lowQualScore : 2222222222222222222222222 1111
lowQualScore : 6 4 888 4 55 888 8888888 4 4 3 5 5 3333333333333333333333333 0 22 1 2222 1 555555 77 7777 3333 1
lowQualScore : . . ... . .. ... ....... . . . . . ......................... . .. . .... . ...... .. .... .... .
lowQualScore : 0 3 888 1 22 888 7777777 4 4 6 7 5 1111111111111111111111111 3 55 6 7777 8 222222 55 7777 9999 8
consensus : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTA---TTGTCTTTAATGAA---AG-GTCAAAATATCTATGTTATGTAATAATGTTAT-TGCGTCTGTCTGCGTGT-TCTTTCTGTAT-TATNTTN---T---NAT-----CGA----G-TCTCT--CTCTCT--CGTCC-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCTT
Reference ( gi|147399 ) : ACTAATTGGCCTATCATAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAATGGTTTAATATCTCATTAATTGTTTA---TTGTCTTTAATAAA---AG-GTCAAAATATCTATGTTATGTAATAATGTTAT-TGCGTCTGTCTGCGTGT-TCTTTCTGTAT-TATGTTA---T---CAT-----CGA----G-TCTTT--CTCTTT--TGTCC-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCTT
gi|147401 : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTA---TTTTCTTTAATGAA---AG-GTCAAAATATCTATGTTATGTAATAATGTTAT-TGCGTCTGTCTGCGTGT-TCTTTCTGTAT-TATGTTC---T---AAT-----CGA----G-TCTTT--CTCTTT--TGTCC-TCTCTCTCT------ATTCC--TC-CTCTCTCT----AT----ATC-TCTTTCTCTCTCTCTT
gi|147403 : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTA---TTGTCTTTAATGAA---AG-GTCAAAATATTTATGTTATGTAATAATTTTAT-TGCGTCTGTCTGCGTGT-TCTTCCTGTAT-TATTTTC---T---AAT-----CGA----G-TCTTT--CTCTTT--TGTCC-TCTCTTTCT------CTCTCATTCCCTCCCTTTATTCCT----C-C-TCTGTCTATATCTCTT
gi|147400 : ACTTATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATATGTGTATAAAAGTATAAATGAATAATA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTA---TTGTCTTTAATGAA---AG-GTCAAAATATCTATGTTATGTAATAATGTTAT-TGCGTCTGTCTGCGTGT-TCTTCCTGTAT-TATTTTC---T---AAT-----CGA----G-TCTTT--CTCTTT--TGTCC-TCTCTTTCT------CTCTCATTCTCTCTCTTTATTCCT----C-C-TCTGTCTATATCTCTT
gi|147404 : ACTAATTGGTCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTCTAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTAATTAATCGTTTT---TTGTCTTTAATGAA---AG-GTCAAAATATCTATGTTATGTAATAATGTTAT-TGCGTCTGTCTGCGTGT-TCTTTCTGTAC-TATGTTC---T---AAT-----CGA----G-TCTTT--CTCTTT--TGTCC-TCTCTCTCT------ATTCC--TC-CTCTGTCT----AT----ATC-TTTTTCCTTTTCTCTT
gi|147406 : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCANNNNNNNNNNA---------------------G-GTCAAAATAGCTATGTTATGTAATAATGTTAT-TGCGTCTGTCTGCGTGT-TCTTTCTGTAT-TATGTTC---T---AAT-----CGA----A-TCTTT--CTCTTT--TGTCC-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCT
gi|147405 : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTAAATATCTCAATAAACGTTTA---TTTTCTTTAATGAA---AG-GTCAAAATATCTATGTTATGTAATAATGTTAT-TGCGTCTGTCTGCGTGT-TCTTTCTGTAT-TATTTTC---T---AAT-----CGA----G-TCTTT--CTCTTT--TGTCC-TCTCTTTCT------CTCTC--TTTATTCCTC-----CT----CTG-TCTATATCTCTTTATT
gi|147402 : ACTTATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAAACGTTTA---TTGTCTTTAATGAA---AG-GTCAAAATATCTATGTTATGTAAAAATGTTAT-TGCATCCGTCTGCGTGT-TCTTCCTGTAT-TATTTTC---T---AAT-----CGA----G-TCTTT--CTCTTT--TGTCC-TCTCTTTCT------CTCTCATTCTTTCTCTCT----TTATTCCTCATCTGTCTATATCTCTTtctatctt
gi|147407 : ATTAATGAATAATACTTAAT--AAAATTGTTTAAAACAGTATCA--TGTATAAAATTGT--TTAA-AAC---AGTATCATG-TATGTATGT-ATGTA----TGT-ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT------------------GT----G-TCTCT--CTCTTT--CTTTC-TCTCTATCTGTCTGTCTCTC--TTTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCTtctctct
gi|147408 : cgtgacgtatatatttatacgttttaTGTCTTTAA-ACATTTGG-ATCTAGA-ATC-ATGGTATGTAACAGTGTTA----CGT--GTC---GAAT-T-------TAT-CAT-TTAAACC---CAT-----C--------TCTCT--CTCT--------C-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCctctt
gi|147410 : GTCTGTCTGATTGT--CTGTCTGT-T-TCTCTC----T---CTT-----CCA----T-CCTCT--CTCTTC--CATCC-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCT
gi|147412 : -TCTTTCTGTAT-TTTTTTG---C---TATTTCTCCGC----CCTCTCT--CTCTCT--CTTTC-TCTTTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCT
gi|147415 : TGTATATATATT--------CAT-----CTCTCT-G-TCTCT--GTCTCTG-TGTCTGTCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCT
gi|147416 : tgtatataT-TATGTCA---T----AT-----AAACTTCG-TCTCT--CTCTCT--C--TC-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCT
gi|147409 : T-TATAT-A---T---CAT-----T--------TCTCTACCTCTTT--CTTTC-TCCCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCT
gi|147419 : aatgtcacatctattctatatatattttttataatcattttGTTA---TAAATAT-----AAA----G-CCTCT--CTCT--------C-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTTTCTCTCTCTT
gi|147420 : TTA---T---AAT------GA----T-TCTCT--CTCTCT------C-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTC
gi|147411 : TTA---T---TGTA----CAA----G-TCTCT--CTCTCT--CTCTC-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTG-TCTCTCTCTCTCTCT
gi|147421 : ttattcccacaAT-----CAA----C-TCTCT--CTCTCT--CTCTC-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCTctct
gi|147413 : GA----T-TCTCT--CTCTCT--CTCTC-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCTct
gi|147418 : tctctgtatataaaatataaattgtgca-TCTTT--CTCTTTGTCGTTC-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCT
gi|147414 : gttctaat-TCTCT--CTCTCT--CTCTC-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCT
gi|147417 : ttctatatcattcgatttacagatcaaacaaactcT--CTCTCT--CCCCC-TCTCTCTCT------CTCTC--TCTCTCTCTCT----CT----CTC-TCTCTCTCTCTCTCT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|147422 ): TCTCTCTCTCTCTCTCTTCCTCTCTTTCTCTCTCTT
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 3 777 11111 4 4 4 3 3 3 3 4 2 6666 66666 1 1 22 777 22 1 22 44 7777
lowQualScore : . ... ..... . . . . . . . . . .... ..... . . .. ... .. . .. .. ....
lowQualScore : 0 888 11111 4 4 0 6 1 1 1 0 0 7777 77777 8 8 55 333 44 7 44 88 7777
consensus : ACTAATTGGCCTATCGTAAANTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAATGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATNTTCTA---AT-----CGAG-TCTC-T--CTCTCT-CGTC--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
Reference ( family-721 ) : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAATGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATNTTNTN---AT-----CGAG-TCTC-T--CTCTCT-CGTC--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
gi|147399 : ACTAATTGGCCTATCATAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAATGGTTTAATATCTCATTAATTGTTTAT-----TGTCTTTAATAAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGTTATC---AT-----CGAG-TCTT-T--CTCTTT-TGTC--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
gi|147400 : ACTTATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATATGTGTATAAAAGTATAAATGAATAATA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAATGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTTTCTA---AT-----CGAG-TCTT-T--CTCTTT-TGTC--C-TCTCTTTCTCTC--TCATTCTCTCTCTTTATTCCTC-CTCTGTCTATATCTCTT
gi|147401 : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TTTCTTTAATGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGTTCTA---AT-----CGAG-TCTT-T--CTCTTT-TGTC--C-TCTCTCTCTATT--CC--TC-CTCTCTCT----ATATCTCTTTCTCTCTCTCTT
gi|147402 : ACTTATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAAACGTTTAT-----TGTCTTTAATGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-AAAATGTTAT-TGCATCCGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTTTCTA---AT-----CGAG-TCTT-T--CTCTTT-TGTCCTC-TCTTTCTCTCTCATTC--TTTCTCTCT
gi|147403 : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAATGAAAGGTCAAAAT-ATTTATGTTATGTA-ATAATTTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTTTCTA---AT-----CGAG-TCTT-T--CTCTTT-TGTC--C-TCTCTTTCTCTC--TCATTCCCTCCCTTTATTCCTC-CTCTGTCTATATCTCTTttattcctcatctgtctatatctctttctctct
gi|147404 : ACTAATTGGTCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTCTAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTAATTAATCGTTTTT-----TGTCTTTAATGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-C-TATGTTCTA---AT-----CGAG-TCTT-T--CTCTTT-TGTC--C-TCTCTCTCTATT--CC--TC-CTCTGTCT----ATATCTTTTTCCTTTTCTCTT
gi|147405 : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTAAATATCTCAATAAACGTTTAT-----TTTCTTTAATGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTTTCTA---AT-----CGAG-TCTT-T--CTCTTT-TGTC--C-TCTCTTTCTCTC--TC--TTTATTCCTC-----CTCTGTCTATATCTCTTTATT
gi|147406 : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCANNNNNNNNNNA--------------------GGTCAAAAT-AGCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGTTCTA---AT-----CGAA-TCTT-T--CTCTTT-TGTC--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTtctatctt
gi|147407 : ATTAATGAATAATACTTAAT--AAAATTGTTTAAAA---CAGTA-TCATGTATAAAATTGT--TTAA--AACAGT----ATCATGTATGT-ATGTATGTA-TGT-ATGTGTGTGTGT-GTGTGTGTGTGTGTGTGTG-TGTGTGT---------------GTG-TCTC-T--CTCTTT-CTTT--C-TCTCTATCTGTC--TG--TCTCTCTTTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147408 : cgtgacgtatatatttatacgtttta--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTctctctctctt
gi|147409 : tgtctttaaacatttggatctagaatcatggtatgtaacagtgttacgtgtcgaatttatcatttaaacccatAATGTCA----CATCTATTCTATATAT-ATTTTTTATAAT-CATTTTTTATATAT-----CATT-TCTC-TACCTCTTT-CTTT--C-TCCCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTc
gi|147410 : GTCTGT-CTGATTGT--CTGTCTGT--T-TCTCT-CTC---TT-----CCAT-CCTC-T--CTCTTC-CATC--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147411 : T-TATTCCCACA-T-TAT--TGTA----------CAAG-TCTC-T--CTCTCT-CTCT--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTGTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147412 : -TCTTTCTGTA-T-TTTTTTGCT---ATTTCTCCGCCCTCTC-T--CTCTCT-CTTT--C-TCTTTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTctct
gi|147413 : GAT-TCTC-T--CTCTCT-CTCT--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147414 : tctctgtatataaaatataaattgtgca-TCTC-T--CTCTCT-CTCT--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147415 : ttctatatcattcgatttacagatcaaacaaacG-TCTC-T--GTCTCTGTGTC--TGTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTct
gi|147416 : tgtatatatgtatatatattcatctctctG-TCTC-T--CTCTCT-C--T--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147417 : ttatgtcatataaacttcAA-TCTCAT--CTCTCT-CCCC--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147418 : atgtataactc-TTTC-T--CTTTGT-CGTT--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147419 : gttctaattcAG-CCTC-T--CTCTCT-------C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTTTCTCTCTCT
gi|147420 : gttataaatataaTTATA---AT------GAT-TCTC-T--CTCTCT-------C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCt
gi|147421 : ---AT-----CAAC-TCTC-T--CTCTCT-CTCT--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|147422 ): TCTCTCTCTCTCTCTCTTCCTCTCTTTCTCTCTCTT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 11111111
lowQualScore : 1 777 00000 00000 4 4 3 3 2 2 5 3 55 22 777 4444 66666 333 1 22 22222222 1 22 44 7777
lowQualScore : . ... ..... ..... . . . . . . . . .. .. ... .... ..... ... . .. ........ . .. .. ....
lowQualScore : 0 888 00000 00000 0 0 6 3 9 5 0 4 33 33 444 5555 77777 000 7 44 11111111 7 44 88 7777
consensus : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGA---G-T---CTC-T--CTCTCT--CGTC--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
Reference ( family-721 ) : ACTAATTGGCCTATCGTAAANTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATNT--T-CTA---AT----CGA---G-T---CTC-T--CTCTCT--CGTC--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
gi|147399 : ACTAATTGGCCTATCATAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAATGGTTTAATATCTCATTAATTGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TAAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGT--T-ATC---AT----CGA---G-T---CTT-T--CTCTTT--TGTC--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
gi|147400 : ACTTATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATATGTGTATAAAAGTATAAATGAATAATA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGA---G-T---CTT-T--CTCTTT--TGTC--C-TCTCTTTCTCTC--TCATTCTCTCTCTTTATTCCTC-CTCTGTCTATATCTCTT
gi|147401 : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TTTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGT--T-CTA---AT----CGA---G-T---CTT-T--CTCTTT--TGTC--C-TCTCTCTCTATT--CC--TC-CTCTCTCT----ATATCTCTTTCTCTCTCTCTT
gi|147402 : ACTTATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAAACGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-AAAATGTTAT-TGCATCCGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGA---G-T---CTT-T--CTCTTT--TGTCCTC-TCTTTCTCTCTCATTC--TTTCTCTCT
gi|147403 : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATTTATGTTATGTA-ATAATTTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGA---G-T---CTT-T--CTCTTT--TGTC--C-TCTCTTTCTCTC--TCATTCCCTCCCTTTATTCCTC-CTCTGTCTATATCTCTTttattcctcatctgtctatatctctttctctct
gi|147404 : ACTAATTGGTCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTCTAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTAATTAATCGTTTTT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-C-TATGT--T-CTA---AT----CGA---G-T---CTT-T--CTCTTT--TGTC--C-TCTCTCTCTATT--CC--TC-CTCTGTCT----ATATCTTTTTCCTTTTCTCTT
gi|147405 : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTAAATATCTCAATAAACGTTTAT-----TTTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGA---G-T---CTT-T--CTCTTT--TGTC--C-TCTCTTTCTCTC--TC--TTTATTCCTC-----CTCTGTCTATATCTCTTTATT
gi|147406 : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCANNNNNNNNNNA-------------------------GGTCAAAAT-AGCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGT--T-CTA---AT----CGA---A-T---CTT-T--CTCTTT--TGTC--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTtctatctt
gi|147407 : CGTGACGTATATATTTATACGTTT---TAA-----TTAATGAATAATACTTAAT--AAAATTGTTTAAAA---CAGTA-TCATGTATAAAATTGT--TTAA-------AACAGT----ATCATGTATGT-ATGTATGTA-TGT-ATGTGTGTGTGT-GTGTGTGTGTGTGTGTGTG-TGTGTGT-----------------GT---G-T---CTC-T--CTCTTT--CTTT--C-TCTCTATCTGTC--TG--TCTCTCTTTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147408 : -----TGTCTTTAAACATTTG---GATCTAGA--ATC-ATGGTATGTA-ACAGTGTTA----CGT--GT-C---GAAT-T-------TA-T-CATTT--A---A---AC----CCA-----T---CTC-T--CTCTCT--------C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCctctctctctt
gi|147409 : AATGTCA----CATCTATTCTATATAT-ATTTTTTATAAT-CATTT--T-TTATATAT----CAT---T-T---CTC-TACCTCTTT--CTTT--C-TCCCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147410 : GTCTGT-CTGATTGT--CTGTCTGT--T-TCTCTC-T-CT-----T----CCA---T-C---CTC-T--CTCTTC--CATC--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147411 : T-TATTCCCACA-T-TAT----T-GTA---------CAA---G-T---CTC-T--CTCTCT--CTCT--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTGTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147412 : -TCTTTCTGTA-T-TTTTT--TGCTA---TTTCTCCGC---CCT---CTC-T--CTCTCT--CTTT--C-TCTTTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTctct
gi|147413 : GA---T-T---CTC-T--CTCTCT--CTCT--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147414 : tctctgtatataaaatataaattgtgcaTTCTATA-T-CATTCGAT-TTACAGAT----CAA---A-CAAACTC-T--CTCTCT--CTCT--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147415 : TGTA-TATATAT--T-C-----AT----CTCTCTG-T---CTC-T--GTCTCTG-TGTC--TGTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTctct
gi|147416 : tgtatata---G-T---CTC-T--CTCTCT--C--T--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147417 : ttatgtcatataaacttcA---A-T---CTCAT--CTCTCT--CCCC--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147418 : atgtataactcT--T-CTA---AT------------T---CTT-T--CTCTTTGTCGTT--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147419 : gA---G-C---CTC-T--CTCTCT--------C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTTTCTCTCTCT
gi|147420 : gttataaatataaT--T-ATA---AT-----GA---T-T---CTC-T--CTCTCT--------C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCt
gi|147421 : ---AT----CAA---C-T---CTC-T--CTCTCT--CTCT--C-TCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|147422 ): TCTCTCTCTCTCTCTCTTCCTCTCTTTCTCTCTCTT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 11111111
lowQualScore : 1 777 00000 00000 4 4 3 3 2 2 5 0 33 7777777 4444 999999 1 22 11111111 22 44 7777
lowQualScore : . ... ..... ..... . . . . . . . . .. ....... .... ...... . .. ........ .. .. ....
lowQualScore : 1 888 00000 00000 0 0 6 3 9 5 0 1 11 9999999 5555 000000 7 44 88888888 44 88 7777
consensus : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTC-T--CTCTCT--CGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
Reference ( family-721 ) : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTC-T--CTCTCT--CGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
gi|147399 : ACTAATTGGCCTATCATAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAATGGTTTAATATCTCATTAATTGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TAAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGT--T-ATC---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
gi|147400 : ACTTATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATATGTGTATAAAAGTATAAATGAATAATA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTTTCTCTC--TCATTCTCTCTCTTTATTCCTC-CTCTGTCTATATCTCTT
gi|147401 : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TTTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTCTCTATT--CC--TC-CTCTCTCT----ATATCTCTTTCTCTCTCTCTT
gi|147402 : ACTTATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAAACGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-AAAATGTTAT-TGCATCCGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTCCTCTCTTTCTCTCTCATTC--TTTCTCTCT
gi|147403 : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATTTATGTTATGTA-ATAATTTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTTTCTCTC--TCATTCCCTCCCTTTATTCCTC-CTCTGTCTATATCTCTTttattcctcatctgtctatatctctttctctct
gi|147404 : ACTAATTGGTCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTCTAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTAATTAATCGTTTTT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-C-TATGT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTCTCTATT--CC--TC-CTCTGTCT----ATATCTTTTTCCTTTTCTCTT
gi|147405 : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTAAATATCTCAATAAACGTTTAT-----TTTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTTTCTCTC--TC--TTTATTCCTC-----CTCTGTCTATATCTCTTTATT
gi|147406 : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCANNNNNNNNNNA-------------------------GGTCAAAAT-AGCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGT--T-CTA---AT----CGAA-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTtctatctt
gi|147407 : CGTGACGTATATATTTATACGTTT---TAA-----TTAATGAATAATACTTAAT--AAAATTGTTTAAAA---CAGTA-TCATGTATAAAATTGT--TTAA-------AACAGT----ATCATGTATGT-ATGTATGTA-TGT-ATGTGTGTGTGT-GTGTGTGTGTGTGTGTGTG-TGTGTGT-----------------GTG-----TCTC-T--CTCTTT--CTTT--CTCTCTATCTGTC--TG--TCTCTCTTTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147408 : -----TGTCTTTAAACATTTG---GATCTAGA--ATC-ATGGTATGTA-ACAGTGTTA----CGT--GT-C---GAAT-T-------TA-T-CATTT--A---A---AC----CCA------TCTC-T--CTCTCT--------CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCctctctctctt
gi|147409 : AATGTCA----CATCTATTCTATATAT-ATTTTTTATAAT-CATTT--T-TTATATAT----CATT-----TCTC-TACCTCTTT--CTTT--CTCCCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147410 : GTCTGT-CTGATTGT--CTGTCTGTT-T-CTCTC--T-CT-----T----CCAT-----CCTC-T--CTCTTC--CATC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147411 : T-TATTCCCACA-T-TATTG--T-------A-----CAAG-----TCTC-T--CTCTCT--CTCT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTGTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147412 : -TCTTTCTGTA-T-TTTTT--TGCTA---TTTCTCCGCCC----TCTC-T--CTCTCT--CTTT--CTCTTTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTctct
gi|147413 : GAT-----TCTC-T--CTCTCT--CTCT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147414 : tctctgtatataaaatataaattgtgcaTTCTATA-T-CATTCGAT-TTACAGAT----CAAACAAACTCTC-T--CTCTCT--CTCT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147415 : TGTA-TATATAT--T-C-----AT----C--------TCTC-T--GTCTCT---GTC---TCTGTGTCTGTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTct
gi|147416 : tgtatataG-----TCTC-T--CTCTCT--C--T--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTctctctctct
gi|147417 : ttatgtcatataaacttcAA-----TCTCAT--CTCTCT--CCCC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147418 : atgtataactcT--T-CTA---AT-------------TCTT-T--CTCTTTGTCGTT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147419 : gAG-----CCTC-T--CTCTCT--------CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTTTCTCTCTCT
gi|147420 : gttataaatataaT--T-ATA---AT-----GAT-----TCTC-T--CTCTCT--------CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCt
gi|147421 : ---AT----CAAC-----TCTC-T--CTCTCT--CTCT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|147422 ): TCTCTCTCTCTCTCTCTTCCTCTCTTTCTCTCTCTT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 11111111
lowQualScore : 1 777 00000 00000 4 4 3 3 2 2 5 0 33 7777777 4444 999999 1 22 11111111 22 44 7777
lowQualScore : . ... ..... ..... . . . . . . . . .. ....... .... ...... . .. ........ .. .. ....
lowQualScore : 1 888 00000 00000 0 0 6 3 9 5 0 1 11 9999999 5555 000000 7 44 88888888 44 88 7777
consensus : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTC-T--CTCTCT--CGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
Reference ( family-721 ) : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTC-T--CTCTCT--CGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
gi|147399 : ACTAATTGGCCTATCATAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAATGGTTTAATATCTCATTAATTGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TAAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGT--T-ATC---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
gi|147400 : ACTTATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATATGTGTATAAAAGTATAAATGAATAATA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTTTCTCTC--TCATTCTCTCTCTTTATTCCTC-CTCTGTCTATATCTCTT
gi|147401 : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TTTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTCTCTATT--CC--TC-CTCTCTCT----ATATCTCTTTCTCTCTCTCTT
gi|147402 : ACTTATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAAACGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-AAAATGTTAT-TGCATCCGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTCCTCTCTTTCTCTCTCATTC--TTTCTCTCT
gi|147403 : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATTTATGTTATGTA-ATAATTTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTTTCTCTC--TCATTCCCTCCCTTTATTCCTC-CTCTGTCTATATCTCTTttattcctcatctgtctatatctctttctctct
gi|147404 : ACTAATTGGTCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTCTAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTAATTAATCGTTTTT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-C-TATGT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTCTCTATT--CC--TC-CTCTGTCT----ATATCTTTTTCCTTTTCTCTT
gi|147405 : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTAAATATCTCAATAAACGTTTAT-----TTTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTTTCTCTC--TC--TTTATTCCTC-----CTCTGTCTATATCTCTTTATT
gi|147406 : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCANNNNNNNNNNA-------------------------GGTCAAAAT-AGCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGT--T-CTA---AT----CGAA-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTtctatctt
gi|147407 : CGTGACGTATATATTTATACGTTT---TAA-----TTAATGAATAATACTTAAT--AAAATTGTTTAAAA---CAGTA-TCATGTATAAAATTGT--TTAA-------AACAGT----ATCATGTATGT-ATGTATGTA-TGT-ATGTGTGTGTGT-GTGTGTGTGTGTGTGTGTG-TGTGTGT-----------------GTG-----TCTC-T--CTCTTT--CTTT--CTCTCTATCTGTC--TG--TCTCTCTTTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147408 : -----TGTCTTTAAACATTTG---GATCTAGA--ATC-ATGGTATGTA-ACAGTGTTA----CGT--GT-C---GAAT-T-------TA-T-CATTT--A---A---AC----CCA------TCTC-T--CTCTCT--------CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCctctctctctt
gi|147409 : AATGTCA----CATCTATTCTATATAT-ATTTTTTATAAT-CATTT--T-TTATATAT----CATT-----TCTC-TACCTCTTT--CTTT--CTCCCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147410 : GTCTGT-CTGATTGT--CTGTCTGTT-T-CTCTC--T-CT-----T----CCAT-----CCTC-T--CTCTTC--CATC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147411 : T-TATTCCCACA-T-TATTG--T-------A-----CAAG-----TCTC-T--CTCTCT--CTCT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTGTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147412 : -TCTTTCTGTA-T-TTTTT--TGCTA---TTTCTCCGCCC----TCTC-T--CTCTCT--CTTT--CTCTTTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTctct
gi|147413 : GAT-----TCTC-T--CTCTCT--CTCT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147414 : tctctgtatataaaatataaattgtgcaTTCTATA-T-CATTCGAT-TTACAGAT----CAAACAAACTCTC-T--CTCTCT--CTCT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147415 : TGTA-TATATAT--T-C-----AT----C--------TCTC-T--GTCTCT---GTC---TCTGTGTCTGTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTct
gi|147416 : tgtatataG-----TCTC-T--CTCTCT--C--T--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTctctctctct
gi|147417 : ttatgtcatataaacttcAA-----TCTCAT--CTCTCT--CCCC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147418 : atgtataactcT--T-CTA---AT-------------TCTT-T--CTCTTTGTCGTT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147419 : gAG-----CCTC-T--CTCTCT--------CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTTTCTCTCTCT
gi|147420 : gttataaatataaT--T-ATA---AT-----GAT-----TCTC-T--CTCTCT--------CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCt
gi|147421 : ---AT----CAAC-----TCTC-T--CTCTCT--CTCT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
blockSeqs : T CTT AAAAT ACATT C T G T G A G GA TTATAT TCTC ACAAAC A AC TGTCCT AT AT ATTC
blockSeqs : G . . . . . . . . . A . TTACAG . CC . . GTCGTT . AT ATTC
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . GCTA . G . . TGTC . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . CTA . G . . TGTC . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . CTA . G . . TGTC . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . CTA . G . . TGTC . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . CTA . G . . TGTC . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . CTA . G . . TGTC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CTA . A . . CTTT . . .
blockSeqs : . . . . . . CTA . G . . CTTT . . .
blockSeqs : . . . . . CTA . T . . CATC . . .
blockSeqs : . . . . ATA . T . . CTCT . . .
blockSeqs : . . . . CT . G . . CTTT . . .
blockSeqs : . . . A . T . . CTCT . . .
blockSeqs : . . . C . G . . CTCT . . .
blockSeqs : . . . A . . CCCC . . .
blockSeqs : . . . G . . CTCT . . .
blockSeqs : . T . . GTC . . .
blockSeqs : C . . CT . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTC-T--CTCTCT--CGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
finalCons : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTC-T--CTCTCT--CGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|147422 ): TCTCTCTCTCTCTCTCTTCCTCTCTTTCTCTCTCTT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 11111111
lowQualScore : 1 777 00000 00000 4 4 3 3 2 2 5 0 33 7777777 4444 999999 1 22 11111111 22 44 7777
lowQualScore : . ... ..... ..... . . . . . . . . .. ....... .... ...... . .. ........ .. .. ....
lowQualScore : 1 888 00000 00000 0 0 6 3 9 5 0 1 11 9999999 5555 000000 7 44 88888888 44 88 7777
consensus : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTC-T--CTCTCT--CGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
Reference ( family-721 ) : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTC-T--CTCTCT--CGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
gi|147399 : ACTAATTGGCCTATCATAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAATGGTTTAATATCTCATTAATTGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TAAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGT--T-ATC---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTT
gi|147400 : ACTTATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATATGTGTATAAAAGTATAAATGAATAATA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTTTCTCTC--TCATTCTCTCTCTTTATTCCTC-CTCTGTCTATATCTCTT
gi|147401 : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TTTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTCTCTATT--CC--TC-CTCTCTCT----ATATCTCTTTCTCTCTCTCTT
gi|147402 : ACTTATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAAACGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-AAAATGTTAT-TGCATCCGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTCCTCTCTTTCTCTCTCATTC--TTTCTCTCT
gi|147403 : ACTAATTGGCCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCATTAATCGTTTAT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATTTATGTTATGTA-ATAATTTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTCCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTTTCTCTC--TCATTCCCTCCCTTTATTCCTC-CTCTGTCTATATCTCTTttattcctcatctgtctatatctctttctctct
gi|147404 : ACTAATTGGTCTATCGTAAAGTATTCATTGATATGTGTGTCTAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTAATTAATCGTTTTT-----TGTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-C-TATGT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTCTCTATT--CC--TC-CTCTGTCT----ATATCTTTTTCCTTTTCTCTT
gi|147405 : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTAAATATCTCAATAAACGTTTAT-----TTTCTTTAA-----TGAAAGGTCAAAAT-ATCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATTT--T-CTA---AT----CGAG-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTTTCTCTC--TC--TTTATTCCTC-----CTCTGTCTATATCTCTTTATT
gi|147406 : ACTAATTGGCCTATCGTAAATTATTCATTGATATGTGTGTATAAAAGTATAAATGAATAGTA---AATTTATAGTGGTTTAATATCTCANNNNNNNNNNA-------------------------GGTCAAAAT-AGCTATGTTATGTA-ATAATGTTAT-TGCGTCTGT-CTGCGTGT-TCTTTCTGTA-T-TATGT--T-CTA---AT----CGAA-----TCTT-T--CTCTTT--TGTC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTtctatctt
gi|147407 : CGTGACGTATATATTTATACGTTT---TAA-----TTAATGAATAATACTTAAT--AAAATTGTTTAAAA---CAGTA-TCATGTATAAAATTGT--TTAA-------AACAGT----ATCATGTATGT-ATGTATGTA-TGT-ATGTGTGTGTGT-GTGTGTGTGTGTGTGTGTG-TGTGTGT-----------------GTG-----TCTC-T--CTCTTT--CTTT--CTCTCTATCTGTC--TG--TCTCTCTTTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147408 : -----TGTCTTTAAACATTTG---GATCTAGA--ATC-ATGGTATGTA-ACAGTGTTA----CGT--GT-C---GAAT-T-------TA-T-CATTT--A---A---AC----CCA------TCTC-T--CTCTCT--------CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCctctctctctt
gi|147409 : AATGTCA----CATCTATTCTATATAT-ATTTTTTATAAT-CATTT--T-TTATATAT----CATT-----TCTC-TACCTCTTT--CTTT--CTCCCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147410 : GTCTGT-CTGATTGT--CTGTCTGTT-T-CTCTC--T-CT-----T----CCAT-----CCTC-T--CTCTTC--CATC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147411 : T-TATTCCCACA-T-TATTG--T-------A-----CAAG-----TCTC-T--CTCTCT--CTCT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTGTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147412 : -TCTTTCTGTA-T-TTTTT--TGCTA---TTTCTCCGCCC----TCTC-T--CTCTCT--CTTT--CTCTTTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTctct
gi|147413 : GAT-----TCTC-T--CTCTCT--CTCT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147414 : tctctgtatataaaatataaattgtgcaTTCTATA-T-CATTCGAT-TTACAGAT----CAAACAAACTCTC-T--CTCTCT--CTCT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147415 : TGTA-TATATAT--T-C-----AT----C--------TCTC-T--GTCTCT---GTC---TCTGTGTCTGTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTct
gi|147416 : tgtatataG-----TCTC-T--CTCTCT--C--T--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTctctctctct
gi|147417 : ttatgtcatataaacttcAA-----TCTCAT--CTCTCT--CCCC--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147418 : atgtataactcT--T-CTA---AT-------------TCTT-T--CTCTTTGTCGTT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
gi|147419 : gAG-----CCTC-T--CTCTCT--------CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTTTCTCTCTCT
gi|147420 : gttataaatataaT--T-ATA---AT-----GAT-----TCTC-T--CTCTCT--------CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCt
gi|147421 : ---AT----CAAC-----TCTC-T--CTCTCT--CTCT--CTCTCTCTCTCTC--TC--TCTCTCTCTCT----CTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|147422 ): TCTCTCTCTCTCTCTCTTCCTCTCTTTCTCTCTCTT