lowQualScore                  :     111         33                                                                                                       
lowQualScore                  :     999     66  44 22         333            22                     2 2  555555  333   333   2                           
lowQualScore                  :     ...     ..  .. ..         ...            ..                     . .  ......  ...   ...   .                           
lowQualScore                  :     000     55  77 99         777            66                     0 0  888888  555   555   2                           
consensus                     :  ACTGTAAAACA--CTTTA--AATTCGCGT---GAACTTTATTTC--GCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
Reference ( gi|3329 )         :  ACTCTTAAACA--CT--A--AATTCGCGT---GAACTTTATTTT--GCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3318                       :  ACTGTAAAACAATTT--A--AATTCGCGT---GAACTTTATTTT--GCGAATTTGCTCTGATTTTAA-T-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3330                       : tACTGTAAAACA--CTTAA--AATTCGCAT---GAACTTTATTTT--GCAAATTTGCT-TGATTTCTC-T-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTC
gi|3324                       :  ACTGTTAAACA--CTTTA--AATTTGCAT---GAACTTTATTTC--ATAAATTAGCTCTGATTTGTC-C-GA------TT---TTA---CAT-ATTTGTGAAATGTTGAATTCGAGACGT
gi|3320                       : tACTGTAAAACA--CTTTA--AATTTGTGT---GAACTTTATTTT--ACGAAATTGCGCTTATTTGTC-CTTT------TT---TTA---TTT-ATTCATGAAATGTTGAATTCGCAACGT
gi|3319                       : tACTGTAAAACA--CTTTA--AATTCACGT---GAACTTTTTATC--GTGAATTTTCTCTGATTTATT-C-CT------TT---TT----TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3323                       : tACTGTAAAACA--CTTTA--AATTCGCGT---GACCTTTATTTT--GCGAATTTGCTCCGATTTGTC-A-TA-------T---TTA---TTTAATTCACAAA--GTTGAATTCGC
gi|3325                       : tACTATAAAACA--CTTTA--AAATCGCGT---AAATTTAATTCA--GCGAGTATGCTCTGATTCACC-C-TA------TT---TTA---TCT-TTTTGCGAAATGTTGAATTCACGACGT
gi|3326                       : tACTGTAAAACA--CT--C--AATTTGTGT---GAACTTTATTTT--TCGAGCTTGCACTGATTTTTT-T-CA------TA---TCA---TTT-ATTTGCGAAATGATAAATTTGTGACAT
gi|3327                       : tACTTTAAAACA--CTTTA--AATTCTCTT---GAACATTATATC--GCAAATTTGCTCT--TTTTTCAC-CA------TT---TTA---TTT-ATTCTTGAAATGTTGAATTTGTGACAT
gi|3332                       : tACTGTAAAACA--CTTTA--AATTCGCAT---AAACTTTATTTC--GCGAATTTTCTCTCATTAATC-C-TA------TT---TTA---
gi|3333                       :  ACTTTAAAACA--CTTTA--AATTCGTGT---G-ACTTTATTTC--GCG
gi|3335                       :        AAACA--CTTTA--AATTCGCGT---GAACTTTATTCC--ACGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TT------TT---TTA---TTT-ATTCGCAAAATATTGAATTCGCTACGT
gi|3321                       :     gtaAAACA--CT--TTTAATTCGCGT---GAACTTTATTTT--GCGAATTTGTTCCGACTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-GTTCTCGTAATGTTATATTCGCGACGT
gi|3322                       : tactgaaAAATA--CTTTA--AATTCGCGT---GAATTTTGTTTC--GCGAATTTACTCTGAATTGTC-C-TG------TT---TTA---TTC-ATTCCCGAAATGTTGAATTAGCGACGT
gi|3336                       : taatgtaAAACA--CTTTA--AATTTGTGTTAAAAAGTTTATTTT--GCAAATTTACTCTGATTTGTC-C-TA------TTAGATT----TTT-TTTTGCAAAATGTTGAAATCGCGGCAT
gi|3334                       :      taAAATA--C------AATT----T---AAATTCTATTTTTCGCGAATTCACTCTGATTAGTT-C-TACATGTATT---TTA---TTT-ATTCGTGACATGTTGAATTCGTGACGT
gi|3328                       :      tgAAACAATTT--A--AATTAGGGT---GAACTGT-TTTT--GCTAATTTACTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TT
gi|3337                       :         taccataT--A--AATGCGCGC---TAGCTTTATTTC--GCGGATTTGCTATGATTTGTA-C-GA------TT---TTA---TTT-ATTTGCAAAATGTTGAATTCGCGATGT
gi|3331                       :              ctt--A--AATTCACGT---GAACTTTATTCT--GCGAATTTGCTGTGCTTTGTC-C-TA------TT---GAA---TTT-ATTTGCGAAATGTTGATATCGCGACGT
gi|3338                       :                           actgtataacCTTTATTTC--TCAAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTG---TTT-ATTCGCGGAATATTGAATTCGCGACGT
gi|3339                       :                                      TTTATTTT--TCGAGTTTGCTCTTATTTGTG-G-TA------TT---TTAATTTTT-TTTTGCGAAATATTGAATTCGGGGCAT





Alignments
lowQualScore                  :                             333                                 1 1  555555  333   333   2                           
lowQualScore                  :                             ...                                 . .  ......  ...   ...   .                           
lowQualScore                  :                             555                                 9 9  555555  333   333   1                           
consensus                     :    ACTGTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTTCGCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
Reference ( family-758 )      :    ACTGTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTTCGCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3318                       :    ACTGTAAAACAATTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTTTGCGAATTTGCTCTGATTTTAA-T-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3319                       :   tACTGTAAAACACTTTAAATTCACGT---GAACTTTTTATCGTGAATTTTCTCTGATTTATT-C-C-------TT---TTT---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3320                       :   tACTGTAAAACACTTTAAATTTGTGT---GAACTTTATTTTACGAAATTGCGCTTATTTGTC-CTTT------TT---TTA---TTT-ATTCATGAAATGTTGAATTCGCAACGT
gi|3321                       :   tACTGAAAAACACTTTTAATTCGCGT---GAACTTTATTTTGCGAATTTGTTCCGACTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-GTTCTCGTAATGTTATATTCGCGACGT
gi|3322                       :     tTGTAAAATACTTTAAATTCGCGT---GAATTTTGTTTCGCGAATTTACTCTGAATTGTC-C-TG------TT---TTA---TTC-ATTCCCGAAATGTTGAATTAGCGACGT
gi|3323                       : taaACTGTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GACCTTTATTTTGCGAATTTGCTCCGATTTGTC-A-TA-------T---TTA---TTTAATTCACAAA--GTTGAATTCGC
gi|3324                       :   tACTGTTAAACACTTTAAATTTGCAT---GAACTTTATTTCATAAATTAGCTCTGATTTGTC-C-GA------TT---TTA---CAT-ATTTGTGAAATGTTGAATTCGAGACGT
gi|3325                       :   tACTATAAAACACTTTAAAATCGCGT---AAATTTAATTCAGCGAGTATGCTCTGATTCACC-C-TA------TT---TTA---TCT-TTTTGCGAAATGTTGAATTCACGACGT
gi|3326                       :   tACTGTAAAACACTC--AATTTGTGT---GAACTTTATTTTTCGAGCTTGCACTGATTTTTT-T-CA------TA---TCA---TTT-ATTTGCGAAATGATAAATTTGTGACAT
gi|3327                       :   tACTTTAAAACACTTTAAATTCTCTT---GAACATTATATCGCAAATTTGCTCT--TTTTTCAC-CA------TT---TTA---TTT-ATTCTTGAAATGTTGAATTTGTGACAT
gi|3328                       :   tACCATAAAACAATTTAAATTAGGGT---GAACTGT-TTTTGCTAATTTACTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TT
gi|3329                       :   tACTCTTAAACACT--AAATTCGCGT---GAACTTTATTTTGCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3330                       :    ACTGTAAAACACTTAAAATTCGCAT---GAACTTTATTTTGCAAATTTGCT-TGATTTCTC-T-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTC
gi|3331                       :    ACTGTATAACA-----AATTCACGT---GAACTTTATTCTGCGAATTTGCTGTGCTTTGTC-C-TA------TT---GAA---TTT-ATTTGCGAAATGTTGATATCGCGACGT
gi|3332                       :    ACTGTAAAACACTTTAAATTCGCAT---AAACTTTATTTCGCGAATTTTCTCTCATTAATC-C-TA------TT---TTA---
gi|3333                       :    ACTTTAAAACACTTTAAATTCGTGT---G-ACTTTATTTCGCG
gi|3334                       :      TGAAATACAATTTAAATTC-----------TATTTTTCGCGAATTCACTCTGATTAGTT-C-TACATGTATT---TTA---TTT-ATTCGTGACATGTTGAATTCGTGACGT
gi|3335                       :       GTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTCCACGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TT------TT---TTA---TTT-ATTCGCAAAATATTGAATTCGCTACGT
gi|3336                       :        TAAAACACTTTAAATTTGTGTTAAAAAGTTTATTTTGCAAATTTACTCTGATTTGTC-C-TA------TTAGATT----TTT-TTTTGCAAAATGTTGAAATCGCGGCAT
gi|3337                       :               CTTTAAATGCGCGC---TAGCTTTATTTCGCGGATTTGCTATGATTTGTA-C-GA------TT---TTA---TTT-ATTTGCAAAATGTTGAATTCGCGATGT
gi|3338                       :                                   CTTTATTTCTCAAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTG---TTT-ATTCGCGGAATATTGAATTCGCGACGT
gi|3339                       :                                    TTTATTTTTCGAGTTTGCTCTTATTTGTG-G-TA------TT---TTAATTTTT-TTTTGCGAAATATTGAATTCGGGGCAT





Alignments
lowQualScore                  :                             333                                 1 1  555555  333   333   2                           
lowQualScore                  :                             ...                                 . .  ......  ...   ...   .                           
lowQualScore                  :                             555                                 9 9  555555  333   333   1                           
consensus                     :    ACTGTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTTCGCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
Reference ( family-758 )      :    ACTGTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTTCGCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3318                       :    ACTGTAAAACAATTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTTTGCGAATTTGCTCTGATTTTAA-T-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3319                       :   tACTGTAAAACACTTTAAATTCACGT---GAACTTTTTATCGTGAATTTTCTCTGATTTATT-C-C-------TT---TTT---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3320                       :   tACTGTAAAACACTTTAAATTTGTGT---GAACTTTATTTTACGAAATTGCGCTTATTTGTC-CTTT------TT---TTA---TTT-ATTCATGAAATGTTGAATTCGCAACGT
gi|3321                       :   tACTGAAAAACACTTTTAATTCGCGT---GAACTTTATTTTGCGAATTTGTTCCGACTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-GTTCTCGTAATGTTATATTCGCGACGT
gi|3322                       :     tTGTAAAATACTTTAAATTCGCGT---GAATTTTGTTTCGCGAATTTACTCTGAATTGTC-C-TG------TT---TTA---TTC-ATTCCCGAAATGTTGAATTAGCGACGT
gi|3323                       : taaACTGTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GACCTTTATTTTGCGAATTTGCTCCGATTTGTC-A-TA-------T---TTA---TTTAATTCACAAA--GTTGAATTCGC
gi|3324                       :   tACTGTTAAACACTTTAAATTTGCAT---GAACTTTATTTCATAAATTAGCTCTGATTTGTC-C-GA------TT---TTA---CAT-ATTTGTGAAATGTTGAATTCGAGACGT
gi|3325                       :   tACTATAAAACACTTTAAAATCGCGT---AAATTTAATTCAGCGAGTATGCTCTGATTCACC-C-TA------TT---TTA---TCT-TTTTGCGAAATGTTGAATTCACGACGT
gi|3326                       :   tACTGTAAAACACTC--AATTTGTGT---GAACTTTATTTTTCGAGCTTGCACTGATTTTTT-T-CA------TA---TCA---TTT-ATTTGCGAAATGATAAATTTGTGACAT
gi|3327                       :   tACTTTAAAACACTTTAAATTCTCTT---GAACATTATATCGCAAATTTGCTCT--TTTTTCAC-CA------TT---TTA---TTT-ATTCTTGAAATGTTGAATTTGTGACAT
gi|3328                       :   tACCATAAAACAATTTAAATTAGGGT---GAACTGT-TTTTGCTAATTTACTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TT
gi|3329                       :   tACTCTTAAACACT--AAATTCGCGT---GAACTTTATTTTGCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3330                       :    ACTGTAAAACACTTAAAATTCGCAT---GAACTTTATTTTGCAAATTTGCT-TGATTTCTC-T-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTC
gi|3331                       :    ACTGTATAACA-----AATTCACGT---GAACTTTATTCTGCGAATTTGCTGTGCTTTGTC-C-TA------TT---GAA---TTT-ATTTGCGAAATGTTGATATCGCGACGT
gi|3332                       :    ACTGTAAAACACTTTAAATTCGCAT---AAACTTTATTTCGCGAATTTTCTCTCATTAATC-C-TA------TT---TTA---
gi|3333                       :    ACTTTAAAACACTTTAAATTCGTGT---G-ACTTTATTTCGCG
gi|3334                       :      TGAAATACAATTTAAATTC-----------TATTTTTCGCGAATTCACTCTGATTAGTT-C-TACATGTATT---TTA---TTT-ATTCGTGACATGTTGAATTCGTGACGT
gi|3335                       :       GTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTCCACGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TT------TT---TTA---TTT-ATTCGCAAAATATTGAATTCGCTACGT
gi|3336                       :        TAAAACACTTTAAATTTGTGTTAAAAAGTTTATTTTGCAAATTTACTCTGATTTGTC-C-TA------TTAGATT----TTT-TTTTGCAAAATGTTGAAATCGCGGCAT
gi|3337                       :               CTTTAAATGCGCGC---TAGCTTTATTTCGCGGATTTGCTATGATTTGTA-C-GA------TT---TTA---TTT-ATTTGCAAAATGTTGAATTCGCGATGT
gi|3338                       :                                   CTTTATTTCTCAAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTG---TTT-ATTCGCGGAATATTGAATTCGCGACGT
gi|3339                       :                                    TTTATTTTTCGAGTTTGCTCTTATTTGTG-G-TA------TT---TTAATTTTT-TTTTGCGAAATATTGAATTCGGGGCAT


blockSeqs                     :                             TAA                                 A T  CATGTA  AGA   ATT   A
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .     .
blockSeqs                     :                             .                                   . .  .       .     .      
blockSeqs                     :                                                                 . .  .       .     .      


blockSeqCons                  :    
originalCons                  :    ACTGTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTTCGCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
finalCons                     :    ACTGTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTTCGCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT





Alignments
lowQualScore                  :                             333                                 1 1  555555  333   333   2                           
lowQualScore                  :                             ...                                 . .  ......  ...   ...   .                           
lowQualScore                  :                             555                                 9 9  555555  333   333   1                           
consensus                     :    ACTGTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTTCGCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
Reference ( family-758 )      :    ACTGTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTTCGCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3318                       :    ACTGTAAAACAATTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTTTGCGAATTTGCTCTGATTTTAA-T-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3319                       :   tACTGTAAAACACTTTAAATTCACGT---GAACTTTTTATCGTGAATTTTCTCTGATTTATT-C-C-------TT---TTT---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3320                       :   tACTGTAAAACACTTTAAATTTGTGT---GAACTTTATTTTACGAAATTGCGCTTATTTGTC-CTTT------TT---TTA---TTT-ATTCATGAAATGTTGAATTCGCAACGT
gi|3321                       :   tACTGAAAAACACTTTTAATTCGCGT---GAACTTTATTTTGCGAATTTGTTCCGACTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-GTTCTCGTAATGTTATATTCGCGACGT
gi|3322                       :     tTGTAAAATACTTTAAATTCGCGT---GAATTTTGTTTCGCGAATTTACTCTGAATTGTC-C-TG------TT---TTA---TTC-ATTCCCGAAATGTTGAATTAGCGACGT
gi|3323                       : taaACTGTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GACCTTTATTTTGCGAATTTGCTCCGATTTGTC-A-TA-------T---TTA---TTTAATTCACAAA--GTTGAATTCGC
gi|3324                       :   tACTGTTAAACACTTTAAATTTGCAT---GAACTTTATTTCATAAATTAGCTCTGATTTGTC-C-GA------TT---TTA---CAT-ATTTGTGAAATGTTGAATTCGAGACGT
gi|3325                       :   tACTATAAAACACTTTAAAATCGCGT---AAATTTAATTCAGCGAGTATGCTCTGATTCACC-C-TA------TT---TTA---TCT-TTTTGCGAAATGTTGAATTCACGACGT
gi|3326                       :   tACTGTAAAACACTC--AATTTGTGT---GAACTTTATTTTTCGAGCTTGCACTGATTTTTT-T-CA------TA---TCA---TTT-ATTTGCGAAATGATAAATTTGTGACAT
gi|3327                       :   tACTTTAAAACACTTTAAATTCTCTT---GAACATTATATCGCAAATTTGCTCT--TTTTTCAC-CA------TT---TTA---TTT-ATTCTTGAAATGTTGAATTTGTGACAT
gi|3328                       :   tACCATAAAACAATTTAAATTAGGGT---GAACTGT-TTTTGCTAATTTACTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TT
gi|3329                       :   tACTCTTAAACACT--AAATTCGCGT---GAACTTTATTTTGCGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTCGCGACGT
gi|3330                       :    ACTGTAAAACACTTAAAATTCGCAT---GAACTTTATTTTGCAAATTTGCT-TGATTTCTC-T-TA------TT---TTA---TTT-ATTCGCGAAATGTTGAATTC
gi|3331                       :    ACTGTATAACA-----AATTCACGT---GAACTTTATTCTGCGAATTTGCTGTGCTTTGTC-C-TA------TT---GAA---TTT-ATTTGCGAAATGTTGATATCGCGACGT
gi|3332                       :    ACTGTAAAACACTTTAAATTCGCAT---AAACTTTATTTCGCGAATTTTCTCTCATTAATC-C-TA------TT---TTA---
gi|3333                       :    ACTTTAAAACACTTTAAATTCGTGT---G-ACTTTATTTCGCG
gi|3334                       :      TGAAATACAATTTAAATTC-----------TATTTTTCGCGAATTCACTCTGATTAGTT-C-TACATGTATT---TTA---TTT-ATTCGTGACATGTTGAATTCGTGACGT
gi|3335                       :       GTAAAACACTTTAAATTCGCGT---GAACTTTATTCCACGAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TT------TT---TTA---TTT-ATTCGCAAAATATTGAATTCGCTACGT
gi|3336                       :        TAAAACACTTTAAATTTGTGTTAAAAAGTTTATTTTGCAAATTTACTCTGATTTGTC-C-TA------TTAGATT----TTT-TTTTGCAAAATGTTGAAATCGCGGCAT
gi|3337                       :               CTTTAAATGCGCGC---TAGCTTTATTTCGCGGATTTGCTATGATTTGTA-C-GA------TT---TTA---TTT-ATTTGCAAAATGTTGAATTCGCGATGT
gi|3338                       :                                   CTTTATTTCTCAAATTTGCTCTGATTTGTC-C-TA------TT---TTG---TTT-ATTCGCGGAATATTGAATTCGCGACGT
gi|3339                       :                                    TTTATTTTTCGAGTTTGCTCTTATTTGTG-G-TA------TT---TTAATTTTT-TTTTGCGAAATATTGAATTCGGGGCAT