lowQualScore : 4444444444 11111111111111111 1 1 1 1111111111111 33333 1111 1111 1
lowQualScore : 0 8888888888 33333333333333333 6 2 1 4 1 1 2 1 55555 22 8 1 22 0000000000000 3 55555 11111 5555 5555555 2 555 11 5555 4 7
lowQualScore : . .......... ................. . . . . . . . . ..... .. . . .. ............. . ..... ..... .... ....... . ... .. .... . .
lowQualScore : 8 5555555555 33333333333333333 2 4 7 7 7 7 6 7 33333 44 6 8 44 5555555555555 8 00000 00000 7777 4444444 4 888 55 6666 0 0
consensus : CAAGATTGCTATTTAATGGAG-GTAG-CGAAG-----------------GCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATTA-GC-ATATCG-CATAGC-AACGATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTT--GAAAAATTTAACCTGTCG--TC-AATATTGATTT
Reference ( gi|16071 ) : CAAGATTGCTATTTAATGGAGGTTAA-CGAAG-----------------GCTGCAATGCAGGAGTGTC-CAAACTAATTA-GC-ATATCG-CATAGC-AACAATG--AATATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---TG--G----C-TTTCTGCTT--GAAAAGTTTAACCTGTAG--TC-AATATAGATTT
gi|16063 : CAACATCGCTATTTAATGGAGCGTAC-CGATG-----------------GCTGAAATGCAGGAGTGTC-CATACAAATTA-GC-ATATCG-GATAGC-AACAATG--AAAAAAG-TCC-CTGAA-------------GT-AAA-----TGT----TTAC----G--G----C-TTTCTGCTT--AAAAAGTTTAACATGTCG--TC-AATATTAATTT
gi|16066 : gaaCAAGATTGCTATTTAATGGAGAGTAG-TGAAG-----------------GCTTAAATGCAGGAGGGTC-CATACTTATTA-GC-ATATTG-CAAAGT-AACAATG--ACAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTT--TAAAAATTT-ACCTGTTC--TC-AATAT
gi|16062 : aCAACATCGCTATTTAATGGAGCATAG-CAAAG-----------------GCTTGAACGCAGGAGTGTC-CATACTTATTA-GC-ATATCG-AACAGC-AACAATG--AAAAAAG-TCC-TTGAA-------------GC-AAA-----TA-----TTAC---CG--A----C-TTTCTACTT--AAAAAGTTTAACCTGTCA--TC-AATAATGATTTttat
gi|16067 : gaaCAAGATTGCTATTTGATGG--------CGATG-----------------GCAGAAATGTCAGAGTGTC-CATACTAATTA-GC-ATACCG-CA------ATAATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAT---CG--A----C-TTTCTGCTT--GAAAAATTTAACCTGTCG--TC-AATATTGATTT
gi|16068 : aCAAGATTGCTATTTGATGGCGATT--------------------------CTGAAATGTAGGAGTGTC-CTTACTAATTA-GC-ATACCT-CAT------CAATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------AC-AAA-----CG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTT--GAAAAA-TTAACCTGTCG--TC-AATATTGACTT
gi|16064 : aCAAAATTGCTATTTAATGGAG-TGAAGCAAAG-----------------TCTTAAATGTAGGAGTGTC-CATAATAATAA-GC-ATA--------GC-AACAATG--AAAATAG-TCA-CTGAA-------------GC-AAA-----TT-----TTACGACTG--G----C-TTTCTGCTT--GAAAAACTTAACCTGTCA--TC-AATATTGATTT
gi|16072 : gaaCAAGATTGCTATTTAATGAATTGTAG-CAAAG-----------------GCTAAAATGTAGGGATTTC-CATATTAATAA-GT-TTATCG-CATCAT-AACGGTG--AA-ATAG-TCC---GCA-------------GC-AAT-----TGC----TTACATTTG--GCCACC-TTTCTG--T--CAACTATCTG--CTGTGG--TC-AATAT
gi|16073 : CAATGTTGCTATCTAAAGCAGAGTAG-CAAAG-----------------GCTG-AATGTAGGGATATC-TATA-TAATTA-GCTAGA-CA-TGTAGCTAAAGGTG--AAAATAG-T---TTGCA-------------GT-G--------G-----TCGC------------C-TTTCTGCTTAAAAAAAG---AACCTGT-G--TCGAATA
gi|16070 : CAAGATTGTAGTTTAAT-GACATGAAGCAAAG-----------------GCTGAAATGTAGGGTTTTC-CATATAAATGA-GT--TATCG-CATATT-AACGGTGAAAAAATAT-TCTGCTGCA----------------AAA-----TGA----TTAC---ccatgactt
gi|16074 : aGATTGCTATTAACT--------A-CGAAG-----------------GCTGAAGTGTAGGAGCGTC-CATACTAATTA-GC-ATATTG-C-T--C-AACAATG--A
gi|16076 : aacATTGCTATTTACT--------A-TGAAG-----------------GCTGAAATACAGGAGTGTC-CATACTAATTA-GC-ATATCG-CATAGC-AACAATG--AAAATAG-TTC-ATGAA-------------GC-AAA-----TGTTATATTAC---CG--G----CTTTTCTGCTT--caata
gi|16077 : ATTGCTTTTTACT--------A-CGAAG-----------------GCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATTCTAATTA-GC-ATATCA-CATAGG-AACAATG--AAAATAG-TCC-ATGAA-------------GC-AAA-----TGTAATATTAC---CG--G----C-TTTCTG
gi|16078 : ATTGCTATTTA-------CTA---GAAG-----------------GCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAAATA-GC-ATATC---------AACAATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----T
gi|16079 : ATTGTTATTTACT--------A-CAAAG-----------------GCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTACTAA-GC-ATATTG-CGTATC-AACAATG--AAAATAG-TCC-CT
gi|16075 : ATTGCTACTTATTGGAG------CGAAG-----------------ACTGAAATGT-GGAGTTTTTCGTACTAATTA-GC-GTAACG-CACAGC-AGCGGTG--GAAATAGATC----GCA-------------GCAAAA-----TG-----T
gi|16080 : atATTGCTATTAAAAGCAGAGTAG-CAAAG-----------------AGTGAAATGTAGGATTATA-CAAA-TAATAA-GC-AAGGGG-CA-AGCTAATGGTG--AAAATAG-TCC-GT--A-------------GC-A----------------AC---GG--A----C-TTGCTGCTT--GAAAA
gi|16065 : TCGCTATTTAATAGAGCGTAG-CGAAG-----------------GCTGGAATGCAAGAGTGCC-CATACTAATTA-GC-ATATTG-GATAGC-AACAATG--AACAAAA-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--A----C-TTGCTACTT--AAAAAGTTTTACCAGTCG--TC-AATAATGATTT
gi|16081 : acaactTTGTTATTTACT--------A-CGAAG-----------------TCTGAAATATATGAGTGTC-CATACTAAT-A-GC-ATATCG-CATAAC-AACAATG--AA-A-AG-TCC-CTGAA-------------GC-
gi|16082 : TGCTATTTAATGGAGCATAA-TGCAGTGCATCCTGGCCCAAATGCTGAAATGTAGGGATTTC-TCTACTCCTTAAGC-A-ACAG-CATAGC-TATGGTG--AAAATAG---C-CTGCATCGCCATTCCTTTGC-AAAGTGTTTG-----CTAT---CA--G----C-TTTCTACAT--GAAAAATTGAAGATGTAGCCTC-AATA
gi|16069 : GCTATTTCATGGAGCGTAG-CAAAG-----------------TTTGAACTGTATGGAT-TT-CAATATAATTA-GC-GAA--GACACAGC-AAAGGAG--GAAATAG-TCC---GCA-------------GCAAAA-----TG-------GC---CGCCA----C-TTTCTAC--------AATTGAACCTGT
gi|16083 : acaataaaAAG-----------------GCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATAA-GC-ATATTG-CAAATC-AACAATG--AAAATAT-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TGTGATATTAC---TG--A----C-TTTCTtttctcaataccatgattt
gi|16084 : TGTAGGAGTGTC-CATACAAATTA-GC-ACATCG---------ACAATT--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TGTAATATTAC---CG--G----C-TTTCT
gi|16085 : GGAGGGTC-CATACTAATTA-GC-ATAGCA-CATATC-AACAATG--AAAATAG-TCC-CTTAG-------------GC-AAA-----TGTAAAATTAC---CG--G----C-TTTCT
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444 1111111111111 22222 11
lowQualScore : 55555555555555555555555555555 1 1 222 11 1 222 3 1 22 1 22 0000000000000 3 44444 77777 777 33 6666 2 0 0 555 5555 3 00
lowQualScore : ............................. . . ... .. . ... . . .. . .. ............. . ..... ..... ... .. .... . . . ... .... . ..
lowQualScore : 22222222222222222222222222222 7 7 999 77 7 999 3 3 33 7 22 0000000000000 6 88888 66666 444 11 9999 2 7 4 888 2222 3 00
consensus : CAAGATTGCTATTTAATGG-AG------GT-AGCG------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACGATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAATTTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGATTT
Reference ( family-733 ) : CAAGATTGCTATTTAATGG-AG------GT-AGCG------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACGATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAATTTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGATTT
gi|16062 : CAACATCGCTATTTAATGG-AGC-----AT-AGCA------------AAGGCTTGAACGCAGGAGTGTC-CATACTTATT-AGC---ATATCG-AACAGC-AACAATG--AAAAAAG-TCC-TTGAA-------------GC-AAA-----TA-----TTAC---CG--A----C-TTTCTACTTAAAAAGTTTAACCTG---T--CATC-AATAA--TGATTT
gi|16063 : gaaCAACATCGCTATTTAATGG-AGC-----GT-ACCG------------ATGGCTGAAATGCAGGAGTGTC-CATACAAATT-AGC---ATATCG-GATAGC-AACAATG--AAAAAAG-TCC-CTGAA-------------GT-AAA-----TG-----TTTA---CG--G----C-TTTCTGCTTAAAAAGTTTAACATG---T--CGTC-AATAT--TAATTT
gi|16064 : gaaCAAAATTGCTATTTAATGG-AGT-----GA-AGCA------------AAGTCTTAAATGTAGGAGTGTC-CATAATAATA-AGC---ATA--------GC-AACAATG--AAAATAG-TCA-CTGAA-------------GC-AAA-----TT-----TTACGACTG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAACTTAACCTG---T--CATC-AATAT--TGATTT
gi|16065 : gaaTCGCTATTTAATAG-AGC-----GT-AGCG------------AAGGCTGGAATGCAAGAGTGCC-CATACTAATT-AGC---ATATTG-GATAGC-AACAATG--AACAAAA-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--A----C-TTGCTACTTAAAAAGTTTTACCAG---T--CGTC-AATAA--TGATTT
gi|16066 : acaactCAAGATTGCTATTTAATGG-AGA-----GT-AGTG------------AAGGCTTAAATGCAGGAGGGTC-CATACTTATT-AGC---ATATTG-CAAAGT-AACAATG--ACAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTTAAAAATTT-ACCTG---T--TCTC-AATAT--TTAT
gi|16067 : aCAAGATTGCTATTTGATGG--------------CG------------ATGGCAGAAATGTCAGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATACCG-CA------ATAATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAT---CG--A----C-TTTCTGCTTGAAAAATTTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGATTT
gi|16068 : aCAAGATTGCTATTTGATGG-CG------AT--------------------TCTGAAATGTAGGAGTGTC-CTTACTAATT-AGC---ATACCT-CAT------CAATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------AC-AAA-----CG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAA-TTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGACTT
gi|16069 : aGCTATTTCATGG-AGC-----GT-AGCA------------AAGTTTGAACTGTATGGATTTC-AATA-TAATT-AGC---GAA--GACACAGC-AAAGGAG--GAAATAG-TCC---GCA-------------GCAAAA-----TG-------GC---CGCCA----C-TTTCTAC------AATTGAACCTGTTTT--C-TC-AATACCATGATTT
gi|16070 : acaataaaCAAGATTGTAGTTTAATGACAT------GA-AGCA------------AAGGCTGAAATGTAGGGTTTTC-CATATAAATG-AGT----TATCG-CATATT-AACGGTGAAAAAATAT-TCTGCTGCA----------------AAA-----TGA----TTAC---
gi|16071 : aCAAGATTGCTATTTAATGG-AG------GTTAACG------------AAGGCTGCAATGCAGGAGTGTC-CAAACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACAATG--AATATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---TG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAGTTTAACCTG---T--AGTC-AATAT--AGATTT
gi|16072 : CAAGATTGCTATTTAATGA-ATT-----GT-AGCA------------AAGGCTAAAATGTAGGGATTTC-CATATTAATA-AGT---TTATCG-CATCAT-AACGGTG---AAATAG-TCC---GCA-------------GC-AAT-----TGC----TTACATTTG--GCCACC-TTTCTG--TCAACTATCTG--CTG---T--GGTC-AATAT--
gi|16073 : CAATGTTGCTATCTAAAGC-AGA-----GT-AGCA------------AAGGCTGAA-TGTAGGGATATC-TATA-TAATT-AGCTAGACAT----GTAGCTAAAGGTG--AAAATAG-TT---TGCA-------------G----------TG-----GT-----CG--C----C-TTTCTGCTTAAAAAA-AGAACCTG---T---GTCGAATACCATGACTT
gi|16074 : GATTGCTATT-AAC------------T-A-CG------------AAGGCTGAAGTGTAGGAGCGTC-CATACTAATT-AGC---ATATTG-C-T--C-AACAATG--ACAATA
gi|16075 : aacATTGCTACTTATTGG-AG-----------CG------------AAGACTGAAATGT-GGAGTTTTTCGTACTAATT-AGC---GTAACG-CACAGC-AGCGGTG--GAAATAGATC----GCA-------------GCAAAA-----TG-----T
gi|16076 : atATTGCTATTTACTA---------------TG------------AAGGCTGAAATACAGGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACAATG--AAAATAG-TTC-ATGAA-------------GC-AAA-----TGTTATATTAC---CG--G----CTTTTCTGCTT
gi|16077 : ATTGCTTTTTACTA---------------CG------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATTCTAATT-AGC---ATATCA-CATAGG-AACAATG--AAAATAG-TCC-ATGAA-------------GC-AAA-----TGTAATATTAC---CG--G----C-TTTCTG
gi|16078 : ATTGCTATTTACTAG-A---------------------------AGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAAAT-AGC---ATAT--------C-AACAATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----T
gi|16079 : ATTGTTATTTACTA---------------CA------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTACTA-AGC---ATATTG-CGTATC-AACAATG--AAAATAG-TCC-CT
gi|16080 : ATTGCTATTAAAAGC-AGA-----GT-AGCA------------AAGAGTGAAATGTAGGATTATA-CA-AATAATA-AGC---AAGGGG-CA-AGCTAATGGTG--AAAATAG-TCC-GT--A-------------GC-AA--------------------CG--GA---C-TTGCTGCTTGAAAA
gi|16081 : TTGTTATTTACTA---------------CG------------AAGTCTGAAATATATGAGTGTC-CATACTAA-T-AGC---ATATCG-CATAAC-AACAATG--AAA--AG-TCC-CTGAA-------------GC-
gi|16082 : TGCTATTTAATGG-AGCATAATGC-AGTGCATCCTGGCCCAAATGCTGAAATGTAGGGATTTC-TCTACTCCTTAAGC---A-ACAG-CATAGC-TATGGTG--AAAATAG---C-CTGCATCGCCATTCCTTTGC-AAAGTGTTTG-----CTAT---CA--G----C-TTTCTACATGAAAAATTGAAGATG---TAGCCTC-AATA
gi|16083 : ------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATA-AGC---ATATTG-CAAATC-AACAATG--AAAATAT-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TGTGATATTAC---TG--A----C-TTTCT
gi|16084 : TGTAGGAGTGTC-CATACAAATT-AGC---ACATCG---------ACAATT--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TGTAATATTAC---CG--G----C-TTTCT
gi|16085 : GGAGGGTC-CATACTAATT-AGC---ATAGCA-CATATC-AACAATG--AAAATAG-TCC-CTTAG-------------GC-AAA-----TGTAAAATTAC---CG--G----C-TTTCT
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444 1111111111111 22222 11
lowQualScore : 55555555555555555555555555555 1 1 222 11 1 222 3 1 22 1 22 0000000000000 3 44444 77777 777 33 6666 2 0 0 555 5555 3 00
lowQualScore : ............................. . . ... .. . ... . . .. . .. ............. . ..... ..... ... .. .... . . . ... .... . ..
lowQualScore : 22222222222222222222222222222 7 7 999 77 7 999 3 3 33 7 22 0000000000000 6 88888 66666 444 11 9999 2 7 4 888 2222 3 00
consensus : CAAGATTGCTATTTAATGG-AG------GT-AGCG------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACGATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAATTTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGATTT
Reference ( family-733 ) : CAAGATTGCTATTTAATGG-AG------GT-AGCG------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACGATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAATTTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGATTT
gi|16062 : CAACATCGCTATTTAATGG-AGC-----AT-AGCA------------AAGGCTTGAACGCAGGAGTGTC-CATACTTATT-AGC---ATATCG-AACAGC-AACAATG--AAAAAAG-TCC-TTGAA-------------GC-AAA-----TA-----TTAC---CG--A----C-TTTCTACTTAAAAAGTTTAACCTG---T--CATC-AATAA--TGATTT
gi|16063 : gaaCAACATCGCTATTTAATGG-AGC-----GT-ACCG------------ATGGCTGAAATGCAGGAGTGTC-CATACAAATT-AGC---ATATCG-GATAGC-AACAATG--AAAAAAG-TCC-CTGAA-------------GT-AAA-----TG-----TTTA---CG--G----C-TTTCTGCTTAAAAAGTTTAACATG---T--CGTC-AATAT--TAATTT
gi|16064 : gaaCAAAATTGCTATTTAATGG-AGT-----GA-AGCA------------AAGTCTTAAATGTAGGAGTGTC-CATAATAATA-AGC---ATA--------GC-AACAATG--AAAATAG-TCA-CTGAA-------------GC-AAA-----TT-----TTACGACTG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAACTTAACCTG---T--CATC-AATAT--TGATTT
gi|16065 : gaaTCGCTATTTAATAG-AGC-----GT-AGCG------------AAGGCTGGAATGCAAGAGTGCC-CATACTAATT-AGC---ATATTG-GATAGC-AACAATG--AACAAAA-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--A----C-TTGCTACTTAAAAAGTTTTACCAG---T--CGTC-AATAA--TGATTT
gi|16066 : acaactCAAGATTGCTATTTAATGG-AGA-----GT-AGTG------------AAGGCTTAAATGCAGGAGGGTC-CATACTTATT-AGC---ATATTG-CAAAGT-AACAATG--ACAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTTAAAAATTT-ACCTG---T--TCTC-AATAT--TTAT
gi|16067 : aCAAGATTGCTATTTGATGG--------------CG------------ATGGCAGAAATGTCAGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATACCG-CA------ATAATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAT---CG--A----C-TTTCTGCTTGAAAAATTTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGATTT
gi|16068 : aCAAGATTGCTATTTGATGG-CG------AT--------------------TCTGAAATGTAGGAGTGTC-CTTACTAATT-AGC---ATACCT-CAT------CAATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------AC-AAA-----CG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAA-TTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGACTT
gi|16069 : aGCTATTTCATGG-AGC-----GT-AGCA------------AAGTTTGAACTGTATGGATTTC-AATA-TAATT-AGC---GAA--GACACAGC-AAAGGAG--GAAATAG-TCC---GCA-------------GCAAAA-----TG-------GC---CGCCA----C-TTTCTAC------AATTGAACCTGTTTT--C-TC-AATACCATGATTT
gi|16070 : acaataaaCAAGATTGTAGTTTAATGACAT------GA-AGCA------------AAGGCTGAAATGTAGGGTTTTC-CATATAAATG-AGT----TATCG-CATATT-AACGGTGAAAAAATAT-TCTGCTGCA----------------AAA-----TGA----TTAC---
gi|16071 : aCAAGATTGCTATTTAATGG-AG------GTTAACG------------AAGGCTGCAATGCAGGAGTGTC-CAAACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACAATG--AATATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---TG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAGTTTAACCTG---T--AGTC-AATAT--AGATTT
gi|16072 : CAAGATTGCTATTTAATGA-ATT-----GT-AGCA------------AAGGCTAAAATGTAGGGATTTC-CATATTAATA-AGT---TTATCG-CATCAT-AACGGTG---AAATAG-TCC---GCA-------------GC-AAT-----TGC----TTACATTTG--GCCACC-TTTCTG--TCAACTATCTG--CTG---T--GGTC-AATAT--
gi|16073 : CAATGTTGCTATCTAAAGC-AGA-----GT-AGCA------------AAGGCTGAA-TGTAGGGATATC-TATA-TAATT-AGCTAGACAT----GTAGCTAAAGGTG--AAAATAG-TT---TGCA-------------G----------TG-----GT-----CG--C----C-TTTCTGCTTAAAAAA-AGAACCTG---T---GTCGAATACCATGACTT
gi|16074 : GATTGCTATT-AAC------------T-A-CG------------AAGGCTGAAGTGTAGGAGCGTC-CATACTAATT-AGC---ATATTG-C-T--C-AACAATG--ACAATA
gi|16075 : aacATTGCTACTTATTGG-AG-----------CG------------AAGACTGAAATGT-GGAGTTTTTCGTACTAATT-AGC---GTAACG-CACAGC-AGCGGTG--GAAATAGATC----GCA-------------GCAAAA-----TG-----T
gi|16076 : atATTGCTATTTACTA---------------TG------------AAGGCTGAAATACAGGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACAATG--AAAATAG-TTC-ATGAA-------------GC-AAA-----TGTTATATTAC---CG--G----CTTTTCTGCTT
gi|16077 : ATTGCTTTTTACTA---------------CG------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATTCTAATT-AGC---ATATCA-CATAGG-AACAATG--AAAATAG-TCC-ATGAA-------------GC-AAA-----TGTAATATTAC---CG--G----C-TTTCTG
gi|16078 : ATTGCTATTTACTAG-A---------------------------AGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAAAT-AGC---ATAT--------C-AACAATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----T
gi|16079 : ATTGTTATTTACTA---------------CA------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTACTA-AGC---ATATTG-CGTATC-AACAATG--AAAATAG-TCC-CT
gi|16080 : ATTGCTATTAAAAGC-AGA-----GT-AGCA------------AAGAGTGAAATGTAGGATTATA-CA-AATAATA-AGC---AAGGGG-CA-AGCTAATGGTG--AAAATAG-TCC-GT--A-------------GC-AA--------------------CG--GA---C-TTGCTGCTTGAAAA
gi|16081 : TTGTTATTTACTA---------------CG------------AAGTCTGAAATATATGAGTGTC-CATACTAA-T-AGC---ATATCG-CATAAC-AACAATG--AAA--AG-TCC-CTGAA-------------GC-
gi|16082 : TGCTATTTAATGG-AGCATAATGC-AGTGCATCCTGGCCCAAATGCTGAAATGTAGGGATTTC-TCTACTCCTTAAGC---A-ACAG-CATAGC-TATGGTG--AAAATAG---C-CTGCATCGCCATTCCTTTGC-AAAGTGTTTG-----CTAT---CA--G----C-TTTCTACATGAAAAATTGAAGATG---TAGCCTC-AATA
gi|16083 : ------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATA-AGC---ATATTG-CAAATC-AACAATG--AAAATAT-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TGTGATATTAC---TG--A----C-TTTCT
gi|16084 : TGTAGGAGTGTC-CATACAAATT-AGC---ACATCG---------ACAATT--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TGTAATATTAC---CG--G----C-TTTCT
gi|16085 : GGAGGGTC-CATACTAATT-AGC---ATAGCA-CATATC-AACAATG--AAAATAG-TCC-CTTAG-------------GC-AAA-----TGTAAAATTAC---CG--G----C-TTTCT
blockSeqs : GAGCATAATGCAGTGCATCCTGGCCCA T A TAG TC A TAG T A AA A GC TCGCCATTCCTTT A GTGTT TTATA GAC CC CCAC T TTT AGCC G CA
blockSeqs : GAGCGTACCG . . . TT . TAG T A . . C . A . TAATA ATT . A . . CG . CA
blockSeqs : GAGTGAAGCA . . . TT . AAG . A . . C . . . TGATA . . . . . CA . .
blockSeqs : GAGCGTAGCG . . . CC . CAG . A . . C . . . TAATA . . . . . CG . .
blockSeqs : GAGAGTAGTG . . . CC . TAT . A . . C . . . TAAAA . . . . . TC . .
blockSeqs : GAGCGTAGCA . . . TC . TAG . A . . C . . . A . . . . . CG . .
blockSeqs : ACATGAAGCA . . . TC . TCA . G . . C . . . C . . . . . CG . .
blockSeqs : GAGGTTAACG . . . TC . TAG . G . . C . . . . . . . . . AG . .
blockSeqs : AATTGTAGCA . . . TT . CAG . A . . A . . . . . . . . . GG . .
blockSeqs : CAGAGTAGCA . . . AC . TAG . G . . A . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : CAGAGTAGCA . . . TC . TAG . G . . C . . . . . . . . . G .
blockSeqs : GCGAT . . . TC . TAT . A . . C . . . . . . . .
blockSeqs : GAGCG . . . TT . TAA . G . . G . . . . . . . .
blockSeqs : TACG . . . GG . TAG . A . . C . . . . . . . .
blockSeqs : GCG . . . TC . AAT . A . . C . . . . . . . .
blockSeqs : TG . . . CA . TAT . A . . C . . . . . . . .
blockSeqs : CG . . . TT . AG . A . . C . . . . . . . .
blockSeqs : GA . . . TC . G . G . . C . . . . .
blockSeqs : CA . . . GC . T . A . . . . . . .
blockSeqs : CG . . . T . T . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . A .
blockSeqCons :
originalCons : CAAGATTGCTATTTAATGG-AG------GT-AGCG------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACGATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAATTTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGATTT
finalCons : CAAGATTGCTATTTAATGG-AG------GT-AGCG------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACGATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAATTTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGATTT
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444 1111111111111 22222 11
lowQualScore : 55555555555555555555555555555 1 1 222 11 1 222 3 1 22 1 22 0000000000000 3 44444 77777 777 33 6666 2 0 0 555 5555 3 00
lowQualScore : ............................. . . ... .. . ... . . .. . .. ............. . ..... ..... ... .. .... . . . ... .... . ..
lowQualScore : 22222222222222222222222222222 7 7 999 77 7 999 3 3 33 7 22 0000000000000 6 88888 66666 444 11 9999 2 7 4 888 2222 3 00
consensus : CAAGATTGCTATTTAATGG-AG------GT-AGCG------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACGATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAATTTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGATTT
Reference ( family-733 ) : CAAGATTGCTATTTAATGG-AG------GT-AGCG------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACGATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAATTTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGATTT
gi|16062 : CAACATCGCTATTTAATGG-AGC-----AT-AGCA------------AAGGCTTGAACGCAGGAGTGTC-CATACTTATT-AGC---ATATCG-AACAGC-AACAATG--AAAAAAG-TCC-TTGAA-------------GC-AAA-----TA-----TTAC---CG--A----C-TTTCTACTTAAAAAGTTTAACCTG---T--CATC-AATAA--TGATTT
gi|16063 : gaaCAACATCGCTATTTAATGG-AGC-----GT-ACCG------------ATGGCTGAAATGCAGGAGTGTC-CATACAAATT-AGC---ATATCG-GATAGC-AACAATG--AAAAAAG-TCC-CTGAA-------------GT-AAA-----TG-----TTTA---CG--G----C-TTTCTGCTTAAAAAGTTTAACATG---T--CGTC-AATAT--TAATTT
gi|16064 : gaaCAAAATTGCTATTTAATGG-AGT-----GA-AGCA------------AAGTCTTAAATGTAGGAGTGTC-CATAATAATA-AGC---ATA--------GC-AACAATG--AAAATAG-TCA-CTGAA-------------GC-AAA-----TT-----TTACGACTG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAACTTAACCTG---T--CATC-AATAT--TGATTT
gi|16065 : gaaTCGCTATTTAATAG-AGC-----GT-AGCG------------AAGGCTGGAATGCAAGAGTGCC-CATACTAATT-AGC---ATATTG-GATAGC-AACAATG--AACAAAA-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--A----C-TTGCTACTTAAAAAGTTTTACCAG---T--CGTC-AATAA--TGATTT
gi|16066 : acaactCAAGATTGCTATTTAATGG-AGA-----GT-AGTG------------AAGGCTTAAATGCAGGAGGGTC-CATACTTATT-AGC---ATATTG-CAAAGT-AACAATG--ACAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTTAAAAATTT-ACCTG---T--TCTC-AATAT--TTAT
gi|16067 : aCAAGATTGCTATTTGATGG--------------CG------------ATGGCAGAAATGTCAGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATACCG-CA------ATAATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAT---CG--A----C-TTTCTGCTTGAAAAATTTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGATTT
gi|16068 : aCAAGATTGCTATTTGATGG-CG------AT--------------------TCTGAAATGTAGGAGTGTC-CTTACTAATT-AGC---ATACCT-CAT------CAATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------AC-AAA-----CG-----TTAC---CG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAA-TTAACCTG---T--CGTC-AATAT--TGACTT
gi|16069 : aGCTATTTCATGG-AGC-----GT-AGCA------------AAGTTTGAACTGTATGGATTTC-AATA-TAATT-AGC---GAA--GACACAGC-AAAGGAG--GAAATAG-TCC---GCA-------------GCAAAA-----TG-------GC---CGCCA----C-TTTCTAC------AATTGAACCTGTTTT--C-TC-AATACCATGATTT
gi|16070 : acaataaaCAAGATTGTAGTTTAATGACAT------GA-AGCA------------AAGGCTGAAATGTAGGGTTTTC-CATATAAATG-AGT----TATCG-CATATT-AACGGTGAAAAAATAT-TCTGCTGCA----------------AAA-----TGA----TTAC---
gi|16071 : aCAAGATTGCTATTTAATGG-AG------GTTAACG------------AAGGCTGCAATGCAGGAGTGTC-CAAACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACAATG--AATATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----TTAC---TG--G----C-TTTCTGCTTGAAAAGTTTAACCTG---T--AGTC-AATAT--AGATTT
gi|16072 : CAAGATTGCTATTTAATGA-ATT-----GT-AGCA------------AAGGCTAAAATGTAGGGATTTC-CATATTAATA-AGT---TTATCG-CATCAT-AACGGTG---AAATAG-TCC---GCA-------------GC-AAT-----TGC----TTACATTTG--GCCACC-TTTCTG--TCAACTATCTG--CTG---T--GGTC-AATAT--
gi|16073 : CAATGTTGCTATCTAAAGC-AGA-----GT-AGCA------------AAGGCTGAA-TGTAGGGATATC-TATA-TAATT-AGCTAGACAT----GTAGCTAAAGGTG--AAAATAG-TT---TGCA-------------G----------TG-----GT-----CG--C----C-TTTCTGCTTAAAAAA-AGAACCTG---T---GTCGAATACCATGACTT
gi|16074 : GATTGCTATT-AAC------------T-A-CG------------AAGGCTGAAGTGTAGGAGCGTC-CATACTAATT-AGC---ATATTG-C-T--C-AACAATG--ACAATA
gi|16075 : aacATTGCTACTTATTGG-AG-----------CG------------AAGACTGAAATGT-GGAGTTTTTCGTACTAATT-AGC---GTAACG-CACAGC-AGCGGTG--GAAATAGATC----GCA-------------GCAAAA-----TG-----T
gi|16076 : atATTGCTATTTACTA---------------TG------------AAGGCTGAAATACAGGAGTGTC-CATACTAATT-AGC---ATATCG-CATAGC-AACAATG--AAAATAG-TTC-ATGAA-------------GC-AAA-----TGTTATATTAC---CG--G----CTTTTCTGCTT
gi|16077 : ATTGCTTTTTACTA---------------CG------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATTCTAATT-AGC---ATATCA-CATAGG-AACAATG--AAAATAG-TCC-ATGAA-------------GC-AAA-----TGTAATATTAC---CG--G----C-TTTCTG
gi|16078 : ATTGCTATTTACTAG-A---------------------------AGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAAAT-AGC---ATAT--------C-AACAATG--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TG-----T
gi|16079 : ATTGTTATTTACTA---------------CA------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTACTA-AGC---ATATTG-CGTATC-AACAATG--AAAATAG-TCC-CT
gi|16080 : ATTGCTATTAAAAGC-AGA-----GT-AGCA------------AAGAGTGAAATGTAGGATTATA-CA-AATAATA-AGC---AAGGGG-CA-AGCTAATGGTG--AAAATAG-TCC-GT--A-------------GC-AA--------------------CG--GA---C-TTGCTGCTTGAAAA
gi|16081 : TTGTTATTTACTA---------------CG------------AAGTCTGAAATATATGAGTGTC-CATACTAA-T-AGC---ATATCG-CATAAC-AACAATG--AAA--AG-TCC-CTGAA-------------GC-
gi|16082 : TGCTATTTAATGG-AGCATAATGC-AGTGCATCCTGGCCCAAATGCTGAAATGTAGGGATTTC-TCTACTCCTTAAGC---A-ACAG-CATAGC-TATGGTG--AAAATAG---C-CTGCATCGCCATTCCTTTGC-AAAGTGTTTG-----CTAT---CA--G----C-TTTCTACATGAAAAATTGAAGATG---TAGCCTC-AATA
gi|16083 : ------------AAGGCTGAAATGTAGGAGTGTC-CATACTAATA-AGC---ATATTG-CAAATC-AACAATG--AAAATAT-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TGTGATATTAC---TG--A----C-TTTCT
gi|16084 : TGTAGGAGTGTC-CATACAAATT-AGC---ACATCG---------ACAATT--AAAATAG-TCC-CTGAA-------------GC-AAA-----TGTAATATTAC---CG--G----C-TTTCT
gi|16085 : GGAGGGTC-CATACTAATT-AGC---ATAGCA-CATATC-AACAATG--AAAATAG-TCC-CTTAG-------------GC-AAA-----TGTAAAATTAC---CG--G----C-TTTCT