lowQualScore : 1 11
lowQualScore : 1 2 44 1 4444 8888888 33 0 7777 3 11 5555 2 0 333333 2 3 7777 44 1 22 444 88 33 111 1 3 4 3 1111 4
lowQualScore : . . .. . .... ....... .. . .... . .. .... . . ...... . . .... .. . .. ... .. .. ... . . . . .... .
lowQualScore : 5 1 55 1 5555 7777777 77 7 9999 6 00 4444 0 3 111111 2 6 3333 77 4 22 222 22 22 999 8 0 0 1 9999 2
consensus : CTTAAAATACTCTAGTTGGTCTAGAATGACT----CTT-------AA--TATN---TCAGTGCA--AGAC----AAGTCCAACT----CGACTTGGNCT----TG--TCTTGCACT-GAAAT---AT--TT--A-G-T-GCAAGACAAGNCCAAGTCG----AGTTGGNCTTGTCTTGCACC
Reference ( gi|29804 ) : CTTAAAATACTCTAGTTGGTCTAGAATGACT----CTT-------AA--TGTA---TGAGTGCA--AGAC----AAGTCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TCTTGCACT-GAAAT---AT--TT--A-A-T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCACC
gi|29803 : CTTAAAATACTCTAGTTGGTCTAGAATGACT----CTT-------AA--TGTA---TCAGTGCA--AGAC----AAGCCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TCTTGCACT-GAAAT---AT--TT--A-A-T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGC
gi|29805 : CTTAAAATACTCTAGTTGGTCTAGAATGACT----CTT-------AA--TGTA---TCAGCGCA--AGAC----AAGCCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TCTTGCACT-GAAAT---AT--TT--A-A-TGGAAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTGCTGC
gi|29808 : CTTAAAATACTCTAGTTGGTCTAGAATGACT----CTT-------AA--TGTA---TGAGTGCA--AGAC----AAGTCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TCTTGCACT-GAAA
gi|29811 : aaaacaattcccttcaagaCTTAAAATACTCTAGTTGGTCTAGAATGACT----CTT-------AA--TGTA---TCAGTGCA--AGAC----AAGCCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TCTTGCACT-GAAAT---AT--TT--
gi|29807 : CTTAAAAGACTATAATTGGTCTAGAATGACT----CTT-------AA--TGTA---TCAGTGCA--AAAC----AGGCCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TTTTGCACT-GAAAT---AT--TT--C-G-T-ACAAAATAGGTCTtcttgaagggtttttattgattgac
gi|29802 : tacaacatttccctgcaagaCTTAAAATACTCTAGTTGGTCTAGAATGACT----CTT-------AA--TGTA---TCAGTGCA--AGAC----AAGCCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TCTTGCACT-GAAA
gi|29809 : tgacgctaaatattcagtcaatcaataaaaacccttcaagaCTTAAAATACTCTAGTTGGTCTAGAATGACT----CTT-------AA--TGTA---TCAGCGCA--AGAC----AAGCCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TCTTGCACT-GAAA
gi|29801 : aaaacaattcccttgaagaCTTTAAATA------TTGGTATAG--TAA----------------AA--TATT---TCACTGCA--AGAC----AAGACCAACT----GTACTTGGACC----TG--TTTTATG-T-AATAT---AT--TTTAA-A-C-GCAAGACAAGACC-AGTTACTGTACTTGGACCTGTTTTGCATC
gi|29799 : tgatgCTTAAAATA------TTGGTATAGGA--A----------------AA--TATT---TCACTACA--AGAC----AAGACCAACT----CTACTTGGACC----TG--TTTTA---T-GTAAT---ATAATTTAA-A-C-ACAAGACAAGACCAACTCT----TCTTGGACCTGTTTTGCGCCtatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29798 : tctgatgCTTTAAATA------TTGGTATAG--TAA----------------AA--TATT---TCACTGCA--AGAC----AAGACCAACT----CTAATTGGACC----AG--TTT--CA-T-GTAATATAAT--TT--A-ACC-GCAAGAAAAGACCATTTCT----ACTTGGACCTGTTTTGCtattaaaacttcttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29801 : tctgatgAAGTACAGTAACTGGTCTTGTCTTGCG----TTT-------AA--AATA---T-ATTACATAAAAC----AGGTCCAAGT----ACAGTTGGTCT----TG--TCTTGCAGT-GAAAT---AT--TT--gtctatgaaaacttgttttattagataaacctttttgtttcttagcaa
gi|29815 : tgatgctttaaatattggtatagtaACTCAACTTGGTCT----TG--T----CTTGCACTGAAA--TAT----TTAATGCA--AAAT----AGGTCTAAGT----TGAGTTGGACT----TG--TCTTGCACC-AAGAT---AT--Tggacctgttttgcatctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29814 : ACTCAACTTGGTCT----TG--T----CTTGCACTGAAA--TAT----TTAATGCA--AAAT----AGGTCTAAGT----TGAGTTGGACT----TG--TCTTGCGCC-AAGAT---AT--Ttggacttgtcttgca
gi|29810 : TAATTGGTCTAGAATGACT----CTT-------AA--TGTA---TCAGTGCA--AAAC----AGGCCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TTTTGCACT-GAAAT---AT--TT--tgggcttgtcttgca
gi|29812 : AGTTGGTCTAGAATGACT----CTT-------AA--TGTA---TGAGTGCA--AGAC----AAGTCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TCTTGCACT-GAAAT---AT--TT--ta
gi|29813 : AGTTGGTCTAGAATGACT----CTT-------AA--TGTA---TCAGCGCA--AGAC----AAGCCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TCTTGCACT-GAAAT---AT--TT--
gi|29799 : AGTTGGTCT----TGTCTTGTGTTT-------AAATTATA---TTA-CATA--AAAC----AGGTCCAAGT----AGAGTTGGTCT----TG--TCTTGTAGT-GAAAT---AT--TT--
gi|29797 : tctgatgcttaaaatattggtataggaAGTTGGTCTTGTCTTGCG----TTT-------AAATTATA---TTA-CATA--AAAC----AGGTCCAAGT----AGATTTGGTCT----TG--TCTTGCAGT-GAAAT---AT--TT--cttcttggacctgttttgcgcctattaaaacttcttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29818 : tctgatgctttaaatattggaatagta----CTG-------AA--TATC---TTGGTGCA--AGAC----AAGTCCAACT----CAACTTAGACC----TA--TTTTGCActtcttggacctgttttgtgtctatgaaatcttgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29806 : tggactcattttgcaT-------AA--TATAATTTAAACACA--AGAC----AAGACCAACT----CTTCTTGGACC----TG--TTTTt
gi|29815 : tatg-------AA--TATC---TTGGTGCA--AGAC----AAGTCCAACT----CAACTTAGACC----TA--TTTTGCATT--AAAT---AT--TTC-A-G-T-GCAAGACAAGACCAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCA
gi|29814 : -------AA--TATC---TTGGCGCA--AGAC----AAGTCCAACT----CAACTTAGACC----TA--TTTTGCATT--AAAT---AT--TTC-A-G-T-GCAAGACAAGACCAAGTTG----AGTTGGGCTTGTCTTGCA
gi|29811 : -------AA--TATT---TCAGTGCA--AGAC----AAGACCAAGT----TGAGTTGGGCT----TG--TCTTGCACT-GATAC---AT--T
gi|29812 : a-------AA--TATT---TCAGTGCA--AGAC----AAGACCAAGT----TGAGTTGGACT----TG--TCTTGCACT-CATAC---AT--Taagagtcattctagaccaactagagtattttaagtcttgaagggtttttattgattgac
gi|29816 : a-------AA--TATC---TTGGCGCA--GCAC----AAGTCCAACT----CAACTTAGACC----TA--TTTTTCCAT-TAAAT---AT--TTC-A-G-T-GCAAGACAAGACCAAGTTG----AGTTGGGCTTGTCTTGCaagagtcattctagaccaact
gi|29813 : -------AA--TATT---TCAGTGCA--AGAC----AAGACCAAGT----TGAGTTGGGCT----TG--TCTTGCGCT-GATAC---AT--T
gi|29810 : a-------AA--TATT---TCAGTGCA--AAAC----AAGACCAAGT----TGAGTTGGGCC----TG--TTTTGCACT-GATAC---AT--Taagagtcattctagaccaact
gi|29817 : a-------AA--TATT---TCAGTGCA--AAAC----AAGACCAAGT----TGAGTTGGGCC----TG--TTTTGCAaagagtcattctagaccaattata
gi|29797 : aagtccaacgcaacttagacctattttgtacga-------AA--TATT---TCACTGCA--AGAC----AAGACCAAAT----CTACTTGGACC----TG--TTTTA---T-GTAAT---ATAATTTAA-A-C-GCAAGACAAGACCAACTCT----TCTTGGACCTGTTTTG
gi|29819 : tctgatgctttaaatattggaatagtaa-------AA--TATT---TCACTGCA--AGAC----AAGACCAACT----GTACTTGGACC----TG--TTTTtgtctatgaaatcttgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29799 : tatagtaaA---TAGGCGCA--AAAC----AGGTCCAAGA----AGAGTTGGTCT----TG--TCTTGTGTT-TAAATT--AT--AT--T-A-C-ATAAAACAGGTCCAAGTAG----AGTTGGTCTTGTCTTGTA
gi|29808 : tctgatgcttaaaatattggtataggaaaatatttcacAGTGCA--AGAC----AAGACCAAGT----TGAGTTGGACT----TG--TCTTGCACT-CATAC---AT--Ttaaaacttcttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29802 : aaaacaattcccttcaagacttaaaatactctagttggtctagaatgactcttAGTGCA--AGAC----AAGACCAAGT----TGAGTTGGGCT----TG--TCTTGCACT-GATAC---AT--Tgaaa
gi|29809 : tgacgctaaatattcagtcaatcaataaaaacccttcaagacttaaaatactctagttggtctagaatgactcttAGTGCA--AGAC----AAGACCAAGT----TGAGTTGGGCT----TG--TCTTGCGCT-GATAC---AT--Tgaaa
gi|29815 : aaaacaattcccttgaagacttaaaatactctagttggtctagaatgactcttTGCA--AGAC----AAGTCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TCTTGCACT-GAAAT---AT--TT--A-A-T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCACCgaaa
gi|29814 : aatatcttTGCA--AGAC----AAGCCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TCTTGCACT-GAAAT---AT--TT--A-A-T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCGCC
gi|29807 : aatatcttTGCA--AGACTTAAAAG----ACT----ATAATTGGTCTAGAATGACTCTT--------AAT---GTA-TC--A-G-T-GCAAAACAGGCCCAACTCA----ACTTGGTCTTGTTTTGCAC
gi|29817 : tacaacatttcccTGCA--AAAC----AGGCCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TTTTGCACT-GAAAT---AT--TT--C-G-T-ACAAAATAGGTCTAAGTTG----CGTTGGACTTtgaaatatttcgtacaaaataggtct
gi|29801 : TGCA--AAAC----AGGTCCAAGTACAGTAACT-GGTCT----TG--TCTTGCGTTTAAAAT---AT--AT--T-A-C-ATAAAACAGGTCCAAGTAC----AGTTGGTCTTGTCTTGCA
gi|29818 : tgatgctttaaatattggtatagtaaaatatttcacTGCA--AAAT----AGGTCTAAGT----TGAGTTGGACT----TG--TCTTGCACC-AAGAT---AT--TC--A-G-T-GCAAAATGAGTCCAtctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29800 : TGCA--AGAC----TAGACCAACT----CTATTTGGACC----TG--TTTTATGTA-AAAGA---AT--TTA-A-A-C-GCAAGACAAGACCAACTCT----ACTTAGAACTGTTTTGCt
gi|29820 : tctgatactttaaattttggtatagtaaattatttcgcTGCA--AAAT----AGGTCTAAGT----TGAGTTGGACT----TG--TCTTGCgtctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29803 : cGCA--AGAC----AAGTCCAACT----CAACTTAGACC----TA--TTTTGCATT--AAAT---AT--TTC-A-G-T-GCAAGACAAGACCAAGTTG----AGTTGGGCTTGTCTTGCACt
gi|29805 : cttaaaatactctagttggtctagaatgactcttaatgtatcaGCA--GCAC----AAGTCCAACT----CAACTTAGACC----TA--TTTTTCCAT-TAAAT---AT--TTC-A-G-T-GCAAGACAAGACCAAGTTG----AGTTGGGCTTGTCTTGCGC
gi|29816 : cttaaaatactctagttggtctagaatgactcttaatgtatcaGCA--AGAC----AAGCCCAACT----CAACTTGGTCT----TG--TCTTGCACT-GAAAT---AT--TT--A-A-TGGAAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTGCTGCGCC
gi|29800 : aatatcttGCA--AAAC----AGTTCTAAGT----AGAGTTGGTCT----TG--TCTTGCGTT-TAAATT--CT--TT--T-A-C-ATAAAACAGGTCCAAATAG----AGTTGGTCTAGTCTTGCA
gi|29820 : tctgatactttaaattttggtatagtaaattatttcgcGCA--AGAC----AAGTCCAACT----CAACTTAGACC----TA--TTTTGCAgtctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29798 : cGCA--AAAC----AGGTCCAAGT----AGAAATGGTCT----TT--TCTTGCGGT-TAAATT--ATA-TT--ACA-T-G--AAACTGGTCCAATTAG----AGTTGGTCTTGTCTTGCAt
gi|29808 : tctgatgctttaaatattggtatagtaaaatatttcacCA--AGACTTA-AAAT---ACT----CTAGTTGGTCTAGAATGACTCTT--------AAT---GTA-TG--A-G-T-GCAAGACAAGTCCAACTCA----ACTTGGTCTTGTCTTGCACgtctatgaaaacttgttttattagataaacctttttgtttcttagcaa
gi|29811 : aaaacaattcccttCA--AGACTTA-AAAT---ACT----CTAGTTGGTCTAGAATGACTCTT--------AAT---GTA-TC--A-G-T-GCAAGACAAGCCCAACTCA----ACTTGGTCTTGTCTTGCACtgaaa
gi|29802 : aaatatttcaCA--AGACTTA-AAAT---ACT----CTAGTTGGTCTAGAATGACTCTT--------AAT---GTA-TC--A-G-T-GCAAGACAAGCCCAACTCA----ACTTGGTCTTGTCTTGCACaagggtttttattgattgac
gi|29797 : tgacgctaaatattcagtcaatcaataaaaacccttCA--AAAC----AGGTCCAAGA----AGAGTTGGTCT----TG--TCTTGCGTT-TAAATT--AT--AT--T-A-C-ATAAAACAGGTCCAAGTAG----ATTTGGTCTTGTCTTGCAtgaaa
gi|29819 : tctgatgctttaaatattggaatagtaaaatatttcacA--AAAC----AGGTCCAAGT----ACAGTTGGTCT----TG--TCTTGCAGT-GAAAT---AT--TT--tgtctatgaaatcttgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29806 : tatagtaA--AAAC----AGGTCCAAGA----AGAGTTGGTCT----TG--TCTTGTGTT-TAAAT---
gi|29817 : tatgtaatata----AAGTCCAACG----CAACTTAGACC----TA--TTTTGTAC--GAAAT---AT--TTC-A-G-T-GCAAAACAAGACCAAGTTG----AGTTGGGCCTGTTTTGCA
gi|29809 : ACT----CTAGTTGGTCTAGAATGACTCTT--------AAT---GTA-TC--A-G-C-GCAAGACAAGCCCAACTCA----ACTTGGTCTTGTCTTGCAC
gi|29818 : aaaacaattcccttgaagacttaaaatTGGACT----CA--TTTTGCACT-G-AAT---ATC-TT--G-G-T-GCAAGACAAGTCCAACTCA----ACTTAGACCTATTTTGCAtgaaa
gi|29807 : CC----TA--TTTTGTAC--GAAAT---AT--TTC-A-G-T-GCAAAACAAGACCAAGTTG----AGTTGGGCCTGTTTTGCACt
gi|29811 : tacaacatttccctgcaagacttaaaagactataattggtctagaatgactcttaatgtatcaAAAT---AT--TTC-A-G-T-GCAAGACAAGACCAAGTTG----AGTTGGGCTTGTCTTGCACtct
gi|29812 : AAAT---AT--TTC-A-G-T-GCAAGACAAGACCAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCACtgatacattaagagtcattctagaccaactagagtattttaagtcttgaagggtttttattgattgac
gi|29813 : AAAT---AT--TTC-A-G-T-GCAAGACAAGACCAAGTTG----AGTTGGGCTTGTCTTGCGCtcatacattaagagtcattctagaccaact
gi|29810 : AAAT---AT--TTC-A-G-T-GCAAAACAAGACCAAGTTG----AGTTGGGCCTGTTTTGCACtgatacattaagagtcattctagaccaact
gi|29813 : AAT---GTA-TC--A-G-C-GCAAGACAAGCCCAACTCA----ACTTGGTCTTGTCTTGCACtgatacattaagagtcattctagaccaattata
gi|29810 : aaatatttcaAAT---GTA-TC--A-G-T-GCAAAACAGGCCCAACTCA----ACTTGGTCTTGTTTTGCACaagagtcattctagaccaact
gi|29808 : aaatatttcaT--TC--A-G-T-GCAAGACAAGACCAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCACaagagtcattctagaccaattata
gi|29802 : aaaacaattcccttcaagacttaaaatactctagttggtctagaatgactcttaatgtatgaT--TC--A-G-T-GCAAGACAAGACCAAGTTG----AGTTGGGCTTGTCTTGCACa
gi|29809 : tgacgctaaatattcagtcaatcaataaaaacccttcaagacttaaaatactctagttggtctagaatgactcttaatgtatcaT--TC--A-G-T-GCAAGACAAGACCAAGTTG----AGTTGGGCTTGTCTTGCGCa
gi|29812 : aaaacaattcccttgaagacttaaaatactctagttggtctagaatgactcttaatgtatca--A-G-T-GCAAGACAAGTCCAACTCA----ACTTGGTCTTGTCTTGCACa
gi|29818 : aaatatttca-A-T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCACCcatacattaagagtcattctagaccaact
gi|29820 : tggactcattttgcactgaatatctt-A-T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGC
gi|29817 : c-T-GCAAAACAGGCCCAACTCA----ACTTGGTCTTGTTTTGCAC
gi|29819 : aagtccaacgcaacttagacctattttgtacgaaatatttcaAAAACAGGTCCAAGTAC----AGTTGGTCTTGTCTTGCA
gi|29806 : tatagtaaaatatttcacAAAACAGGTCCAAGAAG----AGTTGGTCTTGTCTTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 2 444 33 1 8888 5 7 1 333 333 22 55 88888888888 1 0 1 666666 1
lowQualScore : . ... .. . .... . . . ... ... .. .. ........... . . . ...... .
lowQualScore : 5 777 77 7 4444 3 5 0 000 333 66 22 88888888888 3 7 0 999999 0
consensus : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTA---TCAGTGCAAGACAAGCCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--A----A-C-GCAAAACAGGTCCAAGTCG----AGTTGGACTTGTCTTGCGCC
Reference ( family-736 ) : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATATN---TCAGTGCAAGACAAGTCCAACTCGACTTGGNCTTGTCTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--A----G-T-GCAAGACAAGNCCAAGTCG----AGTTGGNCTTGTCTTGCACC
gi|29797 : AATATT---TCACTGCAAGACAAGACCAAATCTACTTGGACCTGTTTTA------TGTAAT---A--TAATTTAA----A-C-GCAAGACAAGACCAACTCT----TCTTGGACCTGTTTTG
gi|29797 : tctgatgctttaaatattggaatagtaaTAATATAATTTAAACGCAAGACAAGACCAACTCTTCTTGGACCTGTTTTGTGTCTATGAAAT---C--T--Ttgtctatgaaatcttgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29798 : tctgatgctttaaatattggaatagtaaaatatttcactgcaagacaagaccaaatctacttggacctgttttatgCTTTAAATA---------TTGGTATAG----TAA-----AATATT---TCACTGCAAGACAAGACCAACTCTAATTGGACCAGTTT--CA----TGTAATATAA--T--TT--A----ACC-GCAAGAAAAGACCATTTCT----ACTTGGACCTGTTTTGCgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29799 : tctgatgCTTAAAATA---------TTGGTATAG--GA--A-----AATATT---TCACTACAAGACAAGACCAACTCTACTTGGACCTGTTTTA------TGTAAT---A--TAATTTAA----A-C-ACAAGACAAGACCAACTCT----TCTTGGACCTGTTTTGCGCCgtctatgaaaacttgttttattagataaacctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgGAAGT------T--TT--AATAGG-C-GCAAAACAGGTCCAAGAAG----AGTTGGTCTTGTCTTGtattaaaacttcttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29800 : tctgatgcttaaaatattggtataggaaaatatttcactacaagacaagaccaactctacttggacctgttttatgtaatataatttaaacaATACTTTAAATTTTGGTATAGTAAAT---------TATT---TCGCTGCAAGACTAGACCAACTCTATTTGGACCTGTTTTATGT---AAAAGA---A--T--TTA-A----A-C-GCAAGACAAGACCAACTCT----ACTTAGAACTGTTTTGCttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29800 : tctgGCAAAACAGTTCTAAGTAGAGTTGGTCTTGTCTTGCGT---TTAAAT---TCTT--TT--A------C-ATAAAACAGGTCCAAATAG----AGTTGGTCTAGTCTTGCAgtctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29801 : tctgatactttaaattttggtatagtaaattatttcgcCTTTAAATA---------TTGGTATAG----TAA-----AATATT---TCACTGCAAGACAAGACCAACTGTACTTGGACCTGTTTTATG----TAATAT---A--T--TTTAA----A-C-GCAAGACAAGACC-AGTTACTGTACTTGGACCTGTTTTGCATCgtctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29802 : tgatgCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTA---TCAGTGCAAGACAAGCCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAAtatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29803 : tgacgctaaatattcagtcaatcaataaaaacccttcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTA---TCAGTGCAAGACAAGCCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--A----A-T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGC
gi|29804 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTA---TGAGTGCAAGACAAGTCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--A----A-T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCACC
gi|29805 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTA---TCAGCGCAAGACAAGCCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--A----A-TGGAAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTGCTGC
gi|29806 : TAATATAATTTAAACACAAGACAAGACCAACTCTTCTTGGACCTGTTTT
gi|29806 : tatgAAAACAGGTCCAAGAAG----AGTTGGTCTTGTCTTG
gi|29807 : tatgtaatataatttaaacaCTTAAAAGACTATAA---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTA---TCAGTGCAAAACAGGCCCAACTCAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--C----G-T-ACAAAATAGGTC
gi|29808 : tacaacatttccctgcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTA---TGAGTGCAAGACAAGTCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAAt
gi|29809 : aaaacaattcccttcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTA---TCAGCGCAAGACAAGCCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAA
gi|29810 : aaaacaattcccttgaagaTAA---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTA---TCAGTGCAAAACAGGCCCAACTCAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--
gi|29811 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTA---TCAGTGCAAGACAAGCCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--ta
gi|29812 : AG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTA---TGAGTGCAAGACAAGTCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--tcttgaagggtttttattgattgac
gi|29813 : AG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTA---TCAGCGCAAGACAAGCCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--
gi|29814 : TGCAAGACAAGCCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--A----A-T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCGCC
gi|29815 : aatatcttTGCAAGACAAGTCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--A----A-T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCACC
gi|29816 : aatatcttGCAAGACAAGCCCAACTCAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--A----A-TGGAAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTGCTGCGCC
gi|29817 : aatatcttTGCAAAACAGGCCCAACTCAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---TGAAAT---A--T--TT--C----G-T-ACAAAATAGGTCTAAGTTG----CGTTGGACTT
gi|29818 : TGCAAAATAGGTCTAAGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCAC---CAAGAT---A--T--TC--A----G-T-GCAAAATGAGTCCA
gi|29819 : AATATT---TCACTGCAAGACAAGACCAACTGTACTTGGACCTGTTTTt
gi|29820 : tatagtaaGCAAGACAAGTCCAACTCAACTTAGACCTATTTTGCA
Alignments
lowQualScore : 2 444 33 1 1 3333 2222 1 888 22 9999999999 666666
lowQualScore : . ... .. . . .... .... . ... .. .......... ......
lowQualScore : 5 777 77 1 1 1111 5555 4 888 11 1111111111 777777
consensus : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCGC---T-GAAAT---AT--TT--AA----C-GCAAAACAGGTCCAAGTNG----AGTTGGACTTGTCTTGCGCC
Reference ( family-736 ) : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--AA----C-GCAAAACAGGTCCAAGTCG----AGTTGGACTTGTCTTGCGCC
gi|29797 : ---T-AAAAT---AT--TT--CA----CTGCAAGACAAGACCAAATCT----ACTTGGACCTGTTTT
gi|29797 : tctgatgctttaaatattggaatagCAAAACAGGTCCAAGA----AGAGTTGGTCTTGTCTTGCGT---T-TAAATT--AT--AT--TA----C-ATAAAACAGGTCCAAGTAG----ATTTGGTCTTGTCTTGCatgtaatataatttaaacgcaagacaagaccaactcttcttggacctgttttgtgtctatgaaatcttgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29797 : tctgatgctttaaatattggaatagtaaaatatttcactTAATTTA--AACGCAAGACAAGACCAACT----CTTCTTGGACCTGTTTTGTGTCTAT-GAAAT---CT--Ttgtctatgaaatcttgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29798 : tctgatgctttaaatattggaatagtaaaatatttcactgcaagacaagaccaaatctacttggacctgttttatgtaataCTTTAAATA---------TTGGTATAG----TAA-----AATATTTCACTGCAAGACAAGACCAACT----CTAATTGGACCAGTTT--CA----T-GTAATATAAT--TT--AAC---C-GCAAGAAAAGACCATTTCT----ACTTGGACCTGTTTTGCGTCgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29798 : tctgatgGCAAAACAGGTCCAAGT----AGAAATGGTCTTTTCTTGCGG---T-TAAATT--AT--AT--TA----C-ATGAAACTGGTCCAATTAG----AGTTGGTCTTGTCTTGCtatgaaaacttgttttattagataaacctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgctttaaatattggtatagtaaaatatttcactCTTAAAATA---------TTGGTATAG--GA--A-----AATATTTCACTACAAGACAAGACCAACT----CTACTTGGACCTGTTTTA------T-GTAAT---ATAATTTAAA----C-ACAAGACAAGACCAACTCT----TCTTGGACCTGTTTTGCGCCgtctatgaaaacttgttttattagataaacctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgGCGCAAAACAGGTCCAAGA----AGAGTTGGTCTTGTCTTGTGT---T-TAAATT--AT--AT--TA----C-ATAAAACAGGTCCAAGTAG----AGTTGGTCTTGTCTTGtattaaaacttcttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgcttaaaatattggtataggaaaatatttcacta-GAAGT----T--TT--AATAGGC-GCAAAACAGGTCCAAGAAG----AGTTGGTCTTGTCTTGTGctattaaaacttcttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29800 : tctgatgcttaaaatattggtataggaaaatatttcactacaagacaagaccaactctacttggacctgttttatgtaatataatttaaaATACTTTAAATTTTGGTATAGTAAATTATT---------TCGCTGCAAGACTAGACCAACT----CTATTTGGACCTGTTTTATGT---A-AAAGA---AT--TTA-AA----C-GCAAGACAAGACCAACTCT----ACTTAGAACTGTTTTGCGTCttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29800 : tctgGCAAAACAGTTCTAAGT----AGAGTTGGTCTTGTCTTGCGT---T-TAAATT--CT--TT--TA----C-ATAAAACAGGTCCAAATAG----AGTTGGTCTAGTCTTGCtatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29801 : tctgatactttaaattttggtatagtaaattatttcgctCTTTAAATA---------TTGGTATAG----TAA-----AATATTTCACTGCAAGACAAGACCAACT----GTACTTGGACCTGTTTTATG----T-AATAT---AT--TTTAAA----C-GCAAGACAAGACC-AGTTACTGTACTTGGACCTGTTTTGCgtctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29801 : tgatgTGCAAAACAGGTCCAAGTACAGTAACT-GGTCTTGTCTTGCGT---TTAAAAT---AT--AT--TA----C-ATAAAACAGGTCCAAGTAC----AGTTGGTCTTGTCTTGCatctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29802 : tgatgctttaaatattggtatagtaaaatatttcactCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAtctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29803 : tgacgctaaatattcagtcaatcaataaaaacccttcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--AA----T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGC
gi|29804 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATGAGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--AA----T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCACC
gi|29805 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGCGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--AA----TGGAAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTGCTGC
gi|29806 : AAAACAGGTCCAAGAAG----AGTTGGTCTTGTCTTGTG
gi|29807 : tatgtaatataatttaaaCTTAAAAGACTATAA---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAAACAGGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--CG----T-ACAAAATAGGTC
gi|29808 : tacaacatttccctgcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATGAGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAt
gi|29809 : aaaacaattcccttcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGCGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA
gi|29810 : aaaacaattcccttgaagaTAA---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAAACAGGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--
gi|29811 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--ta
gi|29812 : AG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATGAGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--tcttgaagggtttttattgattgac
gi|29813 : AG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGCGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--
gi|29814 : TGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--AA----T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCGCC
gi|29815 : aatatcttTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--AA----T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCACC
gi|29816 : aatatcttGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--AA----TGGAAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTGCTGCGCC
gi|29817 : aatatcttTGCAAAACAGGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---T-GAAAT---AT--TT--CG----T-ACAAAATAGGTCTAAGTTG----CGTTGGACTT
gi|29818 : TGCAAAATAGGTCTAAGT----TGAGTTGGACTTGTCTTGCAC---C-AAGAT---AT--TC--AG----T-GCAAAATGAGTCCA
gi|29818 : A----T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCACCt
gi|29819 : tggactcattttgcactgaatatcttAAAACAGGTCCAAGT----ACAGTTGGTCTTGTCTTGCAG---T-GAAAT---AT--TT--TA----C-
gi|29820 : tataA----T-GCAAAATAGGTCTAAGTTG----AGTTGGACTTGTCTTGCG
Alignments
lowQualScore : 2 444 33 1 1 3333 33333 1 9 8888888888 333 1 0
lowQualScore : . ... .. . . .... ..... . . .......... ... . .
lowQualScore : 5 777 77 1 1 1111 55555 4 2 5555555555 000 0 5
consensus : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCGC---T-GAAAT-ATTT--AA----C-GCAAAACAGGTCCA---AGTNGAGTTGGACTTGTCTTGCGCC
Reference ( family-736 ) : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCGC---T-GAAAT-ATTT--AA----C-GCAAAACAGGTCCA---AGTNGAGTTGGACTTGTCTTGCGCC
gi|29797 : ---T-AAAAT-ATTT--CA----CTGCAAGACAAGACCA---AATCTACTTGGACCTGTTTT
gi|29797 : tctgatgctttaaatattggaatagCAAAACAGGTCCAAGA----AGAGTTGGTCTTGTCTTGCGT---T-TAAATTATAT--TA----C-ATAAAACAGGTCCA---AGTAGATTTGGTCTTGTCTTGCatgtaatataatttaaacgcaagacaagaccaactcttcttggacctgttttgtgtctatgaaatcttgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29797 : tctgatgctttaaatattggaatagtaaaatatttcactTAATTTA--AACGCAAGACAAGACCAACT----CTTCTTGGACCTGTTTTGTGTCTAT-GAAAT-CTTtgtctatgaaatcttgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29798 : tctgatgctttaaatattggaatagtaaaatatttcactgcaagacaagaccaaatctacttggacctgttttatgtaataCTTTAAATA---------TTGGTATAG----TAA-----AATATTTCACTGCAAGACAAGACCAACT----CTAATTGGACCAGTTTCATG----T-AATATAATTT--AAC---C-GCAAGAAAAGACCA---TTTCTACTTGGACCTGTTTTGCGTCgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29798 : tctgatgGCAAAACAGGTCCAAGT----AGAAATGGTCTTTTCTTGCGG---T-TAAATTATAT--TA----C-ATGAAACTGGTCCA---ATTAGAGTTGGTCTTGTCTTGCtatgaaaacttgttttattagataaacctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgctttaaatattggtatagtaaaatatttcactCTTAAAATA---------TTGGTATAG--GA--A-----AATATTTCACTACAAGACAAGACCAACT----CTACTTGGACCTGTTTTATG----T-AATATAATTTA-AA----C-ACAAGACAAGACCA---ACTCTTCTTGGACCTGTTTTGCGCCgtctatgaaaacttgttttattagataaacctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgGCGCAAAACAGGTCCAAGA----AGAGTTGGTCTTGTCTTGTGT---T-TAAATTATAT--TA----C-ATAAAACAGGTCCA---AGTAGAGTTGGTCTTGTCTTGtattaaaacttcttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgcttaaaatattggtataggaaaatatttcacta-GAAGT--TTT--AATAGGC-GCAAAACAGGTCCA---AGAAGAGTTGGTCTTGTCTTGTGctattaaaacttcttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29800 : tctgatgcttaaaatattggtataggaaaatatttcactacaagacaagaccaactctacttggacctgttttatgtaatataatttaaaATACTTTAAATTTTGGTATAGTAAATTATT---------TCGCTGCAAGACTAGACCAACT----CTATTTGGACCTGTTTTATGT---A-AAAGA-ATTTA-AA----C-GCAAGACAAGACCA---ACTCTACTTAGAACTGTTTTGCGTCttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29800 : tctgGCAAAACAGTTCTAAGT----AGAGTTGGTCTTGTCTTGCGT---T-TAAATTCTTT--TA----C-ATAAAACAGGTCCA---AATAGAGTTGGTCTAGTCTTGCtatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29801 : tctgatactttaaattttggtatagtaaattatttcgctCTTTAAATA---------TTGGTATAG----TAA-----AATATTTCACTGCAAGACAAGACCAACT----GTACTTGGACCTGTTTTATG----T-AATAT-ATTTTAAA----C-GCAAGACAAGACCAGTTACTGTACTTGGACCTGTTTTGCgtctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29801 : tgatgTGCAAAACAGGTCCAAGTACAGTAACT-GGTCTTGTCTTGCGT---TTAAAAT-ATAT--TA----C-ATAAAACAGGTCCA---AGTACAGTTGGTCTTGTCTTGCatctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29802 : tgatgctttaaatattggtatagtaaaatatttcactCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAtctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29803 : tgacgctaaatattcagtcaatcaataaaaacccttcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--AA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGC
gi|29804 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATGAGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--AA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCACC
gi|29805 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGCGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--AA----TGGAAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTGCTGC
gi|29806 : AAAACAGGTCCA---AGAAGAGTTGGTCTTGTCTTGTG
gi|29807 : tatgtaatataatttaaaCTTAAAAGACTATAA---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAAACAGGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--CG----T-ACAAAATAGGTC
gi|29808 : tacaacatttccctgcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATGAGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAt
gi|29809 : aaaacaattcccttcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGCGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA
gi|29810 : aaaacaattcccttgaagaTAA---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAAACAGGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--
gi|29811 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--ta
gi|29812 : AG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATGAGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--tcttgaagggtttttattgattgac
gi|29813 : AG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGCGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--
gi|29814 : TGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--AA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCGCC
gi|29815 : aatatcttTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--AA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCACC
gi|29816 : aatatcttGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--AA----TGGAAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTGCTGCGCC
gi|29817 : aatatcttTGCAAAACAGGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--CG----T-ACAAAATAGGTCTA---AGTTGCGTTGGACTT
gi|29818 : TGCAAAATAGGTCTAAGT----TGAGTTGGACTTGTCTTGCAC---C-AAGAT-ATTC--AG----T-GCAAAATGAGTCCA---
gi|29818 : A----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCACCt
gi|29819 : tggactcattttgcactgaatatcttAAAACAGGTCCAAGT----ACAGTTGGTCTTGTCTTGCAG---T-GAAAT-ATTT--TA----C-
gi|29819 : tataAAAACAGGTCCA---AGTACAGTTGGTCTTGTCTTGC
gi|29820 : tatagtaaaatatttcactA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCG
Alignments
lowQualScore : 2 444 33 1 1 3333 33333 1 9 8888888888 333 1 0
lowQualScore : . ... .. . . .... ..... . . .......... ... . .
lowQualScore : 5 777 77 1 1 1111 55555 4 2 5555555555 000 0 5
consensus : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCGC---T-GAAAT-ATTT--AA----C-GCAAAACAGGTCCA---AGTNGAGTTGGACTTGTCTTGCGCC
Reference ( family-736 ) : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCGC---T-GAAAT-ATTT--AA----C-GCAAAACAGGTCCA---AGTNGAGTTGGACTTGTCTTGCGCC
gi|29797 : ---T-AAAAT-ATTT--CA----CTGCAAGACAAGACCA---AATCTACTTGGACCTGTTTT
gi|29797 : tctgatgctttaaatattggaatagCAAAACAGGTCCAAGA----AGAGTTGGTCTTGTCTTGCGT---T-TAAATTATAT--TA----C-ATAAAACAGGTCCA---AGTAGATTTGGTCTTGTCTTGCatgtaatataatttaaacgcaagacaagaccaactcttcttggacctgttttgtgtctatgaaatcttgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29797 : tctgatgctttaaatattggaatagtaaaatatttcactTAATTTA--AACGCAAGACAAGACCAACT----CTTCTTGGACCTGTTTTGTGTCTAT-GAAAT-CTTtgtctatgaaatcttgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29798 : tctgatgctttaaatattggaatagtaaaatatttcactgcaagacaagaccaaatctacttggacctgttttatgtaataCTTTAAATA---------TTGGTATAG----TAA-----AATATTTCACTGCAAGACAAGACCAACT----CTAATTGGACCAGTTTCATG----T-AATATAATTT--AAC---C-GCAAGAAAAGACCA---TTTCTACTTGGACCTGTTTTGCGTCgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29798 : tctgatgGCAAAACAGGTCCAAGT----AGAAATGGTCTTTTCTTGCGG---T-TAAATTATAT--TA----C-ATGAAACTGGTCCA---ATTAGAGTTGGTCTTGTCTTGCtatgaaaacttgttttattagataaacctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgctttaaatattggtatagtaaaatatttcactCTTAAAATA---------TTGGTATAG--GA--A-----AATATTTCACTACAAGACAAGACCAACT----CTACTTGGACCTGTTTTATG----T-AATATAATTTA-AA----C-ACAAGACAAGACCA---ACTCTTCTTGGACCTGTTTTGCGCCgtctatgaaaacttgttttattagataaacctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgGCGCAAAACAGGTCCAAGA----AGAGTTGGTCTTGTCTTGTGT---T-TAAATTATAT--TA----C-ATAAAACAGGTCCA---AGTAGAGTTGGTCTTGTCTTGtattaaaacttcttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgcttaaaatattggtataggaaaatatttcacta-GAAGT--TTT--AATAGGC-GCAAAACAGGTCCA---AGAAGAGTTGGTCTTGTCTTGTGctattaaaacttcttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29800 : tctgatgcttaaaatattggtataggaaaatatttcactacaagacaagaccaactctacttggacctgttttatgtaatataatttaaaATACTTTAAATTTTGGTATAGTAAATTATT---------TCGCTGCAAGACTAGACCAACT----CTATTTGGACCTGTTTTATGT---A-AAAGA-ATTTA-AA----C-GCAAGACAAGACCA---ACTCTACTTAGAACTGTTTTGCGTCttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29800 : tctgGCAAAACAGTTCTAAGT----AGAGTTGGTCTTGTCTTGCGT---T-TAAATTCTTT--TA----C-ATAAAACAGGTCCA---AATAGAGTTGGTCTAGTCTTGCtatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29801 : tctgatactttaaattttggtatagtaaattatttcgctCTTTAAATA---------TTGGTATAG----TAA-----AATATTTCACTGCAAGACAAGACCAACT----GTACTTGGACCTGTTTTATG----T-AATAT-ATTTTAAA----C-GCAAGACAAGACCAGTTACTGTACTTGGACCTGTTTTGCgtctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29801 : tgatgTGCAAAACAGGTCCAAGTACAGTAACT-GGTCTTGTCTTGCGT---TTAAAAT-ATAT--TA----C-ATAAAACAGGTCCA---AGTACAGTTGGTCTTGTCTTGCatctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29802 : tgatgctttaaatattggtatagtaaaatatttcactCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAtctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29803 : tgacgctaaatattcagtcaatcaataaaaacccttcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--AA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGC
gi|29804 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATGAGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--AA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCACC
gi|29805 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGCGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--AA----TGGAAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTGCTGC
gi|29806 : AAAACAGGTCCA---AGAAGAGTTGGTCTTGTCTTGTG
gi|29807 : tatgtaatataatttaaaCTTAAAAGACTATAA---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAAACAGGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--CG----T-ACAAAATAGGTC
gi|29808 : tacaacatttccctgcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATGAGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAt
gi|29809 : aaaacaattcccttcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGCGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA
gi|29810 : aaaacaattcccttgaagaTAA---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAAACAGGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--
gi|29811 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--ta
gi|29812 : AG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATGAGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--tcttgaagggtttttattgattgac
gi|29813 : AG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGCGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--
gi|29814 : TGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--AA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCGCC
gi|29815 : aatatcttTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--AA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCACC
gi|29816 : aatatcttGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--AA----TGGAAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTGCTGCGCC
gi|29817 : aatatcttTGCAAAACAGGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---T-GAAAT-ATTT--CG----T-ACAAAATAGGTCTA---AGTTGCGTTGGACTT
gi|29818 : TGCAAAATAGGTCTAAGT----TGAGTTGGACTTGTCTTGCAC---C-AAGAT-ATTC--AG----T-GCAAAATGAGTCCA---
gi|29818 : A----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCACCt
gi|29819 : tggactcattttgcactgaatatcttAAAACAGGTCCAAGT----ACAGTTGGTCTTGTCTTGCAG---T-GAAAT-ATTT--TA----C-
gi|29819 : tataAAAACAGGTCCA---AGTACAGTTGGTCTTGTCTTGC
gi|29820 : tatagtaaaatatttcactA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCG
blockSeqs : C ATT TA T A ACAG GTCTA T T AATAGGC GTT A
blockSeqs : C . . C A . GG . A TAAAC . C
blockSeqs : C . . C T . GT . T AACC . A
blockSeqs : C . . C A . GT . A AAAC . C
blockSeqs : C . . C T . GT . T AAAC . A
blockSeqs : C . . C A . GT . T AATG . A
blockSeqs : C . . C T . AC . . AATG . C
blockSeqs : C . . C A . AC . . TAC . A
blockSeqs : C . . C T . AC . . TAC . G
blockSeqs : . . . C C . AC . . TAC . A
blockSeqs : . . . C C . AC . . TAC . T
blockSeqs : . . C T . AC . . TAC . T
blockSeqs : . . . C . AC . . AAT . T
blockSeqs : . . . C . AC . . AAT . A
blockSeqs : T . AC . . CGT . T
blockSeqs : C . AC . . AAT . T
blockSeqs : C . AC . . AAT . T
blockSeqs : C . AC . . CGT . T
blockSeqs : T . AC . . AGT . T
blockSeqs : C . AC . . TAC . A
blockSeqs : C . AC . . . T
blockSeqs : T . AC . . .
blockSeqs : C . AG . .
blockSeqs : C . G . .
blockSeqs : T . G . .
blockSeqs : T . G .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : NAC*******
originalCons : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCGC---T-GAAAT-ATTT--AA----C-GCAAAACAGGTCCA---AGTNGAGTTGGACTTGTCTTGCGCC
finalCons : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCGC---T-GAAAT-ATTTNAC-------GCAAAACAGGTCCA---AGTNGAGTTGGACTTGTCTTGCGCC
Alignments
lowQualScore : 2 444 33 1 1 2222 6666 1 333 8 666 777777 333 1 0
lowQualScore : . ... .. . . .... .... . ... . ... ...... ... . .
lowQualScore : 5 777 77 1 9 8888 0000 3 555 6 000 333333 000 0 5
consensus : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CGACTTGGTCTTGTCTTGCGC---T-GAAA---T-ATTT--NA----C-GCAAAACAGGTCCA---AGTNGAGTTGGACTTGTCTTGCGCC
Reference ( family-736 ) : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCGC---T-GAAA---T-ATTT--NA----C-GCAAAACAGGTCCA---AGTNGAGTTGGACTTGTCTTGCGCC
gi|29797 : ---T-AAAA---T-ATTT--CA----CTGCAAGACAAGACCA---AATCTACTTGGACCTGTTTT
gi|29797 : tctgatgctttaaatattggaatagCAAAACAGGTCCAAGA----AGAGTTGGTCTTGTCTTGCGT---T-TAAA---TTATAT--TA----C-ATAAAACAGGTCCA---AGTAGATTTGGTCTTGTCTTGCatgtaatataatttaaacgcaagacaagaccaactcttcttggacctgttttgtgtctatgaaatcttgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29797 : tctgatgctttaaatattggaatagtaaaatatttcactTAATTTA--AACGCAAGACAAGACCAACT----CTTCTTGGACCTGTTTTGTGTCTAT-GAAA---T-CTTtgtctatgaaatcttgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29798 : tctgatgctttaaatattggaatagtaaaatatttcactgcaagacaagaccaaatctacttggacctgttttatgtaataCTTTAAATA---------TTGGTATAG----TAA-----AATATTTCACTGCAAGACAAGACCAACT----CTAATTGGACCAGTTTCATG----T-AATA---TAATTT--AAC---C-GCAAGAAAAGACCA---TTTCTACTTGGACCTGTTTTGCGTCgttttattagatagacctttttgtttcttaacaa
gi|29798 : tctgatgGCAAAACAGGTCCAAGT----AGAAATGGTCTTTTCTTGCGG---T-TAAA---TTATAT--TA----C-ATGAAACTGGTCCA---ATTAGAGTTGGTCTTGTCTTGCtatgaaaacttgttttattagataaacctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgctttaaatattggtatagtaaaatatttcactCTTAAAATA---------TTGGTATAG--GA--A-----AATATTTCACTACAAGACAAGACCAACT----CTACTTGGACCTGTTTTATG----T-AATA---TAATTTA-AA----C-ACAAGACAAGACCA---ACTCTTCTTGGACCTGTTTTGCGCCgtctatgaaaacttgttttattagataaacctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgGCGCAAAACAGGTCCAAGA----AGAGTTGGTCTTGTCTTGTGT---T-TAAA---TTATAT--TA----C-ATAAAACAGGTCCA---AGTAGAGTTGGTCTTGTCTTGtattaaaacttcttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29799 : tctgatgcttaaaatattggtataggaaaatatttcacta-GAAG---T--TTT--AATAGGC-GCAAAACAGGTCCA---AGAAGAGTTGGTCTTGTCTTGTGctattaaaacttcttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29800 : tctgatgcttaaaatattggtataggaaaatatttcactacaagacaagaccaactctacttggacctgttttatgtaatataatttaaaATACTTTAAATTTTGGTATAGTAAATTATT---------TCGCTGCAAGACTAGACCAACT----CTATTTGGACCTGTTTTATGT---A-AAAG---A-ATTTA-AA----C-GCAAGACAAGACCA---ACTCTACTTAGAACTGTTTTGCGTCttttattagatagatctttttgtttcttagcaa
gi|29800 : tctgGCAAAACAGTTCTAAGT----AGAGTTGGTCTTGTCTTGCGT---T-TAAA---TTCTTT--TA----C-ATAAAACAGGTCCA---AATAGAGTTGGTCTAGTCTTGCtatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29800 : tctgatactttaaattttggtatagtaaattatttcgctGCAAGACAAGACCAACT----CTACTTAGAACTGTTTTGCGTCTAT-GAAAACTT-GTTT--TA----gtctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29801 : tctgatactttaaattttggtatagtaaattatttcgctgcaagactagaccaactctatttggacctgttttatgtaaaagaatttaaacCTTTAAATA---------TTGGTATAG----TAA-----AATATTTCACTGCAAGACAAGACCAACT----GTACTTGGACCTGTTTTATG----T-AATA---T-ATTTTAAA----C-GCAAGACAAGACCAGTTACTGTACTTGGACCTGTTTTGCttagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29801 : tgatgTGCAAAACAGGTCCAAGTACAGTAACT-GGTCTTGTCTTGCGT---TTAAAA---T-ATAT--TA----C-ATAAAACAGGTCCA---AGTACAGTTGGTCTTGTCTTGCatctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29802 : tgatgctttaaatattggtatagtaaaatatttcactCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA---tctatgaaaacttgttttattagatagacctttttgtttcttagcaa
gi|29803 : tgacgctaaatattcagtcaatcaataaaaacccttcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA---T-ATTT--AA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGC
gi|29804 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATGAGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA---T-ATTT--AA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCACC
gi|29805 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGCGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA---T-ATTT--AA----TGGAAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTGCTGC
gi|29806 : AAAACAGGTCCAAGA----AGAGTTGGTCTTGTCTTGTGT---T-TAAAT--T-ATAT--TA----C-
gi|29806 : tatAAAACAGGTCCA---AGAAGAGTTGGTCTTGTCTTGTG
gi|29807 : tatgtaatataatttaaaCTTAAAAGACTATAA---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAAACAGGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---T-GAAA---T-ATTT--CG----T-ACAAAATAGGTC
gi|29808 : tacaacatttccctgcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATGAGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA---t
gi|29809 : aaaacaattcccttcaagaCTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGCGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA---
gi|29810 : aaaacaattcccttgaagaTAA---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAAACAGGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---T-GAAA---T-ATTT--
gi|29811 : CTTAAAATACTCTAG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGTGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA---T-ATTT--ta
gi|29812 : AG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATGAGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA---T-ATTT--tcttgaagggtttttattgattgac
gi|29813 : AG---TTGGTCTAG--AATGACTCTTAATGTATCAGCGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA---T-ATTT--
gi|29814 : TGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA---T-ATTT--AA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCGCC
gi|29815 : aatatcttTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA---T-ATTT--AA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCACC
gi|29816 : aatatcttGCAAGACAAGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTCTTGCAC---T-GAAA---T-ATTT--AA----TGGAAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTGCTGCGCC
gi|29817 : aatatcttTGCAAAACAGGCCCAACT----CAACTTGGTCTTGTTTTGCAC---T-GAAA---T-ATTT--CG----T-ACAAAATAGGTCTA---AGTTGCGTTGGACTT
gi|29818 : TGCAAAATAGGTCTAAGT----TGAGTTGGACTTGTCTTGCAC---C-AAGA---T-ATTC--AG----T-GCAAAATGAGTCCA---
gi|29818 : CTGAATATCTTGGTGCAAGACAAGTCCAACT----CAACTTAGACCTATTTTGCt
gi|29818 : tggactcattttgcaA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCACCat
gi|29819 : tggactcattttgcactgaatatcttAAAACAGGTCCAAGT----ACAGTTGGTCTTGTCTTGCAG---T-GAAA---T-ATTT--TA----C-
gi|29819 : tataAAAACAGGTCCA---AGTACAGTTGGTCTTGTCTTGC
gi|29820 : tatagtaaaatatttcactA----T-GCAAAATAGGTCTA---AGTTGAGTTGGACTTGTCTTGCG