lowQualScore : 33333333 111111 111111111 1111 1111 1
lowQualScore : 22 9 7777 1 0 333 1 4444 99999999 6 777777 77777 333 333 333 88888888 11 2 2 7 2 2 444 33 666666666 7 2 2222 5 33 66 4444 1
lowQualScore : .. . .... . . ... . .... ........ . ...... ..... ... ... ... ........ .. . . . . . ... .. ......... . . .... . .. .. .... .
lowQualScore : 99 0 8888 9 4 333 9 2222 44444444 2 888888 44444 999 999 999 11111111 55 2 7 3 7 5 777 77 666666666 7 7 9999 3 77 33 1111 2
consensus : TATA--TACTGAACAAAANAA--GAAA-CTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATA-T-ATG-AAATATGAAAACAAGG---GTTAAA----TTATTTTTAT---AT---G---TATC--------GCAAGAGTATTCCAANG-TGCA-TTTGTGTGGAA---A--AT-N------TTATGGCTCT-AC-GT-T-TA--C--GGAAAA--NNGATGAAATTATTGATTAAA
Reference ( gi|37420 ) : TATA--TACTGAACAAAATAA--GTAA-CTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATA-T-ATGTAAATACGAAAACAAGG---GTAAAA----TTATTTTTAT---AT---G---TATT--------GCAAGAGTATTTCAATG-TGAA-TTTGTGTGGAA---A--AT-T------TTATCGCTCT-AC-GT-T-TA--C--GGAAAA--CTGATGAAATGGTTGATTAAA
gi|37421 : TATA--CAACGAACAAAATAA--GTTA-CTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TAT----ATGTAAATATAAAAACAAGG---GTTAAA----TTATCTTTAT---AT---A---TAGT--------GCAAGAGTATTTCAATG-TAAA-TGTGTGTGGAA---A--AT-T------TTATCGCTCT-AC-GT-T-TA--C--GGAAAA--CTAAAGAAATGGTTGATTAAA
gi|37422 : TATA--TACTGAACAAAATAA--GTAA-CTTCTGAAGTGTT---TA-AGTGCAGA----TAT----ATGTAAATATGAAAACAAGG---GTTAAG----TTATTTTTAT---AT---G---TATT--------GCAAGAGTATTTCAATG-TGAA-TTTGTGTGGAA---A--AT-C------TTATCGCTCT-AC-GT-T-TA--T--GGAAAA--CT
gi|37423 : TATA--TACTGAACAAAATAA--GTAA-CTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATA-T---GCAAATATTAAAGCAAGG---GTTAAC----TTATTTTTAT---AT---G---TATT--------GTGAGAGAATTTCAATG-TGAA-TTTGTGTGGAT---T--TT-T------TTTTCGCTCT-AC-GT-T-TA--C--AGAAAA--CTGATGATATGGTTGATTAAA
gi|37424 : TATA--TACTTAACAAAATAA--ATAA-TTTCAGCTCTGTT---TA-AGTGCAGA----TATA-T---GTAAATATGAAAACAAGG---GTTAAA----TTATTTTTAT---AT---G---TATT--------GCAAGAGT--TACAATA-TAAA-TTTGTGTGGAA---A--AT-T------TTATCGCTCT-AC-GT-T-TA--C--GGAAAT--CTGATGAATTGGTAGATTAAA
gi|37425 : TATA--TACTGAACAAAATAA--GTAA-CTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAG------ATA-C-ATGTAAATATGAAAACTAGG---GTTAAA----TTATTTCTAT---ATAAGG---TATT--------
gi|37426 : TACA--TGCTGAACAAAATAA--GAAA-TTTCCGCTAT-CT---TA-GGAGCATAATTTTATA-T-AGCGAAATATGAAAACAAAG--------------T-TTTTTAT---AT---G---TATC--------GCGAGAGTATTCTAATG-TGCA-TTTGTATGGAA---A--AG-C------TTAAGGCTCA-ACTGT-TATG--A--GGAAAG----GATAAAAT-ATTGGTTAAA
gi|37427 : TATA--TAATGAACAAAACAA--GAAA-CTTCCGCTGT-TT---TA----GAAAA----GATA-T-ATCGAAATATTAAAACA-GATTTATAAAA----TTATTTG-AT---AT---G---TATC--------GCAATGTTAATCAAAGG-TGTA-TTTGGATAGAA---A--AT-A------TTATGGCTCT-AC-TG-T-TACGC--GGGAAA--AGGATGAAAT-ATTGAT
gi|37429 : TATA--TACTGAACAAACACA--GAAA-CTTCCGCTGTGTC---GA-AGTACAGG----TATA-T----------------CAAGT---TTAAA-----TTACTTTTGT---AT---A---TATC--------GCAAGAGTATCCTTATG-TGCATTTTGCACGGTG---A--ATGG------TTATGGTTCT-AC-TG-T-TA--T--GTGAAA--GGGATGAAATTATTGATAAAA
gi|37431 : TATA--TACTGAACAAAGAAATGGAAA-CCTCCGCTATGTT---TA---TG-GGA----CAT--------------GGAAACTAG-----TTCAT----TTATTTC-AT---AT---G---CATC--------GCAAGAGTATTCTAAGG-TGCA-TTTGT---------A--AT-TAAATGATTATGGCTCC-AC-TG-T-TA--C--AGAAAA--AGGATGAAATTGTTGATTAAA
gi|37433 : TATA--TACTTAAGAGAGAAT--GAAA-CGGCCGCTAAGTT---TA-AGTGCAGA----TATA-T----------CGAAAAC----------AAA----TTTTTTTTTTGCAAT---G---CATG--------GCAAGAGTA-ATCTATGCTACA-TTTGTATGGAA---A--AG-G------TAATGGCTGA-AC-TG-T-TA--CA-GGAAAACTCTGAT----TTATTGATTAAA
gi|37432 : TATAATTACGGAACAAAA-AA--CAAA-CGTCCGCGATGTT---TA-AGTGCAGA----TATACC-A---AAATATGAAAACAAAT---TT-AAA----CTA-TTTTAT---AT---G---TACC--------GTA
gi|37434 : TATA--TACTAAAGAAAAAAAA-GAAA-CTTC-----TGTT---TATAGTGAAGA----AATA-T--TG-AAATACGAAAACAAAG---TTTAAATTTTTTTTTTTTAA---AT---G----ATC--------GCAAGAATAT
gi|37430 : TATA--TACTGAGCAAAAAAA----AA-CTTGTGCTATGTT---TA-AATGCAGA----TGT
gi|37428 : TACA--CACTGAACAAAACAA--GAAA-CATCCTCTTTATTTACTA-AGTGTAGA----CTTA-T--CG-AAATATCAAAACAGAG---TTTTAA----TTATTTTT
gi|37435 : ATA--TACTGAACAAAATAA--GTAA-TTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TAT----ATGTAAATATGAAAACAAGG---GTTAAA----TTATTTTTAT---AT---G---TATT--------GCAAGAGTATTTCAATG-TGAA-TTTGTGAGGAA---A--AT-T------TTATCGCTCT-AC-GT-T-TA--C--GGAAAA--CTGATGAAATGGTTGATTTAA
gi|37437 : ATA--TACTGAACAAAAACA--GAAA-CTATGGCTATGTT---TA-AATGCAGA----TGTA-T--TG-AAATAAGAAAACCAAG---TTAAAA----TAATTTTTGT---AT---G---TATT--------GTAAGATTATTGTAAGG------TTTGATTGGAAATGA--A----------TATGGCTCT-AC-ATGT-TG--CTGAGAAAA--GGAATGAAAT
gi|37436 : ATA--TACTGAACAAAA--A--GAAA-CTACCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TACA-T-CT--AAATATGAAA---------GT--------TTATATTAAT---GT-------TATT--------TTAAGAGTATTCTAAGG-TACA-TTTGTAAGGAA---ACGAT-T------GTGT--TTCT-AC-TG-T-AA--C--GGGAAG--ATGATGAAATTATTTATTAAA
gi|37438 : TA--TACTGAACAAAA-AT--GGAA-ACTACGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATA-TCAT----ATATGAAAACACTGC--GTAAA-----TTATTTTTAC---AT---AAATTATTAATATATAGCAAGAATATTTTAAGG-TTTA-TCTGTATGTAA---A--AG-A------TTATGGCTCTTAC-TG-T-TA--C--AATAAA--G-GATGAAATTATTGATTAAA
gi|37439 : --TGCTGAACAAAAACA--GAAA-CTTCCGCTATGTT---TA-AGTGCAG
gi|37440 : AATAA--ATAAACTTCCGCTATGTT---TA--GTGCAGA----TATA-T--TG-ATATATGAAAACAAAG---TTTAAA----TTATTTGTAT---AT---G---TATC--------GCAACAGTATTCTAAGT-TGCA-TTTGTATGGAA---A--AC-G------TTATAG-----------T-TA--C--GGGAAA--CGGATGAAAATATTGATTAAA
gi|37441 : AA-CTTCCTATATGTT---TA-AGTGCAGA----TATA-T--CGAAAAT--GAAAACAAAG---TTGATG----TTATTTTCAT---TT---G---TACC--------GTAAGAGTATTCTAAGA-TACA-TTTGTGTGGAA---A--AG-A------TTATTGGTCT-ACTGT-TATG--G--GGGAAA--AGGATGAAATTATTTATTCAA
Alignments
lowQualScore : 333333 11111111111 1111
lowQualScore : 22 4 44 22 333 1 4444 777777 2 8 4444 4444 333 333 00000000000 0 1 2 2 1 33 666 1 2 1111 2 33 55 2 5555
lowQualScore : .. . .. .. ... . .... ...... . . .... .... ... ... ........... . . . . . .. ... . . .... . .. .. . ....
lowQualScore : 88 7 55 77 222 8 0000 111111 3 3 2222 2222 777 777 00000000000 6 0 9 5 7 44 999 9 5 5555 5 44 99 5 4444
consensus : TATA--TACTGAACAAAANAA--G-AAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-G-TG-AAATATGAAAACAAGGNTT----AAA----TTATTTTTAT---AT---G-----------TATCGCAAGAGTATTCTAANGTGCA-TTTGTGTGGA--AAAT-NTTATGGCTCT-AC-NN-T-TA--C--GGAA-AA--NGGATGAAATTGTTGATTAAA
Reference ( family-755 ) : TATA--TACTGAACAAAANAA--G-AAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-A-TG-AAATATGAAAACAAGGGTT----AAA----TTATTTTTAT---AT---G-----------TATCGCAAGAGTATTCCAANGTGCA-TTTGTGTGGA--AAAT-NTTATGGCTCT-AC-GT-T-TA--C--GGAA-AA--NNGATGAAATTATTGATTAAA
gi|37420 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-A-TGTAAATACGAAAACAAGGGTA----AAA----TTATTTTTAT---AT---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTCT-AC-GT-T-TA--C--GGAA-AA--CTGATGAAATGGTTGATTAAA
gi|37421 : TATA--CAACGAACAAAATAA--G-TTACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-G-T--AAATATAAAAACAAGGGTT----AAA----TTATCTTTAT---AT---A-----------TAGTGCAAGAGTATTTCAATGTAAA-TGTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTCT-AC-GT-T-TA--C--GGAA-AA--CTAAAGAAATGGTTGATTAAA
gi|37422 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCTGAAGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-G-T--AAATATGAAAACAAGGGTT----AAG----TTATTTTTAT---AT---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--AAAT-CTTATCGCTCT-AC-GT-T-TA--T--GGAA-AA--
gi|37423 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-G-C--AAATATTAAAGCAAGGGTT----AAC----TTATTTTTAT---AT---G-----------TATTGTGAGAGAATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--TTTT-TTTTTCGCTCT-AC-GT-T-TA--C--AGAA-AA--CTGATGATATGGTTGATTAAAct
gi|37424 : TATA--TACTTAACAAAATAA--A-TAATTTCAGCTCTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-G-T--AAATATGAAAACAAGGGTT----AAA----TTATTTTTAT---AT---G-----------TATTGCAAGAG--TTACAATATAAA-TTTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTCT-AC-GT-T-TA--C--GGAA-AT--CTGATGAATTGGTAGATTAAA
gi|37425 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TACAT-G-T--AAATATGAAAACTAGGGTT----AAA----TTATTTCTAT---ATAAGG-----------TAT
gi|37426 : TACA--TGCTGAACAAAATAA--G-AAATTTCCGCTAT-CT---TA-GGAGCATAATTTTATAT-AGCG-AAATATGAAAACAAAG---------------T-TTTTTAT---AT---G-----------TATCGCGAGAGTATTCTAATGTGCA-TTTGTATGGA--AAAG-CTTAAGGCTCA-AC-TG-T-TA--T--GAGG-AA--AGGATAAAA-TATTGGTTAAAt
gi|37427 : TATA--TAATGAACAAAACAA--G-AAACTTCCGCTGT-TT---TA--GAAAAGA----TATAT---CG-AAATATTAAAACA--GATTTATAAAA----TTATTTG-AT---AT---G-----------TATCGCAATGTTAATCAAAGGTGTA-TTTGGATAGA--AAAT-ATTATGGCTCT-AC-TG-T-TACGC--GGGA-AA--AGGATGAAA-TATTGAT
gi|37428 : TACA--CACTGAACAAAACAA--G-AAACATCCTCTTTATTTACTA-AGTGTAGA----CTTAT---CG-AAATATCAAAACAGAGTTT----TAA----TTATTTTT
gi|37429 : TATA--TACTGAACAAACACA--G-AAACTTCCGCTGTGTC---GA-AGTACAGG----TATAT-----------------CAAGT-TT----AAA----TTACTTTTGT---AT---A-----------TATCGCAAGAGTATCCTTATGTGCATTTTGCACGGT--GAATGGTTATGGTTCT-AC-TG-T-TA--T--GTGA-AA--GGGATGAAATTATTGATAAAA
gi|37430 : TATA--TACTGAGCAAAAAAA-----AACTTGTGCTATGTT---TA-AATGCAGA----TGT
gi|37431 : TATA--TACTGAACAAAGAAATGG-AAACCTCCGCTATGTT---TA---------------------TG-GGACATGGAAACTAG--TT----CAT----TTATTTC-AT---AT---G-----------CATCGCAAGAGTATTCTAAGGTGCA-TTTGT---AATTAAATGATTATGGCTCC-AC-TG-T-TA--C--AGAA-AA--AGGATGAAATTGTTGATTAAA
gi|37432 : TATAATTACGGAACAAAA-AA--C-AAACGTCCGCGATGTT---TA-AGTGCAGA----TATAC---CA-AAATATGAAAACAA-ATTT----AAA----CTA-TTTTAT---AT---G-----------TACCGTA
gi|37433 : TATA--TACTTAAGAGAGAAT--G-AAACGGCCGCTAAGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-----------CGAAAAC-----------AAA----TTTTTTTTTTGCAAT---G-----------CATGGCAAGAGTAATCTATGCTACA-TTTGTATGGA--AAAG-GTAATGGCTGA-AC-TG-T-TA--CA-GGAA-AACTCTGAT----TTATTGATTAAA
gi|37434 : TATA--TACTAAAGAAAAAAAA-G-AAACTTC-----TGTT---TATAGTGAAGA----AATAT---TG-AAATACGAAAACAAAGTTT----AAATTTTTTTTTTTTAA---AT---G------------ATCGCAAGAATAT
gi|37435 : ATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAATTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-G-T--AAATATGAAAACAAGGGTT----AAA----TTATTTTTAT---AT---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGAGGA--AAAT-TTTATCGCTCT-AC-GT-T-TA--C--GGAA-AA--CTGATGAAATGGTTGATTTAA
gi|37436 : ATA--TACTGAACAAAA--A--G-AAACTACCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TACAT-C-T--AAATATGAAA-----GTTT----ATA----TTA-----AT---GT---------------TATTTTAAGAGTATTCTAAGGTACA-TTTGTAAGGA--AACG-ATTGTGTTTCT-AC-TG-T-AA--C--GGGA-AG--ATGATGAAATTATTTATTAAA
gi|37437 : ATA--TACTGAACAAAAACA--G-AAACTATGGCTATGTT---TA-AATGCAGA----TGTAT---TG-AAATAAGAAAACCAAGTTA----AAA----TAATTTTTGT---AT---G-----------TATTGTAAGATTATTGTAAGG-----TTTGATTGGA--AATG-AATATGGCTCT-AC-ATGT-TG--CTGAGAA-AA--GGAATGAAAT
gi|37438 : TA--TACTGAACAAAAATG--G-AAACT-ACGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATATCA-T----ATATGAAAACACTGCGT----AAA----TTATTTTTAC---AT---AAATTATTAATATATAGCAAGAATATTTTAAGGTTTA-TCTGTATGTA--AAAG-ATTATGGCTCTTAC-TG-T-TA--C----AATAA--AGGATGAAATTATTGATTAAA
gi|37439 : --TGCTGAACAAAAACA--G-AAACTTCCGCTATGTT---TA-AGTGCAG
gi|37440 : AATAA--ATAAACTTCCGCTATGTT---TA--GTGCAGA----TATAT---TG-ATATATGAAAACAAAGTTT----AAA----TTATTTGTAT---AT---G-----------TATCGCAACAGTATTCTAAGTTGCA-TTTGTATGGA--AAAC-GTTATAG-----------T-TA--C--GGGA-AA--CGGATGAAAATATTGATTAAA
gi|37441 : AACTTCCTATATGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT---CG-AAA-ATGAAAACAAAGTTG----ATG----TTATTTTCAT---TT---G-----------TACCGTAAGAGTATTCTAAGATACA-TTTGTGTGGA--AAAG-ATTATTGGTCT-ACTGT-TATG--G--GGGA-AA--AGGATGAAATTATTTATTCAA
Alignments
lowQualScore : 33333 11111111111
lowQualScore : 22 4 44 22 333 1 4444 33333 2 1 333 4444 2 333 00000000000 1 2 2 1 33 666 1 2 666 33 99 2 6666
lowQualScore : .. . .. .. ... . .... ..... . . ... .... . ... ........... . . . . .. ... . . ... .. .. . ....
lowQualScore : 88 7 55 77 222 8 0000 55555 3 7 555 2222 1 777 00000000000 0 9 5 7 44 999 9 5 222 44 44 5 1111
consensus : TATA--TACTGAACAAAANAA--G-AAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GCG-AAATATGAAAACAAGGNTTA---AA----TTATTTTTAT-AT---G-----------TATCGCAAGAGTATTCTAANGTGCA-TTTGTGTGGA--AAAT-NTTATGGCTC-TAC-TGTTA--C--GGAA-AA--NGGATGAAATTGTTGATTAAA
Reference ( family-755 ) : TATA--TACTGAACAAAANAA--G-AAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GTG-AAATATGAAAACAAGGNTTA---AA----TTATTTTTAT-AT---G-----------TATCGCAAGAGTATTCTAANGTGCA-TTTGTGTGGA--AAAT-NTTATGGCTC-TAC-NNTTA--C--GGAA-AA--NGGATGAAATTGTTGATTAAA
gi|37420 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-ATGTAAATACGAAAACAAGGGTAA---AA----TTATTTTTAT-AT---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AA--CTGATGAAATGGTTGATTAAA
gi|37421 : TATA--CAACGAACAAAATAA--G-TTACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GT--AAATATAAAAACAAGGGTTA---AA----TTATCTTTAT-AT---A-----------TAGTGCAAGAGTATTTCAATGTAAA-TGTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AA--CTAAAGAAATGGTTGATTAAA
gi|37422 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCTGAAGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GT--AAATATGAAAACAAGGGTTA---AG----TTATTTTTAT-AT---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--AAAT-CTTATCGCTC-TAC-GTTTA--T--GGAA-AA--
gi|37423 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GC--AAATATTAAAGCAAGGGTTA---AC----TTATTTTTAT-AT---G-----------TATTGTGAGAGAATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--TTTT-TTTTTCGCTC-TAC-GTTTA--C--AGAA-AA--CTGATGATATGGTTGATTAAAct
gi|37424 : TATA--TACTTAACAAAATAA--A-TAATTTCAGCTCTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GT--AAATATGAAAACAAGGGTTA---AA----TTATTTTTAT-AT---G-----------TATTGCAAGAG--TTACAATATAAA-TTTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AT--CTGATGAATTGGTAGATTAAA
gi|37425 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TACAT-GT--AAATATGAAAACTAGGGTTA---AA----TTATTTCTAT-ATAAGG-----------TAT
gi|37426 : TACA--TGCTGAACAAAATAA--G-AAATTTCCGCTAT-CT---TA-GGAGCATAATTTTATATAGCG-AAATATGAAAACAAAGTTT---------------TTTAT-AT---G-----------TATCGCGAGAGTATTCTAATGTGCA-TTTGTATGGA--AAAG-CTTAAGGCTC-AAC-TGTTA--T--GAGG-AA--AGGATAAAA-TATTGGTTAAAt
gi|37427 : TATA--TAATGAACAAAACAA--G-AAACTTCCGCTGT-TT---TA--GAAAAGA----TATAT--CG-AAATATTAAAACA-GATTTATAAAA----TTATTTG-AT-AT---G-----------TATCGCAATGTTAATCAAAGGTGTA-TTTGGATAGA--AAAT-ATTATGGCTC-TAC-TGTTACGC--GGGA-AA--AGGATGAAA-TATTGAT
gi|37428 : TACA--CACTGAACAAAACAA--G-AAACATCCTCTTTATTTACTA-AGTGTAGA----CTTAT--CG-AAATATCAAAACAGAGTTTT---AA----TTATTTTT
gi|37429 : TATA--TACTGAACAAACACA--G-AAACTTCCGCTGTGTC---GA-AGTACAGG----TATAT----------------CAAG-TTTA---AA----TTACTTTTGT-AT---A-----------TATCGCAAGAGTATCCTTATGTGCATTTTGCACGGT--GAATGGTTATGGTTC-TAC-TGTTA--T--GTGA-AA--GGGATGAAATTATTGATAAAA
gi|37430 : TATA--TACTGAGCAAAAAAA-----AACTTGTGCTATGTT---TA-AATGCAGA----TGT
gi|37431 : TATA--TACTGAACAAAGAAATGG-AAACCTCCGCTATGTT---TA--------------------TG-GGACATGGAAACTAG--TTC---AT----TTATTTC-AT-AT---G-----------CATCGCAAGAGTATTCTAAGGTGCA-TTTGT---AATTAAATGATTATGGCTC-CAC-TGTTA--C--AGAA-AA--AGGATGAAATTGTTGATTAAA
gi|37432 : TATAATTACGGAACAAAA-AA--C-AAACGTCCGCGATGTT---TA-AGTGCAGA----TATAC--CA-AAATATGAAAACAA-ATTTA---AA----CTA-TTTTAT-AT---G-----------TACCGTA
gi|37433 : TATA--TACTTAAGAGAGAAT--G-AAACGGCCGCTAAGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT----------CGAAAACAA--ATT----------TTTTTTTTGCAAT---G-----------CATGGCAAGAGTAATCTATGCTACA-TTTGTATGGA--AAAG-GTAATGGCTG-AAC-TGTTA--CA-GGAA-AACTCTGAT----TTATTGATTAAA
gi|37434 : TATA--TACTAAAGAAAAAAAA-G-AAACTTC-----TGTT---TATAGTGAAGA----AATAT--TG-AAATACGAAAACAAAGTTTA---AATTTTTTTTTTTTAA-AT---G------------ATCGCAAGAATAT
gi|37435 : ATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAATTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GT--AAATATGAAAACAAGGGTTA---AA----TTATTTTTAT-AT---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGAGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AA--CTGATGAAATGGTTGATTTAA
gi|37436 : ATA--TACTGAACAAAA--A--G-AAACTACCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TACAT-CT--AAATATGAAA-----GTTTA---TA----TTA-----AT-GT---------------TATTTTAAGAGTATTCTAAGGTACA-TTTGTAAGGA--AACG-ATTGTGTTTC-TAC-TGTAA--C--GGGA-AG--ATGATGAAATTATTTATTAAA
gi|37437 : ATA--TACTGAACAAAAACA--G-AAACTATGGCTATGTT---TA-AATGCAGA----TGTAT--TG-AAATAAGAAAACCAAGTTAA---AA----TAATTTTTGT-AT---G-----------TATTGTAAGATTATTGTAAGG-----TTTGATTGGA--AATG-AATATGGCTC-TACATGTTG--CTGAGAA-AA--GGAATGAAAT
gi|37438 : TA--TACTGAACAAAAATG--G-AAACT-ACGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-C---ATATATGAAAACACTGCGTA---AA----TTATTTTTAC-AT---AAATTATTAATATATAGCAAGAATATTTTAAGGTTTA-TCTGTATGTA--AAAG-ATTATGGCTCTTAC-TGTTA--C----AATAA--AGGATGAAATTATTGATTAAA
gi|37439 : --TGCTGAACAAAAACA--G-AAACTTCCGCTATGTT---TA-AGTGCAG
gi|37440 : AATAA--ATAAACTTCCGCTATGTT---TA--GTGCAGA----TATAT--TG-ATATATGAAAACAAAGTTTA---AA----TTATTTGTAT-AT---G-----------TATCGCAACAGTATTCTAAGTTGCA-TTTGTATGGA--AAAC-GTTATAG----------TTA--C--GGGA-AA--CGGATGAAAATATTGATTAAA
gi|37441 : AACTTCCTATATGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT--CG-AAA-ATGAAAACAAAGTTGA---TG----TTATTTTCAT-TT---G-----------TACCGTAAGAGTATTCTAAGATACA-TTTGTGTGGA--AAAG-ATTATTGGTC-TAC-TGTTA--TGGGGGA-AA--AGGATGAAATTATTTATTCAA
Alignments
lowQualScore : 33333 11111111111
lowQualScore : 22 4 44 22 333 1 4444 55555 2 1 333 4444 2 333 00000000000 1 2 2 1 33 666 1 2 44 33 99 2 6666
lowQualScore : .. . .. .. ... . .... ..... . . ... .... . ... ........... . . . . .. ... . . .. .. .. . ....
lowQualScore : 88 7 55 77 222 8 0000 33333 3 7 555 2222 1 777 00000000000 0 9 5 7 44 999 9 5 00 44 44 5 1111
consensus : TATA--TACTGAACAAAANAA--G-AAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GCG-AAATATGAAAACAAGGNTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATCGCAAGAGTATTCTAANGTGCA-TTTGTGTGGA--AAAT-NTTATGGCTC-TAC-TGTTA--C--GGAA-AA--NGGATGAAATTGTTGATTAAA
Reference ( family-755 ) : TATA--TACTGAACAAAANAA--G-AAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GCG-AAATATGAAAACAAGGNTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATCGCAAGAGTATTCTAANGTGCA-TTTGTGTGGA--AAAT-NTTATGGCTC-TAC-TGTTA--C--GGAA-AA--NGGATGAAATTGTTGATTAAA
gi|37420 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-ATGTAAATACGAAAACAAGGGTAA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AA--CTGATGAAATGGTTGATTAAA
gi|37421 : TATA--CAACGAACAAAATAA--G-TTACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GT--AAATATAAAAACAAGGGTTA---AA----TTATCTTTATA-T---A-----------TAGTGCAAGAGTATTTCAATGTAAA-TGTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AA--CTAAAGAAATGGTTGATTAAA
gi|37422 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCTGAAGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GT--AAATATGAAAACAAGGGTTA---AG----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--AAAT-CTTATCGCTC-TAC-GTTTA--T--GGAA-AA--
gi|37423 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GC--AAATATTAAAGCAAGGGTTA---AC----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGTGAGAGAATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--TTTT-TTTTTCGCTC-TAC-GTTTA--C--AGAA-AA--CTGATGATATGGTTGATTAAAct
gi|37424 : TATA--TACTTAACAAAATAA--A-TAATTTCAGCTCTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GT--AAATATGAAAACAAGGGTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGCAAGAG--TTACAATATAAA-TTTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AT--CTGATGAATTGGTAGATTAAA
gi|37425 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TACAT-GT--AAATATGAAAACTAGGGTTA---AA----TTATTTCTATA-TAAGG-----------TAT
gi|37426 : TACA--TGCTGAACAAAATAA--G-AAATTTCCGCTAT-CT---TA-GGAGCATAATTTTATATAGCG-AAATATGAAAACAAAGTTT---------------TTTATA-T---G-----------TATCGCGAGAGTATTCTAATGTGCA-TTTGTATGGA--AAAG-CTTAAGGCTC-AAC-TGTTA--T--GAGG-AA--AGGATAAAA-TATTGGTTAAAt
gi|37427 : TATA--TAATGAACAAAACAA--G-AAACTTCCGCTGT-TT---TA--GAAAAGA----TATAT--CG-AAATATTAAAACA-GATTTATAAAA----TTATTTG-ATA-T---G-----------TATCGCAATGTTAATCAAAGGTGTA-TTTGGATAGA--AAAT-ATTATGGCTC-TAC-TGTTACGC--GGGA-AA--AGGATGAAA-TATTGAT
gi|37428 : TACA--CACTGAACAAAACAA--G-AAACATCCTCTTTATTTACTA-AGTGTAGA----CTTAT--CG-AAATATCAAAACAGAGTTTT---AA----TTATTTTT
gi|37429 : TATA--TACTGAACAAACACA--G-AAACTTCCGCTGTGTC---GA-AGTACAGG----TATAT----------------CAAG-TTTA---AA----TTACTTTTGTA-T---A-----------TATCGCAAGAGTATCCTTATGTGCATTTTGCACGGT--GAATGGTTATGGTTC-TAC-TGTTA--T--GTGA-AA--GGGATGAAATTATTGATAAAA
gi|37430 : TATA--TACTGAGCAAAAAAA-----AACTTGTGCTATGTT---TA-AATGCAGA----TGT
gi|37431 : TATA--TACTGAACAAAGAAATGG-AAACCTCCGCTATGTT---TA-----------------T-GGG-A--CATGGAAACTAG--TTC---AT----TTATTTC-ATA-T---G-----------CATCGCAAGAGTATTCTAAGGTGCA-TTTGT---AATTAAATGATTATGGCTC-CAC-TGTTA--C--AGAA-AA--AGGATGAAATTGTTGATTAAA
gi|37432 : TATAATTACGGAACAAAA-AA--C-AAACGTCCGCGATGTT---TA-AGTGCAGA----TATAC--CA-AAATATGAAAACAA-ATTTA---AA----CTA-TTTTATA-T---G-----------TACCGTA
gi|37433 : TATA--TACTTAAGAGAGAAT--G-AAACGGCCGCTAAGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT----------CGAAAACAA--ATT----------TTTTTTTTGCAAT---G-----------CATGGCAAGAGTAATCTATGCTACA-TTTGTATGGA--AAAG-GTAATGGCTG-AAC-TGTTA--CA-GGAA-AACTCTGAT----TTATTGATTAAA
gi|37434 : TATA--TACTAAAGAAAAAAAA-G-AAACTTC-----TGTT---TATAGTGAAGA----AATAT--TG-AAATACGAAAACAAAGTTTA---AATTTTTTTTTTTTAAA-T---G------------ATCGCAAGAATAT
gi|37435 : ATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAATTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GT--AAATATGAAAACAAGGGTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGAGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AA--CTGATGAAATGGTTGATTTAA
gi|37436 : ATA--TACTGAACAAAA--A--G-AAACTACCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TACAT--CT-AAATATGAAA-----GTTTA---TA----TTA-----ATG-T---------------TATTTTAAGAGTATTCTAAGGTACA-TTTGTAAGGA--AACG-ATTGTGTTTC-TAC-TGTAA--C--GGGA-AG--ATGATGAAATTATTTATTAAA
gi|37437 : ATA--TACTGAACAAAAACA--G-AAACTATGGCTATGTT---TA-AATGCAGA----TGTAT--TG-AAATAAGAAAACCAAGTTAA---AA----TAATTTTTGTA-T---G-----------TATTGTAAGATTATTGTAAGG-----TTTGATTGGA--AATG-AATATGGCTC-TACATGTTG--CTGAGAA-AA--GGAATGAAAT
gi|37438 : TA--TACTGAACAAAAATG--G-AAACT-ACGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT--C--ATATATGAAAACACTGCGTA---AA----TTATTTTTACA-T---AAATTATTAATATATAGCAAGAATATTTTAAGGTTTA-TCTGTATGTA--AAAG-ATTATGGCTCTTAC-TGTTA--C----AATAA--AGGATGAAATTATTGATTAAA
gi|37439 : --TGCTGAACAAAAACA--G-AAACTTCCGCTATGTT---TA-AGTGCAG
gi|37440 : AATAA--ATAAACTTCCGCTATGTT---TA--GTGCAGA----TATAT--TG-ATATATGAAAACAAAGTTTA---AA----TTATTTGTATA-T---G-----------TATCGCAACAGTATTCTAAGTTGCA-TTTGTATGGA--AAAC-GTTATA----------GTTA--C--GGGA-AA--CGGATGAAAATATTGATTAAA
gi|37441 : AACTTCCTATATGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT--CG-AAA-ATGAAAACAAAGTTGA---TG----TTATTTTCATT-T---G-----------TACCGTAAGAGTATTCTAAGATACA-TTTGTGTGGA--AAAG-ATTATTGGTC-TAC-TGTTA--TGGGGGA-AA--AGGATGAAATTATTTATTCAA
Alignments
lowQualScore : 33333 11111111111
lowQualScore : 22 4 44 22 333 1 4444 55555 2 1 333 4444 2 333 00000000000 1 2 2 1 33 666 1 2 44 33 99 2 6666
lowQualScore : .. . .. .. ... . .... ..... . . ... .... . ... ........... . . . . .. ... . . .. .. .. . ....
lowQualScore : 88 7 55 77 222 8 0000 33333 3 7 555 2222 1 777 00000000000 0 9 5 7 44 999 9 5 00 44 44 5 1111
consensus : TATA--TACTGAACAAAANAA--G-AAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GCG-AAATATGAAAACAAGGNTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATCGCAAGAGTATTCTAANGTGCA-TTTGTGTGGA--AAAT-NTTATGGCTC-TAC-TGTTA--C--GGAA-AA--NGGATGAAATTGTTGATTAAA
Reference ( family-755 ) : TATA--TACTGAACAAAANAA--G-AAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GCG-AAATATGAAAACAAGGNTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATCGCAAGAGTATTCTAANGTGCA-TTTGTGTGGA--AAAT-NTTATGGCTC-TAC-TGTTA--C--GGAA-AA--NGGATGAAATTGTTGATTAAA
gi|37420 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-ATGTAAATACGAAAACAAGGGTAA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AA--CTGATGAAATGGTTGATTAAA
gi|37421 : TATA--CAACGAACAAAATAA--G-TTACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GT--AAATATAAAAACAAGGGTTA---AA----TTATCTTTATA-T---A-----------TAGTGCAAGAGTATTTCAATGTAAA-TGTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AA--CTAAAGAAATGGTTGATTAAA
gi|37422 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCTGAAGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GT--AAATATGAAAACAAGGGTTA---AG----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--AAAT-CTTATCGCTC-TAC-GTTTA--T--GGAA-AA--
gi|37423 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GC--AAATATTAAAGCAAGGGTTA---AC----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGTGAGAGAATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--TTTT-TTTTTCGCTC-TAC-GTTTA--C--AGAA-AA--CTGATGATATGGTTGATTAAAct
gi|37424 : TATA--TACTTAACAAAATAA--A-TAATTTCAGCTCTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GT--AAATATGAAAACAAGGGTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGCAAGAG--TTACAATATAAA-TTTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AT--CTGATGAATTGGTAGATTAAA
gi|37425 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TACAT-GT--AAATATGAAAACTAGGGTTA---AA----TTATTTCTATA-TAAGG-----------TAT
gi|37426 : TACA--TGCTGAACAAAATAA--G-AAATTTCCGCTAT-CT---TA-GGAGCATAATTTTATATAGCG-AAATATGAAAACAAAGTTT---------------TTTATA-T---G-----------TATCGCGAGAGTATTCTAATGTGCA-TTTGTATGGA--AAAG-CTTAAGGCTC-AAC-TGTTA--T--GAGG-AA--AGGATAAAA-TATTGGTTAAAt
gi|37427 : TATA--TAATGAACAAAACAA--G-AAACTTCCGCTGT-TT---TA--GAAAAGA----TATAT--CG-AAATATTAAAACA-GATTTATAAAA----TTATTTG-ATA-T---G-----------TATCGCAATGTTAATCAAAGGTGTA-TTTGGATAGA--AAAT-ATTATGGCTC-TAC-TGTTACGC--GGGA-AA--AGGATGAAA-TATTGAT
gi|37428 : TACA--CACTGAACAAAACAA--G-AAACATCCTCTTTATTTACTA-AGTGTAGA----CTTAT--CG-AAATATCAAAACAGAGTTTT---AA----TTATTTTT
gi|37429 : TATA--TACTGAACAAACACA--G-AAACTTCCGCTGTGTC---GA-AGTACAGG----TATAT----------------CAAG-TTTA---AA----TTACTTTTGTA-T---A-----------TATCGCAAGAGTATCCTTATGTGCATTTTGCACGGT--GAATGGTTATGGTTC-TAC-TGTTA--T--GTGA-AA--GGGATGAAATTATTGATAAAA
gi|37430 : TATA--TACTGAGCAAAAAAA-----AACTTGTGCTATGTT---TA-AATGCAGA----TGT
gi|37431 : TATA--TACTGAACAAAGAAATGG-AAACCTCCGCTATGTT---TA-----------------T-GGG-A--CATGGAAACTAG--TTC---AT----TTATTTC-ATA-T---G-----------CATCGCAAGAGTATTCTAAGGTGCA-TTTGT---AATTAAATGATTATGGCTC-CAC-TGTTA--C--AGAA-AA--AGGATGAAATTGTTGATTAAA
gi|37432 : TATAATTACGGAACAAAA-AA--C-AAACGTCCGCGATGTT---TA-AGTGCAGA----TATAC--CA-AAATATGAAAACAA-ATTTA---AA----CTA-TTTTATA-T---G-----------TACCGTA
gi|37433 : TATA--TACTTAAGAGAGAAT--G-AAACGGCCGCTAAGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT----------CGAAAACAA--ATT----------TTTTTTTTGCAAT---G-----------CATGGCAAGAGTAATCTATGCTACA-TTTGTATGGA--AAAG-GTAATGGCTG-AAC-TGTTA--CA-GGAA-AACTCTGAT----TTATTGATTAAA
gi|37434 : TATA--TACTAAAGAAAAAAAA-G-AAACTTC-----TGTT---TATAGTGAAGA----AATAT--TG-AAATACGAAAACAAAGTTTA---AATTTTTTTTTTTTAAA-T---G------------ATCGCAAGAATAT
gi|37435 : ATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAATTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GT--AAATATGAAAACAAGGGTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGAGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AA--CTGATGAAATGGTTGATTTAA
gi|37436 : ATA--TACTGAACAAAA--A--G-AAACTACCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TACAT--CT-AAATATGAAA-----GTTTA---TA----TTA-----ATG-T---------------TATTTTAAGAGTATTCTAAGGTACA-TTTGTAAGGA--AACG-ATTGTGTTTC-TAC-TGTAA--C--GGGA-AG--ATGATGAAATTATTTATTAAA
gi|37437 : ATA--TACTGAACAAAAACA--G-AAACTATGGCTATGTT---TA-AATGCAGA----TGTAT--TG-AAATAAGAAAACCAAGTTAA---AA----TAATTTTTGTA-T---G-----------TATTGTAAGATTATTGTAAGG-----TTTGATTGGA--AATG-AATATGGCTC-TACATGTTG--CTGAGAA-AA--GGAATGAAAT
gi|37438 : TA--TACTGAACAAAAATG--G-AAACT-ACGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT--C--ATATATGAAAACACTGCGTA---AA----TTATTTTTACA-T---AAATTATTAATATATAGCAAGAATATTTTAAGGTTTA-TCTGTATGTA--AAAG-ATTATGGCTCTTAC-TGTTA--C----AATAA--AGGATGAAATTATTGATTAAA
gi|37439 : --TGCTGAACAAAAACA--G-AAACTTCCGCTATGTT---TA-AGTGCAG
gi|37440 : AATAA--ATAAACTTCCGCTATGTT---TA--GTGCAGA----TATAT--TG-ATATATGAAAACAAAGTTTA---AA----TTATTTGTATA-T---G-----------TATCGCAACAGTATTCTAAGTTGCA-TTTGTATGGA--AAAC-GTTATA----------GTTA--C--GGGA-AA--CGGATGAAAATATTGATTAAA
gi|37441 : AACTTCCTATATGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT--CG-AAA-ATGAAAACAAAGTTGA---TG----TTATTTTCATT-T---G-----------TACCGTAAGAGTATTCTAAGATACA-TTTGTGTGGA--AAAG-ATTATTGGTC-TAC-TGTTA--TGGGGGA-AA--AGGATGAAATTATTTATTCAA
blockSeqs : AT T TG TA TAC T ATTT AGCG G G TAA TTTT A AAG AATTATTAATA T A T G TT TGG C T AT CG TG T CTCT
blockSeqs : . T A T . . . GGG G G . . . . . T A . G . TGA C . G . GG . CT
blockSeqs : . T . T . . . GT G G . . . . . T A . G . TT C . G . A . CT
blockSeqs : . T . T . . . GT G G . . . . . T A . G . TC C . G . . . CT
blockSeqs : . T . T . . . GC G G . . . . . T C . A . TT G . G . . . AG
blockSeqs : . T . T . . . GT A T . . . . . G T . A . TT G . T . . . AG
blockSeqs : . C . A . . . GT G T . . . . . T C . A . GC G . T . . . GG
blockSeqs : . C . A . . . CG A T . . . . . G C . A . TA G . T . . . AG
blockSeqs : . A . A . . . CG G T . . . . . G C . G . GG G . T . . . CT
blockSeqs : . A . A . . . CA G T . . . . . T A . A . TT C . T . . . AT
blockSeqs : . A . A . . . TG A A . . . . . G C . T . GA G . G . . . GG
blockSeqs : . A . A . . . GT G T . . . . . G T . A . GA G . T . . . AG
blockSeqs : . A . A . . . CT A G . . . . . G C . A . GA G . T . . . CG
blockSeqs : . T . A . . . TG T T . . . . . G C . G . CG A . T . . . AG
blockSeqs : . A . T . . . TG A T . . . . . G . . . . GA T . . . . .
blockSeqs : . A . A . . . CG A C . . . . .
blockSeqs : . A . A . . . C . T . . . . .
blockSeqs : . T . A . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : NN***
originalCons : TATA--TACTGAACAAAANAA--G-AAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATAT-GCG-AAATATGAAAACAAGGNTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATCGCAAGAGTATTCTAANGTGCA-TTTGTGTGGA--AAAT-NTTATGGCTC-TAC-TGTTA--C--GGAA-AA--NGGATGAAATTGTTGATTAAA
finalCons : TATA--TACTGAACAAAANAA--G-AAACTTCCGCTGTGTT---TA-AGTGCAGA----TATATNN---AAATATGAAAACAAGGNTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATCGCAAGAGTATTCTAANGTGCA-TTTGTGTGGA--AAAT-NTTATGGCTC-TAC-TGTTA--C--GGAA-AA--NGGATGAAATTGTTGATTAAA
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111111
lowQualScore : 22 4 44 22 555 4444 5555 2 1 333 4444 2 333 00000000000 1 2 2 1 33 666 1 2 44 33 99 2 6666
lowQualScore : .. . .. .. ... .... .... . . ... .... . ... ........... . . . . .. ... . . .. .. .. . ....
lowQualScore : 88 7 55 77 000 0000 4444 3 7 555 2222 1 777 00000000000 0 9 5 7 44 999 9 5 00 44 44 5 1111
consensus : TATA--TACTGAACAAAANAA--G-AAACTTCCGCTGTGTTTA---AGTGCAGA----TATATNN--AAATATGAAAACAAGGNTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATCGCAAGAGTATTCTAANGTGCA-TTTGTGTGGA--AAAT-NTTATGGCTC-TAC-TGTTA--C--GGAA-AA--NGGATGAAATTGTTGATTAAA
Reference ( family-755 ) : TATA--TACTGAACAAAANAA--G-AAACTTCCGCTGTGTTTA---AGTGCAGA----TATATNN--AAATATGAAAACAAGGNTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATCGCAAGAGTATTCTAANGTGCA-TTTGTGTGGA--AAAT-NTTATGGCTC-TAC-TGTTA--C--GGAA-AA--NGGATGAAATTGTTGATTAAA
gi|37420 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTTTA---AGTGCAGA----TATATATGTAAATACGAAAACAAGGGTAA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AA--CTGATGAAATGGTTGATTAAA
gi|37421 : TATA--CAACGAACAAAATAA--G-TTACTTCCGCTGTGTTTA---AGTGCAGA----TATATGT--AAATATAAAAACAAGGGTTA---AA----TTATCTTTATA-T---A-----------TAGTGCAAGAGTATTTCAATGTAAA-TGTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AA--CTAAAGAAATGGTTGATTAAA
gi|37422 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCTGAAGTGTTTA---AGTGCAGA----TATATGT--AAATATGAAAACAAGGGTTA---AG----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--AAAT-CTTATCGCTC-TAC-GTTTA--T--GGAA-AA--
gi|37423 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTTTA---AGTGCAGA----TATATGC--AAATATTAAAGCAAGGGTTA---AC----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGTGAGAGAATTTCAATGTGAA-TTTGTGTGGA--TTTT-TTTTTCGCTC-TAC-GTTTA--C--AGAA-AA--CTGATGATATGGTTGATTAAAct
gi|37424 : TATA--TACTTAACAAAATAA--A-TAATTTCAGCTCTGTTTA---AGTGCAGA----TATATGT--AAATATGAAAACAAGGGTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGCAAGAG--TTACAATATAAA-TTTGTGTGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AT--CTGATGAATTGGTAGATTAAA
gi|37425 : TATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAACTTCCGCTGTGTTTA---AGTGCAGA----TACATGT--AAATATGAAAACTAGGGTTA---AA----TTATTTCTATA-TAAGG-----------TAT
gi|37426 : TACA--TGCTGAACAAAATAA--G-AAATTTCCGCTAT-CTTA---GGAGCATAATTTTATATAGCGAAATATGAAAACAAAGTTT---------------TTTATA-T---G-----------TATCGCGAGAGTATTCTAATGTGCA-TTTGTATGGA--AAAG-CTTAAGGCTC-AAC-TGTTA--T--GAGG-AA--AGGATAAAA-TATTGGTTAAAt
gi|37427 : TATA--TAATGAACAAAACAA--G-AAACTTCCGCTGT-TTTA----GAAAAGA----TATATCG--AAATATTAAAACA-GATTTATAAAA----TTATTTG-ATA-T---G-----------TATCGCAATGTTAATCAAAGGTGTA-TTTGGATAGA--AAAT-ATTATGGCTC-TAC-TGTTACGC--GGGA-AA--AGGATGAAA-TATTGAT
gi|37428 : TACA--CACTGAACAAAACAA--G-AAACATCCTCTTTATTTACTAAGTGTAGA----CTTATCG--AAATATCAAAACAGAGTTTT---AA----TTATTTTT
gi|37429 : TATA--TACTGAACAAACACA--G-AAACTTCCGCTGTGTCGA---AGTACAGG----TATAT---------------CAAG-TTTA---AA----TTACTTTTGTA-T---A-----------TATCGCAAGAGTATCCTTATGTGCATTTTGCACGGT--GAATGGTTATGGTTC-TAC-TGTTA--T--GTGA-AA--GGGATGAAATTATTGATAAAA
gi|37430 : TATA--TACTGAGCAAAAAAA-----AACTTGTGCTATGTTTA---AATGCAGA----TGT
gi|37431 : TATA--TACTGAACAAAGAAATGG-AAACCTCCGCTATGTTTA---TGGG-------------------ACATGGAAACTAG--TTC---AT----TTATTTC-ATA-T---G-----------CATCGCAAGAGTATTCTAAGGTGCA-TTTGT---AATTAAATGATTATGGCTC-CAC-TGTTA--C--AGAA-AA--AGGATGAAATTGTTGATTAAA
gi|37432 : TATAATTACGGAACAAAA-AA--C-AAACGTCCGCGATGTTTA---AGTGCAGA----TATACCA--AAATATGAAAACAA-ATTTA---AA----CTA-TTTTATA-T---G-----------TACCGTA
gi|37433 : TATA--TACTTAAGAGAGAAT--G-AAACGGCCGCTAAGTTTA---AGTGCAGA----TATATC---------GAAAACAA--ATT----------TTTTTTTTGCAAT---G-----------CATGGCAAGAGTAATCTATGCTACA-TTTGTATGGA--AAAG-GTAATGGCTG-AAC-TGTTA--CA-GGAA-AACTCTGAT----TTATTGATTAAA
gi|37434 : TATA--TACTAAAGAAAAAAAA-G-AAACTTC-----TGTTTAT--AGTGAAGA----AATATTG--AAATACGAAAACAAAGTTTA---AATTTTTTTTTTTTAAA-T---G------------ATCGCAAGAATAT
gi|37435 : ATA--TACTGAACAAAATAA--G-TAATTTCCGCTGTGTTTA---AGTGCAGA----TATATGT--AAATATGAAAACAAGGGTTA---AA----TTATTTTTATA-T---G-----------TATTGCAAGAGTATTTCAATGTGAA-TTTGTGAGGA--AAAT-TTTATCGCTC-TAC-GTTTA--C--GGAA-AA--CTGATGAAATGGTTGATTTAA
gi|37436 : ATA--TACTGAACAAAA--A--G-AAACTACCGCTGTGTTTA---AGTGCAGA----TACATCT--AAATATGAAA-----GTTTA---TA----TTA-----ATG-T---------------TATTTTAAGAGTATTCTAAGGTACA-TTTGTAAGGA--AACG-ATTGTGTTTC-TAC-TGTAA--C--GGGA-AG--ATGATGAAATTATTTATTAAA
gi|37437 : ATA--TACTGAACAAAAACA--G-AAACTATGGCTATGTTTA---AATGCAGA----TGTATTG--AAATAAGAAAACCAAGTTAA---AA----TAATTTTTGTA-T---G-----------TATTGTAAGATTATTGTAAGG-----TTTGATTGGA--AATG-AATATGGCTC-TACATGTTG--CTGAGAA-AA--GGAATGAAAT
gi|37438 : TA--TACTGAACAAAAATG--G-AAACT-ACGCTGTGTTTA---AGTGCAGA----TATATC---ATATATGAAAACACTGCGTA---AA----TTATTTTTACA-T---AAATTATTAATATATAGCAAGAATATTTTAAGGTTTA-TCTGTATGTA--AAAG-ATTATGGCTCTTAC-TGTTA--C----AATAA--AGGATGAAATTATTGATTAAA
gi|37439 : --TGCTGAACAAAAACA--G-AAACTTCCGCTATGTTTA---AGTGCAG
gi|37440 : AATAA--ATAAACTTCCGCTATGTTTA----GTGCAGA----TATATTG--ATATATGAAAACAAAGTTTA---AA----TTATTTGTATA-T---G-----------TATCGCAACAGTATTCTAAGTTGCA-TTTGTATGGA--AAAC-GTTATA----------GTTA--C--GGGA-AA--CGGATGAAAATATTGATTAAA
gi|37441 : AACTTCCTATATGTTTA---AGTGCAGA----TATATCG--AAA-ATGAAAACAAAGTTGA---TG----TTATTTTCATT-T---G-----------TACCGTAAGAGTATTCTAAGATACA-TTTGTGTGGA--AAAG-ATTATTGGTC-TAC-TGTTA--TGGGGGA-AA--AGGATGAAATTATTTATTCAA