lowQualScore : 22222 111111111111111
lowQualScore : 0 5 0 55 6 3 66666 1 1 777777777777777 1 22 5 22
lowQualScore : . . . .. . . ..... . . ............... . .. . ..
lowQualScore : 5 6 3 99 4 5 11111 7 7 222222222222222 7 44 4 44
consensus : AAGACTTCCGGTATGTTCATGCGTGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT--AAAA-A---ACAA-CT-TT-C---AT--TTTT-GTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
Reference ( gi|5207 ) : AAGACTTCCGGTATATTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT--AAGA-A---CCAA-CT-TT-C---TT--TTTT-GTC-CAATTT--TCACTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5205 : AAGACTTCCGGTATATTCATTTGTGTAACTGCACTAAAATAAGTGATAAAAAA-A---ACAA-CT-TT-C---AT--TTTT-GTC-CAATTT--TCATTC--TGCTGTTCTGCTG
gi|5209 : AAGACTTCCGGTATGTTCATGTGTGTAATTGCACTAAAATAAGTGAT--AAAA-A---ACAA-CT-TT-C---AT--TAAA-GTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5204 : AAAACTTCCGATATGTTCATATGTGTAACTGTACTAAAATAAGTGAT--AAAA-A----AAA-CT-TT-C---AA--TTTT-GTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5208 : AAGACTTCTGGTATTTTCATGCGTGTAACTGCACTAAAATATGTGAT--AAAA-A----AAA-CT-TC-T---TTAATTTTAGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5206 : AAGACTTCCGGTATGTTCATGTGTGTAACTGCACTGAAAAAAGTGAT--AAAA-A----CAA-CT-TT-C---AT--TTAA-GTT-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCT
gi|5211 : AAGACTTTCAGTATGTTCTTGCATATAACTACACTAAAATAA----------A-A---C-AA-CC-TT-C---AT--TTTT-TTC-CAATTT--TCATTC--TGTTATTCTGCTG
gi|5213 : AAGATTTCTGGTATGTTCGTGCATGTAATTGCACT-AAATAA-TTAT--AAAA-A---ACAA-CC-TT-CAGGCT--TTT------CAATTC--TCATTC--TGCTAGTCTGCT
gi|5212 : AAGACTGACTGCATGTTTATTCACGTAAATATACTAAAATAAGTGAT--AAAA-A---AAGA-CA-TT-------------------AGTTT--TCATTC--TGCTTTTCTGCTG
gi|5215 : GACTGACTGTGTATTCATGCAGACAACTGTACTAAAATAAGTGAT--AAAA-A----CAA-CC-TT-C---AT--TTCT-GGC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5214 : GACTGACTGTGTTTTCATGCAGGCACCTGTACTAAAATAAGTGAT--AAAA-A---A-AA-CT-TT-C---AT--TTCT-GTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5216 : GACTGACGGTGTGTTCATGCAGACAACTGTACTAAAATAAGTGAT--AAAA-A----CAA-CT-TC-C-------ATCT-GTC-GAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5218 : CAGCATGTTCATGCAAGTAAGCGAACTAAAATAAATGAT--AAAA-A-----AA-TTGTT-C---TT--TCAT-AT-----TTT--CCACTT--TACT
gi|5219 : GCATGTTTATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTTAT--AAAA-A---C-AA-CT-TT-C---AT--TTTT-GTC-CAATTT--TCATTC--TGCTGTTCTGCTGcagtct
gi|5217 : GTTTGTTCATGCAGGCAACTGTACTAAAATAAGTGAT--AAAA-A---C-AA-CT-TT-C---AT--TTCT-GTC-CAATTT--TCATTC--TGCTAGTCTGC
gi|5220 : gactaacggtgtGTATGTTCATTCATGTAACTGTATTAAAATAAATAAA--AAAA-A---AAAA-CT-TT-T---TT--------------TTT--TCATTC--TGCTATTCTGTTG
gi|5222 : GTATGTTCATGCATGTAACTTGACTAAAATAAATCAT--AAAA-G---GCAA-CA-TT-C---AT--TTAT-TTCACTATTC--TCAGTC--
gi|5221 : GTACGTTCATGCATGTAGCTGTACTATTAGAAATTATC-AAAA-A---ACA------T-G---TT--T-----TC-CAATTT--GCATTC--TGCTACCCTGCT
gi|5225 : ATGTTCATGGATGCAATTGTACTAAGATAGATGAT--AAAA-AAAACAAG-CT-TCAC---AT--TTTT-A---CAATTT--TCATTC--ATCTATTCTGC
gi|5224 : ATGTTTATGCATGAAAGCGAACTAAAATGAATGAT--AAAA-A---AAAATCT-TT-C---AA--TTTT-TTC-CACTTTTCTCACTC--
gi|5223 : TTCATGCACGTAACTACGCTGAAATAAATGATA-AAAA-A---ACAA-CT-TT-T---TT--------TC-AAATTT--TAAATTGATGCTATTCTACTG
gi|5210 : taagTGCCTGTAAATGCACTAGAATAAGTGAT--AAAATA---ACAA-CA-TT-A---TT--TT---GTC-TAATTT--TTATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5226 : aagaataatgatgtgttacTGCATGTAAATGCACTAGAATAAGTGAT--AAAATA---ACAA-CA-TC-A-------TTTT-GTC-TCATTT--TCATAC--TGCTATTTTGCTG
gi|5227 : TAAAGTAATTGAT--AAAA-A---CTAC-CT-TC-A---TT--TTTT--TC-CAATTT--TCATTC--TGCTACTCTACT
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 2 44 44 3 2 00000 1 22 555 1 44 22
lowQualScore : . .. .. . . ..... . .. ... . .. ..
lowQualScore : 9 00 00 3 5 44444 7 33 333 7 66 33
consensus : AAGACTTCCGGTATGTTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT--AA--AA-AACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
Reference ( family-735 ) : AAGACTTCCGGTATGTTCATGCGTGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT--AA--AA-AACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5204 : AAAACTTCCGATATGTTCATATGTGTAACTGTACTAAAATAAGTGAT--AA--AA-AA-AA-----CTTT-CA--ATTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5205 : AAGACTTCCGGTATATTCATTTGTGTAACTGCACTAAAATAAGTGATAAAA--AA-AACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTGTTCTGCTG
gi|5206 : AAGACTTCCGGTATGTTCATGTGTGTAACTGCACTGAAAAAAGTGAT---A--AA-AACAA-----CTTT-CA--TTTAAGTT-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCT
gi|5207 : AAGACTTCCGGTATATTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT--AA--GA-ACCAA-----CTTT-CT--TTTTTGTC-CAATTT--TCACTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5208 : AAGACTTCTGGTATTTTCATGCGTGTAACTGCACTAAAATATGTGAT--AA--AA-AA-AACTT--CTTT-AA--TTTTAGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5209 : AAGACTTCCGGTATGTTCATGTGTGTAATTGCACTAAAATAAGTGAT--AA--AA-AACAA-----CTTT-CA--TTAAAGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5210 : GATGTGTTACTGCCTGTAAATGCACTAGAATAAGTGAT--AA--AATAACAA-----CATT--A--TTTT-GTC-TAATTT--TTATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5211 : aagaataatAAGACTTTCAGTATGTTCTTGCATATAACTACACTAAAATAA--------------AACAA-----CCTT-CA--TTTTTTTC-CAATTT--TCATTC--TGTTATTCTGCTG
gi|5212 : AAGACTGACTGCATGTTTATTCACGTAAATATACTAAAATAAGTGAT--AA--AA-AAAGA----------CA--TT--------AGTTT--TCATTC--TGCTTTTCTGCTG
gi|5213 : AAGATTTCTGGTATGTTCGTGCATGTAATTGCACT-AAATAA-TTAT--AA--AA-AACAA-----CCTT-CAGGCTTTT----CAATTC--TCATTC--TGCTAGTCTGCT
gi|5214 : GACTGACTGTGTTTTCATGCAGGCACCTGTACTAAAATAAGTGAT--AA--AA-AA-AA-----CTTT-CA--TTTCTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5215 : GACTGACTGTGTATTCATGCAGACAACTGTACTAAAATAAGTGAT--AA--AA-A-CAA-----CCTT-CA--TTTCTGGC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5216 : GACTGACGGTGTGTTCATGCAGACAACTGTACTAAAATAAGTGAT---A--AA-AACAA-----CTTC-CA----TCTGTC-GAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5217 : GTTTGTTCATGCAGGCAACTGTACTAAAATAAGTGAT--AA--AA--ACAA-----CTTT-CA--TTTCTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTAGTCTGC
gi|5218 : gactaacggtgtCAGCATGTTCATGCAAGTAAGCGAACTAAAATAAATGAT--AA--AA-A--AATTGTTCTTT-CA--TATTT-TC-CACTTTACTCAGTC--
gi|5219 : GCATGTTTATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTTAT--AA--AA--ACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTGTTCTGCTG
gi|5220 : GTATGTTCATTCATGTAACTGTATTAAAATAAATAAA--AA--AA-AAAAA-----CTTT-----TTT---------TTT--TCATTC--TGCTATTCTGTTG
gi|5221 : GTACGTTCATGCATGTAGCTGTACTATTAGAAATTATC-AA--AA-AA-------------CA--TGTTT-TC-CAATTT--GCATTC--TGCTACCCTGCT
gi|5222 : GTATGTTCATGCATGTAACTTGACTAAAATAAATCAT--AA--AA-GGCAA-----CATT-CA--TTTATTTCACTATTC--TCAGTC--
gi|5223 : TAAGTTCATGCACGTAACTACGCTGAAATAAATGAT--AAA-AA-AACAA-----CTTT-----TTT---TC-AAATTT--TAAATTGATGCTATTCTACTG
gi|5224 : ATGTTTATGCATGAAAGCGAACTAAAATGAATGAT--AA--AA-AAAAAT----CTTT-CA--ATTTTTTC-CACTTTTCTCACTC--
gi|5225 : ATGTTCATGGATGCAATTGTACTAAGATAGATGAT--AAAAAA-AACAAG----CTTCACA--TTTTTA---CAATTT--TCATTC--ATCTATTCTGC
gi|5226 : TGCATGTAAATGCACTAGAATAAGTGAT--AA--AATAACAA-----C-AT-CA---TTTTGTC-TCATTT--TCATAC--TGCTATTTTGCTG
gi|5227 : TAAAGTAATTGAT--AA--AA-A-CTA-----CCTT-CA--TTTTTTTC-CAATTT--TCATTC--TGCTACTCTACT
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 1 44 55 2 00000 1 22 555 1 44 22
lowQualScore : . .. .. . ..... . .. ... . .. ..
lowQualScore : 7 00 66 5 44444 7 33 333 7 66 33
consensus : AAGACTTCCGGTATGTTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
Reference ( family-735 ) : AAGACTTCCGGTATGTTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5204 : AAAACTTCCGATATGTTCATATGTGTAACTGTACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AA-AA-----CTTT-CA--ATTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5205 : AAGACTTCCGGTATATTCATTTGTGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AAAAAACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTGTTCTGCTG
gi|5206 : AAGACTTCCGGTATGTTCATGTGTGTAACTGCACTGAAAAAAGTGAT--A--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTTAAGTT-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCT
gi|5207 : AAGACTTCCGGTATATTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--GA--ACCAA-----CTTT-CT--TTTTTGTC-CAATTT--TCACTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5208 : AAGACTTCTGGTATTTTCATGCGTGTAACTGCACTAAAATATGTGAT-AA--AA--AA-AACTT--CTTT-AA--TTTTAGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5209 : AAGACTTCCGGTATGTTCATGTGTGTAATTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTAAAGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5210 : GATGTGTTACTGCCTGTAAATGCACTAGAATAAGTGAT-AA--AAT-AACAA-----CATT--A--TTTT-GTC-TAATTT--TTATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5211 : aagaataatAAGACTTTCAGTATGTTCTTGCATATAACTACACTAAAATAA--------------AACAA-----CCTT-CA--TTTTTTTC-CAATTT--TCATTC--TGTTATTCTGCTG
gi|5212 : AAGACTGACTGCATGTTTATTCACGTAAATATACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AAAGA----------CA--TT--------AGTTT--TCATTC--TGCTTTTCTGCTG
gi|5213 : AAGATTTCTGGTATGTTCGTGCATGTAATTGCACT-AAATAA-TTAT-AA--AA--AACAA-----CCTT-CAGGCTTTT----CAATTC--TCATTC--TGCTAGTCTGCT
gi|5214 : GACTGACTGTGTTTTCATGCAGGCACCTGTACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AA-AA-----CTTT-CA--TTTCTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5215 : GACTGACTGTGTATTCATGCAGACAACTGTACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--A-CAA-----CCTT-CA--TTTCTGGC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5216 : GACTGACGGTGTGTTCATGCAGACAACTGTACTAAAATAAGTGAT--A--AA--AACAA-----CTTC-CA----TCTGTC-GAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5217 : GTTTGTTCATGCAGGCAACTGTACTAAAATAAGTGAT-AA--AA---ACAA-----CTTT-CA--TTTCTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTAGTCTGC
gi|5218 : gactaacggtgtCAGCATGTTCATGCAAGTAAGCGAACTAAAATAAATGAT-AA--AA--A--AATTGTTCTTT-CA--TATTT-TC-CACTTTACTCAGTC--
gi|5219 : GCATGTTTATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTTAT-AA--AA---ACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTGTTCTGCTG
gi|5220 : GTATGTTCATTCATGTAACTGTATTAAAATAAATAAA-AA--AA--AAAAA-----CTTT-----TTT---------TTT--TCATTC--TGCTATTCTGTTG
gi|5221 : GTACGTTCATGCATGTAGCTGTACTATTAGAAATTATCAA--AA--AA-------------CA--TGTTT-TC-CAATTT--GCATTC--TGCTACCCTGCT
gi|5222 : GTATGTTCATGCATGTAACTTGACTAAAATAAATCAT-AA--AA--GGCAA-----CATT-CA--TTTATTTCACTATTC--TCAGTC--
gi|5223 : TAAGTTCATGCACGTAACTACGCTGAAATAAATGAT-AAA-AA--AACAA-----CTTT-----TTT---TC-AAATTT--TAAATTGATGCTATTCTACTG
gi|5224 : ATGTTTATGCATGAAAGCGAACTAAAATGAATGAT-AA--AA--AAAAAT----CTTT-CA--ATTTTTTC-CACTTTTCTCACTC--
gi|5225 : ATGTTCATGGATGCAATTGTACTAAGATAGATGAT-AAAAAA--AACAAG----CTTCACA--TTTTTA---CAATTT--TCATTC--ATCTATTCTGC
gi|5226 : TGCATGTAAATGCACTAGAATAAGTGAT-AA--AAT-AACAA-----C-AT-CA---TTTTGTC-TCATTT--TCATAC--TGCTATTTTGCTG
gi|5227 : TAAAGTAATTGAT-AA--AA--A-CTA-----CCTT-CA--TTTTTTTC-CAATTT--TCATTC--TGCTACTCTACT
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 1 44 55 2 00000 1 22 555 1 44 22
lowQualScore : . .. .. . ..... . .. ... . .. ..
lowQualScore : 7 00 66 5 44444 7 33 333 7 66 33
consensus : AAGACTTCCGGTATGTTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
Reference ( family-735 ) : AAGACTTCCGGTATGTTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5204 : AAAACTTCCGATATGTTCATATGTGTAACTGTACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AA-AA-----CTTT-CA--ATTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5205 : AAGACTTCCGGTATATTCATTTGTGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AAAAAACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTGTTCTGCTG
gi|5206 : AAGACTTCCGGTATGTTCATGTGTGTAACTGCACTGAAAAAAGTGAT--A--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTTAAGTT-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCT
gi|5207 : AAGACTTCCGGTATATTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--GA--ACCAA-----CTTT-CT--TTTTTGTC-CAATTT--TCACTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5208 : AAGACTTCTGGTATTTTCATGCGTGTAACTGCACTAAAATATGTGAT-AA--AA--AA-AACTT--CTTT-AA--TTTTAGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5209 : AAGACTTCCGGTATGTTCATGTGTGTAATTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTAAAGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5210 : GATGTGTTACTGCCTGTAAATGCACTAGAATAAGTGAT-AA--AAT-AACAA-----CATT--A--TTTT-GTC-TAATTT--TTATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5211 : aagaataatAAGACTTTCAGTATGTTCTTGCATATAACTACACTAAAATAA--------------AACAA-----CCTT-CA--TTTTTTTC-CAATTT--TCATTC--TGTTATTCTGCTG
gi|5212 : AAGACTGACTGCATGTTTATTCACGTAAATATACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AAAGA----------CA--TT--------AGTTT--TCATTC--TGCTTTTCTGCTG
gi|5213 : AAGATTTCTGGTATGTTCGTGCATGTAATTGCACT-AAATAA-TTAT-AA--AA--AACAA-----CCTT-CAGGCTTTT----CAATTC--TCATTC--TGCTAGTCTGCT
gi|5214 : GACTGACTGTGTTTTCATGCAGGCACCTGTACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AA-AA-----CTTT-CA--TTTCTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5215 : GACTGACTGTGTATTCATGCAGACAACTGTACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--A-CAA-----CCTT-CA--TTTCTGGC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5216 : GACTGACGGTGTGTTCATGCAGACAACTGTACTAAAATAAGTGAT--A--AA--AACAA-----CTTC-CA----TCTGTC-GAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5217 : GTTTGTTCATGCAGGCAACTGTACTAAAATAAGTGAT-AA--AA---ACAA-----CTTT-CA--TTTCTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTAGTCTGC
gi|5218 : gactaacggtgtCAGCATGTTCATGCAAGTAAGCGAACTAAAATAAATGAT-AA--AA--A--AATTGTTCTTT-CA--TATTT-TC-CACTTTACTCAGTC--
gi|5219 : GCATGTTTATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTTAT-AA--AA---ACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTGTTCTGCTG
gi|5220 : GTATGTTCATTCATGTAACTGTATTAAAATAAATAAA-AA--AA--AAAAA-----CTTT-----TTT---------TTT--TCATTC--TGCTATTCTGTTG
gi|5221 : GTACGTTCATGCATGTAGCTGTACTATTAGAAATTATCAA--AA--AA-------------CA--TGTTT-TC-CAATTT--GCATTC--TGCTACCCTGCT
gi|5222 : GTATGTTCATGCATGTAACTTGACTAAAATAAATCAT-AA--AA--GGCAA-----CATT-CA--TTTATTTCACTATTC--TCAGTC--
gi|5223 : TAAGTTCATGCACGTAACTACGCTGAAATAAATGAT-AAA-AA--AACAA-----CTTT-----TTT---TC-AAATTT--TAAATTGATGCTATTCTACTG
gi|5224 : ATGTTTATGCATGAAAGCGAACTAAAATGAATGAT-AA--AA--AAAAAT----CTTT-CA--ATTTTTTC-CACTTTTCTCACTC--
gi|5225 : ATGTTCATGGATGCAATTGTACTAAGATAGATGAT-AAAAAA--AACAAG----CTTCACA--TTTTTA---CAATTT--TCATTC--ATCTATTCTGC
gi|5226 : TGCATGTAAATGCACTAGAATAAGTGAT-AA--AAT-AACAA-----C-AT-CA---TTTTGTC-TCATTT--TCATAC--TGCTATTTTGCTG
gi|5227 : TAAAGTAATTGAT-AA--AA--A-CTA-----CCTT-CA--TTTTTTTC-CAATTT--TCATTC--TGCTACTCTACT
blockSeqs : C AA AA C TTGTT A GG TTG A AC GA
blockSeqs : . A T C CTT . . AAG . TC .
blockSeqs : . . T C T . . TTG . . .
blockSeqs : . . . C G . . TAG . . .
blockSeqs : . . . C . . . AAG . . .
blockSeqs : . . . C . . . TTT . . .
blockSeqs : . . . A . . . CTG . . .
blockSeqs : . . . C . . . CTG . . .
blockSeqs : . . . C . . . CTG . . .
blockSeqs : . . . C . . . CTG . . .
blockSeqs : . . . C . . . TTG . . .
blockSeqs : . . . C . . . ATT . . .
blockSeqs : . . . A . . . TTT . . .
blockSeqs : . . . C . . . TTA . . .
blockSeqs : . . . C . . . TTG . . .
blockSeqs : . . . A . . . TTT . . .
blockSeqs : . . . C . . . TG . . .
blockSeqs : . . . C . . . TT . . .
blockSeqs : . . . C . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAGACTTCCGGTATGTTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
finalCons : AAGACTTCCGGTATGTTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 1 44 55 2 00000 1 22 555 1 44 22
lowQualScore : . .. .. . ..... . .. ... . .. ..
lowQualScore : 7 00 66 5 44444 7 33 333 7 66 33
consensus : AAGACTTCCGGTATGTTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
Reference ( family-735 ) : AAGACTTCCGGTATGTTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5204 : AAAACTTCCGATATGTTCATATGTGTAACTGTACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AA-AA-----CTTT-CA--ATTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5205 : AAGACTTCCGGTATATTCATTTGTGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AAAAAACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTGTTCTGCTG
gi|5206 : AAGACTTCCGGTATGTTCATGTGTGTAACTGCACTGAAAAAAGTGAT--A--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTTAAGTT-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCT
gi|5207 : AAGACTTCCGGTATATTCATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--GA--ACCAA-----CTTT-CT--TTTTTGTC-CAATTT--TCACTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5208 : AAGACTTCTGGTATTTTCATGCGTGTAACTGCACTAAAATATGTGAT-AA--AA--AA-AACTT--CTTT-AA--TTTTAGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5209 : AAGACTTCCGGTATGTTCATGTGTGTAATTGCACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AACAA-----CTTT-CA--TTAAAGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5210 : GATGTGTTACTGCCTGTAAATGCACTAGAATAAGTGAT-AA--AAT-AACAA-----CATT--A--TTTT-GTC-TAATTT--TTATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5211 : aagaataatAAGACTTTCAGTATGTTCTTGCATATAACTACACTAAAATAA--------------AACAA-----CCTT-CA--TTTTTTTC-CAATTT--TCATTC--TGTTATTCTGCTG
gi|5212 : AAGACTGACTGCATGTTTATTCACGTAAATATACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AAAGA----------CA--TT--------AGTTT--TCATTC--TGCTTTTCTGCTG
gi|5213 : AAGATTTCTGGTATGTTCGTGCATGTAATTGCACT-AAATAA-TTAT-AA--AA--AACAA-----CCTT-CAGGCTTTT----CAATTC--TCATTC--TGCTAGTCTGCT
gi|5214 : GACTGACTGTGTTTTCATGCAGGCACCTGTACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--AA-AA-----CTTT-CA--TTTCTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5215 : GACTGACTGTGTATTCATGCAGACAACTGTACTAAAATAAGTGAT-AA--AA--A-CAA-----CCTT-CA--TTTCTGGC-CAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5216 : GACTGACGGTGTGTTCATGCAGACAACTGTACTAAAATAAGTGAT--A--AA--AACAA-----CTTC-CA----TCTGTC-GAATTT--TCATTC--TGCTATTCTGCTG
gi|5217 : GTTTGTTCATGCAGGCAACTGTACTAAAATAAGTGAT-AA--AA---ACAA-----CTTT-CA--TTTCTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTAGTCTGC
gi|5218 : gactaacggtgtCAGCATGTTCATGCAAGTAAGCGAACTAAAATAAATGAT-AA--AA--A--AATTGTTCTTT-CA--TATTT-TC-CACTTTACTCAGTC--
gi|5219 : GCATGTTTATGCATGTAACTGCACTAAAATAAGTTAT-AA--AA---ACAA-----CTTT-CA--TTTTTGTC-CAATTT--TCATTC--TGCTGTTCTGCTG
gi|5220 : GTATGTTCATTCATGTAACTGTATTAAAATAAATAAA-AA--AA--AAAAA-----CTTT-----TTT---------TTT--TCATTC--TGCTATTCTGTTG
gi|5221 : GTACGTTCATGCATGTAGCTGTACTATTAGAAATTATCAA--AA--AA-------------CA--TGTTT-TC-CAATTT--GCATTC--TGCTACCCTGCT
gi|5222 : GTATGTTCATGCATGTAACTTGACTAAAATAAATCAT-AA--AA--GGCAA-----CATT-CA--TTTATTTCACTATTC--TCAGTC--
gi|5223 : TAAGTTCATGCACGTAACTACGCTGAAATAAATGAT-AAA-AA--AACAA-----CTTT-----TTT---TC-AAATTT--TAAATTGATGCTATTCTACTG
gi|5224 : ATGTTTATGCATGAAAGCGAACTAAAATGAATGAT-AA--AA--AAAAAT----CTTT-CA--ATTTTTTC-CACTTTTCTCACTC--
gi|5225 : ATGTTCATGGATGCAATTGTACTAAGATAGATGAT-AAAAAA--AACAAG----CTTCACA--TTTTTA---CAATTT--TCATTC--ATCTATTCTGC
gi|5226 : TGCATGTAAATGCACTAGAATAAGTGAT-AA--AAT-AACAA-----C-AT-CA---TTTTGTC-TCATTT--TCATAC--TGCTATTTTGCTG
gi|5227 : TAAAGTAATTGAT-AA--AA--A-CTA-----CCTT-CA--TTTTTTTC-CAATTT--TCATTC--TGCTACTCTACT