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lowQualScore                  :                                                 22    1   111111111 2 1  1      1    222  7      1  11 9  11  666666666666    1 11 222  777             3        2 444444        44        
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lowQualScore                  :                                                 88    9   666666666 8 7  7      3    333  7      3  88 9  88  000000000000    3 88 333  777             9        8 000000        66        
consensus                     :                                         TTTTGGCG--AGCA-GGANAA-GA--NGAT-TA-CGTAGC-CAGT---GG-ACAGCA-TC--GGCA--GG----N-------TCGC-T--A---CT--TCTCCCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGACGATTATTTT
Reference ( gi|163084 )       :                                         TTTTGGCG--AGCA-AGATAA-GC--TGGT-TA-TGTAGC-CAGT---GG-ACAGCA-TC--GCCA--GG----T-------TCGC-T--A---CT--CCTCCCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGACAATTATTTT
gi|163083                     :                                         TTTTGGCG--AGCA-GGAACA-GA--AGGT-TA-CGATGC-CAGT---AG-ACAGCA-TC--GGCA--GG----T-------TCAC-T--A---CT--CCTCTCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGATGATTATTTT
gi|163088                     :                                         TTTAGATG--AGCA-GGATAG-GC--TGAT-TA-AGTAGC-CAGT---GG-ACAGCA-TC--GGCA--GG----G-------TCGC-T--A---CT--TCTCCAGGTGTTGCACCACTGGC-T------GGATAAGACGATTA
gi|163082                     :                                         TTTTGGCG--AGCA-GAAACA-GA--AGAT-TT-CGAAGC-CAGT---GG-ACAGCA-TC--GACA--GG----T-------TCGC-T--A---CT--CCTCCCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGATGATTAGTTT
gi|163085                     :                                         TTTTGGCG--AGCA-GGAACA-GA--AGAT-TT-CGAAGC-CAAT---AG-ACAGCA-TC--GGCA--GG----T-------TCGC-T--A---CT--CCTCCCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GAATAAGATGATTAGTTT
gi|163090                     :                                         TTTTGGCG--AGTA-GGATAG-GC--TGAT-TA-AGTAGC-CAGT---GG-AGAACA-TC--GGAA--GG----G-------TCGC-T--A---CT--TCTCCCGGTGCTGCACCACTTGC-T------TGACAAGACGATTA
gi|163087                     :                                         TTTTGGCG--AGCA-AGAACA-GA--AGAT-TA-CGATGC-CAGT---GG-AGAGCA-TC--GACA--GG----T-------TCGC-T--T---CT--CCTCCCGGTGCTGCACCATTGGC-A------GGATAAGATAATTAGTTT
gi|163089                     :                                         TTTTGGCG--AGCA-ATACAAAGA--TGAT-TA-TGTAGC-CAGT---GG-ACAGCA-TC--GGCA--GG----T-------AAGC-G--A---CG--TCTCCCGGTGCTGTACCACTGGC-TGGATCAGGATAAGATGATTAT
gi|163092                     :                                         TTTTGGCC--AGCA-GGGTAA-GC--TGGT-TA-AGTAGC-CAGT---AG-ACAACA-TC--GGCATCGG------------TCGA-T--A---CT--TCTCTCGGTGCTGTGCCACTGGT-T------GGATAATATGATTAATTT
gi|163091                     :                                         TTCTTGCA--AGTA-ATACAAAGA--TGAT-TA-TGTTGC-CAGC---GG-ACAGCA-TC--GACA--GG----A-------TCAC-T--A---GT--TCTCCTGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATCAGACAATTATGTT
gi|163086                     :                                         TTTTGGCC--AGCA-GGAACA-GA--AGAT-TA-CGATGC-CGGT---GG-ACAGCA-TC--GGCA--GG----T-------TTGC-T--A---CT--CC---CAGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGATGATTAGTTT
gi|163093                     :                                         TTTTGGGG--AGCA-AAAGAA-GA--TGAT-TA-TTTATC-CACT---GG-GCAGTA-TC--TGCA--GA----G-------TTGC-T--A---CT--TCTCCTGGTGCTGCCCCACTGGC-T------GGAACAGATGGTTATTT
gi|163095                     :                                         TTTTTGCG--AGCA-AGAACA-GA--AGAT-TA-TTTAGC-CACT---GG-ACAGCA-TC--GCT---GG----T-------TACC-G--A---GT--TCTCCAAGTGCTACACCACTGGT-T------GGA----ACAGTTAT
gi|163094                     :                                         TTTTGGCG--AGCA-AGAACA-GA--AGAT-TA-TGTAAC-CACT---TA-ACAGCA-TC--GTAA--GG----A-------TCGT-T--A---CT--TCTCCCGG--------CGCTAGC-T------GGATAACAC
gi|163096                     :                                         TTTTGGCA--AGCAGAAACAA-AA---GAT-TA-TATTGC-CACT---GG-ACAGCA-TC--CGCA--G-------------TTGCATGGA---CTTCTCTCCCGAAGCTGCAACACTGGCTT------GAACAAAA-GATTATGTTggatat
gi|163098                     :                                         TTTTGGCG--AGCC-GGAACA-GA--AAAT-TA-TTTAGC-CAGCACCGG-A-AGAAGTA--GCGA--AG-----------------------------CTGCCGATGCTGCACCACTGGC-T------GGA
gi|163099                     :                                         TTTTGGTG--AACA-GGAAAA-----TGAC-AAGCGTAAAACACT---TG-TCAGCA-TC--GGTA--TG----TGTAAATGTGGC-C--A---TTTTCCTCC-GTTGTTGCACCACTGGCTT------GGAACAGGTGATTA
gi|163100                     :                                          TTTGGCG--AGCA-AGA-AC-AT--TAAT-TA-TGTAGC-CGCT---GG-ACAGCA-TC--GGCA--GA----T-------TAGC-G--A---TT--TCTCCCAGCGCTGCACCACAGGC-T-------GATAAAACGATTATGTT
gi|163101                     :                                           TTGGGA--AGCA-AGAAAA-AA--AGGAATG-CGTAGC-CACT---GA-ACAGCA-TC--GGCA--GG----A-------TCGC-T--A---CT--TCTCCCGGTGCTCCGCCACTGCC-T------CGATAAGACGATTA
gi|163102                     :                                           TTGTCA--AGCA-TG-TA--GCGATGAT-TT-TATAGA-CACT---GG-ACAGCT-TC--------GG----T-------TCG----------------CCTGATGCTG-ACCGCTGGC-T------GG-TAAGGTGATTATT
gi|163103                     :                                             GGCGCTAGCT-GGATAA-CA--CGGA-TA-TGTAGC-CATT---GG-ACAGTA-TT--GCCA--GC----A-------TAGC-T--A---CT--TCTCCCAGCACTGCTTCACTGGC-T------GGATAAAA
gi|163097                     :                                                      A-ACATAA-TC--TTCT-TA-TCCAGT-CAGT---G---TAGCA-TC--GCCA--GG----aga
gi|163104                     : ttttgcagagcagttaaagacgtgtatgtcgtatatagacagtattgacatggtctttacttct--TAGT-TA-T----C-CACC---AG-GCAGCA-TC--GACA--AA----G-------TCGC-T-----------CTCCTGATGCTGCACCACTGGT-T------GGA
gi|163088                     :                                                                    atT-TA-TCCAGC-CAGT---GGTGCAACA-CCTGGAGA--AG----T--------AGC-G--A---C---CCTGCCGATGCTGT-CCACTGGC-T------
gi|163082                     :                                         tttagatgagcaggataggctgattaagtT-TA-TCCAGC-CAGT---GGTGCAGCA-CC--GGGA--GGA---G-------TAGC-G--A---A---CCTGTCGATGCTGT-CCACTGGC-T------gacgatta
gi|163089                     :                                                 ttttggcgagcagaaacagaagatttcgaAGC-CAGT---GGTACAGCA-CC--GGGA--GA----CG------TCGC-T-------TA-CCTGCCGATGCTGT-CCACTGGC-T------ACATAAgatgattagttt
gi|163091                     :                                                      ttttggcgagcaatacaaagatgaAGC-CAGT---GGTGCAGCA------CCA--GG----A-------GAAC-T--AGTGAT--CCTGTCGATGCTGT-CCGCTGGC------------AACATAATCATCTTggatcaggataagatgattat
gi|163093                     :                                                             ttcttgcaagtaatacaAGC-CAGT---GG---GGCA-GC--ACCA--GGAGAAG-------TAGC-A--A---CT---CTGCAGATACTGC-CCA--G---T------GGATAA-ATAATCATCTTggatcagacaattatgtt
gi|163105                     :                                                              ttttggggagcaaaagAGC-CAAT---GG-ACAGTA-TC--GGCA--GG----G-------TCGC-T--A---TT--TCTCCCGGTGCTGCACCACTGA--T------GGATAAGACGTTTATTTTggaacagatggttattt
gi|163106                     :                                                                              AGC-CAGT---GGTGCAGCA-TC--GGCA--GC----T-------TCGC-T--A---CT--TCTTCCGGTGCTG
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gi|163097                     :                                                     ttttggcgagccggaacagaaaattatttagcT---AG-ACAGTA-TT--GACA--TG----G-------TCTT-T--A---CT--TCTCCTGGCGATGCTACACTGAC-T------GGATAAGAAGATTATGTTgga
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Alignments
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lowQualScore                  :                                         ..       .. .  . .    .     .  .   .             . ........    . ..   ..    .                   . ......        .         
lowQualScore                  :                                         55       66 5  0 7    7     5  5   1             5 66666666    5 11   11    5                   3 888888        8         
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Reference ( family-710 )      :                                 TTTTGGCG--AGCAGGANAA-GANG-ATTACGTAGC-CAGTGG-ACAGCATCGGCAG-GN-------TCGC-T--ACT--TCTC-CCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGACGATTATTTT
gi|163082                     :                                 TTTTGGCG--AGCAGAAACA-GAAG-ATTTCGAAGC-CAGTGG-ACAGCATCGACAG-GT-------TCGC-T--ACT--CCTC-CCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGATGATTAGTTT
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gi|163088                     :                                 TTTAGATG--AGCAGGATAG-GCTG-ATTAAGTAGC-CAGTGG-ACAGCATCGGCAG-GG-------TCGC-T--ACT--TCTC-CAGGTGTTGCACCACTGGC-T------GGATAAGACGATTA
gi|163089                     :                                 TTTTGGCG--AGCAATACAAAGATG-ATTATGTAGC-CAGTGG-ACAGCATCGGCAG-GT-------AAGC-G--ACG--TCTC-CCGGTGCTGTACCACTGGC-TGGATCAGGATAAGATGATTAT
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gi|163095                     :                                 TTTTTGCG--AGCAAGAACA-GAAG-ATTATTTAGC-CACTGG-ACAGCATC-GCTG-GT-------TACC-G--AGT--TCTC-CAAGTGCTACACCACTGGT-T------GGA----ACAGTTAT
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gi|163098                     :                                                                  AGC-CAGTGGTGCAGCATCGGCAG-CT-------TCGC-T--ACT--TCTT-CCGGTGCTG
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gi|163101                     :                                   TTGGGA--AGCAAGAAAA-AAAGGAATGCGTAGC-CACTGA-ACAGCATCGGCAG-GA-------TCGC-T--ACT--TCTC-CCGGTGCTCCGCCACTGCC-T------CGATAAGACGATTA
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Alignments
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lowQualScore                  :         55       6 0 8  0 7    7     6  9   6             1111111111    6 22   22    6                   3 888888        8         
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Alignments
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lowQualScore                  :         55       6 0 8  0 7    7     6  9   6             1111111111    6 22   22    6                   3 888888        8         
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blockSeqs                     :         .        . A .  T .    A     .  G   .             GT            . .    .     .                   . .             C
blockSeqs                     :         .        . A .  T .    T     .  G   .             GT            . .    .     .                   . .             T
blockSeqs                     :         .        . A .  T .    A     .  G   .             GT            . .    .     .                   . .             C
blockSeqs                     :         .        . A .  T .    T     .  G   .             GG            . .    .     .                   . .             C
blockSeqs                     :         .        . A .  T .    A     .  G   .             GT            . .    .     .                   . .             T
blockSeqs                     :         .        . A .  T .    T     .  C   .             GG            . .    .     .                   . .             T
blockSeqs                     :         .        . C .  A .    T     .  C   .             GA            . .    .     .                   . .             C
blockSeqs                     :         .        . C .  A .    T     .  C   .             AG            . .    .     .                   . .             C
blockSeqs                     :         .        . C .  A .    T     .  C   .             GA            . .    .     .                   . .             A
blockSeqs                     :         .        . A .  C .    T     .  A   .             GT            . .    .     .                   . .             T
blockSeqs                     :         .        . C .  A .    T     .  C   .             GG            . .    .     .                   . .             C
blockSeqs                     :         .        . A .  C .    C     .  C   .             AT            . .    .     .                   . .             C
blockSeqs                     :         .        . C .  T .    T     .  C   .             GA            . .    .     .                   . .             T
blockSeqs                     :         .        . A .  A .    C     .  C   .             CA            . .    .     .                   . .             A
blockSeqs                     :         .        . G .  T .    T     .  T   .             AG            . .    .     .                   . .             C
blockSeqs                     :         .        . A .  C .    T     .  C   .             GG            . .    .     .                   . .             .
blockSeqs                     :                           .    G     .  A   .             CT            . .    .     .                   . .              
blockSeqs                     :                                      .  G   .             .             . .    .     .                   . .              
blockSeqs                     :                                      .  .   .             .             . .    .     .                                    


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTTTGGCG--AGCAGGA-ANA-GANG-ATTACGTAGC-CAGTGG-ACAGCATCGGCAG-GN-------TCGC-T--ACT--TCTC-CCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGACGATTATTTT
finalCons                     : TTTTGGCG--AGCAGGA-ANA-GANG-ATTACGTAGC-CAGTGG-ACAGCATCGGCAG-GN-------TCGC-T--ACT--TCTC-CCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGACGATTATTTT





Alignments
lowQualScore                  :         22       3 1 1  1 1    2     1  2   1             8888888888    1 22   22    1                   3 444444        1         
lowQualScore                  :         ..       . . .  . .    .     .  .   .             ..........    . ..   ..    .                   . ......        .         
lowQualScore                  :         55       6 0 8  0 7    7     6  9   6             1111111111    6 22   22    6                   3 888888        8         
consensus                     : TTTTGGCG--AGCAGGA-ANA-GANG-ATTACGTAGC-CAGTGG-ACAGCATCGGCAG-GN-------TCGC-T--ACT--TCTC-CCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGACGATTATTTT
Reference ( family-710 )      : TTTTGGCG--AGCAGGA-ANA-GANG-ATTACGTAGC-CAGTGG-ACAGCATCGGCAG-GN-------TCGC-T--ACT--TCTC-CCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGACGATTATTTT
gi|163082                     : TTTTGGCG--AGCAGAA-ACA-GAAG-ATTTCGAAGC-CAGTGG-ACAGCATCGACAG-GT-------TCGC-T--ACT--CCTC-CCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGATGATTAGTTT
gi|163083                     : TTTTGGCG--AGCAGGA-ACA-GAAG-GTTACGATGC-CAGTAG-ACAGCATCGGCAG-GT-------TCAC-T--ACT--CCTC-TCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGATGATTATTTT
gi|163084                     : TTTTGGCG--AGCAAGA-TAA-GCTG-GTTATGTAGC-CAGTGG-ACAGCATCGCCAG-GT-------TCGC-T--ACT--CCTC-CCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGACAATTATTTT
gi|163085                     : TTTTGGCG--AGCAGGA-ACA-GAAG-ATTTCGAAGC-CAATAG-ACAGCATCGGCAG-GT-------TCGC-T--ACT--CCTC-CCGGTGCTGCACCACTGGC-T------GAATAAGATGATTAGTTT
gi|163086                     : TTTTGGCC--AGCAGGA-ACA-GAAG-ATTACGATGC-CGGTGG-ACAGCATCGGCAG-GT-------TTGC-T--A-----CTC-CCAGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATAAGATGATTAGTTT
gi|163087                     : TTTTGGCG--AGCAAGA-ACA-GAAG-ATTACGATGC-CAGTGG-AGAGCATCGACAG-GT-------TCGC-T--TCT--CCTC-CCGGTGCTGCACCATTGGC-A------GGATAAGATAATTAGTTT
gi|163088                     : TTTAGATG--AGCAGGA-TAG-GCTG-ATTAAGTAGC-CAGTGG-ACAGCATCGGCAG-GG-------TCGC-T--ACT--TCTC-CAGGTGTTGCACCACTGGC-T------GGATAAGACGATTA
gi|163089                     : TTTTGGCG--AGCAATACAAA-GATG-ATTATGTAGC-CAGTGG-ACAGCATCGGCAG-GT-------AAGC-G--ACG--TCTC-CCGGTGCTGTACCACTGGC-TGGATCAGGATAAGATGATTAT
gi|163090                     : TTTTGGCG--AGTAGGA-TAG-GCTG-ATTAAGTAGC-CAGTGG-AGAACATCGGAAG-GG-------TCGC-T--ACT--TCTC-CCGGTGCTGCACCACTTGC-T------TGACAAGACGATTA
gi|163091                     : TTCTTGCA--AGTAATACAAA-GATG-ATTATGTTGC-CAGCGG-ACAGCATCGACAG-GA-------TCAC-T--AGT--TCTC-CTGGTGCTGCACCACTGGC-T------GGATCAGACAATTATGTT
gi|163092                     : TTTTGGCC--AGCAGGG-TAA-GCTG-GTTAAGTAGC-CAGTAG-ACAACATCGGCATCGG-------TCGA-T--ACT--TCTC-TCGGTGCTGTGCCACTGGT-T------GGATAATATGATTAATTT
gi|163093                     : TTTTGGGG--AGCAAAA-GAA-GATG-ATTATTTATC-CACTGG-GCAGTATCTGCAG-AG-------TTGC-T--ACT--TCTC-CTGGTGCTGCCCCACTGGC-T------GGAACAGATGGTTATTT
gi|163094                     : TTTTGGCG--AGCAAGA-ACA-GAAG-ATTATGTAAC-CACTTA-ACAGCATCGTAAG-GA-------TCGT-T--ACT--TCTC-CCGG--------CGCTAGC-T------GGATAACACGGATAT
gi|163095                     : TTTTTGCG--AGCAAGA-ACA-GAAG-ATTATTTAGC-CACTGG-ACAGCATC-GCTG-GT-------TACC-G--AGT--TCTC-CAAGTGCTACACCACTGGT-T------GGA----ACAGTTAT
gi|163096                     : TTTTGGCA--AGCAGAA-ACA-AAAG-ATTATATTGC-CACTGG-ACAGCATCCGCAG----------TTGCATGGACTTCTCTC-CCGAAGCTGCAACACTGGCTT------GAACAAAA-GATTATGTT
gi|163097                     : TTTTGCAG--AGCAGTT-AAA-GACG-TGTATGTCGT-ATATAG-ACAGTATTGACAT-GG-------TCTT-T--ACT--TCTC-CTGGCGATGCTACACTGAC-T------GGATAAGAAGATTATGTT
gi|163098                     : TTTTGGCG--AGCCGGA-ACA-GAAA-ATTATTTAGC---------CAGCACCGGAAGAAG-------TAGC-G--AA---GCTG-CCGATGCTGCACCACTGGC-T------GGA
gi|163099                     : TTTTGGTG--AACAGGA-AAATGACA-A--GCGTAAAACACTTG-TCAGCATCGGTAT-GTGTAAATGTGGC-C--ATT--TTCCTCCGTTGTTGCACCACTGGCTT------GGAACAGGTGATTA
gi|163100                     :  TTTGGCG--AGCAAGA-ACA-T-TA-ATTATGTAGC-CGCTGG-ACAGCATCGGCAG-AT-------TAGC-G--ATT--TCTC-CCAGCGCTGCACCACAGGC-T-------GATAAAACGATTATGTT
gi|163101                     :   TTGGGA--AGCAAGA-AAA-AAAGGAATGCGTAGC-CACTGA-ACAGCATCGGCAG-GA-------TCGC-T--ACT--TCTC-CCGGTGCTCCGCCACTGCC-T------CGATAAGACGATTA
gi|163102                     :   TTGTCA--AGCATGT-AGC-GATG-ATTTTATAGA-CACTGG-ACAGCTTCGG-----------------------T--TCGC-CTGATGCTG-ACCGCTGGC-T------GG-TAAGGTGATTATT
gi|163103                     :     GGCGCTAGCTGGA-TAA-CACG-GATATGTAGC-CATTGG-ACAGTATTGCCAG-CA-------TAGC-T--ACT--TCTC-CCAGCACTGCTTCACTGGC-T------GGATAAAAAGA
gi|163104                     :                           -ATTAGTTATC-CACCAG-GCAGCATCGACAA-AG-------TCGC-T--------CTC-CTGATGCTGCACCACTGGT-T------GGA
gi|163105                     :                                   AGC-CAATGG-ACAGTATCGGCAG-GG-------TCGC-T--ATT--TCTC-CCGGTGCTGCACCACTGA--T------GGATAAGACGTTTATTTT
gi|163106                     :                                   AGC-CAGTGGTGCAGCATCGGCAG-CT-------TCGC-T--ACT--TCTT-CCGGTGCTG