lowQualScore : 11 1111 1111111
lowQualScore : 6 4444 4444 66 3 77 0 33 2222 6 1111111 555 0
lowQualScore : . .... .... .. . .. . .. .... . ....... ... .
lowQualScore : 7 0000 0000 22 9 44 7 22 5555 7 8888888 000 8
consensus : GAGAGTGAAGTCA----AT----TTATGCTACG-CTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGNTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTT-AACG--ACAN--AAAACATG-T-TNCTA---ATTCTCACAAA
Reference ( gi|24138 ) : GAGAGTGAAGTAA----AT----TTATGCTACA-GTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTA-AACG--ACAA--AAAACGTG-T-TACTA---ATTCTCACAAA
gi|24139 : GAGAGTGAAGTAA----ATGTATTTATGCTACA-GTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTAAGATTAATTCATATCATTTCATGAT--AACG--AC-A--AAAACATG-T-TACTA---ATTCTCACAAA
gi|24137 : GAGAGTGAAGTCA----AT----TTATGCTACA-GTAAGACGTCTGCAAAGGATGATTGGTTGTCATTAAGGTTATTTCACACCATTTCATGTTC-AACG--ACAA--AAACCTGG-T-T-CTA---ATTCTCACAAA
gi|24135 : GAGAATGAAGTAA----AT----TTATGCTACA-GTAAAGCGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCAAATCATTTCATGTTT-AAAG--AC-T--AAAACATG-G-TTCTA---ATTCTCACAAA
gi|24143 : GAGAGTGAAGTCA----AT----TTATGCTATT-CTAAGACAGCTGTAAAGGATGATTGATTGTCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTT-AACG--ACAA--AAAGCATG-G-TTCTA---ATTCTCACAAA
gi|24136 : GAGAGAAAAGTAA----AT----TTAGGCTACA-GTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATTGTTATTTAAAATCATTTCATGTTT-AAAG--AC-T--AAAACATG-G-TTCTA---ATTCTCACAAA
gi|24147 : GAGAGTGAAGCCA----AT----TTATGCTACG-TTAAGATATCTGTAAAGGATGATTTATTGCCATTATGATTATTTCTTATTATTTCATGTTA-AATG--ACAC--AAAACATG-TATATAA---ATTCTC
gi|24145 : GAGAGTGAAGTTA----AT----TTATGCTACA-CTAAGATATCTGTTAAGGATGATTGCTTGCCATTATGGTTATTTTATATCATTTCAT-TTACAACA--ACAC--AAAAC--------------ATTCTCATAAA
gi|24140 : GAGAGTGAAGTAA----AT----TTATGCTACAGGTATG-CGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGACATTATGGTTATTTCAAATCATTTCATGTTT-AAAG--ACTA--AAAttatcagaaa
gi|24146 : GAGAATGTAGCCA----AT----TTATGCTACA-CTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGTTTGCCATTTTGGTTATTTTATATCATTTTATATTT-AA-G--ACTG--AAAGCATG-C-TTCTA---ATTCTCAGAAAtatggnnnnnnnnnnttcaaa
gi|24144 : GAGAGTGAAGTCC----AT----TTATGCTACG-CTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGATTGTTATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTT-AACA--A-AC--AATACATG-T-T
gi|24141 : GAGAGTGAAG-AAGTCCAT----TTATGCTACG-TTAAGACATCTGTAAAGGATAATTGATTGCCATTATGGTTATTACTGATCATTTCATGTTT-AACA--ACAAACAAAATGTG---AAGAA---ATTCTCAGAAAt
gi|24148 : GAGAGTGAAGCCA----AT----TTATACTATG-CTAAGACATCTGTAAAAGATTATTTCTTACCATAACGGTTATTTCTTATCATTTCCTGTTT-AACG--ACAT--AAAATATG-
gi|24142 : GAGAGTAAAGTAA----AT----TTATGTTACA-GTAAGACGTCTGTAAAGGATGA
gi|24149 : AGAGTGAAATAA----AT----TTATGCTACA-GTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCATAGCATTTCATGTTC-CATG--AC-A--AAAACATG-T-TACTT---ACTCTCACAAA
gi|24150 : GAATGAAGTCA----AT----TTATGCTACA-GTAAGACGTCTGTAAAAGATGATTGATTACCATTAGTGTTATTTCAAATAAGTTCATGTTT-AGAG--ACTA--AAAACATG-G-TTTTA---ATTCTCACAAA
gi|24152 : GAGTGAAGCCA----AT----TTGTGTTACA-CTAAGACATGTGTTAAAAATGATTGATTACCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTT-GACG--ACAC--AAAGCATG-T-T--TAAATATTCTCAGAAA
gi|24151 : GAATGAAGTCA----AT----TTATGCTACA-GTAAGACGTCTGTAAAAGATGATTGATTGCCATTATTGTTATTTCAAATAATTTCATGTT
gi|24153 : GAGTGAAGCCT----AT----TTATGCTACA-CTAAGACATATGTAAAGGATGATTGTTTGCCATTATGGTTA---CATATCAATTCtaga
gi|24154 : GAGTGAAGACA----AT----TTATGCTACG-CTAAGCCATCTGTAAAGGATTATTTCTTACCATAATGGT
gi|24155 : AGTGAAATCA----AT----TAATGCTATT-CTAAGACATCTGTAAAGGGTGATTGATTGCCATTATGGTTATTATATATCATTTCATGTTT-AACGACACAA--AAAATGT--T-TATAA---ATTATCAGAAA
gi|24156 : A----AT----TTATGCTACA-CTAAGATGTCTGTTAAGGATGATTGCTTACCACTATGGTTATTTCATATCATTTCATATTT-AACG--ACAA--AAAACATGTT-TATAA---ATTATCAGAAA
Alignments
lowQualScore : 1
lowQualScore : 333 3333 777 1 0 99 22 44 0 444 0
lowQualScore : ... .... ... . . .. .. .. . ... .
lowQualScore : 333 9999 111 0 1 66 99 11 7 777 7
consensus : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-GNTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGNTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACANAAAACATGT-TTCT-A---ATTCTCACAAA
Reference ( family-759 ) : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-GCTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGNTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACANAAAACATGT-TNCT-A---ATTCTCACAAA
gi|24135 : GAGAATGAAG---TAAAT----TTATGCTAC-AGTAAAGCGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCAAATCATTTCATGTTTAAAGAC-TAAAACATGG-TTCT-A---ATTCTCACAAA
gi|24136 : GAGAGAAAAG---TAAAT----TTAGGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATTGTTATTTAAAATCATTTCATGTTTAAAGAC-TAAAACATGG-TTCT-A---ATTCTCACAAA
gi|24137 : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGCAAAGGATGATTGGTTGTCATTAAGGTTATTTCACACCATTTCATGTTCAACGACA-AAAACCTGG-TTCT-A---ATTCTCACAAA
gi|24138 : GAGAGTGAAG---TAAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTAAACGACAAAAAACGTGT-TACT-A---ATTCTCACAAA
gi|24139 : GAGAGTGAAG---TAAATGTATTTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTAAGATTAATTCATATCATTTCATG-ATAACGACA-AAAACATGT-TACT-A---ATTCTCACAAA
gi|24140 : GAGAGTGAAG---TAAAT----TTATGCTACAGGTATG-CGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGACATTATGGTTATTTCAAATCATTTCATGTTTAAAGAC-TAAAATATG
gi|24141 : GAGAGTGAAGAAGTCCAT----TTATGCTAC-GTTAAGACATCTGTAAAGGATAATTGATTGCCATTATGGTTATTACTGATCATTTCATGTTTAACAACAAACAAAATGT-GAAGAA---ATTCTCAGAAAgnnnnnnnnnnttcaaa
gi|24142 : GAGAGTAAAG---TAAAT----TTATGTTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGA
gi|24143 : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAT-TCTAAGACAGCTGTAAAGGATGATTGATTGTCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACAAAAAGCATGG-TTCT-A---ATTCTCACAAA
gi|24144 : GAGAGTGAAG---TCCAT----TTATGCTAC-GCTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGATTGTTATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACAA-ACAATACATGT-T
gi|24145 : GAGAGTGAAG---TTAAT----TTATGCTAC-ACTAAGATATCTGTTAAGGATGATTGCTTGCCATTATGGTTATTTTATATCATTTCATTTACAACAACACAAAACATTC-TCATAA---ATTATCAGAAAt
gi|24146 : GAGAATGTAG---CCAAT----TTATGCTAC-ACTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGTTTGCCATTTTGGTTATTTTATATCATTTTATATTTAA-GACTGAAAGCATGC-TTCT-A---ATTCTCAGAAA
gi|24147 : GAGAGTGAAG---CCAAT----TTATGCTAC-GTTAAGATATCTGTAAAGGATGATTTATTGCCATTATGATTATTTCTTATTATTTCATGTTAAATGACACAAAACATGTATATA-A---ATTCTC
gi|24148 : GAGAGTGAAG---CCAAT----TTATACTAT-GCTAAGACATCTGTAAAAGATTATTTCTTACCATAACGGTTATTTCTTATCATTTCCTGTTTAACGACATAAAATATG
gi|24149 : AGAGTGAAA---TAAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCATAGCATTTCATGTTCCATGACA-AAAACATGT-TACT-T---ACTCTCACAAA
gi|24150 : GAATGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAAGATGATTGATTACCATTAGTGTTATTTCAAATAAGTTCATGTTTAGAGACTAAAAACATGG-TTTT-A---ATTCTCACAAA
gi|24151 : GAATGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAAGATGATTGATTGCCATTATTGTTATTTCAAATAATTTCATGTTTA
gi|24152 : GAGTGAAG---CCAAT----TTGTGTTAC-ACTAAGACATGTGTTAAAAATGATTGATTACCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTGACGACACAAAGCATGT-T--T-AAATATTCTCAGAAAga
gi|24153 : GAGTGAAG---CCTAT----TTATGCTAC-ACTAAGACATATGTAAAGGATGATTGTTTGCCATTATGGTTA---CATATCAATTC
gi|24154 : GAGTGAAG---ACAAT----TTATGCTAC-GCTAAGCCATCTGTAAAGGATTATTTCTTACCATAATGGT
gi|24155 : AGTGAAA---TCAAT----TAATGCTAT-TCTAAGACATCTGTAAAGGGTGATTGATTGCCATTATGGTTATTATATATCATTTCATGTTTAACGACACAAAAAATGT-TTATAA---ATTATCAGAAA
gi|24156 : AAT----TTATGCTAC-ACTAAGATGTCTGTTAAGGATGATTGCTTACCACTATGGTTATTTCATATCATTTCATATTTAACGACAAAAAACATGT-TTATAA---ATTATCAGAAA
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 333 3333 555 1 0 99 2 2 77777 2 0
lowQualScore : ... .... ... . . .. . . ..... . .
lowQualScore : 333 9999 333 0 1 66 5 7 33333 7 7
consensus : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-GNTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGNTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACANAAAACATGTTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
Reference ( family-759 ) : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-GNTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGNTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACANAAAACATGTTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24135 : GAGAATGAAG---TAAAT----TTATGCTAC-AGTAAAGCGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCAAATCATTTCATGTTTAAAGAC-TAAAACATGGTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24136 : GAGAGAAAAG---TAAAT----TTAGGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATTGTTATTTAAAATCATTTCATGTTTAAAGAC-TAAAACATGGTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24137 : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGCAAAGGATGATTGGTTGTCATTAAGGTTATTTCACACCATTTCATGTTCAACGACA-AAAACCTGGTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24138 : GAGAGTGAAG---TAAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTAAACGACAAAAAACGTGTTAC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24139 : GAGAGTGAAG---TAAATGTATTTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTAAGATTAATTCATATCATTTCATG-ATAACGACA-AAAACATGTTAC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24140 : GAGAGTGAAG---TAAAT----TTATGCTACAGGTATG-CGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGACATTATGGTTATTTCAAATCATTTCATGTTTAAAGAC-TAAAATATG
gi|24141 : GAGAGTGAAGAAGTCCAT----TTATGCTAC-GTTAAGACATCTGTAAAGGATAATTGATTGCCATTATGGTTATTACTGATCATTTCATGTTTAACAACAAACAAAATG-----TGAAGAA-ATTCTCAGAAAgnnnnnnnnnnttcaaa
gi|24142 : GAGAGTAAAG---TAAAT----TTATGTTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGA
gi|24143 : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAT-TCTAAGACAGCTGTAAAGGATGATTGATTGTCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACAAAAAGCATGGTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24144 : GAGAGTGAAG---TCCAT----TTATGCTAC-GCTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGATTGTTATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACAA-ACAATACATGTTT
gi|24145 : GAGAGTGAAG---TTAAT----TTATGCTAC-ACTAAGATATCTGTTAAGGATGATTGCTTGCCATTATGGTTATTTTATATCATTTCATTTACAACAACACAAAACAT-TCTCATA----A-ATTATCAGAAA
gi|24146 : GAGAATGTAG---CCAAT----TTATGCTAC-ACTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGTTTGCCATTTTGGTTATTTTATATCATTTTATATTTAA-GACTGAAAGCATGCTTC-T-----A-ATTCTCAGAAA
gi|24147 : GAGAGTGAAG---CCAAT----TTATGCTAC-GTTAAGATATCTGTAAAGGATGATTTATTGCCATTATGATTATTTCTTATTATTTCATGTTAAATGACACAAAACATGTATA-TA----A-ATTCTC
gi|24148 : GAGAGTGAAG---CCAAT----TTATACTAT-GCTAAGACATCTGTAAAAGATTATTTCTTACCATAACGGTTATTTCTTATCATTTCCTGTTTAACGACATAAAATATG
gi|24149 : AGAGTGAAA---TAAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCATAGCATTTCATGTTCCATGACA-AAAACATGTTAC-T-----T-ACTCTCACAAA
gi|24150 : GAATGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAAGATGATTGATTACCATTAGTGTTATTTCAAATAAGTTCATGTTTAGAGACTAAAAACATGGTTT-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24151 : GAATGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAAGATGATTGATTGCCATTATTGTTATTTCAAATAATTTCATGTTTA
gi|24152 : GAGTGAAG---CCAAT----TTGTGTTAC-ACTAAGACATGTGTTAAAAATGATTGATTACCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTGACGACACAAAGCATGTTTA-A-----ATATTCTCAGAAAga
gi|24153 : GAGTGAAG---CCTAT----TTATGCTAC-ACTAAGACATATGTAAAGGATGATTGTTTGCCATTATGGTTA---CATATCAATTC
gi|24154 : GAGTGAAG---ACAAT----TTATGCTAC-GCTAAGCCATCTGTAAAGGATTATTTCTTACCATAATGGT
gi|24155 : AGTGAAA---TCAAT----TAATGCTAT-TCTAAGACATCTGTAAAGGGTGATTGATTGCCATTATGGTTATTATATATCATTTCATGTTTAACGACACAAAAAATGTTTA-TA----A-ATTATCAGAAA
gi|24156 : AAT----TTATGCTAC-ACTAAGATGTCTGTTAAGGATGATTGCTTACCACTATGGTTATTTCATATCATTTCATATTTAACGACAAAAAACATGTTTA-TA----A-ATTATCAGAAA
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 333 3333 555 1 0 99 2 2 77777 2 0
lowQualScore : ... .... ... . . .. . . ..... . .
lowQualScore : 333 9999 333 0 1 66 5 7 33333 7 7
consensus : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-GNTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGNTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACANAAAACATGTTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
Reference ( family-759 ) : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-GNTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGNTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACANAAAACATGTTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24135 : GAGAATGAAG---TAAAT----TTATGCTAC-AGTAAAGCGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCAAATCATTTCATGTTTAAAGAC-TAAAACATGGTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24136 : GAGAGAAAAG---TAAAT----TTAGGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATTGTTATTTAAAATCATTTCATGTTTAAAGAC-TAAAACATGGTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24137 : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGCAAAGGATGATTGGTTGTCATTAAGGTTATTTCACACCATTTCATGTTCAACGACA-AAAACCTGGTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24138 : GAGAGTGAAG---TAAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTAAACGACAAAAAACGTGTTAC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24139 : GAGAGTGAAG---TAAATGTATTTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTAAGATTAATTCATATCATTTCATG-ATAACGACA-AAAACATGTTAC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24140 : GAGAGTGAAG---TAAAT----TTATGCTACAGGTATG-CGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGACATTATGGTTATTTCAAATCATTTCATGTTTAAAGAC-TAAAATATG
gi|24141 : GAGAGTGAAGAAGTCCAT----TTATGCTAC-GTTAAGACATCTGTAAAGGATAATTGATTGCCATTATGGTTATTACTGATCATTTCATGTTTAACAACAAACAAAATG-----TGAAGAA-ATTCTCAGAAAgnnnnnnnnnnttcaaa
gi|24142 : GAGAGTAAAG---TAAAT----TTATGTTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGA
gi|24143 : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAT-TCTAAGACAGCTGTAAAGGATGATTGATTGTCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACAAAAAGCATGGTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24144 : GAGAGTGAAG---TCCAT----TTATGCTAC-GCTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGATTGTTATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACAA-ACAATACATGTTT
gi|24145 : GAGAGTGAAG---TTAAT----TTATGCTAC-ACTAAGATATCTGTTAAGGATGATTGCTTGCCATTATGGTTATTTTATATCATTTCATTTACAACAACACAAAACAT-TCTCATA----A-ATTATCAGAAA
gi|24146 : GAGAATGTAG---CCAAT----TTATGCTAC-ACTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGTTTGCCATTTTGGTTATTTTATATCATTTTATATTTAA-GACTGAAAGCATGCTTC-T-----A-ATTCTCAGAAA
gi|24147 : GAGAGTGAAG---CCAAT----TTATGCTAC-GTTAAGATATCTGTAAAGGATGATTTATTGCCATTATGATTATTTCTTATTATTTCATGTTAAATGACACAAAACATGTATA-TA----A-ATTCTC
gi|24148 : GAGAGTGAAG---CCAAT----TTATACTAT-GCTAAGACATCTGTAAAAGATTATTTCTTACCATAACGGTTATTTCTTATCATTTCCTGTTTAACGACATAAAATATG
gi|24149 : AGAGTGAAA---TAAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCATAGCATTTCATGTTCCATGACA-AAAACATGTTAC-T-----T-ACTCTCACAAA
gi|24150 : GAATGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAAGATGATTGATTACCATTAGTGTTATTTCAAATAAGTTCATGTTTAGAGACTAAAAACATGGTTT-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24151 : GAATGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAAGATGATTGATTGCCATTATTGTTATTTCAAATAATTTCATGTTTA
gi|24152 : GAGTGAAG---CCAAT----TTGTGTTAC-ACTAAGACATGTGTTAAAAATGATTGATTACCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTGACGACACAAAGCATGTTTA-A-----ATATTCTCAGAAAga
gi|24153 : GAGTGAAG---CCTAT----TTATGCTAC-ACTAAGACATATGTAAAGGATGATTGTTTGCCATTATGGTTA---CATATCAATTC
gi|24154 : GAGTGAAG---ACAAT----TTATGCTAC-GCTAAGCCATCTGTAAAGGATTATTTCTTACCATAATGGT
gi|24155 : AGTGAAA---TCAAT----TAATGCTAT-TCTAAGACATCTGTAAAGGGTGATTGATTGCCATTATGGTTATTATATATCATTTCATGTTTAACGACACAAAAAATGTTTA-TA----A-ATTATCAGAAA
gi|24156 : AAT----TTATGCTAC-ACTAAGATGTCTGTTAAGGATGATTGCTTACCACTATGGTTATTTCATATCATTTCATATTTAACGACAAAAAACATGTTTA-TA----A-ATTATCAGAAA
blockSeqs : AAG GTAT AGG G AA G A GAAGA T
blockSeqs : . . AG G AA G . A .
blockSeqs : . . AG G AA T . A .
blockSeqs : . . AG G AC T . A .
blockSeqs : . . AG G AC G . A .
blockSeqs : . . GT A TG T . . .
blockSeqs : . . AG A AC T . . .
blockSeqs : . . TC A AT C . . .
blockSeqs : . . GC C TA T . . .
blockSeqs : . . AC T AC T . . .
blockSeqs : . . AC A AC G . . .
blockSeqs : . . GT C AA T . . .
blockSeqs : . . GC G T T . . .
blockSeqs : . . AG A A T . . .
blockSeqs : . . AG A A .
blockSeqs : . . AG A T
blockSeqs : . . AC T A
blockSeqs : . . AC C
blockSeqs : . . GC A
blockSeqs : . . TC C
blockSeqs : . AC
blockSeqCons : AN
originalCons : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-GNTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGNTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACANAAAACATGTTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
finalCons : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-GNTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGNTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACANAAAACATGTTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 333 3333 555 1 0 99 2 2 77777 2 0
lowQualScore : ... .... ... . . .. . . ..... . .
lowQualScore : 333 9999 333 0 1 66 5 7 33333 7 7
consensus : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-GNTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGNTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACANAAAACATGTTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
Reference ( family-759 ) : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-GNTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGNTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACANAAAACATGTTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24135 : GAGAATGAAG---TAAAT----TTATGCTAC-AGTAAAGCGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCAAATCATTTCATGTTTAAAGAC-TAAAACATGGTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24136 : GAGAGAAAAG---TAAAT----TTAGGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATTGTTATTTAAAATCATTTCATGTTTAAAGAC-TAAAACATGGTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24137 : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGCAAAGGATGATTGGTTGTCATTAAGGTTATTTCACACCATTTCATGTTCAACGACA-AAAACCTGGTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24138 : GAGAGTGAAG---TAAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTAAACGACAAAAAACGTGTTAC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24139 : GAGAGTGAAG---TAAATGTATTTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTAAGATTAATTCATATCATTTCATG-ATAACGACA-AAAACATGTTAC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24140 : GAGAGTGAAG---TAAAT----TTATGCTACAGGTATG-CGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGACATTATGGTTATTTCAAATCATTTCATGTTTAAAGAC-TAAAATATG
gi|24141 : GAGAGTGAAGAAGTCCAT----TTATGCTAC-GTTAAGACATCTGTAAAGGATAATTGATTGCCATTATGGTTATTACTGATCATTTCATGTTTAACAACAAACAAAATG-----TGAAGAA-ATTCTCAGAAAgnnnnnnnnnnttcaaa
gi|24142 : GAGAGTAAAG---TAAAT----TTATGTTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGA
gi|24143 : GAGAGTGAAG---TCAAT----TTATGCTAT-TCTAAGACAGCTGTAAAGGATGATTGATTGTCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACGACAAAAAGCATGGTTC-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24144 : GAGAGTGAAG---TCCAT----TTATGCTAC-GCTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGATTGTTATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTAACAA-ACAATACATGTTT
gi|24145 : GAGAGTGAAG---TTAAT----TTATGCTAC-ACTAAGATATCTGTTAAGGATGATTGCTTGCCATTATGGTTATTTTATATCATTTCATTTACAACAACACAAAACAT-TCTCATA----A-ATTATCAGAAA
gi|24146 : GAGAATGTAG---CCAAT----TTATGCTAC-ACTAAGACATCTGTAAAGGATGATTGTTTGCCATTTTGGTTATTTTATATCATTTTATATTTAA-GACTGAAAGCATGCTTC-T-----A-ATTCTCAGAAA
gi|24147 : GAGAGTGAAG---CCAAT----TTATGCTAC-GTTAAGATATCTGTAAAGGATGATTTATTGCCATTATGATTATTTCTTATTATTTCATGTTAAATGACACAAAACATGTATA-TA----A-ATTCTC
gi|24148 : GAGAGTGAAG---CCAAT----TTATACTAT-GCTAAGACATCTGTAAAAGATTATTTCTTACCATAACGGTTATTTCTTATCATTTCCTGTTTAACGACATAAAATATG
gi|24149 : AGAGTGAAA---TAAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAGGATGATTGGTTGCCATTATGGTTATTTCATAGCATTTCATGTTCCATGACA-AAAACATGTTAC-T-----T-ACTCTCACAAA
gi|24150 : GAATGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAAGATGATTGATTACCATTAGTGTTATTTCAAATAAGTTCATGTTTAGAGACTAAAAACATGGTTT-T-----A-ATTCTCACAAA
gi|24151 : GAATGAAG---TCAAT----TTATGCTAC-AGTAAGACGTCTGTAAAAGATGATTGATTGCCATTATTGTTATTTCAAATAATTTCATGTTTA
gi|24152 : GAGTGAAG---CCAAT----TTGTGTTAC-ACTAAGACATGTGTTAAAAATGATTGATTACCATTATGGTTATTTCATATCATTTCATGTTTGACGACACAAAGCATGTTTA-A-----ATATTCTCAGAAAga
gi|24153 : GAGTGAAG---CCTAT----TTATGCTAC-ACTAAGACATATGTAAAGGATGATTGTTTGCCATTATGGTTA---CATATCAATTC
gi|24154 : GAGTGAAG---ACAAT----TTATGCTAC-GCTAAGCCATCTGTAAAGGATTATTTCTTACCATAATGGT
gi|24155 : AGTGAAA---TCAAT----TAATGCTAT-TCTAAGACATCTGTAAAGGGTGATTGATTGCCATTATGGTTATTATATATCATTTCATGTTTAACGACACAAAAAATGTTTA-TA----A-ATTATCAGAAA
gi|24156 : AAT----TTATGCTAC-ACTAAGATGTCTGTTAAGGATGATTGCTTACCACTATGGTTATTTCATATCATTTCATATTTAACGACAAAAAACATGTTTA-TA----A-ATTATCAGAAA