lowQualScore : 1 1 4444444444444444444444444 1 1
lowQualScore : 5 5 2 33 5 55555 2 2 4444 55555 6666666666666666666666666 22 22 3 2 55555 4 2 6 4
lowQualScore : . . . .. . ..... . . .... ..... ......................... .. .. . . ..... . . . .
lowQualScore : 0 6 1 22 3 66666 0 0 2222 00000 3333333333333333333333333 99 99 9 1 33333 9 2 5 0
consensus : AAAAGAGATTTATTCTGAATTGTGTCGTATACATGATAGTTCT--ACCGTAACAT-----TAAGAACAGTTTTT-CGTTGGG-T----TAAG-----AAATTTAAGG----G-G-GTGG---G-G-------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCG--CCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
Reference ( gi|136047 ) : AAAAGAGATTTATTCTGAATTGTGACGTATGCATGAAAGTTCT--ACTGTAACAT-----TAAGAACAGTTTTT-CGTTGGG-T----TAAG-----AAATTTAAGG----G-G-GTGG---G-G-------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCG--CCAAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGTAACAAAGGA-AAACATTAGTGCTGTTAGAGCTATTGTAGAAGAA
gi|136052 : AAAAGAGATTTATTCTGAATTGTGCCGTATACATGATAGTTCT--ACCGTAACGT-----TAAGAACAGTTTT------GGG-A----TAAG-----ACATCTAAGG----T-GTGTGG---G-GGGAGGTGTCAGTATAGCCTGC--AAGAAGATTACCG--CCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTACAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136049 : AAAAGAGATTTATTCTGAAATGTGTCTTATACATGATAGTTCA--ACCATAACAT-----TAAGAATAGTATTT-CGTTAGG-T----TAAG-----AAATTTAAGG----G-A-G--------G-------TCAGAATAGCCTGC--AAGAAGATAACCG--CCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAATGA-AAACATTGATGCTGTTAGATCTATGGCAGAAGAA
gi|136050 : AAAAAAGATTTATTCTGAATTGTTTTGTATACATGATAGCTCTCTATCATAACTT-----TTAGAATAGTTTTT-TGTTGGG-T----TAAG-----AAATTTAAGG----G-G-A--------G-------TCAGCATAGCCTTC--AAGAAGACAACTG--CCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGTAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGA
gi|136051 : AAAATAAATTTATT-TGAATTGTGCCATATACATGATAGTTCT--ACCGTAACAT-----AAAGAACAGCTTTT-CGTTGGG-T----TCAG-----AAATTAAAGG----G-G-G------G-G-------TCAGCATAGCCTGC--ATGAAGGTTATCG--CCCAGGTAG-TCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-TAACATTGGTGCTGTAAGAGCTATAGTAGAAGA
gi|136048 : AAAATAGATTTAATCTGAATTGTGTCATATACGTGACAGTTCT--ACCGTAATAT-----TAAGAACAGTTTTT-CGTTGGG-TGAGTTAAA-----AAAAATAAGA----G-G-GTG--------------TCAGAATAGCCTGC--AAGAAGATAACCG--CCCAAGTAG-GTCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGAA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTA--G-AGAAGA
gi|136054 : AAAATAGATTTATTTTGAATTTTGTCGTATATATTAAAGTTCT--ACCGTAACAG-----TAAGAACAGTTGTT-CGTTGAT-T----TAAG-----AAATTTAAGG----G-G-GTGG---G-T-------TCAGCATCGTCTGC--AAGAATAAAATAG--CCTATGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGG--AAACATTGGTTCTGTTAGAGCTATGGTTGAAGAA
gi|136053 : AAAAGAGATTTATTGTAAACTGTGTCGTATACATGATAGTTCT--ATCGTAATAT-----TAGGAACAGTTTGT-TGTTTGG-T----TAAG-----AAATTGAAGA----G-A-TT---------------TCAGCATAGACTTC--AAGAAGATAACCG--CCCAAGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACCAAGGA-AAACATTGATGCTGTTACAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136056 : AAAGGAGGTTAATTCTGAATTGTGCCGTATACATGATAGTTTT--ACGATAACAT-----TTATAACATTATTT-CGTTGGG-T----TAAA-----AAATTTAAGG----------AA---G-G-------TCAGCTCAGCCTGC--AATAAGATAACCG--CCCAGGTAG-A-CTG-----TTGTTGTAGCAACAAAGGA-AATCA---------TTGGAGCTATAGTAAAAGAA
gi|136057 : AAAAGAGATATATTCTAAATTGTGTCGTTTATATGACAGTTAA--ACTGTA---T-----TA---------------------T----TATG-----AAATTTACGG----A-G-G------G-G-------TCTGCATAACCTGC--AAGAAGATAACCG--CCCAGGTAG-GCCTG-----TTTTTGCAGCAACAAAGAA-AAGCATTGTTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136058 : AAAAGAGATTTATTCTGAATTGTGTCGTATACACGATAGTCCT--ATCGTAACAT-----TAAGAATAGTTTTT-CGCTGAA-T----TAAG-----AAACTAAAGG----------GG---G-G-------TCAGCAAAG
gi|136059 : AAAGAGATTTACTCTGAATTGTGTCGTATACATGATAGTTCT--ACCGTATCAT-----AAAGAACAGTTTTT-CGTTGGG-T----TAAG-----AAATTTAAGGGGCCG-G-GTGGGGAG-G-------TCAGCATAGTTTGC--AAGAAGATAACCG--CATAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAACAACAAA--A-AAA---TGGTGGTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136061 : AGATTTAATCTAGAATATACCGCACCTATG-----TC------GTTACTT-----TGAGAACAGTTTTA-AGACGGG-T----AAAG-----AAATTCAA------C-A-GTGG--------------TAAAATGACCCTA--AAGAAGACAACCG--CGCAGGCAG-G-TTG-----TTA-TATATTAACAAA
gi|136062 : tGATTTATTCTGAATTCTGTCGTATACATGATAGTTTT--ACCGTAACAT-----TAAGAACAGTTTTT-CGTTGGG-T----TAAG-----AAATTTAAGG---------TGG---GTG-------TCAGTACAGCCTGC--AAGAAGATAACTG--CCCAGGCAG-GTCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGCA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136063 : ATTTATACTGATTTATGTCGTATACATAATAGTTCT--ACCGTAATAT-----TTAGAACAGCTTT--AATTGGG-T----TAAG-----AAATTAAGGG----G-G-GAGG---G-G-------TCCGCATAGGTTGC--AAGAAGATAACCG--CCCAGATAA-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGACAAAAACTGGCGCTGTAAGTGCTATGGTAGA
gi|136060 : ATTTA--CTGAATTGTGTGATATATATGGA---CCT----TGAAACATTTCTGTATG--CAGTGTTT-AGGTGGATT----TAAGTTTTTAAACTT-------------T-----G-G-------TCA--ATATTCTGTCAAAGATGATGCCCG--TCCAGGTAGAGCCTAAACCTCTGTT------ACCAAGGC-CAACATCGTTGTTGTTAAGGTTGTGGTAGAAGA
gi|136065 : atatTTATTCTGAATTGTGTCGTATACATGATAGTTCT--ACCGTAAAAT-----T-------GTTTTT-CGTTGGG-A----TAAG-----AAATTTTAGG----G-G-G----------------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCG--TCCAGGTAA-TCCTG-----TTTTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATTGAAGAAAA
gi|136055 : GTGATTTATGC-TGAA--TTGT--ACCGTAACAT-----TAAGAACAGTTTTT-CGTTGCG-T----TAAT-----AAATTTAAGG----G-G-G------A-G-------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCT--CCCAGGTAG-GCTTG-----TTGTTACAGCAACTTAGGA-AAACATTGATGCTGTTAGAGGTGTGGTAGAAGAA
gi|136066 : aaaGTAACAT-----TAAAAACAGTTTTT-CGCTGGG-T----TAAG-----AAAATTAAGG----G-G-GT---------------TCAACATAACCTGC--AAGAAGATAACCG--ACCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AACCATTGGTGTTGTTAAA------GTAGAAGA
gi|136064 : GAACAGTTTTTTCGTCTGG-T----TAAG-----AAATTTAAGG----A-G-G--------G-------TCAGCATGTCCTGC--AAGAAGACAACCG--CCCAGGTAG-GTCT------TTGTTGAAGCAACAAAAGA-AAAGGTTGGTGCTGTAAGAGCTACAGTAGAAAAA
gi|136067 : attcattgttgaattatacactcatgtacagtggctttatttcaatgtcatagcgaaaactAGATTTT-CGCTGGG-C----TAAG-----CAATATAAAG----GCA-ATAA---T-G-------T-----TAGTCTGC--AAGTGGGTAACCGTTCTA--GCAG-GCATG-----TTGTTGCAGCATCAAAGAA-AAACATTGATACTGTTAAGACAATGGTAGATGAA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444
lowQualScore : 2 333 2 4444 33333 22 55555 22 1 4444 1 44444 000000000000000000000000 22 2 55555 2
lowQualScore : . ... . .... ..... .. ..... .. . .... . ..... ........................ .. . ..... .
lowQualScore : 1 777 1 1111 33333 88 00000 88 9 0000 9 88888 333333333333333333333333 88 0 00000 1
consensus : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-G-GTGG---GG-------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
Reference ( family-773 ) : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-G-GTGG---GG-------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136047 : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---ACGTATGCA-TGA---AAGTTC--T--ACTGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-G-GTGG---GG-------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCAAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGTAACAAAGGA-AAACATTAGTGCTGTTAGAGCTATTGTAGAAGAA
gi|136048 : AAAATAGATTTAAT-CTGAATTGTG---TCATATACG-TGA---CAGTTC--T--ACCGT--AATATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGTGAGTT-AAA-----AAAAATAAGA----G-G-GTG-------------TCAGAATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAAGTAG-GTCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGAA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTA-G--AGAAGA
gi|136049 : AAAAGAGATTTATT-CTGAAATGTG---TCTTATACA-TGA---TAGTTC--A--ACCAT--AACATT-----AA--GAATAGTATTT-CGTTAGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-A-G-------G-------TCAGAATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAATGA-AAACATTGATGCTGTTAGATCTATGGCAGAAGAA
gi|136050 : AAAAAAGATTTATT-CTGAATTGTT---TTGTATACA-TGA---TAGCTC--TCTATCAT--AACTTT-----TA--GAATAGTTTTT-TGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-G-A-------G-------TCAGCATAGCCTTC--AAGAAGACAACTGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGTAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGA
gi|136051 : AAAATAAATTTATT--TGAATTGTG---CCATATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACATA-----AA--GAACAGCTTTT-CGTTGGGT----T-CAG-----AAATTAAAGG----G-G-G------GG-------TCAGCATAGCCTGC--ATGAAGGTTATCGCCCAGGTAG-TCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-TAACATTGGTGCTGTAAGAGCTATAGTAGAAGA
gi|136052 : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---CCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACGTT-----AA--GAACAGTTTT------GGGA----T-AAG-----ACATCTAAGG----T-GTGTGG---GGGGAGGTGTCAGTATAGCCTGC--AAGAAGATTACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTACAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136053 : AAAAGAGATTTATT-GTAAACTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ATCGT--AATATT-----AG--GAACAGTTTGT-TGTTTGGT----T-AAG-----AAATTGAAGA----G-A-TT--------------TCAGCATAGACTTC--AAGAAGATAACCGCCCAAGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACCAAGGA-AAACATTGATGCTGTTACAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136054 : AAAATAGATTTATT-TTGAATTTTG---TCGTATATA-TTA---AAGTTC--T--ACCGT--AACAGT-----AA--GAACAGTTGTT-CGTTGATT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-G-GTGG---GT-------TCAGCATCGTCTGC--AAGAATAAAATAGCCTATGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGG--AAACATTGGTTCTGTTAGAGCTATGGTTGAAGAA
gi|136055 : AAAGTGATTTATG-CTGAATTGT-------------------------------ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGCGT----T-AAT-----AAATTTAAGG----G-G-G------AG-------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCTCCCAGGTAG-GCTTG-----TTGTTACAGCAACTTAGGA-AAACATTGATGCTGTTAGAGGTGTGGTAGAAGAA
gi|136056 : AAAGGAGGTTAATT-CTGAATTGTG---CCGTATACA-TGA---TAGTTT--T--ACGAT--AACATT-----TA--TAACATTATTT-CGTTGGGT----T-AAA-----AAATTTAAGG----------AA---GG-------TCAGCTCAGCCTGC--AATAAGATAACCGCCCAGGTAG-A-CTG-----TTGTTGTAGCAACAAAGGA-AATCATTG---------GAGCTATAGTAAAAGAA
gi|136057 : AAAAGAGATATATT-CTAAATTGTG---TCGTTTATA-TGA---CAGTTA--A--ACTGT--A---TT-----A----------------------T----T-ATG-----AAATTTACGG----A-G-G------GG-------TCTGCATAACCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTTTTGCAGCAACAAAGAA-AAGCATTGTTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136058 : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-CGA---TAGTCC--T--ATCGT--AACATT-----AA--GAATAGTTTTT-CGCTGAAT----T-AAG-----AAACTAAAGG----------GG---GG-------TCAGCAAAG
gi|136059 : AAAGAGATTTACT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--ATCATA-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGGGGCCG-G-GTGGGGAGG-------TCAGCATAGTTTGC--AAGAAGATAACCGCATAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAACAACAAA--A-AAA---TGGTGGTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136060 : ATTTA---CTGAATTGTG---TGATATATA-TGG--------------ACCTTGAAACATTTCTGTAT--G--CAGTGTTT-AGGTGGAT----TTAAGTTTTTAAACTT-------------TGG------------TCA--ATATTCTGTCAAAGATGATGCCCGTCCAGGTAGAGCCTAAACCTCTGTT------ACCAAGGC-CAACATCGTTGTTGTTAAGGTTGTGGTAGAAGA
gi|136061 : atatAGATTTAAT-CTAGAATATA---CCGCACCTA-TG----------------TCGT--TACTTT-----GA--GAACAGTTTTA-AGACGGGT----A-AAG-----AAATTCAA------C-A-GTGG-------------TAAAATGACCCTA--AAGAAGACAACCGCGCAGGCAG-G-TTG-----TTA-TATATTAACAAA
gi|136062 : tGATTTATT-CTGAATTCTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTT--T--ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGGT---G-G-GTG-------------TCAGTACAGCCTGC--AAGAAGATAACTGCCCAGGCAG-GTCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGCA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136063 : ATTTATA-CTGATTTATG---TCGTATACA-TAA---TAGTTC--T--ACCGT--AATATT-----TA--GAACAGCTTT--AATTGGGT----T-AAG-----AAATTAAGGG----G-G-GAGG---GG-------TCCGCATAGGTTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGATAA-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGACAAAAACTGGCGCTGTAAGTGCTATGGTAGA
gi|136064 : ATTCATTGTTGAATTATACACTCATGTACAGTGGCTTTATTTCAAT--GTCAT--AGCGAA-----AACTGAACAGTTTTTTCGTCTGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----A-G-G-------G-------TCAGCATGTCCTGC--AAGAAGACAACCGCCCAGGTAG-GTCT------TTGTTGAAGCAACAAAAGA-AAAGGTTGGTGCTGTAAGAGCTACAGTAGAAAAA
gi|136065 : TTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AAAATT--------------GTTTTT-CGTTGGGA----T-AAG-----AAATTTTAGG----G-G-G---------------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGTCCAGGTAA-TCCTG-----TTTTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATTGAAGAAAA
gi|136066 : GT--AACATT-----AA--AAACAGTTTTT-CGCTGGGT----T-AAG-----AAAATTAAGG----G-G-GT--------------TCAACATAACCTGC--AAGAAGATAACCGACCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AACCATTGGTGTTGTTAAA------GTAGAAGA
gi|136067 : AGATTTT-CGCTGGGC----T-AAG-----CAATATAAAG----GCA-ATAA---TG-------T-----TAGTCTGC--AAGTGGGTAACCGTTCTAGCAG-GCATG-----TTGTTGCAGCATCAAAGAA-AAACATTGATACTGTTAAGACAATGGTAGATGAA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444
lowQualScore : 2 333 2 4444 33333 22 55555 22 1 4444 1 44444 000000000000000000000000 22 2 55555 2
lowQualScore : . ... . .... ..... .. ..... .. . .... . ..... ........................ .. . ..... .
lowQualScore : 1 777 1 1111 33333 88 00000 88 9 0000 9 88888 333333333333333333333333 88 0 00000 1
consensus : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-G-GTGG---GG-------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
Reference ( family-773 ) : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-G-GTGG---GG-------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136047 : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---ACGTATGCA-TGA---AAGTTC--T--ACTGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-G-GTGG---GG-------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCAAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGTAACAAAGGA-AAACATTAGTGCTGTTAGAGCTATTGTAGAAGAA
gi|136048 : AAAATAGATTTAAT-CTGAATTGTG---TCATATACG-TGA---CAGTTC--T--ACCGT--AATATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGTGAGTT-AAA-----AAAAATAAGA----G-G-GTG-------------TCAGAATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAAGTAG-GTCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGAA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTA-G--AGAAGA
gi|136049 : AAAAGAGATTTATT-CTGAAATGTG---TCTTATACA-TGA---TAGTTC--A--ACCAT--AACATT-----AA--GAATAGTATTT-CGTTAGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-A-G-------G-------TCAGAATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAATGA-AAACATTGATGCTGTTAGATCTATGGCAGAAGAA
gi|136050 : AAAAAAGATTTATT-CTGAATTGTT---TTGTATACA-TGA---TAGCTC--TCTATCAT--AACTTT-----TA--GAATAGTTTTT-TGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-G-A-------G-------TCAGCATAGCCTTC--AAGAAGACAACTGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGTAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGA
gi|136051 : AAAATAAATTTATT--TGAATTGTG---CCATATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACATA-----AA--GAACAGCTTTT-CGTTGGGT----T-CAG-----AAATTAAAGG----G-G-G------GG-------TCAGCATAGCCTGC--ATGAAGGTTATCGCCCAGGTAG-TCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-TAACATTGGTGCTGTAAGAGCTATAGTAGAAGA
gi|136052 : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---CCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACGTT-----AA--GAACAGTTTT------GGGA----T-AAG-----ACATCTAAGG----T-GTGTGG---GGGGAGGTGTCAGTATAGCCTGC--AAGAAGATTACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTACAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136053 : AAAAGAGATTTATT-GTAAACTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ATCGT--AATATT-----AG--GAACAGTTTGT-TGTTTGGT----T-AAG-----AAATTGAAGA----G-A-TT--------------TCAGCATAGACTTC--AAGAAGATAACCGCCCAAGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACCAAGGA-AAACATTGATGCTGTTACAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136054 : AAAATAGATTTATT-TTGAATTTTG---TCGTATATA-TTA---AAGTTC--T--ACCGT--AACAGT-----AA--GAACAGTTGTT-CGTTGATT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-G-GTGG---GT-------TCAGCATCGTCTGC--AAGAATAAAATAGCCTATGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGG--AAACATTGGTTCTGTTAGAGCTATGGTTGAAGAA
gi|136055 : AAAGTGATTTATG-CTGAATTGT-------------------------------ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGCGT----T-AAT-----AAATTTAAGG----G-G-G------AG-------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCTCCCAGGTAG-GCTTG-----TTGTTACAGCAACTTAGGA-AAACATTGATGCTGTTAGAGGTGTGGTAGAAGAA
gi|136056 : AAAGGAGGTTAATT-CTGAATTGTG---CCGTATACA-TGA---TAGTTT--T--ACGAT--AACATT-----TA--TAACATTATTT-CGTTGGGT----T-AAA-----AAATTTAAGG----------AA---GG-------TCAGCTCAGCCTGC--AATAAGATAACCGCCCAGGTAG-A-CTG-----TTGTTGTAGCAACAAAGGA-AATCATTG---------GAGCTATAGTAAAAGAA
gi|136057 : AAAAGAGATATATT-CTAAATTGTG---TCGTTTATA-TGA---CAGTTA--A--ACTGT--A---TT-----A----------------------T----T-ATG-----AAATTTACGG----A-G-G------GG-------TCTGCATAACCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTTTTGCAGCAACAAAGAA-AAGCATTGTTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136058 : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-CGA---TAGTCC--T--ATCGT--AACATT-----AA--GAATAGTTTTT-CGCTGAAT----T-AAG-----AAACTAAAGG----------GG---GG-------TCAGCAAAG
gi|136059 : AAAGAGATTTACT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--ATCATA-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGGGGCCG-G-GTGGGGAGG-------TCAGCATAGTTTGC--AAGAAGATAACCGCATAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAACAACAAA--A-AAA---TGGTGGTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136060 : ATTTA---CTGAATTGTG---TGATATATA-TGG--------------ACCTTGAAACATTTCTGTAT--G--CAGTGTTT-AGGTGGAT----TTAAGTTTTTAAACTT-------------TGG------------TCA--ATATTCTGTCAAAGATGATGCCCGTCCAGGTAGAGCCTAAACCTCTGTT------ACCAAGGC-CAACATCGTTGTTGTTAAGGTTGTGGTAGAAGA
gi|136061 : atatAGATTTAAT-CTAGAATATA---CCGCACCTA-TG----------------TCGT--TACTTT-----GA--GAACAGTTTTA-AGACGGGT----A-AAG-----AAATTCAA------C-A-GTGG-------------TAAAATGACCCTA--AAGAAGACAACCGCGCAGGCAG-G-TTG-----TTA-TATATTAACAAA
gi|136062 : tGATTTATT-CTGAATTCTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTT--T--ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGGT---G-G-GTG-------------TCAGTACAGCCTGC--AAGAAGATAACTGCCCAGGCAG-GTCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGCA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136063 : ATTTATA-CTGATTTATG---TCGTATACA-TAA---TAGTTC--T--ACCGT--AATATT-----TA--GAACAGCTTT--AATTGGGT----T-AAG-----AAATTAAGGG----G-G-GAGG---GG-------TCCGCATAGGTTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGATAA-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGACAAAAACTGGCGCTGTAAGTGCTATGGTAGA
gi|136064 : ATTCATTGTTGAATTATACACTCATGTACAGTGGCTTTATTTCAAT--GTCAT--AGCGAA-----AACTGAACAGTTTTTTCGTCTGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----A-G-G-------G-------TCAGCATGTCCTGC--AAGAAGACAACCGCCCAGGTAG-GTCT------TTGTTGAAGCAACAAAAGA-AAAGGTTGGTGCTGTAAGAGCTACAGTAGAAAAA
gi|136065 : TTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AAAATT--------------GTTTTT-CGTTGGGA----T-AAG-----AAATTTTAGG----G-G-G---------------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGTCCAGGTAA-TCCTG-----TTTTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATTGAAGAAAA
gi|136066 : GT--AACATT-----AA--AAACAGTTTTT-CGCTGGGT----T-AAG-----AAAATTAAGG----G-G-GT--------------TCAACATAACCTGC--AAGAAGATAACCGACCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AACCATTGGTGTTGTTAAA------GTAGAAGA
gi|136067 : AGATTTT-CGCTGGGC----T-AAG-----CAATATAAAG----GCA-ATAA---TG-------T-----TAGTCTGC--AAGTGGGTAACCGTTCTAGCAG-GCATG-----TTGTTGCAGCATCAAAGAA-AAACATTGATACTGTTAAGACAATGGTAGATGAA
blockSeqs : G CAC G CTTT TCT GA TCTGT CT T GAGT T TTTTT TGTGTGGGGGGAGGTG CA A AACCT C
blockSeqs : . . . C AAT . . . . . . . GGCCGGGTGGGGAGG . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . . . . . GCAATAATG . . . .
blockSeqs : . . . T A . . . . . . . GGGTGGGT . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . . . . . GGGAGGGG . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . . . . . CAGTGG . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . . . . . TGGGTG . . . .
blockSeqs : . . . A T . . . . . . . GGGTG . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . . . . . GGGGG . . . .
blockSeqs : . . . C A . . . . . . . GGGAG . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . . . . . AGGGG . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . . . . . GAGG . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . . . . . GGAG . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . . . . . GATT . . . .
blockSeqs : . . . T T . . . . . . . AAGG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GGGG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AGGG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GGGT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TGG . . .
blockSeqs : . . . . GGG
blockSeqCons : GGGG********************
originalCons : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG----G-G-GTGG---GG-------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
finalCons : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGGGGGG--------------------TCAGCATAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 333 2 4444 33333 22 55555 22 1 4444 1 44444 44444444444444444444444444444444 4444 22 2 55555 2
lowQualScore : . ... . .... ..... .. ..... .. . .... . ..... ................................ .... .. . ..... .
lowQualScore : 1 777 1 1111 33333 88 00000 88 9 0000 9 88888 33333333333333333333333333333333 0000 88 0 00000 1
consensus : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG--------GG-----------G----G-----TCAGCA----TAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
Reference ( family-773 ) : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG--------GG-----------G----G-----TCAGCA----TAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136047 : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---ACGTATGCA-TGA---AAGTTC--T--ACTGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG--------GG-----------GTGGGG-----TCAGCA----TAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCAAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGTAACAAAGGA-AAACATTAGTGCTGTTAGAGCTATTGTAGAAGAA
gi|136048 : AAAATAGATTTAAT-CTGAATTGTG---TCATATACG-TGA---CAGTTC--T--ACCGT--AATATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGTGAGTT-AAA-----AAAAATAAGA--------GG-----------GT---G-----TCAGAA----TAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAAGTAG-GTCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGAA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTA-G--AGAAGA
gi|136049 : AAAAGAGATTTATT-CTGAAATGTG---TCTTATACA-TGA---TAGTTC--A--ACCAT--AACATT-----AA--GAATAGTATTT-CGTTAGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG--------GA-----------G----G-----TCAGAA----TAGCCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAATGA-AAACATTGATGCTGTTAGATCTATGGCAGAAGAA
gi|136050 : AAAAAAGATTTATT-CTGAATTGTT---TTGTATACA-TGA---TAGCTC--TCTATCAT--AACTTT-----TA--GAATAGTTTTT-TGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG--------GG-----------A----G-----TCAGCA----TAGCCTTC--AAGAAGACAACTGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGTAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGA
gi|136051 : AAAATAAATTTATT--TGAATTGTG---CCATATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACATA-----AA--GAACAGCTTTT-CGTTGGGT----T-CAG-----AAATTAAAGG--------GGG----------G----G-----TCAGCA----TAGCCTGC--ATGAAGGTTATCGCCCAGGTAG-TCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-TAACATTGGTGCTGTAAGAGCTATAGTAGAAGA
gi|136052 : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---CCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AACGTT-----AA--GAACAGTTTT------GGGA----T-AAG-----ACATCTAAGGTGTGTGGGGG-----------GAGGTG-----TCAGTA----TAGCCTGC--AAGAAGATTACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTACAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136053 : AAAAGAGATTTATT-GTAAACTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ATCGT--AATATT-----AG--GAACAGTTTGT-TGTTTGGT----T-AAG-----AAATTGAAGA--------GA-----------T----T-----TCAGCA----TAGACTTC--AAGAAGATAACCGCCCAAGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACCAAGGA-AAACATTGATGCTGTTACAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136054 : AAAATAGATTTATT-TTGAATTTTG---TCGTATATA-TTA---AAGTTC--T--ACCGT--AACAGT-----AA--GAACAGTTGTT-CGTTGATT----T-AAG-----AAATTTAAGG--------GG-----------GT---GGGT--TCAGCA----TCGTCTGC--AAGAATAAAATAGCCTATGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGG--AAACATTGGTTCTGTTAGAGCTATGGTTGAAGAA
gi|136055 : AAAGTGATTTATG-CTGAATTGT-------------------------------ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGCGT----T-AAT-----AAATTTAAGG--------GG-----------GA---G-----TCAGCA----TAGCCTGC--AAGAAGATAACCTCCCAGGTAG-GCTTG-----TTGTTACAGCAACTTAGGA-AAACATTGATGCTGTTAGAGGTGTGGTAGAAGAA
gi|136056 : AAAGGAGGTTAATT-CTGAATTGTG---CCGTATACA-TGA---TAGTTT--T--ACGAT--AACATT-----TA--TAACATTATTT-CGTTGGGT----T-AAA-----AAATTTAAGG--------AA-----------G----G-----TCAGCT----CAGCCTGC--AATAAGATAACCGCCCAGGTAG-A-CTG-----TTGTTGTAGCAACAAAGGA-AATCATTG---------GAGCTATAGTAAAAGAA
gi|136057 : AAAAGAGATATATT-CTAAATTGTG---TCGTTTATA-TGA---CAGTTA--A--ACTGT--A---TT-----A----------------------T----T-ATG-----AAATTTACGGA-------GG-----------G----G-----TCTGCA----TAACCTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGGTAG-GCCTG-----TTTTTGCAGCAACAAAGAA-AAGCATTGTTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136058 : AAAAGAGATTTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-CGA---TAGTCC--T--ATCGT--AACATT-----AA--GAATAGTTTTT-CGCTGAAT----T-AAG-----AAACTAAAGG--------GG-----------G----G-----TCAGCA----AAG
gi|136059 : AAAGAGATTTACT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--ATCATA-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG--------GGCCGGGTGGGGAG----G-----TCAGCA----TAGTTTGC--AAGAAGATAACCGCATAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAACAACAAA--A-AAA---TGGTGGTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136060 : ATTTA---CTGAATTGTG---TGATATATA-TGG--------------ACCTTGAAACATTTCTGTAT--G--CAGTGTTT-AGGTGGAT----TTAAGTTTTTAAACTT-------------T-----------G----G-----TCA--A----TATTCTGTCAAAGATGATGCCCGTCCAGGTAGAGCCTAAACCTCTGTT------ACCAAGGC-CAACATCGTTGTTGTTAAGGTTGTGGTAGAAGA
gi|136061 : atatAGATTTAAT-CTAGAATATA---CCGCACCTA-TG----------------TCGT--TACTTT-----GA--GAACAGTTTTA-AGACGGGT----A-AAG-----AAATTCAACA--------GT-----------G----G-----T-AAAA----TGACCCTA--AAGAAGACAACCGCGCAGGCAG-G-TTG-----TTA-TATATTAACAAA
gi|136062 : tGATTTATT-CTGAATTCTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTT--T--ACCGT--AACATT-----AA--GAACAGTTTTT-CGTTGGGT----T-AAG-----AAATTTAAGGT-------GG-----------GT---G-----TCAGTA----CAGCCTGC--AAGAAGATAACTGCCCAGGCAG-GTCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGCA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATGGTAGAAGAA
gi|136063 : ATTTATA-CTGATTTATG---TCGTATACA-TAA---TAGTTC--T--ACCGT--AATATT-----TA--GAACAGCTTT--AATTGGGT----T-AAG-----AAATT-AAGG--------GG-----------G----GAGGGGTCCGCA----TAGGTTGC--AAGAAGATAACCGCCCAGATAA-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGACAAAAACTGGCGCTGTAAGTGCTATGGTAGA
gi|136064 : ATTCATTGTTGAATTATACACTCATGTACAGTGGCTTTATTTCAAT--GTCAT--AGCGAA-----AACTGAACAGTTTTTTCGTCTGGT----T-AAG-----AAATTTAAGG--------AG-----------G----G-----TCAGCA----TGTCCTGC--AAGAAGACAACCGCCCAGGTAG-GTCT------TTGTTGAAGCAACAAAAGA-AAAGGTTGGTGCTGTAAGAGCTACAGTAGAAAAA
gi|136065 : TTATT-CTGAATTGTG---TCGTATACA-TGA---TAGTTC--T--ACCGT--AAAATT--------------GTTTTT-CGTTGGGA----T-AAG-----AAATTTTAGG--------GG----------------G-----TCAGCA----TAGCCTGC--AAGAAGATAACCGTCCAGGTAA-TCCTG-----TTTTTGCAGCAACAAAGGA-AAACATTGGTGCTGTTAGAGCTATTGAAGAAAA
gi|136066 : GT--AACATT-----AA--AAACAGTTTTT-CGCTGGGT----T-AAG-----AAAATTAAGG--------GG-----------G----T-----TCAACA----TAACCTGC--AAGAAGATAACCGACCAGGTAG-GCCTG-----TTGTTGCAGCAACAAAGGA-AACCATTGGTGTTGTTAAA------GTAGAAGA
gi|136067 : AGATTTT-CGCTGGGC----T-AAG-----CAATATAAAG--------G------------------------CAATAATGTTAGTCTGC--AAGTGGGTAACCGTTCTAGCAG-GCATG-----TTGTTGCAGCATCAAAGAA-AAACATTGATACTGTTAAGACAATGGTAGATGAA