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lowQualScore                  :            .        ......  .  .................................... .   .    .............  . ...      ..................  .    .      ....  .      ... .... .     .  .  ....  .  ... ... ...   ...    ......  .  ....     .....   ....       
lowQualScore                  :            3        444444  2  777777777777777777777777777777777777 1   1    4444444444444  8 888      777777777777777777  3    5      7777  4      444 6666 3     2  1  0000  1  777 777 555   999    444444  1  5555     33333   5555       
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Reference ( gi|41172 )        : AGCAGTTTGTACCGCGACATC----TAT-TA---A--AC----A--------A----A-AGA-----T-GAT-TAAA----G--TG----AACA---GTGTTAA-CA------CG-----ATTACATCTTAGAAC---ATTATTAGAC---C---TG-TATTTGTT-TTC--ATG-TT---G---A--ATAA---ATCTT----GTTGAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41173                      : AGCAGTTTGTACCGCGACATA----TAT-TA---A--AC----A--------A----A-AGA-----T-GAT-TAAA----G--TG----AACA---GTGTTAA-CT------TT-----ATTACATCTTAGAAC---ATTATGAGAC---C---TG-TATTTGTT-TTC--ATG-TT---G---A--ATAA---ATCTT----GTTGAT----TTGTA-----TAT----ATTTTAT
gi|41176                      : AGCAGTTTGTATCGTGACATC----AAT-TA---G--AC----A--------A----A-AAAC----T-GAT-TAAA----G--TA----AACA---GTGTTAA-CA------TG-----ATTACATCTTAGAAC---ATTATAAGAC---C---GG-TATTTTTT-TTC--TTG-AT---T---A--ATAA---ATCTT----ACTGAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
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Alignments
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Reference ( family-799 )      : AGCAGTTTGTATCGCGACATCGAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------GN---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-C-AC-------ATTACATCTTAGAACATTNTT---AGACC---GG---T--ATT--TTTT-TTCG-T-GTT--GAGTAA-T--ATCTT----GTTAAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
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Alignments
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consensus                     : AGCAGTTTGTATCGCGACATCGAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------GN---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-C-AC-------ATTACATCTTAGAACATTNTT---AGACC---GG---T--ATT--TTTT-TTCG-T-GTT--GAGTAA-T--ATCTT----GTTAAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
Reference ( family-799 )      : AGCAGTTTGTATCGCGACATCGAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------GN---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-C-AC-------ATTACATCTTAGAACATTNTT---AGACC---GG---T--ATT--TTTT-TTCG-T-GTT--GAGTAA-T--ATCTT----GTTAAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41172                      : AGCAGTTTGTACCGCGACATCTAT------------TA---A-AC----A-AA----A---------GA---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-C-ACG------ATTACATCTTAGAACATTATT---AGACC---TG---T--ATT--TGTT-TTCA-T-GTT--GAATAA----ATCTT----GTTGAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41173                      : AGCAGTTTGTACCGCGACATATAT------------TA---A-AC----A-AA----A---------GA---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-CTTT-------ATTACATCTTAGAACATTATG---AGACC---TG---T--ATT--TGTT-TTCA-T-GTT--GAATAA----ATCTT----GTTGAT----TTGTA-----TAT----ATTTTAT
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gi|41185                      : AGCAGTTTGGACCGCGATAAAGAT------------TACGGA-AC----ATGG----A---------GG---------A-G------AT-AAAACT--GTGCAA--AAAA----GTGT----T-AA-T-AC-----------CATCATAGGACCTTTTC---AAACC---AGCTGT--GTT--GTTT-TTT--T-GTT--GAGTAA-TT-ATCTT------TAAA----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41186                      : AGCAGTTTGTATCGCGATATCAATATACGGAACATGTA---G-GA----G-AA----A---------GAACCTG----T-G------AT-TAAA------------AA-A----GTGT----T-AA-------------TTCCATCATAGGACATCTTT---AAATCAGCGG---T--ATT--TTTT-TTTGTT-GAT--GAGAAATT--ATCTTTTAAATTAAT----TTGTAATTTTTATAATAATTGTAT
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gi|41189                      : AGCAGTTTGGATCGCGATATAGAT------------TA---C-GG----A-AGTGT-A---------GG---------A-G------AT-AGAACTGTGTA-----AAAA----GTGT----T-AA-T-AC-----------CATCATAGGACCTTTTT---AAACCA--GA---T--GTT--TTTTGTTTG-T-TTT----GTAATT--ATCT------TTAAA----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41190                      : AGCAGTTTGGATCGCGATATAAATATATGGAACGTGTA---G-GA----G-AA----A---------GAACTTG----T-G------AT-TAAA------------AA-A----GTGT----T-AT-------------TTCCATCATAGGACATT-TT---AAACC---AG---TCTATT--TTTT-TTTG-T--TTAAGAGTAA-TT-AGCTT------TAAT----TTGTA-----TAT----AGTGT
gi|41191                      :  GCAGTTTGGATCGCGATGTAGAT------------TAC--GTACGTGTA-GG----A---------GA---------TAG------AT-CTGT----GTG-----AAAAAAAAGTGT----T-AA-T-AC-----------CACCATAGGACTTTTTTTTTAAACC---AGCTGT--GTT--TTTT-TTTG-T-GTT--GAGTAATT--ATCT------TTAAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT


blockSeqs                     :                      T  ATACGGAACATG  CGGA   GTGT T  GTGT CATGTAGGAGAAATAACTTG A TGGGAG  G    CTGTGTGAAA    C AAAA    AGTG A AGCAATTGTGTAA   A    T         A  TTT     AGC  CTG CT   TG    G  TGT T   AA      TAA     TTTAAA     AAAA     ATTTT   AATA
blockSeqs                     :                      A  ATATGGAACGTG  CGT    .    .  TGT  GAACCTG              . .       .    CTGTGCAA      C T       .    . ACTTTA          A    T         A  .       AGC  CTG .    .     .  CA  .   .       TC      TG         .        .       .   
blockSeqs                     :                      A  .             A      .    .  .    GAACTTG              . .       .    CTGTGTAA      C .       .    . ACACGA          T    T         A  .       A    C   .    .     .  AA  .   .       TT      TG         .        .       .   
blockSeqs                     :                      A  .             G      .    .  .    AAC                  . .       .    CTGTGTA       C .       .    . ACACGA          A    T         A  .       .    C   .    .     .  AA  .   .       TT      TG         .        .       .   
blockSeqs                     :                      A  .             G      .    .  .    GA                   . .       .    GTG           C .       .    . ACATGA          A    T         A  .       .    .   .    .     .  CA  .   .       TT      TA         .        .       .   
blockSeqs                     :                      A  .             G      .    .  .    GC                   . .       .    GTG           C .       .    . GCATAA          A    T         T  .       .    .   .    .     .  AA  .   .       TT      TG         .        .       .   
blockSeqs                     :                      T  .             G      .    .  .    GC                   . .       .    GTG           A .       .    . ACACG           A    T         A  .       .    .   .    .     .  CA  .   .       TT      GG         .        .       .   
blockSeqs                     :                      A  .             G      .    .  .    GC                   . .       .    GTA           C .       .    . ATGTA           A    T         G  .       .    .   .    .     .  TG  .   .       TT      TG         .        .       .   
blockSeqs                     :                      A  .             G      .    .  .    GC                   . .       .    GCG           C .       .    . ATAC            G    T         G  .       .    .   .    .     .  CA  .   .       TT      TG         .        .       .   
blockSeqs                     :                      A  .             G      .    .  .    GC                   . .       .    TTG           C .       .    . ATAC            A    T         A  .       .    .   .    .     .  CA  .   .       A       CG         .        .       .   
blockSeqs                     :                      A  .             A      .    .  .    GC                   . .       .    GTG           A .       .    . ATAC            C    A         T  .       .    .   .    .     .  TG  .   .       C       TG         .        .       .   
blockSeqs                     :                      A  .             G      .    .  .    GT                   . .       .    GTG           A .       .    . ATAC            C    A         T  .       .    .   .    .     .  GT  .   .       .       TG         .        .       .   
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AGCAGTTTGTATCGCGACATCGAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------GN---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-C-AC-------ATTACATCTTAGAACATTNTT---AGACC---GG---T--ATT--TTTT-TTCG-T-GTT--GAGTAA-T--ATCTT----GTTAAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
finalCons                     : AGCAGTTTGTATCGCGACATCGAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------GN---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-C-AC-------ATTACATCTTAGAACATTNTT---AGACC---GG---T--ATT--TTTT-TTCG-T-GTT--GAGTAA-T--ATCTT----GTTAAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT





Alignments
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lowQualScore                  :                      .  ............  .....  .... .  .... .................... . ......  .    ............  . ....    .... . ..............  .    .         .  ...     ...  ... ..   ..    .  ... .   ..      ....    ......     ....     .....   ....       
lowQualScore                  :                      3  555555555555  55555  2222 0  8888 00000000000000000000 0 888888  0    777777777777  2 2222    2222 0 11111111111111  8    4         6  555     000  000 88   88    0  333 0   88      9999    999999     2222     00000   2222       
consensus                     : AGCAGTTTGTATCGCGACATCGAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------GN---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-C-AC-------ATTACATCTTAGAACATTNTT---AGACC---GG---T--ATT--TTTT-TTCG-T-GTT--GAGTAA-T--ATCTT----GTTAAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
Reference ( family-799 )      : AGCAGTTTGTATCGCGACATCGAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------GN---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-C-AC-------ATTACATCTTAGAACATTNTT---AGACC---GG---T--ATT--TTTT-TTCG-T-GTT--GAGTAA-T--ATCTT----GTTAAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41172                      : AGCAGTTTGTACCGCGACATCTAT------------TA---A-AC----A-AA----A---------GA---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-C-ACG------ATTACATCTTAGAACATTATT---AGACC---TG---T--ATT--TGTT-TTCA-T-GTT--GAATAA----ATCTT----GTTGAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41173                      : AGCAGTTTGTACCGCGACATATAT------------TA---A-AC----A-AA----A---------GA---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-CTTT-------ATTACATCTTAGAACATTATG---AGACC---TG---T--ATT--TGTT-TTCA-T-GTT--GAATAA----ATCTT----GTTGAT----TTGTA-----TAT----ATTTTAT
gi|41174                      : AGCAGTTTGTATCACAACATCAAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------GC---------T-G------AC-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-C-ACG------ATTACATCTTAAAACATTATT---AGACC---GG---T--ATT--TTTG-GTAA-T-GTT--GAGTAA----ATCTT----GTTAA-----TTGTA-----TAT----ATTGCAT
gi|41175                      : AGCAGTTTGTATCGCGACATCAAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------GC---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-AA-C-ACG------ATTTCATCTTAAAACATTATC---ATAAC---GG---T--ATT--TTGT-TTAA-T-GTT--GAG-AA-A--ATATT----GTTGAT----TTGTG-----TAT----ATTGTAT
gi|41176                      : AGCAGTTTGTATCGTGACATCAAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------AAC--------T-G------AT-TAAA----GTA-----AACA----GTGT----T-AA-C-ATG------ATTACATCTTAGAACATTATA---AGACC---GG---T--ATT--TTTT-TTC-----TT--GATTAA-TAAATCTT----ACTGAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41177                      : AGCAGTTTGTATCGCGACACCAAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------GC---------T-G------AT-TAAA----GCG-----AACA----GTGC----T-AG-C-ATA------ATTACAACTTAGAACATTATA---AGACC---GG---T--ATT--ATTT-TTCA-T-ATT--GAGTAA----ATCTT----GTTGAT----TTCTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41178                      : AACAGTTGGTATCGCGACATCAAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------GC---------T-T------AT-TAAA----TTG-----AACA----GTGTAGTGT-A-------------ATTACAGCTGAAAACATTTTT---AGACC---GG---T--A-C--TCAT-TTAA-A-GTT--GAGTCA----ATCTG----GTTGAT----GTGTA-----TGT----ATTGCAT
gi|41179                      : AGTAATTTGTATTGCGTTATCTAT------------AT---G-AC----A-AA----A---------GC---------T-G------AT-TAAA----GTG-----AAAA----GTGT----TAAA-C-AC-------GTTACATATTAGAACATTATT---AGACC---GG---T--A----TTAT-TCCA-T-GTT--GAGTAA----ATCGT----GTAAATAAAATTGTA-----AAT----TTTGTGT
gi|41180                      : AGCAGTTTGTATCGAGACATCAAT------------TA---G-AC----A-AA----A---------GC---------T-T------AT-TAAA----GTG-----AACA----GTGT----T-A-------------------------------GTT---GGACC---GG---T--ATG--TTTT-GAC----GTT--GAGTAA----ATCTT----GTTAAT----TTGCA-----TGT----ATAGTAT
gi|41181                      : AACAGTTAGTATCGCGACATCAGT------------TA---A-AC----T-GA----A---------G----------T-G------TTGTAAA-----TG-----AGCAT---GTGT----T-AAGC-AATTGTGTAATTACAGCTTTAAGCATTGTT---AGACC---TG---T--AGT--TTTT-CATG-TTGTT--AAGAAA----ATTTC----GTTAAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41182                      : AGCAGTTTGTATCGCGACTTCAAT------------TA---G-AC----A-----------------------------------------AAA----GC----------------------------------------TGCAACTTAGAACGTTATA---CGACC---GG---T--AT---TTTT-TTCA-T-GTT--GAGTAA----ATCTT----GCTGAT----TTATA-----TAC----ATTGTAT
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gi|41184                      : AGCAGTTTGTATCACGAAATAAAT-------------A---T-AC----A-GA----ACATGTAGGAGAAATAACTTGT-G------AT-TAAA------------AA-A----GTGT----T-AA-------------TTCCATC-----ATATCTTT---AAACCAGCGG---T--ATT--TTTT-TT-----GTT--GAGTAA-TC-AGCT------TTAAT----TTGTA-----TAT----ACTGTAT
gi|41185                      : AGCAGTTTGGACCGCGATAAAGAT------------TACGGA-AC----ATGG----A---------GG---------A-G------AT-AAAACT--GTGCAA--AAAA----GTGT----T-AA-T-AC-----------CATCATAGGACCTTTTC---AAACC---AGCTGT--GTT--GTTT-TTT--T-GTT--GAGTAA-TT-ATCTT------TAAA----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41186                      : AGCAGTTTGTATCGCGATATCAATATACGGAACATGTA---G-GA----G-AA----A---------GAACCTG----T-G------AT-TAAA------------AA-A----GTGT----T-AA-------------TTCCATCATAGGACATCTTT---AAATCAGCGG---T--ATT--TTTT-TTTGTT-GAT--GAGAAATT--ATCTTTTAAATTAAT----TTGTAATTTTTATAATAATTGTAT
gi|41187                      : AGCAGTTTGGATCGCGATGTAGAT------------TA---C-GT----A-ACGTGTA---------GG---------T-G------AT-AGAACT--GTGTGAAAAAAA----GTGT----T-AA-T-AC-----------CATCATAGGACCTT-TT---AAACC---AGC--T--GTTTGTTTT-TTTG-T-GTT--GAGTAATT--ATCT------TCAAT----TAGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41188                      : AGCAGTTTG-ATTGCGATATAGAT------------T----T-AC----G-GA----A---------CG---------T-GTGGGAGAT-TGAACT--GTGTAA--AAAA----GTGT----T-------T-------ATTCCATCTTAGAACCTT--T---AAACC---AGC--T--GTT--TGTT-TTGT-T-GTT--GAGTAA-TT-ATCTT----TGTA------TTGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41189                      : AGCAGTTTGGATCGCGATATAGAT------------TA---C-GG----A-AGTGT-A---------GG---------A-G------AT-AGAACTGTGTA-----AAAA----GTGT----T-AA-T-AC-----------CATCATAGGACCTTTTT---AAACCA--GA---T--GTT--TTTTGTTTG-T-TTT----GTAATT--ATCT------TTAAA----TTGTA-----TAT----ATTGTAT
gi|41190                      : AGCAGTTTGGATCGCGATATAAATATATGGAACGTGTA---G-GA----G-AA----A---------GAACTTG----T-G------AT-TAAA------------AA-A----GTGT----T-AT-------------TTCCATCATAGGACATT-TT---AAACC---AG---TCTATT--TTTT-TTTG-T--TTAAGAGTAA-TT-AGCTT------TAAT----TTGTA-----TAT----AGTGT
gi|41191                      :  GCAGTTTGGATCGCGATGTAGAT------------TAC--GTACGTGTA-GG----A---------GA---------TAG------AT-CTGT----GTG-----AAAAAAAAGTGT----T-AA-T-AC-----------CACCATAGGACTTTTTTTTTAAACC---AGCTGT--GTT--TTTT-TTTG-T-GTT--GAGTAATT--ATCT------TTAAT----TTGTA-----TAT----ATTGTAT