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lowQualScore                  :          9       0  888  7777 3   11 11  88   1     33333  0     99     1          33 5  11  1              11 222           22  3    
lowQualScore                  :          .       .  ...  .... .   .. ..  ..   .     .....  .     ..     .          .. .  ..  .              .. ...           ..  .    
lowQualScore                  :          2       2  222  4444 7   77 77  66   1     11111  9     22     2          44 3  77  2              88 333           99  4    
consensus                     :   ATTATTATACGTTAAATA-TNCA----CTATA--T--AC--TGGAATATC-----GGCTCGGA--CAAAA-CGTACAAGCT--GATC--CT-AACCGATATCCCAG--C---ATATAGCGAAACATGTTTAT
Reference ( gi|147361 )       :   ATTATTAAACGTTAAATA-AACA----CAATA--T--AT--TGAGATATC-----GGCTCAGA--CAAAA-CGTACAAGCT--GATC--CT-AACCGATATCTCAG--C---ATATAGCGAAACATGCTTAT
gi|147364                     :   ATTATTATCCATTAAATA-TACA----CTCTA--T--AT--TGAGATACC-----GGCTCAGA--CAAAA-CGTACAAGCT--GATC--CT-AACCGATATCTCAG--C---ATATAGCAAAACATGCTTAT
gi|147365                     :   ATTATAAAACGTTAAATA-AACA----CTATA--T--AT--TGAGATATC-----GGCTCAGA--CAAAA-CGTACAAGCT--GATC--CT-AACCGATTTCTCAG--T---ATATAGCGAAA
gi|147374                     :   ATTATTAAACGTTAAATA-AACA----CTATA--T--AT--TGAGAT--C-----AA-TCAGA--CAAAA-CGTACAAACT--GATC--CT-AACTGATATCTCAG--C---ATATTGAGAAACATGCTTAT
gi|147373                     :   ATTATAATTCGTTAAATA-TTCA----CTATA--T--AC--TGAAATATC-----GGCTCGGA--CAAAA-CGTACAACCT--GATC--CT-AACCGATACGCCAA--C---ATAAAGAGA
gi|147363                     :       TTATACGTTAAATA-TTCA----CTATA--T--ATACTGGAATATC-----GGCTTAGA--AAAAA-CGTACAAACT--GATC--CT-TACCGATATCCCAG--C---ATATATCGGAAtaat
gi|147369                     :   atagTTATACGTTGAATA-TTCA----CTATA--T--ATACTGGAATATC-----GGCTCGGA--CAAAA-CTTACAAGCT--GATC--CT-TACAGATATCCCAG--C---ATATATCGAAAT-TGTTCATttgttaat
gi|147372                     :   atagTTATACGTTGAATA-TTCA----CTATA--T--ATACTGGAATATC-----GGCTCGGA--CAAAA-CGTACAAGCT--GATC--CT-TACAGATATCCCAG--C---ATATA
gi|147371                     :   atagTTATACGTTA-------CA----CTATA--TTTAC--TCGAATATC-----GGTTCAGA--CAAAA-CGTTCAAGCT--GATC--CT-AACCGATATCCAAG--C---ATATATCGAAAT-TGTTTATtgtaaattgtttat
gi|147367                     :   atagTTATACGTTGAATA-TTCA----CTATAAAT--AC--TGGAATATC-----GGCTCGGA--CAAAA-CGTACAAGCT--GATC--CT-TACAGATATCCCAG--C---ATATATC--AAT-TGTTTAT
gi|147380                     :     atagAAACGTTAATTATGAT-----CTGTA--T--AT--TGAAACATA-----GGCTCAGG--CAAAA-CTTACAAGCT--GATC--CT-AACCGACATCTCAA--T---ATATGGCGAAACATGTTTAT
gi|147362                     :        gtaACGTCAA-TA-TTCA----CTATA--T--AT--TGGAATATC-----GATTCAGA--CAAAA-CGTACAAGCT--GATC--CT-TACCGATATCTCAG--C---ATATAGCGAGA-ATGTTTA
gi|147366                     :   attgcaatACGTTAA-TG-TTCA----CTATA--T--AT--TGGAATATC-----GGTTCAGA--CAAAA-CGTACAAGCT--GATC--CT-TACCGACATCTCAT--C---ATATAGCGAGA-ATGTTTA
gi|147368                     :    attgcaatCGTTAAATA-TGCG----CTATA--T--AC--TGAAATATC-----GGCTCAAA--CAAAA-CGTACAAGCT--GATC--CT-AACCAATATCCCAG--C---ATACAGCAAAA-ATAATTAT
gi|147377                     :    atttaattCGTTAAACC-CGCG----CTATA--T--GC--TGAAACATT-----GGCTCTAA--CTTAA-CGTACAAGCT---------------GATATCCCAG--C---ATATAGCGAAAC-TGTTT
gi|147381                     :    attgtagttGTTAGATA-TACA----CTTTA--T--AC--TGATATATC-----GGTTCAGA--CTAAA-CGTACAAGCT--GACC--CC-AACCGATATACCAG--C---ATAGAGTGAAA-ATACTTAT
gi|147376                     :        aataaGTTAAAGA-TTCA----TCATA--T--AC--TGAAATATC-----GGTTCAGG--CAAAA------AAGCT--GATC--CT-AACCGACATCCCAG--C---ATAT
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gi|147369                     :              atacATG-AACAATTTCGATA--T--ATGCTGGGATATCTGTAAGGATCAG---------CTTGTAAGTTTTG-TC--CG-AGCCGATATTCCAGTAT---ATATAGTGAA
gi|147366                     : atagttatacgttgaataTA-AACATTCTCGCTA--T--ATGATGAGATGTC-----GG-TAAGGATCAGCT-TGTACGTTTT--G-TC--TG-AACCGATATTCCAA--T---ATATAGTG-AACAT
gi|147375                     :          attgcaatacgttaCA----CTATA--T--AA--TGGAATATT-----GGCTCAGA--CAAAA-CGTACACGCT--GATC--TT-AACCGATATCGCAG--T---ATATAGAG-AACATTTTTA
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gi|147383                     :      attgcaatacgttaactttA----CATTC--T--GC--TGGGACATC-----GGTTTGGAT-CAG---CTTATACGTTTTG-TC--TG-AACCGATATTTCAG--T---ATATAGTG
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gi|147365                     :        attattatccattaaatatacactATA--T--AC--TGAGAAATC-----GGTTAGGAT-CAGCT-TGTACGTTTT--G-TC--TG-AGCCGATATCTCAA--T---ATATAGTGagcaaaacatgcttat
gi|147375                     :            attataaaacgttaaataaaATA--T--AC--TGCGATATC-----GGTTAAGAT-CAGCG-TGTACGTTTT--G-TC--TG-AGCCAATATTCCAT--T---ATATAGTGAAagcgaaa
gi|147377                     :               atagtaatgcgcaattaATA--T--GC--TGGGATATC-----AGCTTGTA--C------GT-TAAGTT--AG-------AGCCAATGTTTCAG--C---ATATAGCGagagaacattttta
gi|147378                     :            attgtagttcgttaaacccgATA--T--AC--AGAAACATC-----GCCTCAGA--GTAAA-CGTATAAGCT--GACT--CT-TACATATATCCAAA--C---ATATAGAGAagcgaaactgttt
gi|147368                     :  atggtaataggaagttcgtttattatgcgttTA--T--GC--TGGGATATT-----GGTTAGGAT-CAGCT-TGTACGTTTT--G-TT--TG-AGCCGATATTTCAG--T---ATATAGCG---CATATTTAtatttat
gi|147373                     :                      atttaattcgtTA--T--GT--TGGCGTATC-----GGTTAGGAT-CAGGT-TGTACGTTTT--G-TC--CG-AGCCGATATTTCAG--T---ATATAGTGAAcagcaaaaataattat
gi|147384                     :               attataattcgttaaataTA--T--AT--TGAAATATC-----GGCTCAGA--CAAAG-CATTCAAACT--GTTCAGCT-AAATGGTATGTCAA--C---aagagataat
gi|147379                     :                                 TA--T--AC--AGAAATATC-----GGCTTATA--CAAAA-CGTAGAAGAT--TAT---AT-GA-CAATATCTC
gi|147376                     :                                                         ttgtaatacttacatcaactattcactataatC--CTGAACCGATATTTCAG--T---ATATGATGAA





Alignments
lowQualScore                  :                                        1111                                                                           11       
lowQualScore                  :                   333      2   1       2222 22    1           3       1              22  1              333           77       
lowQualScore                  :                   ...      .   .       .... ..    .           .       .              ..  .              ...           ..       
lowQualScore                  :                   333      9   6       7777 33    4           7       7              44  1              222           99       
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Reference ( family-729 )      :          ATTATTATA---CGTTAAATATNCACTATA----T--ACTGGAATATCGGCTCGGACAAAA-CGTACAAGCTGATC--CTAACCGATATCCCAGC---ATATAGCGAAACATGTTTAT
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gi|147364                     :      atagATTATTATC---CATTAAATATACACTCTA----T--ATTGAGATACCGGCTCAGACAAAA-CGTACAAGCTGATC--CTAACCGATATCTCAGC---ATATAGCAAAACATGCTTAT
gi|147365                     :          ATTATAAAA---CGTTAAATAAACACTATA----T--ATTGAGATATCGGCTCAGACAAAA-CGTACAAGCTGATC--CTAACCGATTTCTCAGT---ATATAGCGAAA
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gi|147375                     :                ATG---CGC-AATTATTCACTATA----T--AATGGAATATTGGCTCAGACAAAA-CGTACACGCTGATC--TTAACCGATATCGCAGT---ATATAGAG-AACATTTTTA
gi|147376                     :                 atagtaGTTAAAGATTCATCATA----T--ACTGAAATATCGGTTCAGGCAAAA------AAGCTGATC--CTAACCGACATCCCAGC---ATAT
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gi|147378                     :                   ---CGTTTATTATGCGTTATA----T--ACAGAAACATCGCCTCAGAGTAAA-CGTATAAGCTGACT--CTTACATATATCCAAAC---ATATAGAG----ATATTTAT
gi|147379                     : atggtaataggaagttTA---CATCAACTATTCACTATAATTAT--ACAGAAATATCGGCTTATACAAAA-CGTAGAAG
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gi|147381                     :           gtaaaATA---AGTTAGATATACACTTTA----T--ACTGATATATCGGTTCAGACTAAA-CGTACAAGCTGACC--CCAACCGATATACCAGC---ATAGAGTGAAA-ATACTTAT
gi|147382                     :                      aGCTAAAT-TACACCATA--------CTGAAATATCGATACAGACAAAAACATACAAGCTGATC--TTAGCCGATTTCACA
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Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                         11       
lowQualScore                  :                   333      2   1       5555 22 66                       1              22  1              333           77       
lowQualScore                  :                   ...      .   .       .... .. ..                       .              ..  .              ...           ..       
lowQualScore                  :                   333      9   6       8888 33 99                       7              44  1              222           99       
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Reference ( family-729 )      :          ATTATTATA---CGTTAAATATNCACTATA----T--A--CTGAAATATCGGCTCAGACAAAA-CGTACAAGCTGATC--CTAACCGATATCCCAGC---ATATAGCGAAACATGTTTAT
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gi|147363                     :        attgcaTTATA---CGTTAAATATTCACTATA----T--ATACTGGAATATCGGCTTAGAAAAAA-CGTACAAACTGATC--CTTACCGATATCCCAGC---ATATATCGGAAT-TGTTAAT
gi|147364                     :      atagATTATTATC---CATTAAATATACACTCTA----T--A--TTGAGATACCGGCTCAGACAAAA-CGTACAAGCTGATC--CTAACCGATATCTCAGC---ATATAGCAAAACATGCTTAT
gi|147365                     :          ATTATAAAA---CGTTAAATAAACACTATA----T--A--TTGAGATATCGGCTCAGACAAAA-CGTACAAGCTGATC--CTAACCGATTTCTCAGT---ATATAGCGAAA
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finalCons                     :          ATTATTATA---CGTTAAATATNCACTATA----T--A--CTGAAATATCGGCTCAGACAAAA-CGTACAAGCTGATC--CTAACCGATATCCCAGC---ATATAGCGAAAN-TGTTTAT





Alignments
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lowQualScore                  :                   ...      .   .       .... .. ..                       .              ..  .              ...        .   ..       
lowQualScore                  :                   333      9   6       8888 33 99                       7              44  1              222        0   22       
consensus                     :          ATTATTATA---CGTTAAATATNCACTATA----T--A--CTGAAATATCGGCTCAGACAAAA-CGTACAAGCTGATC--CTAACCGATATCCCAGC---ATATAGCG-AAA-ATGTTTAT
Reference ( family-729 )      :          ATTATTATA---CGTTAAATATNCACTATA----T--A--CTGAAATATCGGCTCAGACAAAA-CGTACAAGCTGATC--CTAACCGATATCCCAGC---ATATAGCG-AAA-NTGTTTAT
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gi|147383                     :           aatgaATA---C---AATTATACACTATA----T--A--CTGAAATATCGGTTCAGACAAAA-CGTATAAGCTGATC--CAAACCGATGTCCCAGCAGAATGTAATGTAAT-ATGTTT
gi|147384                     :                                      TA----T--A--TTGAAATATCGGCTCAGACAAAG-CATTCAAACTGTTCAGCTAAATGGTATGTCAAC---