lowQualScore : 11 111111 22222 222 11111111 1111111111 11 11 11111111 111 44444444444444444444444444444444444 1111 1111111111111 2222222 111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 222 1 5555555555555555555555 11 111 333333333333333
lowQualScore : 3 0 9 2 4 11 5 8 333333 88888 111 33333333 4 1 7777777777 1 11 8 66 8 2 0 7 7 999 66666666 3 99 1 666 88 333 555 77 66666666666666666666666666666666666 22 1 3 9999 1111 6666666666666 1 8 0 5555 6666666 5 1 555555555 6 22 4 2 1 8888 2 22 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 6 666 333 8 6 2 44444 2 333 0 5555555555555555555555 333 5 11 4 6 333 4 666666666666666 6 88 4 333 444
lowQualScore : . . . . . .. . . ...... ..... ... ........ . . .......... . .. . .. . . . . . ... ........ . .. . ... .. ... ... .. ................................... .. . . .... .... ............. . . . .... ....... . . ......... . .. . . . .... . .. ........................................................................ .. . ... ... . . . ..... . ... . ...................... ... . .. . . ... . ............... . .. . ... ...
lowQualScore : 0 8 4 1 1 44 3 0 111111 00000 333 00000000 0 6 1111111111 6 33 0 55 6 1 5 3 3 222 00000000 6 44 2 444 66 000 111 99 99999999999999999999999999999999999 99 7 3 3333 8888 6666666666666 3 4 5 3333 1111111 0 8 777777777 7 99 3 1 2 1111 1 99 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88 0 111 555 2 0 9 66666 0 555 0 9999999999999999999999 555 5 77 7 1 333 7 333333333333333 7 88 4 999 777
consensus : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCT--A--GATGACACGAATA----AAGGCC-TCCCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CAGC-CTAA-NGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------AT-------C------A---------G--GGAAAGCCNCC---GGTCCCGACGNNATCAATA---A-C-AT-A-GTGC-TCAAAGA---GCT-CTCA--AACGAATTAT--C--CCGACCNC--TNTGTG-ATCT---CT-T--CAAC--TTGCTCA-CGT----ACG---T---CTA----T---CC--AAA---GTTCC--CC-----G-TCAA---T--GG-AAAGAAGCGTTCGTATGTGCNATTTACAAGAA----AGGAGAC-C---C-TC-CGAT---G--T-TAG----C-AA---CTACAGACCNATNTCNCT-N-CTTAGTGCNAT-CNG--C----AAA-GTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
Reference ( gi|22789 ) : ATCACAACAACAACACATATGAAACAAACACAGAAAAAACAGACATACTCAACACGTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCT--A--GATGACACGAATA----AAGACC-TCCCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CAGC-CTAA-AGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------AT-------C------A---------G--GGAAAGCCACC---GGTCCCGACACCATCAATA---A-C-AT-A-GTGC-TCAAAGA---ACT-CTAA--AACGAACTAT--C--CCGACCAC--TCTGTG-ATCT---CT-T--CAA---TTACTC--CGT----ACG---T---CTA----T---CC--AAA---GTTCC--CC-----G-TCAA---T--GG-AAACTAGCCCACGTCTGTGCAATCTACAAGAA----GAAAGAC-C---C-TCACGAT---G--T-TAG----C-AA---CTACAGGCTAATCTCCCT-A-CTCAGTGCCGT-CTG--T----AAA-GTCCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22790 : ATCACAACAACAACACATATGAA-CAAACACAGAAAAAGCAGACATACTCAGCACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCT--A--GATGACACGAATA----AAGACC-TCCCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CAGC-CTAA-AGAGGT---AA-CTGATGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------AT-------C------A---------G--GGAAAGCCACC---GGTCCCGACACCATCAATA---A-C-AT-A-GTGC-TCAAAGA---ACT-CTCA--AACGAACTAT--C--CCGACCTC--TCTGTG-ATCT---CT-T--CAA---TTACTC--CGT----ACG---T---CTA----T---CC--AAA---GTTCC--CC-----G-TCAA---T--GG-AAACTAGCCCACGTCTGTGCAATCTACTAGAA----GAAAGAC-C---C-TCACGAT---T--T-TAG----C-AA---CTACAGGCCAATCTCCAT-A-CTCAGTGCAGT-CAG--T----AAA-GTCCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22791 : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAG-CAGACATACTTAACTATTTATTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCT--A--GATGACACGTGTA----AAGGCC-TCCCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CAGC-CTAA-AGAGGT---AG-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------AT-------C------A---------C--GGAAAGCCACC---GGTCCCAATACCATCAATA---A-C-AT-A-GTGC-TCAAAGA---ACT-CTCA--AACGAATTAT--C--CCGACCTC--TCTGTG-ATCT---CT-T--CAA---CTTCTC--CGT----AAG---T---CTA----T---CC--AAA---GTTCC--CC-----G-TCAA---T--AG-AAACTAGCCCACGTCTGTGCAATCTACGAGAA----GAAAGAC-C---C-TCACGAT---G--T-TAG----C-AA---CTACAGGCCAATCTCCCT-A-CTCAGTGCAAT-CAG--T----AAA-GTCCTCGAA---AGAA----TATCCACAAA
gi|22792 : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAGACATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCT--A--GATGACACAAATA----AAGACC-TCCCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CACGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CAGC-CTAA-AGAGGT---AA-CTGACGCCCTTAAAAT--TCT--TAA---------AT-------C------A---------G--GGAAAGCCACC---GGTCCCGATACCATCAAGA---A-C-AT-A-GTGC-ACAAAGA---ACT-CTCA--AACGAACTAT--C--CCGACCTC--TCTGTG-ATCT---CT-T--CAA---CTACTC--CGT----ACG---T---CTA----T---CA--AAA---GTTCC--CC-----G-TCAA---T--GG-AAACT-----------------------AAAA----GAAAGAC-C---C-TCACGAT---G--T-TAG----C-AA---CTACAGGCCAATCTCCCT-A-CTTAGTGCAAT-CAG--T----AAA-GTCCTCGAA---ATGAT---TATCCACAAA
gi|22793 : ATAACAACAACACATACGAAACAAACACAGGAAAAGCATATATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAAGTGA-ATAAT--G--AATGACATGAATA----AAGGCC-TCCCA--AAC------------AG-CGAT--CACGGTCCTTAAATCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CAAC-CTAA-GGAAGT---TA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAT---------AT-------C------A---------G--GGAAAGCCACC---GGTCCCGATACCATCAACA---A-C-AT-A-GTCC-TCAACGA---ACT-TTCA--AACGAACTAT--A--CCGACTTC--TCTGTG-ATCT---CT-T--TAA---CTACTC--CCT----ACG---C---CTA----T---CC--AAA---CTTCC--CC-----G-TCAA---T--TT-AAACTAGCCCACGTCTGTGCAATCTACAAGAA----GAAAGAC-C---C-TC----------------------------------------TCCCT-A-TCCAGTACAAT-CAG--A----AAA-GTCCTCGAA---AGGAT---TATCCACAAA
gi|22794 : ACAACAACACATACGAAACATACACAGAAAAAGCAAACATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTTCT--A--GATAACACGAACA----AATGCC-TCCCA--AACC---TTTCCATCAA-GGAT--GACTGTTCTAAACTCACCAAA-ATCT-A-C-ATC-------CAAC-CTAA-TGAAGT---TA-CTGACACTTTAAAA-T--ACT--TAA---------AT-------C------C---------G--GGAAAGCCACC---GTTCCCGATACCATCAATA---A-C-AT-A-GTTC-TAAAATA---ACT-TTCA--AACGAACTTT--C--CCAACCTG--TCAGTG-ATTT---CT-T--TAA---CTACTC--CCT----ACG---C---CTA----T---CC--AAA---GTCCC--CC-----G-TCAC---T--GG-AAACAAGACATTGTATCTGCAAACTATATGAA----GAAAGAT-C---C-TCATGAT---G--T-TAG----C-AA---CTACAGGCCAATATCCTT-A-CTCAGTGCAAT-CTG--T----AAA-GTCCTTGAA---AGGAT---TATCCGCAAA
gi|22795 : GAAAAAGCTAACATTTTAAACGAGTTCTT-CACATCCCAAAC---A-TTTCTTAAC-GATGA-AC--ACA----AAGCCT-TACCT--GATA---TTCCTATTTGTCAAA--CAAGA-CCTCAATTAAATACT-ATTA-A-A-ATTA------CACC-ATTA--GAGGTTA-AATCTA---CTCTTCAAAT--GCT--AAA---------A--------C------T---------G--GGAAAGGCATCT--GGCCCAGACTCTATAAATA---A-TTAT-A--TAC-TCAAAGA---GCT-TTCA--CATGAATTAT--C--TGTTCCAC--TTTGTA-ATCT---TT-T--CAA---CAGATC--CATTCAAACA---T---GTACTGTT---CC--AAA---ATT----------------A---T--GGAAAACT-GCAAATGTTAGTGCAATTTTTTAAAA----AAACGAC-C---C-TTCCGAT---G----TAT----CAAA---TTATCGTCCTATTTCTCT-T-CTTTGTTGCAT--TG--A----AAAGGTTATGGAA---AAAAT---TATTCATAAA
gi|22796 : GAAAAGGCTAACATTTTAAACGAGTTCTT-CACATCCCAAAC---T-TTTCTTAAC-GATGA-AC--ACA----AAGCCT-TACCT--GATA---TTCCTATTTGTCAAA--CAAGA-CCTCAATTAAATACT-ATTA-A---ATT-------TACA-CCATTAGAGGTTA-AATCTA---CTCTTCAAAT--GCT--AAA---------AC-------T------G---------G--GAAAAGCATCT---GGCCCAGACTCTATAAATA---A-TTAT-A--TAC-TCAAAGA---GCT-TTCA--CATGAATTAT--C--TGTTCCAC--TTTGTA-ATCT---TT-T--CAA---CAGATC--CATTCAAACA---T---GTACTGTT---CC--AAA---ATT----------------A---T--GGAAAACT-GCAAATGTTAGTGCAATTTTTAAAAA----AAACGAC-C---C-TTCCGAT---G----TAT----CAAA---TTATCGTCCTATTTCTCT-T-CTTTGTTGCAT--TG--A----AAAGGTTATGGAA---AAAAT---TATTCATAAA
gi|22797 : AAAGCAAACATATTAAATAATTTTTTCCA-GGAACAGAC---AATTCTT--AATGATGACA---ATA----T---TT-TACCACCAATCATATTACCA--AG-TGATAACAATGATATCATTTCATT--T-ATTAGA-CTATC---------GC-CTAA-CGATGT---AA-GTAGTATCCTAAAAAC--ACTGCCAA------------------C------A---------G--GCAAAGCCTCA---GGTTCCGATGATATCAACAGTTA-C-GT-C-TTGCGTGAAATA---GCT-------AATGAATTAT------CGACGCC--TTTATG--------------CAAC--TTATTTAACGT----TTG---T---CTG----A---CC--AAAAGTGTTTT--CCCAAAAG-TC-----T--GG-AAAGAAGCATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAA----AGGAGAC-C---C-TT-CTTTG--G--T-TAA----T-AA---CTATAGACCTATATCACT-G-TTAAGCGTAAT-TGG--C----AAA-GTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22798 : AAAGCAAACATATTAAATAATTTTTTCCA-GGAACAGAC---AATTCTT--AATGATGACA---ATA----T---TT-TACCACCAATCATATTACCA--AG-TGATAACAATGATATCATTTCATT--T-ATTAGA-CTATC---------GC-CTAA-CGATGT---AA-GTAATATCTTAAAAAC--ACTGCCAA------------------C------A---------G--GCAAAGCCTCA---GGTCCCGATGATATCAACAGTTA-C-GT-C-TTGCGTGAAATA---GCT-------AATGAATCAT------CGACGCC--TTTATG--------------CAAC--TTATTTAACGT----TTG---T---CTG----A---CC--AAAAGTGTTTT--CCCAAAAG-TC-----T--GG-AAAGAAGCATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAA----AGGAGAT-C---C-TT-CTTT---GGTT-TA-----T-AA---CTATAGACCTATATCACT-G-TTAAGCGTAAT-TGG--C----AAA-GTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22799 : AAAGCAAA-ATGTTAAATAATTTCTTCCA-GGAACAGACC--A-TTCTT--AATGATGACA---ATATTTTACCACCATTCC-----TT---TTACCA--AG-TGATAACAATGA---AAACGTATCAATTATTA-G-T-CTA-------CAGC-CTAA-CCATGT---AA-ATAGTATCTTAAAAACAATAC--CAA------------------C------A---------G--GCAAAGCCTCA---GTTCCCGATGATATCAACAGTTA-C-GT-C-TTGCGTGAAATA-----T-CTAG--TA--AATTAT------CGGCGCC--TATATGCGTTT---AT-T--TAA-----------CGT----TTG---T---TTG----A---CC--AAAAGTGTTTT--CA-----C-TAAAG--TAAGG-AAAGAAGCATTTGTATGCGCTATTTATAAAAA----GGAAGAT-C---G-TTCCTTT---G--T-TAA----T-AA---CTATAGACCTATATCACT-G-TTAAGCGTTAT-TGG--C----AAATGT--TTGAA---AGACT---TATTTATAAA
gi|22800 : AAACT-ACCAACCATTC-ATC-ATCTCTACATCAGTACTAA-AGGAGTCCAAA---AACAACTTGAAAAC---CT--CAA---------CA-------C------T---------G--CGAAAGCAATG---GGCCCAGACTGCATCCCTA---A-C-AT-A-GTCC-T-AAAGACATGCG-CCGA--A--GAACTATCCC--CCGGC--C--TATGTG-ACAT---CTAC--CAA----CACTC--CAT----AGA---T---ACA----G---GC--AAA---CTTCCATCT-----GATTGG---C--GG-AA--T-GCTTTCATCTCCCCGGTCTTCAAGAAAGGCGATAGACAC---C-TTGCAG----------AG------AA---CTACCGTCCAGTCTCACTCACCTCCGTACCA---TG--C----AAA-ATCCTAGAACATATAATCTGTAGCCACA
gi|22801 : CGTCTTACAAAC--GCTA-CAA---------GT-------T----------------G--GTAAAGCAACA---GGTTCAGACGCTGTGAATA---A-T-AA-A-GTAC-TAAAAGA---ACT-ATCT--AATGAATTGT--C--ACTGCCAC--TAGCTA-ATCT---AT-T--CAA---TTACTC--CTT----AGA---C---ATG----T---GC--AAA---ATTCCGGCT-----G-C--A---T--GG-AAAGAAGCAAATGTTTGTGCTATATTTAAGAA----AAATGAT-C---C-ACCTGA----------AGCATCC-AA---TTATCGTTCTATCTCCCT---TT---TATCGA-CTT--TAGACAAA-GTCATGGAA---AAGAT---AGTCCATAAA
gi|22803 : AATAT--TCT--TAATTTGTTACCAG-------C------A---------G--GTAAAGCCTCC---GGCCCCGATGAAATTAATA---A-T--T-ATGTTC-TCCGTG------TGCTAAGTAAGGAATTAT--C--GTCTCCAT--TGTGTG-ATTT---GT-T--TAACTCTTGTTTAACAA----ACGG--T---TTA----TATCCC--AAA---GTT--------------------T--GG-AAGGAAGCGTTCGTATGTGCTATTTACAAGAA----AGGAAAC-C---CGTC----TTTGG--C-TAA----T-AA---TTACAGACCTATTTCACT-T-CTTAGTG-TAT--TGAAC----AAA-GTATTTGAA---AG
gi|22802 : AATAT--TCT--TAATTTGTTACCAG-------C------A---------G--GTAAAGCCTCC---GGCCCCGATGAAATTAATA---A-TTAT-G-AT-C-TCCGTG------TGCTAAGTAAGGAATTAT--C--GTCTCCAT--TGTGTG-ATTT---GT-T--TAACTCTTGTTTAACAA----ACGG--T---TTAAAT-C---CC--AAA---GTT--------------------T--GG-AAGGAAGCGTTCGTATGTGCTATTTACAAGAA----AGGAGAC-CAGTC-TT-TG-----G--C-TAA----T-AA---TTATTGACCTATTTCACT-T-CTTAGTG
gi|22804 : AAGT--TCT--TGA---------ACTGGCCAAC------A---------G--GCAAAGCCTCA---GGTCCCGATGATATCAACAGTTA-C-GT-C-TTGCGTGAAATA---GCT-------AATGAATTAT------CGACGCC--TTTA-----------T-T--CAAC--TTATTTAACGT----TTG---T---CTG----A---CC--AAAAGTGTTTT--CC-----C-TAAAGTCT--GG-AAAGAAGCATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAA----AGGAGAC-C---C-TT-CTTTG--G--T-TAA----T-AA---CTATAGACCTATATCACT-G-TTAAGCGTAAT-TGG--C----AAA-GTGTTTGAA---AGACT---TATtattgaacaaagattttaaaag
gi|22806 : AT--TCT--TAA---------GT-------C------GTTACCAGTTG--GAAAAGCCTCA---GGTCCCGATGAAATTAATA---ATT-AT---GTGC-TCCGTGA---A---CTAAGTAATGAATTAT--CGACC--CCAC--TGTGTG-ATTT---GT-T--TAACACTTGCTTAACAA----ACGGTTT---TTA----T---CCT-AAA---GTT--------------------T--GG-AAGGAAGCGTTCGTATGTGCTATTTACAAGAA----AGGAGAT-C---CGTC----TTTGG--C-TAA----T-AA---TTACAGACCAATTTCACT-T-CTTAG---CGTATTGAAT----AAA-GTATTTGAA---AG
gi|22805 : AT--TCT--TAA---------GT-------C------GTTACGAGTTG--GAAAAGCCTCA---AGTCCCGATGAAATTAATA---A-T-TTTG-GTGC-TCCGTGA---ACT-AAGA--AATGAATTAT--C----GATCCC--TCTGTG-TTTTTTGCT-TAACAC---TTGTTTATCAA----ATGGTTT---TTA----T---CCC-AAA---GTT--------------------T--GG-AAGGAAGCGTTCGTATGTGCAATTTAAAAGAA----AGGAGAC-C---CGTC----TTTGG--C-TAA----T-AA---TTACAGACCAATTTCACT-T-CTTAGTG-TAT--TGAAT----AAA-GTATTTGAA---AG
gi|22807 : AT--TTT--TAA---------GT-------CGTTACCA---------GTTGGAAAA--ACCTAAGGTCCCAATGAAATTAATA---A-T-TG-C-GTGC-TCCGTGA---ACT---AAGTAATGAATTAT--C----GACCCCAATGTGTG-ATTT---GT-T--TAACACTTGTTTAACAA----ACGGTTT---TTA----T---CTT-AAA---GTT--------------------T--GG-AAGGATGCGTTCGTATGTGCTATTTACAAGAA----AGGAGAC-C---CGTCTT--T---G--TCTAA----T-AA---TTACAGACCAATTTTACT-T-CTTAATG
gi|22808 : --TAA---------AA-------C------T---------G--GGAAAAGCATCT--GGCCCAGACTCTGTAAATA---A-TTAT-A--TAC-TCAAAGA---GCT-TTCA--CATGAATTAT--C--TGTTCCAC--TTTGTA-ATCT---TT-T--CAA---CAGATC--CATTCAAACA---TGTACTG----T---TCAAAAA---GT-----------------A---T--GGAAAACT-GCAAATGTTAGTGCAATTT-TAAAAA----AAACGAC-C---C-TTCCGAT---GTAT-TA-------AA---TTATCGCCCTATTTCTCT----TCA-TTTCAC-TTG--C----A-------TTGAA---AAGGT---TATTCATAAAtattgaatagagt
gi|22810 : ---T--GG-AAGGAAGCGTCCGTATGTGCTATTTACAAGAA----AGGAGAC-T---CGTC----T---T--T-TGG----CTAATACTTACAGACCAATTTCACT-T-CTTAGTG-TAT--TGAAT----AAA-GTATTTGAA---AGGCT---TAT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22809 ): AAAACTGGAAAAGGTTCTGGACCTGATGGTATAAATATTTATGTATTAAAACAATTATCTAACGAACTATCACAGCCTCTAGTGAGCATATTCAGTCTATCTCTTAATTCTGGAATAGTCCTCCGAATATGGAAAGAGGCAAATGTTACTCCTATTTTTAAACAAAACAACCCATCAGAACCGTCCAATTACAGACCGATTTCACTATTAAGCGTAATAGGCAAAGTTTTCGAGAGAGTTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 111 1111 111 111 11 1111111 111 33333333333333333333333333333 111111 22222222 222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 22 4 7 00000 666 7 8 5555 22 3 7 000 0 222 0 6 7 55 7 1 6 6 777 4444444 3 3 44 5 0 555 77 1 1 555 88 66666666666666666666666666666 3 1 3 0 22 666666 999 1 7 0 4444 66666666 3 111111 333 22 1 1 22 7777 1 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 11111 1 1 99999999 1 3333 1 777777777777777777777777777777 1 1 1 1 333 2 3 444 77 44 3 333 444
lowQualScore : . .. . . ..... ... . . .... .. . . ... . ... . . . .. . . . . ... ....... . . .. . . ... .. . . ... .. ............................. . . . . .. ...... ... . . . .... ........ . ...... ... .. . . .. .... . . .......................................................................... .. ..... . . ........ . .... . .............................. . . . . ... . . ... .. .. . ... ...
lowQualScore : 0 99 0 3 66666 333 3 0 0000 44 6 3 222 9 777 5 5 3 00 0 0 7 7 666 2222222 3 3 66 4 2 000 11 7 9 111 33 33333333333333333333333333333 7 0 8 7 00 555555 777 0 6 7 1111 22222222 1 222222 666 66 0 9 00 5555 9 9 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 77777 8 8 11111111 6 9999 8 777777777777777777777777777777 3 6 6 0 555 1 6 999 77 00 1 333 111
consensus : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAANGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------AT-------CG---------GGNAAAGCCTCCGGTCCCGACGNCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---GCTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--NC--TNTGTG-ATC-T---CT-TCA-AC----T--TACTCA-CGTACG---T-CT---A---T---CC--AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCNATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-TC-C-GA--T-G--T-TAA----C-AACTACAGACCNATNTCNCT--NCTNAG-CG-CAATCGGCAAAGTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
Reference ( family-756 ) : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAANGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------AT-------CA---------GGGAAAGCCNCCGGTCCCGACGNNATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---GCTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--NC--TNTGTG-ATC-T---CT-TCA-AC----T--TGCTCA-CGTACG---T-CT---A---T---CC--AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCNATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-TC-C-GA--T-G--T-TAG----C-AACTACAGACCNATNTCNCT--NCTTAG-TG-CNATCNGCAAAGTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22789 : ATCACAACAACAACACATATGAAACAAACACAGAAAAAACAGACATACTCAACACGTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGACC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------AT-------CA---------GGGAAAGCCACCGGTCCCGACACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTAAA---ACGAACTATC--CCGACC--AC--TCTGTG-ATC-T---CT-TCA-A-----T--TACTC--CGTACG---T-CT---A---T---CC--AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACAAGAAGAA----AGAC-C---C-TCAC-GA--T-G--T-TAG----C-AACTACAGGCTAATCTCCCT--ACTCAG-TG-CCGTCTGTAAAGTCCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22790 : ATCACAACAACAACACATATGAA-CAAACACAGAAAAAGCAGACATACTCAGCACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGACC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGATGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------AT-------CA---------GGGAAAGCCACCGGTCCCGACACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTCAA---ACGAACTATC--CCGACC--TC--TCTGTG-ATC-T---CT-TCA-A-----T--TACTC--CGTACG---T-CT---A---T---CC--AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACTAGAAGAA----AGAC-C---C-TCAC-GA--T-T--T-TAG----C-AACTACAGGCCAATCTCCAT--ACTCAG-TG-CAGTCAGTAAAGTCCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22791 : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAA-GCAGACATACTTAACTATTTATTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGTGTA----AAGGCC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AG-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------AT-------CA---------CGGAAAGCCACCGGTCCCAATACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--TC--TCTGTG-ATC-T---CT-TCA-AC----T--T-CTC--CGTAAG---T-CT---A---T---CC--AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--AGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACGAGAAGAA----AGAC-C---C-TCAC-GA--T-G--T-TAG----C-AACTACAGGCCAATCTCCCT--ACTCAG-TG-CAATCAGTAAAGTCCTCGAA---AGAA----TATCCACAAA
gi|22792 : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAGACATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACAAATA----AAGACC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CACGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGACGCCCTTAAAAT--TCT--TAA---------AT-------CA---------GGGAAAGCCACCGGTCCCGATACCATCAAGA---AC-AT-AGTGC-ACAAAGA---ACTCTCAA---ACGAACTATC--CCGACC--TC--TCTGTG-ATC-T---CT-TCA-AC-------TACTC--CGTACG---T-CT---A---T---CA--AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAA------------------------------CTAAAAGAA-------AGAC-C---C-TCAC-GA--T-G--T-TAG----C-AACTACAGGCCAATCTCCCT--ACTTAG-TG-CAATCAGTAAAGTCCTCGAA---ATGAT---TATCCACAAA
gi|22793 : ATAACAACAACACATACGAAACAAACACAGGAAAAGCATATATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAAGTGA-ATAATG--AATGAC-ATGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AA------------CAG-CGAT--CACGGTCCTTAAATCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-AC-C--TAAGGAAGT---TA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAT---------AT-------CA---------GGGAAAGCCACCGGTCCCGATACCATCAACA---AC-AT-AGTCC-TCAACGA---ACTTTCAA---ACGAACTATA--CCGACT--TC--TCTGTG-ATC-T---CT-TTA-AC-------TACTC--CCTACG---C-CT---A---T---CC--AAA---C----TTCC--CC----GTC-AA---T--TTAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACAAGAAGAA----AGAC-C---C-TC--------------------------------------TCCCT--ATCCAG-TA-CAATCAGAAAAGTCCTCGAA---AGGAT---TATCCACAAA
gi|22794 : ACAACAACACATACGAAACATACACAGAAAAAGCAAACATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTTCTA--GATAAC-ACGAACA----AATGCC-TC-CCA--AACC---TTTCCATCAA-GGAT--GACTGTTCTAAACTCACCAAA-ATCT-A-C-ATC-------CA-AC-C--TAATGAAGT---TA-CTGACACTTT-AAAAT--ACT--TAA---------AT-------CC---------GGGAAAGCCACCGTTCCCGATACCATCAATA---AC-AT-AGTTC-TAAAATA---ACTTTCAA---ACGAACTTTC--CCAACC--TG--TCAGTG-ATT-T---CT-TTA-AC-------TACTC--CCTACG---C-CT---A---T---CC--AAA---G----TCCC--CC----GTC-AC---T--GGAAAC----AA-GAC----ATT-GTATCTGCAAACTATATGAAGAA----AGAT-C---C-TCAT-GA--T-G--T-TAG----C-AACTACAGGCCAATATCCTT--ACTCAG-TG-CAATCTGTAAAGTCCTTGAA---AGGAT---TATCCGCAAA
gi|22795 : GAAAAAGCTAACATTTTAAACGAGTTCTT-CACATCCCAAAC---A-TTTCT-----TAACGATGAACAC---AAAGCC-TTACCT--GATA---TTCCTATTTGTCAAA--CAAGA-CCTCAATTAAATACT-ATTA-A-A-ATTA------CA-CC-A--TTA-GAGGTTA-AATCTA---CTCTTCAAAT--GCT--AAA---------AC-------TG---------GGAAAGGCATCTGGCCCAGACTCTATAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTA-ATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTCA-AACATG---TACT---GT--T---CC--AAA---A----TT---------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GT---TA-GTGCAATTTTTTAAAAAAA----CGAC-C---CTTC-C-GA--T-G----TAT----CAAATTATCGTCCTATTTCTCT--TCTTTGTTG-C-ATTGAAAAGGTTATGGAA---AAAAT---TATTCATAAA
gi|22796 : GAAAAGGCTAACATTTTAAACGAGTTCTT-CACATCCCAAAC---T-TTTCT-----TAACGATGAACAC---AAAGCC-TTACCT--GATA---TTCCTATTTGTCAAA--CAAGA-CCTCAATTAAATACT-ATTA-A---ATT-------TACAC-CATTA--GAGGTTA-AATCTA---CTCTTCAAAT--GCT--AAA---------AC-------TG---------GGAAAAGCATCTGGCCCAGACTCTATAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTA-ATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTCA-AACATG---TACT---GT--T---CC--AAA---A----TT---------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GT---TA-GTGCAATTTTTAAAAAAAA----CGAC-C---CTTC-C-GA--T-G----TAT----CAAATTATCGTCCTATTTCTCT--TCTTTGTTG-C-ATTGAAAAGGTTATGGAA---AAAAT---TATTCATAAA
gi|22797 : AAAGCAAACATATTAAATAATTTTTTCCA-GGAACAGAC---AATTCTTAATGATGAC-A---ATA-------TTT-TA-CCACCAATCATATTACCA--AG-TGATAACAATGATATCATTTCATT--T-ATTAGA-CTATC----------GC-C--TAACGATGT---AA-GTAGTATCCTAAAAAC--ACTGCCAA------------------CA---------GGCAAAGCCTCAGGTTCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATTATC----GACG--CC--TTTATG-------------CA-AC----T--TATTTAACGTTTG---T-CT---G---A---CC--AAA---AGTGTTTTC--CCAAAAGTC------T--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAC-C---C-TT-C-TT--TGG--T-TAA----T-AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22798 : AAAGCAAACATATTAAATAATTTTTTCCA-GGAACAGAC---AATTCTTAATGATGAC-A---ATA-------TTT-TA-CCACCAATCATATTACCA--AG-TGATAACAATGATATCATTTCATT--T-ATTAGA-CTATC----------GC-C--TAACGATGT---AA-GTAATATCTTAAAAAC--ACTGCCAA------------------CA---------GGCAAAGCCTCAGGTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATCATC----GACG--CC--TTTATG-------------CA-AC----T--TATTTAACGTTTG---T-CT---G---A---CC--AAA---AGTGTTTTC--CCAAAAGTC------T--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAT-C---C-TT-C-TT--T-GGTT-TA-----T-AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22799 : AAAGCAAA-ATGTTAAATAATTTCTTCCA-GGAACAGACC--A-TTCTTAATGATGAC-A---ATATTTTACCACCATT-CC-----TT---TTACCA--AG-TGATAACAATGA---AAACGTATCAATTATTA-G-T-CTA-------CA-GC-C--TAACCATGT---AA-ATAGTATCTTAAAAACAATAC--CAA------------------CA---------GGCAAAGCCTCAGTTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA-----TCT--A---GTAAATTATC----GGCG--CC--TATATGCGTT-T---AT-TTA-AC---------------GTTTG---T-TT---G---A---CC--AAAAGTG----TTTT--CA----CTA-AAG--TAAGGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTATTTATAAAAAGGA----AGAT-CG--T-TC-C-TT--T-G--T-TAA----T-AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TTATTGGCAAA-TGTTTGAA---AGACT---TATTTATAAA
gi|22800 : AACT-ACCAACCATTC-ATC-ATCTCTACATCA-GTAC--TAAAGGAGTCCAAA---AACAACTTGAAAAC---CT--CAA---------CA-------CT---------GCGAAAGCAATGGGCCCAGACTGCATCCCTA---AC-AT-AGTCC-T-AAAGACATGCGC-CGA---A-GAACTATC--CC--CCGGCC--TATGTG-ACA-T---CTACCA-AC--------ACTC--CATAGA---T-AC---A---G---GC--AAA---C----TT----CC----ATCTGA---T--TGGCGG----AATG-C----TTTCATCTCCCCGGTCTTCAAGAAAGGCGATAGACAC---C-T--------T-G--C-AGA----G-AACTACCGTCCAGTCTCACTCACCTCCG-TA-CCAT--GCAAAATCCTAGAACATATAATCTGTAGCCACA
gi|22801 : aCGTCTTACAAAC--GCTA-CAA---------GT-------T----------GGTAAAGCAACAGGTTCAGACGCTGTGAATA---AT-AA-AGTAC-TAAAAGA---ACTATCTA---ATGAATTGTC--ACTGCC--AC--TAGCTA-ATC-T---AT-TCA-A-----T--TACTC--CTTAGA---C-AT---G---T---GC--AAA---A----TTCCGGCT----GC---A---T--GGAAAG----AA-G-C----AAATGTTTGTGCTATATTTAAGAAAAA----TGAT-C---C-AC-CTGA----------AGCATCC-AATTATCGTTCTATCTCCCT--T-TTAT-CGACTTTAGACAAAGTCATGGAA---AAGAT---AGTCCATAAA
gi|22802 : AATAT--TCT--TAATTTGTTACCAG-------CA---------GGTAAAGCCTCCGGCCCCGATGAAATTAATA---ATTAT-GAT-C-TCCGTGT---GCT---AAGTAAGGAATTATC--GTCTCC--AT--TGTGTG-ATT-T---GT-TTA-AC----TCTTGTTTAACAAACGG--T-TT---AAATC---CC--AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-CAGTC-TT-T-G-----G--C-TAA----T-AATTATTGACCTATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAACAAAGATTTTAAA---AG
gi|22803 : AATAT--TCT--TAATTTGTTACCAG-------CA---------GGTAAAGCCTCCGGCCCCGATGAAATTAATA---ATTAT--GTTC-TCCGTGT---GCT---AAGTAAGGAATTATC--GTCTCC--AT--TGTGTG-ATT-T---GT-TTA-AC----TCTTGTTTAACAAACGG--T-TT---A---TATCCC--AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AAAC-CCGTC-TT-T-G-----G--C-TAA----T-AATTACAGACCTATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAACAAAGTATTTGAA---AG
gi|22804 : AAGT--TCT--TGA---------ACTGGCCAACA---------GGCAAAGCCTCAGGTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATTATC----GACG--CC--TTTAT-------------TCA-AC----T--TATTTAACGTTTG---T-CT---G---A---CC--AAAAGTG----TTTT--CC----CTA-AAGTCT--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAC-C---C-TT-C-TT--TGG--T-TAA----T-AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22805 : AT--TCT--TAA---------GT-------CGTTACGAGTTGGAAAAGCCTCAAGTCCCGATGAAATTAATA---AT-TTTGGTGC-TCCGTGA---ACTAAGAA---ATGAATTATC----GATC--CC--TCTGTG-TTT-TTTGCT-TAACAC----T--TGTTTATCAAATGGTTT-TT---A---T---CCC-AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCAATTTAAAAGAAAGG----AGAC-CCGTC-TT-T-G-----G--C-TAA----T-AATTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AG
gi|22806 : AT--TCT--TAA---------GT-------CGTTACCAGTTGGAAAAGCCTCAGGTCCCGATGAAATTAATA---ATTAT--GTGC-TCCGTGA---ACT---AAGTAATGAATTATCGACC--CC--AC--TGTGTG-ATT-T---GT-TTA-ACAC--T--TGCTTAACAAACGGTTT-TT---A---T---CCT-AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAT-CCGTC-TT-T-G-----G--C-TAA----T-AATTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-CG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AG
gi|22807 : ---------GGAAAAACCTAAGGTCCCAATGAAATTAATA---AT-TG-CGTGC-TCCGTGA---ACT---AAGTAATGAATTATC----GACC--CCAATGTGTG-ATT-T---GT-TTA-ACAC--T--TGTTTAACAAACGGTTT-TT---A---T---CTT-AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AT-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-GT-C-TT--T-G--TCTAA----T-AATTACAGACCAATTTTACT--TCTTAA-TG-
gi|22808 : atttttaagtcgttaccagttAA---------AC-------TG---------GGAAAAGCATCTGGCCCAGACTCTGTAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTA-ATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTCA-AACATG---TACT---G---T---TCAAAAA---G----T----------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GT---TA-GTGCAATTT-TAAAAAAAA----CGAC-C---CTTC-C-GA--T-GTAT-TA-------AATTATCGCCCTATTTCTCT--TC---A-TT-TCACTTGCA------TTGAA---AAGGT---TATTCATAAAtattgaatagagt
gi|22809 : taAA---------AA-------CT---------GGAAAAGGTTCTGGACCTGATGGTATAAATA---TTTAT--GTAT-TAAAACA---ATTATCTA---ACGAACTATC--ACAGCC--TC--TA-GTG-AGCAT---AT-TCA-GT----C--TA-TCT-CTTAAT---T-CTGGAA---T---------A---G----TCCT--CC----GAA-TA---T--GGAAAG----AG-G-CAAATGTT---AC-TCCTATTTTTAAACAAAA----CAAC-C---CATC-A-GAACC-G--T-C------C-AATTACAGACCGATTTCACT--ATTAAG-CG-TAATAGGCAAAGTTTTCGAG---AGAGT---TAT
gi|22810 : ---T--GGAAGG----AA-G-C----GTCCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-T---CGTC-T-TT--TGG--C-TAA----T-ACTTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AGGCT---TAT
Alignments
lowQualScore : 11111 111 1111 111 111 11 1111111 111 3333333333333333333333 111111 22222222 222222 33333333333333 111 11111111 5555555555555555555 11111 2222222222222222222222
lowQualScore : 1 22 4 7 00000 666 7 8 5555 22 3 7 000 0 222 0 6 7 55 7 1 6 6 777 4444444 3 3 44 5 0 555 77 1 1 444 77 7777777777777777777777 6666666 1 0 3 0 33 666666 999 1 7 0 4444 66666666 3 111111 333 22 1 0 1 7777 1 1 55555555555555 1 0 333 5 88888888888 5 33333333 3333333333333333333 22 11111 1 1 88888888 1 3333 1 9999999999999999999999 5 1 1 1 1 333 1 44 1 00 77 0 22 3 333 444
lowQualScore : . .. . . ..... ... . . .... .. . . ... . ... . . . .. . . . . ... ....... . . .. . . ... .. . . ... .. ...................... ....... . . . . .. ...... ... . . . .... ........ . ...... ... .. . . . .... . . .............. . . ... . ........... . ........ ................... .. ..... . . ........ . .... . ...................... . . . . . ... . .. . .. .. . .. . ... ...
lowQualScore : 0 99 0 3 66666 333 3 0 0000 44 6 3 222 9 777 5 5 3 00 0 0 7 7 666 2222222 3 3 66 4 2 000 11 7 9 444 99 1111111111111111111111 2222222 0 9 8 7 88 555555 777 0 6 7 1111 22222222 1 222222 666 66 0 4 9 1111 9 9 00000000000000 6 9 888 7 33333333333 7 66666666 2222222222222222222 55 77777 8 8 00000000 6 9999 8 0000000000000000000000 2 3 6 6 0 555 0 55 9 77 00 2 88 0 555 444
consensus : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAANGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCG---------G-------GNAAAGCCTCCGGTCCCGACGNCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---GCTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--NC--TNTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T--TACTCA-CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCNATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-T-C-C-GA--T-G--T-TAATAACTACAGACCNATNTCNCT--NCTNAG-CG-CAATCGGCAAAGTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
Reference ( family-756 ) : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAANGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCG---------G-------GNAAAGCCTCCGGTCCCGACGNCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---GCTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--NC--TNTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T--TACTCA-CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCNATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-T-C-C-GA--T-G--T-TAACAACTACAGACCNATNTCNCT--NCTNAG-CG-CAATCGGCAAAGTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22789 : ATCACAACAACAACACATATGAAACAAACACAGAAAAAACAGACATACTCAACACGTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGACC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGACACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTAAA---ACGAACTATC--CCGACC--AC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-A-----T--TACTC--CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACAAGAAGAA----AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-G--T-TAGCAACTACAGGCTAATCTCCCT--ACTCAG-TG-CCGTCTGTAAAGTCCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22790 : ATCACAACAACAACACATATGAA-CAAACACAGAAAAAGCAGACATACTCAGCACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGACC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGATGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGACACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTCAA---ACGAACTATC--CCGACC--TC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-A-----T--TACTC--CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACTAGAAGAA----AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-T--T-TAGCAACTACAGGCCAATCTCCAT--ACTCAG-TG-CAGTCAGTAAAGTCCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22791 : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAA-GCAGACATACTTAACTATTTATTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGTGTA----AAGGCC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AG-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------C-------GGAAAGCCACCGGTCCCAATACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--TC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T--T-CTC--CGTAAG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--AGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACGAGAAGAA----AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-G--T-TAGCAACTACAGGCCAATCTCCCT--ACTCAG-TG-CAATCAGTAAAGTCCTCGAA---AGAA----TATCCACAAA
gi|22792 : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAGACATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACAAATA----AAGACC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CACGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGACGCCCTTAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGATACCATCAAGA---AC-AT-AGTGC-ACAAAGA---ACTCTCAA---ACGAACTATC--CCGACC--TC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-AC-------TACTC--CGTACG---T-CT---A---T---CA-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAA------------------------------CTAAAAGAA-------AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-G--T-TAGCAACTACAGGCCAATCTCCCT--ACTTAG-TG-CAATCAGTAAAGTCCTCGAA---ATGAT---TATCCACAAA
gi|22793 : ATAACAACAACACATACGAAACAAACACAGGAAAAGCATATATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAAGTGA-ATAATG--AATGAC-ATGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AA------------CAG-CGAT--CACGGTCCTTAAATCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-AC-C--TAAGGAAGT---TA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAT---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGATACCATCAACA---AC-AT-AGTCC-TCAACGA---ACTTTCAA---ACGAACTATA--CCGACT--TC--TCTGTGATC-T---CT-TTA-AC-------TACTC--CCTACG---C-CT---A---T---CC-AAA---C----TTCC--CC----GTC-AA---T--TTAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACAAGAAGAA----AGAC-C---C-T-C---------------------------------TCCCT--ATCCAG-TA-CAATCAGAAAAGTCCTCGAA---AGGAT---TATCCACAAA
gi|22794 : ACAACAACACATACGAAACATACACAGAAAAAGCAAACATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTTCTA--GATAAC-ACGAACA----AATGCC-TC-CCA--AACC---TTTCCATCAA-GGAT--GACTGTTCTAAACTCACCAAA-ATCT-A-C-ATC-------CA-AC-C--TAATGAAGT---TA-CTGACACTTT-AAAAT--ACT--TAA---------ATCC---------G-------GGAAAGCCACCGTTCCCGATACCATCAATA---AC-AT-AGTTC-TAAAATA---ACTTTCAA---ACGAACTTTC--CCAACC--TG--TCAGTGATT-T---CT-TTA-AC-------TACTC--CCTACG---C-CT---A---T---CC-AAA---G----TCCC--CC----GTC-AC---T--GGAAAC----AA-GAC----ATT-GTATCTGCAAACTATATGAAGAA----AGAT-C---C-T-CAT-GA--T-G--T-TAGCAACTACAGGCCAATATCCTT--ACTCAG-TG-CAATCTGTAAAGTCCTTGAA---AGGAT---TATCCGCAAA
gi|22795 : GAAAAAGCTAACATTTTAAACGAGTTCTT-CACATCCCAAAC---A-TTTCT-----TAACGATGAACAC---AAAGCC-TTACCT--GATA---TTCCTATTTGTCAAA--CAAGA-CCTCAATTAAATACT-ATTA-A-A-ATTA------CA-CC-A--TTA-GAGGTTA-AATCTA---CTCTTCAAAT--GCT--AAA---------ACTG---------G-------GAAAGGCATCTGGCCCAGACTCTATAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTAATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTCA-AACATG---TACT---GT--T---CC-AAA---A----TT---------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GT---TA-GTGCAATTTTTTAAAAAAA----CGAC-C---CTT-C-C-GA--T-G--TATCA-AATTATCGTCCTATTTCTCT--TCTTTGTTG-C-ATTGAAAAGGTTATGGAA---AAAAT---TATTCATAAA
gi|22796 : GAAAAGGCTAACATTTTAAACGAGTTCTT-CACATCCCAAAC---T-TTTCT-----TAACGATGAACAC---AAAGCC-TTACCT--GATA---TTCCTATTTGTCAAA--CAAGA-CCTCAATTAAATACT-ATTA-A---ATT-------TACAC-CATTA--GAGGTTA-AATCTA---CTCTTCAAAT--GCT--AAA---------ACTG---------G-------GAAAAGCATCTGGCCCAGACTCTATAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTAATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTCA-AACATG---TACT---GT--T---CC-AAA---A----TT---------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GT---TA-GTGCAATTTTTAAAAAAAA----CGAC-C---CTT-C-C-GA--T-G--TATCA-AATTATCGTCCTATTTCTCT--TCTTTGTTG-C-ATTGAAAAGGTTATGGAA---AAAAT---TATTCATAAA
gi|22797 : AAAGCAAACATATTAAATAATTTTTTCCA-GGAACAGAC---AATTCTTAATGATGAC-A---ATA-------TTT-TA-CCACCAATCATATTACCA--AG-TGATAACAATGATATCATTTCATT--T-ATTAGA-CTATC----------GC-C--TAACGATGT---AA-GTAGTATCCTAAAAAC--ACTGCCAA-----------CA---------G-------GCAAAGCCTCAGGTTCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATTATC----GACG--CC--TTTATG------------CA-AC----T--TATTTAACGTTTG---T-CT---G---A---CC-AAA---AGTGTTTTC--CCAAAAGTC------T--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAC-C---C-T-T-C-TT--T-GG-T-TAATAACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22798 : AAAGCAAACATATTAAATAATTTTTTCCA-GGAACAGAC---AATTCTTAATGATGAC-A---ATA-------TTT-TA-CCACCAATCATATTACCA--AG-TGATAACAATGATATCATTTCATT--T-ATTAGA-CTATC----------GC-C--TAACGATGT---AA-GTAATATCTTAAAAAC--ACTGCCAA-----------CA---------G-------GCAAAGCCTCAGGTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATCATC----GACG--CC--TTTATG------------CA-AC----T--TATTTAACGTTTG---T-CT---G---A---CC-AAA---AGTGTTTTC--CCAAAAGTC------T--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAT-C---C-T-T-C-TT--T-GG-T-TTATAACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22799 : AAAGCAAA-ATGTTAAATAATTTCTTCCA-GGAACAGACC--A-TTCTTAATGATGAC-A---ATATTTTACCACCATT-CC-----TT---TTACCA--AG-TGATAACAATGA---AAACGTATCAATTATTA-G-T-CTA-------CA-GC-C--TAACCATGT---AA-ATAGTATCTTAAAAACAATAC--CAA-----------CA---------G-------GCAAAGCCTCAGTTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA-----TCT--A---GTAAATTATC----GGCG--CC--TATATG--C-G---TT-T---AT----T--TA---A-CGTTTG---T-TT---G---A---CC-AAAAGTG----TTTT--CA----CTA-AAG--TAAGGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTATTTATAAAAAGGA----AGAT-CG--T-T-C-C-TT--T-G--T-TAATAACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TTATTGGCAAA-TGTTTGAA---AGACT---TATTTATAAA
gi|22800 : AACT-ACCAACCATTC-ATC-ATCTCTACATCA-GTAC--TAAAGGAGTCCAAA---AACAACTTGAAAAC---CT--CAA---------CACT---------G-------CGAAAGCAATGGGCCCAGACTGCATCCCTA---AC-AT-AGTCC-T-AAAGACATGCGC-CGA---A-GAACTATC--CC--CCGGCC--TATGTGACA-T---CTACCA-AC--------ACTC--CATAGA---T-AC---A---G---GC-AAA---C----TT----CC----ATCTGA---T--TGGCGG----AATG-C----TTTCATCTCCCCGGTCTTCAAGAAAGGCGATAGACAC---C-T---------T-G--C-AGAGAACTACCGTCCAGTCTCACTCACCTCCG-TA-CCAT--GCAAAATCCTAGAACATATAATCTGTAGCCACA
gi|22801 : aCGTCTTACAAAC--GCTA-CAA---------GTTG---------G--------TAAAGCAACAGGTTCAGACGCTGTGAATA---AT-AA-AGTAC-TAAAAGA---ACTATCTA---ATGAATTGTC--ACTGCC--AC--TAGCTAATC-T---AT-TCA-A-----T--TACTC--CTTAGA---C-AT---G---T---GC-AAA---A----TTCCGGCT----GC---A---T--GGAAAG----AA-G-C----AAATGTTTGTGCTATATTTAAGAAAAA----TGAT-C---C-A-C-CTGA--A-G--C-ATCCAATTATCGTTCTATCTCCCT--T-TTAT-CGACTTTAGACAAAGTCATGGAA---AAGAT---AGTCCATAAA
gi|22802 : AATAT--TCT--TAATTTGTTACCAGCA---------G-------GTAAAGCCTCCGGCCCCGATGAAATTAATA---ATTAT-GAT-C-TCCGTGT---GCT---AAGTAAGGAATTATC--GTCTCC--AT--TGTGTGATT-T---GT-TTA-AC----TCTTGTTTAACAAACGG--T-TT---AAATC---CC-AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-CAGTC-T-T-T-G-----G--C-TAATAATTATTGACCTATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAACAAAGATTTTAAA---AG
gi|22803 : AATAT--TCT--TAATTTGTTACCAGCA---------G-------GTAAAGCCTCCGGCCCCGATGAAATTAATA---ATTAT--GTTC-TCCGTGT---GCT---AAGTAAGGAATTATC--GTCTCC--AT--TGTGTGATT-T---GT-TTA-AC----TCTTGTTTAACAAACGG--T-TT---A---TATCCC-AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AAAC-CCGTC-T-T-T-G-----G--C-TAATAATTACAGACCTATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAACAAAGTATTTGAA---AG
gi|22804 : AAGT--TCT--TGA---------ACTG---------GCCAACAGGCAAAGCCTCAGGTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATTATC----GACG--CC--TTTAT------------TCA-AC----T--TATTTAACGTTTG---T-CT---G---A---CC-AAAAGTG----TTTT--CC----CTA-AAGTCT--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAC-C---C-T-T-C-TT--T-GG-T-TAATAACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22805 : AT--TCT--TAA---------GTCGTTACGAGTTG-------GAAAAGCCTCAAGTCCCGATGAAATTAATA---AT-TTTGGTGC-TCCGTGA---ACTAAGAA---ATGAATTATC----GATC--CC--TCTGTGTTT-TTTGCT-TAACAC----T--TGTTTATCAAATGGTTT-TT---A---T---CCCAAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCAATTTAAAAGAAAGG----AGAC-CCGTC-T-T-T-G-----G--C-TAATAATTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AG
gi|22806 : AT--TCT--TAA---------GTCGTTACCAGTTG-------GAAAAGCCTCAGGTCCCGATGAAATTAATA---ATTAT--GTGC-TCCGTGA---ACT---AAGTAATGAATTATCGACC--CC--AC--TGTGTGATT-T---GT-TTA-ACAC--T--TGCTTAACAAACGGTTT-TT---A---T---CCTAAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAT-CCGTC-T-T-T-G-----G--C-TAATAATTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-CG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AG
gi|22807 : AT--TTT--TAA---------GTCGTTACCAGTTG-------GAAAAACCTAAGGTCCCAATGAAATTAATA---AT-TG-CGTGC-TCCGTGA---ACT---AAGTAATGAATTATC----GACC--CCAATGTGTGATT-T---GT-TTA-ACAC--T--TGTTTAACAAACGGTTT-TT---A---T---CTTAAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AT-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-G-T-C-TT--T-G--TCTAATAATTACAGACCAATTTTACT--TCTTAA-TG-TA
gi|22808 : AA---------ACTG---------G-------GAAAAGCATCTGGCCCAGACTCTGTAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTAATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTCA-AACATG---TACT---G---T---TC-AAAAA-G----T----------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GTT---A-GTGCAATTT-TAAAAAAAA----CGAC-C---C-TTC-C-GA--T-GTAT-TA--AATTATCGCCCTATTTCTCT--TCttgaatagagt
gi|22809 : taAA---------AACT---------G-------GAAAAGGTTCTGGACCTGATGGTATAAATA---TTTAT--GTAT-TAAAACA---ATTATCTA---ACGAACTATC--ACAGCC--TC--TA-GTGAGCAT---AT-TCA-GT----C--TA-TCT-CTTAAT---T-CTGGAA---T--------A---G----TCCT--CC----GAA-TA---T--GGAAAG----AG-G-CAAATGTT---AC-TCCTATTTTTAAACAAAA----CAAC-C---CAT-C-A-GAACC-G--T-C--CAATTACAGACCGATTTCACT--ATTAAG-CG-TAATAGGCAAAGTTTTCGAG---AGAGT---TATatttcacttgcattgaaaaggttattcataaa
gi|22810 : ---T--GGAAGG----AA-G-C----GTCCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-T---CGT-C-T-TT--TGG--C-TAATACTTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AGGCT---TAT
Alignments
lowQualScore : 11111 111 1111 111 111 11 1111111 111 3333333333333333333333 111111 22222222 222222 33333333333333 111 11111111 5555555555555555555 11111 333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 22 4 7 00000 666 7 8 5555 22 3 7 000 0 222 0 6 7 55 7 1 6 6 777 4444444 3 3 44 5 0 555 77 1 1 444 77 7777777777777777777777 6666666 1 0 3 0 33 666666 999 1 7 0 4444 66666666 3 111111 333 22 1 0 1 7777 1 1 55555555555555 1 0 333 5 88888888888 5 33333333 3333333333333333333 22 11111 1 1 88888888 1 3333 1 000000000000000000000000000 1 1 1 1 333 1 44 1 00 77 0 22 3 333 444
lowQualScore : . .. . . ..... ... . . .... .. . . ... . ... . . . .. . . . . ... ....... . . .. . . ... .. . . ... .. ...................... ....... . . . . .. ...... ... . . . .... ........ . ...... ... .. . . . .... . . .............. . . ... . ........... . ........ ................... .. ..... . . ........ . .... . ........................... . . . . ... . .. . .. .. . .. . ... ...
lowQualScore : 0 99 0 3 66666 333 3 0 0000 44 6 3 222 9 777 5 5 3 00 0 0 7 7 666 2222222 3 3 66 4 2 000 11 7 9 444 99 1111111111111111111111 2222222 0 9 8 7 88 555555 777 0 6 7 1111 22222222 1 222222 666 66 0 4 9 1111 9 9 00000000000000 6 9 888 7 33333333333 7 66666666 2222222222222222222 55 77777 8 8 00000000 6 9999 8 111111111111111111111111111 3 6 6 0 555 0 55 9 77 00 2 88 0 555 444
consensus : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAANGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCG---------G-------GNAAAGCCTCCGGTCCCGACGNCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---GCTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--NC--TNTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T--TACTCA-CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCNATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-T-C-C-GA--T-G-T-TAAT--AACTACAGACCNATNTCNCT--NCTNAG-CG-CAATCGGCAAAGTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
Reference ( family-756 ) : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAANGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCG---------G-------GNAAAGCCTCCGGTCCCGACGNCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---GCTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--NC--TNTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T--TACTCA-CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCNATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-T-C-C-GA--T-G-T-TAAT--AACTACAGACCNATNTCNCT--NCTNAG-CG-CAATCGGCAAAGTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22789 : ATCACAACAACAACACATATGAAACAAACACAGAAAAAACAGACATACTCAACACGTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGACC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGACACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTAAA---ACGAACTATC--CCGACC--AC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-A-----T--TACTC--CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACAAGAAGAA----AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-G-T-TAGC--AACTACAGGCTAATCTCCCT--ACTCAG-TG-CCGTCTGTAAAGTCCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22790 : ATCACAACAACAACACATATGAA-CAAACACAGAAAAAGCAGACATACTCAGCACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGACC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGATGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGACACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTCAA---ACGAACTATC--CCGACC--TC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-A-----T--TACTC--CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACTAGAAGAA----AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-T-T-TAGC--AACTACAGGCCAATCTCCAT--ACTCAG-TG-CAGTCAGTAAAGTCCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22791 : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAA-GCAGACATACTTAACTATTTATTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGTGTA----AAGGCC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AG-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------C-------GGAAAGCCACCGGTCCCAATACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--TC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T--T-CTC--CGTAAG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--AGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACGAGAAGAA----AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-G-T-TAGC--AACTACAGGCCAATCTCCCT--ACTCAG-TG-CAATCAGTAAAGTCCTCGAA---AGAA----TATCCACAAA
gi|22792 : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAGACATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACAAATA----AAGACC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CACGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGACGCCCTTAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGATACCATCAAGA---AC-AT-AGTGC-ACAAAGA---ACTCTCAA---ACGAACTATC--CCGACC--TC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-AC-------TACTC--CGTACG---T-CT---A---T---CA-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAA------------------------------CTAAAAGAA-------AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-G-T-TAGC--AACTACAGGCCAATCTCCCT--ACTTAG-TG-CAATCAGTAAAGTCCTCGAA---ATGAT---TATCCACAAA
gi|22793 : ATAACAACAACACATACGAAACAAACACAGGAAAAGCATATATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAAGTGA-ATAATG--AATGAC-ATGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AA------------CAG-CGAT--CACGGTCCTTAAATCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-AC-C--TAAGGAAGT---TA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAT---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGATACCATCAACA---AC-AT-AGTCC-TCAACGA---ACTTTCAA---ACGAACTATA--CCGACT--TC--TCTGTGATC-T---CT-TTA-AC-------TACTC--CCTACG---C-CT---A---T---CC-AAA---C----TTCC--CC----GTC-AA---T--TTAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACAAGAAGAA----AGAC-C---C-T-C----------------------------------TCCCT--ATCCAG-TA-CAATCAGAAAAGTCCTCGAA---AGGAT---TATCCACAAA
gi|22794 : ACAACAACACATACGAAACATACACAGAAAAAGCAAACATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTTCTA--GATAAC-ACGAACA----AATGCC-TC-CCA--AACC---TTTCCATCAA-GGAT--GACTGTTCTAAACTCACCAAA-ATCT-A-C-ATC-------CA-AC-C--TAATGAAGT---TA-CTGACACTTT-AAAAT--ACT--TAA---------ATCC---------G-------GGAAAGCCACCGTTCCCGATACCATCAATA---AC-AT-AGTTC-TAAAATA---ACTTTCAA---ACGAACTTTC--CCAACC--TG--TCAGTGATT-T---CT-TTA-AC-------TACTC--CCTACG---C-CT---A---T---CC-AAA---G----TCCC--CC----GTC-AC---T--GGAAAC----AA-GAC----ATT-GTATCTGCAAACTATATGAAGAA----AGAT-C---C-T-CAT-GA--T-G-T-TAGC--AACTACAGGCCAATATCCTT--ACTCAG-TG-CAATCTGTAAAGTCCTTGAA---AGGAT---TATCCGCAAA
gi|22795 : GAAAAAGCTAACATTTTAAACGAGTTCTT-CACATCCCAAAC---A-TTTCT-----TAACGATGAACAC---AAAGCC-TTACCT--GATA---TTCCTATTTGTCAAA--CAAGA-CCTCAATTAAATACT-ATTA-A-A-ATTA------CA-CC-A--TTA-GAGGTTA-AATCTA---CTCTTCAAAT--GCT--AAA---------ACTG---------G-------GAAAGGCATCTGGCCCAGACTCTATAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTAATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTCA-AACATG---TACT---GT--T---CC-AAA---A----TT---------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GT---TA-GTGCAATTTTTTAAAAAAA----CGAC-C---CTT-C-C-GA--T-G-T---ATCAAATTATCGTCCTATTTCTCT--TCTTTGTTG-C-ATTGAAAAGGTTATGGAA---AAAAT---TATTCATAAA
gi|22796 : GAAAAGGCTAACATTTTAAACGAGTTCTT-CACATCCCAAAC---T-TTTCT-----TAACGATGAACAC---AAAGCC-TTACCT--GATA---TTCCTATTTGTCAAA--CAAGA-CCTCAATTAAATACT-ATTA-A---ATT-------TACAC-CATTA--GAGGTTA-AATCTA---CTCTTCAAAT--GCT--AAA---------ACTG---------G-------GAAAAGCATCTGGCCCAGACTCTATAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTAATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTCA-AACATG---TACT---GT--T---CC-AAA---A----TT---------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GT---TA-GTGCAATTTTTAAAAAAAA----CGAC-C---CTT-C-C-GA--T-G-T---ATCAAATTATCGTCCTATTTCTCT--TCTTTGTTG-C-ATTGAAAAGGTTATGGAA---AAAAT---TATTCATAAA
gi|22797 : AAAGCAAACATATTAAATAATTTTTTCCA-GGAACAGAC---AATTCTTAATGATGAC-A---ATA-------TTT-TA-CCACCAATCATATTACCA--AG-TGATAACAATGATATCATTTCATT--T-ATTAGA-CTATC----------GC-C--TAACGATGT---AA-GTAGTATCCTAAAAAC--ACTGCCAA-----------CA---------G-------GCAAAGCCTCAGGTTCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATTATC----GACG--CC--TTTATG------------CA-AC----T--TATTTAACGTTTG---T-CT---G---A---CC-AAA---AGTGTTTTC--CCAAAAGTC------T--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAC-C---C-T-T-C-TT--T-GGT-TAAT--AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22798 : AAAGCAAACATATTAAATAATTTTTTCCA-GGAACAGAC---AATTCTTAATGATGAC-A---ATA-------TTT-TA-CCACCAATCATATTACCA--AG-TGATAACAATGATATCATTTCATT--T-ATTAGA-CTATC----------GC-C--TAACGATGT---AA-GTAATATCTTAAAAAC--ACTGCCAA-----------CA---------G-------GCAAAGCCTCAGGTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATCATC----GACG--CC--TTTATG------------CA-AC----T--TATTTAACGTTTG---T-CT---G---A---CC-AAA---AGTGTTTTC--CCAAAAGTC------T--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAT-C---C-T-T-C-TT--T-GGT-TTAT--AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22799 : AAAGCAAA-ATGTTAAATAATTTCTTCCA-GGAACAGACC--A-TTCTTAATGATGAC-A---ATATTTTACCACCATT-CC-----TT---TTACCA--AG-TGATAACAATGA---AAACGTATCAATTATTA-G-T-CTA-------CA-GC-C--TAACCATGT---AA-ATAGTATCTTAAAAACAATAC--CAA-----------CA---------G-------GCAAAGCCTCAGTTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA-----TCT--A---GTAAATTATC----GGCG--CC--TATATG--C-G---TT-T---AT----T--TA---A-CGTTTG---T-TT---G---A---CC-AAAAGTG----TTTT--CA----CTA-AAG--TAAGGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTATTTATAAAAAGGA----AGAT-CG--T-T-C-C-TT--T-G-T-TAAT--AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TTATTGGCAAA-TGTTTGAA---AGACT---TATTTATAAA
gi|22800 : AACT-ACCAACCATTC-ATC-ATCTCTACATCA-GTAC--TAAAGGAGTCCAAA---AACAACTTGAAAAC---CT--CAA---------CACT---------G-------CGAAAGCAATGGGCCCAGACTGCATCCCTA---AC-AT-AGTCC-T-AAAGACATGCGC-CGA---A-GAACTATC--CC--CCGGCC--TATGTGACA-T---CTACCA-AC--------ACTC--CATAGA---T-AC---A---G---GC-AAA---C----TT----CC----ATCTGA---T--TGGCGG----AATG-C----TTTCATCTCCCCGGTCTTCAAGAAAGGCGATAGACAC---C-T---------T-G-C-AGAG--AACTACCGTCCAGTCTCACTCACCTCCG-TA-CCAT--GCAAAATCCTAGAACATATAATCTGTAGCCACA
gi|22801 : aCGTCTTACAAAC--GCTA-CAA---------GTTG---------G--------TAAAGCAACAGGTTCAGACGCTGTGAATA---AT-AA-AGTAC-TAAAAGA---ACTATCTA---ATGAATTGTC--ACTGCC--AC--TAGCTAATC-T---AT-TCA-A-----T--TACTC--CTTAGA---C-AT---G---T---GC-AAA---A----TTCCGGCT----GC---A---T--GGAAAG----AA-G-C----AAATGTTTGTGCTATATTTAAGAAAAA----TGAT-C---C-A-C-CTGA--A-G-C---ATCCAATTATCGTTCTATCTCCCT--T-TTAT-CGACTTTAGACAAAGTCATGGAA---AAGAT---AGTCCATAAA
gi|22802 : AATAT--TCT--TAATTTGTTACCAGCA---------G-------GTAAAGCCTCCGGCCCCGATGAAATTAATA---ATTAT-GAT-C-TCCGTGT---GCT---AAGTAAGGAATTATC--GTCTCC--AT--TGTGTGATT-T---GT-TTA-AC----TCTTGTTTAACAAACGG--T-TT---AAATC---CC-AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-CAGTC-T-T-T-G-----G-C-TAAT--AATTATTGACCTATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAACAAAGATTTTAAA---AG
gi|22803 : AATAT--TCT--TAATTTGTTACCAGCA---------G-------GTAAAGCCTCCGGCCCCGATGAAATTAATA---ATTAT--GTTC-TCCGTGT---GCT---AAGTAAGGAATTATC--GTCTCC--AT--TGTGTGATT-T---GT-TTA-AC----TCTTGTTTAACAAACGG--T-TT---A---TATCCC-AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AAAC-CCGTC-T-T-T-G-----G-C-TAAT--AATTACAGACCTATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAACAAAGTATTTGAA---AG
gi|22804 : AAGT--TCT--TGA---------ACTG---------GCCAACAGGCAAAGCCTCAGGTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATTATC----GACG--CC--TTTAT------------TCA-AC----T--TATTTAACGTTTG---T-CT---G---A---CC-AAAAGTG----TTTT--CC----CTA-AAGTCT--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAC-C---C-T-T-C-TT--T-GGT-TAAT--AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22805 : AT--TCT--TAA---------GTCGTTACGAGTTG-------GAAAAGCCTCAAGTCCCGATGAAATTAATA---AT-TTTGGTGC-TCCGTGA---ACTAAGAA---ATGAATTATC----GATC--CC--TCTGTGTTT-TTTGCT-TAACAC----T--TGTTTATCAAATGGTTT-TT---A---T---CCCAAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCAATTTAAAAGAAAGG----AGAC-CCGTC-T-T-T-G-----G-C-TAAT--AATTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AG
gi|22806 : AT--TCT--TAA---------GTCGTTACCAGTTG-------GAAAAGCCTCAGGTCCCGATGAAATTAATA---ATTAT--GTGC-TCCGTGA---ACT---AAGTAATGAATTATCGACC--CC--AC--TGTGTGATT-T---GT-TTA-ACAC--T--TGCTTAACAAACGGTTT-TT---A---T---CCTAAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAT-CCGTC-T-T-T-G-----G-C-TAAT--AATTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-CG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AG
gi|22807 : AT--TTT--TAA---------GTCGTTACCAGTTG-------GAAAAACCTAAGGTCCCAATGAAATTAATA---AT-TG-CGTGC-TCCGTGA---ACT---AAGTAATGAATTATC----GACC--CCAATGTGTGATT-T---GT-TTA-ACAC--T--TGTTTAACAAACGGTTT-TT---A---T---CTTAAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AT-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-G-T-C-TT--T-G-TCTAAT--AATTACAGACCAATTTTACT--TCTTAA-TG-TA
gi|22808 : AA---------ACTG---------G-------GAAAAGCATCTGGCCCAGACTCTGTAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTAATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTCA-AACATG---TACT---G---T---TC-AAAAA-G----T----------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GTT---A-GTGCAATTT-TAAAAAAAA----CGAC-C---C-TTC-C-GA--T-G-T---ATTAAATTATCGCCCTATTTCTCT--TCttgaatagagt
gi|22809 : taAA---------AACT---------G-------GAAAAGGTTCTGGACCTGATGGTATAAATA---TTTAT--GTAT-TAAAACA---ATTATCTA---ACGAACTATC--ACAGCC--TC--TA-GTGAGCAT---AT-TCA-GT----C--TA-TCT-CTTAAT---T-CTGGAA---T--------A---G----TCCT--CC----GAA-TA---T--GGAAAG----AG-G-CAAATGTT---AC-TCCTATTTTTAAACAAAA----CAAC-C---CAT-C-A-GAACC-G-T-C--C--AATTACAGACCGATTTCACT--ATTAAG-CG-TAATAGGCAAAGTTTTCGAG---AGAGT---TATatttcacttgcattgaaaaggttattcataaa
gi|22810 : ---T--GGAAGG----AA-G-C----GTCCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-T---CGT-C-T-TT--TGG-C-TAAT--ACTTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AGGCT---TAT
Alignments
lowQualScore : 11111 111 1111 111 111 11 1111111 111 3333333333333333333333 111111 22222222 222222 33333333333333 111 11111111 5555555555555555555 11111 333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 22 4 7 00000 666 7 8 5555 22 3 7 000 0 222 0 6 7 55 7 1 6 6 777 4444444 3 3 44 5 0 555 77 1 1 444 77 7777777777777777777777 6666666 1 0 3 0 33 666666 999 1 7 0 4444 66666666 3 111111 333 22 1 0 1 7777 1 1 55555555555555 1 0 333 5 88888888888 5 33333333 3333333333333333333 22 11111 1 1 88888888 1 3333 1 000000000000000000000000000 1 1 1 1 333 1 44 1 00 77 0 22 3 333 444
lowQualScore : . .. . . ..... ... . . .... .. . . ... . ... . . . .. . . . . ... ....... . . .. . . ... .. . . ... .. ...................... ....... . . . . .. ...... ... . . . .... ........ . ...... ... .. . . . .... . . .............. . . ... . ........... . ........ ................... .. ..... . . ........ . .... . ........................... . . . . ... . .. . .. .. . .. . ... ...
lowQualScore : 0 99 0 3 66666 333 3 0 0000 44 6 3 222 9 777 5 5 3 00 0 0 7 7 666 2222222 3 3 66 4 2 000 11 7 9 444 99 1111111111111111111111 2222222 0 9 8 7 88 555555 777 0 6 7 1111 22222222 1 222222 666 66 0 4 9 1111 9 9 00000000000000 6 9 888 7 33333333333 7 66666666 2222222222222222222 55 77777 8 8 00000000 6 9999 8 111111111111111111111111111 3 6 6 0 555 0 55 9 77 00 2 88 0 555 444
consensus : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAANGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCG---------G-------GNAAAGCCTCCGGTCCCGACGNCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---GCTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--NC--TNTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T--TACTCA-CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCNATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-T-C-C-GA--T-G-T-TAAT--AACTACAGACCNATNTCNCT--NCTNAG-CG-CAATCGGCAAAGTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
Reference ( family-756 ) : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAANGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCG---------G-------GNAAAGCCTCCGGTCCCGACGNCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---GCTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--NC--TNTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T--TACTCA-CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCNATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-T-C-C-GA--T-G-T-TAAT--AACTACAGACCNATNTCNCT--NCTNAG-CG-CAATCGGCAAAGTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22789 : ATCACAACAACAACACATATGAAACAAACACAGAAAAAACAGACATACTCAACACGTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGACC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGACACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTAAA---ACGAACTATC--CCGACC--AC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-A-----T--TACTC--CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACAAGAAGAA----AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-G-T-TAGC--AACTACAGGCTAATCTCCCT--ACTCAG-TG-CCGTCTGTAAAGTCCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22790 : ATCACAACAACAACACATATGAA-CAAACACAGAAAAAGCAGACATACTCAGCACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGACC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGATGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGACACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTCAA---ACGAACTATC--CCGACC--TC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-A-----T--TACTC--CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACTAGAAGAA----AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-T-T-TAGC--AACTACAGGCCAATCTCCAT--ACTCAG-TG-CAGTCAGTAAAGTCCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22791 : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAA-GCAGACATACTTAACTATTTATTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGTGTA----AAGGCC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AG-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------C-------GGAAAGCCACCGGTCCCAATACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--TC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T--T-CTC--CGTAAG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--AGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACGAGAAGAA----AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-G-T-TAGC--AACTACAGGCCAATCTCCCT--ACTCAG-TG-CAATCAGTAAAGTCCTCGAA---AGAA----TATCCACAAA
gi|22792 : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAGACATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACAAATA----AAGACC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CACGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGACGCCCTTAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGATACCATCAAGA---AC-AT-AGTGC-ACAAAGA---ACTCTCAA---ACGAACTATC--CCGACC--TC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-AC-------TACTC--CGTACG---T-CT---A---T---CA-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAA------------------------------CTAAAAGAA-------AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-G-T-TAGC--AACTACAGGCCAATCTCCCT--ACTTAG-TG-CAATCAGTAAAGTCCTCGAA---ATGAT---TATCCACAAA
gi|22793 : ATAACAACAACACATACGAAACAAACACAGGAAAAGCATATATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAAGTGA-ATAATG--AATGAC-ATGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AA------------CAG-CGAT--CACGGTCCTTAAATCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-AC-C--TAAGGAAGT---TA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAT---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGATACCATCAACA---AC-AT-AGTCC-TCAACGA---ACTTTCAA---ACGAACTATA--CCGACT--TC--TCTGTGATC-T---CT-TTA-AC-------TACTC--CCTACG---C-CT---A---T---CC-AAA---C----TTCC--CC----GTC-AA---T--TTAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACAAGAAGAA----AGAC-C---C-T-C----------------------------------TCCCT--ATCCAG-TA-CAATCAGAAAAGTCCTCGAA---AGGAT---TATCCACAAA
gi|22794 : ACAACAACACATACGAAACATACACAGAAAAAGCAAACATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTTCTA--GATAAC-ACGAACA----AATGCC-TC-CCA--AACC---TTTCCATCAA-GGAT--GACTGTTCTAAACTCACCAAA-ATCT-A-C-ATC-------CA-AC-C--TAATGAAGT---TA-CTGACACTTT-AAAAT--ACT--TAA---------ATCC---------G-------GGAAAGCCACCGTTCCCGATACCATCAATA---AC-AT-AGTTC-TAAAATA---ACTTTCAA---ACGAACTTTC--CCAACC--TG--TCAGTGATT-T---CT-TTA-AC-------TACTC--CCTACG---C-CT---A---T---CC-AAA---G----TCCC--CC----GTC-AC---T--GGAAAC----AA-GAC----ATT-GTATCTGCAAACTATATGAAGAA----AGAT-C---C-T-CAT-GA--T-G-T-TAGC--AACTACAGGCCAATATCCTT--ACTCAG-TG-CAATCTGTAAAGTCCTTGAA---AGGAT---TATCCGCAAA
gi|22795 : GAAAAAGCTAACATTTTAAACGAGTTCTT-CACATCCCAAAC---A-TTTCT-----TAACGATGAACAC---AAAGCC-TTACCT--GATA---TTCCTATTTGTCAAA--CAAGA-CCTCAATTAAATACT-ATTA-A-A-ATTA------CA-CC-A--TTA-GAGGTTA-AATCTA---CTCTTCAAAT--GCT--AAA---------ACTG---------G-------GAAAGGCATCTGGCCCAGACTCTATAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTAATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTCA-AACATG---TACT---GT--T---CC-AAA---A----TT---------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GT---TA-GTGCAATTTTTTAAAAAAA----CGAC-C---CTT-C-C-GA--T-G-T---ATCAAATTATCGTCCTATTTCTCT--TCTTTGTTG-C-ATTGAAAAGGTTATGGAA---AAAAT---TATTCATAAA
gi|22796 : GAAAAGGCTAACATTTTAAACGAGTTCTT-CACATCCCAAAC---T-TTTCT-----TAACGATGAACAC---AAAGCC-TTACCT--GATA---TTCCTATTTGTCAAA--CAAGA-CCTCAATTAAATACT-ATTA-A---ATT-------TACAC-CATTA--GAGGTTA-AATCTA---CTCTTCAAAT--GCT--AAA---------ACTG---------G-------GAAAAGCATCTGGCCCAGACTCTATAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTAATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTCA-AACATG---TACT---GT--T---CC-AAA---A----TT---------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GT---TA-GTGCAATTTTTAAAAAAAA----CGAC-C---CTT-C-C-GA--T-G-T---ATCAAATTATCGTCCTATTTCTCT--TCTTTGTTG-C-ATTGAAAAGGTTATGGAA---AAAAT---TATTCATAAA
gi|22797 : AAAGCAAACATATTAAATAATTTTTTCCA-GGAACAGAC---AATTCTTAATGATGAC-A---ATA-------TTT-TA-CCACCAATCATATTACCA--AG-TGATAACAATGATATCATTTCATT--T-ATTAGA-CTATC----------GC-C--TAACGATGT---AA-GTAGTATCCTAAAAAC--ACTGCCAA-----------CA---------G-------GCAAAGCCTCAGGTTCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATTATC----GACG--CC--TTTATG------------CA-AC----T--TATTTAACGTTTG---T-CT---G---A---CC-AAA---AGTGTTTTC--CCAAAAGTC------T--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAC-C---C-T-T-C-TT--T-GGT-TAAT--AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22798 : AAAGCAAACATATTAAATAATTTTTTCCA-GGAACAGAC---AATTCTTAATGATGAC-A---ATA-------TTT-TA-CCACCAATCATATTACCA--AG-TGATAACAATGATATCATTTCATT--T-ATTAGA-CTATC----------GC-C--TAACGATGT---AA-GTAATATCTTAAAAAC--ACTGCCAA-----------CA---------G-------GCAAAGCCTCAGGTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATCATC----GACG--CC--TTTATG------------CA-AC----T--TATTTAACGTTTG---T-CT---G---A---CC-AAA---AGTGTTTTC--CCAAAAGTC------T--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAT-C---C-T-T-C-TT--T-GGT-TTAT--AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22799 : AAAGCAAA-ATGTTAAATAATTTCTTCCA-GGAACAGACC--A-TTCTTAATGATGAC-A---ATATTTTACCACCATT-CC-----TT---TTACCA--AG-TGATAACAATGA---AAACGTATCAATTATTA-G-T-CTA-------CA-GC-C--TAACCATGT---AA-ATAGTATCTTAAAAACAATAC--CAA-----------CA---------G-------GCAAAGCCTCAGTTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA-----TCT--A---GTAAATTATC----GGCG--CC--TATATG--C-G---TT-T---AT----T--TA---A-CGTTTG---T-TT---G---A---CC-AAAAGTG----TTTT--CA----CTA-AAG--TAAGGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTATTTATAAAAAGGA----AGAT-CG--T-T-C-C-TT--T-G-T-TAAT--AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TTATTGGCAAA-TGTTTGAA---AGACT---TATTTATAAA
gi|22800 : AACT-ACCAACCATTC-ATC-ATCTCTACATCA-GTAC--TAAAGGAGTCCAAA---AACAACTTGAAAAC---CT--CAA---------CACT---------G-------CGAAAGCAATGGGCCCAGACTGCATCCCTA---AC-AT-AGTCC-T-AAAGACATGCGC-CGA---A-GAACTATC--CC--CCGGCC--TATGTGACA-T---CTACCA-AC--------ACTC--CATAGA---T-AC---A---G---GC-AAA---C----TT----CC----ATCTGA---T--TGGCGG----AATG-C----TTTCATCTCCCCGGTCTTCAAGAAAGGCGATAGACAC---C-T---------T-G-C-AGAG--AACTACCGTCCAGTCTCACTCACCTCCG-TA-CCAT--GCAAAATCCTAGAACATATAATCTGTAGCCACA
gi|22801 : aCGTCTTACAAAC--GCTA-CAA---------GTTG---------G--------TAAAGCAACAGGTTCAGACGCTGTGAATA---AT-AA-AGTAC-TAAAAGA---ACTATCTA---ATGAATTGTC--ACTGCC--AC--TAGCTAATC-T---AT-TCA-A-----T--TACTC--CTTAGA---C-AT---G---T---GC-AAA---A----TTCCGGCT----GC---A---T--GGAAAG----AA-G-C----AAATGTTTGTGCTATATTTAAGAAAAA----TGAT-C---C-A-C-CTGA--A-G-C---ATCCAATTATCGTTCTATCTCCCT--T-TTAT-CGACTTTAGACAAAGTCATGGAA---AAGAT---AGTCCATAAA
gi|22802 : AATAT--TCT--TAATTTGTTACCAGCA---------G-------GTAAAGCCTCCGGCCCCGATGAAATTAATA---ATTAT-GAT-C-TCCGTGT---GCT---AAGTAAGGAATTATC--GTCTCC--AT--TGTGTGATT-T---GT-TTA-AC----TCTTGTTTAACAAACGG--T-TT---AAATC---CC-AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-CAGTC-T-T-T-G-----G-C-TAAT--AATTATTGACCTATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAACAAAGATTTTAAA---AG
gi|22803 : AATAT--TCT--TAATTTGTTACCAGCA---------G-------GTAAAGCCTCCGGCCCCGATGAAATTAATA---ATTAT--GTTC-TCCGTGT---GCT---AAGTAAGGAATTATC--GTCTCC--AT--TGTGTGATT-T---GT-TTA-AC----TCTTGTTTAACAAACGG--T-TT---A---TATCCC-AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AAAC-CCGTC-T-T-T-G-----G-C-TAAT--AATTACAGACCTATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAACAAAGTATTTGAA---AG
gi|22804 : AAGT--TCT--TGA---------ACTG---------GCCAACAGGCAAAGCCTCAGGTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATTATC----GACG--CC--TTTAT------------TCA-AC----T--TATTTAACGTTTG---T-CT---G---A---CC-AAAAGTG----TTTT--CC----CTA-AAGTCT--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAC-C---C-T-T-C-TT--T-GGT-TAAT--AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22805 : AT--TCT--TAA---------GTCGTTACGAGTTG-------GAAAAGCCTCAAGTCCCGATGAAATTAATA---AT-TTTGGTGC-TCCGTGA---ACTAAGAA---ATGAATTATC----GATC--CC--TCTGTGTTT-TTTGCT-TAACAC----T--TGTTTATCAAATGGTTT-TT---A---T---CCCAAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCAATTTAAAAGAAAGG----AGAC-CCGTC-T-T-T-G-----G-C-TAAT--AATTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AG
gi|22806 : AT--TCT--TAA---------GTCGTTACCAGTTG-------GAAAAGCCTCAGGTCCCGATGAAATTAATA---ATTAT--GTGC-TCCGTGA---ACT---AAGTAATGAATTATCGACC--CC--AC--TGTGTGATT-T---GT-TTA-ACAC--T--TGCTTAACAAACGGTTT-TT---A---T---CCTAAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAT-CCGTC-T-T-T-G-----G-C-TAAT--AATTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-CG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AG
gi|22807 : AT--TTT--TAA---------GTCGTTACCAGTTG-------GAAAAACCTAAGGTCCCAATGAAATTAATA---AT-TG-CGTGC-TCCGTGA---ACT---AAGTAATGAATTATC----GACC--CCAATGTGTGATT-T---GT-TTA-ACAC--T--TGTTTAACAAACGGTTT-TT---A---T---CTTAAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AT-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-G-T-C-TT--T-G-TCTAAT--AATTACAGACCAATTTTACT--TCTTAA-TG-TA
gi|22808 : AA---------ACTG---------G-------GAAAAGCATCTGGCCCAGACTCTGTAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTAATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTCA-AACATG---TACT---G---T---TC-AAAAA-G----T----------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GTT---A-GTGCAATTT-TAAAAAAAA----CGAC-C---C-TTC-C-GA--T-G-T---ATTAAATTATCGCCCTATTTCTCT--TCttgaatagagt
gi|22809 : taAA---------AACT---------G-------GAAAAGGTTCTGGACCTGATGGTATAAATA---TTTAT--GTAT-TAAAACA---ATTATCTA---ACGAACTATC--ACAGCC--TC--TA-GTGAGCAT---AT-TCA-GT----C--TA-TCT-CTTAAT---T-CTGGAA---T--------A---G----TCCT--CC----GAA-TA---T--GGAAAG----AG-G-CAAATGTT---AC-TCCTATTTTTAAACAAAA----CAAC-C---CAT-C-A-GAACC-G-T-C--C--AATTACAGACCGATTTCACT--ATTAAG-CG-TAATAGGCAAAGTTTTCGAG---AGAGT---TATatttcacttgcattgaaaaggttattcataaa
gi|22810 : ---T--GGAAGG----AA-G-C----GTCCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-T---CGT-C-T-TT--TGG-C-TAAT--ACTTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AGGCT---TAT
blockSeqs : C CA T C GTGA AAT G C TTTT GA A A ACC ATA T T AA T A T G CT TCTACAT C A AT A CCA TC A A AAT GC TTTGTTACCAGCA CCAACAG G C CC GTTAC TGG G CATG CTCAA C CCGA GGC AA C A TTGC A C AGATCCATTCA G GTT A AAATC C AGTGT TTCCCTAAAGTC AA ACTGC T A AAATGTT A CGAT A CGTCTTTTGGCTAAT G A C C CAC C TT A CA CC C CAT CTG
blockSeqs : T AT T C AA AAT G C C GG . A ACC ATA T T AA T A C G CT A . . . A TA TC A A T GC TTTGTTACCAGCA . G C CC GTTAC AG G A CTCAA C CCGA T . C . C . . AGATCCATTCA G GTT A ATATC T AGTGT TCCCAAAAGTC . ACTGC . . CCAC A . . CTCACGATTTTAGC G A C C A C TT . CA CC C . .
blockSeqs : C CA T . AA AAT . C C GA . . A . T . AA T A . . TC . . . . A TA C A T T A GTCGTTACGAGTT . G C CC GTTAC AG G A CTCAA C CCGA T . C . C . . AGATCCATTCA G GTT A GGAAT T AGTG TCCCAAAAGTC . ACTGC . . CCAC A . . CTCACGATGTTAGC G A C C A T T . CA CC C . .
blockSeqs : C CA T . CA A . T . GG . . A . T . . T T . . C . . . . G . C A A T . GTCGTTACCAGTT . G C CC GTTAC AG G A TTCAA C CCGA T . C . C . . TCTTGTTTAA C G . GTT . AGTG TTCACTAAAG . C . . CCAC A . . CTCACGATGTTAGC G A A C A C T . CA CC C . .
blockSeqs : C CA T . A A . C . TG . . A . T . . T A . . C . . . . T . C A T T . GTCGTTACCAGTT . G C CC ATT AG . A TTCAA C CCAA T . C . C . . TCTTGTTTAA C G . GTT . AAG CCCCGTCAA . C . . ATTT A . . CTCATGATGTTAGC T T T C A C T . CT CC T . .
blockSeqs : A AG C . A A . T . AG . . A . T . . A C . . C . . . . C . C G T A . ATCA . A T CT ATT AG . A TTCAC T TGTT T . T . C . . ACTTGCTTAA A . . AT . G CCCCGTCAA . C . . ATTT A . . CTTCCGATGTATCA T T T T A T T . TG TA G . .
blockSeqs : A AG C . A G . T . AG . . A . . . . A C . . C . . . . C . C A A G . ATCA . A T CT ATT CT . G TTCAC T TGTT A . T . T . . ACTTGTTTAA A . . AT . G CCCCGTCAA . C . . ATTT T . . CTTCCGATGTATCA A T A T T T T . TG TA G . .
blockSeqs : A AT C . A A . . . CA . . T . . . . A C . . C . . . . C . G G A G . ATCA . C A AT ATT CT . G ATCTA T ACTG A . T . T . . TTATTTAA G . . AT . G CCCCGTCAA . G . . TTTC T . . CTTCTTTGGTTAAT A T A A T A C . TG GT T . .
blockSeqs : A AT . . A . . . . T . . T . . . . . C . . A . . . . A . G A A A . ATCA . C A AT ATT CT . G AAGTA T GTCT C . T . T . . TTATTTAA G . . AT . C CCCCGTCAC . G . . AAAT T . . CTTCTTTGGTTTAT A T A A G A C . TG GT T . .
blockSeqs : A AT . . T . . . . T . . . . . . . . A . . T . . . . . . A . G A . ATCC . C A AT ATT AG . G AAGTA T GTCT C . A . C . . TTATTTAA G . . AT . G CCGGCTGCA . G . . GTTC G . . GTTCCTTTGTTAAT T A C A G A C . TG GT T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A G . ACTG . G G GC TTT AG . A AAGAA T GACC C . A . A . . TTGTTTAT A . . GA . A CTCCGAATA . G . . GTTC T . . CACCTGAAGCATCC T T C A G C T . AG CC A . .
blockSeqs : . T . ACTG . T A CT AC GA . G AAGTA G TGTT A . A . G . . TTACTC T . . GA . A CCATCTGA . G . . ATTT T . . AGTCTTTGGCTAAT A T T C T T C . GA CA G . .
blockSeqs : T . CACT . T C AA AC CT . G AAGTA G ACAG A . G . G . . TTACTC A . . GA . C A . G . . GTTC T . . CGTCTTTGGCTAAT A T T A T T T . GA TT T . .
blockSeqs : T . GTTG . T C AA AC CG . G TTCAC T GA A . G . G . . CTATCT A . . AG . A A . G . . GTTC T . . CTTCTTTGGTTAAT A T A A T T T . TG AT T . .
blockSeqs : T . ACTG . C A AT AC A . A ATCTA T GA C . T . G . . TTCTC G . . GT . G A . G . . GTTC A . . CGTCTTTGGCTAAT A A T A G A C . GA GT T . .
blockSeqs : T . ACTG . A A AA AC A . A CCGA T GG C . C . T . . TACTC A . . GA . G . . G . . GTCC T . . CGTCTTTGGCTAAT A A T A T T T . GA AT T .
blockSeqs : T . AACT . A A AA AC G . A CTA T CC A . G . A . . TACTC A . . AT . G . . G . . ATT T . . CGTCTTTGTCTAAT A A T A T T C . AG AT T .
blockSeqs : . . CA . A A AA AT G . G A T GA C . G . . . . TACTC A . . AT . G . . G . . GTT A . . CTTCCGATGTATTA C T T A T T T . GA TT C .
blockSeqs : CA . A T CT AT A . A A C GA A . T . . . . TTAA A . . AT . G . . G . . GT T . . CATCAGAACCGTCC A G T T T A C . . AT T .
blockSeqs : CA . A T GT AT G . . A . GA T . A . . . . ACTC T . . GT . G . . G . . GT T . . CTTGCAGAG A A T A A T T .
blockSeqs : . . . . . . . . CTC . . . A T
blockSeqCons : TTATTTA*******
originalCons : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAANGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCG---------G-------GNAAAGCCTCCGGTCCCGACGNCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---GCTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--NC--TNTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T--TACTCA-CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCNATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-T-C-C-GA--T-G-T-TAAT--AACTACAGACCNATNTCNCT--NCTNAG-CG-CAATCGGCAAAGTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
finalCons : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAANGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCG---------G-------GNAAAGCCTCCGGTCCCGACGNCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---GCTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--NC--TNTGTGATC-T---CT-TCA-ACTTATTTA-------CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCNATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-T-C-C-GA--T-G-T-TAAT--AACTACAGACCNATNTCNCT--NCTNAG-CG-CAATCGGCAAAGTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
Alignments
lowQualScore : 11111 111 1111 111 111 11 1111111 111 3333333333333333333333 111111 22222222 111111 333333333333333 111 11111111 5555555555555555555 11111 333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 22 4 7 00000 666 7 8 5555 22 3 7 000 0 222 0 6 7 55 7 1 6 6 777 4444444 3 3 44 5 0 555 77 1 1 444 77 7777777777777777777777 6666666 1 0 3 0 33 666666 999 1 7 0 4444 66666666 3 888888 333 22 1 0 22 6666 1 1 333333333333333 1 0 333 5 88888888888 5 33333333 3333333333333333333 22 11111 1 1 88888888 1 3333 1 000000000000000000000000000 1 1 1 1 333 1 44 1 00 77 0 22 3 333 444
lowQualScore : . .. . . ..... ... . . .... .. . . ... . ... . . . .. . . . . ... ....... . . .. . . ... .. . . ... .. ...................... ....... . . . . .. ...... ... . . . .... ........ . ...... ... .. . . .. .... . . ............... . . ... . ........... . ........ ................... .. ..... . . ........ . .... . ........................... . . . . ... . .. . .. .. . .. . ... ...
lowQualScore : 0 99 0 3 66666 333 3 0 0000 44 6 3 222 9 777 5 5 3 00 0 0 7 7 666 2222222 3 3 66 4 2 000 11 7 9 444 99 1111111111111111111111 2222222 0 9 8 7 88 555555 777 0 6 7 1111 22222222 1 999999 666 66 0 4 44 3333 9 9 444444444444444 6 9 888 7 33333333333 7 66666666 2222222222222222222 55 77777 8 8 00000000 6 9999 8 111111111111111111111111111 3 6 6 0 555 0 55 9 77 00 2 88 0 555 444
consensus : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAANGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCG---------G-------GNAAAGCCTCCGGTCCCGACGNCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---GCTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--NC--TNTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T--TATTC-A-CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCNATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-T-C-C-GA--T-G-T-TAAT--AACTACAGACCNATNTCNCT--NCTNAG-CG-CAATCGGCAAAGTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
Reference ( family-756 ) : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAAACATACTNAACAANTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTNAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAANGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCG---------G-------GNAAAGCCTCCGGTCCCGACGNCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---GCTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--NC--TNTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T--TATTT-A-CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCNATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-T-C-C-GA--T-G-T-TAAT--AACTACAGACCNATNTCNCT--NCTNAG-CG-CAATCGGCAAAGTNCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22789 : ATCACAACAACAACACATATGAAACAAACACAGAAAAAACAGACATACTCAACACGTTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGACC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGACACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTAAA---ACGAACTATC--CCGACC--AC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-A-----T--TACTC---CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACAAGAAGAA----AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-G-T-TAGC--AACTACAGGCTAATCTCCCT--ACTCAG-TG-CCGTCTGTAAAGTCCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22790 : ATCACAACAACAACACATATGAA-CAAACACAGAAAAAGCAGACATACTCAGCACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGAATA----AAGACC-TC-CCA--AATC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGATGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGACACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTCAA---ACGAACTATC--CCGACC--TC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-A-----T--TACTC---CGTACG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACTAGAAGAA----AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-T-T-TAGC--AACTACAGGCCAATCTCCAT--ACTCAG-TG-CAGTCAGTAAAGTCCTCGAA---AGAAT---TATCCACAAA
gi|22791 : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAA-GCAGACATACTTAACTATTTATTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACGTGTA----AAGGCC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CAAGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AG-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------C-------GGAAAGCCACCGGTCCCAATACCATCAATA---AC-AT-AGTGC-TCAAAGA---ACTCTCAA---ACGAATTATC--CCGACC--TC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-AC----T----TCT-C-CGTAAG---T-CT---A---T---CC-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--AGAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACGAGAAGAA----AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-G-T-TAGC--AACTACAGGCCAATCTCCCT--ACTCAG-TG-CAATCAGTAAAGTCCTCGAA---AGAA----TATCCACAAA
gi|22792 : ATCACAACAACAACACATACGAAACAAACACAGAAAAAGCAGACATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTCCTA--GATGAC-ACAAATA----AAGACC-TC-CCA--AACC---TTCCCATCAG-CGAT--CACGGTCCTAAACTCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-GC-C--TAAAGAGGT---AA-CTGACGCCCTTAAAAT--TCT--TAA---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGATACCATCAAGA---AC-AT-AGTGC-ACAAAGA---ACTCTCAA---ACGAACTATC--CCGACC--TC--TCTGTGATC-T---CT-TCA-AC-------TACTC---CGTACG---T-CT---A---T---CA-AAA---G----TTCC--CC----GTC-AA---T--GGAAA------------------------------CTAAAAGAA-------AGAC-C---C-T-CAC-GA--T-G-T-TAGC--AACTACAGGCCAATCTCCCT--ACTTAG-TG-CAATCAGTAAAGTCCTCGAA---ATGAT---TATCCACAAA
gi|22793 : ATAACAACAACACATACGAAACAAACACAGGAAAAGCATATATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAAGTGA-ATAATG--AATGAC-ATGAATA----AAGGCC-TC-CCA--AA------------CAG-CGAT--CACGGTCCTTAAATCACCAAC-ATTA-A-C-ATC-------CA-AC-C--TAAGGAAGT---TA-CTGACGCCCTAAAAAT--TCT--TAT---------ATCA---------G-------GGAAAGCCACCGGTCCCGATACCATCAACA---AC-AT-AGTCC-TCAACGA---ACTTTCAA---ACGAACTATA--CCGACT--TC--TCTGTGATC-T---CT-TTA-AC-------TACTC---CCTACG---C-CT---A---T---CC-AAA---C----TTCC--CC----GTC-AA---T--TTAAAC----TA-G-C----CCACGTCTGTGCAATCTACAAGAAGAA----AGAC-C---C-T-C----------------------------------TCCCT--ATCCAG-TA-CAATCAGAAAAGTCCTCGAA---AGGAT---TATCCACAAA
gi|22794 : ACAACAACACATACGAAACATACACAGAAAAAGCAAACATACTCAACACATTCTTTCA-AGCACAAAC---A-CTTCTA--GATAAC-ACGAACA----AATGCC-TC-CCA--AACC---TTTCCATCAA-GGAT--GACTGTTCTAAACTCACCAAA-ATCT-A-C-ATC-------CA-AC-C--TAATGAAGT---TA-CTGACACTTT-AAAAT--ACT--TAA---------ATCC---------G-------GGAAAGCCACCGTTCCCGATACCATCAATA---AC-AT-AGTTC-TAAAATA---ACTTTCAA---ACGAACTTTC--CCAACC--TG--TCAGTGATT-T---CT-TTA-AC-------TACTC---CCTACG---C-CT---A---T---CC-AAA---G----TCCC--CC----GTC-AC---T--GGAAAC----AA-GAC----ATT-GTATCTGCAAACTATATGAAGAA----AGAT-C---C-T-CAT-GA--T-G-T-TAGC--AACTACAGGCCAATATCCTT--ACTCAG-TG-CAATCTGTAAAGTCCTTGAA---AGGAT---TATCCGCAAA
gi|22795 : GAAAAAGCTAACATTTTAAACGAGTTCTT-CACATCCCAAAC---A-TTTCT-----TAACGATGAACAC---AAAGCC-TTACCT--GATA---TTCCTATTTGTCAAA--CAAGA-CCTCAATTAAATACT-ATTA-A-A-ATTA------CA-CC-A--TTA-GAGGTTA-AATCTA---CTCTTCAAAT--GCT--AAA---------ACTG---------G-------GAAAGGCATCTGGCCCAGACTCTATAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTAATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTC-A-AACATG---TACT---GT--T---CC-AAA---A----TT---------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GT---TA-GTGCAATTTTTTAAAAAAA----CGAC-C---CTT-C-C-GA--T-G-T---ATCAAATTATCGTCCTATTTCTCT--TCTTTGTTG-C-ATTGAAAAGGTTATGGAA---AAAAT---TATTCATAAA
gi|22796 : GAAAAGGCTAACATTTTAAACGAGTTCTT-CACATCCCAAAC---T-TTTCT-----TAACGATGAACAC---AAAGCC-TTACCT--GATA---TTCCTATTTGTCAAA--CAAGA-CCTCAATTAAATACT-ATTA-A---ATT-------TACAC-CATTA--GAGGTTA-AATCTA---CTCTTCAAAT--GCT--AAA---------ACTG---------G-------GAAAAGCATCTGGCCCAGACTCTATAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTAATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTC-A-AACATG---TACT---GT--T---CC-AAA---A----TT---------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GT---TA-GTGCAATTTTTAAAAAAAA----CGAC-C---CTT-C-C-GA--T-G-T---ATCAAATTATCGTCCTATTTCTCT--TCTTTGTTG-C-ATTGAAAAGGTTATGGAA---AAAAT---TATTCATAAA
gi|22797 : AAAGCAAACATATTAAATAATTTTTTCCA-GGAACAGAC---AATTCTTAATGATGAC-A---ATA-------TTT-TA-CCACCAATCATATTACCA--AG-TGATAACAATGATATCATTTCATT--T-ATTAGA-CTATC----------GC-C--TAACGATGT---AA-GTAGTATCCTAAAAAC--ACTGCCAA-----------CA---------G-------GCAAAGCCTCAGGTTCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATTATC----GACG--CC--TTTATG------------CA-AC----T--TATTT-AACGTTTG---T-CT---G---A---CC-AAA---AGTGTTTTC--CCAAAAGTC------T--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAC-C---C-T-T-C-TT--T-GGT-TAAT--AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22798 : AAAGCAAACATATTAAATAATTTTTTCCA-GGAACAGAC---AATTCTTAATGATGAC-A---ATA-------TTT-TA-CCACCAATCATATTACCA--AG-TGATAACAATGATATCATTTCATT--T-ATTAGA-CTATC----------GC-C--TAACGATGT---AA-GTAATATCTTAAAAAC--ACTGCCAA-----------CA---------G-------GCAAAGCCTCAGGTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATCATC----GACG--CC--TTTATG------------CA-AC----T--TATTT-AACGTTTG---T-CT---G---A---CC-AAA---AGTGTTTTC--CCAAAAGTC------T--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAT-C---C-T-T-C-TT--T-GGT-TTAT--AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22799 : AAAGCAAA-ATGTTAAATAATTTCTTCCA-GGAACAGACC--A-TTCTTAATGATGAC-A---ATATTTTACCACCATT-CC-----TT---TTACCA--AG-TGATAACAATGA---AAACGTATCAATTATTA-G-T-CTA-------CA-GC-C--TAACCATGT---AA-ATAGTATCTTAAAAACAATAC--CAA-----------CA---------G-------GCAAAGCCTCAGTTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA-----TCT--A---GTAAATTAT----CGGCG--CC--TATATG--------CG-T---------T--TATTTAA-CGTTTG---T-TT---G---A---CC-AAAAGTG----TTTT--CA----CTA-AAG--TAAGGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTATTTATAAAAAGGA----AGAT-CG--T-T-C-C-TT--T-G-T-TAAT--AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TTATTGGCAAA-TGTTTGAA---AGACT---TATTTATAAA
gi|22800 : AACT-ACCAACCATTC-ATC-ATCTCTACATCA-GTAC--TAAAGGAGTCCAAA---AACAACTTGAAAAC---CT--CAA---------CACT---------G-------CGAAAGCAATGGGCCCAGACTGCATCCCTA---AC-AT-AGTCC-T-AAAGACATGCGC-CGA---A-GAACTATC--CC--CCGGCC--TATGTGACA-T---CTACCA-AC--------ACTC---CATAGA---T-AC---A---G---GC-AAA---C----TT----CC----ATCTGA---T--TGGCGG----AATG-C----TTTCATCTCCCCGGTCTTCAAGAAAGGCGATAGACAC---C-T---------T-G-C-AGAG--AACTACCGTCCAGTCTCACTCACCTCCG-TA-CCAT--GCAAAATCCTAGAACATATAATCTGTAGCCACA
gi|22801 : aCGTCTTACAAAC--GCTA-CAA---------GTTG---------G--------TAAAGCAACAGGTTCAGACGCTGTGAATA---AT-AA-AGTAC-TAAAAGA---ACTATCTA---ATGAATTGTC--ACTGCC--AC--TAGCTAATC-T---AT-TCA-A-----T--TACTC---CTTAGA---C-AT---G---T---GC-AAA---A----TTCCGGCT----GC---A---T--GGAAAG----AA-G-C----AAATGTTTGTGCTATATTTAAGAAAAA----TGAT-C---C-A-C-CTGA--A-G-C---ATCCAATTATCGTTCTATCTCCCT--T-TTAT-CGACTTTAGACAAAGTCATGGAA---AAGAT---AGTCCATAAA
gi|22802 : AATAT--TCT--TAATTTGTTACCAGCA---------G-------GTAAAGCCTCCGGCCCCGATGAAATTAATA---ATTAT-GAT-C-TCCGTGT---GCT---AAGTAAGGAATTATC--GTCTCC--AT--TGTGTGATT-T---GT-TTA-AC----TCTTGTTT-AACAAACGG--T-TT---AAATC---CC-AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-CAGTC-T-T-T-G-----G-C-TAAT--AATTATTGACCTATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAACAAAGATTTTAAA---AG
gi|22803 : AATAT--TCT--TAATTTGTTACCAGCA---------G-------GTAAAGCCTCCGGCCCCGATGAAATTAATA---ATTAT--GTTC-TCCGTGT---GCT---AAGTAAGGAATTATC--GTCTCC--AT--TGTGTGATT-T---GT-TTA-AC----TCTTGTTT-AACAAACGG--T-TT---A---TATCCC-AAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AAAC-CCGTC-T-T-T-G-----G-C-TAAT--AATTACAGACCTATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAACAAAGTATTTGAA---AG
gi|22804 : AAGT--TCT--TGA---------ACTG---------GCCAACAGGCAAAGCCTCAGGTCCCGATGATATCAACAGTTAC-GT-CTTGCGTGAAATA---GCT----A---ATGAATTATC----GACG--CC--TTTAT------------TCA-AC----T--TATTT-AACGTTTG---T-CT---G---A---CC-AAAAGTG----TTTT--CC----CTA-AAGTCT--GGAAAG----AA-G-C----ATTTGTATGCGCTGTTTATAAAAAAGG----AGAC-C---C-T-T-C-TT--T-GGT-TAAT--AACTATAGACCTATATCACT--GTTAAG-CG-TAATTGGCAAAGTGTTTGAA---AGACT---TAT
gi|22805 : AT--TCT--TAA---------GTCGTTACGAGTTG-------GAAAAGCCTCAAGTCCCGATGAAATTAATA---AT-TTTGGTGC-TCCGTGA---ACTAAGAA---ATGAATTATC----GATC--CC--TCTGTGTTT-TTTGCT-TAACAC----T--TGTTT-ATCAAATGGTTT-TT---A---T---CCCAAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCAATTTAAAAGAAAGG----AGAC-CCGTC-T-T-T-G-----G-C-TAAT--AATTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AG
gi|22806 : AT--TCT--TAA---------GTCGTTACCAGTTG-------GAAAAGCCTCAGGTCCCGATGAAATTAATA---ATTAT--GTGC-TCCGTGA---ACT---AAGTAATGAATTATCGACC--CC--AC--TGTGTGATT-T---GT-TTA-ACAC--T--TGCTT-AACAAACGGTTT-TT---A---T---CCTAAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AA-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAT-CCGTC-T-T-T-G-----G-C-TAAT--AATTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-CG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AG
gi|22807 : AT--TTT--TAA---------GTCGTTACCAGTTG-------GAAAAACCTAAGGTCCCAATGAAATTAATA---AT-TG-CGTGC-TCCGTGA---ACT---AAGTAATGAATTATC----GACC--CCAATGTGTGATT-T---GT-TTA-ACAC--T--TGTTT-AACAAACGGTTT-TT---A---T---CTTAAA---G----TT-------------------T--GGAAGG----AT-G-C----GTTCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-C---C-G-T-C-TT--T-G-TCTAAT--AATTACAGACCAATTTTACT--TCTTAA-TG-TA
gi|22808 : AA---------ACTG---------G-------GAAAAGCATCTGGCCCAGACTCTGTAAATA---ATTAT-A-TAC-TCAAAGA---GCTTTCAC---ATGAATTATC--TGTTCC--AC--TTTGTAATC-T---TT-TCA-ACAGATC--CATTC-A-AACATG---TACT---G---T---TC-AAAAA-G----T----------------A---T--GGAAAACTGCAA-A-T----GTT---A-GTGCAATTT-TAAAAAAAA----CGAC-C---C-TTC-C-GA--T-G-T---ATTAAATTATCGCCCTATTTCTCT--TCttgaatagagt
gi|22809 : taAA---------AACT---------G-------GAAAAGGTTCTGGACCTGATGGTATAAATA---TTTAT--GTAT-TAAAACA---ATTATCTA---ACGAACTATC--ACAGCC--TC--TA-GTGAGCAT---AT-TCA-GT----C--TATCT---CTTAAT---T-CTGGAA---T--------A---G----TCCT--CC----GAA-TA---T--GGAAAG----AG-G-CAAATGTT---AC-TCCTATTTTTAAACAAAA----CAAC-C---CAT-C-A-GAACC-G-T-C--C--AATTACAGACCGATTTCACT--ATTAAG-CG-TAATAGGCAAAGTTTTCGAG---AGAGT---TATatttcacttgcattgaaaaggttattcataaa
gi|22810 : ---T--GGAAGG----AA-G-C----GTCCGTATGTGCTATTTACAAGAAAGG----AGAC-T---CGT-C-T-TT--TGG-C-TAAT--ACTTACAGACCAATTTCACT--TCTTAG-TG-TATTGAATAAAGTATTTGAA---AGGCT---TAT