lowQualScore : 11111111111 1 22222 3 111111111 2222222222
lowQualScore : 22222222222 444 333 3 0 1 44444 22222 6 4 6 5 777777777 4 1111111111 5
lowQualScore : ........... ... ... . . . ..... ..... . . . . ......... . .......... .
lowQualScore : 77777777777 000 333 1 5 8 88888 99999 8 4 2 4 888888888 2 9999999999 0
consensus : ATATAACAAGTAACC-----N-----CAGTTACCAAAGG--CATA---TAGCGGGTTACAAA-TGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-TACATTTTGTGCCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTNATGTG---------TTTCATNAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
Reference ( gi|124081 ) : ATATAACAAGTAACC-----T-----CAGTTACCAAAGG--TATA---TAACGGGATACAAA-TGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-TAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATACTTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124082 : ATATAACAAGTAACC-----T-----CAGTTACCAAAGG--TATA---TAACGGGATACAAA-TGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-TAC-TTTTGTGTCAAATCTTTTTTT-GTTTAGGGAATAAGTTGCAACCAAATA-TTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124078 : ATATAACAAGTAACC-----T-----TAGTTACCAAAGG--TATA---TAATGGGATACAAA-TGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-TAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCATCAAATA-TTTTTAATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124084 : aaATATAACAAGTAACC-----T-----CAGTTACAAAAGG--TATA---TAACGGGATACAAAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGCTGC-TAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATATTTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTCTTTTTTAAATGGTA
gi|124083 : ATATAACAAGTAACC-----T-----CAGTTACCAAAGG--TATA---TAACGGGATACAAA-TGGACTT-----ACTTTTGCAGA-GTGC-TAC-TTTTGTGTCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCCCCAAATA-TTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTAAATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTAAAGTGGTAa
gi|124085 : ATATAACAAGTAACC-----T-----CAGTTACCAAAGG--TATA---TAGCAGGATACAAA-TGGACTT-----ACTTGTGCAGAAGTGC-TAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTAATGTG---------TTTCA-AAATTATGTATCAGTGCAACAGTCTGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124086 : ATATAACAAGTTACC-----T-----CAGTTACCAAAGG--TATA---AAGCGGTATACTAA-TAGACTT-----ACTTATGAAGAGGTGC-TGC-TTTTGTGTCAAATCTTTTTTT-GTTTAGGGAATAAATTACCATCAAATA-TTTTTAATGTG---------TTTCACAAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAATGGTA
gi|124087 : ATATAACAAGTAACC-----T-----CAGTTA----------------TAGCAGGATACAAA-TGGACTTTATATACTTGTGCAGAGGTGC-TAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTATGGAATAAATTGTCACCAAATA-TTTTAAATGTG---------TTTCATAAATTATATATCAG----------CGTAATAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124079 : ATATAACAAGTAACC-----A-----CAGTTACCAAAGG--CATA---TAGTGGGTTACAAA-TGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGC--ACATTTTGGGCC--ATATATGTTCAGTTTAAACCACCATTTGTCCCAAAATA-TTATTTAAGTGGTGTAAGAATTTCATCA---ATATACCAaa
gi|124088 : aaACATAACAAGTAGCC-----T-----CGGTTACCAAAGG--CATA---TAGTGGGTTACAAA-TGGACTT-----ACTTGTGTAGAGGTGC--ACATTTTG
gi|124089 : ATATAACAAGTAACC-----A-----CAGTTACCAAAGG--CATA---TAGTGGGTTACAAA-TGTACTT-----ACTTCTACAGAGGTGC--ACATTTTTTGgaccatat
gi|124090 : ATATAACAAATAACC-----A-----CAGTTACCTAAGA--CATA---TAGTGGGTTACAAA-TGGACTG-----AATTGTACAGAGATGC--ACATTTTGGGCCATAT
gi|124080 : ATGTAGCAAGTAACCACAGTTAGCCACAGTTACCAAAGACATATA---TAGCAGGTTACAAA-CGGACAT-----ACTTGTGCAGAGGTGCACAT-TTTTG
gi|124091 : aaatATATAACCAGTAACA-----C-----TAGTTACCAAAGG--CATA---TAGTGGGTTACAAA-TGGACgccttat
gi|124094 : ATGTAACAAGTAACA-----A-----CAGTTACTAAAGA--CATAATTTAGCGGG-------------TT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ATT-TTTTGGGCCATAT
gi|124093 : ATATATTAAGCAACC-----C-----TAGTTACCAAAGG--CATA---TAGTGGGTTACAAA-TGGAC
gi|124092 : ATATATCAAGTAAAC-----A-----TAGTTACCAAAGG--CATA---TAGTGGGTTACAAA-TGGAC
gi|124095 : ACAACAATTAACC-----A-----CAGTTACCAAAGA--CATA---TAGTGGGTTACAAA-TGGACAT-----ACTTTTGCAGATGTG--TACATTTTGGGTCATAT
gi|124096 : AAGTAACC-----T-----CAGTTACCAAAGG--CATA---TAGTGGGTTACAAA-TGGACTC-----ACTTGTGCAGAGGTGC--ACATTTTGTGCCATATCTAT
gi|124097 : AGTAACC-----A-----CAATTACCTAAGG--CATA---CAGTAGGTTACAAA-TGAACTT-----ACTTGTCCAGAAGTGC--ACATTTTTTGCCATATCTATatcaatctattgaactaat
gi|124098 : TACCAAAGG--CATA---TAGTGGGTAACAAA-TGGACTC-----ACTTGTGCAGAGGTGC--ACATTTTGTGCCATAT
gi|124099 : TACCAAAGG--CATG---CAGTGGG---------------------CTTGTGCAGAGGTGC-GCA-TTTTGGGCCATATCTATTT
gi|124100 : TACAAA-TGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-TAC-TTTTGTGTAAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACTGAATA-TTTTTAATGTG---------GTTCATAAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124101 : T-----ACTTGTGCAGAGGTGC--ACATTTTGTGCCATGTCTAa
gi|124102 : -----ATTTGTGTAGAGGTGC--ACATTTTATGCCATATCT
Alignments
lowQualScore : 1 1 111111111 1111111111
lowQualScore : 1 333 22 4 1 44444 7 2 0 4 8 1 666666666 1 9999999999 4
lowQualScore : . ... .. . . ..... . . . . . . ......... . .......... .
lowQualScore : 0 222 55 9 7 55555 7 2 9 0 0 0 000000000 0 4444444444 4
consensus : ATATAACAAGTAACCNCAGTTACCAAAGGCATA---TA--GCGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTACATTTTGTGCCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTNATGTG---------TTTCATNAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
Reference ( family-714 ) : ATATAACAAGTAACCNCAGTTACCAAAGGCATA---TA--GCGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTACATTTTGTGCCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTNATGTG---------TTTCATNAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124078 : ATATAACAAGTAACCTTAGTTACCAAAGGTATA---TA--ATGGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCATCAAATA-TTTTTAATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124079 : aaATATAACAAGTAACCACAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTGGGCCATA--TATGTTCAGTTTAAACCACCATTTGTCCCAAAATA-TTATTTAAGTGGTGTAAGAATTTCATCA---ATATACCA
gi|124080 : aaACAGTTAGCCACAGTTACCAAAGACATA---TATAGCAGGTTAC-AAACGGACAT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTTGGCCTTAT
gi|124081 : aaatatgtagcaagtaaccATATAACAAGTAACCTCAGTTACCAAAGGTATA---TA--ACGGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATACTTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124082 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTACCAAAGGTATA---TA--ACGGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTTTTTTT-GTTTAGGGAATAAGTTGCAACCAAATA-TTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124083 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTACCAAAGGTATA---TA--ACGGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTTTGCAGAG-TGCTAC-TTTTGTGTCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCCCCAAATA-TTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTAAATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTAAAGTGGTA
gi|124084 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTACAAAAGGTATA---TA--ACGGGATACAAAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGCTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATATTTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTCTTTTTTAAATGGTA
gi|124085 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTACCAAAGGTATA---TA--GCAGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAAGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTAATGTG---------TTTCA-AAATTATGTATCAGTGCAACAGTCTGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTAa
gi|124086 : ATATAACAAGTTACCTCAGTTACCAAAGGTATA---AA--GCGGTATAC-TAATAGACTT-----ACTTATGAAGAGGTGCTGC-TTTTGTGTCAAATCTTTTTTT-GTTTAGGGAATAAATTACCATCAAATA-TTTTTAATGTG---------TTTCACAAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAATGGTA
gi|124087 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTA--------------TA--GCAGGATAC-AAATGGACTTTATATACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTATGGAATAAATTGTCACCAAATA-TTTTAAATGTG---------TTTCATAAATTATATATCAG----------CGTAATAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124088 : ACATAACAAGTAGCCTCGGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGTAGAGGTGC-ACATTTTGGACCATATaa
gi|124089 : ATATAACAAGTAACCACAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGTACTT-----ACTTCTACAGAGGTGC-ACATTTTTTG
gi|124090 : ATATAACAAATAACCACAGTTACCTAAGACATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACTG-----AATTGTACAGAGATGC-ACATTTTGGGCCATAT
gi|124091 : ATATAACCAGTAACACTAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGAC
gi|124092 : ATATATCAAGTAAACATAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGAC
gi|124093 : ATATATTAAGCAACCCTAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGAC
gi|124094 : ATGTAACAAGTAACAACAGTTACTAAAGACATAATTTA--GCGGG-------------TT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ATTTTTTGGGCCATAT
gi|124095 : ACAACAATTAACCACAGTTACCAAAGACATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACAT-----ACTTTTGCAGATGTG-TACATTTTGGGTCATAT
gi|124096 : AAGTAACCTCAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACTC-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTGTGCCATATCTAT
gi|124097 : AGTAACCACAATTACCTAAGGCATA---CA--GTAGGTTAC-AAATGAACTT-----ACTTGTCCAGAAGTGC-ACATTTTTTGCCATATCTATatcaatctattgaactaat
gi|124098 : TACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTAAC-AAATGGACTC-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTGTGCCATAT
gi|124099 : TACCAAAGGCATG---CA--GTGGG---------------------CTTGTGCAGAGGTGC-GCATTTTGGGCCATATCTATTT
gi|124100 : TAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTAAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACTGAATA-TTTTTAATGTG---------GTTCATAAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124101 : T-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTGTGCCATGTCTAa
gi|124102 : -----ATTTGTGTAGAGGTGC-ACATTTTATGCCATATCT
Alignments
lowQualScore : 1 1 111111111 1111111111
lowQualScore : 1 333 22 4 1 44444 7 2 0 4 8 1 666666666 1 9999999999 4
lowQualScore : . ... .. . . ..... . . . . . . ......... . .......... .
lowQualScore : 0 222 55 9 7 55555 7 2 9 0 0 0 000000000 0 4444444444 4
consensus : ATATAACAAGTAACCNCAGTTACCAAAGGCATA---TA--GCGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTACATTTTGTGCCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTNATGTG---------TTTCATNAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
Reference ( family-714 ) : ATATAACAAGTAACCNCAGTTACCAAAGGCATA---TA--GCGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTACATTTTGTGCCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTNATGTG---------TTTCATNAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124078 : ATATAACAAGTAACCTTAGTTACCAAAGGTATA---TA--ATGGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCATCAAATA-TTTTTAATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124079 : aaATATAACAAGTAACCACAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTGGGCCATA--TATGTTCAGTTTAAACCACCATTTGTCCCAAAATA-TTATTTAAGTGGTGTAAGAATTTCATCA---ATATACCA
gi|124080 : aaACAGTTAGCCACAGTTACCAAAGACATA---TATAGCAGGTTAC-AAACGGACAT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTTGGCCTTAT
gi|124081 : aaatatgtagcaagtaaccATATAACAAGTAACCTCAGTTACCAAAGGTATA---TA--ACGGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATACTTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124082 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTACCAAAGGTATA---TA--ACGGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTTTTTTT-GTTTAGGGAATAAGTTGCAACCAAATA-TTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124083 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTACCAAAGGTATA---TA--ACGGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTTTGCAGAG-TGCTAC-TTTTGTGTCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCCCCAAATA-TTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTAAATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTAAAGTGGTA
gi|124084 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTACAAAAGGTATA---TA--ACGGGATACAAAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGCTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATATTTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTCTTTTTTAAATGGTA
gi|124085 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTACCAAAGGTATA---TA--GCAGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAAGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTAATGTG---------TTTCA-AAATTATGTATCAGTGCAACAGTCTGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTAa
gi|124086 : ATATAACAAGTTACCTCAGTTACCAAAGGTATA---AA--GCGGTATAC-TAATAGACTT-----ACTTATGAAGAGGTGCTGC-TTTTGTGTCAAATCTTTTTTT-GTTTAGGGAATAAATTACCATCAAATA-TTTTTAATGTG---------TTTCACAAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAATGGTA
gi|124087 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTA--------------TA--GCAGGATAC-AAATGGACTTTATATACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTATGGAATAAATTGTCACCAAATA-TTTTAAATGTG---------TTTCATAAATTATATATCAG----------CGTAATAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124088 : ACATAACAAGTAGCCTCGGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGTAGAGGTGC-ACATTTTGGACCATATaa
gi|124089 : ATATAACAAGTAACCACAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGTACTT-----ACTTCTACAGAGGTGC-ACATTTTTTG
gi|124090 : ATATAACAAATAACCACAGTTACCTAAGACATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACTG-----AATTGTACAGAGATGC-ACATTTTGGGCCATAT
gi|124091 : ATATAACCAGTAACACTAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGAC
gi|124092 : ATATATCAAGTAAACATAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGAC
gi|124093 : ATATATTAAGCAACCCTAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGAC
gi|124094 : ATGTAACAAGTAACAACAGTTACTAAAGACATAATTTA--GCGGG-------------TT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ATTTTTTGGGCCATAT
gi|124095 : ACAACAATTAACCACAGTTACCAAAGACATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACAT-----ACTTTTGCAGATGTG-TACATTTTGGGTCATAT
gi|124096 : AAGTAACCTCAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACTC-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTGTGCCATATCTAT
gi|124097 : AGTAACCACAATTACCTAAGGCATA---CA--GTAGGTTAC-AAATGAACTT-----ACTTGTCCAGAAGTGC-ACATTTTTTGCCATATCTATatcaatctattgaactaat
gi|124098 : TACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTAAC-AAATGGACTC-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTGTGCCATAT
gi|124099 : TACCAAAGGCATG---CA--GTGGG---------------------CTTGTGCAGAGGTGC-GCATTTTGGGCCATATCTATTT
gi|124100 : TAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTAAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACTGAATA-TTTTTAATGTG---------GTTCATAAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124101 : T-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTGTGCCATGTCTAa
gi|124102 : -----ATTTGTGTAGAGGTGC-ACATTTTATGCCATATCT
blockSeqs : A ATT TA T A TATAT T A A C T GTGTAAGAA C TGCAACAGTC T
blockSeqs : A . . T . . T A . T T . T . .
blockSeqs : T . . A . . T A . . T . T . .
blockSeqs : T . . A . . T A . . T . T . .
blockSeqs : T . . A . . T A . . T . T . .
blockSeqs : T . . A . . T T . . A . A . .
blockSeqs : T . . A . . T A . . A . A . .
blockSeqs : T . . A . . T A . . A . A . .
blockSeqs : T . . A . . T A . . A . A
blockSeqs : T . . T . . . A
blockSeqs : A . . T . . . A
blockSeqs : A . . T . . . A
blockSeqs : C . . T . . . A
blockSeqs : A . . T . . . .
blockSeqs : C . . T . . . .
blockSeqs : A . . T . . . .
blockSeqs : A . . T . . . .
blockSeqs : T . . T . . . .
blockSeqs : A . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : ATATAACAAGTAACCNCAGTTACCAAAGGCATA---TA--GCGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTACATTTTGTGCCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTNATGTG---------TTTCATNAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
finalCons : ATATAACAAGTAACCNCAGTTACCAAAGGCATA---TA--GCGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTACATTTTGTGCCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTNATGTG---------TTTCATNAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
Alignments
lowQualScore : 1 1 111111111 1111111111
lowQualScore : 1 333 22 4 1 44444 7 2 0 4 8 1 666666666 1 9999999999 4
lowQualScore : . ... .. . . ..... . . . . . . ......... . .......... .
lowQualScore : 0 222 55 9 7 55555 7 2 9 0 0 0 000000000 0 4444444444 4
consensus : ATATAACAAGTAACCNCAGTTACCAAAGGCATA---TA--GCGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTACATTTTGTGCCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTNATGTG---------TTTCATNAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
Reference ( family-714 ) : ATATAACAAGTAACCNCAGTTACCAAAGGCATA---TA--GCGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTACATTTTGTGCCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTNATGTG---------TTTCATNAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124078 : ATATAACAAGTAACCTTAGTTACCAAAGGTATA---TA--ATGGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCATCAAATA-TTTTTAATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124079 : aaATATAACAAGTAACCACAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTGGGCCATA--TATGTTCAGTTTAAACCACCATTTGTCCCAAAATA-TTATTTAAGTGGTGTAAGAATTTCATCA---ATATACCA
gi|124080 : aaACAGTTAGCCACAGTTACCAAAGACATA---TATAGCAGGTTAC-AAACGGACAT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTTGGCCTTAT
gi|124081 : aaatatgtagcaagtaaccATATAACAAGTAACCTCAGTTACCAAAGGTATA---TA--ACGGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATACTTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124082 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTACCAAAGGTATA---TA--ACGGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTTTTTTT-GTTTAGGGAATAAGTTGCAACCAAATA-TTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124083 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTACCAAAGGTATA---TA--ACGGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTTTGCAGAG-TGCTAC-TTTTGTGTCATATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCCCCAAATA-TTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTAAATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTAAAGTGGTA
gi|124084 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTACAAAAGGTATA---TA--ACGGGATACAAAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGCTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATATTTTTTTATGTG---------TTTCATTAATTATATATCAG----------TGTAACAGTCTTTTTTAAATGGTA
gi|124085 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTACCAAAGGTATA---TA--GCAGGATAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAAGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACCAAATA-TTTTTAATGTG---------TTTCA-AAATTATGTATCAGTGCAACAGTCTGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTAa
gi|124086 : ATATAACAAGTTACCTCAGTTACCAAAGGTATA---AA--GCGGTATAC-TAATAGACTT-----ACTTATGAAGAGGTGCTGC-TTTTGTGTCAAATCTTTTTTT-GTTTAGGGAATAAATTACCATCAAATA-TTTTTAATGTG---------TTTCACAAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAATGGTA
gi|124087 : ATATAACAAGTAACCTCAGTTA--------------TA--GCAGGATAC-AAATGGACTTTATATACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTCAAATCTATTTTT-GTTTATGGAATAAATTGTCACCAAATA-TTTTAAATGTG---------TTTCATAAATTATATATCAG----------CGTAATAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124088 : ACATAACAAGTAGCCTCGGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGTAGAGGTGC-ACATTTTGGACCATATaa
gi|124089 : ATATAACAAGTAACCACAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGTACTT-----ACTTCTACAGAGGTGC-ACATTTTTTG
gi|124090 : ATATAACAAATAACCACAGTTACCTAAGACATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACTG-----AATTGTACAGAGATGC-ACATTTTGGGCCATAT
gi|124091 : ATATAACCAGTAACACTAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGAC
gi|124092 : ATATATCAAGTAAACATAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGAC
gi|124093 : ATATATTAAGCAACCCTAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGAC
gi|124094 : ATGTAACAAGTAACAACAGTTACTAAAGACATAATTTA--GCGGG-------------TT-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ATTTTTTGGGCCATAT
gi|124095 : ACAACAATTAACCACAGTTACCAAAGACATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACAT-----ACTTTTGCAGATGTG-TACATTTTGGGTCATAT
gi|124096 : AAGTAACCTCAGTTACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTTAC-AAATGGACTC-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTGTGCCATATCTAT
gi|124097 : AGTAACCACAATTACCTAAGGCATA---CA--GTAGGTTAC-AAATGAACTT-----ACTTGTCCAGAAGTGC-ACATTTTTTGCCATATCTATatcaatctattgaactaat
gi|124098 : TACCAAAGGCATA---TA--GTGGGTAAC-AAATGGACTC-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTGTGCCATAT
gi|124099 : TACCAAAGGCATG---CA--GTGGG---------------------CTTGTGCAGAGGTGC-GCATTTTGGGCCATATCTATTT
gi|124100 : TAC-AAATGGACTT-----ACTTGTGCAGAGGTGCTAC-TTTTGTGTAAAATCTATTTTT-GTTTAGGGAATAAATTGCCACTGAATA-TTTTTAATGTG---------GTTCATAAATTATATATCAG----------TGTAACAGTC-TTTTTAAGTGGTA
gi|124101 : T-----ACTTGTGCAGAGGTGC-ACATTTTGTGCCATGTCTAa
gi|124102 : -----ATTTGTGTAGAGGTGC-ACATTTTATGCCATATCT