lowQualScore                  :                    222                                              111111        111                                 1     
lowQualScore                  :                    111  11  1 777777777 44   1  11        333333    000000  8888  888 11          1  1 4   3          0     
lowQualScore                  :                    ...  ..  . ......... ..   .  ..        ......    ......  ....  ... ..          .  . .   .          .     
lowQualScore                  :                    999  88  2 333333333 44   2  66        444444    444444  1111  555 66          2  2 5   0          5     
consensus                     :         GTACAGTAAAA--ACC--CC-T---------C--TAA-TA--AGACCACC------TTTG---GGACC---GGG---C--AAAAGTGGTC-TT-ANTAGCGGGGTGGTCTTATTAT
Reference ( gi|155754 )       :         GTACAGTAAAA--ACC--CC-T---------C--TAA-TA--AGACCACC------TTTG---GGACC---AGG---C--AAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTAATTAT
gi|155755                     :         GTACAGTAAAA---TC--CC-T---------C--TAA-TA--AGACCACC------TTTG---GGACC---GGG---C--AAAAGTGGTC-TT-AATAGTGGAGTGGTCTTATTAT
gi|155756                     :         GTACAGTAAAG---CC--CC-T---------C--TGA-TA--AGACCACC------TTTG---GGACT---GGG---C--AAAAGTGGTC-TT-AATAGCAGGATGGTCTTATTAT
gi|155757                     :         GTACAGCAAAA---CC--CC-T---------C--TAA-TA--AGACCACT------TTTG---GGACC---GGC---C--AAAAGTGGTC-TT-AATAGC-ATGTGGTCT
gi|155758                     :         GTACCATAACA---CT--CC-T---------A--TAA-TA--AGCCCACC------TTTG---GGGCC---AGA---C--GAAAGTGGTT-TT-AAAAGCAGGGTAGTCTTATTtttat
gi|155759                     :         GTACAGTAAAA---CC--CT-T---------C--CAA-CA--AGACCACC------TTTG---GGACC---AGG---C---ATGGTGGTC-TT-ATTA
gi|155760                     :         GTACAATAAAA----C--CC-T------------TGA-TA--AGACAACC------TTCG---CAACC---AGG---T--AACAGTGGTA----AATAGCGAGATGTTC
gi|155761                     :         GTACAGTAAA----CC--TT-T---------CA-CAA-TA--AGATCACC------CTTG---GCACC---AGA---C--AAAAAAAGTCTTT-AGTAGatgtta
gi|155762                     :         GTACAGTAGAA--TCC--CT-TATAGAATCGC--TAA-TA--GGACCACCATTCAATTTG---G-ATCTTTAAA---A--AAAAGTGGTC-CA-AATATTGAGGTGGTC
gi|155763                     :          TAAAGTAAAA---CC--CC-T---------C--TAA-TA--AGACCACC------TTTG---GGACC---AGG---C--ATAAGTGGTC-TT-AATAGCTGGGTGGTCTTATTAT
gi|155764                     :          TACAGTAAAA---CC--CC-T---------C--TAA-TA--AGACTACC------TTTG---GGACC---AGG---C--AAAAGAAGTC-TTAAATAGTGGGGTGGTCTTATTAT
gi|155766                     :          TACAGTAAAA----C--CC-T---------C--TAA-TA--AAACCACC------TTTG---GAACC---AGG---C--AAAATTGGTT-TT-AGTAGTGGGGTTGTCTAATTAT
gi|155765                     :          TACAGTAAAA--------C-C---------C--TAA-TA--AGACTACC------TTTG---GGACC---TGG---C--AAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTC
gi|155767                     :          TACAGTAAAA---CC--CC-T---------C--TAA-TA--AGACTATC------TTTA---GGACC---AGG---C--AAAAGTatattgt
gi|155755                     :           ATAATAAGACCACT--CC-A---------C--TAT-TA--AGACCACT------TTTG------CC---CGGTCCC--AAAGGTGGTC-TT-ATTAGAGGGAT
gi|155772                     : gtacagtaaaACAGTAAAA--ACC--CC-T---------C--TAA-TA--AGACCACC------TTTG---GGACC---AGG---C--AAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGT
gi|155763                     :           ATAATAAGACCACC--CA-G---------C--TAT-TA--AGACCACT------TATG------CC---TGGTCCC--AAAGGTGGTC-TT-ATTAGAGGGGT
gi|155770                     :  taaagtaaaACAGTAAAA----T--CC-T------------TAA-TATAAGACCACC------TTTG---GGACC---AGA---C--AAAAGTGGTC-TT-AATAGCGTGGTGGTCTTTTTAT
gi|155773                     :           ACAGTAAAA--------C-C---------C--TAA-TA--AGACTACC------TTTG---GGACC---TGG---C--AAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGT
gi|155771                     :             AGTAAAA---CA--CC-T---------C--TAA-TA--AGACCACC------TTTG---GGACC---GGG---C--AAAAGTGGTC-TT-ATTATCGAGGT
gi|155774                     :             AGTAAAA---CA--CC-T---------C--TAA-TA--AGACCACC------TTTG---GGACC---GGG---C--AAAAGTGGTC-TT-ATTATCGAGG
gi|155757                     :                AAAG--ACC--ACATG--------C--TAT-TA--AGACCACT------TTTG---G--CC----GGTCCC--AAAAGTGGTC-TT-ATTAGAGGGGTtat
gi|155756                     :       gtacagcaaaAAG--ACCATCC-TG--------C--TAT-TA--AGACCACT------TTTG---C--CC---AGT---CCCAAAGGTGGTC-TT-ATCAGAGGGGtat
gi|155769                     :      gtacagtaaagAAA--ACC--CC-T---------C--TAA-TA--AGACCACC------TTTG---GGACT---Aattat
gi|155772                     :              tatggt--ACC--CC-G---------C--TAT-TA--AGACCACT------TTTGCCTGGTCC---------C--AAAGGTGGTC-TT-ATTAGAGGGGT
gi|155765                     :                    --ACC--CC-G---------C--TAT-TA--AGACCACT------TTTG------CC---AGGTCCC--AAAGGTAGTC-TT-ATTAGttttactgt
gi|155770                     :        tacagtaaaacc--ACC--AC-G---------C--TAT-TA--AGACCACT------TTTGTCTGGTCC---------C--AAAGGTGGTC-TT-Aggtcatattgt
gi|155773                     :  acagtaaaatccttaata--ACC--CC-G---------C--TAT-TA--AGACCACT------TTTG------CC---AGGTCCC--AAAGGTAGTC-TT-ATTAGggtctttttat
gi|155776                     :                    --ACC--CC-T---------C--TAA-TA--AGACCACT------TTTG---GGACC---GGC---C--AAAAGTGGTC-TT-AATAGggttttactgt
gi|155775                     :                    --ACT--CC-T---------A--TAT-TA--ATACCACT------TTTGACTGGTCC---------C--AAAGGTGGTC-TT-A
gi|155771                     :                   tttaag--CC-T---------CGATAA-TA--AGACCACT------TTTG------CC---CGGTCCC--AAAGGTGGTC-TT-ATTAGAGGTGTggtctta
gi|155774                     :                   agtaaa--CC-T---------CGATAA-TA--AGACCACT------TTTG------CC---CGGTCCC--AAAGGTGGTC-TT-ATTA--GAGGTGTTTTACTTATt
gi|155775                     :                             -T---------T--TAAGTA--AGACCACC------TTTG---GGACC---AGT---C--AAAAGTGGTA-TT-AATATAGGAGTGGTCT
gi|155776                     :                               ---------C--TAT-TA--AGACCACT------TTTG---G--CC----GGTCCC--AAAAGTGGTC-TT-ATTAGAGGGGTta
gi|155759                     :                                         --TAA-TA--AGACCACC------AT-------GCC---TGGTCCC--AAAGGTGGTC-TT-GTTGGAAGGGT
gi|155769                     :                                                                         gtacagtaaa---C--AAAGGTGGTC-TT-ATTAGAGGGGT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|155768 ): TACTGTAAAACTCCTAAAATGAAACCACCATTGGGATCAAAGAAAATTGGTCTGAATAGCATGGTAGTAATATTA






Alignments
lowQualScore                  :                2                                                                                          
lowQualScore                  :                8     777777777 1   1  22        555555         5555             2  2 1                    
lowQualScore                  :                .     ......... .   .  ..        ......         ....             .  . .                    
lowQualScore                  :                4     333333333 8   8  55        222222         6666             0  0 0                    
consensus                     :     GTACAGTAAAA-CCCCT---------C-TAA-TA--AGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTTATTAT
Reference ( family-748 )      :     GTACAGTAAAAACCCCT---------C-TAA-TA--AGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-ANTAGCGGGGTGGTCTTATTAT
gi|155754                     :     GTACAGTAAAAACCCCT---------C-TAA-TA--AGACCACC------TTTGGGACC---AGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTAATTAT
gi|155755                     :     GTACAGTAAAA-TCCCT---------C-TAA-TA--AGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGTGGAGTGGTCTTATTAT
gi|155756                     :     GTACAGTAAAG-CCCCT---------C-TGA-TA--AGACCACC------TTTGGGACT---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCAGGATGGTCTTATTAT
gi|155757                     :     GTACAGCAAAA-CCCCT---------C-TAA-TA--AGACCACT------TTTGGGACC---GGCCAAAAGTGGTC-TT-AATAGC-ATGTGGTCTT-TTAT
gi|155758                     :     GTACCATAACA-CTCCT---------A-TAA-TA--AGCCCACC------TTTGGGGCC---AGACGAAAGTGGTT-TT-AAAAGCAGGGTAGTCTTATT
gi|155759                     :     GTACAGTAAAA-CCCTT---------C-CAA-CA--AGACCACC------TTTGGGACC---AGGC-ATGGTGGTC-TT-ATTA
gi|155760                     :     GTACAATAAAA--CCCT-----------TGA-TA--AGACAACC------TTCGCAACC---AGGTAACAGTGGTA----AATAGCGAGATGTTCATGTTA
gi|155761                     :     GTACAGTAAA--CCTTT---------CACAA-TA--AGATCACC------CTTGGCACC---AGACAAAAAAAGTCTTT-AGTAG
gi|155762                     :     GTACAGTAGAATCCCTTATAGAATCGC-TAA-TA--GGACCACCATTCAATTT-GGATCTTTAAAAAAAAGTGGTC-CA-AATATTGAGGTGGTC
gi|155763                     :      TAAAGTAAAA-CCCCT---------C-TAA-TA--AGACCACC------TTTGGGACC---AGGCATAAGTGGTC-TT-AATAGCTGGGTGGTCTTATTAT
gi|155764                     :      TACAGTAAAA-CCCCT---------C-TAA-TA--AGACTACC------TTTGGGACC---AGGCAAAAGAAGTC-TTAAATAGTGGGGTGGTCTTATTAT
gi|155765                     :      TACAGTAAAA----CC---------C-TAA-TA--AGACTACC------TTTGGGACC---TGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCATATTGT
gi|155766                     :      TACAGTAAAA--CCCT---------C-TAA-TA--AAACCACC------TTTGGAACC---AGGCAAAATTGGTT-TT-AGTAGTGGGGTTGTCTAATTAT
gi|155767                     :      TACAGTAAAA-CCCCT---------C-TAA-TA--AGACTATC------TTTAGGACC---AGGCAAAAGT
gi|155769                     :             AAAACCCCT---------C-TAA-TA--AGACCACC------TTTGGGAC
gi|155770                     : tatggtACAGTAAAA--TCCT-----------TAA-TATAAGACCACC------TTTGGGACC---AGACAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGTGGTGGTCTTTTTATta
gi|155771                     :         AGTAAAA-CACCT---------C-TAA-TA--AGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-ATTATCGAGGT
gi|155772                     :       ACAGTAAAAACCCCT---------C-TAA-TA--AGACCACC------TTTGGGACC---AGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGT
gi|155773                     :       ACAGTAAAA----CC---------C-TAA-TA--AGACTACC------TTTGGGACC---TGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGT
gi|155774                     :         AGTAAAA-CACCT---------C-TAA-TA--AGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-ATTATCGAGG
gi|155775                     :                     T---------T-TAAGTA--AGACCACC------TTTGGGACC---AGTCAAAAGTGGTA-TT-AATATAGGAGTGGTCTTAtat
gi|155776                     :                ACCCCT---------C-TAA-TA--AGACCACT------TTTGGGACC---GGCCAAAAGTGGTC-TT-AATAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|155768 ): TACTGTAAAACTCCTAAAATGAAACCACCATTGGGATCAAAGAAAATTGGTCTGAATAGCATGGTAGTAATATTA






Alignments
lowQualScore                  :            3     777777777777   1          555555         5555             1  1                      
lowQualScore                  :            .     ............   .          ......         ....             .  .                      
lowQualScore                  :            6     777777777777   7          000000         6666             9  9                      
consensus                     : GTACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTTATTAT
Reference ( family-748 )      : GTACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTTATTAT
gi|155754                     : GTACAGTAAAAACCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---AGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTAATTAT
gi|155755                     : GTACAGTAAAA-TCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGTGGAGTGGTCTTATTAT
gi|155756                     : GTACAGTAAAG-CCCCT----------C-TGA-TAAGACCACC------TTTGGGACT---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCAGGATGGTCTTATTAT
gi|155757                     : GTACAGCAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACT------TTTGGGACC---GGCCAAAAGTGGTC-TT-AATAGC-ATGTGGTCTT-TTAT
gi|155758                     : GTACCATAACA-CTCCT----------A-TAA-TAAGCCCACC------TTTGGGGCC---AGACGAAAGTGGTT-TT-AAAAGCAGGGTAGTCTTATT
gi|155759                     : GTACAGTAAAA-CCCTT----------C-CAA-CAAGACCACC------TTTGGGACC---AGGC-ATGGTGGTC-TT-ATTA
gi|155760                     : GTACAATAAAA-CCCTT-------------GA-TAAGACAACC------TTCGCAACC---AGGTAACAGTGGTA----AATAGCGAGATGTTCATGTTA
gi|155761                     : GTACAGT-AAA-CCTTT----------CACAA-TAAGATCACC------CTTGGCACC---AGACAAAAAAAGTCTTT-AGTAG
gi|155762                     : GTACAGTAGAA-TCCCTTATAGAATCGC-TAA-TAGGACCACCATTCAATTT-GGATCTTTAAAAAAAAGTGGTC-CA-AATATTGAGGTGGTC
gi|155763                     :  TAAAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---AGGCATAAGTGGTC-TT-AATAGCTGGGTGGTCTTATTAT
gi|155764                     :  TACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACTACC------TTTGGGACC---AGGCAAAAGAAGTC-TTAAATAGTGGGGTGGTCTTATTAT
gi|155765                     :  TACAGTAAAA-CCC--------------TAA-TAAGACTACC------TTTGGGACC---TGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCATATTGT
gi|155766                     :  TACAGTAAAA-CCC-T----------C-TAA-TAAAACCACC------TTTGGAACC---AGGCAAAATTGGTT-TT-AGTAGTGGGGTTGTCTAATTAT
gi|155767                     :  TACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACTATC------TTTAGGACC---AGGCAAAAGT
gi|155768                     :  TACTGTAAAA-CTCCT----------A-AAA-TGAAACCACC------ATTGGGATC---AAAGAAAATTGGTC-TG-AATAGCATGGTAGTAATATTA
gi|155769                     :  TATGGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGAC
gi|155770                     :   ACAGTAAAA-TCCTT----------A-ATA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---AGACAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGTGGTGGTCTTTTTATta
gi|155771                     :     AGTAAAA-CACCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-ATTATCGAGGT
gi|155772                     :   ACAGTAAAAACCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---AGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGT
gi|155773                     :   ACAGTAAAA-CCC--------------TAA-TAAGACTACC------TTTGGGACC---TGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGT
gi|155774                     :     AGTAAAA-CACCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-ATTATCGAGG
gi|155775                     :                 T----------T-TAAGTAAGACCACC------TTTGGGACC---AGTCAAAAGTGGTA-TT-AATATAGGAGTGGTCTTAtat
gi|155776                     :           A-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACT------TTTGGGACC---GGCCAAAAGTGGTC-TT-AATAG





Alignments
lowQualScore                  :            3     777777777777   1          555555         5555             1  1                      
lowQualScore                  :            .     ............   .          ......         ....             .  .                      
lowQualScore                  :            6     777777777777   7          000000         6666             9  9                      
consensus                     : GTACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTTATTAT
Reference ( family-748 )      : GTACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTTATTAT
gi|155754                     : GTACAGTAAAAACCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---AGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTAATTAT
gi|155755                     : GTACAGTAAAA-TCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGTGGAGTGGTCTTATTAT
gi|155756                     : GTACAGTAAAG-CCCCT----------C-TGA-TAAGACCACC------TTTGGGACT---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCAGGATGGTCTTATTAT
gi|155757                     : GTACAGCAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACT------TTTGGGACC---GGCCAAAAGTGGTC-TT-AATAGC-ATGTGGTCTT-TTAT
gi|155758                     : GTACCATAACA-CTCCT----------A-TAA-TAAGCCCACC------TTTGGGGCC---AGACGAAAGTGGTT-TT-AAAAGCAGGGTAGTCTTATT
gi|155759                     : GTACAGTAAAA-CCCTT----------C-CAA-CAAGACCACC------TTTGGGACC---AGGC-ATGGTGGTC-TT-ATTA
gi|155760                     : GTACAATAAAA-CCCTT-------------GA-TAAGACAACC------TTCGCAACC---AGGTAACAGTGGTA----AATAGCGAGATGTTCATGTTA
gi|155761                     : GTACAGT-AAA-CCTTT----------CACAA-TAAGATCACC------CTTGGCACC---AGACAAAAAAAGTCTTT-AGTAG
gi|155762                     : GTACAGTAGAA-TCCCTTATAGAATCGC-TAA-TAGGACCACCATTCAATTT-GGATCTTTAAAAAAAAGTGGTC-CA-AATATTGAGGTGGTC
gi|155763                     :  TAAAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---AGGCATAAGTGGTC-TT-AATAGCTGGGTGGTCTTATTAT
gi|155764                     :  TACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACTACC------TTTGGGACC---AGGCAAAAGAAGTC-TTAAATAGTGGGGTGGTCTTATTAT
gi|155765                     :  TACAGTAAAA-CCC--------------TAA-TAAGACTACC------TTTGGGACC---TGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCATATTGT
gi|155766                     :  TACAGTAAAA-CCC-T----------C-TAA-TAAAACCACC------TTTGGAACC---AGGCAAAATTGGTT-TT-AGTAGTGGGGTTGTCTAATTAT
gi|155767                     :  TACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACTATC------TTTAGGACC---AGGCAAAAGT
gi|155768                     :  TACTGTAAAA-CTCCT----------A-AAA-TGAAACCACC------ATTGGGATC---AAAGAAAATTGGTC-TG-AATAGCATGGTAGTAATATTA
gi|155769                     :  TATGGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGAC
gi|155770                     :   ACAGTAAAA-TCCTT----------A-ATA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---AGACAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGTGGTGGTCTTTTTATta
gi|155771                     :     AGTAAAA-CACCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-ATTATCGAGGT
gi|155772                     :   ACAGTAAAAACCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---AGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGT
gi|155773                     :   ACAGTAAAA-CCC--------------TAA-TAAGACTACC------TTTGGGACC---TGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGT
gi|155774                     :     AGTAAAA-CACCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-ATTATCGAGG
gi|155775                     :                 T----------T-TAAGTAAGACCACC------TTTGGGACC---AGTCAAAAGTGGTA-TT-AATATAGGAGTGGTCTTAtat
gi|155776                     :           A-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACT------TTTGGGACC---GGCCAAAAGTGGTC-TT-AATAG


blockSeqs                     :            A     TATAGAATCGC    G          ATTCAA         TTTA             T  A
blockSeqs                     :            .     CA             .          .              G                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              G                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              G                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              A                .  .
blockSeqs                     :            .     A              .          .              A                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              A                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              A                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              A                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              A                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              T                .  .
blockSeqs                     :            .     A              .          .              A                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              A                .  .
blockSeqs                     :            .     A              .          .              A                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              A                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              G                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              A                .  .
blockSeqs                     :            .     T              .          .              T                .  .
blockSeqs                     :            .     C              .          .              G                .  .
blockSeqs                     :            .     .              .          .              A                .  .
blockSeqs                     :            .     .              .          .              G                    
blockSeqs                     :                  .              .          .                                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GTACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTTATTAT
finalCons                     : GTACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTTATTAT





Alignments
lowQualScore                  :            3     777777777777   1          555555         5555             1  1                      
lowQualScore                  :            .     ............   .          ......         ....             .  .                      
lowQualScore                  :            6     777777777777   7          000000         6666             9  9                      
consensus                     : GTACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTTATTAT
Reference ( family-748 )      : GTACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTTATTAT
gi|155754                     : GTACAGTAAAAACCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---AGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCTAATTAT
gi|155755                     : GTACAGTAAAA-TCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGTGGAGTGGTCTTATTAT
gi|155756                     : GTACAGTAAAG-CCCCT----------C-TGA-TAAGACCACC------TTTGGGACT---GGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCAGGATGGTCTTATTAT
gi|155757                     : GTACAGCAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACT------TTTGGGACC---GGCCAAAAGTGGTC-TT-AATAGC-ATGTGGTCTT-TTAT
gi|155758                     : GTACCATAACA-CTCCT----------A-TAA-TAAGCCCACC------TTTGGGGCC---AGACGAAAGTGGTT-TT-AAAAGCAGGGTAGTCTTATT
gi|155759                     : GTACAGTAAAA-CCCTT----------C-CAA-CAAGACCACC------TTTGGGACC---AGGC-ATGGTGGTC-TT-ATTA
gi|155760                     : GTACAATAAAA-CCCTT-------------GA-TAAGACAACC------TTCGCAACC---AGGTAACAGTGGTA----AATAGCGAGATGTTCATGTTA
gi|155761                     : GTACAGT-AAA-CCTTT----------CACAA-TAAGATCACC------CTTGGCACC---AGACAAAAAAAGTCTTT-AGTAG
gi|155762                     : GTACAGTAGAA-TCCCTTATAGAATCGC-TAA-TAGGACCACCATTCAATTT-GGATCTTTAAAAAAAAGTGGTC-CA-AATATTGAGGTGGTC
gi|155763                     :  TAAAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---AGGCATAAGTGGTC-TT-AATAGCTGGGTGGTCTTATTAT
gi|155764                     :  TACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACTACC------TTTGGGACC---AGGCAAAAGAAGTC-TTAAATAGTGGGGTGGTCTTATTAT
gi|155765                     :  TACAGTAAAA-CCC--------------TAA-TAAGACTACC------TTTGGGACC---TGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGTGGTCATATTGT
gi|155766                     :  TACAGTAAAA-CCC-T----------C-TAA-TAAAACCACC------TTTGGAACC---AGGCAAAATTGGTT-TT-AGTAGTGGGGTTGTCTAATTAT
gi|155767                     :  TACAGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACTATC------TTTAGGACC---AGGCAAAAGT
gi|155768                     :  TACTGTAAAA-CTCCT----------A-AAA-TGAAACCACC------ATTGGGATC---AAAGAAAATTGGTC-TG-AATAGCATGGTAGTAATATTA
gi|155769                     :  TATGGTAAAA-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGAC
gi|155770                     :   ACAGTAAAA-TCCTT----------A-ATA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---AGACAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGTGGTGGTCTTTTTATta
gi|155771                     :     AGTAAAA-CACCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-ATTATCGAGGT
gi|155772                     :   ACAGTAAAAACCCCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---AGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGT
gi|155773                     :   ACAGTAAAA-CCC--------------TAA-TAAGACTACC------TTTGGGACC---TGGCAAAAGTGGTC-TT-AATAGCGGGGT
gi|155774                     :     AGTAAAA-CACCT----------C-TAA-TAAGACCACC------TTTGGGACC---GGGCAAAAGTGGTC-TT-ATTATCGAGG
gi|155775                     :                 T----------T-TAAGTAAGACCACC------TTTGGGACC---AGTCAAAAGTGGTA-TT-AATATAGGAGTGGTCTTAtat
gi|155776                     :           A-CCCCT----------C-TAA-TAAGACCACT------TTTGGGACC---GGCCAAAAGTGGTC-TT-AATAG