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Reference ( gi|154626 )       :           GGTCTGCAT-TTTTTCA-GTGTCTG-AACAGT------ATACCAAGGAGAGATTACTTTGTGGCAT----TTAG-GTCATGGAT-A----GCAAGACTT-C-AAAAGTGTGT--ATCT--GTGCA------GGGG-----G-AATA-CTTTGAAGG-GTTGGCCTGAAAA
gi|154627                     :           GGTCTGCAA-ATTTTCA-GTGTTTG-AACAGT------ATACCAAGCTGAAACTACTTTGCAGCAT----TTAG-GTCATGGAG-A----GAAATACTT-C-AAAAGTGTGT--ATCT--GTGCA------GGAG-----G-AATA-CTTTGAAGG-GTTGGCCTGAAAA
gi|154628                     :           GGTCTGCAA-TTTGTCA-GTGACTG-AACAGT------ATACCAATGGGAGACTACATTGCGGCAT----ATAG-GTCGTGGAC-A----GCAAGACTT-C-AAAAGTATGT--ATCT--GTGCG------GGGG-----G-AACA-ATTTGAAGG-GTTGGCCTGAAAA
gi|154629                     :           GGTCTGCAA-TTTTTCA-GTGTCTG-AACAGT------ATACCAAGGGGAGACTACTTTGCGGCATTTGATTAT-GTCATGGAC-A----GCAATACTT-C-AAAAGTGTGT--ATTT--CTGCGAGT---GGGGTGAGAG-GATA-CTTTGAAGG-GTTGACCTGAAAA
gi|154631                     :           GGTCTGCAA-TTTTTCA-GTGTCTG-AACAGT------ATACCAAGGGGAGACTAC-----GGCAT----TTAA-GTCGTGTAC-C----ACAAGACTT-A-AAAAGTGTGT--ATCT--GTGCG------GGGG-----GAAATA-CTTTGAAGG-GTTAGCTTGAAAA
gi|154630                     :           GGTCTACAA-TTTTTCA-GTGTCTT-AACAGTAGCAGTATACCAAGGGGAGACTACTTTACGGCAT----TTAA-GTCGTAGAC-A----GTAAGACTT-C-AAATGTGCGT--ATCT--GCGCG------GGAG-----G-AATA-CTTTGAAGG-GTTGGCCTGAAGA
gi|154632                     :           GGTCTGCAA-TTTT-CA-GTGTCAG-AACAGT------GTACCAAGGGATGACAATTTTGCCGCAT----TTAG-GTCGTGGAC-A----GCGATACTT-C-AAAAGTGTGT--ATCT--GTGTG------GGGG-----T-AATA-CCTTGAAGG-GTTTGCCTGAAAA
gi|154634                     :           GGTCTGCAA-ATTTTCA-ATGTCTG-AACAGT------ATACCAAGCGTAGACTACTTTGCGGCAT----TTAG-GTCGTGGAC-A----GCAAGACTT-C-ACAAGTATGT--TTAT--ATGCA------GAGG-----G-GATA-CATTGAAGG-GT
gi|154635                     :           GGTCTGTAA-GTTTTCA-GTGTCTG-ACCATT------TTACCAAGGAGAGACTACTTAGCGGCAG----TTAG-GTTGTGGAC-A----GCAAGAC---CGAAAAGTGTGT--ATCA--GTGCG------GATG-----A-AATA-CTTGGAAGG-GTTTGCCTGAAAA
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gi|154640                     :             TCTGCAA-TTTTTCA-GTATCTG-AACAGT------ATACCAAGGGGA---TACT-----ACAT----T--G-GTCGTGGAC-A----GCAAGTCTT-C-AAAAGTGTGT--TTCT--GTGC-------GGGG-----G-AATA-CTTTGAAGG-GTTGGCCTGAAAAgtgggggtggtgggggtgggttgggggatagtgcactactttgtggcatttggatcgtgaacagcaagtcttcaaaagtgtgtaattgtgcggggtaatattttgaagggttggcctgaaaa
gi|154641                     :             TCCACAA-TGTTTCA-GTGTCTA-CAGAGT------ATACTAGTTACAGACTACTCTGCGGCTT----TCCG-GTAATGTAT-------------TT-C-CCGTGTGTAT--GTCTCGGTAAA------TGGA-----A-AGTA-CTTTGAAGG-GTTG
gi|154644                     :                    -TTTTTCA-GTGTCTG-AACAGT------GTACCAAGGGGAGACTACTTTACGGCAT----TCAG-GTCGTGGAC-A----ACAAGACTT-C-AAAAATGTGT--ACCT--GGGCGGGTGGTGGGG-----G-GATA-CTTTGAAGG-GTTGGCCTGACAA
gi|154643                     :                       TTTCA-GTGTCTC-AAGAAC------ATACGAACATTAGACTAATTCGCTGTGT----TTAT-GTCATGGAT-A----GCATAGCTT-C-AAAAGTATGT--ATCT--GTTCA------TGGG-----G-AATA-CTTTAAAAG-GTTG
gi|154645                     :                     aataTTA-GTGTCTG-AACAGT------AAACCAAAGGGAGACTACTTTGCCACAT----TTAG-GCCGTGGAC-A----GCAAGTCTT-C-AAAAGTGTGT--ATCT--GTGC-------GGGG-----C-AATAGTTTTAAATG-GTCGGCCTAAA
gi|154646                     :                         TCA-GTGTCGG-CAGAGT------ATACAAAGTGCAAACTACTCTGTGACTT----TCAG-GTCATGGAT-ATTTTGTATGG------AAAAGTGCAT--TTCA--GTTAA------AGGA-----G-AATA-TTTTGAAGGAGTT
gi|154647                     :                         TCA-GTAT--G-CAGAGT------ATATCAAGGGCAGACTACTCTGCGGCTT----TCAG-GTCATGAAT-A----TCTCGGATG-G-AACAGTCCAT--TTCT--GTTAA------GGGA-----G-AATG-TTATGAAGG-ATTG
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gi|154649                     : gtctgcatttttttaagtgtctgaacattataccaagggtgggggtggtgggggtgggttgggggatagtgcGCAT----TTAC-GTAATGGAT-A----GCAAGGCTT-C-GAAAGTGCAT--AACT--GTTAA------GAGA-----G-AGTA-TTTAGAAGT-GTTGGC
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|154648 ): CAGTGTCTCCAACAGATACCAAAAGAAGACAATCTAACTACATTTCACGACTCGGTAAAAAGGTTACAAACATGTGTTTCGGTTAAGGGGGAATACTTTGAATGTTTG






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Reference ( family-698 )      :                                                                       GGTCTGCA-ATTTTTCA-GTGTCTG-AACAGT------ATACCAAGGGGAGACTACTTTGCGGCAT----TT-AGGTCG--TGGAC-A----GCAAGACTT-C-AAAAGTGTGT--ATCTGTGCG------G-----GGG-----G-AATA-CTTTGAAGG-GTTGGCCTGAAAA
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Reference ( family-698 )      :                                                                       GGTCTGCA-ATTTTTCA-GTGTCTG-AACAGT------ATACCAAGGGGAGACTACTTTGCGGCAT----TT-AGGTCG--TGGAC-A----GCAAGACTT-C-AAAAGTGTGT--ATCTGTGCG------G-----GGG-----G-AATA-CTTTGAAGG-GTTGGCCTGAAAA
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gi|154647                     :                                                                                     TCA-GTAT--G-CAGAGT------ATATCAAGGGCAGACTACTCTGCGGCTT----TC-AGGTCA--TGAAT-A----TCTCGGATG-G-AACAGTCCAT--TTCTGTTAA------G-----GGA-----G-AATG-TTATGAAGG-ATTG
gi|154648                     :                                                                                      CA-GTGTCTCCAACAG-------ATACCAAAAGAAGACAATCTAACTACAT----TTCACGACT--CGG-T-A----AAAAGGTTA-C-AAACATGTGT--TTCGGTTAA------G-----GGG-----G-AATA-CTTTGAATG-TTTG
gi|154649                     :                                                                                                                                     GCAT----TT-ACGTAA--TGGAT-A----GCAAGGCTT-C-GAAAGTGCAT--AACTGTTAA------G-----AGA-----G-AGTA-TTTAGAAGT-GTTGGC
gi|154650                     :                                                                                                                                                  GCCG--TGTAC-A----GAAATACTT-A-AAAAATGTGT--ATCTGTGC-------T-----GGA-----G-AATA-CTTTGAAGG-GTTAGCC-GAAA
gi|154651                     :                                                                                                                                                   TCC--TGGAC-A----GCAAGACTT-C-AGAAGAGTGT--ATCTGTTC-------G-----GGA-----G-AATA-CTTT-AAAG-GCAGGTCTTAAAA


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lowQualScore                  :                                                                               2        1       3      555555                            3333  1      22     1 3333         1 1          22        6666666 33333   33333 1    1         1             
lowQualScore                  :                                                                               .        .       .      ......                            ....  .      ..     . ....         . .          ..        ....... .....   ..... .    .         .             
lowQualScore                  :                                                                               2        7       5      000000                            5555  7      11     5 3333         5 5          11        1111111 88888   88888 5    5         5             
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Reference ( family-698 )      :                                                                       GGTCTGCA-ATTTTTCA-GTGTCTG-AACAGT------ATACCAAGGGGAGACTACTTTGCGGCAT----TT-AGGTCG--TGGAC-A----GCAAGACTT-C-AAAAGTGTGT--ATCTGTGCG------G-----GGG-----G-AATA-CTTTGAAGG-GTTGGCCTGAAAA
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