lowQualScore : 22 77777777777 1 1 1 1 1111 11 22222 222 111 333333
lowQualScore : 1 1 3 00 1 22 22 1 22 22 1 222 1 55555555555 3 7 8 0 0 7 7777 77 88888 8 8 888 111 888888 6 7 7 1
lowQualScore : . . . .. . .. .. . .. .. . ... . ........... . . . . . . .... .. ..... . . ... ... ...... . . . .
lowQualScore : 6 5 1 88 5 11 11 5 11 11 5 777 5 00000000000 8 3 2 4 6 0 0000 88 00000 0 0 000 222 333333 7 3 3 0
consensus : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTTATTC----ACATTNT-TACA-TGTTGCATCCACCGAGTCTAAACC----TAAACTGCC----ACTAACA-GA-ATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCGAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCACGTCCTTCATTATAACC
Reference ( gi|37442 ) : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTTAGTCGACTAAATTTTGTACA-TGTTGCATCCACCAAGTCTTAACC----TAAGCTGCA----ACTAACA-GA-ATAC---TTTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATATCCTTCATTATAACC
gi|37443 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--A--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAA-TGTATTCGACAACATTTTGTACA-TGTTGCATCCACCGAGTCTAAACC----TAATCTTCC----ACTAACA-GA-ATAT---CCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAACAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37444 : TGTTTCAACATCA-CACA-CACACACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTTATTCGAAAACATTGTGTACA-TGTTGAATCCACCGAGTCTAAACC----TCAACTGCT----ACTTACA-GA-ATAT---TCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTGACATCTAGCGAACATTAAAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTA-TTTCACATCCTTCATTATAACC
gi|37445 : TGTTTCAACGTCA-CGCA-TA-A--CTAAACACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATACAT-TTTATTCGACTACATTGTGTACA-TGCTGCATCCACCGAGTCTAAACC----TAAACTGCC----ACTAACA-GA-ATAC---TCTCCTTTAATCAACAATTCTGGTTCCTAATATCTAGCAATCAATACAATAATTAAGTTAAACATGGCTCCT--------TT---AAATATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37446 : TGTTTCAACATCA-TACA-TA-A--CTAA-CGCAGAAA--G--AAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TT-----------ATTTTTTACATTGTTGCAACCATCA--TTTAAACT----TGAA-TACATTTTATTAACA-CATATACACGTTTC---TAAATA
gi|37447 : TGTTTCAACGTCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATACAT-TT-----------ATTTCTTACATTGTTACA
gi|37448 : TGTTTCAACATTA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--T--TTTCT-AT---ATATAT-TT
gi|37449 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A--CTTG-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTatttcttacattgttaacactgtcatttaaactttaataaattctattaaca
gi|37450 : TGTTCCAACATCA-CTCT-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-GT---ATATAT-TTatt
gi|37452 : TGTTTAAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAT--G--CAA-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTattccaca
gi|37451 : TGTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAT-CACAGAAA--G--CAG-GA--A--TTTTT-AT---ATATAT-TT-----------ATTTCTTACAGTGTTGCAACTGTCA--TTTAAACTTTGATAAA-TGCT----ATTAACACGT-ATGCACGTTTC---TAAACAatttcttgcattgttaca
gi|37454 : TGTTCCAGTATCA-CAGA-CA-A--CTAA-CAAAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TT
gi|37456 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACT-A-CACAACGC--G--TAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTTatt
gi|37455 : TGTTTCAACATCA-CAGA-CA-A--CCAA-CACATAAA--G--AAG-AA--C--TTTCT-AT---ATATAT-Tttcttacattattacatttcgtttaaactttaatgaattccatttaacacatatgcacgcttctaaaca
gi|37457 : TGTTCCAACATCA-CGCA-CA-A-ACAAG-GATAGAAA--G--CAT-GA--C--TTTCC-AT---ATATAT-TT
gi|37453 : TGTTCTAACATTA-CACA-CA-C-ACTA--CACAAAGT--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---CTATAT-TTTATTC--TTACATTAT-TCCA-TCTTACATatttctttacattattacaactgtcatttaaacttaaa
gi|37459 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-G-ACTAA-CAGAAAAC--G--CAGTTC--C--TTTCCGAT---ATATAT-TTtttaaactgtaattgtcactacttaaacacgatattc
gi|37463 : TGTTTCACTATTG-CACA-TT-A--TTAA-CACGTAAA--G--CAG-GA--T--TTTCT-AT---ATATAT-TTattctacattatt
gi|37461 : TGTTCCAACATCAACAAA-AA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--TAG-CGTTC--TTTCG-AT---ATAT-T-TTTAatttcttacattgt
gi|37458 : TGTACCAACGTCA-CACA-CA-A-ACTAA--ACACAAA--GCACAG-TT--CCTTTTCG-AT---ATATAT-TTTATT----TACATTAT-TACA-TCTTTCAT
gi|37462 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ATTG---ACAGAAAGCG--CAG---------TTCC-ATTGGATATATCTTTATTCTAC
gi|37460 : TGTTTCACCATCG-CACATCA----TTAA-CACATAAC--A--CAC-GA--T--TTTCT-AT---ATACAT-TT----------AATTCT-TACATTGTTACAatcat
gi|37465 : GTTTCAACGTCA-CACA-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAA-GA--C--TTTCT-AT---TTATAT-TT-----------ATTTCTTACATTGTTACA
gi|37464 : GTTCTAACATCG-CACA-CA-A--CTAA-CACAGCGC--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-ATTATTC--TTACATTAT-TACA-TCTTTCATattgtcactttaaactttaataaattctattaacacatatgcacacttctaaa
gi|37466 : GTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACCGAAT--A--CAA-GA--C--TTTCT-TT---ATATAT-ttaaatctgtaattgtcacta
gi|37467 : CAACATCG-CACA-CA----CTAA-CACAGTGC--T--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTTatatatatatatatatatatatcttacatttttacaactgtcactttaaactttaataaattctattaaca
gi|37468 : ACA-CATA-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--A----ATATTT-TTTAttacattatttcatctttcat
Alignments
lowQualScore : 11 1111 3333 11 4444444444444444 11111 11111 1 22222 222222
lowQualScore : 1 1 3 99 1 22 22 1 22 22 1 222 0000 1 5555 333 1 1 9 1 11 1 44 4444444444444444 1 99999 2 8 55555 77777 3 3 5 99999 6 0 2 888888 2 3 3 2
lowQualScore : . . . .. . .. .. . .. .. . ... .... . .... ... . . . . .. . .. ................ . ..... . . ..... ..... . . . ..... . . . ...... . . . .
lowQualScore : 5 5 0 77 5 00 00 5 00 00 5 666 2222 6 4444 000 8 0 1 9 55 9 66 3333333333333333 4 88888 9 9 11111 11111 1 6 0 99999 5 8 0 888888 5 2 2 0
consensus : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT---TTTATT-CT---AC---AT-TGT-T-ACA--TGTTGCAT-----CCACCG--AGTTTAAACT----TA-AATTG----C----CA-CTAACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
Reference ( family-689 ) : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT---TTTATT-C----AC---AT-TNT-T-ACA--TGTTGCAT-----CCACCG--AGTCTAAACC----TA-AACTG----C----CA-CTAACA-GA-ATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCGAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCACGTCCTTCATTATAACC
gi|37442 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT---TTTAGT-CG---ACTAAAT-TTTGT-ACA--TGTTGCAT-----CCACCA--AGTCTTAACC----TA-AGCTG----C----AA-CTAACA-GA-ATAC---TTTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATATCCTTCATTATAACC
gi|37443 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--ACA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATATAA---TGTATT-CGACAAC---AT-TTTGT-ACA--TGTTGCAT-----CCACCG--AGTCTAAACC----TA-ATCTT----C----CA-CTAACA-GA-ATAT---CCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAACAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37444 : TGTTTCAACATCA-CACA-CACACACTAA-CACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT---TTTATT-CGAAAAC---AT-TGTGT-ACA--TGTTGAAT-----CCACCG--AGTCTAAACC----TC-AACTG----C----TA-CTTACA-GA-ATAT---TCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTGACATCTAGCGAACATTAAAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTA-TTTCACATCCTTCATTATAACC
gi|37445 : TGTTTCAACGTCA-CGCA-TA-A--CTAAACACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATACAT---TTTATT-CGACTAC---AT-TGTGT-ACA--TGCTGCAT-----CCACCG--AGTCTAAACC----TA-AACTG----C----CA-CTAACA-GA-ATAC---TCTCCTTTAATCAACAATTCTGGTTCCTAATATCTAGCAATCAATACAATAATTAAGTTAAACATGGCTCCT--------TT---AAATATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37446 : TGTTTCAACATCA-TACA-TA-A--CTAA-CGCAGAAA--GAA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATATA----TTTAT-------------T-TTT-T-ACAT-TGTTGCAA-----CCATC----ATTTAAACT----TG-AA-TA----CATTTTA-TTAACA-CATATACACGTTTC---TAAATA
gi|37447 : TGTTTCAACGTCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATACAT---TTATTT-CTT--AC---AT-TGT-T-ACA--
gi|37448 : TGTTTCAACATTA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--GCA--G-GA--T--TTTCT-AT---ATATAT---TTATTT-CTT--AC---AT-TGT-TAACAC-TGT--CAT-----TTA--A--ACTTTAA-------TA-AATT-----C----TA-TTAACA-
gi|37449 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A--CTTG-CACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATATA----TTTATT-
gi|37450 : TGTTCCAACATCA-CTCT-CA-A--CTAA-CACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT-GT---ATATA----TTTATTCC----AC---A
gi|37451 : TGTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAT-CACAGAAA--GCA--G-GA--A--TTTTT-AT---ATATA----TTTAT-------------T-TCT-T-ACAG-TGTTGCAA-----CTGTC----ATTTAAACTTTGATA-AA-TG----C----TA-TTAACACGT-ATGCACGTTTC---TAAACA
gi|37452 : TGTTTAAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAT--GCA--A-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT---TTATTT-CTT--GC---AT-TGT-T-ACA--
gi|37453 : TGTTCTAACATTA-CACA-CA-C-ACTA--CACAAAGT--GCA--G-GA--C--TTTCT-AT---CTATAT---TTTATT-CTT--AC---AT-TAT-T-CCA--TCTTACAT---------------TTTAAACT----GT-AATTG----T----CA-CTA
gi|37454 : TGTTCCAGTATCA-CAGA-CA-A--CTAA-CAAAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATATA----TTTATT-cttaaacacgatattc
gi|37455 : TGTTTCAACATCA-CAGA-CA-A--CCAA-CACATAAA--GAA--G-AA--C--TTTCT-AT---ATATAT---T
gi|37456 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACT-A-CACAACGC--GTA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT---TTT-TT-CTT--AC---AT-TAT-T-ACA--T------T-----TC-------GTTTAAACT----TT-AA-TGAATTC----CATTTAACA-CATATGCACG---CTTCTAAACA
gi|37457 : TGTTCCAACATCA-CGCA-CA-A-ACAAG-GATAGAAA--GCA--T-GA--C--TTTCC-AT---ATATATTTATTTCTT-T----AC---AT-TAT-T-ACAACTGT--CA----------------TTTAAACT----TA-AA
gi|37458 : TGTACCAACGTCA-CACA-CA-A-ACTAA--ACACAAA--GCACAG-TT--CCTTTTCG-AT---ATATAT---TTTATT-T----AC---AT-TAT-T-ACA--TCTTTCAT-----
gi|37459 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-G-ACTAA-CAGAAAAC--GCA--GTTC--C--TTTCCGAT---ATATA----TTTATT-CT---AC---AT-TAT-T-
gi|37460 : TGTTTCACCATCG-CACATCA----TTAA-CACATAAC--ACA--C-GA--T--TTTCT-AT---ATACAT---TTAATT-CTT--AC---AT-TGT-T-ACA--
gi|37461 : TGTTCCAACATCAACAAA-AA-A-ACTAA-CACAGAAA--GTA--G-CGTTC--TTTCG-AT---ATAT-T---TTTA
gi|37462 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ATTG---ACAGAAAGCGCA--G---------TTCC-ATTGGATATATC--TTTATT-CT---AC---AT-CAT-
gi|37463 : TGTTTCACTATTG-CACA-TT-A--TTAA-CACGTAAA--GCA--G-GA--T--TTTCT-AT---ATATA----TTTAT-------------T-TCT-T-ACA--T
gi|37464 : GTTCTAACATCG-CACA-CA-A--CTAA-CACAGCGC--GCA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT---ATTATT-CTT--AC---AT-TAT-T-ACA--TCTTTCA----------------TTTAAATC----TGTAATTG----T----CA-CTAtgt
gi|37465 : GTTTCAACGTCA-CACA-CA-A--CTAA-CACAGAAA--GCA--A-GA--C--TTTCT-AT---TTATAT---TTATTT-CTT--AC---AT-TGT-T-ACA---ATTG--------TCAC------TTTAAACTTTAATA-AATT-----C----TA-TTAACA-CATATGCACA---CTTCTAAA
gi|37466 : GTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACCGAAT--ACA--A-GA--C--TTTCT-TT---ATATATA--TATATA-T----AT---ATATATAT-ATA--TCTTACATTTTTACAACTGTCACTTTAAACTTTAATA-AATT-----C----TA-TTAACA-
gi|37467 : CAACATCG-CACA-CA----CTAA-CACAGTGC--TCA--G-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT---TT--TT-T----AC---AT-TAT-T-TCA--TCTTTCAT-----
gi|37468 : ACA-CATA-ACTAA-CACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTC--A------ATAT---TT--TT-T----AC---AT-TGT-T-ACAACTGT--CAT-----TTA--A--ACTTTAA-------TA-AATT-----C----TA-TTAACA-
Alignments
lowQualScore : 11 111111 11 4444444444444444 1111 11111 1 22222 222222
lowQualScore : 1 1 3 99 1 22 22 1 22 22 1 222 66 0 1 666666 333 333 44444 1 7 2 22 1 44 4444444444444444 8888 2 22222 0 3 77777 44 2 99999 6 0 888888 2 3 3
lowQualScore : . . . .. . .. .. . .. .. . ... .. . . ...... ... ... ..... . . . .. . .. ................ .... . ..... . . ..... .. . ..... . . ...... . . .
lowQualScore : 5 5 0 77 5 00 00 5 00 00 5 666 11 8 6 666666 000 000 33333 8 6 0 11 9 66 3333333333333333 2222 9 99999 5 1 77777 44 8 99999 5 8 888888 5 2 2
consensus : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTTAT-T---CT-TA---C---A-----T-TGT-T-ACA--TGTTGCAT-----CCACCG--AGTTTAAACT----TA-AAT---TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
Reference ( family-689 ) : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTTAT-T---C--TA---C---A-----T-TGT-T-ACA--TGTTGCAT-----CCACCG--AGTTTAAACT----TA-AAT---TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37442 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTTAG-T---C--GA---CTAAA-----T-TTTGT-ACA--TGTTGCAT-----CCACCA--AGTCTTAACC----TA-AGC---TGCAA-CT-----AACA-GA-ATAC---TTTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATATCCTTCATTATAACC
gi|37443 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--A--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAA-TGTAT-T---C--GA---C---AACATTT-TGT---ACA--TGTTGCAT-----CCACCG--AGTCTAAACC----TA-ATC---TTCCA-CT-----AACA-GA-ATAT---CCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAACAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37444 : TGTTTCAACATCA-CACA-CACACACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTTAT-T---C--GAAAAC---A-----T-TGTGT-ACA--TGTTGAAT-----CCACCG--AGTCTAAACC----TC-AAC---TGCTA-CT-----TACA-GA-ATAT---TCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTGACATCTAGCGAACATTAAAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTA-TTTCACATCCTTCATTATAACC
gi|37445 : TGTTTCAACGTCA-CGCA-TA-A--CTAAACACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATACAT-TTTAT-TCGAC--TA---C---A-----T-TGTGT-ACA--TGCTGCAT-----CCACCG--AGTCTAAACC----TA-AAC---TGCCA-CT-----AACA-GA-ATAC---TCTCCTTTAATCAACAATTCTGGTTCCTAATATCTAGCAATCAATACAATAATTAAGTTAAACATGGCTCCT--------TT---AAATATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37446 : TGTTTCAACATCA-TACA-TA-A--CTAA-CGCAGAAA--G--AAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATA--TTTAT-T---T--T------------------T-T-ACAT-TGTTGCAA-----CCATC----ATTTAAACT----TG-AATACATTTTA-TT-----AACA-CATATACACGTTTC---TAAATA
gi|37447 : TGTTTCAACGTCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATACAT-TTATT-T---CT-TA---C---A-----T-TGT-T-ACA--
gi|37448 : TGTTTCAACATTA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--T--TTTCT-AT---ATATAT-TTATT-T---CT-TA---C---A-----T-TGT-TAACAC-TGT--CAT-----TTA--A--ACTTTAA-------TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
gi|37449 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A--CTTG-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATA--TTTAT-T---
gi|37450 : TGTTCCAACATCA-CTCT-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-GT---ATATA--TTTAT-T---C--CA---C---A-----
gi|37451 : TGTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAT-CACAGAAA--G--CAG-GA--A--TTTTT-AT---ATATA--TTTAT-----------------------T-TCT-T-ACAG-TGTTGCAA-----CTGTC----ATTTAAACTTTGATA-AA----TGCTA-TT-----AACA-CGTATGCACGTTTC---TAAACA
gi|37452 : TGTTTAAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAT--G--CAA-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTATT-T---CT-TG---C---A-----T-TGT-T-ACA--
gi|37453 : TGTTCTAACATTA-CACA-CA-C-ACTA--CACAAAGT--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---CTATAT-TTTAT-T---CT-TA---C---A-----T-TAT-T-CCA--TCTTACAT---------------TTTAAACT----GT-AAT---TGTCA-CTACTTAAACACGATAT
gi|37454 : TGTTCCAGTATCA-CAGA-CA-A--CTAA-CAAAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATA--TTTAT-T---tc
gi|37455 : TGTTTCAACATCA-CAGA-CA-A--CCAA-CACATAAA--G--AAG-AA--C--TTTCT-AT---ATATAT-T
gi|37456 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTA--CACAACGC--G--TAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-TTTTT-C---T--TA---C---A-----T-TAT-T-ACA--T------T-----TC-------GTTTAAACT----TT-AATGAATTCCATTT-----AACA-CATATGCACG---CTTCTAAACA
gi|37457 : TGTTCCAACATCA-CGCA-CA-A-ACAAG-GATAGAAA--G--CAT-GA--C--TTTCC-AT---ATATAT-TTATT-T---CTTTA---C---A-----T-TAT-T-ACAACTGT--CA----------------TTTAAACT----TA-AA
gi|37458 : TGTACCAACGTCA-CACA-CA-A-ACTAA--ACACAAA--GCACAG-TT--CCTTTTCG-AT---ATATAT-TTTAT-T------TA---C---A-----T-TAT-T-ACA--TCTTTCAT-----
gi|37459 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-G-ACTAA-CAGAAAAC--G--CAGTTC--C--TTTCCGAT---ATATA--TTTAT-T---C--TA---C---A-----T-TAT-T-
gi|37460 : TGTTTCACCATCG-CACATCA----TTAA-CACATAAC--A--CAC-GA--T--TTTCT-AT---ATACAT-TTAAT-T---CT-TA---C---A-----T-TGT-T-ACA--
gi|37461 : TGTTCCAACATCAACAAA-AA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--TAG-CGTTC--TTTCG-AT---ATAT-T-TTTA
gi|37462 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ATTG---ACAGAAAGCG--CAG---------TTCC-ATTGGATATATCTTTAT-T---C--TA---C---A-----T-
gi|37463 : TGTTTCACTATTG-CACA-TT-A--TTAA-CACGTAAA--G--CAG-GA--T--TTTCT-AT---ATATAT-TTATT-T---CT-TA---C---A-----T-TGT-cat
gi|37464 : GTTCTAACATCG-CACA-CA-A--CTAA-CACAGCGC--G--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-ATTAT-T---CT-TA---C---A-----T-TAT-T-ACA--TCTTTCA----------------TTTAAATC----TGTAAT---TGTCA-CT-----A
gi|37465 : GTTTCAACGTCA-CACA-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAA-GA--C--TTTCT-AT---TTATAT-TTATT-T---CT-TA---C---A-----T-TGT-T-ACA---ATTG--------TCAC------TTTAAACTTTAATA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-CATATGCACA---CTTCTAAA
gi|37466 : GTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACCGAAT--A--CAA-GA--C--TTTCT-TT---ATATA--TATATAT---A--TA---T---A-----TATATAT-ATA--TCTTACATTTTTACAACTGTCACTTTAAACTTTAATA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
gi|37467 : CAACATCG-CACA-CA----CTAA-CACAGTGC--T--CAG-GA--C--TTTCT-AT---ATATAT-T---T-T---T--TA---C---A-----T-TAT-T-TCA--TCTTTCAT-----
gi|37468 : ACA-CATA-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTCA-AT---AT---T-TTT----------TA---C---A-----T-TGT-T-ACAACTGT--CAT-----TTA--A--ACTTTAA-------TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
Alignments
lowQualScore : 11 555555555555555555 1111 11111 1 22222 222222
lowQualScore : 1 1 3 99 1 22 22 1 22 22 22 1 222 3 4 8888888888888 88 22 0 7 2 555555555555555555 8888 2 22222 0 3 77777 44 2 99999 6 0 888888 2 3 3
lowQualScore : . . . .. . .. .. . .. .. .. . ... . . ............. .. .. . . . .................. .... . ..... . . ..... .. . ..... . . ...... . . .
lowQualScore : 5 5 0 77 5 00 00 5 00 00 00 5 666 0 7 8888888888888 99 55 1 6 0 111111111111111111 2222 9 99999 5 1 77777 44 8 99999 5 8 888888 5 2 2
consensus : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--TGTTGCATCCAC--AGTTTAAACT----TA-AAT---TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
Reference ( family-689 ) : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--TGTTGCATCCACCGAGTTTAAACT----TA-AAT---TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37442 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAG-------------TCGACTA--AATTTTGT-ACA--TGTTGCATCCACCAAGTCTTAACC----TA-AGC---TGCAA-CT-----AACA-GA-ATAC---TTTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATATCCTTCATTATAACC
gi|37443 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--A--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAA-TGTAT-------------TCGACAA--CATTTTGT-ACA--TGTTGCATCCACCGAGTCTAAACC----TA-ATC---TTCCA-CT-----AACA-GA-ATAT---CCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAACAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37444 : TGTTTCAACATCA-CACA-CACACACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--GAAAACATTGTGT-ACA--TGTTGAATCCACCGAGTCTAAACC----TC-AAC---TGCTA-CT-----TACA-GA-ATAT---TCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTGACATCTAGCGAACATTAAAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTA-TTTCACATCCTTCATTATAACC
gi|37445 : TGTTTCAACGTCA-CGCA-TA-A--CTAAACACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTTAT-------------TCGACTA--CATTGTGT-ACA--TGCTGCATCCACCGAGTCTAAACC----TA-AAC---TGCCA-CT-----AACA-GA-ATAC---TCTCCTTTAATCAACAATTCTGGTTCCTAATATCTAGCAATCAATACAATAATTAAGTTAAACATGGCTCCT--------TT---AAATATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37446 : TGTTTCAACATCA-TACA-TA-A--CTAA-CGCAGAAA--G--AAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TT--TTA--CAT-----------TGTTGCAACCATC--ATTTAAACT----TG-AATACATTTTA-TT-----AACA-CATATACACGTTTC---TAAATA
gi|37447 : TGTTTCAACGTCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--
gi|37448 : TGTTTCAACATTA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-TAACAC-TGT--CATTTA--AACTTTAA-------TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
gi|37449 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A--CTTG-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------T
gi|37450 : TGTTCCAACATCA-CTCT-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-GT---ATATA--TTTAT-------------TC--
gi|37451 : TGTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAT-CACAGAAA--G--CAG-GA--A--TTTT--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CAGTGT-T-GCAACTGT--CA---------TTTAAACTTTGATA-AA----TGCTA-TT-----AACA-CGTATGCACGTTTC---TAAACAcaca
gi|37452 : TGTTTAAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAT--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTG--CATTGT-T-ACA--
gi|37453 : TGTTCTAACATTA-CACA-CA-C-ACTA--CACAAAGT--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---CTATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-CCA--TCTTACAT--------TTTAAACT----GT-AAT---TGTCA-CTACTTAAACACGATAT
gi|37454 : TGTTCCAGTATCA-CAGA-CA-A--CTAA-CAAAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------Ttc
gi|37455 : TGTTTCAACATCA-CAGA-CA-A--CCAA-CACATAAA--G--AAG-AA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-T
gi|37456 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACT-A-CACAACGC--G--TAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-T-------------TC--TTA--CATTAT-T-ACA--T------TTC-----GTTTAAACT----TT-AATGAATTCCATTT-----AACA-CATATGCACG---CTTCTAAACA
gi|37457 : TGTTCCAACATCA-CGCA-CA-A-ACAAG-GATAGAAA--G--CAT-GA--C--TTTC--C-AT---ATATAT-TTATT-------------TCT-TTA--CATTAT-T-ACAACTGT--CA---------TTTAAACT----TA-AA
gi|37458 : TGTACCAACGTCA-CACA-CA-A-ACTAA--ACACAAA--GCACAG-TT--CCTTTTC--G-AT---ATATAT-TTTAT-----------------TTA--CATTAT-T-ACA--TCTTTCAT
gi|37459 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-G-ACTAA-CAGAAAAC--G--CAGTTC--C--TTTC--CGAT---ATATA--TTTAT-------------TC---TA--CATTAT-T-
gi|37460 : TGTTTCACCATCG-CACATCA----TTAA-CACATAAC--A--CAC-GA--T--TTTC--T-AT---ATACAT-TTAAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--
gi|37461 : TGTTCCAACATCAACAAA-AA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--TAG-CGTTC--TTTC--G-AT---ATAT-T-TTTA
gi|37462 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ATTG---ACAGAAAGCG--CAG---------TTC--C-ATTGGATATATCTTTAT-------------TC---TA--CAT
gi|37463 : TGTTTCACTATTG-CACA-TT-A--TTAA-CACGTAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-cat
gi|37464 : GTTCTAACATCG-CACA-CA-A--CTAA-CACAGCGC--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-ATTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-ACA--TCTTTCA---------TTTAAATC----TGTAAT---TGTCA-CT-----A
gi|37465 : GTTTCAACGTCA-CACA-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---TTATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA---ATTG---TCAC----TTTAAACTTTAATA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-CATATGCACA---CTTCTAAA
gi|37466 : GTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACCGAAT--A--CAA-GA--C--TTTCTTT-AT---ATATATATATATATATATATATATATC--TTA--CATTTT-T-ACAACTGT------CAC----TTTAAACTTTAATA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
gi|37467 : CAACATCG-CACA-CA----CTAA-CACAGTGC--T--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-------------------TTA--CATTAT-T-TCA--TCTTTCAT
gi|37468 : ACA-CATA-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC----A------ATAT-TTT-------------------TTA--CATTGT-T-ACAACTGT--CATTTA--AACTTTAA-------TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
Alignments
lowQualScore : 11 444444444444444444 11111 11111 1 22222 222222
lowQualScore : 1 1 3 99 1 22 22 1 22 22 22 1 222 3 4 8888888888888 88 22 0 7 2 333333333333333333 1 33333 2 22222 0 3 77777 44 2 99999 6 0 888888 2 3 3
lowQualScore : . . . .. . .. .. . .. .. .. . ... . . ............. .. .. . . . .................. . ..... . ..... . . ..... .. . ..... . . ...... . . .
lowQualScore : 5 5 0 77 5 00 00 5 00 00 00 5 666 0 7 8888888888888 99 55 1 6 0 999999999999999999 5 66666 9 99999 5 1 77777 44 8 99999 5 8 888888 5 2 2
consensus : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--TGTTGCATCCAC--AGTTTAAACC----TA-AAT---TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
Reference ( family-689 ) : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--TGTTGCATCCAC--AGTTTAAACT----TA-AAT---TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37442 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAG-------------TCGACTA--AATTTTGT-ACA--TGTTGCATCCACCAAGTCTTAACC----TA-AGC---TGCAA-CT-----AACA-GA-ATAC---TTTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATATCCTTCATTATAACC
gi|37443 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--A--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAA-TGTAT-------------TCGACAA--CATTTTGT-ACA--TGTTGCATCCACCGAGTCTAAACC----TA-ATC---TTCCA-CT-----AACA-GA-ATAT---CCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAACAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37444 : TGTTTCAACATCA-CACA-CACACACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--GAAAACATTGTGT-ACA--TGTTGAATCCACCGAGTCTAAACC----TC-AAC---TGCTA-CT-----TACA-GA-ATAT---TCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTGACATCTAGCGAACATTAAAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTA-TTTCACATCCTTCATTATAACC
gi|37445 : TGTTTCAACGTCA-CGCA-TA-A--CTAAACACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTTAT-------------TCGACTA--CATTGTGT-ACA--TGCTGCATCCACCGAGTCTAAACC----TA-AAC---TGCCA-CT-----AACA-GA-ATAC---TCTCCTTTAATCAACAATTCTGGTTCCTAATATCTAGCAATCAATACAATAATTAAGTTAAACATGGCTCCT--------TT---AAATATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37446 : TGTTTCAACATCA-TACA-TA-A--CTAA-CGCAGAAA--G--AAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TT--TTA--CAT-----------TGTTGCAACCAT--CATTTAAACT----TG-AATACATTTTA-TT-----AACA-CATATACACGTTTC---TAAATA
gi|37447 : TGTTTCAACGTCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--
gi|37448 : TGTTTCAACATTA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-TAACAC-TGT--CATTTAA--ACTTTAA-------TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
gi|37449 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A--CTTG-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------T
gi|37450 : TGTTCCAACATCA-CTCT-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-GT---ATATA--TTTAT-------------TC--
gi|37451 : TGTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAT-CACAGAAA--G--CAG-GA--A--TTTT--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CAGTGT-T-GCAACTGT--CATTTAA--ACTTTGA-------TA-AA----TGCTA-TT-----AACA-CGTATGCACGTTTC---TAAACAcaca
gi|37452 : TGTTTAAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAT--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTG--CATTGT-T-ACA--
gi|37453 : TGTTCTAACATTA-CACA-CA-C-ACTA--CACAAAGT--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---CTATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-CCA--TCTTACAT--------TTTAAACT----GT-AAT---TGTCA-CTACTTAAACACGATAT
gi|37454 : TGTTCCAGTATCA-CAGA-CA-A--CTAA-CAAAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------Ttc
gi|37455 : TGTTTCAACATCA-CAGA-CA-A--CCAA-CACATAAA--G--AAG-AA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-T
gi|37456 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACT-A-CACAACGC--G--TAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-T-------------TC--TTA--CATTAT-T-ACA--T------TTC-----GTTTAAACT----TT-AATGAATTCCATTT-----AACA-CATATGCACG---CTTCTAAACA
gi|37457 : TGTTCCAACATCA-CGCA-CA-A-ACAAG-GATAGAAA--G--CAT-GA--C--TTTC--C-AT---ATATAT-TTATT-------------TCT-TTA--CATTAT-T-ACAACTGT--CA---------TTTAAACT----TA-AA
gi|37458 : TGTACCAACGTCA-CACA-CA-A-ACTAA--ACACAAA--GCACAG-TT--CCTTTTC--G-AT---ATATAT-TTTAT-----------------TTA--CATTAT-T-ACA--TCTTTCAT
gi|37459 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-G-ACTAA-CAGAAAAC--G--CAGTTC--C--TTTC--CGAT---ATATA--TTTAT-------------TC---TA--CATTAT-T-
gi|37460 : TGTTTCACCATCG-CACATCA----TTAA-CACATAAC--A--CAC-GA--T--TTTC--T-AT---ATACAT-TTAAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--
gi|37461 : TGTTCCAACATCAACAAA-AA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--TAG-CGTTC--TTTC--G-AT---ATAT-T-TTTA
gi|37462 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ATTG---ACAGAAAGCG--CAG---------TTC--C-ATTGGATATATCTTTAT-------------TC---TA--CAT
gi|37463 : TGTTTCACTATTG-CACA-TT-A--TTAA-CACGTAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-cat
gi|37464 : GTTCTAACATCG-CACA-CA-A--CTAA-CACAGCGC--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-ATTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-ACA--TCTTTCA---------TTTAAATC----TGTAAT---TGTCA-CT-----A
gi|37465 : GTTTCAACGTCA-CACA-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---TTATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA---ATTG---TCAC----TTTAAACTTTAATA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-CATATGCACA---CTTCTAAA
gi|37466 : GTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACCGAAT--A--CAA-GA--C--TTTCTTT-AT---ATATATATATATATATATATATATATC--TTA--CATTTT-T-ACAACTGT------CAC----TTTAAACTTTAATA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
gi|37467 : CAACATCG-CACA-CA----CTAA-CACAGTGC--T--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-------------------TTA--CATTAT-T-TCA--TCTTTCAT
gi|37468 : ACA-CATA-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC----A------ATAT-TTT-------------------TTA--CATTGT-T-ACAACTGT--CATTTAA--ACTTTAA-------TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
Alignments
lowQualScore : 11 333333333333333333 1111111 1 1 22222 222222
lowQualScore : 1 1 3 99 1 22 22 1 22 22 22 1 222 3 4 8888888888888 88 22 0 7 2 222222222222222222 8888888 2 555 3 0 3 77777 44 2 99999 6 0 888888 2 3 3
lowQualScore : . . . .. . .. .. . .. .. .. . ... . . ............. .. .. . . . .................. ....... . ... . . . ..... .. . ..... . . ...... . . .
lowQualScore : 5 5 0 77 5 00 00 5 00 00 00 5 666 0 7 8888888888888 99 55 1 6 0 777777777777777777 1111111 9 444 1 5 1 77777 44 8 99999 5 8 888888 5 2 2
consensus : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--TGTTGCATCCAN--ANTTTAAACC----TA-AAT---TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
Reference ( family-689 ) : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--TGTTGCATCCAC--AGTTTAAACC----TA-AAT---TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37442 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAG-------------TCGACTA--AATTTTGT-ACA--TGTTGCATCCACCAAGTCTTAACC----TA-AGC---TGCAA-CT-----AACA-GA-ATAC---TTTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATATCCTTCATTATAACC
gi|37443 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--A--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAA-TGTAT-------------TCGACAA--CATTTTGT-ACA--TGTTGCATCCACCGAGTCTAAACC----TA-ATC---TTCCA-CT-----AACA-GA-ATAT---CCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAACAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37444 : TGTTTCAACATCA-CACA-CACACACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--GAAAACATTGTGT-ACA--TGTTGAATCCACCGAGTCTAAACC----TC-AAC---TGCTA-CT-----TACA-GA-ATAT---TCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTGACATCTAGCGAACATTAAAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTA-TTTCACATCCTTCATTATAACC
gi|37445 : TGTTTCAACGTCA-CGCA-TA-A--CTAAACACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTTAT-------------TCGACTA--CATTGTGT-ACA--TGCTGCATCCACCGAGTCTAAACC----TA-AAC---TGCCA-CT-----AACA-GA-ATAC---TCTCCTTTAATCAACAATTCTGGTTCCTAATATCTAGCAATCAATACAATAATTAAGTTAAACATGGCTCCT--------TT---AAATATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37446 : TGTTTCAACATCA-TACA-TA-A--CTAA-CGCAGAAA--G--AAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TT--TTA--CAT-----------TGTTGCAACCAT--CATTTAAACT----TG-AATACATTTTA-TT-----AACA-CATATACACGTTTC---TAAATA
gi|37447 : TGTTTCAACGTCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--
gi|37448 : TGTTTCAACATTA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-TAACAC-TGT--CATTTAA--ACTTTAA-------TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
gi|37449 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A--CTTG-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------T
gi|37450 : TGTTCCAACATCA-CTCT-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-GT---ATATA--TTTAT-------------TC--
gi|37451 : TGTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAT-CACAGAAA--G--CAG-GA--A--TTTT--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CAGTGT-T-GCAACTGT--CATTTAA--ACTTTGA-------TA-AA----TGCTA-TT-----AACA-CGTATGCACGTTTC---TAAACAcaca
gi|37452 : TGTTTAAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAT--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTG--CATTGT-T-ACA--
gi|37453 : TGTTCTAACATTA-CACA-CA-C-ACTA--CACAAAGT--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---CTATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-CCA--TCTTACAT--------TTTAAACT----GT-AAT---TGTCA-CTACTTAAACACGATAT
gi|37454 : TGTTCCAGTATCA-CAGA-CA-A--CTAA-CAAAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------Ttc
gi|37455 : TGTTTCAACATCA-CAGA-CA-A--CCAA-CACATAAA--G--AAG-AA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-T
gi|37456 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACT-A-CACAACGC--G--TAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-T-------------TC--TTA--CATTAT-T-ACA--T-TT-CGTTTAA--ACTTTAA-------TG-AAT---T-CCATTT-----AACA-CATATGCACG---CTTCTAAACA
gi|37457 : TGTTCCAACATCA-CGCA-CA-A-ACAAG-GATAGAAA--G--CAT-GA--C--TTTC--C-AT---ATATAT-TTATT-------------TCT-TTA--CATTAT-T-ACAACTGT--CA---------TTTAAACT----TA-AA
gi|37458 : TGTACCAACGTCA-CACA-CA-A-ACTAA--ACACAAA--GCACAG-TT--CCTTTTC--G-AT---ATATAT-TTTAT-----------------TTA--CATTAT-T-ACA--TCTTTCAT
gi|37459 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-G-ACTAA-CAGAAAAC--G--CAGTTC--C--TTTC--CGAT---ATATA--TTTAT-------------TC---TA--CATTAT-T-
gi|37460 : TGTTTCACCATCG-CACATCA----TTAA-CACATAAC--A--CAC-GA--T--TTTC--T-AT---ATACAT-TTAAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--
gi|37461 : TGTTCCAACATCAACAAA-AA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--TAG-CGTTC--TTTC--G-AT---ATAT-T-TTTA
gi|37462 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ATTG---ACAGAAAGCG--CAG---------TTC--C-ATTGGATATATCTTTAT-------------TC---TA--CAT
gi|37463 : TGTTTCACTATTG-CACA-TT-A--TTAA-CACGTAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-cat
gi|37464 : GTTCTAACATCG-CACA-CA-A--CTAA-CACAGCGC--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-ATTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-ACA--TCTTTCA---------TTTAAATC----TGTAAT---TGTCA-CT-----A
gi|37465 : GTTTCAACGTCA-CACA-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---TTATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA---ATTG---TCAC----TTTAAACTTTAATA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-CATATGCACA---CTTCTAAA
gi|37466 : GTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACCGAAT--A--CAA-GA--C--TTTCTTT-AT---ATATATATATATATATATATATATATC--TTA--CATTTT-T-ACAACTGTCAC-TTTAA--ACTTTAA-------TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
gi|37467 : CAACATCG-CACA-CA----CTAA-CACAGTGC--T--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-------------------TTA--CATTAT-T-TCA--TCTTTCAT
gi|37468 : ACA-CATA-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC----A------ATAT-TTT-------------------TTA--CATTGT-T-ACAACTGT--CATTTAA--ACTTTAA-------TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
Alignments
lowQualScore : 11 11 222222222222222 111 1 1 22222 222222
lowQualScore : 1 1 3 99 1 22 22 1 22 22 22 1 222 3 4 8888888888888 88 22 0 7 2 66 444444444444444 888 2 555 3 0 3 77777 44 2 99999 6 0 888888 2 3 3
lowQualScore : . . . .. . .. .. . .. .. .. . ... . . ............. .. .. . . . .. ............... ... . ... . . . ..... .. . ..... . . ...... . . .
lowQualScore : 5 5 0 77 5 00 00 5 00 00 00 5 666 0 7 8888888888888 99 55 1 6 0 66 555555555555555 000 9 444 1 5 1 77777 44 8 99999 5 8 888888 5 2 2
consensus : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--TGTTGCATCCA--A--ACTTTAAACCTA-AAT---TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
Reference ( family-689 ) : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--TGTTGCATCCA--N--ANTTTAAACCTA-AAT---TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37442 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAG-------------TCGACTA--AATTTTGT-ACA--TGTTGCATCCA--CCAAGTCTTAACCTA-AGC---TGCAA-CT-----AACA-GA-ATAC---TTTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATATCCTTCATTATAACC
gi|37443 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--A--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAA-TGTAT-------------TCGACAA--CATTTTGT-ACA--TGTTGCATCCA--CCGAGTCTAAACCTA-ATC---TTCCA-CT-----AACA-GA-ATAT---CCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAACAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37444 : TGTTTCAACATCA-CACA-CACACACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--GAAAACATTGTGT-ACA--TGTTGAATCCA--CCGAGTCTAAACCTC-AAC---TGCTA-CT-----TACA-GA-ATAT---TCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTGACATCTAGCGAACATTAAAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTA-TTTCACATCCTTCATTATAACC
gi|37445 : TGTTTCAACGTCA-CGCA-TA-A--CTAAACACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTTAT-------------TCGACTA--CATTGTGT-ACA--TGCTGCATCCACCG--AGTCTAAACCTA-AAC---TGCCA-CT-----AACA-GA-ATAC---TCTCCTTTAATCAACAATTCTGGTTCCTAATATCTAGCAATCAATACAATAATTAAGTTAAACATGGCTCCT--------TT---AAATATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37446 : TGTTTCAACATCA-TACA-TA-A--CTAA-CGCAGAAA--G--AAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TT--TTA--CAT-----------TGTTGCAACCA--T--CATTTAAACTTG-AATACATTTTA-TT-----AACA-CATATACACGTTTC---TAAATA
gi|37447 : TGTTTCAACGTCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--
gi|37448 : TGTTTCAACATTA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-TAACAC-TGT--CATTTA--A--ACTTTAA---TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
gi|37449 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A--CTTG-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------T
gi|37450 : TGTTCCAACATCA-CTCT-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-GT---ATATA--TTTAT-------------TC--
gi|37451 : TGTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAT-CACAGAAA--G--CAG-GA--A--TTTT--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CAGTGT-T-GCAACTGT--CATTTA--A--ACTTTGA---TA-AA----TGCTA-TT-----AACA-CGTATGCACGTTTC---TAAACAcaca
gi|37452 : TGTTTAAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAT--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTG--CATTGT-T-ACA--
gi|37453 : TGTTCTAACATTA-CACA-CA-C-ACTA--CACAAAGT--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---CTATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-CCA--TCTTACAT----------TTTAAACTGT-AAT---TGTCA-CTACTTAAACACGATAT
gi|37454 : TGTTCCAGTATCA-CAGA-CA-A--CTAA-CAAAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------Ttc
gi|37455 : TGTTTCAACATCA-CAGA-CA-A--CCAA-CACATAAA--G--AAG-AA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-T
gi|37456 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACT-A-CACAACGC--G--TAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-T-------------TC--TTA--CATTAT-T-ACA--T-TT-CGTTTA--A--ACTTTAA---TG-AAT---T-CCATTT-----AACA-CATATGCACG---CTTCTAAACA
gi|37457 : TGTTCCAACATCA-CGCA-CA-A-ACAAG-GATAGAAA--G--CAT-GA--C--TTTC--C-AT---ATATAT-TTATT-------------TCT-TTA--CATTAT-T-ACAACTGT--CA-----------TTTAAACTTA-AA
gi|37458 : TGTACCAACGTCA-CACA-CA-A-ACTAA--ACACAAA--GCACAG-TT--CCTTTTC--G-AT---ATATAT-TTTAT-----------------TTA--CATTAT-T-ACA--TCTTTCAT
gi|37459 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-G-ACTAA-CAGAAAAC--G--CAGTTC--C--TTTC--CGAT---ATATA--TTTAT-------------TC---TA--CATTAT-T-
gi|37460 : TGTTTCACCATCG-CACATCA----TTAA-CACATAAC--A--CAC-GA--T--TTTC--T-AT---ATACAT-TTAAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--
gi|37461 : TGTTCCAACATCAACAAA-AA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--TAG-CGTTC--TTTC--G-AT---ATAT-T-TTTA
gi|37462 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ATTG---ACAGAAAGCG--CAG---------TTC--C-ATTGGATATATCTTTAT-------------TC---TA--CAT
gi|37463 : TGTTTCACTATTG-CACA-TT-A--TTAA-CACGTAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-cat
gi|37464 : GTTCTAACATCG-CACA-CA-A--CTAA-CACAGCGC--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-ATTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-ACA--TCTTTCA-----------TTTAAATCTGTAAT---TGTCA-CT-----A
gi|37465 : GTTTCAACGTCA-CACA-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---TTATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACAATTGTCAC-TTTA--A--ACTTTAA---TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-CATATGCACA---CTTCTAAA
gi|37466 : GTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACCGAAT--A--CAA-GA--C--TTTCTTT-AT---ATATATATATATATATATATATATATC--TTA--CATTTT-T-ACAACTGTCAC-TTTA--A--ACTTTAA---TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
gi|37467 : CAACATCG-CACA-CA----CTAA-CACAGTGC--T--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-------------------TTA--CATTAT-T-TCA--TCTTTCAT
gi|37468 : ACA-CATA-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC----A------ATAT-TTT-------------------TTA--CATTGT-T-ACAACTGT--CATTTA--A--ACTTTAA---TA-AAT---T-CTA-TT-----AACA-
Alignments
lowQualScore : 11 222222222222222 222 1 1 22222 222222
lowQualScore : 1 1 3 99 1 22 22 1 22 22 22 1 222 3 4 8888888888888 88 22 7 2 111111111111111 0 444 3 5 0 3 77777 44 2 99999 6 0 888888 2 3 3
lowQualScore : . . . .. . .. .. . .. .. .. . ... . . ............. .. .. . . ............... . ... . . . . ..... .. . ..... . . ...... . . .
lowQualScore : 5 5 0 77 5 00 00 5 00 00 00 5 666 0 7 8888888888888 99 55 6 0 666666666666666 7 999 1 0 5 1 77777 44 8 99999 5 8 888888 5 2 2
consensus : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--TGTT-CATTTA--AACTTTAAACCTA-AATTGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
Reference ( family-689 ) : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--TGTTGCATCCA--AACTTTAAACCTA-AATTGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37442 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAG-------------TCGACTA--AATTTTGT-ACA--TGTTGCATCCACCAAGTCTTAACCTA-AGCTGCAA-CT-----AACA-GA-ATAC---TTTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATATCCTTCATTATAACC
gi|37443 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--A--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAA-TGTAT-------------TCGACAA--CATTTTGT-ACA--TGTTGCATCCACCGAGTCTAAACCTA-ATCTTCCA-CT-----AACA-GA-ATAT---CCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAACAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37444 : TGTTTCAACATCA-CACA-CACACACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--GAAAACATTGTGT-ACA--TGTTGAATCCACCGAGTCTAAACCTC-AACTGCTA-CT-----TACA-GA-ATAT---TCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTGACATCTAGCGAACATTAAAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTA-TTTCACATCCTTCATTATAACC
gi|37445 : TGTTTCAACGTCA-CGCA-TA-A--CTAAACACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTTAT-------------TCGACTA--CATTGTGT-ACA--TGCTGCATCCACCGAGTCTAAACCTA-AACTGCCA-CT-----AACA-GA-ATAC---TCTCCTTTAATCAACAATTCTGGTTCCTAATATCTAGCAATCAATACAATAATTAAGTTAAACATGGCTCCT--------TT---AAATATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37446 : TGTTTCAACATCA-TACA-TA-A--CTAA-CGCAGAAA--G--AAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TT--TTA--CATTGT-T-GCAACCAT--CATTTA--AACTTGAA---TA-CATT-TTA-TT-----AACA-CATATACACGTTTC---TAAATA
gi|37447 : TGTTTCAACGTCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--
gi|37448 : TGTTTCAACATTA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-TAACAC-TGT--CATTTA--AACTTTAA---TA-AATT-CTA-TT-----AACA-
gi|37449 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A--CTTG-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------T
gi|37450 : TGTTCCAACATCA-CTCT-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-GT---ATATA--TTTAT-------------TC--
gi|37451 : TGTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAT-CACAGAAA--G--CAG-GA--A--TTTT--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CAGTGT-T-GCAACTGT--CATTTA--AACTTTGA---TA-AA-TGCTA-TT-----AACA-CGTATGCACGTTTC---TAAACAcaca
gi|37452 : TGTTTAAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAT--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTG--CATTGT-T-ACA--
gi|37453 : TGTTCTAACATTA-CACA-CA-C-ACTA--CACAAAGT--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---CTATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-CCA--TCTTACAT--------TTTAAACTGT-AATTGTCA-CTACTTAAACACGATAT
gi|37454 : TGTTCCAGTATCA-CAGA-CA-A--CTAA-CAAAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------Ttc
gi|37455 : TGTTTCAACATCA-CAGA-CA-A--CCAA-CACATAAA--G--AAG-AA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-T
gi|37456 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACT-A-CACAACGC--G--TAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-T-------------TC--TTA--CATTAT-T-ACA--T-TT-CGTTTA--AACTTTAA---TG-AATT-CCATTT-----AACA-CATATGCACG---CTTCTAAACA
gi|37457 : TGTTCCAACATCA-CGCA-CA-A-ACAAG-GATAGAAA--G--CAT-GA--C--TTTC--C-AT---ATATAT-TTATT-------------TCT-TTA--CATTAT-T-ACAACTGT--CATTTA--AAC-TTAAA
gi|37458 : TGTACCAACGTCA-CACA-CA-A-ACTAA--ACACAAA--GCACAG-TT--CCTTTTC--G-AT---ATATAT-TTTAT-----------------TTA--CATTAT-T-ACA--TCTTTCAT
gi|37459 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-G-ACTAA-CAGAAAAC--G--CAGTTC--C--TTTC--CGAT---ATATA--TTTAT-------------TC---TA--CATTAT-T-
gi|37460 : TGTTTCACCATCG-CACATCA----TTAA-CACATAAC--A--CAC-GA--T--TTTC--T-AT---ATACAT-TTAAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACA--
gi|37461 : TGTTCCAACATCAACAAA-AA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--TAG-CGTTC--TTTC--G-AT---ATAT-T-TTTA
gi|37462 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ATTG---ACAGAAAGCG--CAG---------TTC--C-ATTGGATATATCTTTAT-------------TC---TA--CAT
gi|37463 : TGTTTCACTATTG-CACA-TT-A--TTAA-CACGTAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-cat
gi|37464 : GTTCTAACATCG-CACA-CA-A--CTAA-CACAGCGC--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-ATTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-ACA--TCTTTCA---------TTTAAATCTGTAATTGTCA-CT-----A
gi|37465 : GTTTCAACGTCA-CACA-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---TTATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-ACAATTGTCAC-TTTA--AACTTTAA---TA-AATT-CTA-TT-----AACA-CATATGCACA---CTTCTAAA
gi|37466 : GTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACCGAAT--A--CAA-GA--C--TTTCTTT-AT---ATATATATATATATATATATATATATC--TTA--CATTTT-T-ACAACTGTCAC-TTTA--AACTTTAA---TA-AATT-CTA-TT-----AACA-
gi|37467 : CAACATCG-CACA-CA----CTAA-CACAGTGC--T--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-------------------TTA--CATTAT-T-TCA--TCTTTCAT
gi|37468 : ACA-CATA-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC----A------ATAT-TTT-------------------TTA--CATTGT-T-ACAACTGT--CATTTA--AACTTTAA---TA-AATT-CTA-TT-----AACA-
Alignments
lowQualScore : 11 333333 11 222 1 1 22222 222222
lowQualScore : 1 1 3 99 1 22 22 1 22 22 22 1 222 3 4 8888888888888 88 22 7 2 2 222222 7 5 11 2 555 999 5 0 3 77777 44 2 99999 6 0 888888 2 3 3
lowQualScore : . . . .. . .. .. . .. .. .. . ... . . ............. .. .. . . . ...... . . .. . ... ... . . . ..... .. . ..... . . ...... . . .
lowQualScore : 5 5 0 77 5 00 00 5 00 00 00 5 666 0 7 8888888888888 99 55 6 0 1 000000 5 0 88 9 000 222 0 5 1 77777 44 8 99999 5 8 888888 5 2 2
consensus : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-AC-A--T-GTT-CA-TTTA--AA-C---TTTAAAC-TAAATTGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
Reference ( family-689 ) : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-AC-A--T-GTT-CA-TTTA--AA-C---TTTAAACCTAAATTGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37442 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAG-------------TCGACTA--AATTTTGT-AC-A--T-GTTGCA-TCCACCAA-G---TCTTAACCTAAGCTGCAA-CT-----AACA-GA-ATAC---TTTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATATCCTTCATTATAACC
gi|37443 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--A--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAA-TGTAT-------------TCGACAA--CATTTTGT-AC-A--T-GTTGCA-TCCACCGA-G---TCTAAACCTAATCTTCCA-CT-----AACA-GA-ATAT---CCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAACAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37444 : TGTTTCAACATCA-CACA-CACACACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--GAAAACATTGTGT-AC-A--T-GTT-GA-ATCC--AC-CGAGTCTAAACCTCAACTGCTA-CT-----TACA-GA-ATAT---TCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTGACATCTAGCGAACATTAAAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTA-TTTCACATCCTTCATTATAACC
gi|37445 : TGTTTCAACGTCA-CGCA-TA-A--CTAAACACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTTAT-------------TCGACTA--CATTGTGT-AC-A--T-GCTGCA-TCCACCGA-G---TCTAAACCTAAACTGCCA-CT-----AACA-GA-ATAC---TCTCCTTTAATCAACAATTCTGGTTCCTAATATCTAGCAATCAATACAATAATTAAGTTAAACATGGCTCCT--------TT---AAATATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37446 : TGTTTCAACATCA-TACA-TA-A--CTAA-CGCAGAAA--G--AAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TT--TTA--CATTGT-T-GCAA--C-CAT-CA-TTTA--AA-C---TTGAA---TACATT-TTA-TT-----AACA-CATATACACGTTTC---TAAATA
gi|37447 : TGTTTCAACGTCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-AC-A--
gi|37448 : TGTTTCAACATTA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-TAAC-AC-T-G-T-CA-TTTA--AA-C---TTTAA---TAAATT-CTA-TT-----AACA-
gi|37449 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A--CTTG-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------T
gi|37450 : TGTTCCAACATCA-CTCT-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-GT---ATATA--TTTAT-------------TC--
gi|37451 : TGTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAT-CACAGAAA--G--CAG-GA--A--TTTT--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CAGTGT-T-GC-AACT-G-T-CA-TTTA--AA-C---TTTGA---TAAA-TGCTA-TT-----AACA-CGTATGCACGTTTC---TAAACAcaca
gi|37452 : TGTTTAAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAT--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTG--CATTGT-T-AC-A--
gi|37453 : TGTTCTAACATTA-CACA-CA-C-ACTA--CACAAAGT--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---CTATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-CC-A--T--------CTTA--CA-T---TTTAAACTGTAATTGTCA-CTACTTAAACACGATAT
gi|37454 : TGTTCCAGTATCA-CAGA-CA-A--CTAA-CAAAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------Ttc
gi|37455 : TGTTTCAACATCA-CAGA-CA-A--CCAA-CACATAAA--G--AAG-AA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-T
gi|37456 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACT-A-CACAACGC--G--TAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-T-------------TC--TTA--CATTAT-T-AC-A--T--TT-CG-TTTA--AA-C---TTTAA---TGAATT-CCATTT-----AACA-CATATGCACG---CTTCTAAACA
gi|37457 : TGTTCCAACATCA-CGCA-CA-A-ACAAG-GATAGAAA--G--CAT-GA--C--TTTC--C-AT---ATATAT-TTATT-------------TCT-TTA--CATTAT-T-AC-AACT-G-T-CA-TTTA--AA-C----TTAAA
gi|37458 : TGTACCAACGTCA-CACA-CA-A-ACTAA--ACACAAA--GCACAG-TT--CCTTTTC--G-AT---ATATAT-TTTAT-----------------TTA--CATTAT-T-AC-A--TCTTT-CA-T
gi|37459 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-G-ACTAA-CAGAAAAC--G--CAGTTC--C--TTTC--CGAT---ATATA--TTTAT-------------TC---TA--CATTAT-T-
gi|37460 : TGTTTCACCATCG-CACATCA----TTAA-CACATAAC--A--CAC-GA--T--TTTC--T-AT---ATACAT-TTAAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-AC-A--
gi|37461 : TGTTCCAACATCAACAAA-AA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--TAG-CGTTC--TTTC--G-AT---ATAT-T-TTTA
gi|37462 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ATTG---ACAGAAAGCG--CAG---------TTC--C-ATTGGATATATCTTTAT-------------TC---TA--CAT
gi|37463 : TGTTTCACTATTG-CACA-TT-A--TTAA-CACGTAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-cat
gi|37464 : GTTCTAACATCG-CACA-CA-A--CTAA-CACAGCGC--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-ATTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-AC-A--TCTTT-CA-TTTA--AATC---TGT-------AATTGTCA-CT-----A
gi|37465 : GTTTCAACGTCA-CACA-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---TTATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-AC-AATT-G-T-CACTTTA--AA-C---TTTAA---TAAATT-CTA-TT-----AACA-CATATGCACA---CTTCTAAA
gi|37466 : GTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACCGAAT--A--CAA-GA--C--TTTCTTT-AT---ATATATATATATATATATATATATATC--TTA--CATTTT-T-AC-AACT-G-T-CACTTTA--AA-C---TTTAA---TAAATT-CTA-TT-----AACA-
gi|37467 : CAACATCG-CACA-CA----CTAA-CACAGTGC--T--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-------------------TTA--CATTAT-T-TC-A--TCTTT-CA-T
gi|37468 : ACA-CATA-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC----A------ATAT-TTT-------------------TTA--CATTGT-T-AC-AACT-G-T-CA-TTTA--AA-C---TTTAA---TAAATT-CTA-TT-----AACA-
Alignments
lowQualScore : 11 333333 11 3333 1 1 22222 222222
lowQualScore : 1 1 3 99 1 22 22 1 22 22 22 1 222 3 4 8888888888888 88 22 7 2 2 222222 7 5 11 2 555 2 0000 3 3 5 0 3 77777 44 2 99999 6 0 888888 2 3 3
lowQualScore : . . . .. . .. .. . .. .. .. . ... . . ............. .. .. . . . ...... . . .. . ... . .... . . . . . ..... .. . ..... . . ...... . . .
lowQualScore : 5 5 0 77 5 00 00 5 00 00 00 5 666 0 7 8888888888888 99 55 6 0 1 000000 5 0 88 9 000 9 2222 1 1 0 5 1 77777 44 8 99999 5 8 888888 5 2 2
consensus : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-AC-A--T-GTT-CA-TTTA--AA-C---T-TTAA--C-TA-AAT-TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
Reference ( family-689 ) : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-AC-A--T-GTT-CA-TTTA--AA-C---T-TTAAA-C-TA-AAT-TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37442 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAG-------------TCGACTA--AATTTTGT-AC-A--T-GTTGCA-TCCACCAA-G---TCTTAAC-C-TA-AGC-TGCAA-CT-----AACA-GA-ATAC---TTTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATATCCTTCATTATAACC
gi|37443 : TGTTTCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--A--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAA-TGTAT-------------TCGACAA--CATTTTGT-AC-A--T-GTTGCA-TCCACCGA-G---T-CTAAA-C-CT-AATCTTCCA-CT-----AACA-GA-ATAT---CCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAACAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37444 : TGTTTCAACATCA-CACA-CACACACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--GAAAACATTGTGT-AC-A--T-GTT-GA-ATCC--AC-CGAGT-CTAAA-CCTC-AAC-TGCTA-CT-----TACA-GA-ATAT---TCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTGACATCTAGCGAACATTAAAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTA-TTTCACATCCTTCATTATAACC
gi|37445 : TGTTTCAACGTCA-CGCA-TA-A--CTAAACACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTTAT-------------TCGACTA--CATTGTGT-AC-A--T-GCTGCA-TCCACCGA-G---T-CTAAACC-TA-AAC-TGCCA-CT-----AACA-GA-ATAC---TCTCCTTTAATCAACAATTCTGGTTCCTAATATCTAGCAATCAATACAATAATTAAGTTAAACATGGCTCCT--------TT---AAATATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37446 : TGTTTCAACATCA-TACA-TA-A--CTAA-CGCAGAAA--G--AAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TT--TTA--CATTGT-T-GCAA--C-CAT-CA-TTTA--AA-C---T-TGAA----TA-CAT-T-TTA-TT-----AACA-CATATACACGTTTC---TAAATA
gi|37447 : TGTTTCAACGTCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATACAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-AC-A--
gi|37448 : TGTTTCAACATTA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-TAAC-AC-T-G-T-CA-TTTA--AA-C---T-TTAA----TA-AAT-T-CTA-TT-----AACA-
gi|37449 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A--CTTG-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------T
gi|37450 : TGTTCCAACATCA-CTCT-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-GT---ATATA--TTTAT-------------TC--
gi|37451 : TGTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAT-CACAGAAA--G--CAG-GA--A--TTTT--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CAGTGT-T-GC-AACT-G-T-CA-TTTA--AA-C---T-TTGA----TA-AA--TGCTA-TT-----AACA-CGTATGCACGTTTC---TAAACAcaca
gi|37452 : TGTTTAAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACAGAAT--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTG--CATTGT-T-AC-A--
gi|37453 : TGTTCTAACATTA-CACA-CA-C-ACTA--CACAAAGT--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---CTATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-CC-A--T--------CTTA--CA-T---T-TTAAA-C-TGTAAT-TGTCA-CTACTTAAACACGATAT
gi|37454 : TGTTCCAGTATCA-CAGA-CA-A--CTAA-CAAAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATA--TTTAT-------------Ttc
gi|37455 : TGTTTCAACATCA-CAGA-CA-A--CCAA-CACATAAA--G--AAG-AA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-T
gi|37456 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACT-A-CACAACGC--G--TAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-T-------------TC--TTA--CATTAT-T-AC-A--T--TT-CG-TTTA--AA-C---T-TTAA----TG-AAT-T-CCATTT-----AACA-CATATGCACG---CTTCTAAACA
gi|37457 : TGTTCCAACATCA-CGCA-CA-A-ACAAG-GATAGAAA--G--CAT-GA--C--TTTC--C-AT---ATATAT-TTATT-------------TCT-TTA--CATTAT-T-AC-AACT-G-T-CA-TTTA--AA-C-----TTAAA-
gi|37458 : TGTACCAACGTCA-CACA-CA-A-ACTAA--ACACAAA--GCACAG-TT--CCTTTTC--G-AT---ATATAT-TTTAT-----------------TTA--CATTAT-T-AC-A--TCTTT-CA-T
gi|37459 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-G-ACTAA-CAGAAAAC--G--CAGTTC--C--TTTC--CGAT---ATATA--TTTAT-------------TC---TA--CATTAT-T-
gi|37460 : TGTTTCACCATCG-CACATCA----TTAA-CACATAAC--A--CAC-GA--T--TTTC--T-AT---ATACAT-TTAAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-AC-A--
gi|37461 : TGTTCCAACATCAACAAA-AA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--TAG-CGTTC--TTTC--G-AT---ATAT-T-TTTA
gi|37462 : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ATTG---ACAGAAAGCG--CAG---------TTC--C-ATTGGATATATCTTTAT-------------TC---TA--CAT
gi|37463 : TGTTTCACTATTG-CACA-TT-A--TTAA-CACGTAAA--G--CAG-GA--T--TTTC--T-AT---ATATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-cat
gi|37464 : GTTCTAACATCG-CACA-CA-A--CTAA-CACAGCGC--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-ATTAT-------------TC--TTA--CATTAT-T-AC-A--TCTTT-CA-TTTA--AATC---T-GT---------AAT-TGTCA-CT-----A
gi|37465 : GTTTCAACGTCA-CACA-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAA-GA--C--TTTC--T-AT---TTATAT-TTATT-------------TC--TTA--CATTGT-T-AC-AATT-G-T-CACTTTA--AA-C---T-TTAA----TA-AAT-T-CTA-TT-----AACA-CATATGCACA---CTTCTAAA
gi|37466 : GTTTCAACATCA-CACA-TA-A--CTAA-CACCGAAT--A--CAA-GA--C--TTTCTTT-AT---ATATATATATATATATATATATATATC--TTA--CATTTT-T-AC-AACT-G-T-CACTTTA--AA-C---T-TTAA----TA-AAT-T-CTA-TT-----AACA-
gi|37467 : CAACATCG-CACA-CA----CTAA-CACAGTGC--T--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTT-------------------TTA--CATTAT-T-TC-A--TCTTT-CA-T
gi|37468 : ACA-CATA-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC----A------ATAT-TTT-------------------TTA--CATTGT-T-AC-AACT-G-T-CA-TTTA--AA-C---T-TTAA----TA-AAT-T-CTA-TT-----AACA-
blockSeqs : A T C CA A GC CA T TT CT TT G TGG C A ATATATATATATA GA AA G A A ACTG G C CC T GAG . ACC T C T T ACTTA CG T ACGTT C TTAAGT G T T
blockSeqs : . . T A . . . . . . . . . A A . GA . G . . ACTG G C CC . . . ACC . . G . . G T ACGTT C . G T T
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . A . T . G . . TCTT . . . . . . AC . . G . . G T ACG C . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . T . . . . . . TCTT . . . . . . AC . . G . . G T ACA T
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . T . . . . . . ATTG . . . . . . . . . G . . C T CC T
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . T . . . . . . ACTG . . . . . . . . . G . . C . TC .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . A . . . . . . TCTT . . . . . . . . . . . . C . TC .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . A . . . . . . ACTG . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . T . . . . . . TGT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . T . . . . . . TGT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . TGC . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . CCA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . CTG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . TT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** ACTG** ** ****
originalCons : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A-ACTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-AC-A--T-GTT-CA-TTTA--AA-C---T-TTAA--C-TA-AAT-TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
finalCons : TGTTCCAACATCA-CACA-CA-A--CTAA-CACAGAAA--G--CAG-GA--C--TTTC--T-AT---ATATAT-TTTAT-------------TC--TTA--CATTGT-T-AC-AACTG--T-CA-TTTA--AA-C---T-TTAA----TA-AAT-TGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
Alignments
lowQualScore : 11 111111 11111 11 111 1 1 22222 222222
lowQualScore : 1 555 777 1 1 22 22 1 22 22 4444 222 3 4 77777777777 77 1 22 7 22 444444 33333 11 2 2 333 0 5 0 3 77777 44 2 99999 6 0 888888 2 3 3
lowQualScore : . ... ... . . .. .. . .. .. .... ... . . ........... .. . .. . .. ...... ..... .. . . ... . . . . ..... .. . ..... . . ...... . . .
lowQualScore : 5 666 000 5 5 00 00 5 00 00 6666 666 0 7 66666666666 22 8 55 6 88 111111 88888 88 9 9 999 1 0 5 1 77777 44 8 99999 5 8 888888 5 2 2
consensus : TGTTCCAACATCACACAC-A---A---CTAA-C-ACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATATAT-TTTAT-----------TC--TT-A--CATTGT-TACA-ACTGT------CA-----TTTA--AA-CT-TTAA---TAAATTGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
Reference ( family-689 ) : TGTTCCAACATCACACAC-A---A---CTAA-C-ACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATATAT-TTTAT-----------TC--TT-A--CATTGT-TACA-ACTGT------CA-----TTTA--AA-CT-TTAA---TAAATTGCCA-CT-----AACA-GATATACACGTCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37442 : TGTTTCAACATCACACAC-A---AA--CTAA-C-ACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATATAT-TTTAG-----------TCGACT-A--AATTTTGTACA---TGTTG----CA-----TCCACCAA-GTCTTAACC-TAAGCTGCAA-CT-----AACA-GA-ATAC---TTTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATATCCTTCATTATAACC
gi|37443 : TGTTTCAACATCACACAC-A---AA--CTAA-C-ACAGAAA--ACA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATATAA-TGTAT-----------TCGACA-A--CATTTTGTACA---TGTTG----CA-----TCCACCGA-GT-CTAAACCTAATCTTCCA-CT-----AACA-GA-ATAT---CCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTAATATCTAGCAAACATTACAACAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37444 : TGTTTCAACATCACACAC-ACACA---CTAA-C-ACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATATAT-TTTAT-----------TC--GA-AAACATTGTGTACA---TGTTGAATCCACCGAGTCTA--AA-CC-TCAA---C----TGCTA-CT-----TACA-GA-ATAT---TCTCCTTTAAACAACAACTCTGGTTCCTGACATCTAGCGAACATTAAAATAA------TAAACATGACTCCTGTAAGTGGTTTACAAGTA-TTTCACATCCTTCATTATAACC
gi|37445 : TGTTTCAACGTCACGCAT-A---A---CTAAAC-ACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATACAT-TTTAT-----------TCGACT-A--CATTGTGTACATGCTG-------CA-----TCCACCGA-GT-CTAAACCTAAACTGCCA-CT-----AACA-GA-ATAC---TCTCCTTTAATCAACAATTCTGGTTCCTAATATCTAGCAATCAATACAATAATTAAGTTAAACATGGCTCCT--------TT---AAATATTTTCATGTCCTTCATTATAACC
gi|37446 : TGTTTCAACATCATACAT-A---A---CTAA-C-GCAGAAA--GAA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATATAT-TTATT-----------TT--TT-A--CATTGT-TGCA-ACCAT------CA-----TTTA--AA-CT-TGAA---TACATT-TTA-TT-----AACA-CATATACACGTTTC---TAAATA
gi|37447 : TGTTTCAACGTCACACAT-A---A---CTAA-C-ACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATACAT-TTATT-----------TC--TT-A--CATTGT-TACA-
gi|37448 : TGTTTCAACATTACACAT-A---A---CTAA-C-ACAGAAA--GCA--G-GA--T--TTTCT----AT---ATATAT-TTATT-----------TC--TT-A--CATTGT-TAAC-ACTGT------CA-----TTTA--AA-CT-TTAA---TAAATT-CTA-TT-----AACA-
gi|37449 : TGTTCCAACATCACACAC-A---A---CTTG-C-ACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATATA--TTTAT-----------T
gi|37450 : TGTTCCAACATCACTCTC-A---A---CTAA-C-ACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT----GT---ATATA--TTTAT-----------TC--
gi|37451 : TGTTTCAACATCACACAT-A---A---CTAT-C-ACAGAAA--GCA--G-GA--A--TTTTT----AT---ATATAT-TTATT-----------TC--TT-A--CAGTGT-TGCA-ACTGT------CA-----TTTA--AA-CT-TTGA---TAAA-TGCTA-TT-----AACA-CGTATGCACGTTTC---TAAACAcaca
gi|37452 : TGTTTAAACATCACACAT-A---A---CTAA-C-ACAGAAT--GCA--A-GA--C--TTTCT----AT---ATATAT-TTATT-----------TC--TT-G--CATTGT-TACA-
gi|37453 : TGTTCTAACATTACACAC-AC--A---CTA--C-ACAAAGT--GCA--G-GA--C--TTTCT----AT---CTATAT-TTTAT-----------TC--TT-A--CATTAT-TCCA-TCTTA------CAT----TTTA--AA-CT-GT-------AATTGTCA-CTACTTAAACACGATAT
gi|37454 : TGTTCCAGTATCACAGAC-A---A---CTAA-C-AAAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATATA--TTTAT-----------Ttc
gi|37455 : TGTTTCAACATCACAGAC-A---A---CCAA-C-ACATAAA--GAA--G-AA--C--TTTCT----AT---ATATAT-T
gi|37456 : TGTTCCAACATCACACACAA---A---CT-A-C-ACAACGC--GTA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATATAT-TTT-T-----------TC--TT-A--CATTAT-TACA---TTT------CG-----TTTA--AA-CT-TTAA---TGAATT-CCATTT-----AACA-CATATGCACG---CTTCTAAACA
gi|37457 : TGTTCCAACATCACGCAC-A---A---ACAA-GGATAGAAA--GCA--T-GA--C--TTTCC----AT---ATATAT-TTATT-----------TC--TTTA--CATTAT-TACA-ACTGT------CA-----TTTA--AA-CT-TAAA---
gi|37458 : TGTACCAACGTCACACAC-A---AA--CTAA---ACACAAA--GCACAG-TT--CCTTTTCG----AT---ATATAT-TTTAT-----------T----T-A--CATTAT-TACA-TCTTT------CA-----T
gi|37459 : TGTTCCAACATCACACAC-AG--A---CTAA-C-AGAAAAC--GCA--GTTC--C--TTTCCG---AT---ATATA--TTTAT-----------TC---T-A--CATTAT-T
gi|37460 : TGTTTCACCATCGCACAT-C---A---TTAA-C-ACATAAC--ACA--C-GA--T--TTTCT----AT---ATACAT-TTAAT-----------TC--TT-A--CATTGT-TACA-
gi|37461 : TGTTCCAACATCA-ACAA-A---AAAACTAA-C-ACAGAAA--GTA--G-CGTTC--TTTCG----AT---ATAT-T-TTTA
gi|37462 : TGTTCCAACATCACACAC-A---A---ATTG---ACAGAAAGCGCA--G---------TTCC----ATTGGATATATCTTTAT-----------TC---T-A--CAT
gi|37463 : TGTTTCACTATTGCACAT-T---A---TTAA-C-ACGTAAA--GCA--G-GA--T--TTTCT----AT---ATATAT-TTATT-----------TC--TT-A--CATTGT-cat
gi|37464 : GTTCTAACATCGCACAC-A---A---CTAA-C-ACAGCGC--GCA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATATAT-ATTAT-----------TC--TT-A--CATTAT-TACA-TCTTT------CA-----TTTA--AATCT-GT-------AATTGTCA-CT-----A
gi|37465 : GTTTCAACGTCACACAC-A---A---CTAA-C-ACAGAAA--GCA--A-GA--C--TTTCT----AT---TTATAT-TTATT-----------TC--TT-A--CATTGT-TACA-ATTGT------CAC----TTTA--AA-CT-TTAA---TAAATT-CTA-TT-----AACA-CATATGCACA---CTTCTAAA
gi|37466 : GTTTCAACATCACACAT-A---A---CTAA-C-ACCGAAT--ACA--A-GA--C--TTTCTTTATAT---ATATATATATATATATATATATATC--TT-A--CATTTT-TACA-ACTGT------CAC----TTTA--AA-CT-TTAA---TAAATT-CTA-TT-----AACA-
gi|37467 : CAACATCGCACAC-A-------CTAA-C-ACAGTGC--TCA--G-GA--C--TTTCT----AT---ATATAT-TTT-----------------TT-A--CATTAT-TTCA-TCTTT------CA-----T
gi|37468 : ACACAT-A---A---CTAA-C-ACAGAAA--GCA--G-GA--C--TTTC----------A-ATAT-TTT-----------------TT-A--CATTGT-TACA-ACTGT------CA-----TTTA--AA-CT-TTAA---TAAATT-CTA-TT-----AACA-