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lowQualScore                  :                        .. ....      ..   .         .     . ..   .     .             .  .                                 
lowQualScore                  :                        44 8888      44   7         7     6 88   8     6             6  7                                 
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gi|110052                     : tatcATATGATTAAAGCTATTTC--A---TGAACTT--TTT-GTTCTGAAAACATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTGATGCGTG-TTTTACAGTCAGAATGTGAAGTGTTGTTGTTGT
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Alignments
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lowQualScore                  :                               33 999     33   7         6     5 77   6                    22  6            22    6                 
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Reference ( family-699 )      :          ATATAAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGCG--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTGTTGT
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Alignments
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lowQualScore                  :                               .. ...     ..   .         .     . ..   .                    ..  .            ..    .                 
lowQualScore                  :                               33 999     33   7         6     5 77   6                    22  6            22    6                 
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Reference ( family-699 )      :          ATATAAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGCG--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTGTTGT
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gi|110067                     :      tatcATTTAAATGGA--TATATTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA--ATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAAGGCG--TT-TTTTACAATCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTG
gi|110068                     :         attATAAATAAAGAAATTTTTTCCG---AACTT--TTT-GTTTAGAAA-CATGT-G--TTCATTTTTTGCTTCTGTAATGCG--AG-TTTTACAGTCAG--CATG-
gi|110069                     : ataattttgATATTAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-G--GTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGGG--TG-TTTTACAGTCAG--AGTG-
gi|110070                     :         aATATAAATAAAGCTATTTTAA--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-G--TTC-TTTTCGGCTTCTGTAATGCA--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTGTTGT
gi|110071                     :          ATATAGATAAAGCTATTTTAT--G---AACGT--TTT-ATTCACAAA-CATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTTTGTAATGTG--TG-TTTTACAGTCAA--AA-G-TGAAGTGTTGTTGTTGT
gi|110072                     :           TATAAACAAAGCCATTTTAT--G---ATCTT--TTT-ATT-ATAAA--GTGT-G--TCCATTTTCTGCTTCTGTGATATGGCTA-TTAGATGGTGAGGTAGTGCTGTAGTGTAGTTG
gi|110073                     :            ATAAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CAAGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTATTGCA--TA-ATTAACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTGTTGT
gi|110074                     :            ATGAAAAAAGCTTTGTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGC-A--TTC-TTTTCAACCTCTGTAATGCA--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGCAGTATTGTTGTTG
gi|110075                     :                       TATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTTAGAAA-TATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGAAATGCG--TG-TTTTATAGTCAG--ATTG-
gi|110076                     :                                                       AA-CATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGTG--TT-TTTTACAGTCAG--AATG-TGAAATGTTGTTGTTGT
gi|110077                     :                                                            TGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGAG--TA-TTCTACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGATGTTGT


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blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                               .  .       .    .         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                                                         .     . .    .                    .   .            .     .
blockSeqs                     :                                                               . .    .                                            


blockSeqCons                  :          
originalCons                  :          ATATAAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGCG--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTGTTGT
finalCons                     :          ATATAAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGCG--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTGTTGT





Alignments
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lowQualScore                  :                               .. ...     ..   .         .     . ..   .                    ..  .            ..    .                 
lowQualScore                  :                               33 999     33   7         6     5 77   6                    22  6            22    6                 
consensus                     :          ATATAAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGCG--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTGTTGT
Reference ( family-699 )      :          ATATAAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGCG--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTGTTGT
gi|110052                     :          ATATGATTAAAGCTATTTCAT--G---AACTT--TTT-GTTCTGAAAACATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTGATGCG--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTGTTGT
gi|110053                     :      tatcATATGAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-GTGTTC-TTTTCTGCTTATGTAATGCG--TG-TTTTTCAGTCAG--AATG-CGAAGTGTTGTTGTTGT
gi|110054                     :      tatcATATAAATAAAGCTATTTTAT--G---GACTT--TTT-GTTCAGAAA-TATGT-C--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGCA--TG--ATTGCAGTCAG--AATG-TGAAGTGCTGTTGTTGT
gi|110055                     :      tattATATAAATAAAGCTAGTTTAT--G---AACTT--ATT-GTT-AGAAA-CATGT-G--TT---TTTCTGCTTCTGTAATGCG--TG-TTTTGCAGTCAG--AATG-TGAAGTGCTGTTGTTG
gi|110056                     :      tatcATATAAATAATGCTATTTTCT--G---AACTT--TTT-ATTCAGAAA-CATTT-G--TTC-TGTTCTGCTTCTGTAATGCG--TG-TTTTACGGCCAG--AATG-TGAAGTATCGTT
gi|110057                     :      tatcATATAAATAAACCTATTTCAT--G---ATTTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-----TC-TTTTCTGCGCATGTAATGCG--TG-TTTTACAGTGAG--AGTG-TGAAGTGTTGTTGTTGT
gi|110058                     :      tatcATATAAATTAAGCTATTTTAT--G---AACTG--CTT-GTTCAGAAA-CATGT-A--TAC-CTTTCTCTTTCTATAATGCG--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGAAATGTTGTT
gi|110059                     :      tatcATTTAAATAAAGCTATTTTAT--GTATAACTTCTTTT-GTTCAGAA--CATAT-A--TTC-TTTTCTGCGTCTGTAATGCG--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGCAGTGTTGATGTTG
gi|110060                     :      tatcATATTAATAAAGTTATTTTAT--G---AACCT--TTT-GTTTAGAAA-CATGT-C--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGCG--TG-TTTTACAGTCAC--AATG-
gi|110061                     :      tatcATATAAATAAAGTTATCTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-G--TTCTTTTTCTAATTATGTAATGCA--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-
gi|110062                     :      tattATATAAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAG-AA-CATGT-G--TTA-TTTTGTGCTT--------TG--TG-TTTTACAGTCAG--ATTG-TGGAGTGTTGTTGTTGT
gi|110063                     :      tatcATATAAATACAGTTATTTTAT--G---AACAT--TTT-GTTCCGAAA-CATGT-GT-TTT-TTTTCTGCTTCTGTAATGCG--TA-TTTTACAGTCAG--AATG-
gi|110064                     :           tatcAATGAACCTGTTTTAT--G---AAATT--TTT-TTTCAGAAA-CATGT-A--TTT-TTTTCTGCTTCTGTAAT-CG--TGTTTTTACAATTAG--AATG-TGATGTGTTGTTGTCG
gi|110065                     :  tataatttATATAAATAAAATTATTTTAT--G---AACTT--TTTTATGCAGAAA-CCTGTAG--TTT-TTTTCCGCTTCTGGTATGCA--TG-TTTTACAGTCAA--AATG-TGAAGTGT
gi|110066                     :      tatcATATAAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-T--TTA-TTCT
gi|110067                     :      tatcATTTAAATGGA--TATATTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA--ATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAAGGCG--TT-TTTTACAATCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTG
gi|110068                     :         attATAAATAAAGAAATTTTTTCCG---AACTT--TTT-GTTTAGAAA-CATGT-G--TTCATTTTTTGCTTCTGTAATGCG--AG-TTTTACAGTCAG--CATG-
gi|110069                     : ataattttgATATTAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-G--GTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGGG--TG-TTTTACAGTCAG--AGTG-
gi|110070                     :         aATATAAATAAAGCTATTTTAA--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGT-G--TTC-TTTTCGGCTTCTGTAATGCA--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTGTTGT
gi|110071                     :          ATATAGATAAAGCTATTTTAT--G---AACGT--TTT-ATTCACAAA-CATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTTTGTAATGTG--TG-TTTTACAGTCAA--AA-G-TGAAGTGTTGTTGTTGT
gi|110072                     :           TATAAACAAAGCCATTTTAT--G---ATCTT--TTT-ATT-ATAAA--GTGT-G--TCCATTTTCTGCTTCTGTGATATGGCTA-TTAGATGGTGAGGTAGTGCTGTAGTGTAGTTG
gi|110073                     :            ATAAATAAAGCTATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CAAGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTATTGCA--TA-ATTAACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGTTGTTGT
gi|110074                     :            ATGAAAAAAGCTTTGTTAT--G---AACTT--TTT-GTTCAGAAA-CATGC-A--TTC-TTTTCAACCTCTGTAATGCA--TG-TTTTACAGTCAG--AATG-TGCAGTATTGTTGTTG
gi|110075                     :                       TATTTTAT--G---AACTT--TTT-GTTTAGAAA-TATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGAAATGCG--TG-TTTTATAGTCAG--ATTG-
gi|110076                     :                                                       AA-CATGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGTG--TT-TTTTACAGTCAG--AATG-TGAAATGTTGTTGTTGT
gi|110077                     :                                                            TGT-G--TTC-TTTTCTGCTTCTGTAATGAG--TA-TTCTACAGTCAG--AATG-TGAAGTGTTGATGTTGT