lowQualScore : 5555555555555555555555555 1111111111 111111111111111 33333333333333333333
lowQualScore : 2 3 2 1 2 2222222222222222222222222 0000000000 9999999999 4444 333333333333333 2 11111111111111111111 99 2 2 0 5555 33 2
lowQualScore : . . . . . ......................... .......... .......... .... ............... . .................... .. . . . .... .. .
lowQualScore : 2 0 7 1 7 8888888888888888888888888 3333333333 7777777777 7777 999999999999999 2 22222222222222222222 22 2 4 5 0000 22 4
consensus : TATTTCAATCAAATGTCAGAGNTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTAT----------C-G---AG-------TTGAA----------ACA----------ATGTGACG----TAT---------------AGGCC-TACG-------------------GTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTAAAACAT-TGTAAAGGGACAGTATGCGCG----CGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
Reference ( gi|97033 ) : TACTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACTGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTAT----------C-G---TG-------TTGAA----------ACA----------ATGTGACG----TAT---------------AGGCC-TACA-------------------GTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTAAAACAT-TGTAAAAGGACAGTATGCGTG----CGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97023 : TATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTAT----------A-G---AG-------TTGAA----------ACA----------ATGTGACG----TAT---------------AGGCC-TACA-------------------GTAAACATTGT--AAACAA-AGTGTAAAACAT-TGTAAAGGGACAGTATGCGTG----CGTACAAAGAAAAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97022 : taTATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTAT----------C-A---AG-------TTGAA----------ACA----------ATGTGACG----TAT---------------AGGCC-TACG-------------------GTAAACATTGTAAAAAAAA-AGTGTAAAACAT-TGTAAAGGGACAGTATGCACA----TGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97034 : tgTACTTCAATCAAATGTTAGAGTTGCTAAAAATAGACCGCCTCC-TTGCAGCAAAA-TGCTAT----------C-G---AG-------TTGAA----------ACA----------ATGTGACG----TAT---------------AGGCC-TATG-------------------GTAAACATTGTA-AAAAAA-AGTGTAAATCAT-TGTTAAAGGACAGTATGCGTG----AGTACAAAG--AAAA-CTAAAA
gi|97025 : TATTTCAATCAAATGTCAGAGTTTCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAACAAAA-TGTTAT----------C-G---AG-------TTGAA----------ACA----------ATGTGACGTATCTAT---------------AGACC-TATG-------------------GTAAACAATGT---AAAAA-AGTGTAAAACAT-AGTAAAGGGACAGTATGTGCG----TGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97035 : tgTACTTCAGTCAGATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCATCACC-TTGCAGCAAAA-TCCTAT----------T-G---AA-------TTGAA----------ACA----------ATGTGTGA----TAT---------------AGACC-TACG-------------------GTAATCATTGTA-AAAAAA-AGCGTAAAACAT-TGTAAAAGGACAGTATGGGGG----TGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97027 : TATTTAAATCAAATGTCAGAGGTACTTAAAATAGACTGTCACC-TTGTAGCTAAA-TGCTATAAAGTTGAAACAG---T--------TTGAA----------ACA----------ATGTGATG----TAT---------------AGTCC-TACG-------------------GTAAACATTAT--AAAAAA-AGTGTAAAACAT-TGTAAAGGGACAGTATGTATGCACTCGTACAAAG--AAAA-CTAAAATACAAGTTT
gi|97028 : taTACTACAGTCAAATATCAGAGGTACTAAAAATAGACCGTCACC-TTGTAACTAAT-TGCTAT----------C-G---AG-------TTGAA----------ACAGTTTCAAACAATGTGACG----TAT---------------AGACT-TACG-------------------GTAAACATTGT--AAAAAA--TTGTAAAACAT-TGTAAAGGGACAGTATGCGCG----CGTACAAAG--AAAA-TTAAAACACATGTTT
gi|97029 : tgtaTATTTCAATCAAATGTAAGAGGTGCTAAAAATAGACTGTCACC-TTGTAGCTAAG-TTGTAT----------T-GAGTTGACACAGTTTGAA----------ACA----------AGGTGACA----TAA---------------ATACC-TACA-------------------GTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTAAAACAT-TGTAAAGGGACAGCATGCGCG----CATACAAAA--AAAACCTAAAGCACAAGTTT
gi|97036 : tgTATTTCAATCAAATGTCAGAGGTGCTACAAATAGACCGTCGCT-ATGTAGCTAAA-TGCTAT----------C-AAGTTGAAACAGTTTGAA----------ACA----------ATGTGACA----TAT---------------AGACC-TACG-------------------GTAAACATTTT--AAAAAT-AGTATAAAACAT-TGTAAAGGGACAGCATGTGCA----AGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACACGTTT
gi|97030 : TACTTCAGTCAAATATTAGAGGTACTAAAAATAGACCGTCACC-TTGTA---AAA-CA-----------------------------TTCAA----------ACA----------ATGTGACG----TAT----------------GGTC-TATACGTCACATTGTTTTTTATGGTAAACATTGT--AAAA-A-AGTGTAAAACAT-TGTAAAGGGACAGTATGCGCG----CGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97031 : tgtaTGCTTCAATCAAATGTCAAAGGTGCTAAAAATATACTGTTACCCTTTTAGCAAAA-TGTTAT----------T-AGTTTGAAACAGTTTGAA----------ACA----------ATGTGACA----TATTTTTATGCTAAGAATAGGCC-TATG-------------------GTAAACATTGT--TAAAAA-AATGTATTACATATGT--AAGGATAGTATGCGCG----TATACAAA---AAAA-C-AAAACACAAGTTT
gi|97032 : tgTATTTCGGTCAAATGTCAGAGGTGTTAAAAATAGACCATCATC-TTGT-----------TAT----------C-G---AG-------TTGAAACAGTTTGAAACA----------GTGTGACA----TAT-----------------TTT-TACATTAAG--------------ATAAACATGGT--AAAAAA-AGTGTAAAA
gi|97024 : tgAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAAATGCTAT----------C-G---AG-------TTGAA----------ACA----------ATGTGACG----TAT---------------AGGCC-TACG-------------------GTAAACATTGT--AAAAAACAGTGTAAAACAT-TGTAAAAGGACATTATGCGTG----CGTACAAAG--AAAA-CTAA
gi|97026 : tgtgttaaAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTAC----------C-G---AG-------TTGAA----------ACA----------ATGTGACG----TAT---------------AGGCC-TACG-------------------GTAGACATTG-----------------------TGTAAAAGGACAGTATGCGTA----CGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97037 : tgtgttatGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAGA-TGCTAT----------T-G---AG-------TTGAA----------ACA----------ATGCGACG----TAT---------------CGGCC-AACAATCG---------------GTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTAAAACAT-TGTAACAGAAAAGTATGTGTG----CGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97030 : AA----------ACA----------ATGTGACG----TAT---------------AGACCATAC--------------------GT-CACATTGT--
gi|97038 : tgtatacttcagtcaaatattagaggtactaaaaatagaccgtcaccttgtaaaacattcaa----------ACA----------ATGTGACG----TAT---------------AGGCC-TACG-------------------GTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTAAAACAT-TATAAATGGACAGTATGCGTG----CGTACAAAG--AAGA-CTAAAACACAAATTTtttatggtaaacattgtaaaaaagtgtaaaacattgtaaagggacagtatgcgcgcgtacaaagaaaactaaaacacaagttt
gi|97039 : A----------ATGTGAAG----TAT---------------AGGCC-TATG-------------------GTAAACATTGTA-AAAAAA-AGTAT-AAACAT-TGTAAAAG
gi|97040 : TAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTAAAACAT-TGTAAAGGGACAGTATGCGCG----CGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTCT
gi|97041 : TATGCGTG----AGTACAATG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111 3333333333 111111111111111 11111111111 11111
lowQualScore : 1 2 0 2 000000000 2 2222222222 9999999999 9999999999 4444 333333333333333 7777777 00000000000 00000 77 2 2 2 5555 33 2
lowQualScore : . . . . ......... . .......... .......... .......... .... ............... ....... ........... ..... .. . . . .... .. .
lowQualScore : 0 5 5 5 000000000 5 8888888888 7777777777 7777777777 7777 999999999999999 2222222 66666666666 33333 11 1 1 2 0000 11 2
consensus : TATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
Reference ( family-804 ) : TATTTCAATCAAATGTCAGAGNTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97022 : TATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCA---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGTAAAAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCACATGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97023 : tgTATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATAG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----AGTAAACATTGT--AAACAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGTGCGTACAAAGAAAAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97024 : taAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAAATGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAACAGTGTA-AAACAT-TGTAAAAGGACA----TTATGCGTGCGTACAAAG--AAAA-CTAA
gi|97025 : tgtgttaaTATTTCAATCAAATGTCAGAGTTTCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAACAAAA-TGTTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACGTATCTAT---------------AG-------ACC-----------TAT-----GGTAAACAATGT---AAAAA-AGTGTA-AAACAT-AGTAAAGGGACA----GTATGTGCGTGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97026 : tgAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTACCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAGACATTG------------------------TGTAAAAGGACA----GTATGCGTACGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97027 : tgtgttatTATTTAAATCAAATGTCAGAGGTACTTAAAATAGACTGTCACC-TTGTAGCTAAA-TGCTATAA---------AGTT-GAAACAGTTTGAAACA----------AT----------GTGATG----TAT---------------AG-------TCC-----------TAC-----GGTAAACATTAT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACAGTATGTATGCACTCGTACAAAG--AAAA-CTAAAATACAAGTTT
gi|97028 : taTACTACAGTCAAATATCAGAGGTACTAAAAATAGACCGTCACC-TTGTAACTAAT-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACAGTTTCAAACAAT----------GTGACG----TAT---------------AG-------ACT-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA--TTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-TTAAAACACATGTTT
gi|97029 : tgtaTATTTCAATCAAATGTAAGAGGTGCTAAAAATAGACTGTCACC-TTGTAGCTAAG-TTGTATTG---------AGTT-GACACAGTTTGAAACA----------AG----------GTGACA----TAA---------------AT-------ACC-----------TAC-----AGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GCATGCGCGCATACAAAA--AAAACCTAAAGCACAAGTTT
gi|97030 : tgTACTTCAGTCAAATATTAGAGGTACTAAAAATAGACCGTCACC-TTGTA---AAA-CA-----------------TT-CA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------GGTCTATACGTCACATTGTTTTTTAT-----GGTAAACATTGT--AAAA-A-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97031 : tgtaTTCAATCAAATGTCAAAGGTGCTAAAAATATACTGTTACCCTTTTAGCAAAA-TGTTATTAGTTTGAAACAGTTTGA----------AACA----------AT----------GTGACA----TATTTTTATGCTAAGAATAG-------GCC-----------TAT-----GGTAAACATTGT--TAAAAA-AATGTA-TTACATATGTAA--GGATA----GTATGCGCGTATACAAA---AAAA-C-AAAACACAAGTTT
gi|97032 : tgtgcTATTTCGGTCAAATGTCAGAGGTGTTAAAAATAGACCATCATC-TTGT-----------TATCG---------AGTT-GA----------AACA----------GTTTGAAACAGTGTGACA----TAT------------------------TTT-----------TACATTAAGATAAACATGGT--AAAAAA-AGTGTA-AAA
gi|97033 : tgTACTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACTGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------TGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----AGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAAGGACA----GTATGCGTGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97034 : TACTTCAATCAAATGTTAGAGTTGCTAAAAATAGACCGCCTCC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAT-----GGTAAACATTGTA-AAAAAA-AGTGTA-AATCAT-TGTTAAAGGACA----GTATGCGTGAGTACAAAG--AAAA-CTAAAA
gi|97035 : TACTTCAGTCAGATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCATCACC-TTGCAGCAAAA-TCCTATTG---------AATT-GA----------AACA----------AT----------GTGTGA----TAT---------------AG-------ACC-----------TAC-----GGTAATCATTGTA-AAAAAA-AGCGTA-AAACAT-TGTAAAAGGACA----GTATGGGGGTGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97036 : TATTTCAATCAAATGTCAGAGGTGCTACAAATAGACCGTCGCT-ATGTAGCTAAA-TGCTATCA---------AGTT-GAAACAGTTTGAAACA----------AT----------GTGACA----TAT---------------AG-------ACC-----------TAC-----GGTAAACATTTT--AAAAAT-AGTATA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GCATGTGCAAGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACACGTTT
gi|97037 : GTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAGA-TGCTATTG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GCGACG----TAT---------------CG-------GCC-----------AACAATC-GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAACAGAAAA----GTATGTGTGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97038 : ACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TATAAATGGACA----GTATGCGTGCGTACAAAG--AAGA-CTAAAACACAAATTT
gi|97039 : A----------AT----------GTGAAG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAT-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AA-GTATAAACAT-TGTAAAAG
gi|97040 : TAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTCT
gi|97041 : TATGCGTGAGTACAATG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111 3333333333 111111111111111 11111111111 11111
lowQualScore : 1 2 0 2 000000000 2 2222222222 9999999999 9999999999 4444 333333333333333 7777777 00000000000 00000 77 2 2 2 5555 33 2
lowQualScore : . . . . ......... . .......... .......... .......... .... ............... ....... ........... ..... .. . . . .... .. .
lowQualScore : 5 5 5 5 000000000 5 8888888888 7777777777 7777777777 7777 999999999999999 2222222 66666666666 33333 11 1 1 2 0000 11 2
consensus : TATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
Reference ( family-804 ) : TATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97022 : TATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCA---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGTAAAAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCACATGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97023 : tgTATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATAG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----AGTAAACATTGT--AAACAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGTGCGTACAAAGAAAAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97024 : taAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAAATGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAACAGTGTA-AAACAT-TGTAAAAGGACA----TTATGCGTGCGTACAAAG--AAAA-CTAA
gi|97025 : tgtgttaaTATTTCAATCAAATGTCAGAGTTTCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAACAAAA-TGTTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACGTATCTAT---------------AG-------ACC-----------TAT-----GGTAAACAATGT---AAAAA-AGTGTA-AAACAT-AGTAAAGGGACA----GTATGTGCGTGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97026 : tgAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTACCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAGACATTG------------------------TGTAAAAGGACA----GTATGCGTACGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97027 : tgtgttatTATTTAAATCAAATGTCAGAGGTACTTAAAATAGACTGTCACC-TTGTAGCTAAA-TGCTATAA---------AGTT-GAAACAGTTTGAAACA----------AT----------GTGATG----TAT---------------AG-------TCC-----------TAC-----GGTAAACATTAT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACAGTATGTATGCACTCGTACAAAG--AAAA-CTAAAATACAAGTTT
gi|97028 : taTACTACAGTCAAATATCAGAGGTACTAAAAATAGACCGTCACC-TTGTAACTAAT-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACAGTTTCAAACAAT----------GTGACG----TAT---------------AG-------ACT-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA--TTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-TTAAAACACATGTTT
gi|97029 : tgtaTATTTCAATCAAATGTAAGAGGTGCTAAAAATAGACTGTCACC-TTGTAGCTAAG-TTGTATTG---------AGTT-GACACAGTTTGAAACA----------AG----------GTGACA----TAA---------------AT-------ACC-----------TAC-----AGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GCATGCGCGCATACAAAA--AAAACCTAAAGCACAAGTTT
gi|97030 : tgTACTTCAGTCAAATATTAGAGGTACTAAAAATAGACCGTCACC-TTGTA---AAA-CA-----------------TT-CA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------GGTCTATACGTCACATTGTTTTTTAT-----GGTAAACATTGT--AAAA-A-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97031 : tgtaTTCAATCAAATGTCAAAGGTGCTAAAAATATACTGTTACCCTTTTAGCAAAA-TGTTATTAGTTTGAAACAGTTTGA----------AACA----------AT----------GTGACA----TATTTTTATGCTAAGAATAG-------GCC-----------TAT-----GGTAAACATTGT--TAAAAA-AATGTA-TTACATATGTAA--GGATA----GTATGCGCGTATACAAA---AAAA-C-AAAACACAAGTTT
gi|97032 : tgtgcTATTTCGGTCAAATGTCAGAGGTGTTAAAAATAGACCATCATC-TTGT-----------TATCG---------AGTT-GA----------AACA----------GTTTGAAACAGTGTGACA----TAT------------------------TTT-----------TACATTAAGATAAACATGGT--AAAAAA-AGTGTA-AAA
gi|97033 : tgTACTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACTGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------TGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----AGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAAGGACA----GTATGCGTGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97034 : TACTTCAATCAAATGTTAGAGTTGCTAAAAATAGACCGCCTCC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAT-----GGTAAACATTGTA-AAAAAA-AGTGTA-AATCAT-TGTTAAAGGACA----GTATGCGTGAGTACAAAG--AAAA-CTAAAA
gi|97035 : TACTTCAGTCAGATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCATCACC-TTGCAGCAAAA-TCCTATTG---------AATT-GA----------AACA----------AT----------GTGTGA----TAT---------------AG-------ACC-----------TAC-----GGTAATCATTGTA-AAAAAA-AGCGTA-AAACAT-TGTAAAAGGACA----GTATGGGGGTGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97036 : TATTTCAATCAAATGTCAGAGGTGCTACAAATAGACCGTCGCT-ATGTAGCTAAA-TGCTATCA---------AGTT-GAAACAGTTTGAAACA----------AT----------GTGACA----TAT---------------AG-------ACC-----------TAC-----GGTAAACATTTT--AAAAAT-AGTATA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GCATGTGCAAGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACACGTTT
gi|97037 : GTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAGA-TGCTATTG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GCGACG----TAT---------------CG-------GCC-----------AACAATC-GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAACAGAAAA----GTATGTGTGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97038 : ACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TATAAATGGACA----GTATGCGTGCGTACAAAG--AAGA-CTAAAACACAAATTT
gi|97039 : A----------AT----------GTGAAG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAT-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AA-GTATAAACAT-TGTAAAAG
gi|97040 : TAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTCT
gi|97041 : TATGCGTGAGTACAATG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
blockSeqs : T C A GTTTGAAAC T AACAGTTTGA GTTTCAAACA TTGAAACAGT TATC TTTTATGCTAAGAAT TCTATAC ACATTGTTTTT ATTAA A C T A GTAT AA C
blockSeqs : T . . . . CACAGTTTGA . . . . . . AATC A . . . . . .
blockSeqs : T . . . . AACAGTTTGA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : **
originalCons : TATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
finalCons : TATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111 3333333333 111111111111111 11111111111 11111
lowQualScore : 1 2 0 2 000000000 2 2222222222 9999999999 9999999999 4444 333333333333333 7777777 00000000000 00000 77 2 2 2 5555 33 2
lowQualScore : . . . . ......... . .......... .......... .......... .... ............... ....... ........... ..... .. . . . .... .. .
lowQualScore : 5 5 5 5 000000000 5 8888888888 7777777777 7777777777 7777 999999999999999 2222222 66666666666 33333 11 1 1 2 0000 11 2
consensus : TATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
Reference ( family-804 ) : TATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97022 : TATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCA---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGTAAAAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCACATGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97023 : tgTATTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATAG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----AGTAAACATTGT--AAACAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGTGCGTACAAAGAAAAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97024 : taAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAAATGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAACAGTGTA-AAACAT-TGTAAAAGGACA----TTATGCGTGCGTACAAAG--AAAA-CTAA
gi|97025 : tgtgttaaTATTTCAATCAAATGTCAGAGTTTCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAACAAAA-TGTTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACGTATCTAT---------------AG-------ACC-----------TAT-----GGTAAACAATGT---AAAAA-AGTGTA-AAACAT-AGTAAAGGGACA----GTATGTGCGTGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97026 : tgAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTACCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAGACATTG------------------------TGTAAAAGGACA----GTATGCGTACGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97027 : tgtgttatTATTTAAATCAAATGTCAGAGGTACTTAAAATAGACTGTCACC-TTGTAGCTAAA-TGCTATAA---------AGTT-GAAACAGTTTGAAACA----------AT----------GTGATG----TAT---------------AG-------TCC-----------TAC-----GGTAAACATTAT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACAGTATGTATGCACTCGTACAAAG--AAAA-CTAAAATACAAGTTT
gi|97028 : taTACTACAGTCAAATATCAGAGGTACTAAAAATAGACCGTCACC-TTGTAACTAAT-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACAGTTTCAAACAAT----------GTGACG----TAT---------------AG-------ACT-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA--TTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-TTAAAACACATGTTT
gi|97029 : tgtaTATTTCAATCAAATGTAAGAGGTGCTAAAAATAGACTGTCACC-TTGTAGCTAAG-TTGTATTG---------AGTT-GACACAGTTTGAAACA----------AG----------GTGACA----TAA---------------AT-------ACC-----------TAC-----AGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GCATGCGCGCATACAAAA--AAAACCTAAAGCACAAGTTT
gi|97030 : tgTACTTCAGTCAAATATTAGAGGTACTAAAAATAGACCGTCACC-TTGTA---AAA-CA-----------------TT-CA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------GGTCTATACGTCACATTGTTTTTTAT-----GGTAAACATTGT--AAAA-A-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97031 : tgtaTTCAATCAAATGTCAAAGGTGCTAAAAATATACTGTTACCCTTTTAGCAAAA-TGTTATTAGTTTGAAACAGTTTGA----------AACA----------AT----------GTGACA----TATTTTTATGCTAAGAATAG-------GCC-----------TAT-----GGTAAACATTGT--TAAAAA-AATGTA-TTACATATGTAA--GGATA----GTATGCGCGTATACAAA---AAAA-C-AAAACACAAGTTT
gi|97032 : tgtgcTATTTCGGTCAAATGTCAGAGGTGTTAAAAATAGACCATCATC-TTGT-----------TATCG---------AGTT-GA----------AACA----------GTTTGAAACAGTGTGACA----TAT------------------------TTT-----------TACATTAAGATAAACATGGT--AAAAAA-AGTGTA-AAA
gi|97033 : tgTACTTCAATCAAATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACTGTCACC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------TGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----AGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAAGGACA----GTATGCGTGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97034 : TACTTCAATCAAATGTTAGAGTTGCTAAAAATAGACCGCCTCC-TTGCAGCAAAA-TGCTATCG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAT-----GGTAAACATTGTA-AAAAAA-AGTGTA-AATCAT-TGTTAAAGGACA----GTATGCGTGAGTACAAAG--AAAA-CTAAAA
gi|97035 : TACTTCAGTCAGATGTCAGAGTTGCTAAAAATAGACCATCACC-TTGCAGCAAAA-TCCTATTG---------AATT-GA----------AACA----------AT----------GTGTGA----TAT---------------AG-------ACC-----------TAC-----GGTAATCATTGTA-AAAAAA-AGCGTA-AAACAT-TGTAAAAGGACA----GTATGGGGGTGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97036 : TATTTCAATCAAATGTCAGAGGTGCTACAAATAGACCGTCGCT-ATGTAGCTAAA-TGCTATCA---------AGTT-GAAACAGTTTGAAACA----------AT----------GTGACA----TAT---------------AG-------ACC-----------TAC-----GGTAAACATTTT--AAAAAT-AGTATA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GCATGTGCAAGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACACGTTT
gi|97037 : GTTGCTAAAAATAGACCGTCACC-TTGCAGCAAGA-TGCTATTG---------AGTT-GA----------AACA----------AT----------GCGACG----TAT---------------CG-------GCC-----------AACAATC-GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAACAGAAAA----GTATGTGTGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT
gi|97038 : ACA----------AT----------GTGACG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAC-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TATAAATGGACA----GTATGCGTGCGTACAAAG--AAGA-CTAAAACACAAATTT
gi|97039 : A----------AT----------GTGAAG----TAT---------------AG-------GCC-----------TAT-----GGTAAACATTGT--AAAAAA-AA-GTATAAACAT-TGTAAAAG
gi|97040 : TAAACATTGT--AAAAAA-AGTGTA-AAACAT-TGTAAAGGGACA----GTATGCGCGCGTACAAAG--AAAA-CTAAAACACAAGTCT
gi|97041 : TATGCGTGAGTACAATG--AAAA-CTAAAACACAAGTTT