC-A--T-----TAATA-TTAAGCAGATAGAAT-TCTCTCG-TAGATTGG---A--A-A--A--G-T--GAATA--T-T---TTAGATTTCTGT-------A-A--CGAC-TGCA--TTGA--AAAAAGA-AAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCGTTTGAACAATCACATA
gi|164999 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACC-ACATCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAGCAACTTAATTTGAAAACTGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCAAGACAGCTT---GAAAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCC-------A------ATTT-TAG-----A---T----TCT-T--ATTTCCA---AATA--GTAATAC-A--T-----TAATA-TTAATTGGATAAAAT-TCTCTCA-TAGATTGG---A--A-A--A--G-T--GAATA--T-C---TTAGATTTCGGT-------A-A--AGAC-TGCA--TTGA--AAAAAGA-AAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCATTGGAACAATCACATA
gi|165001 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACC-ACATCATACAAGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAATAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT---GAAAAAT-ATGAATGTT-----TTCATCC-------A------ATTT-TAG-----A---T----TCT-T--ATTTCCA---AATA--GTAATAC-A--T-----TAATA-TTAAGCGGATGGAAT-TTTCTCG-TAGATTGG---A--A-A--A--G-T--GAATA--T-C---TTAGATTTCTGT-------A-A--CGAC-TGCA--TTGA--AAAAAGA------------CATTTTCTA----CTCCGTTGGAACACTCACATA
gi|165002 : CATAAGTTTATTTGGCTATTTGTT-ACATTATACATGTACCTTTGTC--ATATTTGGAAAGCTTATCAAATGTTTTCTGAACGTAATATAGCTTAATTTGAAAACTGGTTTGTACT-TTTAATATAGTCCTGGATAGCTT---GAAATAT-TTGAATACT-----TTCGTCC-------A------AAGT-TAG-----A---T----TCT-T--CTTTCGA---AATA--GTAATAC-A--T-----TAATA-TTAAGCAGATGAAAT-TCTCTCG-TAGATTGG---A--A-A--A--G-T--GAATA--T-C---TTAGATTTCTGT-------A-A--TGAC-TGTA-TT--G--AAAAAGA-AAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCATTGAAACAATCACATA
gi|165003 : AAGTTAATTTGGCTATTTATT-ACATCATACATGTACCTCTGTCAGAT-TT-GGAAAGCTTACCAAATGTTATCA-AATGCAAGATAACTTAATTTGAAAACCAGTTTGGATT-TTTAAGACAGTCCTGGGCAGTTT---AAAAAAT--TGAA-GAT-----TTCGTCA-------A------AAGT-TAT-----T---T----TCT-T--CTTTCCA---AATA--
gi|165004 : ATATAAAAATCTATGGGTATC-TTTAATACAGTTATGGACAGCAT---CTACAATAGTTA-TGTT-----ATCTGCT-------A-----------TAG-----A---TATAGTTT-C--ACTTCCA---CTCA--GTAGTAG-A--T-----TAATA-TTTAATGGATGTAAT-ACTCGTG-TTGTTTGA---A--A-ACAA--GAC--GAGTC--T-----TT-GATTTCTAT-------A-T--CTAG-GACA-TTTAA--AGAA-GT-AGT--GTTCAGCATCTTCTA----
gi|165006 : TTTGAA--CTGGTTAGAAGA-TTTTATGAAGTCATGAACCGCTTT--GAA-AAC-AGCAATATT-----CGAATCTGTGAAGAA------ATC---AG-----A---T----T--------TCCCA---AATA--AAAGTAA-A--T-----CAATA-TTGAGTGGATGGAAT-TCTCTAG-TACATTGGTGTA--A-A--A--taacctcatgacactcaca
gi|165005 : TTTGAAA--CGACTTGTTGT-TTTAATATACTCGTGAACCGCTTTGAAAACAAC----ACTGTT-----TTCAT-C-------A------A----TAG-----AAAGT----GCA-G--TTTTTCA---AAAA--AAAAGGA-AGCT-----CTGCA-TTTAATGGG-TGAACATTTCTAG-TAGAGTCA---A--ATA--A--GAC--GACTC--T-C---T--GGTTCCTAT-------A-A--AGAT-TGCA-TTT-A--AAAAGGT-AAT--TATCAGCATCTTCTA----
gi|165007 : TTGAAAAC-GTTTTGT-CTGTTTAATATATTTCTGGAAATGTT---GAAAAA----GAA-GTTGATTATTC-TCT-------A------GTGT-TAG-----A---T----CTG-C--ATTGCCG---TTTA--CTAATTT-A--T-----TGGAA-CTTACTGGGTGGAAT-TCACGAG-TAT-TTGT---A--A-AT-A--G-T--TGCCG--T-C---TTTCAATTCTGA-------A-A--AGGT-CACA--TCGA--AAAATAA-AAT--GTTCTGCATCTTCtagaatttgaaca
gi|165008 : AAAGCGTTTTGTTTC-TTTGATATAGTATTGTACCGCTT---TGACTAT-AATAATATT---------GCT-------A------ACAT-GAG-----A---TAG--TCT-TTCATCTCCG---TATA--G-AAGGCGA--T-----GTGTACTTAAGAGGGTGAAAT-GATCTTG-TCGAGTTG---A--A-T--A--A-T--GATAA--T-C---TTTGGGTTCTGT---------A--TGTTGTGCA-TTTAA--AAAAAAATAAT--GCTCAGCATCTTC
gi|165009 : TTATATC-TTTAATAAAGTTATGGACAGCAT---CTACAATAGTTA-TGTT-----GTCTTCT-------A-----------TAG-----A---TATAGTTT-C--ACTTCCACTCAATA--GTAG----A--T-----TAATA-TTTAATGGATGTAAT-GCTCGTG-TTGTTTGA---A--ACA--A--GAT--GAGTT--T-C---TTTGATTGCTAT-------A-T--CTAG-GACA-TTT-A--AAGAAGT-AGT--GTTCAGCAACTTCTA----T--------AACACTCACA
gi|165010 : GTATC-TTTAATAAAGTTATGGACAACAT---CTACAATAGTCA-TGTT-----ATCTGCT-------A-----------TAG-----A---TATAGTTT-C--ACTTCCA---CTCA--GTAGTAA-A--T-----TAATA-TTTAATGGATGTAAT-GCTCGTG-TTATTTGA---AACA-A--G--G-C--GAATC--T-----TT-GATTGCTAT-------A-T--CTAG-GACA-TTT-A--AAGAAGA-AGT--GTTCAG-ATCTTCTATAACCTC--TTG--ACACTCACA
gi|165011 : AGTCACAGACCGCTT---TAAAACT-GT-AACATT-----TGAATCT-------GTAGATTATTTATAG-----A---C----TTT-T---TTT------AATA--GT--TG--A--T-----TAATA-CAGAGTGGATATAAT-TATCTTT-TACATTG-------A-A--A--T-C--AAACAGTT-C---TCTGGTTTCTTT-------A-A--TGAG-TTCA----GAGTAAGAAGT-AAT--GCTCAGCATTTTC
gi|165012 : AAT--TAAATGTT-------CATTT-------T------ATTT-TTGCTTTAA---T----TTTGT--GTTTCCA---TACACGATAATG-----T-----TTATA-TTAAGCGGTTAAAAA-TTTCTTG-TAGATTGA---A--A-A--A--G-TTAGACT---T-A---TT-GAGTTGTGA-------A-T--CTAC-TGCA-TTTTA--ATAA--T-AATGAGTT--GCATTTTCTGT---CTCAATT-CCACAATCACACA
gi|165013 : AT-GT---TGTC-----TTCATATG------A------ATGT-TCG--------------TCT-T--AT--CCA---TATA-------AC-A--TCTTTTTGACA-TTGAGCGGATGAAAC-AACCTTG-T-GTTTTG---A--A-A-------T---AAT---------TTAATTCTTTGTTGTACAAA-A--AGAA-TGCA-GTTAA--AAAA-GT-AAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCAT
gi|165014 : TTT-T-----------T----TCA-C--ATCTCCA---TATA--ATAAAAA-C--T-----TAGTACTTGGA-GGATGAAAA-GGTCTTG-TTTAATGG---A--A-C--ATGG-T--TAATA--T-----TT-GATTTCTGT-------ACA--TGG--TACA-TTTGA--AAAA-GT-AAT--GTTCAGCATCTTC
gi|165015 : AA-----A---C----TCT-T--ATCGCCA---AATA--ATAGTTT-T--T-----TAACA-TTAAGAGGGTGAAAC-AATCTAG-TTGATTGA---A--A------------GAATA--TCAGTCTTTGATTTCTAT-------A-AATGGA---ACA-TTTAA--AGAAA-A-AAT--GTTCTGCGCCCTCAA----CT
gi|165016 : TTTCCA---AATA--AAAGCAA-A--T-----CAATA-TTGAGGGGATGGAAT-TCTCTAATTACATTGG---A--ATA--A--------AACAGTT-C---TCTGGTTTCTAT-------A-A--CGAG-TACAGC---G--AAAGAGT-AAT--GATCAGCGTTTTCgtatcg
gi|165017 : --T-----TGACA-TTGAGTGGATGGAAC-AACCTTG-T-GTTTTG---A--A-A-------T---AAT---------TTAATTCTTTGTTGTACAAA-A--AGAA-TGCA-GTTAA--AAAA-GT-AAT--GTTCAGCATCTTCCA----CTCCAT
Alignments
lowQualScore : 77777777 1 1111 1111111 11111111111111 1111 1111111111111111111 222222
lowQualScore : 6 11111111 3 2 3 1 77777 6666 3 1111111 22222222222222 1 33 55555 7777 3333 1 22 44 22 2 1 2 2 2 33 4 2 111 4444 22 4444444444444444444 2 1 333 2 1 333 000000 33 1 33 9999 3 77
lowQualScore : . ........ . . . . ..... .... . ....... .............. . .. ..... .... .... . .. .. .. . . . . . .. . . ... .... .. ................... . . ... . . ... ...... .. . .. .... . ..
lowQualScore : 7 00000000 3 2 1 0 44444 8888 2 9999999 77777777777777 9 77 99999 2222 1111 6 99 22 99 1 0 8 0 1 22 2 1 222 4444 99 6666666666666666666 2 8 666 2 0 999 222222 11 0 11 6666 0 00
consensus : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACC-ACATCATACATGTAC--------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAANACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCT------A------ATNT-TAG-----AT----TCT-T--ATTTCCAAATA--GTAGTANA--TTAATA-TTNAGCGGATGGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---A--A-A--A--G-TGAATA----TCT-TTGATTTCTGTA-ACG-ANTG---CATTT-G-A--AAAAAGNAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
Reference ( family-809 ) : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACC-ACATCATACATGTACCT-T-GTCATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAATAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTAATATAGTCNTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCT------A------ATNT-TAG-----AT----TCT-T--ATTTCCAAATA--GTAATANA--TTAATA-TTNAGCGGATGGA-ATNCTCTCG-TAGATTGG---A--A-A--A--G-TGAATA----TCT-TNGATTTCTGTA-ACG-ANTG---CATTT-G-A--AAAAAGNAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
gi|164998 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCTAT-TCATACATGTAC--------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTAGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATTC------A------ATTT-TAG-----AT----TCT-T--ATTTCCAAATA--GTAATACA--TTAATA-TTAAGCAGATAGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---A--A-A--A--G-TGAATA----TTT-TAGATTTCTGTA-ACG-ACTG---CA-TT-G-A--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCGTTTGAACAATCACATA
gi|164999 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACC-ACATCATACATGTAC--------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAGCAACTTAATTTGAAAACTGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCAAGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCC------A------ATTT-TAG-----AT----TCT-T--ATTTCCAAATA--GTAATACA--TTAATA-TTAATTGGATAAA-ATTCTCTCA-TAGATTGG---A--A-A--A--G-TGAATA----TCT-TAGATTTCGGTA-AAG-ACTG---CA-TT-G-A--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCATTGGAACAATCACATA
gi|165000 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACC-ACATCATACATGTAC--------ATATT-GGAAAGCTTATCAAACGTTCTCGGAATGTAATACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--ACAAT-GTGAATGTT-----TTCATCC------A------ATTT-TAG-----AT----TCT-T--ATTTCCAAATA--GTAATACA--TTAATA-TTAAACGGATTGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---A--A-A--A--G-TGAATA----TAT-TAGATTTCTGTA-ACG-ACTA---CACTT-A-A--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
gi|165001 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACC-ACATCATACAAGTAC--------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAATAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-ATGAATGTT-----TTCATCC------A------ATTT-TAG-----AT----TCT-T--ATTTCCAAATA--GTAATACA--TTAATA-TTAAGCGGATGGA-ATTTTCTCG-TAGATTGG---A--A-A--A--G-TGAATA----TCT-TAGATTTCTGTA-ACG-ACTG---CA-TT-G-A--AAAAAGA-----------CATTTTCTA----CTCCGTTGGAACACTCACATA
gi|165002 : CATAAGTTTATTTGGCTATTTGTT-ACATTATACATGTACCT-TTGTCATATTTGGAAAGCTTATCAAATGTTTTCTGAACGTAATATAGCTTAATTTGAAAACTGGTTTGTACT-TTTAATATAGTCCTGGATAGCTT-GA--AATAT-TTGAATACT-----TTCGTCC------A------AAGT-TAG-----AT----TCT-T--CTTTCGAAATA--GTAATACA--TTAATA-TTAAGCAGATGAA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---A--A-A--A--G-TGAATA----TCT-TAGATTTCTGTA-ATG-ACTG---TATT----G--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCATTGAAACAATCACATA
gi|165003 : AAGTTAATTTGGCTATTTATT-ACATCATACATGTACCTCT-GTCAGATTTGGAAAGCTTACCAAATGTTATCA-AATGCAAGATAACTTAATTTGAAAACCAGTTTGGATT-TTTAAGACAGTCCTGGGCAGTTT-AA--AAAAT--TGAA-GAT-----TTCGTCA------A------AAGT-TAT-----TT----TCT-T--CTTTCCAAATA--
gi|165004 : ATATAAAAATCTATGGGTATC-TTTAATACAGTTATGGACAGCAT-CT--ACAATAGTTA-TGTT--------ATCT------G------CTAT--AG-----ATATAGTTT-C--ACTTCCACTCA--GTAGTAGA--TTAATA-TTTAATGGATGTA-ATACTCGTG-TTGTTTGA---A--A-ACAA--GACGAGT------CT-TTGATTTCTATA-TCT-AGGA---CATTT---A--AAGAAGTAGT--GTTCAGCATCTTCTA----
gi|165005 : TTTGAAA--CGACTTGTTGT-TTTAATATACTCGTGAACCGCTT-TG--AAAAC-AACACTGTT-----TTCATC-------A------ATAG-AAA-----GT----GCA-G--TTTTTCAAAAA--AAAAGGAAGCTCTGCA-TTTAATGGGTGAACATT-TCTAG-TAGAGTCA---A--ATA--A--GACGACTC----TCT---GGTTCCTATA-AAG-ATTG---CATTT---A--AAAAGGTAAT--TATCAGCATCTTCTA----taacctcatgacactcaca
gi|165006 : TTTGAA--CTGGTTAGAAGA-TTTTATGAAGTCATGAACCGCTT-TG--AAAAC-AGCAATATT-----CGAATCTGTGAAGA------A-AT-CAG-----AT----T--------TCCCAAATA--AAAGTAAA--TCAATA-TTGAGTGGATGGA-ATTCTCTAG-TACATTGGTGTA--A-A--A--tagaatttgaaca
gi|165007 : TTGAAAAC-GTTTTGT-CTGTTTAATATATTTCTGGAAATGTT-GA--AAAA----GAA-GTTGATTATTC-TCT------A------GTGT-TAG-----AT----CTG-C--ATTGCCGTTTA--CTAATTTA--TTGGAA-CTTACTGGGTGGA-ATTCACGAG-TAT-TTGT---A--A-AT-A--G-TTGCCG----TCT-TTCAATTCTGAA-AAG-GTCA---CA-TC-G-A--AAAATAAAAT--GTTCTGCATCTTC
gi|165008 : AAAGCGTTTTGTTTC-TTTGATATAGTATTGTACCGCTTTGACTATAAT----AATATT-----G----CT------A------ACAT-GAG-----ATAG--TCT-TTCATCTCCGTATA--GAAGGCGA--TGTGTACTTAAGAGGGTGAA-ATGATCTTG-TCGAGTTG---A--A-T--A--A-TGATAA----TCT-TTGGGTTCTGT--ATGTTGTG---CATTTAA-A--AAAAAATAAT--GCTCAGCATCTTC
gi|165009 : TTATATC-TTTAATAAAGTTATGGACAGCAT-CT--ACAATAGTTA-TGTT-----GTCTTCT------A-----------TAG-----ATATAGTTT-C--ACTTCCACTCA--ATAGTAGA--TTAATA-TTTAATGGATGTA-ATGCTCGTG-TTGTTTGA---A--ACA--A--GATGAGTT----TCT-TTGATTGCTATA-TCT-AGGA---CATTT---A--AAGAAGTAGT--GTTCAGCAACTTCTA----T--------AACACTCACA
gi|165010 : GTATC-TTTAATAAAGTTATGGACAACAT-CT--ACAATAGTCA-TGTT--------ATCT------G------CTAT--AG-----ATATAGTTT-C--ACTTCCACTCA--GTAGTAAA--TTAATA-TTTAATGGATGTA-ATGCTCGTG-TTATTTGA---AACA-A--G--G-CGA--A----TCT-TTGATTGCTATA-TCT-AGGA---CATTT---A--AAGAAGAAGT--GTTCAG-ATCTTCTATAACCTC--TTG--ACACTCACA
gi|165011 : AGTCACAGACCGCTT-TA--AAACT-GT-AACATT-----TGAATCT------GTAGATTATTTATAG-----AC----TTT-T---TTT---AATA--GT--T-GA--TTAATA-CAGAGTGGATATA-ATTATCTTT-TACATTG-------A-A--A--T-CAAACAGT--TCT-CTGGTTTCTTTA-ATG-AGTT---CA----G-AGTAAGAAGTAAT--GCTCAGCATTTTC
gi|165012 : AAT--TAAATGTT-------CATTT------T------ATTT-TTGCTTTAAT----TTTGT--GTTTCCATACACGATAATG----TTTATA-TTAAGCGGTTAAA-AATTTCTTG-TAGATTGA---A--A-A--A--G-TTAG-A----CTTATTGAGTTGTGAA-TCT-ACTG---CATTT-T-A--ATAA--TAATGAGTT--GCATTTTCTGT---CTCAATT-CCACAATCACACA
gi|165013 : AT-GT---TGTC-----TTCATATG-----A------ATGT-TCG-----------TCT-T--AT--CCATATA--ACATCTTT--TTGACA-TTGAGCGGATGAA-ACAACCTTG-TGTTTTGA---A--ATA--A--T-TTAAT-----TCT-TTGTTGTACAAA-AAG-AATG---CAGTT---A--AAAAAGTAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCAT
gi|165014 : T----TCA-C--ATCTCCATATA--ATAAAAAC--TTAGTA-CTTGGAGGATGAA-AAGGTCTTG-TTTAATGG---A--A-C--ATGG-TTAATA----T---TTGATTTCTGTACATG--GTA---CATTT-G-A---AAAAGTAAT--GTTCAGCATCTTC
gi|165015 : ttttAA-----AC----TCT-T--ATCGCCAAATA--ATAGTTTT--TTAACA-TTAAGAGGGTGAA-ACAATCTAG-TTGATTGA---A--A----------GAATATCAGTCT-TTGATTTCTATA-----AATGGAACATTT---A--AAGAAAAAAT--GTTCTGCGCCCTCAA----CT
gi|165016 : TTTCCAAATA--AAAGCAAA--TCAATA-TTGAGGGGATGGA-ATTCTCTAATTACATTGG---A--ATA--A------AACAGT--TCT-CTGGTTTCTATA-ACG-AGTA---CA----GCG--AAAGAGTAAT--GATCAGCGTTTTCgtatcg
gi|165017 : --TTGACA-TTGAGTGGATGGA-ACAACCTTG-TGTTTTGA---A--ATA--A--T-TTAAT-----TCT-TTGTTGTACAAA-AAG-AATG---CAGTT---A--AAAAAGTAAT--GTTCAGCATCTTCCA----CTCCAT
Alignments
lowQualScore : 444444444 1111 1111111 11111111111111 1111 1111111111 111 222222
lowQualScore : 6 888888888 6 1 3 0 1 77777 6666 3 1111111 22222222222222 1 33 55555 7777 33 2 444 1 22 11 1 2 2 1 2 2 2 33 4 2 111 4444 6666666666 333 4444 2 333 2 1 333 000000 33 1 33 9999 3 77
lowQualScore : . ......... . . . . . ..... .... . ....... .............. . .. ..... .... .. . ... . .. .. . . . . . . . .. . . ... .... .......... ... .... . ... . . ... ...... .. . .. .... . ..
lowQualScore : 7 333333333 7 0 1 5 9 44444 8888 2 9999999 77777777777777 9 77 99999 2222 11 2 333 6 99 22 8 1 1 0 8 0 1 77 2 1 222 4444 5555555555 000 7777 2 666 2 0 999 222222 11 0 11 6666 0 00
consensus : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAANACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCT------A------ATNT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAGTANATTA-ATA-TTNAGCGGATGGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TTGATTTCTGTA-ACG-ANTG---CATTT-G-A--AAAAAGNAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
Reference ( family-809 ) : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAANACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCT------A------ATNT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAGTANATTA-ATA-TTNAGCGGATGGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TTGATTTCTGTA-ACG-ANTG---CATTT-G-A--AAAAAGNAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
gi|164998 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACC-TATTCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTAGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATTC------A------ATTT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAAGCAGATAGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TT----T-TAGATTTCTGTA-ACG-ACTG---CA-TT-G-A--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCGTTTGAACAATCACATA
gi|164999 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAGCAACTTAATTTGAAAACTGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCAAGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCC------A------ATTT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAATTGGATAAA-ATTCTCTCA-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TAGATTTCGGTA-AAG-ACTG---CA-TT-G-A--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCATTGGAACAATCACATA
gi|165000 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAACGTTCTCGGAATGTAATACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--ACAAT-GTGAATGTT-----TTCATCC------A------ATTT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAAACGGATTGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TA----T-TAGATTTCTGTA-ACG-ACTA---CACTT-A-A--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
gi|165001 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACAAGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAATAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-ATGAATGTT-----TTCATCC------A------ATTT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAAGCGGATGGA-ATTTTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TAGATTTCTGTA-ACG-ACTG---CA-TT-G-A--AAAAAGA-----------CATTTTCTA----CTCCGTTGGAACACTCACATA
gi|165002 : CATAAGTTTATTTGGCTATTTGTTACA-TTATACATGTACCTTTGTC--ATATTTGGAAAGCTTATCAAATGTTTTCTGAACGTAATATAGCTTAATTTGAAAACTGGTTTGTACT-TTTAATATAGTCCTGGATAGCTT-GA--AATAT-TTGAATACT-----TTCGTCC------A------AAGT-TAG-----AT----TC--T-T--CTTTCGAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAAGCAGATGAA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TAGATTTCTGTA-ATG-ACTG---TATT----G--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCATTGAAACAATCACATA
gi|165003 : AAGTTAATTTGGCTATTTATTACA-TCATACATGTACCTCTGTCAGAT-TT-GGAAAGCTTACCAAATGTTATCA-AATGCAAGATAACTTAATTTGAAAACCAGTTTGGATT-TTTAAGACAGTCCTGGGCAGTTT-AA--AAAAT--TGAA-GAT-----TTCGTCA------A------AAGT-TAT-----TT----TC--T-T--CTTTCCAAATA--
gi|165004 : ATATAAAAATCTATGGGTATC-TTTAATACAGTTATGGACAGCAT-CT--ACAATAGTTA-TGTT--------ATCT------G------CTAT--AG-----ATATAGTT--T-C--ACTTCCACTCA--GTAGTAGATTA-ATA-TTTAATGGATGTA-ATACTCGTG-TTGTTTGA---AA--ACAA--GACGAGT----C----T-TTGATTTCTATA-TCT-AGGA---CATTT---A--AAGAAGTAGT--GTTCAGCATCTTCTA----
gi|165005 : TTTGAAA--CGACTTGTTGT-TTTAATATACTCGTGAACCGCTT-TG--AAAAC-AACACTGTT-----TTCATC-------A------ATAG-AAA-----GT----GCAGT-T---TTTCAAAAAA--AAAGGAAGCTCTGCA-TTTAATGGGTGAACATT-TCTAG-TAGAGTCA---AAT-A--A--GACGACT----C----T-CTGGTTCCTATA-AAG-ATTG---CATTT---A--AAAAGGTAAT--TATCAGCATCTTCTA----taacctcatgacactcaca
gi|165006 : TTTGAA--CTGGTTAGAAGA-TTTTATGAAGTCATGAACCGCTT-TG--AAAAC-AGCAATATT-----CGAATCTGTGAAGA------A-AT-CAG-----AT----T----------TCCCAAATA--AAAGTAAATCA-ATA-TTGAGTGGATGGA-ATTCTCTAG-TACATTGGTGTAA--A--A--tagaatttgaaca
gi|165007 : TTGAAAAC-GTTTTGT-CTGTTTAATATATTTCTGGAAATGTT-GA--AAAA----GAA-GTTGATTATTC-TCT------A------GTGT-TAG-----AT----CT--G-C--ATTGCCGTTTA--CTAATTTATTG-GAA-CTTACTGGGTGGA-ATTCACGAG-TAT-TTGT---AA--AT-A--G-TTGCCG--TC----T-TTCAATTCTGAA-AAG-GTCA---CA-TC-G-A--AAAATAAAAT--GTTCTGCATCTTC
gi|165008 : AAAGCGTTTTGTTTC-TTTGATATAGTATTGTACCGCTTTGACTATAAT----AATATT-----G----CT------A------ACAT-GAG-----ATAG--TC--T-TTCATCTCCGTATA--GAAGGCGATGT-GTACTTAAGAGGGTGAA-ATGATCTTG-TCGAGTTG---AA--T--A--A-TGATAA--TC----T-TTGGGTTCTGT--ATGTTGTG---CATTTAA-A--AAAAAATAAT--GCTCAGCATCTTC
gi|165009 : TTATATC-TTTAATAAAGTTATGGACAGCAT-CT--ACAATAGTTA-TGTT-----GTCTTCT------A-----------TAG-----ATATAGTT--T-C--ACTTCCACTCA--ATAGTAGATTA-ATA-TTTAATGGATGTA-ATGCTCGTG-TTGTTTGA---AAC-A--A--GATGAGTT--TC----T-TTGATTGCTATA-TCT-AGGA---CATTT---A--AAGAAGTAGT--GTTCAGCAACTTCTA----T--------AACACTCACA
gi|165010 : GTATC-TTTAATAAAGTTATGGACAACAT-CT--ACAATAGTCA-TGTT--------ATCT------G------CTAT--AG-----ATATAGTT--T-C--ACTTCCACTCA--GTAGTAAATTA-ATA-TTTAATGGATGTA-ATGCTCGTG-TTATTTGA---AACAA--G--G-CGAAT----C----T-TTGATTGCTATA-TCT-AGGA---CATTT---A--AAGAAGAAGT--GTTCAG-ATCTTCTATAACCTC--TTG--ACACTCACA
gi|165011 : AGTCACAGACCGCTT-TA--AAACT-GT-AACATT-----TGAATCT------GTAGATTATTTATAG-----AC----TT--T-T---TTT---AATA--GTTG---ATTA-ATA-CAGAGTGGATATA-ATTATCTTT-TACATTG-----A--A--A--T-CAAACAGTTC----T-CTGGTTTCTTTA-ATG-AGTT---CA----G-AGTAAGAAGTAAT--GCTCAGCATTTTC
gi|165012 : AAT--TAAATGTT-------CATTT------T------ATTT-TTGCTTTAAT----TT--TGT--GTTTCCATACACGATA--ATGTTT-ATA-TTAAGCGGTTAAA-AATTTCTTG-TAGATTGA---AA--A--A--G-TTAG-A--CT----TATTGAGTTGTGAA-TCT-ACTG---CATTT-T-A--ATAA--TAATGAGTT--GCATTTTCTGT---CTCAATT-CCACAATCACACA
gi|165013 : AT-GT---TGTC-----TTCATATG-----A------ATGT-TCG-----------TC--T-T--AT--CCATATA--ACATCTTTTTG-ACA-TTGAGCGGATGAA-ACAACCTTG-TGTTTTGA---AAT-A--A--T-TTAAT---TC----T-TTGTTGTACAAA-AAG-AATG---CAGTT---A--AAAAAGTAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCAT
gi|165014 : T----TC--A-C--ATCTCCATATA--ATAAAAACTTA-GTA-CTTGGAGGATGAA-AAGGTCTTG-TTTAATGG---AA--C--ATGG-TTAATA--T-------TTGATTTCTGTACATG--GTA---CATTT-G----AAAAAGTAAT--GTTCAGCATCTTC
gi|165015 : ttttAA-----AC----TC--T-T--ATCGCCAAATA--ATAGTTTTTTA-ACA-TTAAGAGGGTGAA-ACAATCTAG-TTGATTGA---AA-----------GAATA--TCAGTCT-TTGATTTCTATA-----AATGGAACATTT---A--AAGAAAAAAT--GTTCTGCGCCCTCAA----CT
gi|165016 : TTTCCAAATA--AAAGCAAATCA-ATA-TTGAGGGGATGGA-ATTCTCTAATTACATTGG---AAT-A--A------AACAGTTC----T-CTGGTTTCTATA-ACG-AGTA---CA----GCG--AAAGAGTAAT--GATCAGCGTTTTCgtatcg
gi|165017 : TTG-ACA-TTGAGTGGATGGA-ACAACCTTG-TGTTTTGA---AAT-A--A--T-TTAAT---TC----T-TTGTTGTACAAA-AAG-AATG---CAGTT---A--AAAAAGTAAT--GTTCAGCATCTTCCA----CTCCAT
Alignments
lowQualScore : 444444444 1111 1111111 11111111111111 1111 1111111111 111 222222
lowQualScore : 6 888888888 6 1 3 0 1 77777 6666 3 1111111 22222222222222 1 33 55555 7777 33 2 444 1 22 11 1 2 2 1 2 2 2 33 4 2 111 4444 6666666666 333 4444 2 333 2 1 333 000000 33 1 33 9999 3 77
lowQualScore : . ......... . . . . . ..... .... . ....... .............. . .. ..... .... .. . ... . .. .. . . . . . . . .. . . ... .... .......... ... .... . ... . . ... ...... .. . .. .... . ..
lowQualScore : 7 333333333 7 0 1 5 9 44444 8888 2 9999999 77777777777777 9 77 99999 2222 11 2 333 6 99 22 8 1 1 0 8 0 1 77 2 1 222 4444 5555555555 000 7777 2 666 2 0 999 222222 11 0 11 6666 0 00
consensus : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAANACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCT------A------ATNT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAGTANATTA-ATA-TTNAGCGGATGGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TTGATTTCTGTA-ACG-ANTG---CATTT-G-A--AAAAAGNAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
Reference ( family-809 ) : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAANACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCT------A------ATNT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAGTANATTA-ATA-TTNAGCGGATGGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TTGATTTCTGTA-ACG-ANTG---CATTT-G-A--AAAAAGNAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
gi|164998 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACC-TATTCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTAGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATTC------A------ATTT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAAGCAGATAGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TT----T-TAGATTTCTGTA-ACG-ACTG---CA-TT-G-A--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCGTTTGAACAATCACATA
gi|164999 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAGCAACTTAATTTGAAAACTGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCAAGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCC------A------ATTT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAATTGGATAAA-ATTCTCTCA-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TAGATTTCGGTA-AAG-ACTG---CA-TT-G-A--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCATTGGAACAATCACATA
gi|165000 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAACGTTCTCGGAATGTAATACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--ACAAT-GTGAATGTT-----TTCATCC------A------ATTT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAAACGGATTGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TA----T-TAGATTTCTGTA-ACG-ACTA---CACTT-A-A--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
gi|165001 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACAAGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAATAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-ATGAATGTT-----TTCATCC------A------ATTT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAAGCGGATGGA-ATTTTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TAGATTTCTGTA-ACG-ACTG---CA-TT-G-A--AAAAAGA-----------CATTTTCTA----CTCCGTTGGAACACTCACATA
gi|165002 : CATAAGTTTATTTGGCTATTTGTTACA-TTATACATGTACCTTTGTC--ATATTTGGAAAGCTTATCAAATGTTTTCTGAACGTAATATAGCTTAATTTGAAAACTGGTTTGTACT-TTTAATATAGTCCTGGATAGCTT-GA--AATAT-TTGAATACT-----TTCGTCC------A------AAGT-TAG-----AT----TC--T-T--CTTTCGAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAAGCAGATGAA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TAGATTTCTGTA-ATG-ACTG---TATT----G--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCATTGAAACAATCACATA
gi|165003 : AAGTTAATTTGGCTATTTATTACA-TCATACATGTACCTCTGTCAGAT-TT-GGAAAGCTTACCAAATGTTATCA-AATGCAAGATAACTTAATTTGAAAACCAGTTTGGATT-TTTAAGACAGTCCTGGGCAGTTT-AA--AAAAT--TGAA-GAT-----TTCGTCA------A------AAGT-TAT-----TT----TC--T-T--CTTTCCAAATA--
gi|165004 : ATATAAAAATCTATGGGTATC-TTTAATACAGTTATGGACAGCAT-CT--ACAATAGTTA-TGTT--------ATCT------G------CTAT--AG-----ATATAGTT--T-C--ACTTCCACTCA--GTAGTAGATTA-ATA-TTTAATGGATGTA-ATACTCGTG-TTGTTTGA---AA--ACAA--GACGAGT----C----T-TTGATTTCTATA-TCT-AGGA---CATTT---A--AAGAAGTAGT--GTTCAGCATCTTCTA----
gi|165005 : TTTGAAA--CGACTTGTTGT-TTTAATATACTCGTGAACCGCTT-TG--AAAAC-AACACTGTT-----TTCATC-------A------ATAG-AAA-----GT----GCAGT-T---TTTCAAAAAA--AAAGGAAGCTCTGCA-TTTAATGGGTGAACATT-TCTAG-TAGAGTCA---AAT-A--A--GACGACT----C----T-CTGGTTCCTATA-AAG-ATTG---CATTT---A--AAAAGGTAAT--TATCAGCATCTTCTA----taacctcatgacactcaca
gi|165006 : TTTGAA--CTGGTTAGAAGA-TTTTATGAAGTCATGAACCGCTT-TG--AAAAC-AGCAATATT-----CGAATCTGTGAAGA------A-AT-CAG-----AT----T----------TCCCAAATA--AAAGTAAATCA-ATA-TTGAGTGGATGGA-ATTCTCTAG-TACATTGGTGTAA--A--A--tagaatttgaaca
gi|165007 : TTGAAAAC-GTTTTGT-CTGTTTAATATATTTCTGGAAATGTT-GA--AAAA----GAA-GTTGATTATTC-TCT------A------GTGT-TAG-----AT----CT--G-C--ATTGCCGTTTA--CTAATTTATTG-GAA-CTTACTGGGTGGA-ATTCACGAG-TAT-TTGT---AA--AT-A--G-TTGCCG--TC----T-TTCAATTCTGAA-AAG-GTCA---CA-TC-G-A--AAAATAAAAT--GTTCTGCATCTTC
gi|165008 : AAAGCGTTTTGTTTC-TTTGATATAGTATTGTACCGCTTTGACTATAAT----AATATT-----G----CT------A------ACAT-GAG-----ATAG--TC--T-TTCATCTCCGTATA--GAAGGCGATGT-GTACTTAAGAGGGTGAA-ATGATCTTG-TCGAGTTG---AA--T--A--A-TGATAA--TC----T-TTGGGTTCTGT--ATGTTGTG---CATTTAA-A--AAAAAATAAT--GCTCAGCATCTTC
gi|165009 : TTATATC-TTTAATAAAGTTATGGACAGCAT-CT--ACAATAGTTA-TGTT-----GTCTTCT------A-----------TAG-----ATATAGTT--T-C--ACTTCCACTCA--ATAGTAGATTA-ATA-TTTAATGGATGTA-ATGCTCGTG-TTGTTTGA---AAC-A--A--GATGAGTT--TC----T-TTGATTGCTATA-TCT-AGGA---CATTT---A--AAGAAGTAGT--GTTCAGCAACTTCTA----T--------AACACTCACA
gi|165010 : GTATC-TTTAATAAAGTTATGGACAACAT-CT--ACAATAGTCA-TGTT--------ATCT------G------CTAT--AG-----ATATAGTT--T-C--ACTTCCACTCA--GTAGTAAATTA-ATA-TTTAATGGATGTA-ATGCTCGTG-TTATTTGA---AACAA--G--G-CGAAT----C----T-TTGATTGCTATA-TCT-AGGA---CATTT---A--AAGAAGAAGT--GTTCAG-ATCTTCTATAACCTC--TTG--ACACTCACA
gi|165011 : AGTCACAGACCGCTT-TA--AAACT-GT-AACATT-----TGAATCT------GTAGATTATTTATAG-----AC----TT--T-T---TTT---AATA--GTTG---ATTA-ATA-CAGAGTGGATATA-ATTATCTTT-TACATTG-----A--A--A--T-CAAACAGTTC----T-CTGGTTTCTTTA-ATG-AGTT---CA----G-AGTAAGAAGTAAT--GCTCAGCATTTTC
gi|165012 : AAT--TAAATGTT-------CATTT------T------ATTT-TTGCTTTAAT----TT--TGT--GTTTCCATACACGATA--ATGTTT-ATA-TTAAGCGGTTAAA-AATTTCTTG-TAGATTGA---AA--A--A--G-TTAG-A--CT----TATTGAGTTGTGAA-TCT-ACTG---CATTT-T-A--ATAA--TAATGAGTT--GCATTTTCTGT---CTCAATT-CCACAATCACACA
gi|165013 : AT-GT---TGTC-----TTCATATG-----A------ATGT-TCG-----------TC--T-T--AT--CCATATA--ACATCTTTTTG-ACA-TTGAGCGGATGAA-ACAACCTTG-TGTTTTGA---AAT-A--A--T-TTAAT---TC----T-TTGTTGTACAAA-AAG-AATG---CAGTT---A--AAAAAGTAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCAT
gi|165014 : T----TC--A-C--ATCTCCATATA--ATAAAAACTTA-GTA-CTTGGAGGATGAA-AAGGTCTTG-TTTAATGG---AA--C--ATGG-TTAATA--T-------TTGATTTCTGTACATG--GTA---CATTT-G----AAAAAGTAAT--GTTCAGCATCTTC
gi|165015 : ttttAA-----AC----TC--T-T--ATCGCCAAATA--ATAGTTTTTTA-ACA-TTAAGAGGGTGAA-ACAATCTAG-TTGATTGA---AA-----------GAATA--TCAGTCT-TTGATTTCTATA-----AATGGAACATTT---A--AAGAAAAAAT--GTTCTGCGCCCTCAA----CT
gi|165016 : TTTCCAAATA--AAAGCAAATCA-ATA-TTGAGGGGATGGA-ATTCTCTAATTACATTGG---AAT-A--A------AACAGTTC----T-CTGGTTTCTATA-ACG-AGTA---CA----GCG--AAAGAGTAAT--GATCAGCGTTTTCgtatcg
gi|165017 : TTG-ACA-TTGAGTGGATGGA-ACAACCTTG-TGTTTTGA---AAT-A--A--T-TTAAT---TC----T-TTGTTGTACAAA-AAG-AATG---CAGTT---A--AAAAAGTAAT--GTTCAGCATCTTCCA----CTCCAT
blockSeqs : . CTCTGTCAG T A G C TGACT AGTT A GATTATT TGTGAAGA T AT CTTTA ATAG AG G TCA A CG AT C T C A T A C TC C T AGA GTGT ACAAGA AGT AGTC A CAT T C GAA TTTAA GT A GA TAAC A GG
blockSeqs : . CTTTGTC . T . C GA AGTT A TT TGTAGATT T T . ATAG . . A A . AT C . . A C G . TC C . AGA G TAAGA AGT . . AA . C . CTTA . A . T G GG
blockSeqs : . . . A . C GA AGTC A TT TGA T T . ATAG . . A A . AT C . . A C G . TT C . AGA G CAAGA A . . AC . C . TTTT . A . . G GG
blockSeqs : . . . T . C GA GTG A TT CA G T . AG . . A A . AT C . . A C A . TC C . AGA G CAAGG A . . AC . C . TTTG . A . . A GA
blockSeqs : . . . G . C GA GTG A TT CA G T . . . . C A . GT G . . T T T . AC T . TGT G CATGG A . . AT . G . TTG . T . . A G
blockSeqs : . A AA ATG C TT CA A T . . . . C C . GG A . . T T A . TC A . AGA A ATAG A . . TC . T . TTG . T . . A C
blockSeqs : . G CT TTG A TT CA A A . . . . A A . GT A . . G T G . TC A . ACA A TAAT G . . AA . T . TTT . A . . A .
blockSeqs : . A TG AAC A CG AA A C . . . . A A . AT T . . T T G . GA A . CGA T TAAT A . . AA . G . TTT . T . . .
blockSeqs : . C TG AGC A GT TG G T . . . . A T . GG G . . A A A . GC T . TGT G AAG T . . AT . G . TCG . T . . .
blockSeqs : . T GA TG A TG TA A G . . . . A T . GT G . . T T T . GC T . TAT A AAG A . . TC . G . TTT . A . .
blockSeqs : . A CT GT A TT TA A T . . . . G C . GT A . . T T T . TA T . ACA A AAG A . . TC . G . TTT . T . .
blockSeqs : . A CT TA . G TA T T . . . . A C . TC T . . G T T . TT T . AGA A AAG A . . AT . C . GTT . T . .
blockSeqs : A TA GT . . TG T T . . . . A A . AA T . . A C A . AA T . GTT A TAA . . . TC . A . TTT . T .
blockSeqs : G . . TT G . . . . . A T . GT A . . G C A . GG T . TTA G AAT . . . AA . G . GTT . T .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . T . GC T . . T A A . AA T . TGA A AAG . . . AC . A . TT . A .
blockSeqs : . . . . . T . G A . . A A A . TC A . ACA G TAA . . . AA . G . GC . T .
blockSeqs : . . . . A . . . . . G G G . AA A . GTT A . . . . . . A . G . T .
blockSeqs : A . . . G T G . T T . AT .
blockSeqCons :
originalCons : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAANACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCT------A------ATNT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAGTANATTA-ATA-TTNAGCGGATGGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TTGATTTCTGTA-ACG-ANTG---CATTT-G-A--AAAAAGNAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
finalCons : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAANACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCT------A------ATNT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAGTANATTA-ATA-TTNAGCGGATGGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TTGATTTCTGTA-ACG-ANTG---CATTT-G-A--AAAAAGNAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
Alignments
lowQualScore : 444444444 1111 1111111 11111111111111 1111 1111111111 111 222222
lowQualScore : 6 888888888 6 1 3 0 1 77777 6666 3 1111111 22222222222222 1 33 55555 7777 33 2 444 1 22 11 1 2 2 1 2 2 2 33 4 2 111 4444 6666666666 333 4444 2 333 2 1 333 000000 33 1 33 9999 3 77
lowQualScore : . ......... . . . . . ..... .... . ....... .............. . .. ..... .... .. . ... . .. .. . . . . . . . .. . . ... .... .......... ... .... . ... . . ... ...... .. . .. .... . ..
lowQualScore : 7 333333333 7 0 1 5 9 44444 8888 2 9999999 77777777777777 9 77 99999 2222 11 2 333 6 99 22 8 1 1 0 8 0 1 77 2 1 222 4444 5555555555 000 7777 2 666 2 0 999 222222 11 0 11 6666 0 00
consensus : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAANACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCT------A------ATNT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAGTANATTA-ATA-TTNAGCGGATGGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TTGATTTCTGTA-ACG-ANTG---CATTT-G-A--AAAAAGNAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
Reference ( family-809 ) : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAANACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCT------A------ATNT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAGTANATTA-ATA-TTNAGCGGATGGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TTGATTTCTGTA-ACG-ANTG---CATTT-G-A--AAAAAGNAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
gi|164998 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACC-TATTCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTAGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATTC------A------ATTT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAAGCAGATAGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TT----T-TAGATTTCTGTA-ACG-ACTG---CA-TT-G-A--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCGTTTGAACAATCACATA
gi|164999 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAGCAACTTAATTTGAAAACTGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCAAGACAGCTT-GA--AAAAT-GTGAATGTT-----TTCATCC------A------ATTT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAATTGGATAAA-ATTCTCTCA-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TAGATTTCGGTA-AAG-ACTG---CA-TT-G-A--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCATTGGAACAATCACATA
gi|165000 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACATGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAACGTTCTCGGAATGTAATACAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--ACAAT-GTGAATGTT-----TTCATCC------A------ATTT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAAACGGATTGA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TA----T-TAGATTTCTGTA-ACG-ACTA---CACTT-A-A--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCGTTGGAACAATCACATA
gi|165001 : CATAAGTTTATTTGGTTATTTACCACA-TCATACAAGTAC---------ATATT-GGAAAGCTTATCAAATGTTCTCGGAATGTAAAATAACTTAATTTGAAAACCGGTTTGTACT-TTTGATATAGTCCTGGACAGCTT-GA--AAAAT-ATGAATGTT-----TTCATCC------A------ATTT-TAG-----AT----TC--T-T--ATTTCCAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAAGCGGATGGA-ATTTTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TAGATTTCTGTA-ACG-ACTG---CA-TT-G-A--AAAAAGA-----------CATTTTCTA----CTCCGTTGGAACACTCACATA
gi|165002 : CATAAGTTTATTTGGCTATTTGTTACA-TTATACATGTACCTTTGTC--ATATTTGGAAAGCTTATCAAATGTTTTCTGAACGTAATATAGCTTAATTTGAAAACTGGTTTGTACT-TTTAATATAGTCCTGGATAGCTT-GA--AATAT-TTGAATACT-----TTCGTCC------A------AAGT-TAG-----AT----TC--T-T--CTTTCGAAATA--GTAATACATTA-ATA-TTAAGCAGATGAA-ATTCTCTCG-TAGATTGG---AA--A--A--G-TGAATA--TC----T-TAGATTTCTGTA-ATG-ACTG---TATT----G--AAAAAGAAAT--GTTCAGCATTTTCTA----CTCCATTGAAACAATCACATA
gi|165003 : AAGTTAATTTGGCTATTTATTACA-TCATACATGTACCTCTGTCAGAT-TT-GGAAAGCTTACCAAATGTTATCA-AATGCAAGATAACTTAATTTGAAAACCAGTTTGGATT-TTTAAGACAGTCCTGGGCAGTTT-AA--AAAAT--TGAA-GAT-----TTCGTCA------A------AAGT-TAT-----TT----TC--T-T--CTTTCCAAATA--
gi|165004 : ATATAAAAATCTATGGGTATC-TTTAATACAGTTATGGACAGCAT-CT--ACAATAGTTA-TGTT--------ATCT------G------CTAT--AG-----ATATAGTT--T-C--ACTTCCACTCA--GTAGTAGATTA-ATA-TTTAATGGATGTA-ATACTCGTG-TTGTTTGA---AA--ACAA--GACGAGT----C----T-TTGATTTCTATA-TCT-AGGA---CATTT---A--AAGAAGTAGT--GTTCAGCATCTTCTA----
gi|165005 : TTTGAAA--CGACTTGTTGT-TTTAATATACTCGTGAACCGCTT-TG--AAAAC-AACACTGTT-----TTCATC-------A------ATAG-AAA-----GT----GCAGT-T---TTTCAAAAAA--AAAGGAAGCTCTGCA-TTTAATGGGTGAACATT-TCTAG-TAGAGTCA---AAT-A--A--GACGACT----C----T-CTGGTTCCTATA-AAG-ATTG---CATTT---A--AAAAGGTAAT--TATCAGCATCTTCTA----taacctcatgacactcaca
gi|165006 : TTTGAA--CTGGTTAGAAGA-TTTTATGAAGTCATGAACCGCTT-TG--AAAAC-AGCAATATT-----CGAATCTGTGAAGA------A-AT-CAG-----AT----T----------TCCCAAATA--AAAGTAAATCA-ATA-TTGAGTGGATGGA-ATTCTCTAG-TACATTGGTGTAA--A--A--tagaatttgaaca
gi|165007 : TTGAAAAC-GTTTTGT-CTGTTTAATATATTTCTGGAAATGTT-GA--AAAA----GAA-GTTGATTATTC-TCT------A------GTGT-TAG-----AT----CT--G-C--ATTGCCGTTTA--CTAATTTATTG-GAA-CTTACTGGGTGGA-ATTCACGAG-TAT-TTGT---AA--AT-A--G-TTGCCG--TC----T-TTCAATTCTGAA-AAG-GTCA---CA-TC-G-A--AAAATAAAAT--GTTCTGCATCTTC
gi|165008 : AAAGCGTTTTGTTTC-TTTGATATAGTATTGTACCGCTTTGACTATAAT----AATATT-----G----CT------A------ACAT-GAG-----ATAG--TC--T-TTCATCTCCGTATA--GAAGGCGATGT-GTACTTAAGAGGGTGAA-ATGATCTTG-TCGAGTTG---AA--T--A--A-TGATAA--TC----T-TTGGGTTCTGT--ATGTTGTG---CATTTAA-A--AAAAAATAAT--GCTCAGCATCTTC
gi|165009 : TTATATC-TTTAATAAAGTTATGGACAGCAT-CT--ACAATAGTTA-TGTT-----GTCTTCT------A-----------TAG-----ATATAGTT--T-C--ACTTCCACTCA--ATAGTAGATTA-ATA-TTTAATGGATGTA-ATGCTCGTG-TTGTTTGA---AAC-A--A--GATGAGTT--TC----T-TTGATTGCTATA-TCT-AGGA---CATTT---A--AAGAAGTAGT--GTTCAGCAACTTCTA----T--------AACACTCACA
gi|165010 : GTATC-TTTAATAAAGTTATGGACAACAT-CT--ACAATAGTCA-TGTT--------ATCT------G------CTAT--AG-----ATATAGTT--T-C--ACTTCCACTCA--GTAGTAAATTA-ATA-TTTAATGGATGTA-ATGCTCGTG-TTATTTGA---AACAA--G--G-CGAAT----C----T-TTGATTGCTATA-TCT-AGGA---CATTT---A--AAGAAGAAGT--GTTCAG-ATCTTCTATAACCTC--TTG--ACACTCACA
gi|165011 : AGTCACAGACCGCTT-TA--AAACT-GT-AACATT-----TGAATCT------GTAGATTATTTATAG-----AC----TT--T-T---TTT---AATA--GTTG---ATTA-ATA-CAGAGTGGATATA-ATTATCTTT-TACATTG-----A--A--A--T-CAAACAGTTC----T-CTGGTTTCTTTA-ATG-AGTT---CA----G-AGTAAGAAGTAAT--GCTCAGCATTTTC
gi|165012 : AAT--TAAATGTT-------CATTT------T------ATTT-TTGCTTTAAT----TT--TGT--GTTTCCATACACGATA--ATGTTT-ATA-TTAAGCGGTTAAA-AATTTCTTG-TAGATTGA---AA--A--A--G-TTAG-A--CT----TATTGAGTTGTGAA-TCT-ACTG---CATTT-T-A--ATAA--TAATGAGTT--GCATTTTCTGT---CTCAATT-CCACAATCACACA
gi|165013 : AT-GT---TGTC-----TTCATATG-----A------ATGT-TCG-----------TC--T-T--AT--CCATATA--ACATCTTTTTG-ACA-TTGAGCGGATGAA-ACAACCTTG-TGTTTTGA---AAT-A--A--T-TTAAT---TC----T-TTGTTGTACAAA-AAG-AATG---CAGTT---A--AAAAAGTAAT--GTTCAGCATCTTCTA----CTCCAT
gi|165014 : T----TC--A-C--ATCTCCATATA--ATAAAAACTTA-GTA-CTTGGAGGATGAA-AAGGTCTTG-TTTAATGG---AA--C--ATGG-TTAATA--T-------TTGATTTCTGTACATG--GTA---CATTT-G----AAAAAGTAAT--GTTCAGCATCTTC
gi|165015 : ttttAA-----AC----TC--T-T--ATCGCCAAATA--ATAGTTTTTTA-ACA-TTAAGAGGGTGAA-ACAATCTAG-TTGATTGA---AA-----------GAATA--TCAGTCT-TTGATTTCTATA-----AATGGAACATTT---A--AAGAAAAAAT--GTTCTGCGCCCTCAA----CT
gi|165016 : TTTCCAAATA--AAAGCAAATCA-ATA-TTGAGGGGATGGA-ATTCTCTAATTACATTGG---AAT-A--A------AACAGTTC----T-CTGGTTTCTATA-ACG-AGTA---CA----GCG--AAAGAGTAAT--GATCAGCGTTTTCgtatcg
gi|165017 : TTG-ACA-TTGAGTGGATGGA-ACAACCTTG-TGTTTTGA---AAT-A--A--T-TTAAT---TC----T-TTGTTGTACAAA-AAG-AATG---CAGTT---A--AAAAAGTAAT--GTTCAGCATCTTCCA----CTCCAT