lowQualScore                  :                                                                   11                                                                1    1    
lowQualScore                  :                       6     3  6  0    7           8 1      22  1 11   3333   444444    6  1  999999999999                   1      6    6    
lowQualScore                  :                       .     .  .  .    .           . .      ..  . ..   ....   ......    .  .  ............                   .      .    .    
lowQualScore                  :                       0     6  7  5    6           6 4      00  4 88   0000   111111    9  4  777777777777                   8      9    8    
consensus                     :                   ACTTGTAAATNACNAGCAATTTCTGGGAACTAG-A-TTCATA--CA-A--GCT----AAT------TAGC-TT-TT----T-------TCTAAATCCCAATTCTTAG-AATTGTTTGTCATTTA
Reference ( gi|31310 )        :                   ACTTATAAATGACTAGTAATTTCTGGGAACTAG-A-TTCATA--CA-A--GCT----AAT------TAGC-TT-TT----T-------TCTAAATCCCAATTCTTAG-AATTGTATGTCTTTTA
gi|31309                      :                   ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGAGAGCTAG-A-TTCATA--CA-A--GCT----AAT------TAGC-TT-TTTTTCT-------TCTTAATCCCAATTCTTAG-AATTGTTTGTCATTTA
gi|31306                      :                   ATTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAG-A-TTCATA--CA-A--GCT----TAT------TAACTTT-TT----T-------TCTAAATCCCAATTCTTAG-AATTGTTTGTCATTTA
gi|31308                      :                   ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAA-A-TTCATA--CA-A--GCT----AAT------TACCTTT-TT----T-------TCTAAATCCTAATTCTTAG-CATTGTTTGTCATTTA
gi|31307                      :                   ACTTGTATATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTGG-A-TTCATT--CA-A--GCT----TAT------TAGCTTT-TT----T-------TCTAAATCCCAATTCTTAG-AATTGTTTGTCATTTA
gi|31311                      :                   ACTTGGAAATCACCAGCAATTTCTCAGAACTAG-A-TTCATA--CA-A--GCT----AAT------TAGC--T-GT----T-------TCTAAATCCCAATTCTTAG-AATTGTTTGCCATTTA
gi|31312                      :                   ACTTGTATATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAA-A-T----------A--GCT----AAT------TAGC-TT-AT----T-------TCTAAATCCCAATTCTTAG-AATTGTTTGTCATTTA
gi|31313                      :                   ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGAGAGCTAA-T-TTCATA--CA-A--GCT----AAT------TAGC-TG-TT----T-------TGTAAATCCAAATTCTAGG-AATTGTTTGTCATT
gi|31314                      :                   ACATGTAAATAAATAG-AA---CTGGGAACTAG-A-TTCAAA--CC-A--GCTTTAAAATCGGAAATAGC-TT-TT----A-------TCCAAATCCCAATTTTTAG-CAGTGTTTGTC
gi|31315                      :                     TTGTATATCATTAGTGATGTCTGGGAACTAG-A-ATCATA--CA-A--GCT----CAT------TAGTGTT-TT----T-------TCTAAATCCCATTCCTTAG-AA-TATTTGTCGTTTa
gi|31316                      :                     TTGTAAATCAATAGCAGTTTCTGGGAACTAG-A-TTCATT--CA-A--GCT----AAC------TAGC-TTGTT----T-------TTT---TT----TTCT--G-AATTGTTTGTCATTT
gi|31322                      :                        TAAATGACAAACAATT-CTAAGAATTGGGA-TTTAGA--AA-AAAGCT----AAT------TAGC-TT-GTA---TGAA----TCTAGCTCCCA
gi|31311                      :                        TAAATGGCAAACAATT-CTAAGAATTGGGA-TTTAGA--AACA--GCT----AAT------TAGC----TT----G-------TATGAAT-CTAGTTCTGAGAAATTG
gi|31321                      :        acttggaaatcaccagTAAATGACAGACAATT-CTAAGAATTGG-AATTTAGA--AA-AAAGCT----AAT------TAGC-TT-
gi|31312                      :  tttcttggagctagattcatacTAAATGACAAACAATT-CTAAGAATTGGGA-TTTAGAAATA-A--GCT----AAT------TAGC-TA-TT--------------TAGCTCCCA
gi|31324                      : acttgtatatcaccagtaatttcTAAATGACAAGCAATT-CTAAGAATTGGGA-TTCAGA--AA-AAAGCT----AAT------TAGC-TT-
gi|31325                      :         gagctagattcatacTAAATGACAAACAGTT-CTAAGAATTGGGA-TTTAGA--AA-AAAGCT----AAT------TAGC-TT-
gi|31326                      :          agcttgattcatacTAAATGACAAACAATT-CTAAGAATTAGGA-TTTAGA--AA-AAAGCT----AAT------TAGC-TT-
gi|31318                      :                 attcatacAAATAACTGGTAACTTCCGGGAACCAG-A-TTTATA--CA-A--GCT----CAT------CAAC-
gi|31313                      :                          AATGACAAACAATTCCTAGAATTTGG-A-TTTACA--AA-ACAGCT----AAT------TAGC-TT-GT----A-------T-GAAAT--TAGCTCTCAG-AA
gi|31319                      :      acttgtaaatcaccagtaatAATAACTGGTTACTTTTGGCAACCAG-A-TTTATA--CA-A--GCT----TAT------CAACATT-TT----T-------TCTAAATCACAATCCTTAA-AA
gi|31320                      :                                   TAATCTCTGAG--CTAG-A-TTCATA--CA-A--GCT----AAT------TAGC-TT-TT----T-------TCTAAATCCCAATTCTAAG-AATTGTTTGTTATTTA
gi|31321                      :                                      TTTCTTGGAGCTAG-A-TTCATA--CA-A--GCT----AAT------TAGC-TT-TT----T-------TCTAAATTCCAATTCTTAG-AATTGTCTGTCATTTA
gi|31317                      :                                        TCTGCGAACTAA-G-TTCATA--CA-A--GCT----ATT------TACA-TT-TT----TTTCCCTCTCTAAATCCCATTTCTTTG-AATTGTTTGT
gi|31322                      :                                 taaatcaaaTGGGAGCTAG-A-TTCATA--CA-A--GCT----AAT------TAGC-TT-TT----T-------TCTAAATCCCAATTCTTAG-AATTGTTTGTCATTTAgatt
gi|31323                      :                                          TGGGAACTAG-A-TGCCTA--CA-A--ACT----TAT------AACC-TT-TT----T-------TCTAAATCTCATTTTTTTG-CAATGTTTGTCGTTT
gi|31324                      :                                             GAGCTAG-A-TTCATA--CA-A--GCT----AAT------TAGC-TT-TT----T-------TCTGAATCCCAATTCTTAG-AATTGCTTGTCATTTA
gi|31325                      :                                              AGCTTG-A-TTCATA--CA-A--GCT----AAT------TAGC-TT-TT----T-------TCTAAATCCCAATTCTTAG-AACTGTTTGTCATTTA
gi|31326                      :                                                    -A-TTCATA--CA-A--GCT----AAT------TAGC-TT-TT----T-------TCTAAATCCTAATTCTTAG-AATTGTTTGTCATTTA
gi|31327                      :                                                                                      AGC-TT-TT----T-------TCTAAATCCCAATTCTTAG-AATTATTTGTCATTTA





Alignments
lowQualScore                  :              1  1  6                             4444   555555    7 1 1  4444  6666666                                  
lowQualScore                  :              .  .  .                             ....   ......    . . .  ....  .......                                  
lowQualScore                  :              0  0  2                             0000   555555    3 9 9  0000  2222222                                  
consensus                     :    ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-T-T-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
Reference ( family-768 )      :    ACTTGTAAATNACNAGCAATTTCTGGGAACTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-T-T-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31306                      :    ATTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----TAT------TAACTT-T-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31307                      :    ACTTGTATATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTGGATTCATTCAAGCT----TAT------TAGC-TTT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31308                      :    ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAAATTCATACAAGCT----AAT------TACCTT-T-TT----TT-------CTAAATCCTAATTCTTAGCATTGTTTGTCATTTA
gi|31309                      :    ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGAGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-T-T-TTTTTCTT-------CTTAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31310                      :    ACTTATAAATGACTAGTAATTTCTGGGAACTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-T-T-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTATGTCTTTTA
gi|31311                      :    ACTTGGAAATCACCAGCAATTTCTCAGAACTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC---T-GT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGCCATTTA
gi|31312                      :    ACTTGTATATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAAAT-------AGCT----AAT------TAGC-T-T-AT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31313                      :    ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGAGAGCTAATTTCATACAAGCT----AAT------TAGC-T-G-TT----TT-------GTAAATCCAAATTCTAGGAATTGTTTGTCATT
gi|31314                      :    ACATGTAAATAAATAG-AA---CTGGGAACTAGATTCAAACCAGCTTTAAAATCGGAAATAGC-T-T-TT----AT-------CCAAATCCCAATTTTTAGCAGTGTTTGTCA
gi|31315                      :      TTGTATATCATTAGTGATGTCTGGGAACTAGAATCATACAAGCT----CAT------TAGTGT-T-TT----TT-------CTAAATCCCATTCCTTAGAA-TATTTGTCGTTT
gi|31316                      :      TTGTAAATCAATAGCAGTTTCTGGGAACTAGATTCATTCAAGCT----AAC------TAGC-T-TGTT----TT-------TT---TT----TTCT--GAATTGTTTGTCATTT
gi|31317                      :                         TCTGCGAACTAAGTTCATACAAGCT----ATT------TACA-T-T-TT----TTTCCCTCTCTAAATCCCATTTCTTTGAATTGTTTGTGATT
gi|31318                      : taaatcaaaAAATAACTGGTAACTTCCGGGAACCAGATTTATACAAGCT----CAT------CAAC-
gi|31319                      :           AATAACTGGTTACTTTTGGCAACCAGATTTATACAAGCT----TAT------CAACAT-T-TT----TT-------CTAAATCACAATCCTTAAAA
gi|31320                      :                     AATCTCTGAG--CTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-T-T-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTAAGAATTGTTTGTTATTTA
gi|31321                      :                      tTTTCTTGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-T-T-TT----TT-------CTAAATTCCAATTCTTAGAATTGTCTGTCATTTA
gi|31322                      :                           TGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-T-T-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31323                      :                           TGGGAACTAGATGCCTACAAACT----TAT------AACC-T-T-TT----TT-------CTAAATCTCATTTTTTTGCAATGTTTGTCGTTT
gi|31324                      :                              GAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-T-T-TT----TT-------CTGAATCCCAATTCTTAGAATTGCTTGTCATTTA
gi|31325                      :                               AGCTTGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-T-T-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAACTGTTTGTCATTTA
gi|31326                      :                                     ATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-T-T-TT----TT-------CTAAATCCTAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31327                      :                                                                AGC-T-T-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTATTTGTCATTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                               4444   555555    9  1  4444  6666666                                  
lowQualScore                  :                                               ....   ......    .  .  ....  .......                                  
lowQualScore                  :                                               0000   555555    1  9  0000  2222222                                  
consensus                     : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
Reference ( family-768 )      : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31306                      : ATTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----TAT------TAACTTT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31307                      : ACTTGTATATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTGGATTCATTCAAGCT----TAT------TAGCTTT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31308                      : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAAATTCATACAAGCT----AAT------TACCTTT-TT----TT-------CTAAATCCTAATTCTTAGCATTGTTTGTCATTTA
gi|31309                      : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGAGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TTTTTCTT-------CTTAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31310                      : ACTTATAAATGACTAGTAATTTCTGGGAACTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTATGTCTTTTA
gi|31311                      : ACTTGGAAATCACCAGCAATTTCTCAGAACTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC--T-GT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGCCATTTA
gi|31312                      : ACTTGTATATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAAAT-------AGCT----AAT------TAGC-TT-AT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31313                      : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGAGAGCTAATTTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TG-TT----TT-------GTAAATCCAAATTCTAGGAATTGTTTGTCATT
gi|31314                      : ACATGTAAATAAATAG-AA---CTGGGAACTAGATTCAAACCAGCTTTAAAATCGGAAATAGC-TT-TT----AT-------CCAAATCCCAATTTTTAGCAGTGTTTGTCA
gi|31315                      :   TTGTATATCATTAGTGATGTCTGGGAACTAGAATCATACAAGCT----CAT------TAGTGTT-TT----TT-------CTAAATCCCATTCCTTAGAA-TATTTGTCGTTT
gi|31316                      :   TTGTAAATCAATAGCAGTTTCTGGGAACTAGATTCATTCAAGCT----AAC------TAGC-TTGTT----TT-------TT---TT----TTCT--GAATTGTTTGTCATTT
gi|31317                      :      TAAATCA-----AAT--CTGCGAACTAAGTTCATACAAGCT----ATT------TACA-TT-TT----TTTCCCTCTCTAAATCCCATTTCTTTGAATTGTTTGTGATT
gi|31318                      :       AAATAACTGGTAACTTCCGGGAACCAGATTTATACAAGCT----CAT------CAAC-
gi|31319                      :        AATAACTGGTTACTTTTGGCAACCAGATTTATACAAGCT----TAT------CAACATT-TT----TT-------CTAAATCACAATCCTTAAAA
gi|31320                      :                 TAATCTCTG--AGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTAAGAATTGTTTGTTATTTA
gi|31321                      :                    TTTCTTGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATTCCAATTCTTAGAATTGTCTGTCATTTA
gi|31322                      :                        TGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31323                      :                        TGGGAACTAGATGCCTACAAACT----TAT------AACC-TT-TT----TT-------CTAAATCTCATTTTTTTGCAATGTTTGTCGTTT
gi|31324                      :                           GAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTGAATCCCAATTCTTAGAATTGCTTGTCATTTA
gi|31325                      :                            AGCTTGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAACTGTTTGTCATTTA
gi|31326                      :                                  ATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCTAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31327                      :                                                             AGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTATTTGTCATTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                               4444   555555    9  1  4444  6666666                                  
lowQualScore                  :                                               ....   ......    .  .  ....  .......                                  
lowQualScore                  :                                               0000   555555    1  9  0000  2222222                                  
consensus                     : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
Reference ( family-768 )      : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31306                      : ATTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----TAT------TAACTTT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31307                      : ACTTGTATATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTGGATTCATTCAAGCT----TAT------TAGCTTT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31308                      : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAAATTCATACAAGCT----AAT------TACCTTT-TT----TT-------CTAAATCCTAATTCTTAGCATTGTTTGTCATTTA
gi|31309                      : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGAGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TTTTTCTT-------CTTAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31310                      : ACTTATAAATGACTAGTAATTTCTGGGAACTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTATGTCTTTTA
gi|31311                      : ACTTGGAAATCACCAGCAATTTCTCAGAACTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC--T-GT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGCCATTTA
gi|31312                      : ACTTGTATATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAAAT-------AGCT----AAT------TAGC-TT-AT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31313                      : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGAGAGCTAATTTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TG-TT----TT-------GTAAATCCAAATTCTAGGAATTGTTTGTCATT
gi|31314                      : ACATGTAAATAAATAG-AA---CTGGGAACTAGATTCAAACCAGCTTTAAAATCGGAAATAGC-TT-TT----AT-------CCAAATCCCAATTTTTAGCAGTGTTTGTCA
gi|31315                      :   TTGTATATCATTAGTGATGTCTGGGAACTAGAATCATACAAGCT----CAT------TAGTGTT-TT----TT-------CTAAATCCCATTCCTTAGAA-TATTTGTCGTTT
gi|31316                      :   TTGTAAATCAATAGCAGTTTCTGGGAACTAGATTCATTCAAGCT----AAC------TAGC-TTGTT----TT-------TT---TT----TTCT--GAATTGTTTGTCATTT
gi|31317                      :      TAAATCA-----AAT--CTGCGAACTAAGTTCATACAAGCT----ATT------TACA-TT-TT----TTTCCCTCTCTAAATCCCATTTCTTTGAATTGTTTGTGATT
gi|31318                      :       AAATAACTGGTAACTTCCGGGAACCAGATTTATACAAGCT----CAT------CAAC-
gi|31319                      :        AATAACTGGTTACTTTTGGCAACCAGATTTATACAAGCT----TAT------CAACATT-TT----TT-------CTAAATCACAATCCTTAAAA
gi|31320                      :                 TAATCTCTG--AGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTAAGAATTGTTTGTTATTTA
gi|31321                      :                    TTTCTTGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATTCCAATTCTTAGAATTGTCTGTCATTTA
gi|31322                      :                        TGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31323                      :                        TGGGAACTAGATGCCTACAAACT----TAT------AACC-TT-TT----TT-------CTAAATCTCATTTTTTTGCAATGTTTGTCGTTT
gi|31324                      :                           GAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTGAATCCCAATTCTTAGAATTGCTTGTCATTTA
gi|31325                      :                            AGCTTGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAACTGTTTGTCATTTA
gi|31326                      :                                  ATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCTAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31327                      :                                                             AGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTATTTGTCATTTA


blockSeqs                     :                                               TTAA   CGGAAA    T  G  TTTC  TCCCTCT
blockSeqs                     :                                               .      .         T  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         G  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         A  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                               .      .         .  .  .     .      
blockSeqs                     :                                                                .                  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
finalCons                     : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                               4444   555555    9  1  4444  6666666                                  
lowQualScore                  :                                               ....   ......    .  .  ....  .......                                  
lowQualScore                  :                                               0000   555555    1  9  0000  2222222                                  
consensus                     : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
Reference ( family-768 )      : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31306                      : ATTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----TAT------TAACTTT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31307                      : ACTTGTATATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTGGATTCATTCAAGCT----TAT------TAGCTTT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31308                      : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAAATTCATACAAGCT----AAT------TACCTTT-TT----TT-------CTAAATCCTAATTCTTAGCATTGTTTGTCATTTA
gi|31309                      : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGAGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TTTTTCTT-------CTTAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31310                      : ACTTATAAATGACTAGTAATTTCTGGGAACTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTATGTCTTTTA
gi|31311                      : ACTTGGAAATCACCAGCAATTTCTCAGAACTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC--T-GT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGCCATTTA
gi|31312                      : ACTTGTATATCACCAGTAATTTCTGGGAGCTAAAT-------AGCT----AAT------TAGC-TT-AT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31313                      : ACTTGTAAATCACCAGTAATTTCTGAGAGCTAATTTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TG-TT----TT-------GTAAATCCAAATTCTAGGAATTGTTTGTCATT
gi|31314                      : ACATGTAAATAAATAG-AA---CTGGGAACTAGATTCAAACCAGCTTTAAAATCGGAAATAGC-TT-TT----AT-------CCAAATCCCAATTTTTAGCAGTGTTTGTCA
gi|31315                      :   TTGTATATCATTAGTGATGTCTGGGAACTAGAATCATACAAGCT----CAT------TAGTGTT-TT----TT-------CTAAATCCCATTCCTTAGAA-TATTTGTCGTTT
gi|31316                      :   TTGTAAATCAATAGCAGTTTCTGGGAACTAGATTCATTCAAGCT----AAC------TAGC-TTGTT----TT-------TT---TT----TTCT--GAATTGTTTGTCATTT
gi|31317                      :      TAAATCA-----AAT--CTGCGAACTAAGTTCATACAAGCT----ATT------TACA-TT-TT----TTTCCCTCTCTAAATCCCATTTCTTTGAATTGTTTGTGATT
gi|31318                      :       AAATAACTGGTAACTTCCGGGAACCAGATTTATACAAGCT----CAT------CAAC-
gi|31319                      :        AATAACTGGTTACTTTTGGCAACCAGATTTATACAAGCT----TAT------CAACATT-TT----TT-------CTAAATCACAATCCTTAAAA
gi|31320                      :                 TAATCTCTG--AGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTAAGAATTGTTTGTTATTTA
gi|31321                      :                    TTTCTTGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATTCCAATTCTTAGAATTGTCTGTCATTTA
gi|31322                      :                        TGGGAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31323                      :                        TGGGAACTAGATGCCTACAAACT----TAT------AACC-TT-TT----TT-------CTAAATCTCATTTTTTTGCAATGTTTGTCGTTT
gi|31324                      :                           GAGCTAGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTGAATCCCAATTCTTAGAATTGCTTGTCATTTA
gi|31325                      :                            AGCTTGATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAACTGTTTGTCATTTA
gi|31326                      :                                  ATTCATACAAGCT----AAT------TAGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCTAATTCTTAGAATTGTTTGTCATTTA
gi|31327                      :                                                             AGC-TT-TT----TT-------CTAAATCCCAATTCTTAGAATTATTTGTCATTTA