lowQualScore                  :                                                      33333333333333333333333333                                                                                               
lowQualScore                  :           4   0  777      0    7777   7777     888   11111111111111111111111111      6666           1    5 2   33       1   1     22    2               0             22      
lowQualScore                  :           .   .  ...      .    ....   ....     ...   ..........................      ....           .    . .   ..       .   .     ..    .               .             ..      
lowQualScore                  :           6   6  000      2    7777   7777     555   99999999999999999999999999      1111           6    0 5   44       8   0     44    7               8             44      
consensus                     : GTTTATGTTCNCTCAAC---ACACTGCGAGT----TCG----GGTCC--GACT--------------------------GCAGCT----TCAATTTCACACGCTG-T-GGC--CCACGGG-TGACGGTGG--TTTCGTCAACCTACCAGTTCGTCTACCTTAATTT--TGTGTT
Reference ( gi|113058 )       : GTTTATGTTCTCTCAAC---ACACTGTGAGT----TTG----GGTCC--AACT--------------------------GTAGCT----TCAATTTCACATGCTG-T-GGC--CCACGGG-TGATGGTGG--TTTCATCAACCTACCAGTTCATCTACTTTAATTT--TGTGTT
gi|113059                     : GTTTATGTTCTCTCAAC---ACACTGTGAGT----TTG----GGTCC--GACT--------------------------GTTGCT----TCAATTTCACATGCTG-T-GGC--CCACGAG-TGATGGTGG--TTTCATCAACCTACCAGTTCATCTACTTTAATTT--TGTGTT
gi|113061                     : GTTTATGTTCTCTCAAA---ACACTGTGAGT----TTG----GGTCC--GACT--------------------------GTAGTT----TCAATTTCACATGCTT-T-GGC--CCACGGG-TGTTGGTGG--TTTCATCATCCTACCAGTTCATCTACTTTAATTT--TGTGTT
gi|113060                     : GTTTATGTTCTCTGAAC---ACACTTTGAGT----TTG----GGTCC--GACT--------------------------GTAGCT----TCAATTTCACATGCTG-T-GGC--CCACGGG-GGACGGTGA--TTTCATCAACCTACCAGTTCATTTACTTTAATTT--TGT
gi|113062                     : GTTTATGTTCGCTCCAC---ACACTGCGTGT----TCG----GGTTC--GACT--------------------------GCAGCT----TCAATTTCACACGTTG-T-GGC--CCTCGAG-TGACGATGG--TTTCGTCAACCTACCAGTTCATCTACTTTAATTT--TGTGT
gi|113063                     : GTTTATTTTCGCTTCAC---ACATTGTAAGT----TTG----GGTCC--GACT--------------------------GCAGCT----ACAATGTCAAGCGCTG-T-AGT--CCACGGT-GGATGGTGA--TTTCGTTAACCTACCAGTTCATCTACTTTAATTT--TGTGTT
gi|113065                     : GTTTGTGTTCGCTCCAC---ACACTGCGAAT----TCG----GGTCCAAAACTTAAAAGTAAAATTGAGAAGGTTGGACGCAGTT----TCAGTTTACCACGCTG-T-TGC--CCACGGA-TGACAGTGG--TTTCGTTAACCTATCAGTTTGTCTACCTTAATTT--TGTGTT
gi|113064                     : GTTTATGTTTACTCCAC---ACACTGCGAGT----TTG----GGTC
gi|113066                     :   TCATTTCCGCTCAACCAAACATTGAAAGTATAGTCGAGAAGGTTG--GAC---------------------------GCAACT----TCAATTTCACACGCTG-T-GGC--CGACGGG-TGAAGGTGG-------TCAACCTATCAGTTCGTCTACCTTAATTT--TGTGTTttacgcctatcattccgctcaaccaatcattggaagtaaagacgcagcttcaatttcacacgctgtggcccaggggtgatggttgcattttcaacctaccagtttgtcagccttaatttcgtgtt
gi|113068                     :     ATGTTCTCTCAAC---ACACTGCAAGT----TTG----GGTCC--AACT--------------------------GTAACT----TCAATTTCAC--------------------G-TGATGGTGG--TTTCGTCAACCTACCAGTTCATCTACTTTAATTT--TGTGTT
gi|113069                     :               AAC---ACACTTTGAGT----T-G----GGTCC--GACT--------------------------GTAGCT----TCAATTTCACATGCTG-T-GGC--CCACGGG-TGACGGTGG--TTTCATCAACCTACCAATTCATCTACTTTAATTT--TGTTTT
gi|113070                     :                       ACTGCGAGT----TTG----GGTCC--GACT--------------------------GTAGCT----TTAATTTCACATGCTG-T-GGC--CAACAGG-TGATGGTGA--TTTCGTAAACCTTCGAGTTCATCTACTTTAATTT--TGTGTT
gi|113072                     :                                                    CT--------------------------GTAGGTATGATCAAT---GGACGCTGGT-GGG--CTA-GAA-TTACAGTGG--TTTCATCAACCTACCGGTTCGTCTACCTT-ATTT--TGTGT
gi|113071                     :                                                      --------------------------GCAGCT----TCAATTCCACACGCTG-T-GGC--CCACGGG-TGATGGTTG--TATTTTCAACCTACCAGTTTGTCTGCCTTAATTTAATGTG
gi|113064                     :                                              ggttggac--------------------------GCAGCT----TCAATTTCACACGCTG-T-GGC--CCAGGGG-TGATGGTTGCATTT--TCAACCTACCAGTTTGTCAGCCTTAATTT--CGTGTT
gi|113067                     :    gtttatgtttactccacacactgcgagtttgggtcttacgcctatcattccgctcaaccaatcattggaagtaaagacAGCT----TCAGTTACACACGCTG-T-GGC--CCACCGA-TGACTGTGG--TATTGTCAACCTACCAGTTTGTCTACCTTAAATT--TGTGTT
gi|113073                     :                                                  ttgtttccgctcaaccaaacattgaaagttaagtcgtgaagggtggactcACGCTGGT-GGA--CCA-GAA-TTACAATGG--TTTCGTCAACCTACCGGTTCGTCTACCTTAGTTT--
gi|113074                     :                                                                                                        TG-TAGGCTTCCTCGGG-TGACGGTGG--TTTTGTCAACCTACCAGTTCGTCTACCTTAAGTT--TGTGTT
gi|113075                     :                                                                                                                    ACAGG-TGACGGAGG--TTTCGTCAACCTACAAGTTCGTCTACCGTAATTT--TGTGTT
gi|113076                     :                                                                                                                    ACGGAATTACGGTGG--TTTCGTCAACCTACCAGTTCGTCTACTTTAATTT--
gi|113077                     :                                                                                                                    ATGGG-TGACG-TGG--TTTCGTCAACATAGCAGTTCGTCTACCTTAATTT--TGTGTT
gi|113079                     :                                                                                                                      GGG-TGACGGTGG--TTTCATCAACCTACCGGTTCGTTTACCTCGATTT--TGTTTT
gi|113078                     :                                                                                                                      GAG-TGATGGTGA--TTTCGTCTACCTACCGGTTCGTCTACCTTAATTT--AGTGTT
gi|113080                     :                                                                                                                      GGA-TTACAGTGG--TTTCGTCTACCTACCGGTTCGTCTACTTTAATTT--
gi|113081                     :                                                                                                                               GTGG--TTTCATCAACCTACCAGTTCGTCTACCTTAATTT--





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lowQualScore                  :                                                                                      1      111      1    6666 33333333333     33   9999999999999999       77777        888888       4 2   33       1         22                                  22      
lowQualScore                  :                                                                                      .      ...      .    .... ...........     ..   ................       .....        ......       . .   ..       .         ..                                  ..      
lowQualScore                  :                                                                                      0      777      2    5555 44444444444     99   4444444444444444       11111        222222       7 4   22       7         33                                  33      
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Reference ( family-727 )      :                                                                            GTTTATGTTCNCTCAAC---ACACTGCGAGT----T----CG-----GGTCC--GACT---------------GCAGCTT-----CAATTTCA------CACGCTG-T-GGC--CCACGGG-TGACGGTGG--TTTCGTCAACCTACCAGTTCGTCTACCTTAATTT--TGTGTT
gi|113058                     :                                                                            GTTTATGTTCTCTCAAC---ACACTGTGAGT----T----TG-----GGTCC--AACT---------------GTAGCTT-----CAATTTCA------CATGCTG-T-GGC--CCACGGG-TGATGGTGG--TTTCATCAACCTACCAGTTCATCTACTTTAATTT--TGTGTT
gi|113059                     :                                                                            GTTTATGTTCTCTCAAC---ACACTGTGAGT----T----TG-----GGTCC--GACT---------------GTTGCTT-----CAATTTCA------CATGCTG-T-GGC--CCACGAG-TGATGGTGG--TTTCATCAACCTACCAGTTCATCTACTTTAATTT--TGTGTT
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gi|113061                     :                                                                            GTTTATGTTCTCTCAAA---ACACTGTGAGT----T----TG-----GGTCC--GACT---------------GTAGTTT-----CAATTTCA------CATGCTT-T-GGC--CCACGGG-TGTTGGTGG--TTTCATCATCCTACCAGTTCATCTACTTTAATTT--TGTGTT
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gi|113063                     :                                                                            GTTTATTTTCGCTTCAC---ACATTGTAAGT----T----TG-----GGTCC--GACT---------------GCAGCTA-----CAATGTCA------AGCGCTG-T-AGT--CCACGGT-GGATGGTGA--TTTCGTTAACCTACCAGTTCATCTACTTTAATTT--TGTGTT
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gi|113064                     :                                                                                                                                --GAC----------------GCAGCTT-----CAATTTCA------CACGCTG-T-GGC--CCAGGGG-TGATGGTTGCATTT--TCAACCTACCAGTTTGTCAGCCTTAATTT--CGTGTTttacgcctatcattccgctcaaccaatcattggaagtaaagacgcagcttcaatttcacacgctgtggcccaggggtgatggttgcattttcaacctaccagtttgtcagccttaatttcgtgtt
gi|113065                     : gtttatgtttactccacacactgcgagtttgggtcttacgcctatcattccgctcaaccaatcattggaagtaaaGTTTGTGTTCGCTCCAC---ACACTGCGAAT----T----CG-----GGTCCAAAACTTAAAAGTAAAATTGAGAAGGTTGGACGCAGTTTCAGTTTACCACGCTG-T-TGC--CCACGGA-TGACAGTGG--TTTCGTTAACCTATCAGTTTGTCTACCTTAATTT--TGTGTT
gi|113066                     :                                                                              TCATTTCCGCTCAACCAAACATTGAAAGTATAGT----CGAGAA-GGTTG--GAC----------------GCAACTT-----CAATTTCA------CACGCTG-T-GGC--CGACGGG-TGAAGGTG-------GTCAACCTATCAGTTCGTCTACCTTAATTT--TGTGTT
gi|113067                     :                                                                              TTGTTTCCGCTCAACCAAACATTGAAAGT----TAAGTCGTGAAGGGTG---GACT----------------CAGCTT-----CAGTTACA------CACGCTG-T-GGC--CCACCGA-TGACTGTGG--TATTGTCAACCTACCAGTTTGTCTACCTTAAATT--TGTGTT
gi|113068                     :                                                                                ATGTTCTCTCAAC---ACACTGCAAGT----T----TG-----GGTCC--AACT---------------GTAACTT-----CAATTTCA------C--------------------G-TGATGGTGG--TTTCGTCAACCTACCAGTTCATCTACTTTAATTT--TGTGTT
gi|113069                     :                                                                                          AAC---ACACTTTGAGT----T-----G-----GGTCC--GACT---------------GTAGCTT-----CAATTTCA------CATGCTG-T-GGC--CCACGGG-TGACGGTGG--TTTCATCAACCTACCAATTCATCTACTTTAATTT--TGTTTT
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Reference ( family-727 )      :                                                                            GTTTATGTTCNCTCAAC---ACACTGCGAGT----T----CG-----GGTCC--GACT---------------GCAGCTT-----CAATTTCA------CACGCTG-T-GGC--CCACGGG-TGACGGTGG--TTTCGTCAACCTACCAGTTCGTCTACCTTAATTT--TGTGTT
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gi|113065                     : gtttatgtttactccacacactgcgagtttgggtcttacgcctatcattccgctcaaccaatcattggaagtaaaGTTTGTGTTCGCTCCAC---ACACTGCGAAT----T----CG-----GGTCCAAAACTTAAAAGTAAAATTGAGAAGGTTGGACGCAGTTTCAGTTTACCACGCTG-T-TGC--CCACGGA-TGACAGTGG--TTTCGTTAACCTATCAGTTTGTCTACCTTAATTT--TGTGTT
gi|113066                     :                                                                              TCATTTCCGCTCAACCAAACATTGAAAGTATAGT----CGAGAA-GGTTG--GAC----------------GCAACTT-----CAATTTCA------CACGCTG-T-GGC--CGACGGG-TGAAGGTG-------GTCAACCTATCAGTTCGTCTACCTTAATTT--TGTGTT
gi|113067                     :                                                                              TTGTTTCCGCTCAACCAAACATTGAAAGT----TAAGTCGTGAAGGGTG---GACT----------------CAGCTT-----CAGTTACA------CACGCTG-T-GGC--CCACCGA-TGACTGTGG--TATTGTCAACCTACCAGTTTGTCTACCTTAAATT--TGTGTT
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gi|113075                     :                                                                                                                                                                                                ACAGG-TGACGGAGG--TTTCGTCAACCTACAAGTTCGTCTACCGTAATTT--TGTGTT
gi|113076                     :                                                                                                                                                                                                ACGGAATTACGGTGG--TTTCGTCAACCTACCAGTTCGTCTACTTTAATTT--
gi|113077                     :                                                                                                                                                                                                ATGGG-TGACG-TGG--TTTCGTCAACATAGCAGTTCGTCTACCTTAATTT--TGTGTT
gi|113078                     :                                                                                                                                                                                                  GAG-TGATGGTGA--TTTCGTCTACCTACCGGTTCGTCTACCTTAATTT--AGTGTT
gi|113079                     :                                                                                                                                                                                                  GGG-TGACGGTGG--TTTCATCAACCTACCGGTTCGTTTACCTCGATTT--TGTTTT
gi|113080                     :                                                                                                                                                                                                  GGA-TTACAGTGG--TTTCGTCTACCTACCGGTTCGTCTACTTTAATTT--
gi|113081                     :                                                                                                                                                                                                           GTGG--TTTCATCAACCTACCAGTTCGTCTACCTTAATTT--


blockSeqs                     :                                                                                      T      CAA      T    ATAG AAGTCGTGAAG     AA   TTAAAAGTAAAATTGA       GGACG        GTTTAC       G A   TT       A         CA                                  AA
blockSeqs                     :                                                                                      T      CAA      T    .    CGAGAA          .    T                      .            .            G .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                      T      .        T    .    TG              .    T                      .            .            . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                      G      .        C    .    TG              .    T                      .            .            . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                      G      .        T    .    TG              .    T                      .            .            . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                      A      .        C    .    CG              .    T                      .            .            . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                      G      .        C    .    TG              .    T                      .            .            . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                      G      .        A    .    TG              .    T                      .            .            . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                      G      .        A    .    CG              .    T                      .            .            . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                      T      .        C    .    TG              .    T                      .            .            . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                             .        T    .    TG              .    .                      .            .            . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                                      C    .    G               .    .                      .            .            . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                .    .                      .            .            . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                      . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                      . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                      . .   .        .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                     .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                     .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                     .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                     .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                     .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                     .         .                                   . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                               .                                   . 


blockSeqCons                  :                                                                            
originalCons                  :                                                                            GTTTATGTTCNCTCAAC---ACACTGCGAGT----T----CG-----GGTCC--GACT---------------GCAGCTT-----CAATTTCA------CACGCTG-T-GGC--CCACGGG-TGACGGTGG--TTTCGTCAACCTACCAGTTCGTCTACCTTAATTT--TGTGTT
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Reference ( family-727 )      :                                                                            GTTTATGTTCNCTCAAC---ACACTGCGAGT----T----CG-----GGTCC--GACT---------------GCAGCTT-----CAATTTCA------CACGCTG-T-GGC--CCACGGG-TGACGGTGG--TTTCGTCAACCTACCAGTTCGTCTACCTTAATTT--TGTGTT
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gi|113081                     :                                                                                                                                                                                                           GTGG--TTTCATCAACCTACCAGTTCGTCTACCTTAATTT--