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lowQualScore                  :         1 1   8         2 77 2     9              222222222222 6  4 2   0 4444   22 4   22   4  1   5 3  777   3333333  4  4       3 7777777777777777777777777777777777   1 666   3  0 7 1 44     77777     6   3          1    9999999      333 11 44444    666   5    55  6     1  888888  4444      333      22  3            4 1  1  4            5           2  1          
lowQualScore                  :         . .   .         . .. .     .              ............ .  . .   . ....   .. .   ..   .  .   . .  ...   .......  .  .       . ..................................   . ...   .  . . . ..     .....     .   .          .    .......      ... .. .....    ...   .    ..  .     .  ......  ....      ...      ..  .            . .  .  .            .           .  .          
lowQualScore                  :         2 9   1         0 88 0     4              111111111111 7  0 0   6 2222   88 0   88   0  4   2 9  000   4444444  1  0       8 8888888888888888888888888888888888   3 444   5  6 3 6 00     00000     4   5          7    0000000      000 99 33333    111   2    22  1     1  333333  0000      333      77  2            4 4  7  5            3           3  0          
consensus                     : TGTGCCAGCTGCAGTTATTTGATA-A--G-TATACTCCTAGATGTTTGTGTG--AT-GGCA-CNTC-T-ATAAT----TTG--T-TGG--TTC-TGCATANAAAG---TGG-----G-GGGTGAACGGGTT-G------------------------A-NTGCG---TTTGC---GAGNTATANGCANCGATTC----NGTTTTNGAT-GGATTAAAAG-TAAC------NAGCCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTCA--GATATTTTGTT-----NAT----GTCGGA---ATTTAA-TGTCTGTGCAGCATTGNCAATATCGTTATTATGATCG-ATTATAAAGTANAGGCTTGTATCGT
Reference ( gi|126624 )       : TGTGCCAGCTGCAGATATTTGATA-A--G-TATACTCCTAGATGTTTGTGAG--AT-GACA-CATC-T-ATAAT----TTG--T-TGG--TTC-TGAATAAAAAG---TGG-----G-GGATGAACGGGTT-G------------------------A-GTGCT---TTTGC---GAGTTACATGCATTGATTC----TGTTTTGGAT-GGATTAAAAG-TAAC------CAGCCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTCA--GATATTTTATT-----TAT----GTCAGA---ATTTAA-TGTCTGTGCAGCATTAACAATATCATTATTATGATTA-ATTATAAAGTAAAGACTTGTATCAT
gi|126625                     : TGTGCCAGCTGCAGTTATTTGATA-A--G-TATACTACTAGATGTTTGTGAG--AT-GACA-CATC-T-ATAAT----TTG--T-TGG--TTC-GGCATAAAAAG---TGG-----G-GG-TGAACGGGTT-G------------------------A-GTGCG---TTCGC---GAGTTACATGCATTGATTC----TGTTTTGGAT-GG-TTAA--G-TAAC------CAGCCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTCA--GATATTTTATT-----TAT----GTCAGA---ATTTAA-TGTCTGTGCAGCATTAACAATATCATTATTATGATTA-ATTATAAAGTAAAGGCTTGTATCAT
gi|126626                     : TGTGCCAGCTGCGATTATTTGATA-A--G-TATACTCCTAGATGTTTGTATG--GT-ACCA-CATC-T-ATAAT------G--T-TGG--TTC-TGCATAAAAAG---TGT-----G-GGGTGAACGGATT-G------------------------A-GTGCG---TTTGC---GAGTTACATGCATTGATTC----TGTTTTGGAT-GGATTAAAAA-TAAC------CAGCCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTCA--GATATTTTATT-----TAT----GTCAAA---ATTTAA-TGTCTGAGCGGCATAAACAATCTCATTATTATGATTA-ATTATAAAGTAAAGGCTTGTATCAT
gi|126629                     : TGTGCCAGCT-------------A-A--G-TATACACCTAGATGTTTGTGTG--AT-GACA-CATC-T-ATAAT----TTG--T-TGG--TTC-TGCATAAAAAG---TGG-----G-GG-TGAACGGGTT-G------------------------A-GTGCG---TTTGC---GAGTTACATGTATTGATTC----TTTTTTGGAT-GGATTAAAAAATAACAAAAAACAGCCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTCA--GATATTTTATT-----TAT----GTCAGA---ATTTAA-TGTCTGTGCAGCATTTACAATCTCATTATTATGATTA-ATCATAATGTAAAGGCTTGTATCAT
gi|126627                     : TGTGCCAGCTGCAATTATTTGATA-A--G-TATACTCCAAGATGTTTGTGTG--AT-GACA-TATC-T-ATAAT----GTG--T-TTG--TTC-TGCATAAAGAG---TGG-----G-GGGTGAACGGGTT-G------------------------A-ATGCG---TTTGA---GAGTTACATTTATTGATTC----TGCTTTGGAT-GGATTAAGAG-TAAC------CAGTCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTCA--GATATTTCGTT-----TAT----GTCAGA---ATTTAA-TGTCTGTTCGTCATAAAAAATCTCATTATTATGATTA-ATTATAAAGTAAAGGGTTGTATCAT
gi|126628                     : TGTGCCAGCTGCAGTTATTTGATA-A--A-TATACTCCTAGATGTCTGTGTG--AT-GGCA-CTTC-T-AAAAT----TTG--T-TGG--TTC-TGCATAAAAAG---TGG-----G-GGGTGAGCGGGTT-G------------------------A-GCGCG---TTTGC---GAGATATATGCAATGATTC----TGTTTTGGAT-GGATTAAACG-TAAC------CAGCCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTTA--GATATTTTATT-----TAT----GTCCGA---ATTTAA-TTTCACAGCGGCATTAGCAATCTCATTATTATGGTTA-ATTATAAGGTATAGACTTGTATCAT
gi|126630                     : TGTGCCAGCTACAG-TATTTGATC-A--A-TATACTCCTTGATGTTTGTGTG--TT--------TC-T-AAAAT----TTT--T-TAG--TTC-TGCATACATAA---TGGGGGTGG-GGCGGAATAGGTG-GGGGGGGGGGGAGGGGGGGGAGGGCA-GTGCG---TTTGC---GAGTTATATGCAATGATTA----TGTTTTTGAT-GGATTAAACG-TAAC------CAGTTAA---TTAT-----TTGA---TCA-TTCA--GATATTTTACT-----TAT----TTCCAC---ATTTAA-TTTCAAAGCGGCATTAACAATCTCATTATTATGGTTA-ATTATAAAGTAAAGACTT
gi|126631                     : TGTGCCAACCGCAGTTATTTGATA-A--G-TATACTTCTAGATGTTTGTGTG--AA-GACA-CATC-T-ATAAA----TTG--T-TGG--TTC-TGCATAAAAAG---TG
gi|126632                     : TGTGCCATCGTTAGATA------G-A--G-T-TATTCCAAGGTGTTTGTGAT---T-GTCATCGTCCT-GTA-T----TTGAATATAG--TTCATGAATATGG-G---TGG-----G-TGCTG---GGGTTTG------------------------ACATG-----TTTGC---GAGAAATAAGTAGAGATTC----AGTTTTAGCA-GGATTAAAAG-TTAC------TAGCCA------GG-----TTGAAGCCCT-TTCATTGATCTTTTGT-------AG----GTCAGA---ATTTAA-
gi|126634                     :  GTGCCAGGTACAGTTGTTTGATA-AAAG-TATAC--CTAAGTGTTTGTGTG--AT-TGTA-CTTC-TGATA-T----TTG--T-TGG--TTA-TGCATATAAAG---TGG-----T-GGATGGACGGGTT-G------------------------A-TTACG---TTTCC---TAGATATAAGAAGCGATTC----AGTCTTCGAT-GGATTAAAAG-TTAC------AAGCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATTTTGTT-----GAT----GTCGGA---ATTCAA-AATTTGTGCAGCATTGTTTATATTGTTATTATGATCG-ATTATAAAATACAGGCTTGTATCGT
gi|126635                     :  GTGCCAGGTACAGTTGTTTGATA-AAAG-TATAC--CTAATTGTTCGTGTG--AT-TGTA-CATC-TGATA-T----TTG--T-TGG--TTA-TGCATATATAG---TGG-----T-GGATGGACGGGTT-G------------------------A-TTACG---TTTCC---TAGATATAAGAAGCGATTC----AGTCTTCGAT-GGATTAAAAG-TTAC------AAGCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATTTTGTT-----GAT----GTCGGA---ATTCAA-AATTTGTGCAGCATTGTTTATATTGTTATTATGATCG-ATTATAAAGTACAGGCTTGTATCGT
gi|126636                     :  GTGCCAGGTACAGTTGTTTGATA-AAAG-TATAC--CTAAGTGTTTGTTTG--AT-TGTA-CTTC-TGATA-T----TTG--T-TGG--TTA-TGCATATATAG---TGG-----T-GGATGGACGGGTT-G------------------------A-TTACG---TTTCC---TAGATATAAGAAGCGATTC----AGTCTTCGAT-GGATTAAAAG-TTAC------AAGCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATTTTGTT-----GAT----GTCGGA---ATTCAA-AATTTGTGCAGCATTGTTTATATTGTTATTATGATCG-ATTATAAAGTACAGGCTTGTATCGT
gi|126637                     :  GTGCCAGGTACAGTTGTTTGATA-AAAG-TATAC--CTAAGTGTGTGTGTG--AT-TGTA-CTTC-TGATA-T----TTG--T-TGG--TTA-TGCATATATAG---TGG-----T-GGATGGACGGGTT-G------------------------A-TTACG---TTTCC---TAGATATAAGAAGCGATTC----AGTCTTCGAT-GGATTAAAAG-TTAC------AAGCCAT---TGTC-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATTTTGTT-----GAT----GTCGGA---ATTCAA-AATTTGTGCAGCATTGTTTATATTGTTATTATGATCG-ATTATAAAGTACAGGCTTGTATCGT
gi|126638                     :  GTGCCAGGTACAGTTGTTTGATA-AAAG-TATAC--CTAAGTATTTGTGTG--AT-TGTA-CTTC-TGATA-T----TTG--T-TGG--TTA-TGCATATAAAG---TGG-----T-GGATGGACGGGTT-G------------------------A-TTACG---TTTCC---TAGATATAAGAAGCGATTC----AGTCTTCGAT-GGATTAAAAG-TTAC------AAGCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATTTTGTT-----GAT----GTCGGA---ATTCAA-
gi|126639                     :  GTACCAGGTATAG-TCGTTGATA-A--A-AATATACCTAAGTACGTGTGTG--AT-TGTA-CTTC-TGATT-T----TTG--T-TGA--TTA-TGCATATATAG---TGG--------------CGGGTG-G------------------------A-CTCCT------------AGCTATAGGAAGGGATTC----AGTCTTCGAC-GGATTGAAAG-TTAC------AAGCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATATTGTT-----GAT----GCCGGA---ATTTAA-AGTTGGTGCAGCATTGTTTATTTTGTTATTGTGATCG-ATTACAAAGTTCAGACTTCTATCGT
gi|126640                     :  GTGACAGTTGTAGTTATTTGACA-A--A-TAAACTGGGAAAGGTT---------T-GGCA-CTCC-T-TCAAT----CTA--T-TGA--TTG-AGCGTAAATAT---TGG-----A-GAATGAAAGAGCA-G------------------------A----------TTGC---GAGATACCTGTAAACATTCAGAGGGGATTAGAG-GGATTCAAAG-TATC------TGGCCAT---TTAT-----TTGA---T----------GTGTTTTATCAATTGTAT----ATTTGA---ATTTGACTGTTT
gi|126641                     :  GTGCCATGTACAGTCGTTTG-TA-A--GGTAAATGCACAGATGTTTGTGTGC-ATCG--A-CTTC-T-GCAATGACCTCG--T-TTG--ACA-TGATTAAA-------GG-----A-GGATG---TGGTT-G------------------------G-CTGTTGTGTTTGC---GGGAAAAGAGAATCGATTC----AGATTTAGAT-GGATTGAACG-TAAC------CAGCCATAAATTATGAACCTTGA---ACA-TGTA--AAT-CGTGATA-----TATCACAGTCAGAGAGATTTA
gi|126643                     :     CCAGCTGCAGTTATTTGATA-A--A-TATACTCCTAGATGTTTGTGTG--AT-GACA-CATC-T-ATAAT----TTG--T-TGG--TTC-TGCATAAAAAA---TGG-----G-GAGTGAACGGGTT-G------------------------A-GTGCG---TTTGC---GAGTTACATGCATTGATTC----TGTTTTGGAT-CGATTAAAAG-TAAC------CAGCCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTCA--GATATTTTATT-----TAA----GTCAGA---ATTTAA-TGTCTGTGCAGCATTAACAATGTCGTTATTATGATTA-ATTATAAAGTAAAGGCTTCTATCATtttgttgcgta
gi|126642                     :                TATTTGAAA-AA-G-TA-AGGCCCAGCTGTTTATGAGTAAT-AACTTCTTG-T-ATAAC----AGT--T-TGA--TTC----ATAGAAATATTTGG---------ATGTATCGGTT-T------------------------G-TTGAT---TTTAC---GGGTAATAACCATCGATTC----TGTTTTATTT-GGATTAAAAT-TAAC------AAGCCAT---TTAT-----CAGC---CCAGTTGT--GA-ATTTTTCT-----GAG----ATCAGA---ATTTAA-CAT------AGAAGCGGCAAGATC----TGGTGATTATACTATAATAAAAAGACTAGTATCAT
gi|126644                     :   tgccatgatccatTATTTGAAA-AA-G-TA-AGGCCCAGATGTTTATGAGTAAT-AACTTCTTG-T-ATAAC----AGT--T-TGA--TTC----ATAGAAATATTTGG---------ATGTATCGGTT-T------------------------G-TTGAT---TTTAC---GCGTAATAACCATCGATTC----TGTTTTATTT-GGATTAAAAT-TAAC------AAGCCAT---TTAT-----CAGC---CCAGTTGT--GA-ATTTTTCT-----GAG----ATCAGA---ATTTAA-
gi|126633                     :                    tGATAGA--G-T-TATTCCAAGGTGTTTGTGAT---T-GTCAGCGTCCT-GTA-T----TTG--TATAGAGTTCATGATTA--------TGG-----GCGGGTGCTGGGGTTTG------------------------ACATG-----TTTGC---GAGAAATAAGTAGAGATTC----AGTTTTAGCA-GGATTAAAAG-TTAC------TAGCCA------GG-----TTGAAGCCCA-GTCATTGATCTTTTGT-------AG----GTCAGA---ATTTAA-
gi|126645                     :                                                                                                  tgtgccatgtgccatcgtaa-GGGTGAACAGGTT-T------------------------G-TTAAT---TTTCCTCGAAATAAC---CATTGATTC----GGTTTTC-ATAGGATTAAAAG-TAAC------TAGCCAT---GTGT-----TTGC---CCA-
gi|126646                     :                                                                                                                        GGTGAACAGGTT-A------------------------G-TTAAT---TTTCCTCGAAATAAC---CATTGATTC----TGTTTT-CATAGGATTAAAAG-TAAC------TAGCCAT---GTGT-----TTGC---CCA-
gi|126647                     :                                                                                                                                                                     ---TTTAC---GGGTTATAACCATCGATTC----TGTTTTATTT-GGATTACAAT-TAAC------AAGCAAT---TTAT-----CAGC---CCAGTTGT--GA-ATTTTTCT-----GAG----ATCAGA---ATTTAA-TAT------AGAAGCAGCAAAATC----TTGTGATTCTACTATAATAAAAAGACTAGTATCAT
gi|126648                     :                                                                                                                                                                                           ATTGCTTC----TGTTTTATTT-GGATTAAAAT-TAAC------TAACCAC---TGTT-----TTGA---CCA-ATCT--GAAATCATACT-----TAG----GTCGTA---ATTTAA-
gi|126649                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTGTGCAACATTGTTTATATTGTTATTGTGATCG-ATTATAAAGTACAGGCTTGTATCGT





Alignments
lowQualScore                  :                            11                                        111                                  1111111111111111                             11111111                                                                                                                                                                                               
lowQualScore                  :        2 2 1             3 66 1     8              99  1  777 3 1  3 888   9 4444   22 3   22   7777      4444444444444444 1   55    2  2  5555        22222222       0    1    1 1 22     1   3333  1   1          1    1 555555     333 11 44444    666   5    55  6     0  2     1        0  11          11 0  1  333         2  1           1             
lowQualScore                  :        . . .             . .. .     .              ..  .  ... . .  . ...   . ....   .. .   ..   ....      ................ .   ..    .  .  ....        ........       .    .    . . ..     .   ....  .   .          .    . ......     ... .. .....    ...   .    ..  .     .  .     .        .  ..          .. .  .  ...         .  .           .             
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gi|126639                     :  GTACCA-GGTATAGTCGTT-GATA-A--A-AATATACCTAAGTACGTGTG--TG-ATTGTA-CTTC-TG--ATT-T----TTG--T-TGA--TTA----TGCATAT---------------A-TAG--TGGC-GGGTGG---AC--------------------TCCTAGCTATAGGAAGGGATTCAGTC----TTCGAC-GGATTGAAAG-TTACAA------GCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATATTGTTGATGCCGGAATTTAAAGTTGGTGCAGCATTGTTTATTTT--GTTATTGTGA-TCGATTACAAAGTTCAGACTTCTATCGT
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gi|126641                     :  GTGCCA-TGTACAGTCGTTTG-TA-A--GGTAAATGCACAGATGTTTGTG--TGCATCG-A-CTTC-T---GCAATGACCTCG--T-TTG--ACA----TG-AT-T---------------A-AA----GGA-GGATG------TGGTTGGCT---GTTGTGTTTGCGGGAAAAGAGAATCGATTCAGAT----TTAGAT-GGATTGAACG-TAACCA------GCCATAAATTATGAACCTTGA---ACA-Ttgtgttttatcaattgtatatttgaatttgactgttt
gi|126642                     :   TGCCATGATCCA-TTATTTGAAA-AA-G-TA-AGGCCCAGCTGTTTATGAGTA-ATA--A-CTTC-TTGTATAAC----AGT--T-TGA--TTC-------ATAG---------------A-AATATTTGG-ATGT-A---TCGGTTTG-------TTGATTTTACGGGTAATAACCATCGATTCTGTT----TTATTT-GGATTAAAAT-TAACAA------GCCAT---TTAT-----CAGC---CCAGTTGT--GA-ATTTTTCTGAGATCAGAATTTAACAT------AGAAGCGGCAAGATCTGGTGATTAT------ACTATAATAAAAAGACTAGTATCATgtaaatcgtgatatatcacagtcagagagatttatttgttgcgta
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gi|126627                     : TGTGCCA-GCTGCAATTATTTGATA-A--G-TATACTCCAAGATGTTTGTG--TG-ATGACA-TATC-T---ATAAT----GTG--T-TTG--TTC----TGCATAA---------------A-GAG--TGGG-GGGTGA---ACGGGTTG------AATGCGTTTGAGAGTTACATTTATTGATTCTGCT----TTGGAT-GGATTAAGAG-TAACCA------GTCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTCA--GATATTTCGTTTATGTCAGAATTTAATGTCTGTTCGTCATAAAAAATCTC--ATTATTATGA-TTAATTATAAAGTAAAGGGTTGTATCAT
gi|126628                     : TGTGCCA-GCTGCAGTTATTTGATA-A--A-TATACTCCTAGATGTCTGTG--TG-ATGGCA-CTTC-T---AAAAT----TTG--T-TGG--TTC----TGCATAA---------------A-AAG--TGGG-GGGTGA---GCGGGTTG------AGCGCGTTTGCGAGATATATGCAATGATTCTGTT----TTGGAT-GGATTAAACG-TAACCA------GCCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTTA--GATATTTTATTTATGTCCGAATTTAATTTCACAGCGGCATTAGCAATCTC--ATTATTATGG-TTAATTATAAGGTATAGACTTGTATCAT
gi|126629                     : TGTGCCA-GCT-------------A-A--G-TATACACCTAGATGTTTGTG--TG-ATGACA-CATC-T---ATAAT----TTG--T-TGG--TTC----TGCATAA---------------A-AAG--TGGG-GG-TGA---ACGGGTTG------AGTGCGTTTGCGAGTTACATGTATTGATTCTTTT----TTGGAT-GGATTAAAAAATAACAAAAAACAGCCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTCA--GATATTTTATTTATGTCAGAATTTAATGTCTGTGCAGCATTTACAATCTC--ATTATTATGA-TTAATCATAATGTAAAGGCTTGTATCAT
gi|126630                     : TGTGCCA-GCTACAGT-ATTTGATC-A--A-TATACTCCTTGATGTTTGTG--TG--------TTTC-T---AAAAT----TTT--T-TAG--TTCTGCATACATAATGGGGGTGGGGCGGAATAGG--TGGG-GGGGGGGGGAGGGGGGGGAGGGCAGTGCGTTTGCGAGTTATATGCAATGATTATGTT----TTTGAT-GGATTAAACG-TAACCA------GTTAA---TTAT-----TTGA---TCA-TTCA--GATATTTTACTTATTTCCACATTTAATTTCAAAGCGGCATTAACAATCTC--ATTATTATGG-TTAATTATAAAGTAAAGACTT
gi|126631                     : TGTGCCA-ACCGCAGTTATTTGATA-A--G-TATACTTCTAGATGTTTGTG--TG-AAGACA-CATC-T---ATAAA----TTG--T-TGG--TTC----TGCATAA---------------A-AAG--TG
gi|126632                     : TGTGCCA-TC----GTTA---GATAGA--G-T-TATTCCAAGGTGTTTGTGA-T---TGTCATCGTCCT---GTA-T----TTGAATATAG--TTCA---TGAATAT---------------G-G-G--TGGG-TGCTG------GGGTTT------GACATGTTTGCGAGAAATAAGTAGAGATTCAGTT----TTAGCA-GGATTAAAAG-TTACTA------GCCA------GG-----TTGAAGCCCT-TTCATTGATCTTTTGT--AGGTCAGAATTTAA
gi|126633                     : TGTGCCA-TGTGCCATCGTAAGATAGA--G-T-TATTCCAAGGTGTTTGTGA-T---TGTCAGCGTCCT---GTA-T----TTG--TATAGAGTTCA---TGATTA-----------------------TGGGCGGGTGC---TGGGGTTT------GACATGTTTGCGAGAAATAAGTAGAGATTCAGTT----TTAGCA-GGATTAAAAG-TTACTA------GCCA------GG-----TTGAAGCCCA-GTCATTGATCTTTTGT--AGGTCAGAATTTAA
gi|126634                     :  GTGCCA-GGTACAGTTGTTTGATA-AAAG-TATAC--CTAAGTGTTTGTG--TG-ATTGTA-CTTC-TG--ATA-T----TTG--T-TGG--TTA----TGCATAT---------------A-AAG--TGGT-GGATGG---ACGGGTTG------ATTACGTTTCCTAGATATAAGAAGCGATTCAGTC----TTCGAT-GGATTAAAAG-TTACAA------GCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATTTTGTTGATGTCGGAATTCAAAATTTGTGCAGCATTGTTTATATT--GTTATTATGA-TCGATTATAAAATACAGGCTTGTATCGT
gi|126635                     :  GTGCCA-GGTACAGTTGTTTGATA-AAAG-TATAC--CTAATTGTTCGTG--TG-ATTGTA-CATC-TG--ATA-T----TTG--T-TGG--TTA----TGCATAT---------------A-TAG--TGGT-GGATGG---ACGGGTTG------ATTACGTTTCCTAGATATAAGAAGCGATTCAGTC----TTCGAT-GGATTAAAAG-TTACAA------GCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATTTTGTTGATGTCGGAATTCAAAATTTGTGCAGCATTGTTTATATT--GTTATTATGA-TCGATTATAAAGTACAGGCTTGTATCGT
gi|126636                     :  GTGCCA-GGTACAGTTGTTTGATA-AAAG-TATAC--CTAAGTGTTTGTT--TG-ATTGTA-CTTC-TG--ATA-T----TTG--T-TGG--TTA----TGCATAT---------------A-TAG--TGGT-GGATGG---ACGGGTTG------ATTACGTTTCCTAGATATAAGAAGCGATTCAGTC----TTCGAT-GGATTAAAAG-TTACAA------GCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATTTTGTTGATGTCGGAATTCAAAATTTGTGCAGCATTGTTTATATT--GTTATTATGA-TCGATTATAAAGTACAGGCTTGTATCGT
gi|126637                     :  GTGCCA-GGTACAGTTGTTTGATA-AAAG-TATAC--CTAAGTGTGTGTG--TG-ATTGTA-CTTC-TG--ATA-T----TTG--T-TGG--TTA----TGCATAT---------------A-TAG--TGGT-GGATGG---ACGGGTTG------ATTACGTTTCCTAGATATAAGAAGCGATTCAGTC----TTCGAT-GGATTAAAAG-TTACAA------GCCAT---TGTC-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATTTTGTTGATGTCGGAATTCAAAATTTGTGCAGCATTGTTTATATT--GTTATTATGA-TCGATTATAAAGTACAGGCTTGTATCGT
gi|126638                     :  GTGCCA-GGTACAGTTGTTTGATA-AAAG-TATAC--CTAAGTATTTGTG--TG-ATTGTA-CTTC-TG--ATA-T----TTG--T-TGG--TTA----TGCATAT---------------A-AAG--TGGT-GGATGG---ACGGGTTG------ATTACGTTTCCTAGATATAAGAAGCGATTCAGTC----TTCGAT-GGATTAAAAG-TTACAA------GCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATTTTGTTGATGTCGGAATTCAA
gi|126639                     :  GTACCA-GGTATAGTCGTT-GATA-A--A-AATATACCTAAGTACGTGTG--TG-ATTGTA-CTTC-TG--ATT-T----TTG--T-TGA--TTA----TGCATAT---------------A-TAG--TGGC-GGGTGG---AC--------------------TCCTAGCTATAGGAAGGGATTCAGTC----TTCGAC-GGATTGAAAG-TTACAA------GCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATATTGTTGATGCCGGAATTTAAAGTTGGTGCAGCATTGTTTATTTT--GTTATTGTGA-TCGATTACAAAGTTCAGACTTCTATCGT
gi|126640                     :  GTGACA-GTTGTAGTTATTTGACA-A--A-TAAACTGGGAAAGGTTTG----------GCA-CTCC-T---TCAAT----CTA--T-TGA--TTG----AGCGTAA---------------A-TAT--TGGA-GAATGA---AAGAGCAG------A------TTGCGAGATACCTGTAAACATTCAGAGGGGATTAGAG-GGATTCAAAG-TATCTG------GCCAT---TTAT-----TTGA---
gi|126641                     :  GTGCCA-TGTACAGTCGTTTG-TA-A--GGTAAATGCACAGATGTTTGTG--TGCATCG-A-CTTC-T---GCAATGACCTCG--T-TTG--ACA----TG-AT-T---------------A-AA----GGA-GGATG------TGGTTGGCT---GTTGTGTTTGCGGGAAAAGAGAATCGATTCAGAT----TTAGAT-GGATTGAACG-TAACCA------GCCATAAATTATGAACCTTGA---ACA-Ttgtgttttatcaattgtatatttgaatttgactgttt
gi|126642                     :   TGCCATGATCCA-TTATTTGAAA-AA-G-TA-AGGCCCAGCTGTTTATGAGTA-ATA--A-CTTC-TTGTATAAC----AGT--T-TGA--TTC-------ATAG---------------A-AATATTTGG-ATGT-A---TCGGTTTG-------TTGATTTTACGGGTAATAACCATCGATTCTGTT----TTATTT-GGATTAAAAT-TAACAA------GCCAT---TTAT-----CAGC---CCAGTTGT--GA-ATTTTTCTGAGATCAGAATTTAACAT------AGAAGCGGCAAGATCTGGTGATTAT------ACTATAATAAAAAGACTAGTATCATgtaaatcgtgatatatcacagtcagagagatttatttgttgcgta
gi|126643                     :     CCA-GCTGCAGTTATTTGATA-A--A-TATACTCCTAGATGTTTGTG--TG-ATGACA-CATC-T---ATAAT----TTG--T-TGG--TTC----TGCATAA---------------A-AAA--TGGG-GAGTGA---ACGGGTTG------AGTGCGTTTGCGAGTTACATGCATTGATTCTGTT----TTGGAT-CGATTAAAAG-TAACCA------GCCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTCA--GATATTTTATTTAAGTCAGAATTTAATGTCTGTGCAGCATTAACAATGTC--GTTATTATGA-TTAATTATAAAGTAAAGGCTTCTATCAT
gi|126644                     :                TTATTTGAAA-AA-G-TA-AGGCCCAGATGTTTATGAGTA-ATA--A-CTTC-TTGTATAAC----AGT--T-TGA--TTC-------ATAG---------------A-AATATTTGG-ATGT-A---TCGGTTTG-------TTGATTTTACGCGTAATAACCATCGATTCTGTT----TTATTT-GGATTAAAAT-TAACAA------GCCAT---TTAT-----CAGC---CCAGTTGT--GA-ATTTTTCTGAGATCAGAATTTAA
gi|126646                     :                                                                                                                                        GGTGA---ACAGGTTA------GTTAATTTTCCTCGAAATAACCATTGATTCTGTT----TTC-ATAGGATTAAAAG-TAACTA------GCCAT---GTGT-----TTGC---CCA-
gi|126647                     :                                                                                                                                                                    TTTACGGGTTATAACCATCGATTCTGTT----TTATTT-GGATTACAAT-TAACAA------GCAAT---TTAT-----CAGC---CCAGTTGT--GA-ATTTTTCTGAGATCAGAATTTAATATA---GAAGCA---GCAAAATC------TTGTGATTCTACTATAATAAAAAGACTAGTATCAT
gi|126648                     :                                                                                                                                                                                         TTCTGTT----TTATTT-GGATTAAAAT-TAACTA------ACCAC---TGTT-----TTGA---CCA-ATCT--GAAATCATACTTAGGTCGTAATTTAA
gi|126649                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                           attgcTTTGTGCAACATTGTTTATATT--GTTATTGTGA-TCGATTATAAAGTACAGGCTTGTATCGT


blockSeqs                     :        T C G             G AA G     T              AG  C  GAC T A  C TGT   A GACC   AA A   AG   TGCA      ATGGGGGTGGGGCGGA T   AT    C  G  GGGG        GAGGGCAG            T    T C TT     T   GGGA  G   A          A    C AAAACA     AAA TA GAACC    AGC   G    TT  T        T     A           CT          AA    A  TGG         T  A           A
blockSeqs                     :        . C G             G AA .     T              AG  .  ACC G A  C TGT   A .      .  A   .    A         A                .   AT    .  G  A           GCTGT               T    T C TT     T   .     G   .          .    C .          .   TA .        AGC   G    TT  T        T     A           CT          AA    C  A           .  A           A
blockSeqs                     :        . C G             . AA .     T              A   .  GAC . A  . G     A .      .  .   .    A         A                .   .     .  G  A           AG                  T    T T TT     T   .     G   .          .    C .          .   TA .        .     G    .   T        T     A           CT          AA    C  A           .  A           A
blockSeqs                     :        . C G             . AA .     T              A   .  GGC . T  . G     A .      .  .   .    .         A                .   .     .  G  A           AG                  A    T C AT     T   .     G   .          .    C .          .   TA .        .     .    .   T        T     C           CA          AG    C  A           .  A           T
blockSeqs                     :        . C A             . AA .     A              .   .  GAC . A  . G     A .      .  .   .    .         A                .   .     .  C  A           AA                  T    T T TT     T   .     G   .          .    A .          .   TA .        .     .    .   T        T     A           CT          TA    C  A           .  A           A
blockSeqs                     :        . C G             . A  .     T              .   .  GAC . T  . G     A .      .  .   .    .         A                .   .     .  G  A           AG                  T    T C AT     T   .     T   .          .    C .          .   TA .        .     .    .   T        T     C           CA          AA    C  A           .  A           A
blockSeqs                     :        . C G             . A  .     T              .   .  GTC . A  . G     A .      .  .   .    .         A                .   .     .  A  C           AG                  A    A T GA     A   .     A   .          .    T .          .   GT .        .     .    .   T        G     A           TT          GT    A  A           .  G           C
blockSeqs                     :        . C A             . .  .     T              .   .  GTC . G  . G     A .      .  .   .    .         T                .   .     .  A  G           GA                  A    A T GA     A   .     A   .          .    T .          .   GT .        .     .    .   T        G     A           TT          GT    A  G           .  G           C
blockSeqs                     :        . G A             . .  .     T              .   .  TGT . G  . .     A .      .  .   .    .         T                .   .     .  A  G           GA                  A    A A GC     A   .     C   .          .    A .          .   GT .        .     .    .   G        G     G           TT          GT    A  G           .  G           C
blockSeqs                     :        . G A             . .  .     A              .   .  TGT . T  . .     A .      .  .   .    .         T                .   .     .  A  G           AT                  A    A A GC     A   .     C   .          .    A .          .   GT .        .     .    .   G        G     G           TT          GT    A  G           .  G           C
blockSeqs                     :        . G A             . .  .     T              .   .  TGT . A  . .     A .      .  .   .    .         T                .   .     .  A  G           AT                  A    A A GC     A   .     C   .          .    A .          .   GT .        .     .    .   G        G     G           TG          GT    T  G           .  G           C
blockSeqs                     :        . G A             . .  .     G              .   .  TGT . T  . .     A .      .  .   .    .         T                .   .     .  G  G           AT                  A    A A GC     A   .     C   .          .    A .          .   GT .        .     .    .   G        G     G           CT          GG    A  G           .  A           A
blockSeqs                     :        . G A             . .  .     G              .   .  TGT . T  . .     . .      .  .   .    .         T                .   .     .  A  G           AT                  A    A A GC     A   .     C   .          .    A .          .   TA .        .     .    .   G        G     G           TT          AA    G  G           .  T           A
blockSeqs                     :        . G G             . .  .     T              .   .  TGT . T  . .     . .      .  .   .    .         T                .   .     .  A  A           AT                  C    G A GG     A   .     C   .          .    A .          .   TA .        .     .    .   G        T     G           A           GT    A  G           .  G           A
blockSeqs                     :        . G A             . .  .     G              .   .  GAC . T  . .     . .      .  .   .    .         A                .   .     .  G  A           AG                  A    T T AA     A   .     A   .          .    T .          .   TA .        .     .    .   T        G     A           .           G     A  .           .  .           C
blockSeqs                     :        . T C             . .  .     .              .   .  GC  . T  . .     . .      .  .   .    .         T                .   .     .  G  A           GT                  A    A A TC     A   .     A   .          .    C .          .   TA .        .     .    .   A        G     A                                                            
blockSeqs                     :        . G G             . .  .     .              .   .  CG  . T  . .     . .      .  .   .    .         G                .   .     .  G  A           A                   T    A C TC     T   .     A   .          .    A .          .   TA .        .     .    .   .        T     A                                                            
blockSeqs                     :        . A .             . .  .     .              .   .  A   . T  . .     . .      .  .   .    .         A                .   .     .  G  A           T                   T    T C TT     T   .     G   .          .    C .          .   TG .        .     .    .   .        .     A                                                            
blockSeqs                     :        . C .             . .  .     .              .   .  A   . A  . .     . .      .  .   .    .         G                .   .     .  .  .           T                   T    A C TC     T   .     A   .          .    A .          .   TA .        .     .    .   .        .     G                                                            
blockSeqs                     :                          . .  .     .              .   .  .   . T  . .     . .      .  .   .    .         .                .   .        .  .           .                   A    A C TT     T   .     C   .          .    T .          .   GT .        .     .                                                                                    
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|126645 ): GGGTGAACAGGTTTGTTAATTTTCCTCGAAATAACCATTGATTCGGTTTTCATAGGATTAAAAGTAACTAGCCATGTGTTTGCCCA






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Reference ( family-697 )      : TGTGCCA-GCTGCAGTTATTTGATA-A--G-TATACTCCTAGATGTTTGTG--TG-ATGGCA-CNTC-T---ATAAT----TTG--T-TGG--TTC----TGCATAN---------------A-AAG--TGGG-GGGTGA---ACGGGTTG------ANTGCGTTTGCGAGNTATANGCANCGATTCNGTT----TTNGAT-GGATTAAAAG-TAACNA------GCCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTCA--GATATTTTGTTNATGTCGGAATTTAATGTCTGTGCAGCATTGNCAATATC--GTTATTATGA-TCGATTATAAAGTAAAGGCTTGTATCGT
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gi|126638                     :  GTGCCA-GGTACAGTTGTTTGATA-AAAG-TATAC--CTAAGTATTTGTG--TG-ATTGTA-CTTC-TG--ATA-T----TTG--T-TGG--TTA----TGCATAT---------------A-AAG--TGGT-GGATGG---ACGGGTTG------ATTACGTTTCCTAGATATAAGAAGCGATTCAGTC----TTCGAT-GGATTAAAAG-TTACAA------GCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATTTTGTTGATGTCGGAATTCAA
gi|126639                     :  GTACCA-GGTATAGTCGTT-GATA-A--A-AATATACCTAAGTACGTGTG--TG-ATTGTA-CTTC-TG--ATT-T----TTG--T-TGA--TTA----TGCATAT---------------A-TAG--TGGC-GGGTGG---AC--------------------TCCTAGCTATAGGAAGGGATTCAGTC----TTCGAC-GGATTGAAAG-TTACAA------GCCAT---TGTT-----TTGA---CCA-TTCA--GTGATATTGTTGATGCCGGAATTTAAAGTTGGTGCAGCATTGTTTATTTT--GTTATTGTGA-TCGATTACAAAGTTCAGACTTCTATCGT
gi|126640                     :  GTGACA-GTTGTAGTTATTTGACA-A--A-TAAACTGGGAAAGGTTTG----------GCA-CTCC-T---TCAAT----CTA--T-TGA--TTG----AGCGTAA---------------A-TAT--TGGA-GAATGA---AAGAGCAG------A------TTGCGAGATACCTGTAAACATTCAGAGGGGATTAGAG-GGATTCAAAG-TATCTG------GCCAT---TTAT-----TTGA---
gi|126641                     :  GTGCCA-TGTACAGTCGTTTG-TA-A--GGTAAATGCACAGATGTTTGTG--TGCATCG-A-CTTC-T---GCAATGACCTCG--T-TTG--ACA----TG-AT-T---------------A-AA----GGA-GGATG------TGGTTGGCT---GTTGTGTTTGCGGGAAAAGAGAATCGATTCAGAT----TTAGAT-GGATTGAACG-TAACCA------GCCATAAATTATGAACCTTGA---ACA-Ttgtgttttatcaattgtatatttgaatttgactgttt
gi|126642                     :   TGCCATGATCCA-TTATTTGAAA-AA-G-TA-AGGCCCAGCTGTTTATGAGTA-ATA--A-CTTC-TTGTATAAC----AGT--T-TGA--TTC-------ATAG---------------A-AATATTTGG-ATGT-A---TCGGTTTG-------TTGATTTTACGGGTAATAACCATCGATTCTGTT----TTATTT-GGATTAAAAT-TAACAA------GCCAT---TTAT-----CAGC---CCAGTTGT--GA-ATTTTTCTGAGATCAGAATTTAACAT------AGAAGCGGCAAGATCTGGTGATTAT------ACTATAATAAAAAGACTAGTATCATgtaaatcgtgatatatcacagtcagagagatttatttgttgcgta
gi|126643                     :     CCA-GCTGCAGTTATTTGATA-A--A-TATACTCCTAGATGTTTGTG--TG-ATGACA-CATC-T---ATAAT----TTG--T-TGG--TTC----TGCATAA---------------A-AAA--TGGG-GAGTGA---ACGGGTTG------AGTGCGTTTGCGAGTTACATGCATTGATTCTGTT----TTGGAT-CGATTAAAAG-TAACCA------GCCAT---TTAT-----TTGA---CCA-TTCA--GATATTTTATTTAAGTCAGAATTTAATGTCTGTGCAGCATTAACAATGTC--GTTATTATGA-TTAATTATAAAGTAAAGGCTTCTATCAT
gi|126644                     :                TTATTTGAAA-AA-G-TA-AGGCCCAGATGTTTATGAGTA-ATA--A-CTTC-TTGTATAAC----AGT--T-TGA--TTC-------ATAG---------------A-AATATTTGG-ATGT-A---TCGGTTTG-------TTGATTTTACGCGTAATAACCATCGATTCTGTT----TTATTT-GGATTAAAAT-TAACAA------GCCAT---TTAT-----CAGC---CCAGTTGT--GA-ATTTTTCTGAGATCAGAATTTAA
gi|126646                     :                                                                                                                                        GGTGA---ACAGGTTA------GTTAATTTTCCTCGAAATAACCATTGATTCTGTT----TTC-ATAGGATTAAAAG-TAACTA------GCCAT---GTGT-----TTGC---CCA-
gi|126647                     :                                                                                                                                                                    TTTACGGGTTATAACCATCGATTCTGTT----TTATTT-GGATTACAAT-TAACAA------GCAAT---TTAT-----CAGC---CCAGTTGT--GA-ATTTTTCTGAGATCAGAATTTAATATA---GAAGCA---GCAAAATC------TTGTGATTCTACTATAATAAAAAGACTAGTATCAT
gi|126648                     :                                                                                                                                                                                         TTCTGTT----TTATTT-GGATTAAAAT-TAACTA------ACCAC---TGTT-----TTGA---CCA-ATCT--GAAATCATACTTAGGTCGTAATTTAA
gi|126649                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                           attgcTTTGTGCAACATTGTTTATATT--GTTATTGTGA-TCGATTATAAAGTACAGGCTTGTATCGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|126645 ): GGGTGAACAGGTTTGTTAATTTTCCTCGAAATAACCATTGATTCGGTTTTCATAGGATTAAAAGTAACTAGCCATGTGTTTGCCCA