lowQualScore                  :                                   1                         1                      3333333333333                           11    1    2        66666666666666666666                  333333333333        111                                                  1               22   
lowQualScore                  :                                   5                  6      3                      9999999999999                  1      0 11    5    0        11111111111111111111   33    0     3  999999999999  5555  222    0                                             5               33   
lowQualScore                  :                                   .                  .      .                      .............                  .      . ..    .    .        ....................   ..    .     .  ............  ....  ...    .                                             .               ..   
lowQualScore                  :                                   0                  0      2                      8888888888888                  9      8 88    0    0        66666666666666666666   88    4     1  111111111111  0000  222    2                                             7               00   
consensus                     : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTCTT-CTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGTTAAAATTGGTAGTTTTTCTGGGAAGCATGTGTCGATCAATACTCTAT-----CGA----AA----AGTC-AAACGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
Reference ( gi|154606 )       : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTCGTGATTGTTTGCACATTACTAAAAGACACTTTAAAGCGGTACATTCTTTCTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGACATGT-AAAATTGGTAGTTTTTCTGGGAAGCACGTGTCGATCAATACTCTAT-----CAA----AA----AGTC-AAACGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCTTGTTGATAACTTTTAAATGG
gi|154605                     : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCATTTTAAAGTGGTACATTCTT-CTTTTTTT----ATGGAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-AAAATTGGTAGTTTTTATGGGAAGCATATGTCCATCAATACTCTAT-----CAA----AA----AGTC-AAACATCAGAATATG-AGATTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTA
gi|154607                     : TATTTTTTAAATAAACAATAGTTCATTCATTGTTGGTGATCGTTTGCACATTATTAAAGG-CACTTTAAAGCGGTACATTCCTC--TTTTTTTTTAATGAAATCATGGGTATAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-AAAATTGGTTGTTTTTATGGGAAGCATGTGTCGATCAATACTCTAT-----CAA----AA----TGTC-AAACGTCAGAAT---AGGGTTTGTTAATCAAGCTTTCATATAGGTTTTTCATTTTGATAACTTTTAtgt
gi|154608                     : TAATTTTTAGATAAACAAGCATTTATTCATTGTTGGTGGTTGTTTACACATTATTAAAAGCCATTTTAAAGTGGTCCATTCTTT-----TTTATTG-TGAAATA-TTGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-AAAAATGGTAGTTTTTCATGGAAGCATGTGTCGATCAGTACTCTAT-----CAA----AA----AATCAAAACATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATAAAAGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGGtgt
gi|154609                     :   TTTTTTAAATAAACAATAATTCTTTCATTGTTGGTGGTTGTTTACATATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTCTTT-------TTTTGATGAAATAATGAGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-CATATTGGTAGTTTTTCTGGGAAGCATGTGTCGATCAATACTCTAT-----CAA----AA----AGTC-AAACGTCAGAATATGAAGGTTTG-TTGTCAAGCTTTCATAAAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154610                     :   TTTTTTAAATAAACAATAAATCATTCATTATTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATCCTT-CTTTTTTTTT--ATGAAATAATGGGGAAAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-AAAATTGGTAGTATTT---------ATGTGTCGATCAATAATCTAT-----CAA----AA----AGTA-AAACGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAATTTGTA
gi|154611                     :          AATAAACATTAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCATATTATTAAAAAGCACTTTAAAGCGGTACATTCTTATTTTTTT-----ATGAAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-AAAATTGGTAGTTTT-ATGGGAAGCTTGTGTCGATCAATACTC---------AA----AA----AGTC-AAACGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTAATAACTTTTAtgt
gi|154612                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATT--TA------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTCAATTCTTTCGA----TATTGGAG---AAACATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTTAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTtgt
gi|154614                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA--------CTG--AAGT---TGTACATCACTACTCAATTCTTTCGATTTTGG----AG---AAACATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATGACTTTatgtgg
gi|154613                     :                                                                                                               ATAACTACTGA--AGTGGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTCAATTCTTTCGATTTTGG----AG---AAATATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGTTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGGatgtgg
gi|154615                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTCAATTCTTTCGATTTTGG----AG---AAACATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATTACTTT
gi|154616                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTCAATTCTTTCGATTTTGG----AG---AAACATCAGAATATGAAGGTTTGTTTTTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGAGAACTTTatgtgg
gi|154618                     :                                                                                                                    TATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTCAATTCTTTCGATTTTGG----AG---AAACATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGATGATAACTTTTATGTGGatgtgg
gi|154621                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTCTGT-----CAA----AA----AGTC-AAACGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCTTGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154620                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTCTAT-----CAA----AA----AGTC-AAACTTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154623                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTCTAT-----CAA----AA----AGTA-AAACGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGGTAACTTTTA
gi|154622                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTCTAT-----CAA----AA----AGTC-GAACGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATGTAGGTTGTTCATGTTAATAACTTTTATGTGGtgagg
gi|154624                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTCTAT-----CAA----AA----AGTC-AAA--------TATGAAGGTTTGTTT--CAAGCTTTCATATAGGCTGCTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154619                     :                                                                                                                                                                                                            -AAACATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATATATGTTGTTCATGTTGATAACTT
gi|154625                     :                                                                                                                                          attgaacttgagatattaaaattgactggagttgtacatcactactcaattatttcgattttggag-AAATG-CAGAATATGAAAATTTGTTTGTCAAACTTTCATGTAGGTTGTTCATGTTGATATCTTTTATGTGGcatgtgg
gi|154617                     :                                                                                                                                                                                                                                 TTGTTTGTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTAATATCTTTTATGTGG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                    11       2222                           11                  66666666666666666666                     444444444444        11                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                  0 00       1111                  2      0 55         6        00000000000000000000   55    1     6666  555555555555  4444  00   1 0                                                        2         
lowQualScore                  :                                                                                  . ..       ....                  .      . ..         .        ....................   ..    .     ....  ............  ....  ..   . .                                                        .         
lowQualScore                  :                                                                                  1 00       4444                  1      8 55         8        88888888888888888888   22    4     0000  111111111111  2222  22   9 4                                                        7         
consensus                     : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTCTT-CTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGNTATTGAGCAGTGGAGATGTTAAAATTGGTAGTTTTTCTGGGAAGCATGTGTNGATCAATACTC---TAT-----CGA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
Reference ( family-778 )      : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTCTT-CTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGTTAAAATTGGTAGTTTTTCTGGGAAGCATGTGTCGATCAATACTC---TAT-----CGA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154605                     : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCATTTTAAAGTGGTACATTCTT-CTTTTTTT----ATGGAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATG-TAAAATTGGTAGTTTTTATGGGAAGCATATGTCCATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA-CATCAGAATATG-AGATTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGT
gi|154606                     : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTCGTGATTGTTTGCACATTACTAAAAGACACTTTAAAGCGGTACATTCTTTCTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGACATGT-AAAATTGGTAGTTTTTCTGGGAAGCACGTGTCGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCTTGTTGATAACTTTTAAATGG
gi|154607                     : TATTTTTTAAATAAACAATAGTTCATTCATTGTTGGTGATCGTTTGCACATTATTAAA-GGCACTTTAAAGCGGTACATTCCT-CTTTTTTTTT-AATGAAATCATGGGTATAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-AAAATTGGTTGTTTTTATGGGAAGCATGTGTCGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----TGTCAAA-CGTCAGAAT---AGGGTTTGTTAATCAAGCTTTCATATAGGTTTTTCATTTTGATAACTTTTATGT
gi|154608                     : TAATTTTTAGATAAACAAGCATTTATTCATTGTTGGTGGTTGTTTACACATTATTAAAAGCCATTTTAAAGTGGTCCATTCTT-----TTTTATTG-TGAAATA-TTGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGTAAAAAT-GGTAGTTTTTCATGGAAGCATGTGTCGATCAGTACTC---TAT-----CAA----AA----AATCAAAACATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATAAAAGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154609                     :   TTTTTTAAATAAACAATAATTCTTTCATTGTTGGTGGTTGTTTACATATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTC-------TTTTTTTGATGAAATAATGAGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGTC-ATATTGGTAGTTTTTCTGGGAAGCATGTGTCGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTG-TTGTCAAGCTTTCATAAAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154610                     :   TTTTTTAAATAAACAATAAATCATTCATTATTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATCCTT-CTTTTTTTTT--ATGAAATAATGGGGAAAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-AAAATTGGTAGTATTT---------ATGTGTCGATCAATAATC---TAT-----CAA----AA----AGTAAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAATTTGTATGT
gi|154611                     :          AATAAACATTAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCATATTATTAAAAAGCACTTTAAAGCGGTACATTCTT-ATTTTTTT----ATGAAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-AAAATTGGTAGTTTT-ATGGGAAGCTTGTGTCGATCAATACTC------------AA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTAATAACTTTTATGT
gi|154612                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATT--TA------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGA----TATTGGAG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTTAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAAC-TTTATGTGG
gi|154613                     :                                                                                                               ATAACTACTGA--AGTGGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-TATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGTTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154614                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA--------CTG--AAGT---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATGAC-TTTATGTGG
gi|154615                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATTAC-TTTATGTGG
gi|154616                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTTTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGAGAAC-TTTATGTGG
gi|154617                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGG--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTT---AAT------------------ATTT------TCACTATTTAA----TTGTTTGTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTAATATCTTTTATGTGG
gi|154618                     :                                                                                                                    TATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGATGATAACTTTTATGTGG
gi|154619                     :                                                                                                                     ATTGAAC--TTGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTCAATTATTT---CGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATATATGTTGTTCATGTTGATAAC-TTCATGTGG
gi|154620                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA-CTTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154621                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTC---TGT-----CAA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCTTGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154622                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCGAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATGTAGGTTGTTCATGTTAATAACTTTTATGTGG
gi|154623                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTAAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGGTAACTTTTATGAGG
gi|154624                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA---------TATGAAGGTTTGTTT--CAAGCTTTCATATAGGCTGCTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154625                     :                                                                                                                                                                                                               AAA-TG-CAGAATATGAAAATTTGTTTGTCAAACTTTCATGTAGGTTGTTCATGTTGATATCTTTTATGTGG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                    11       2222                           11                  66666666666666666666                     444444444444        11                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                  0 00       1111                  1      0 55         6        00000000000000000000   22    1     6666  555555555555  4444  00   1 0                                                        2         
lowQualScore                  :                                                                                  . ..       ....                  .      . ..         .        ....................   ..    .     ....  ............  ....  ..   . .                                                        .         
lowQualScore                  :                                                                                  1 00       4444                  0      8 55         8        88888888888888888888   22    4     0000  111111111111  2222  22   9 4                                                        7         
consensus                     : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTCTT-CTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGNTATTGAGCAGTGGAGATGTTAAAATTGGTAGTTTTTCTGGGAAGCATGTGTNGATCAATACTC---TAT-----CGA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
Reference ( family-778 )      : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTCTT-CTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGNTATTGAGCAGTGGAGATGTTAAAATTGGTAGTTTTTCTGGGAAGCATGTGTNGATCAATACTC---TAT-----CGA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154605                     : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCATTTTAAAGTGGTACATTCTT-CTTTTTTT----ATGGAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATG-TAAAATTGGTAGTTTTTATGGGAAGCATATGTCCATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA-CATCAGAATATG-AGATTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGT
gi|154606                     : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTCGTGATTGTTTGCACATTACTAAAAGACACTTTAAAGCGGTACATTCTTTCTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGACATGT-AAAATTGGTAGTTTTTCTGGGAAGCACGTGTCGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCTTGTTGATAACTTTTAAATGG
gi|154607                     : TATTTTTTAAATAAACAATAGTTCATTCATTGTTGGTGATCGTTTGCACATTATTAAA-GGCACTTTAAAGCGGTACATTCCT-CTTTTTTTTT-AATGAAATCATGGGTATAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-AAAATTGGTTGTTTTTATGGGAAGCATGTGTCGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----TGTCAAA-CGTCAGAAT---AGGGTTTGTTAATCAAGCTTTCATATAGGTTTTTCATTTTGATAACTTTTATGT
gi|154608                     : TAATTTTTAGATAAACAAGCATTTATTCATTGTTGGTGGTTGTTTACACATTATTAAAAGCCATTTTAAAGTGGTCCATTCTT-----TTTTATTG-TGAAATA-TTGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGTAAAAAT-GGTAGTTTTTCATGGAAGCATGTGTCGATCAGTACTC---TAT-----CAA----AA----AATCAAAACATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATAAAAGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154609                     :   TTTTTTAAATAAACAATAATTCTTTCATTGTTGGTGGTTGTTTACATATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTC-------TTTTTTTGATGAAATAATGAGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGTC-ATATTGGTAGTTTTTCTGGGAAGCATGTGTCGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTG-TTGTCAAGCTTTCATAAAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154610                     :   TTTTTTAAATAAACAATAAATCATTCATTATTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATCCTT-CTTTTTTTTT--ATGAAATAATGGGGAAAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-AAAATTGGTAGTATTT---------ATGTGTCGATCAATAATC---TAT-----CAA----AA----AGTAAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAATTTGTATGT
gi|154611                     :          AATAAACATTAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCATATTATTAAAAAGCACTTTAAAGCGGTACATTCTT-ATTTTTTT----ATGAAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-AAAATTGGTAGTTTT-ATGGGAAGCTTGTGTCGATCAATACTC------------AA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTAATAACTTTTATGT
gi|154612                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATT--TA------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGA----TATTGGAG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTTAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAAC-TTTATGTGG
gi|154613                     :                                                                                                               ATAACTACTGA--AGTGGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-TATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGTTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154614                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA--------CTG--AAGT---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATGAC-TTTATGTGG
gi|154615                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATTAC-TTTATGTGG
gi|154616                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTTTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGAGAAC-TTTATGTGG
gi|154617                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGG--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTT---AAT------------------ATTT------TCACTATTTAA----TTGTTTGTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTAATATCTTTTATGTGG
gi|154618                     :                                                                                                                    TATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGATGATAACTTTTATGTGG
gi|154619                     :                                                                                                                     ATTGAAC--TTGAGATATTAAAATTGA--------CTGG--AGT---TGTACATCACTACTCAATTATTT---CGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATATATGTTGTTCATGTTGATAAC-TTCATGTGG
gi|154620                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA-CTTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154621                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTC---TGT-----CAA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCTTGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154622                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCGAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATGTAGGTTGTTCATGTTAATAACTTTTATGTGG
gi|154623                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTAAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGGTAACTTTTATGAGG
gi|154624                     :                                                                                                                                                                      TTGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA---------TATGAAGGTTTGTTT--CAAGCTTTCATATAGGCTGCTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154625                     :                                                                                                                                                                                                               AAA-TG-CAGAATATGAAAATTTGTTTGTCAAACTTTCATGTAGGTTGTTCATGTTGATATCTTTTATGTGG


blockSeqs                     :                                                                                    TC       TTTG                  A        AG         A        TAGTTTTTCTGGGAAGCACG   CG    A     AATT  TCTTTCGATTTT  TTGG  TC   A                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                    C        ATTG                  A        AG         C        TTGTTTTTATGGGAAGCATG   CG    A     T     TCTTTCGATTTT  .     TC   .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                    C        TTTG                  A        AG         T        TAGTTTTTCATGGAAGCATG   CG    G     T     TCTTTCGATTTT  .     TC   .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                    A        TTA                   A        AG         T        TAGTTTTTCTGGGAAGCATG   CG    A     T     TCTTTCGATTTT  .     TC   .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                    .        TT                    A        AG         T        TAGTTTTATGGGAAGCTTG    CG    A     T     TCTTTCGATTTT  .     TA   .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                    .        .                     A        AG         T        TAGTATTTATG            CG    A     T     TTCGATTTT     .     TC   .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                                                   C        AG         T        TACTGGAGT              AC    C     A     TCTTTCGA      .     TT   .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                                                   C        .          T        CTGGAGT                AC    C     A     CAA           .     TC   .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                                                   C        .          T        CTGAAGT                AC    C     A     CAA           .     TC   .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                                                   C        .          T        CTGGAGT                AC    C     A     CAA           .     TC   .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                                                   C        .          .        CTGGAGT                AC    C     A     CAA           .     TA   .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                                                   C        .          .        CTGGAGT                AC    C     A     CAA           .     TC   .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                                                            .          .        CTGGAGT                AC    C     A     CAA           .     .    .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                                                            .          .        CTGGAGT                AC    C     T     CAA           .     .    .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       TG    A     T     CAA           .     .    .                                                          T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       TG    A     T     CAA           .     .    .                                                          .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       TG    A     T     CAA           .     .    .                                                          .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       TG    A     T     AA            .     .    .                                                          .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       TG    A     .     .             .     .    .                                                          .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                  .                                                          .


blockSeqCons                  :                                                                                             TTTG                                               TAGTTTCTGGAAGTG*****
originalCons                  : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTCTT-CTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGNTATTGAGCAGTGGAGATGTTAAAATTGGTAGTTTTTCTGGGAAGCATGTGTNGATCAATACTC---TAT-----CGA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
finalCons                     : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTCTT-CTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGNTATTGAGCAGTGGAGATGTTAAAATTGGTAGTTTCTGGAAGTG-----TGTNGATCAATACTC---TAT-----CGA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                    111      1111                           11                  77777777777777777777777                     444444444444        11                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                  0 444      4444                  1      0 55        11        22222222222222222222222   22    1     4444  333333333333  4444  00   1 0                                                        2         
lowQualScore                  :                                                                                  . ...      ....                  .      . ..        ..        .......................   ..    .     ....  ............  ....  ..   . .                                                        .         
lowQualScore                  :                                                                                  1 999      4444                  0      8 55        11        33333333333333333333333   22    4     8888  888888888888  2222  22   9 4                                                        7         
consensus                     : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTCTT-CTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGNTATTGAGCAGTGGAGATGTTAAAATTGGTAGTTTC-T---GGAAG--T--GTGTNGATCAATACTC---TAT-----CGA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
Reference ( family-778 )      : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTCTT-CTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGNTATTGAGCAGTGGAGATGTTAAAATTGGTAGTTTC-T---GGAAG--T--GTGTNGATCAATACTC---TAT-----CGA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154605                     : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCATTTTAAAGTGGTACATTCTT-CTTTTTTT----ATGGAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATG-TAAAATTGGTAGTTTT-TATGGGAAGCAT--ATGTCCATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA-CATCAGAATATG-AGATTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGT
gi|154606                     : TATTTTTTAAATAAACAATAATTCATTCATTGTTCGTGATTGTTTGCACATTACTAAAAGACACTTTAAAGCGGTACATTCTTTCTTTTTTTTTTGATGAAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGACATGT-AAAATTGGTAGTTTT-TCTGGGAAG--CACGTGTCGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCTTGTTGATAACTTTTAAATGG
gi|154607                     : TATTTTTTAAATAAACAATAGTTCATTCATTGTTGGTGATCGTTTGCACATTATT-AAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTCCT-C-TTTTTTTTTAATGAAATCATGGGTATAGATATTGAGCAGTGGAGATG-TAAAATTGGTTGTTTT-TATGGGAAGCAT--GTGTCGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----TGTCAAA-CGTCAGAAT---AGGGTTTGTTAATCAAGCTTTCATATAGGTTTTTCATTTTGATAACTTTTATGT
gi|154608                     : TAATTTTTAGATAAACAAGCATTTATTCATTGTTGGTGGTTGTTTACACATTATTAAAAGCCATTTTAAAGTGGTCCATTCTT-----TTTTATTG-TGAAATA-TTGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGTAAAAAT-GGTAGTTTT-TCATGGAAGCAT--GTGTCGATCAGTACTC---TAT-----CAA----AA----AATCAAAACATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATAAAAGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154609                     :   TTTTTTAAATAAACAATAATTCTTTCATTGTTGGTGGTTGTTTACATATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATTC-------TTTTTTTGATGAAATAATGAGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGTC-ATATTGGTAGTTTT-TCTGGGAAGCAT--GTGTCGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTG-TTGTCAAGCTTTCATAAAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154610                     :   TTTTTTAAATAAACAATAAATCATTCATTATTGGTGATTGTTTGCACATTATTAAAAGGCACTTTAAAGCGGTACATCCTT-CTTTTTTTTT--ATGAAATAATGGGGAAAGATATTGAGCAGTGGAGATG-TAAAATTGGTAGTATT-T-------A--T--GTGTCGATCAATAATC---TAT-----CAA----AA----AGTAAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAATTTGTATGT
gi|154611                     :          AATAAACATTAATTCATTCATTGTTGGTGATTGTTTGCATATTATTAAAAAGCACTTTAAAGCGGTACATTCTT-ATTTTTTT----ATGAAATAATGGGGATAGATATTGAGCAGTGGAGATGT-AAAATTGGTAGTTTTATG--GGAAGCTT--GTGTCGATCAATAC-------T-----CAA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTAATAACTTTTATGT
gi|154612                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATT--TA----C-T---GGA-G--T---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGA----TATTGGAG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTTAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAAC-TTTATGTGG
gi|154613                     :                                                                                                               ATAACTACTGA--AGTGGAGATATTAAAATTGA------C-T---GGA-G--T---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-TATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGTTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154614                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA------C-T---G-AAG--T---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATGAC-TTTATGTGG
gi|154615                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA------C-T---GGA-G--T---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATTAC-TTTATGTGG
gi|154616                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA------C-T---GGA-G--T---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTTTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGAGAAC-TTTATGTGG
gi|154617                     :                                                                                                               ATAACTATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGG------C-T---GGA-G--T---TGTACATCACTACTT---AAT------------------ATTT------TCACTATTTAA----TTGTTTGTGAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTAATATCTTTTATGTGG
gi|154618                     :                                                                                                                    TATTGAAC--TGGAGATATTAAAATTGA------C-T---GGA-G--T---TGTACATCACTACTC---AATTCTTTCGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGATGATAACTTTTATGTGG
gi|154619                     :                                                                                                                     ATTGAAC--TTGAGATATTAAAATTGA------C-T---GGA-G--T---TGTACATCACTACTCAATTATTT---CGATTTTGG----AG--AAA-CATCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTGAAGCTTTCATATATGTTGTTCATGTTGATAAC-TTCATGTGG
gi|154620                     :                                                                                                                                                                         TTGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA-CTTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154621                     :                                                                                                                                                                         TTGATCAATACTC---TGT-----CAA----AA----AGTCAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCTTGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154622                     :                                                                                                                                                                         TTGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCGAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATGTAGGTTGTTCATGTTAATAACTTTTATGTGG
gi|154623                     :                                                                                                                                                                         TTGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTAAAA-CGTCAGAATATGAAGGTTTGTTTGTCAAGCTTTCATATAGGTTGTTCATGTTGGTAACTTTTATGAGG
gi|154624                     :                                                                                                                                                                         TTGATCAATACTC---TAT-----CAA----AA----AGTCAAA---------TATGAAGGTTTGTTT--CAAGCTTTCATATAGGCTGCTCATGTTGATAACTTTTATGTGG
gi|154625                     :                                                                                                                                                                                                                  AAA-TG-CAGAATATGAAAATTTGTTTGTCAAACTTTCATGTAGGTTGTTCATGTTGATATCTTTTATGTGG