lowQualScore : 1
lowQualScore : 2 555 5 2 2 22 333 2 0
lowQualScore : . ... . . . .. ... . .
lowQualScore : 4 666 3 0 1 66 777 5 0
consensus : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAN--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCC-TTCAAAAA
Reference ( gi|92642 ) : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAC--CCGAGCTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCC-TTAAAAAA
gi|92644 : TTAT-TATATATCATCATAAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAC--CAGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCC-TTAAAAA
gi|92640 : TTAT-TATATACCATCATGAATGCTTCAATCTAATTGGTTGAAAC--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAAAGAACTATTGACCACT---TATTCC-TTCAAAAAtg
gi|92643 : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAAACTGATTGGTTGAAAC--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATTAACTA-TGACCACT---TATTCC-TTCAAAAAtg
gi|92641 : TTAT-TATATATCATCATGAATTCTTCAATCTGATTGGTTGAAAT--CCTAACTACTCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCC-TTCAAAAA
gi|92646 : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTTGTTGAAAC--CCAAACAAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGAC--CT---TATTCC-TTCAAAAAtg
gi|92645 : TTAT-CATATATCACCATGAATGCATCAATCTGATTGGTTTAAAT--CCAAACTAATCAGGTCAAAT--GAAATGAACTATTGACCACT---TATTCC-TTCAAAAAtg
gi|92647 : TTAT-TATATGTCATCATGAATGCTCCAATCTGATTGGTTGGAAC--CCGAACTTATCAGGACACAT--AAAATGAACTATTGACCACC---TATTCC-TTCAAAAAtg
gi|92648 : TTAT-TATATATCATTAT---TGCTTCACTCTGATTGGTTGAAAC--CTGAACTAATCAGGTAAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCC-ATAAAAAAtg
gi|92649 : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CTGAACTGAACAGGTCAAAT--AATATTAACTATTGACCACC---TATTTC-TTTAAAAtg
gi|92650 : TTAT-TATATATCATTAAGAATTCTCAAATTTGATTGGTTGAAAA--CTAAACAAAACTGGTCAAATGAAAAATGAACTATCAAACACT---TTTTCC-TTCAAAAAttg
gi|92651 : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CTGAACGAAACTGGTCAAAT--ACAAtg
gi|92652 : TTAT-TATATAGCATTATGAATACTTCATTCTGATTG-TTAAAAAAACTAAACTAAACGGGTAAAA---AAAATTAACTATTGACCACT---CATT
gi|92654 : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATTTGATTAGTTGAAAC--CCGAACCAttgtcgaaa
gi|92653 : TTAT-TATATCTTATTATTA-TTTTCCAATCTGATTGGTTGAAAT--CTTCATAAATCTGGTCAAAT--TAAATAAACTATTGACAACT---TAATC
gi|92655 : TTAT-TATATATCATTGCGAATTGTCTAATCTGATTGGTTGAAAA--CTAAACAAAACTGGTCAATT--GAAATG
gi|92656 : TAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAT--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCCAT---TATTC
gi|92657 : TATATATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CCAAGCTAAACATGTCAAAT--AAAATTAACTACCGACCACT---CATTCCATCAAAAAtgtcgaaa
gi|92658 : ATATACCATTATGAAT-------TCTCATTCATTGAAAA--CTAAACAAAACTGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACAACT---TATTCC-TTCAAAAtg
gi|92659 : TATGTCATTATCAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CCGAACTAAAC-TGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACTAAATATTCC-
gi|92660 : TATTATTATGTATTCTTCAATCTGATTCCTTGATAA--CTGAATT------GTTAAAT--ACAATTAACTATTAAACCCG---TATTCC-TT
gi|92661 : GCTTCAATCTGATTGGTTGAAAC--CAGAACTAATCGGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCC-TTCAAAAA
gi|92662 : TGGTTGAAAC--CCGAACTTATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCC-TTCAGAAAt
Alignments
lowQualScore : 2 333 1 1 22 333
lowQualScore : . ... . . .. ...
lowQualScore : 2 444 5 6 55 555
consensus : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAN--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
Reference ( family-746 ) : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAN--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
gi|92640 : TTAT-TATATACCATCATGAATGCTTCAATCTAATTGGTTGAAAC--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAAAGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
gi|92641 : TTAT-TATATATCATCATGAATTCTTCAATCTGATTGGTTGAAAT--CCTAACTACTCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAAtg
gi|92642 : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAC--CCGAGCTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTAAAAAAtg
gi|92643 : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAAACTGATTGGTTGAAAC--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATTAACTA-TGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
gi|92644 : TTAT-TATATATCATCATAAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAC--CAGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTAAAAA
gi|92645 : TTAT-CATATATCACCATGAATGCATCAATCTGATTGGTTTAAAT--CCAAACTAATCAGGTCAAAT--GAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAAtg
gi|92646 : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTTGTTGAAAC--CCAAACAAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGAC--CT---TATTCCTTCAAAAAtg
gi|92647 : TTAT-TATATGTCATCATGAATGCTCCAATCTGATTGGTTGGAAC--CCGAACTTATCAGGACACAT--AAAATGAACTATTGACCACC---TATTCCTTCAAAAAtg
gi|92648 : TTAT-TATATATCATTAT---TGCTTCACTCTGATTGGTTGAAAC--CTGAACTAATCAGGTAAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCATAAAAAAtg
gi|92649 : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CTGAACTGAACAGGTCAAAT--AATATTAACTATTGACCACC---TATTTCTTTAAAAtg
gi|92650 : TTAT-TATATATCATTAAGAATTCTCAAATTTGATTGGTTGAAAA--CTAAACAAAACTGGTCAAATGAAAAATGAACTATCAAACACT---TTTTCCTTCAAAAAttg
gi|92651 : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CTGAACGAAACTGGTCAAAT--ACAAtg
gi|92652 : TTAT-TATATAGCATTATGAATACTTCATTCTGATTG-TTAAAAAAACTAAACTAAACGGGTAAAA---AAAATTAACTATTGACCACT---CATTTTGTCGAAA
gi|92653 : TTAT-TATATCTTATTATTA-TTTTCCAATCTGATTGGTTGAAAT--CTTCATAAATCTGGTCAAAT--TAAATAAACTATTGACAACT---TAATC
gi|92654 : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATTTGATTAGTTGAAAC--CCGAACCA
gi|92655 : TTAT-TATATATCATTGCGAATTGTCTAATCTGATTGGTTGAAAA--CTAAACAAAACTGGTCAATT--GAAATG
gi|92656 : TAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAT--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCCAT---TATTCTGTCGAAA
gi|92657 : TATATATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CCAAGCTAAACATGTCAAAT--AAAATTAACTACCGACCACT---CATTCCATCAAAAA
gi|92658 : ATATACCATTATGAAT-------TCTCATTCATTGAAAA--CTAAACAAAACTGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACAACT---TATTCCTTCAAAAtg
gi|92659 : TATGTCATTATCAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CCGAACTAAAC-TGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACTAAATATTCC
gi|92660 : TATTATTATGTATTCTTCAATCTGATTCCTTGATAA--CTGAATT------GTTAAAT--ACAATTAACTATTAAACCCG---TATTCCTT
gi|92661 : GCTTCAATCTGATTGGTTGAAAC--CAGAACTAATCGGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
gi|92662 : TGGTTGAAAC--CCGAACTTATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAGAAAt
Alignments
lowQualScore : 2 333 1 1 22 333
lowQualScore : . ... . . .. ...
lowQualScore : 2 444 5 6 55 555
consensus : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAN--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
Reference ( family-746 ) : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAN--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
gi|92640 : TTAT-TATATACCATCATGAATGCTTCAATCTAATTGGTTGAAAC--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAAAGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
gi|92641 : TTAT-TATATATCATCATGAATTCTTCAATCTGATTGGTTGAAAT--CCTAACTACTCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAAtg
gi|92642 : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAC--CCGAGCTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTAAAAAAtg
gi|92643 : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAAACTGATTGGTTGAAAC--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATTAACTA-TGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
gi|92644 : TTAT-TATATATCATCATAAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAC--CAGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTAAAAA
gi|92645 : TTAT-CATATATCACCATGAATGCATCAATCTGATTGGTTTAAAT--CCAAACTAATCAGGTCAAAT--GAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAAtg
gi|92646 : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTTGTTGAAAC--CCAAACAAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGAC--CT---TATTCCTTCAAAAAtg
gi|92647 : TTAT-TATATGTCATCATGAATGCTCCAATCTGATTGGTTGGAAC--CCGAACTTATCAGGACACAT--AAAATGAACTATTGACCACC---TATTCCTTCAAAAAtg
gi|92648 : TTAT-TATATATCATTAT---TGCTTCACTCTGATTGGTTGAAAC--CTGAACTAATCAGGTAAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCATAAAAAAtg
gi|92649 : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CTGAACTGAACAGGTCAAAT--AATATTAACTATTGACCACC---TATTTCTTTAAAAtg
gi|92650 : TTAT-TATATATCATTAAGAATTCTCAAATTTGATTGGTTGAAAA--CTAAACAAAACTGGTCAAATGAAAAATGAACTATCAAACACT---TTTTCCTTCAAAAAttg
gi|92651 : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CTGAACGAAACTGGTCAAAT--ACAAtg
gi|92652 : TTAT-TATATAGCATTATGAATACTTCATTCTGATTG-TTAAAAAAACTAAACTAAACGGGTAAAA---AAAATTAACTATTGACCACT---CATTTTGTCGAAA
gi|92653 : TTAT-TATATCTTATTATTA-TTTTCCAATCTGATTGGTTGAAAT--CTTCATAAATCTGGTCAAAT--TAAATAAACTATTGACAACT---TAATC
gi|92654 : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATTTGATTAGTTGAAAC--CCGAACCA
gi|92655 : TTAT-TATATATCATTGCGAATTGTCTAATCTGATTGGTTGAAAA--CTAAACAAAACTGGTCAATT--GAAATG
gi|92656 : TAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAT--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCCAT---TATTCTGTCGAAA
gi|92657 : TATATATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CCAAGCTAAACATGTCAAAT--AAAATTAACTACCGACCACT---CATTCCATCAAAAA
gi|92658 : ATATACCATTATGAAT-------TCTCATTCATTGAAAA--CTAAACAAAACTGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACAACT---TATTCCTTCAAAAtg
gi|92659 : TATGTCATTATCAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CCGAACTAAAC-TGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACTAAATATTCC
gi|92660 : TATTATTATGTATTCTTCAATCTGATTCCTTGATAA--CTGAATT------GTTAAAT--ACAATTAACTATTAAACCCG---TATTCCTT
gi|92661 : GCTTCAATCTGATTGGTTGAAAC--CAGAACTAATCGGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
gi|92662 : TGGTTGAAAC--CCGAACTTATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAGAAAt
blockSeqs : A AAA T A GA AAA
blockSeqs : . T T A . .
blockSeqs : . C T A . .
blockSeqs : . C T A . .
blockSeqs : . C T A . .
blockSeqs : . T T A . .
blockSeqs : . C T A . .
blockSeqs : . C T A . .
blockSeqs : . C A A . .
blockSeqs : . A A T . .
blockSeqs : . A A T . .
blockSeqs : . A A G . .
blockSeqs : . T T T . .
blockSeqs : . C A T . .
blockSeqs : . A T A . .
blockSeqs : . T A A . .
blockSeqs : . A A T . .
blockSeqs : A A G . .
blockSeqs : A T A . .
blockSeqs : A T . .
blockSeqs : C . . .
blockSeqs : C
blockSeqCons :
originalCons : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAN--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
finalCons : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAN--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
Alignments
lowQualScore : 2 333 1 1 22 333
lowQualScore : . ... . . .. ...
lowQualScore : 2 444 5 6 55 555
consensus : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAN--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
Reference ( family-746 ) : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAN--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
gi|92640 : TTAT-TATATACCATCATGAATGCTTCAATCTAATTGGTTGAAAC--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAAAGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
gi|92641 : TTAT-TATATATCATCATGAATTCTTCAATCTGATTGGTTGAAAT--CCTAACTACTCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAAtg
gi|92642 : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAC--CCGAGCTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTAAAAAAtg
gi|92643 : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAAACTGATTGGTTGAAAC--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATTAACTA-TGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
gi|92644 : TTAT-TATATATCATCATAAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAC--CAGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTAAAAA
gi|92645 : TTAT-CATATATCACCATGAATGCATCAATCTGATTGGTTTAAAT--CCAAACTAATCAGGTCAAAT--GAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAAtg
gi|92646 : TTAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTTGTTGAAAC--CCAAACAAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGAC--CT---TATTCCTTCAAAAAtg
gi|92647 : TTAT-TATATGTCATCATGAATGCTCCAATCTGATTGGTTGGAAC--CCGAACTTATCAGGACACAT--AAAATGAACTATTGACCACC---TATTCCTTCAAAAAtg
gi|92648 : TTAT-TATATATCATTAT---TGCTTCACTCTGATTGGTTGAAAC--CTGAACTAATCAGGTAAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCATAAAAAAtg
gi|92649 : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CTGAACTGAACAGGTCAAAT--AATATTAACTATTGACCACC---TATTTCTTTAAAAtg
gi|92650 : TTAT-TATATATCATTAAGAATTCTCAAATTTGATTGGTTGAAAA--CTAAACAAAACTGGTCAAATGAAAAATGAACTATCAAACACT---TTTTCCTTCAAAAAttg
gi|92651 : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CTGAACGAAACTGGTCAAAT--ACAAtg
gi|92652 : TTAT-TATATAGCATTATGAATACTTCATTCTGATTG-TTAAAAAAACTAAACTAAACGGGTAAAA---AAAATTAACTATTGACCACT---CATTTTGTCGAAA
gi|92653 : TTAT-TATATCTTATTATTA-TTTTCCAATCTGATTGGTTGAAAT--CTTCATAAATCTGGTCAAAT--TAAATAAACTATTGACAACT---TAATC
gi|92654 : TTAT-TATATATCATTATGAATGCTTCAATTTGATTAGTTGAAAC--CCGAACCA
gi|92655 : TTAT-TATATATCATTGCGAATTGTCTAATCTGATTGGTTGAAAA--CTAAACAAAACTGGTCAATT--GAAATG
gi|92656 : TAT-TATATATCATCATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAT--CCGAACTAATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCCAT---TATTCTGTCGAAA
gi|92657 : TATATATATATCATTATGAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CCAAGCTAAACATGTCAAAT--AAAATTAACTACCGACCACT---CATTCCATCAAAAA
gi|92658 : ATATACCATTATGAAT-------TCTCATTCATTGAAAA--CTAAACAAAACTGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACAACT---TATTCCTTCAAAAtg
gi|92659 : TATGTCATTATCAATGCTTCAATCTGATTGGTTGAAAA--CCGAACTAAAC-TGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACTAAATATTCC
gi|92660 : TATTATTATGTATTCTTCAATCTGATTCCTTGATAA--CTGAATT------GTTAAAT--ACAATTAACTATTAAACCCG---TATTCCTT
gi|92661 : GCTTCAATCTGATTGGTTGAAAC--CAGAACTAATCGGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAAAAA
gi|92662 : TGGTTGAAAC--CCGAACTTATCAGGTCAAAT--AAAATGAACTATTGACCACT---TATTCCTTCAGAAAt