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Alignments
lowQualScore                  :                                                               11111111               
lowQualScore                  :              3  1 1         3       3               44  22 22 99999999    4444   0   
lowQualScore                  :              .  . .         .       .               ..  .. .. ........    ....   .   
lowQualScore                  :              6  8 8         6       6               33  66 66 88888888    0000   6   
consensus                     : TTATTATACCCCC-AG-A-TACAAAGTA-TATGGGG-GCTATATAGGAGTCG-CGC--T--C--------GTCC----GTCCGTC
Reference ( family-764 )      : TTATTATACCCCC-AG-A-TACAAAGTA-TATGGGG-GCTATATAGGAGTCG-CGC--T--C--------GTCC----GTCCGTC
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gi|120304                     : TTATTATACCCAA-AG-A-TACAAAGTA-TATGGGG-GCTATATAGGAGTCG-TGC--T--C--------GTCC----GTACGTC
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gi|120311                     : TTGTTACACCCCC-AG-A-TACAAAGTA-TATGGGG-CCCATATAGGATTCA-TAT--T--T--------GTCC----GTC
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gi|120314                     : TTAGTATACTCCC-AG-A-TATAAAGTA-CATGAGG-TCCATATTGGAGTCA-CAT--C--T--------ATCT----GTCTGT
gi|120315                     : TTTTTATACCCCC-CG-AACACAAAGTGTTAGGGGG-GGTATACTAGATTCA--GC--T--T--------GTCC----GTCTGTC
gi|120316                     : TTATTATACCCCCGAC-A-AACAAAGTT-TGAGGGG-G-TATATTGGAGTCA-CCCTGT--G--------GTCG----GTCTGTC
gi|120317                     : TCATTATACCCCA-AG-A-TACAAAGTA-TATAGGG-GTT
gi|120318                     : TTATTATACCCCCGAC-A-AACGAAGTT-TTTAGGG-GGTATATTGGAGTCA-CCC--TGAG--------GTCG----GTCTGTC
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gi|120320                     :   ATTATACCCCC-AG-A-TACAAAGTA-TATGGGG-ACTATATAAGAGTTG-CGC--T--C--------GTTG----GTC
gi|120321                     :   ATTATATTCCC-AG-A-ACCAAAGTA-TATGGGG-GCTATATAGGAGTTG-TGC--T--CTTTGATTGGTCC----GTACGTC
gi|120322                     :   ATTATACACCC-AG-A-TATAAAGTA-TATGGGG-GCTATAAATATGCCG-CGC--T--C--------GTCC----GTCTGT
gi|120323                     :   ATTATAACCCC-AC---TACAAAGTA-TACCGGG-GCTATATAGGAGTCG-TAC--T--CATGG----GTCC----GTCCATC
gi|120324                     :    TTATATCCCC-AG-A-TACAAAGTA-TATGGGG-GCTTTATAGGAGTCA-CGC--T--T--------GTCCCTCTGTCCGTC