lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 2 4444 666666 88888888 5 2 4444 888888 2 2 4 333 4 2 666666 666666 4444 22 55555 6666666 1111111111111 5555
lowQualScore : . .... ...... ........ . . .... ...... . . . ... . . ...... ...... .... .. ..... ....... ............. ....
lowQualScore : 2 7777 444444 11111111 2 2 7777 666666 2 2 4 999 4 2 444444 000000 5555 99 33333 8888888 6666666666666 3333
consensus : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATNG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACATGC-----GTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
Reference ( gi|93011 ) : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACATGT-----GTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93012 : TTAGTTTAAACAT-ATGT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACATGT-----GTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93014 : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAGTAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-G-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTGACACATGT-----GTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAGAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93013 : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-TATACA----ATTAT------ATT-G-A-AA---A-TA-TTG------CATATTAGTTAACACATGT-----GTATTCAATTA----TTA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93015 : TTAGTTTAAACAC-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAT------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACAC--GT-----GTATACAAATA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTTAATCTGTC
gi|93016 : TTAGTT---ACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATA-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGT-------------------ACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93017 : TTAGTTTAAATAT-GTTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AC---A-CC-TCA------CATATTAGTAAACACATGT-----GTATACCATGA----TGA--AA-----GGGGT-------TC-------------CACAGAAACCTTACA----GC-TTGGTGAATGTGTC
gi|93018 : TTAGTTTAAACATTATAT----TAT------TCAG--------AAGTCG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---AACG-CCA------GTTACCAATTAACACATTC-----GAGTACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TT-------------TACAGAAAGCTTA-A----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93021 : TTAGTTTAA------TCT----TAT------TTAC--------AAATTG-TATACATTCAGTTAC------ATT-G-A-AA---ACTA-TCA------CATATTAATTAACACACAA-----GTGTACAGTTA----TAA--AA-----GGGAC-------TC-------------AG----AAGCTTATAAATGGCTTTTGTGAATTT
gi|93019 : TTAGCTTAGATAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-TATACA----GTTACA-----ATG-G-A-AA---A-TA-TCACAATGTCATATTAATTAACACATGC-----GTATACAATTACCAGTGACTAAATAACGGGATACTGCAATCATGAAAGGTGTTAAGAAGAAAGCTTGTA----GCGTTTGTGAATCTCTC
gi|93020 : TTAGTTCAAACAA-ATTT----TAT----------------------------ACA----ACTAC------AAC-G-A-AA---A-AAATCA------CATATTAATTAATACATGC-----GTATACAATTA----TGA--AA-----GGAAT-------TC-------------AGAAA-------ACA----GCGTTTGTGAAGCCGTC
gi|93022 : TAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATTTTAGTTAACACATGT-----GTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93023 : TAGTTTCAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-TAAACA----GCAAC------ATT-GGA-AA---A-TA-TCA------CATATCAATTAACACATGC-----TTATACAAAAA----CGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AAATGAAAGCTTA
gi|93024 : TAGTTGAAACAT-ATTT----TAT------TCACTAATTCACAAATTG-CAAACA----ATTAC------ATG-G-A-AATGAA-TA-TTA------TATATTAGGTAGCACATGT-----GTATACAATTA----TGA--AG-----ATGAT-------TC-------------GGATGACAGC
gi|93025 : TAGTTTAA-CGT-ATTTGAATTATACCTTATCAC--------AAATTG-TATACA----AAAAC------ATT-G-ACAA---A-TA---A------CACATTAATGAACGCATGC-----TTATACAATTA----TGA--AA-----TGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGTTTA
gi|93026 : TTTAAACAT-ATTT----TGT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ACT-G-T-AA---A-TA-TCA------CATATTAATTAATACACGC-----ATGTACAATTA----TGA--AA-----GAGAT-------TC-------------AGAAGAAAACTTACA----GCTTTTGTAAAACTGTC
gi|93028 : TTTAAGCAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-CATACA----ATTAC------ATTGG-G-AA---A-TA-T---------ATA-----------ATGC-----ATATCCAATTA----TGA--CA-----TATAT-------TC-------------GTAAGAAAGCTTATA----GCTTTTGTGAATCTGT
gi|93027 : TTTAAACAT-ATTG----TAT------TGAC--------AA-CAGCTA-ACA----ATAACTCGAATATT-A-A-AA---A-AA-TCA------CATATTAGTTAACACA-GTCATTCATTTGCAATTA----TCA-------------T-------TC-------------AGAAGAAAGCTGACA----ACTTTTGTGAATCTGCC
gi|93029 : T-ATTT----TAT------TCTC--------AAATTG-TACACA----ATGAC------ATT-G-ACAA---A-TA-TCA------CATATCAATTAACACATTC-----GTATCCAATCA----TGG--AA-----G---T-------TC-------------AGAAGAAAG-TTAAA----ACTTTTGTGAATCTGTC
gi|93030 : TTAACGCATTC-----ATGTACAATTA----TGA--AA-----TGACA-------TC-------------AGAAGAAAGGTCATG----ACTTATGTGAATCTGTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 2 4444 666666 77777777 1 2 4444 888888 2 2 4 333 4 2 666666 4444 4444 22 55555 6666666 1111111111111 5555
lowQualScore : . .... ...... ........ . . .... ...... . . . ... . . ...... .... .... .. ..... ....... ............. ....
lowQualScore : 2 7777 444444 66666666 0 1 5555 222222 1 1 2 777 2 1 111111 2222 2222 88 00000 5555555 0000000000000 0000
consensus : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATNG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGCGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
Reference ( family-808 ) : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATNG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGCGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93011 : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93012 : TTAGTTTAAACAT-ATGT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93013 : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-TATACA----ATTAT------ATT-G-A-AA---A-TA-TTG------CATATTAGTTAACACA----TGTGTATTCAATTA----TTA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93014 : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAGTAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-G-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTGACACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAGAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93015 : TTAGTTTAAACAC-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAT------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACAC------GTGTATACAAATA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTTAATCTGTC
gi|93016 : TTAGTT---ACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATA-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGT------------------ACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93017 : TTAGTTTAAATAT-GTTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AC---A-CC-TCA------CATATTAGTAAACACA----TGTGTATACCATGA----TGA--AA-----GGGGT-------TC-------------CACAGAAACCTTACA----GC-TTGGTGAATGTGTC
gi|93018 : TTAGTTTAAACATTATAT----TAT------TCAG--------AAGTCG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---AACG-CCA------GTTACCAATTAACACA----TTCGAGTACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TT-------------TACAGAAAGCTTA-A----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93019 : TTAGCTTAGATAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-TATACA----GTTACA-----ATG-G-A-AA---A-TA-TCACAATGTCATATTAATTAACACA----TGCGTATACAATTACCAGTGACTAAATAACGGGATACTGCAATCATGAAAGGTGTTAAGAAGAAAGCTTGTA----GCGTTTGTGAATCTCTC
gi|93020 : AC--------AAATTT-TATACA----ACTAC------AAC-G-A-AA---A-AAATCA------CATATTAATTAATACA----TGCGTATACAATTA----TGA--AA-----GGAAT-------TC-------------AGAAA-------ACA----GCGTTTGTGAAGCCGTC
gi|93021 : ttagttcaaTTAGTTTAA------TCT----TAT------TTAC--------AAATTG-TATACATTCAGTTAC------ATT-G-A-AA---ACTA-TCA------CATATTAATTAACACA----CAAGTGTACAGTTA----TAA--AA-----GGGAC-------TC-------------AG----AAGCTTATAAATGGCTTTTGTGAATTT
gi|93022 : TAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATTTTAGTTAACACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93023 : TAGTTTCAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-TAAACA----GCAAC------ATT-GGA-AA---A-TA-TCA------CATATCAATTAACACA----TGCTTATACAAAAA----CGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AAATGAAAGCTTA
gi|93024 : TAGTTGAAACAT-ATTT----TAT------TCACTAATTCACAAATTG-CAAACA----ATTAC------ATG-G-A-AATGAA-TA-TTA------TATATTAGGTAGCACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AG-----ATGAT-------TC-------------GGATGACAGC
gi|93025 : TAGTTTAA-CGT-ATTTGAATTATACCTTATCAC--------AAATTG-TATACA----AAAAC------ATT-G-ACAA---A-TA---A------CACATTAATGAACGCA----TGCTTATACAATTA----TGA--AA-----TGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGTTTA
gi|93026 : TTTAAACAT-ATTT----TGT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ACT-G-T-AA---A-TA-TCA------CATATTAATTAATACA----CGCATGTACAATTA----TGA--AA-----GAGAT-------TC-------------AGAAGAAAACTTACA----GCTTTTGTAAAACTGTC
gi|93027 : TTTAAACAT-ATTG----TAT------TGAC--------AA-CAGCTA-ACA----ATAACTCGAATATT-A-A-AA---A-AA-TCA------CATATTAGTTAACACAGTCATTCATTTGCAATTA----TCA-------------T-------TC-------------AGAAGAAAGCTGACA----ACTTTTGTGAATCTGCC
gi|93028 : TTTAAGCAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-CATACA----ATTAC------ATTGG-G-AA---A-TA-T---------ATA-----------A----TGCATATCCAATTA----TGA--CA-----TATAT-------TC-------------GTAAGAAAGCTTATA----GCTTTTGTGAATCTGT
gi|93029 : T-ATTT----TAT------TCTC--------AAATTG-TACACA----ATGAC------ATT-G-ACAA---A-TA-TCA------CATATCAATTAACACA----TTCGTATCCAATCA----TGG--AA-----G---T-------TC-------------AGAAGAAAG-TTAAA----ACTTTTGTGAATCTGTC
gi|93030 : TTAACGCA----TTCATGTACAATTA----TGA--AA-----TGACA-------TC-------------AGAAGAAAGGTCATG----ACTTATGTGAATCTGTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 2 4444 666666 77777777 1 2 4444 888888 2 2 4 333 4 2 666666 4444 4444 22 55555 6666666 1111111111111 5555
lowQualScore : . .... ...... ........ . . .... ...... . . . ... . . ...... .... .... .. ..... ....... ............. ....
lowQualScore : 2 7777 444444 66666666 0 1 5555 222222 1 1 2 777 2 1 111111 2222 2222 88 00000 5555555 0000000000000 0000
consensus : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATNG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGCGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
Reference ( family-808 ) : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATNG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGCGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93011 : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93012 : TTAGTTTAAACAT-ATGT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93013 : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-TATACA----ATTAT------ATT-G-A-AA---A-TA-TTG------CATATTAGTTAACACA----TGTGTATTCAATTA----TTA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93014 : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAGTAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-G-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTGACACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAGAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93015 : TTAGTTTAAACAC-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAT------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACAC------GTGTATACAAATA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTTAATCTGTC
gi|93016 : TTAGTT---ACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATA-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGT------------------ACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93017 : TTAGTTTAAATAT-GTTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AC---A-CC-TCA------CATATTAGTAAACACA----TGTGTATACCATGA----TGA--AA-----GGGGT-------TC-------------CACAGAAACCTTACA----GC-TTGGTGAATGTGTC
gi|93018 : TTAGTTTAAACATTATAT----TAT------TCAG--------AAGTCG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---AACG-CCA------GTTACCAATTAACACA----TTCGAGTACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TT-------------TACAGAAAGCTTA-A----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93019 : TTAGCTTAGATAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-TATACA----GTTACA-----ATG-G-A-AA---A-TA-TCACAATGTCATATTAATTAACACA----TGCGTATACAATTACCAGTGACTAAATAACGGGATACTGCAATCATGAAAGGTGTTAAGAAGAAAGCTTGTA----GCGTTTGTGAATCTCTC
gi|93020 : AC--------AAATTT-TATACA----ACTAC------AAC-G-A-AA---A-AAATCA------CATATTAATTAATACA----TGCGTATACAATTA----TGA--AA-----GGAAT-------TC-------------AGAAA-------ACA----GCGTTTGTGAAGCCGTC
gi|93021 : ttagttcaaTTAGTTTAA------TCT----TAT------TTAC--------AAATTG-TATACATTCAGTTAC------ATT-G-A-AA---ACTA-TCA------CATATTAATTAACACA----CAAGTGTACAGTTA----TAA--AA-----GGGAC-------TC-------------AG----AAGCTTATAAATGGCTTTTGTGAATTT
gi|93022 : TAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATTTTAGTTAACACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93023 : TAGTTTCAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-TAAACA----GCAAC------ATT-GGA-AA---A-TA-TCA------CATATCAATTAACACA----TGCTTATACAAAAA----CGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AAATGAAAGCTTA
gi|93024 : TAGTTGAAACAT-ATTT----TAT------TCACTAATTCACAAATTG-CAAACA----ATTAC------ATG-G-A-AATGAA-TA-TTA------TATATTAGGTAGCACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AG-----ATGAT-------TC-------------GGATGACAGC
gi|93025 : TAGTTTAA-CGT-ATTTGAATTATACCTTATCAC--------AAATTG-TATACA----AAAAC------ATT-G-ACAA---A-TA---A------CACATTAATGAACGCA----TGCTTATACAATTA----TGA--AA-----TGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGTTTA
gi|93026 : TTTAAACAT-ATTT----TGT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ACT-G-T-AA---A-TA-TCA------CATATTAATTAATACA----CGCATGTACAATTA----TGA--AA-----GAGAT-------TC-------------AGAAGAAAACTTACA----GCTTTTGTAAAACTGTC
gi|93027 : TTTAAACAT-ATTG----TAT------TGAC--------AA-CAGCTA-ACA----ATAACTCGAATATT-A-A-AA---A-AA-TCA------CATATTAGTTAACACAGTCATTCATTTGCAATTA----TCA-------------T-------TC-------------AGAAGAAAGCTGACA----ACTTTTGTGAATCTGCC
gi|93028 : TTTAAGCAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-CATACA----ATTAC------ATTGG-G-AA---A-TA-T---------ATA-----------A----TGCATATCCAATTA----TGA--CA-----TATAT-------TC-------------GTAAGAAAGCTTATA----GCTTTTGTGAATCTGT
gi|93029 : T-ATTT----TAT------TCTC--------AAATTG-TACACA----ATGAC------ATT-G-ACAA---A-TA-TCA------CATATCAATTAACACA----TTCGTATCCAATCA----TGG--AA-----G---T-------TC-------------AGAAGAAAG-TTAAA----ACTTTTGTGAATCTGTC
gi|93030 : TTAACGCA----TTCATGTACAATTA----TGA--AA-----TGACA-------TC-------------AGAAGAAAGGTCATG----ACTTATGTGAATCTGTC
blockSeqs : T GAAT ACCTTA TAATTCAC A C TTCA TCGAAT G G C TGA A A CAATGT GTCA CCAG CT ATAAC ACTGCAA ATGAAAGGTGTTA AATG
blockSeqs : . . . . T . . A . . C . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATNG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGCGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
finalCons : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATNG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGCGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 2 4444 666666 77777777 1 2 4444 888888 2 2 4 333 4 2 666666 4444 4444 22 55555 6666666 1111111111111 5555
lowQualScore : . .... ...... ........ . . .... ...... . . . ... . . ...... .... .... .. ..... ....... ............. ....
lowQualScore : 2 7777 444444 66666666 0 1 5555 222222 1 1 2 777 2 1 111111 2222 2222 88 00000 5555555 0000000000000 0000
consensus : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATNG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGCGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
Reference ( family-808 ) : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATNG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGCGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93011 : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93012 : TTAGTTTAAACAT-ATGT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93013 : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-TATACA----ATTAT------ATT-G-A-AA---A-TA-TTG------CATATTAGTTAACACA----TGTGTATTCAATTA----TTA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93014 : TTAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAGTAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-G-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTGACACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAGAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93015 : TTAGTTTAAACAC-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAT------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGTTAACAC------GTGTATACAAATA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTTAATCTGTC
gi|93016 : TTAGTT---ACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATA-G-A-AA---A-TA-TCA------CATATTAGT------------------ACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93017 : TTAGTTTAAATAT-GTTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AC---A-CC-TCA------CATATTAGTAAACACA----TGTGTATACCATGA----TGA--AA-----GGGGT-------TC-------------CACAGAAACCTTACA----GC-TTGGTGAATGTGTC
gi|93018 : TTAGTTTAAACATTATAT----TAT------TCAG--------AAGTCG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---AACG-CCA------GTTACCAATTAACACA----TTCGAGTACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TT-------------TACAGAAAGCTTA-A----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93019 : TTAGCTTAGATAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-TATACA----GTTACA-----ATG-G-A-AA---A-TA-TCACAATGTCATATTAATTAACACA----TGCGTATACAATTACCAGTGACTAAATAACGGGATACTGCAATCATGAAAGGTGTTAAGAAGAAAGCTTGTA----GCGTTTGTGAATCTCTC
gi|93020 : AC--------AAATTT-TATACA----ACTAC------AAC-G-A-AA---A-AAATCA------CATATTAATTAATACA----TGCGTATACAATTA----TGA--AA-----GGAAT-------TC-------------AGAAA-------ACA----GCGTTTGTGAAGCCGTC
gi|93021 : ttagttcaaTTAGTTTAA------TCT----TAT------TTAC--------AAATTG-TATACATTCAGTTAC------ATT-G-A-AA---ACTA-TCA------CATATTAATTAACACA----CAAGTGTACAGTTA----TAA--AA-----GGGAC-------TC-------------AG----AAGCTTATAAATGGCTTTTGTGAATTT
gi|93022 : TAGTTTAAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ATT-G-A-AA---A-TA-TCA------CATTTTAGTTAACACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGCTTACA----GCTTTTGTGAATCTGTC
gi|93023 : TAGTTTCAACAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-TAAACA----GCAAC------ATT-GGA-AA---A-TA-TCA------CATATCAATTAACACA----TGCTTATACAAAAA----CGA--AA-----GGGAT-------TC-------------AAATGAAAGCTTA
gi|93024 : TAGTTGAAACAT-ATTT----TAT------TCACTAATTCACAAATTG-CAAACA----ATTAC------ATG-G-A-AATGAA-TA-TTA------TATATTAGGTAGCACA----TGTGTATACAATTA----TGA--AG-----ATGAT-------TC-------------GGATGACAGC
gi|93025 : TAGTTTAA-CGT-ATTTGAATTATACCTTATCAC--------AAATTG-TATACA----AAAAC------ATT-G-ACAA---A-TA---A------CACATTAATGAACGCA----TGCTTATACAATTA----TGA--AA-----TGGAT-------TC-------------AGAAGAAAGTTTA
gi|93026 : TTTAAACAT-ATTT----TGT------TCAC--------AAATAG-TATACA----ATTAC------ACT-G-T-AA---A-TA-TCA------CATATTAATTAATACA----CGCATGTACAATTA----TGA--AA-----GAGAT-------TC-------------AGAAGAAAACTTACA----GCTTTTGTAAAACTGTC
gi|93027 : TTTAAACAT-ATTG----TAT------TGAC--------AA-CAGCTA-ACA----ATAACTCGAATATT-A-A-AA---A-AA-TCA------CATATTAGTTAACACAGTCATTCATTTGCAATTA----TCA-------------T-------TC-------------AGAAGAAAGCTGACA----ACTTTTGTGAATCTGCC
gi|93028 : TTTAAGCAT-ATTT----TAT------TCAC--------AAATTG-CATACA----ATTAC------ATTGG-G-AA---A-TA-T---------ATA-----------A----TGCATATCCAATTA----TGA--CA-----TATAT-------TC-------------GTAAGAAAGCTTATA----GCTTTTGTGAATCTGT
gi|93029 : T-ATTT----TAT------TCTC--------AAATTG-TACACA----ATGAC------ATT-G-ACAA---A-TA-TCA------CATATCAATTAACACA----TTCGTATCCAATCA----TGG--AA-----G---T-------TC-------------AGAAGAAAG-TTAAA----ACTTTTGTGAATCTGTC
gi|93030 : TTAACGCA----TTCATGTACAATTA----TGA--AA-----TGACA-------TC-------------AGAAGAAAGGTCATG----ACTTATGTGAATCTGTC