lowQualScore                  :        1                             111        22222                               1         1          1111                                          1111             
lowQualScore                  :   6    7     77          7           777    4   55555 3 3 7777  33   33  6 4 2      1         5      55  1111 2      444  2  9                       8 6666  3      3   
lowQualScore                  :   .    .     ..          .           ...    .   ..... . . ....  ..   ..  . . .      .         .      ..  .... .      ...  .  .                       . ....  .      .   
lowQualScore                  :   7    0     11          1           777    0   66666 6 6 7777  22   11  3 2 1      2         0      33  3333 2      111  4  2                       6 5555  1      3   
consensus                     : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACT-TNA-T-T-A----AA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGGTGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTAGTGTTTTGCCTAAAATTGTTTTAA-T--TT-AGATAA-AAA
Reference ( gi|6146 )         : ATGTATCTATTAGGGGTTTGAGTTTACACGTGATGTGGTTTTAA-ACT-CAA-T-T-A----AA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGGTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATAAGTGTTTTGCCTAAAATTGTTTTGA-T--TT-AGATAA-AAA
gi|6148                       : ATGTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGTACGTGATGTGGTTTTAA-ACT-TTA-T-T-A----AA--GACC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGCTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTACTGTTTTGCCTAAAACT
gi|6149                       : ATGTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACT-TTA-T-T-A----AA--GACC-TA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGCTGATGA--TA-ACGA-TGATAT---TG-ATTAGTTTTTTGGCTAAAACT
gi|6147                       : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTGGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACT-----T-T-ACCTTAA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGGTGA--TA-ATTA-TGATAT---CG-ATTGGTGTTTTACATGAAATGGTTTTAA-T--TT-AGATAA-AAAtagttaaaaaaa
gi|6150                       : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTCGCATTTGATGTGGTTTTAA-ACT-TTA-T-TTA----AA--GACT-GA-T-A-GTTTGAATCAGCGATGTTGATGA--TA-TTTA-TGATAT---TG-ATTAGAGTTTTGCTTAAAGTTGTTTTAA-T--TC-AGATAA-AAAaa
gi|6151                       : ATTTATCAAATAGGAGTTTGAGTTTGGATGTGATGTGGTTTTAA-ACTATAT-T-T-C----AA--GGAG-AA-T-T-GTTTGAATCAGCAATGTTAATGA--CA-ATGA-TGATTT---TG-ATAAATGATTTGCCTAAAAGTGTTTTAA-T--TT-AGATAATAAAaa
gi|6152                       : ATTTATCAATTAGCAGTTTGAGTTTTCACGTTATGTG----TGA-ACT-TGATT-T-A----AA--GGCC-GATT-T-GTTTGAATCAGCAATGaa
gi|6155                       :         ATTAGCAGTTTGTGTTTGCATGTAATGTG---CTAA-CTT-TAT-T-T-A----AA--GGAC-AA-TAT-GTTTGAATGAGTAATGTCGATAA--TA-GTGA-TGATAT---TA-ACAAGtt
gi|6153                       :         ATTAGCAGTTTCCGTTTGCATGTGATGTG---CTAATACT---A-TCT-A----AA--GGCC-TATT-T-GATTGAATCGGCAATGTT--TGAC-T---TGA-TGAT-T---TA-GCAA---TTTTGgaattatataagtcattgatttactatgtatataaataa
gi|6154                       :     ataaATTAGCAGTTCATGTTTGCATGTGATGTG---CTAA-TGT-TAA-T-T-A----GA---GCC-AATT-T-GTTTGTGTGGGCAATGTT--TGACTTG-ATGACTGATA
gi|6156                       :              attaTTGATTTTGCATGTGATATG-CTTTA----T-TGA-T-T-A----AAATGGT--GA-T-TAGTTTGATT------TGTTGATGA--TA-ACAA-T---AT---TG-ATTAGTGTTTTGCCTAAAATTGTTTTAATT--TT-TGATAA-AA
gi|6157                       :                                                     -T-T-A----AA--GGCCAGT-T-T-GTTTGAATAGACAATGTTGATGA--TA-ATGA-T------------TA-GTGTTTTGCCTAAAATTGTTTTAA-TG-TT-TGATAA-
gi|6158                       :                                                          actttat--GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-ATTAGTGTTTTGCCTAAAATTGTTTTAA----TT-AAATTA-AAA
gi|6159                       :                                                                 --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TA-TAAA-TGATAT---TG-ATTAGTGTTTTGCCTAAAATTGTTTTAA----TT-AAATTA-AAAtaaa
gi|6160                       :                                                                 --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-CTTAGTGTTTTGCCTAAAATTGTTTTAA-TAATTAAAATAA-taaa
gi|6161                       :                                                                 --GGTT-GA-T-T-GTTTCA--TGTCAATGTTGGTGA--TA-TTTA-TGATAT---TG-ATTAGTGTTTTGCCTAAAATTGTTTTAA-T--CA-AGTTAA-AA
gi|6162                       :                                                                 --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCAGCAATGTTGATGA--TA-TTTA-TAAAAT---TG-ATTAGTGTTTTGCCTTAAATTGTTTTAA-T--TA-AGTTAA-AAtaaa
gi|6163                       :                                                                 --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCAGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-ATCAGTGTTTTGCCTAAAATTAGTTTAA----TT-AAATTA-AAAtaaa
gi|6164                       :                                                                       -GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-CTTAGTGTTTTGCCTAAAATTGTTTTAA----TT-AAATTA-AAAcaa
gi|6165                       :                                                                       -GA-TGT-GATTGAATCAGCAATGTTGATGA--TG-ATAT-TAATATACATGTATAAGTGTTTGGCCTAAAATTGTTTT-A-T--TT-taaa





Alignments
lowQualScore                  :                                      111                1                       1                                                                       1111             
lowQualScore                  :   1                                  111    3    2 77 3 3   33   22  6 4 2      0            1   55  9999 2      333  2      2            33         33 3333  2      2   
lowQualScore                  :   .                                  ...    .    . .. . .   ..   ..  . . .      .            .   ..  .... .      ...  .      .            ..         .. ....  .      .   
lowQualScore                  :   3                                  444    3    2 99 3 3   11   44  0 0 0      2            1   00  2222 1      999  2      2            22         77 1111  7      9   
consensus                     : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-T--TT-AGATAA-AAA
Reference ( family-794 )      : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTNA--T-T-AAA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGGTGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-T--TT-AGATAA-AAA
gi|6146                       : ATGTATCTATTAGGGGTTTGAGTTTACACGTGATGTGGTTTTAA-ACTCAA--T-T-AAA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGGTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATAAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTG--A-T--TT-AGATAA-AAA
gi|6147                       : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTGGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTACCT-T-AA---GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGGTGA--TA-ATTA-TGATAT---CG-ATTGGT-GTTTTACATGAA--ATGGTTTTA--A-T--TT-AGATAA-AAA
gi|6148                       : ATGTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGTACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GACC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGCTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTACT-GTTTTGCCTAAA--ACTaa
gi|6149                       : ATGTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GACC-TA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGCTGATGA--TA-ACGA-TGATAT---TG-ATTAGT-TTTTTGGCTAAA--ACT
gi|6150                       : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTCGCATTTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-TTAAA--GACT-GA-T-A-GTTTGAATCAGCGATGTTGATGA--TA-TTTA-TGATAT---TG-ATTAGA-GTTTTGCTTAAA--GTTGTTTTA--A-T--TC-AGATAA-AAAtagttaaaaaaa
gi|6151                       : ATTTATCAAATAGGAGTTTGAGTTTGGATGTGATGTGGTTTTAA-ACTATA--T-TTCAA--GGAG-AA-T-T-GTTTGAATCAGCAATGTTAATGA--CA-ATGA-TGATTT---TG-ATAAAT-GATTTGCCTAAA--AGTGTTTTA--A-T--TT-AGATAATAAAaa
gi|6152                       : ATTTATCAATTAGCAGTTTGAGTTTTCACGTTATGTG----TGA-ACTTGAT-T-T-AAA--GGCC-GATT-T-GTTTGAATCAGCAATGTTaa
gi|6153                       :     ATAAATTAGCAGTTTCCGTTTGCATGTGATGTG---CTAATACT--A--TCT-AAA--GGCC-TATT-T-GATTGAATCGGCAATGTT--TGAC-T---TGA-TGAT---------TTAGCAATTTTG
gi|6154                       :     ATTAATTAGCAGTTCATGTTTGCATGTGATGTG---CTAA-TGTTAA--T-T-AGA---GCC-AATT-T-GTTTGTGTGGGCAATGTT--TGACTTG-ATGACTGATA
gi|6155                       :         ATTAGCAGTTTGTGTTTGCATGTAATGTGCT----A-ACTTTA--T-TTAAA--GGAC-AA-TAT-GTTTGAATGAGTAATGTCGATAA--TA-GTGA-TGATAT---TA-ACAAG--GAATTATATAAGTCATTGATTTACTA-T--GT-ATATAA-
gi|6156                       :                  TTGATTTTGCATGTGATATG-CTTTA----TTGA--T-T-AAAATGGT--GA-T-TAGTTTGATT------TGTTGATGA--TA-ACAA-T---AT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--ATT--TT-TGATAA-AAtaa
gi|6157                       :                                             -ACTTTA--T-TTAAA--GGCCAGT-T-T-GTTTGAATAGACAATGTTGATGA--TA-ATGA-T-------------TAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-TG-TT-TGATAA-
gi|6158                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A----TT-AAATTA-AAA
gi|6159                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TA-TAAA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A----TT-AAATTA-AAAtaaa
gi|6160                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-CTTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-TAATTAAAATAA-taaa
gi|6161                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA--TGTCAATGTTGGTGA--TA-TTTA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-T--CA-AGTTAA-AA
gi|6162                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCAGCAATGTTGATGA--TA-TTTA-TAAAAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTTAA--ATTGTTTTA--A-T--TA-AGTTAA-AAtaaa
gi|6163                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCAGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-ATCAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTAGTTTA--A----TT-AAATTA-AAAtaaa
gi|6164                       :                                                                   -GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-CTTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A----TT-AAATTA-AAAcaa
gi|6165                       :                                                                   -GA-TGT-GATTGAATCAGCAATGTTGATGA--TG-ATAT-TAATATACATGTATAAGT-GTTTGGCCTAAA--ATTGTTTTA--T-T--TT-taaa





Alignments
lowQualScore                  :                                      111                1                       1                                                                       1111             
lowQualScore                  :   1                                  111    3      77 3 3   33   22  6 4 2      0                55  9999 2      333  2      2            33         33 3333  2      2   
lowQualScore                  :   .                                  ...    .      .. . .   ..   ..  . . .      .                ..  .... .      ...  .      .            ..         .. ....  .      .   
lowQualScore                  :   3                                  444    3      99 3 3   11   44  0 0 0      2                00  2222 1      999  2      2            22         77 1111  7      9   
consensus                     : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-T--TT-AGATAA-AAA
Reference ( family-794 )      : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-T--TT-AGATAA-AAA
gi|6146                       : ATGTATCTATTAGGGGTTTGAGTTTACACGTGATGTGGTTTTAA-ACTCAA--T-T-AAA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGGTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATAAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTG--A-T--TT-AGATAA-AAA
gi|6147                       : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTGGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTACCT-T-AA---GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGGTGA--TA-ATTA-TGATAT---CG-ATTGGT-GTTTTACATGAA--ATGGTTTTA--A-T--TT-AGATAA-AAA
gi|6148                       : ATGTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGTACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GACC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGCTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTACT-GTTTTGCCTAAA--ACTaa
gi|6149                       : ATGTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GACC-TA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGCTGATGA--TA-ACGA-TGATAT---TG-ATTAGT-TTTTTGGCTAAA--ACT
gi|6150                       : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTCGCATTTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-TTAAA--GACT-GA-T-A-GTTTGAATCAGCGATGTTGATGA--TA-TTTA-TGATAT---TG-ATTAGA-GTTTTGCTTAAA--GTTGTTTTA--A-T--TC-AGATAA-AAAtagttaaaaaaa
gi|6151                       : ATTTATCAAATAGGAGTTTGAGTTTGGATGTGATGTGGTTTTAA-ACTATA--T-TTCAA--GGAG-AA-T-T-GTTTGAATCAGCAATGTTAATGA--CA-ATGA-TGATTT---TG-ATAAAT-GATTTGCCTAAA--AGTGTTTTA--A-T--TT-AGATAATAAAaa
gi|6152                       : ATTTATCAATTAGCAGTTTGAGTTTTCACGTTATGTG----TGA-ACTTGAT-T-T-AAA--GGCC-GATT-T-GTTTGAATCAGCAATGTTaa
gi|6153                       :     ATAAATTAGCAGTTTCCGTTTGCATGTGATGTG---CTAATAC--TA--TCT-AAA--GGCC-TATT-T-GATTGAATCGGCAATGTT--TGAC-T---TGA-TGAT---------TTAGCAATTTTG
gi|6154                       :     ATTAATTAGCAGTTCATGTTTGCATGTGATGTG---CTAA-TGTTAA--T-T-AGA---GCC-AATT-T-GTTTGTGTGGGCAATGTT--TGACTTG-ATGACTGATA
gi|6155                       :         ATTAGCAGTTTGTGTTTGCATGTAATGTGCT----A-ACTTTA--T-TTAAA--GGAC-AA-TAT-GTTTGAATGAGTAATGTCGATAA--TA-GTGA-TGATAT---TA-ACAAG--GAATTATATAAGTCATTGATTTACTA-T--GT-ATATAA-
gi|6156                       :                  TTGATTTTGCATGTGATATG-CTTTA----TTGA--T-T-AAAATGGT--GA-T-TAGTTTGATT------TGTTGATGA--TA-ACAA-T---AT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--ATT--TT-TGATAA-AAtaa
gi|6157                       :                                             -ACTTTA--T-TTAAA--GGCCAGT-T-T-GTTTGAATAGACAATGTTGATGA--TA-ATGA-T-------------TAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-TG-TT-TGATAA-
gi|6158                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A----TT-AAATTA-AAA
gi|6159                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TA-TAAA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A----TT-AAATTA-AAAtaaa
gi|6160                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-CTTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-TAATTAAAATAA-taaa
gi|6161                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA--TGTCAATGTTGGTGA--TA-TTTA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-T--CA-AGTTAA-AA
gi|6162                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCAGCAATGTTGATGA--TA-TTTA-TAAAAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTTAA--ATTGTTTTA--A-T--TA-AGTTAA-AAtaaa
gi|6163                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCAGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-ATCAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTAGTTTA--A----TT-AAATTA-AAAtaaa
gi|6164                       :                                                                   -GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-CTTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A----TT-AAATTA-AAAcaa
gi|6165                       :                                                                   -GA-TGT-GATTGAATCAGCAATGTTGATGA--TG-ATAT-TAATATACATGTATAAGT-GTTTGGCCTAAA--ATTGTTTTA--T-T--TT-taaa


blockSeqs                     :   T                                  GTT    T      CC C T   AT   CA  T A A      A                CT  ATT  C      ACA  T      A            TC         CT TAA   A      T
blockSeqs                     :   G                                  GTT    .      T  . T   .    C   T G .      A                C   ATG  .      .    .      .            .          .  TT    .      .
blockSeqs                     :   G                                  GTT    .      .  . T   .    C   T . .      A                .   ACG  .      .    .      .            .          .  TG    .      .
blockSeqs                     :   T                                  GTT    .      .  . T   .    C   . . .      A                .   TTT  .      .    .      .            .          .  T     .      .
blockSeqs                     :   T                                  GTT    .      .  . .   .    T   . . .      A                .   ATG  .      .    .      .            .          .  T     .      .
blockSeqs                     :   T                                  CT     .      .  . .   .    G   . . .      A                .   ATG  .      .    .      .            .          .  T     .      .
blockSeqs                     :                                      CT     .      .  . .   .    C   . . .      A                .   GTG  .      .    .      .            .          .  T     .      .
blockSeqs                     :                                      .      .      .  . .   .    C   . . .      G                .   ACA  .      .    .      .            .          .  T     .      .
blockSeqs                     :                                      .      .      .  . .   .    C   . . .      A                .   ATG  .      .    .      .            .          .  T     .      .
blockSeqs                     :                                      .      .      .  . .   .    C   . . .      T                .   TAT  .      .    .      .            .          .  T     .      .
blockSeqs                     :                                             .      .  . .   .    T   . . .      A                .   TAA  .      .    .      .            .          .  .     .      .
blockSeqs                     :                                                             .    T   . . .      A                .   TAT  .      .    .      .            .          .  .     .      .
blockSeqs                     :                                                             .    T   . . .      .                .   TTT  .      .    .      .            .          .  .     .      .
blockSeqs                     :                                                             .    T   . . .      .                .   TTT  .      .    .      .            .          .  .     .       
blockSeqs                     :                                                             .    T   . . .      .                .   TAT  .      .    .      .            .                           
blockSeqs                     :                                                             .    T   . . .      .                .   TAT  .      .    .      .            .                           
blockSeqs                     :                                                             .    .   . . .      .                .   ATA  .      .    .      .                                        
blockSeqs                     :                                                                      . . .      .                .   TG   .                                                           
blockSeqs                     :                                                                      . . .      .                                                                                     


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-T--TT-AGATAA-AAA
finalCons                     : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-T--TT-AGATAA-AAA





Alignments
lowQualScore                  :                                      111                1                       1                                                                       1111             
lowQualScore                  :   1                                  111    3      77 3 3   33   22  6 4 2      0                55  9999 2      333  2      2            33         33 3333  2      2   
lowQualScore                  :   .                                  ...    .      .. . .   ..   ..  . . .      .                ..  .... .      ...  .      .            ..         .. ....  .      .   
lowQualScore                  :   3                                  444    3      99 3 3   11   44  0 0 0      2                00  2222 1      999  2      2            22         77 1111  7      9   
consensus                     : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-T--TT-AGATAA-AAA
Reference ( family-794 )      : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-T--TT-AGATAA-AAA
gi|6146                       : ATGTATCTATTAGGGGTTTGAGTTTACACGTGATGTGGTTTTAA-ACTCAA--T-T-AAA--GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGGTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATAAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTG--A-T--TT-AGATAA-AAA
gi|6147                       : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTGGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTACCT-T-AA---GGCC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGTTGGTGA--TA-ATTA-TGATAT---CG-ATTGGT-GTTTTACATGAA--ATGGTTTTA--A-T--TT-AGATAA-AAA
gi|6148                       : ATGTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGTACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GACC-GA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGCTGATGA--TA-ATGA-TGATAT---TG-ATTACT-GTTTTGCCTAAA--ACTaa
gi|6149                       : ATGTATCAATTAGGAGTTTGAGTTTGCACGTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-T-AAA--GACC-TA-T-T-GTTTGAATCGGCAATGCTGATGA--TA-ACGA-TGATAT---TG-ATTAGT-TTTTTGGCTAAA--ACT
gi|6150                       : ATTTATCAATTAGGAGTTTGAGTTCGCATTTGATGTGGTTTTAA-ACTTTA--T-TTAAA--GACT-GA-T-A-GTTTGAATCAGCGATGTTGATGA--TA-TTTA-TGATAT---TG-ATTAGA-GTTTTGCTTAAA--GTTGTTTTA--A-T--TC-AGATAA-AAAtagttaaaaaaa
gi|6151                       : ATTTATCAAATAGGAGTTTGAGTTTGGATGTGATGTGGTTTTAA-ACTATA--T-TTCAA--GGAG-AA-T-T-GTTTGAATCAGCAATGTTAATGA--CA-ATGA-TGATTT---TG-ATAAAT-GATTTGCCTAAA--AGTGTTTTA--A-T--TT-AGATAATAAAaa
gi|6152                       : ATTTATCAATTAGCAGTTTGAGTTTTCACGTTATGTG----TGA-ACTTGAT-T-T-AAA--GGCC-GATT-T-GTTTGAATCAGCAATGTTaa
gi|6153                       :     ATAAATTAGCAGTTTCCGTTTGCATGTGATGTG---CTAATAC--TA--TCT-AAA--GGCC-TATT-T-GATTGAATCGGCAATGTT--TGAC-T---TGA-TGAT---------TTAGCAATTTTG
gi|6154                       :     ATTAATTAGCAGTTCATGTTTGCATGTGATGTG---CTAA-TGTTAA--T-T-AGA---GCC-AATT-T-GTTTGTGTGGGCAATGTT--TGACTTG-ATGACTGATA
gi|6155                       :         ATTAGCAGTTTGTGTTTGCATGTAATGTGCT----A-ACTTTA--T-TTAAA--GGAC-AA-TAT-GTTTGAATGAGTAATGTCGATAA--TA-GTGA-TGATAT---TA-ACAAG--GAATTATATAAGTCATTGATTTACTA-T--GT-ATATAA-
gi|6156                       :                  TTGATTTTGCATGTGATATG-CTTTA----TTGA--T-T-AAAATGGT--GA-T-TAGTTTGATT------TGTTGATGA--TA-ACAA-T---AT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--ATT--TT-TGATAA-AAtaa
gi|6157                       :                                             -ACTTTA--T-TTAAA--GGCCAGT-T-T-GTTTGAATAGACAATGTTGATGA--TA-ATGA-T-------------TAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-TG-TT-TGATAA-
gi|6158                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A----TT-AAATTA-AAA
gi|6159                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TA-TAAA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A----TT-AAATTA-AAAtaaa
gi|6160                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-CTTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-TAATTAAAATAA-taaa
gi|6161                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA--TGTCAATGTTGGTGA--TA-TTTA-TGATAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A-T--CA-AGTTAA-AA
gi|6162                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCAGCAATGTTGATGA--TA-TTTA-TAAAAT---TG-ATTAGT-GTTTTGCCTTAA--ATTGTTTTA--A-T--TA-AGTTAA-AAtaaa
gi|6163                       :                                                             --GGTT-GA-T-T-GTTTCA-TCAGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-ATCAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTAGTTTA--A----TT-AAATTA-AAAtaaa
gi|6164                       :                                                                   -GA-T-T-GTTTCA-TCGGCAATGTTGGTGA--TATAT-A-TGATAT---TG-CTTAGT-GTTTTGCCTAAA--ATTGTTTTA--A----TT-AAATTA-AAAcaa
gi|6165                       :                                                                   -GA-TGT-GATTGAATCAGCAATGTTGATGA--TG-ATAT-TAATATACATGTATAAGT-GTTTGGCCTAAA--ATTGTTTTA--T-T--TT-taaa