lowQualScore : 1111111 3333333333333 1
lowQualScore : 2 7 3 55 0 3 0000000 0 5 2222222222222 5555 33 2 0 44 2 33 888 2 33 666666 55555 33 55 4
lowQualScore : . . . .. . . ....... . . ............. .... .. . . .. . .. ... . .. ...... ..... .. .. .
lowQualScore : 8 3 6 22 1 1 0000000 2 4 2222222222222 3333 44 5 0 44 5 44 222 4 22 888888 66666 11 33 2
consensus : GTATATT-TT-CTC-ATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATGT------A------AT----ATA--TCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-TG--CA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
Reference ( gi|24976 ) : GTATACT-TT-CTT-ATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACTTGCCAGGAATGT------A------AT----ATA--TCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-TG--CA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24977 : GTATACT-TT-CTC-ATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACTTGCCAGGAATGT------A------AT----ATA--TCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-TG--CA------AA-----AT--A--AAGT-TGAAAGGGAATGGCTGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24978 : GTATATT-TT-CTC-ATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACTTGCTAGGAATGT------A------AT----TTA--TCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-TG--CA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTTATGTTGAGAGAATT
gi|24979 : GCATATT-TT-CTC-ATTAACTAC-ACTTTATCTCA-------TTCATATTTACTTGCCAGGAATGT------A------AT----ATA--TCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-AA--CA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGACAGAACT
gi|24980 : GTATATT-TT-CCC-ATTAACTAC-ACTTTAGGTCA-------TTCATATTTACTAGCCAGGAATGT------A------AT----ATA--TCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-GG--CA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCAAATGTTGAGAGAACT
gi|24981 : GTATATT-TT-CTC-ATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTTATTTTTACTTACCAGGAATGT------A------AT----ATA--TCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-TG--CA------AA-----AT--A--TAGT-TAAAAGGGAATGGCCGAATCTAACGTGAAGAGAACT
gi|24982 : GTGTATT-TT-CTC-TTTTATTAT-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATAT------A------AT----ATA--CCTT-A-ACCATC-GTT--AA--AA---T-TG--CA------AA-----AT--A--AAGT-TAAAAGGGAATGGCAGTATCTAATATTGAGAAAACT
gi|24983 : GTATATT-TT-GTTCATTAGTTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTATCTGCCATGAATAT------ACTTTCAAT----ATA--CCTA-A-ACCA-A-ATTA-AA--AA---A-TG--CA------AA-----AT--A--TAGT-TGATAGGGAATGGCCGTATCGAATATTGAGAGAACT
gi|24984 : GTGTATTATT-CTT--TTAATTTC-ACTTTATGTAA-------TTACTATTTTCCTGCCATGAATTTTCTTTCA------AT----ATA--CCTA-A-ACCAT---TTATAA--AA---G-TG--CA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGTATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24985 : GTATGCTCTT-CTC-ATTACATAA-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATAAATATACTTCCA------AT----ATA--CCTA-A-ACAATC-TTT--AA--AA---T-TG--CA------AA-----AT--A--TAGT-TGTAA-GACACGCCCGTTTCTAATGTTGAGAGAAC
gi|24986 : GTATATT-TTTCTC-ATTCATTAC-ACTTTATGTTA-------TTCATATTTACCTGTTATGAATATTTTTA-A------AT----ATA---CTT-AGACCATCTCTTA-AA--TA---TATA--AACTCTTTAA-----CT--A--TATT-TAAAAGAAATTAATCGTATCTACTGTTGAGATAATT
gi|24987 : T-TT-CTT-ATTAATTAC-AC---------------------ATTTACCTGCCATAAATAT------ACTTTTGAT----ATA--TTTA-A-ACCATT-TTTA-AA--AA---T-TG--CA------AA-----AT--A--TAGC-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATATTGAGAGAACT
gi|24988 : atatt-ATTACTCAC-ATTTTATGTTA-------CTAATATTTACCTGCCGTGAATAT------A------ATTTCAATAAACCCT-A-ACCATC-TTTA-AA--A----T-TAAACA------AA-----AA--AGTTTCT-TGAAAGGAAATGGCCGTATCTTATGTTGAGAGAACT
gi|24989 : cTACGATTTTATATTAGCGTGTGTTCATATTTACCTGTCATCAATGC------ATTTAG-AC----ACA--TCCCGA-ACCATC--TTC-AA--AC---T-TG--TA------AA-----AT--A--TATT-TGAAAGGTAATGGCCGTATCTGATGTTGAG
gi|24991 : TGT------A------AT----GTA--TTTT-ATGCCATT-GTTA-AA--AACGAT-T------------------AT--G--TAATCTGTAGGGGAAGGGCCGAATCTAATGTTGGCAGAACT
gi|24992 : TGT------A------AT----GTA--TTTT-ATGCCATT-GTTA-AA-------------CA------AACGATTAT--G--TAATCTGTAGGGGAAGGGCCAAATCTAATGTTGGCAGAACT
gi|24990 : TGT------A------AT----GTA--TTTT-ATGCCATT-GTTA-AACAAACGTT-TA--TG------AA-----ATCTA--TAG-------GGGAAGGACCGAATCTAATGTTGGCAGAAC
gi|24993 : A---T-AG--CC------AA-----AT--A--GCGT-ATAAAGGGAATGGCCGAATTTAATGTTGAGAGAACT
gi|24994 : -----AT--AC-TAAT-T--AAGGCAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24995 : -TGTAAGGGAATGGCCGTATCTAATGTTGAGAGAATT
gi|24996 : GAAAGGGAATGGCCGTATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24998 : AAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24997 : AAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24999 : AAGGGAATGGTCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|25000 : GGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|25001 : GGAAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|25002 : AATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222
lowQualScore : 6 6 2 9999999 1 9999999999999 5555 33 2 9 33 33 33 777 2 33 666666 55555 22 55 4
lowQualScore : . . . ....... . ............. .... .. . . .. .. .. ... . .. ...... ..... .. .. .
lowQualScore : 7 7 9 3333333 3 8888888888888 0000 22 4 4 66 44 22 888 2 11 444444 33333 99 00 0
consensus : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
Reference ( family-686 ) : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24976 : GTATACT-TT-CTTATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACTTGCCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24977 : GTATACT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACTTGCCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--AAGT-TGAAAGGGAATGGCTGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24978 : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACTTGCTAGGAATGT------A------AT----TT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTTATGTTGAGAGAATT
gi|24979 : GCATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATCTCA-------TTCATATTTACTTGCCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-A--ACA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGACAGAACT
gi|24980 : GTATATT-TT-CCCATTAACTAC-ACTTTAGGTCA-------TTCATATTTACTAGCCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-G--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCAAATGTTGAGAGAACT
gi|24981 : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTTATTTTTACTTACCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TAAAAGGGAATGGCCGAATCTAACGTGAAGAGAACT
gi|24982 : GTGTATT-TT-CTCTTTTATTAT-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATAT------A------AT----AT--ACCTT-A-ACCATC-GTT--AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--AAGT-TAAAAGGGAATGGCAGTATCTAATATTGAGAAAACT
gi|24983 : GTATATT-TTGTTCATTAGTTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTATCTGCCATGAATAT------ACTTTCAAT----AT--ACCTA-A-ACCA-A-ATTA-AA--AA---A-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGATAGGGAATGGCCGTATCGAATATTGAGAGAACT
gi|24984 : GTGTATTATT-CTT-TTAATTTC-ACTTTATGTAA-------TTACTATTTTCCTGCCATGAATTTTCTTTCA------AT----AT--ACCTA-A-ACCAT---TTATAA--AA---G-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGTATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24985 : GTATGCTCTT-CTCATTACATAA-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATAAATATACTTCCA------AT----AT--ACCTA-A-ACAATC-TTT--AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGTAA-GACACGCCCGTTTCTAATGTTGAGAGAAC
gi|24986 : GTATATT-TTTCTCATTCATTAC-ACTTTATGTTA-------TTCATATTTACCTGTTATGAATATTTTTA-A------AT----AT--A-CTT-AGACCATCTCTTA-AA--TA---TAT--AAACTCTTTAA-----CT--A--TATT-TAAAAGAAATTAATCGTATCTACTGTTGAGATAATT
gi|24987 : TAT-TT-TT-CTTATTAATTAC-AC---------------------ATTTACCTGCCATAAATAT------ACTTTTGAT----AT--ATTTA-A-ACCATT-TTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGC-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATATTGAGAGAACT
gi|24988 : aCATTACTCAC-ATTTTATGTTA-------CTAATATTTACCTGCCGTGAATAT------A------ATTTCAATAAACCCT-A-ACCATC-TTT--AA--AA---T-TAAACA------AA-----AA--AGTTTCT-TGAAAGGAAATGGCCGTATCTTATGTTGAGAGAACT
gi|24989 : TACGATTTTATATTAGCGTGTGTTCATATTTACCTGTCATCAATGC------ATTTAG-AC----AC--ATCCCGA-ACCATC--TTC-AA--AC---T-T--GTA------AA-----AT--A--TATT-TGAAAGGTAATGGCCGTATCTGATGTTGAG
gi|24990 : TGT------A------AT----GT--ATTTT-ATGCCATT-GTTA-AACAAACGTT-T--ATG------AA-----ATCTA--TAG-------GGGAAGGACCGAATCTAATGTTGGCAGAAC
gi|24991 : TGT------A------AT----GT--ATTTT-ATGCCATT-GTTA-AA--AACGAT-T------------------AT--G--TAATCTGTAGGGGAAGGGCCGAATCTAATGTTGGCAGAACT
gi|24992 : TGT------A------AT----GT--ATTTT-ATGCCATT-GTTA-AA-------------CA------AACGATTAT--G--TAATCTGTAGGGGAAGGGCCAAATCTAATGTTGGCAGAACT
gi|24993 : A---T-A--GCC------AA-----AT--A--GCGT-ATAAAGGGAATGGCCGAATTTAATGTTGAGAGAACT
gi|24994 : -----AT--AC-TAAT-T--AAGGCAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24995 : -TGTAAGGGAATGGCCGTATCTAATGTTGAGAGAATT
gi|24996 : GAAAGGGAATGGCCGTATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24997 : AAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24998 : AAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24999 : AAGGGAATGGTCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|25000 : GGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|25001 : GGAAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|25002 : AATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222
lowQualScore : 6 6 2 9999999 1 9999999999999 5555 33 2 9 33 33 33 777 2 33 666666 55555 22 55 4
lowQualScore : . . . ....... . ............. .... .. . . .. .. .. ... . .. ...... ..... .. .. .
lowQualScore : 7 7 9 3333333 3 8888888888888 0000 22 4 4 66 44 22 888 2 11 444444 33333 99 00 0
consensus : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
Reference ( family-686 ) : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24976 : GTATACT-TT-CTTATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACTTGCCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24977 : GTATACT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACTTGCCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--AAGT-TGAAAGGGAATGGCTGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24978 : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACTTGCTAGGAATGT------A------AT----TT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTTATGTTGAGAGAATT
gi|24979 : GCATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATCTCA-------TTCATATTTACTTGCCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-A--ACA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGACAGAACT
gi|24980 : GTATATT-TT-CCCATTAACTAC-ACTTTAGGTCA-------TTCATATTTACTAGCCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-G--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCAAATGTTGAGAGAACT
gi|24981 : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTTATTTTTACTTACCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TAAAAGGGAATGGCCGAATCTAACGTGAAGAGAACT
gi|24982 : GTGTATT-TT-CTCTTTTATTAT-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATAT------A------AT----AT--ACCTT-A-ACCATC-GTT--AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--AAGT-TAAAAGGGAATGGCAGTATCTAATATTGAGAAAACT
gi|24983 : GTATATT-TTGTTCATTAGTTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTATCTGCCATGAATAT------ACTTTCAAT----AT--ACCTA-A-ACCA-A-ATTA-AA--AA---A-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGATAGGGAATGGCCGTATCGAATATTGAGAGAACT
gi|24984 : GTGTATTATT-CTT-TTAATTTC-ACTTTATGTAA-------TTACTATTTTCCTGCCATGAATTTTCTTTCA------AT----AT--ACCTA-A-ACCAT---TTATAA--AA---G-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGTATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24985 : GTATGCTCTT-CTCATTACATAA-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATAAATATACTTCCA------AT----AT--ACCTA-A-ACAATC-TTT--AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGTAA-GACACGCCCGTTTCTAATGTTGAGAGAAC
gi|24986 : GTATATT-TTTCTCATTCATTAC-ACTTTATGTTA-------TTCATATTTACCTGTTATGAATATTTTTA-A------AT----AT--A-CTT-AGACCATCTCTTA-AA--TA---TAT--AAACTCTTTAA-----CT--A--TATT-TAAAAGAAATTAATCGTATCTACTGTTGAGATAATT
gi|24987 : TAT-TT-TT-CTTATTAATTAC-AC---------------------ATTTACCTGCCATAAATAT------ACTTTTGAT----AT--ATTTA-A-ACCATT-TTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGC-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATATTGAGAGAACT
gi|24988 : aCATTACTCAC-ATTTTATGTTA-------CTAATATTTACCTGCCGTGAATAT------A------ATTTCAATAAACCCT-A-ACCATC-TTT--AA--AA---T-TAAACA------AA-----AA--AGTTTCT-TGAAAGGAAATGGCCGTATCTTATGTTGAGAGAACT
gi|24989 : TACGATTTTATATTAGCGTGTGTTCATATTTACCTGTCATCAATGC------ATTTAG-AC----AC--ATCCCGA-ACCATC--TTC-AA--AC---T-T--GTA------AA-----AT--A--TATT-TGAAAGGTAATGGCCGTATCTGATGTTGAG
gi|24990 : TGT------A------AT----GT--ATTTT-ATGCCATT-GTTA-AACAAACGTT-T--ATG------AA-----ATCTA--TAG-------GGGAAGGACCGAATCTAATGTTGGCAGAAC
gi|24991 : TGT------A------AT----GT--ATTTT-ATGCCATT-GTTA-AA--AACGAT-T------------------AT--G--TAATCTGTAGGGGAAGGGCCGAATCTAATGTTGGCAGAACT
gi|24992 : TGT------A------AT----GT--ATTTT-ATGCCATT-GTTA-AA-------------CA------AACGATTAT--G--TAATCTGTAGGGGAAGGGCCAAATCTAATGTTGGCAGAACT
gi|24993 : A---T-A--GCC------AA-----AT--A--GCGT-ATAAAGGGAATGGCCGAATTTAATGTTGAGAGAACT
gi|24994 : -----AT--AC-TAAT-T--AAGGCAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24995 : -TGTAAGGGAATGGCCGTATCTAATGTTGAGAGAATT
gi|24996 : GAAAGGGAATGGCCGTATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24997 : AAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24998 : AAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24999 : AAGGGAATGGTCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|25000 : GGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|25001 : GGAAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|25002 : AATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
blockSeqs : A G G GCGTGTG G ACTTTCA TTCA AA G G TC AT CA CGT A AA CTCTTT CGATT CT GT C
blockSeqs : C T . . G TCTTTCA . . . T G A . CGA . . . . . C C
blockSeqs : . . . . G ACTTCCA . . . T G A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G ACTTTTG . . . T G A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G TTTTAA . . . . G A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T ATTTAG . . . . G A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . G A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . A A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . T A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . T C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . T A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T A . . . . G A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T A . . . . G A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
finalCons : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222
lowQualScore : 6 6 2 9999999 1 9999999999999 5555 33 2 9 33 33 33 777 2 33 666666 55555 22 55 4
lowQualScore : . . . ....... . ............. .... .. . . .. .. .. ... . .. ...... ..... .. .. .
lowQualScore : 7 7 9 3333333 3 8888888888888 0000 22 4 4 66 44 22 888 2 11 444444 33333 99 00 0
consensus : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
Reference ( family-686 ) : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24976 : GTATACT-TT-CTTATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACTTGCCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24977 : GTATACT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACTTGCCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--AAGT-TGAAAGGGAATGGCTGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24978 : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACTTGCTAGGAATGT------A------AT----TT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTTATGTTGAGAGAATT
gi|24979 : GCATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATCTCA-------TTCATATTTACTTGCCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-A--ACA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGACAGAACT
gi|24980 : GTATATT-TT-CCCATTAACTAC-ACTTTAGGTCA-------TTCATATTTACTAGCCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-G--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGAATCAAATGTTGAGAGAACT
gi|24981 : GTATATT-TT-CTCATTAACTAC-ACTTTATGTCA-------TTTATTTTTACTTACCAGGAATGT------A------AT----AT--ATCTT-A-ACCATC-GTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TAAAAGGGAATGGCCGAATCTAACGTGAAGAGAACT
gi|24982 : GTGTATT-TT-CTCTTTTATTAT-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATGAATAT------A------AT----AT--ACCTT-A-ACCATC-GTT--AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--AAGT-TAAAAGGGAATGGCAGTATCTAATATTGAGAAAACT
gi|24983 : GTATATT-TTGTTCATTAGTTAC-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTATCTGCCATGAATAT------ACTTTCAAT----AT--ACCTA-A-ACCA-A-ATTA-AA--AA---A-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGATAGGGAATGGCCGTATCGAATATTGAGAGAACT
gi|24984 : GTGTATTATT-CTT-TTAATTTC-ACTTTATGTAA-------TTACTATTTTCCTGCCATGAATTTTCTTTCA------AT----AT--ACCTA-A-ACCAT---TTATAA--AA---G-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGAAAGGGAATGGCCGTATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24985 : GTATGCTCTT-CTCATTACATAA-ACTTTATGTCA-------TTCATATTTACCTGCCATAAATATACTTCCA------AT----AT--ACCTA-A-ACAATC-TTT--AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGT-TGTAA-GACACGCCCGTTTCTAATGTTGAGAGAAC
gi|24986 : GTATATT-TTTCTCATTCATTAC-ACTTTATGTTA-------TTCATATTTACCTGTTATGAATATTTTTA-A------AT----AT--A-CTT-AGACCATCTCTTA-AA--TA---TAT--AAACTCTTTAA-----CT--A--TATT-TAAAAGAAATTAATCGTATCTACTGTTGAGATAATT
gi|24987 : TAT-TT-TT-CTTATTAATTAC-AC---------------------ATTTACCTGCCATAAATAT------ACTTTTGAT----AT--ATTTA-A-ACCATT-TTTA-AA--AA---T-T--GCA------AA-----AT--A--TAGC-TGAAAGGGAATGGCCGAATCTAATATTGAGAGAACT
gi|24988 : aCATTACTCAC-ATTTTATGTTA-------CTAATATTTACCTGCCGTGAATAT------A------ATTTCAATAAACCCT-A-ACCATC-TTT--AA--AA---T-TAAACA------AA-----AA--AGTTTCT-TGAAAGGAAATGGCCGTATCTTATGTTGAGAGAACT
gi|24989 : TACGATTTTATATTAGCGTGTGTTCATATTTACCTGTCATCAATGC------ATTTAG-AC----AC--ATCCCGA-ACCATC--TTC-AA--AC---T-T--GTA------AA-----AT--A--TATT-TGAAAGGTAATGGCCGTATCTGATGTTGAG
gi|24990 : TGT------A------AT----GT--ATTTT-ATGCCATT-GTTA-AACAAACGTT-T--ATG------AA-----ATCTA--TAG-------GGGAAGGACCGAATCTAATGTTGGCAGAAC
gi|24991 : TGT------A------AT----GT--ATTTT-ATGCCATT-GTTA-AA--AACGAT-T------------------AT--G--TAATCTGTAGGGGAAGGGCCGAATCTAATGTTGGCAGAACT
gi|24992 : TGT------A------AT----GT--ATTTT-ATGCCATT-GTTA-AA-------------CA------AACGATTAT--G--TAATCTGTAGGGGAAGGGCCAAATCTAATGTTGGCAGAACT
gi|24993 : A---T-A--GCC------AA-----AT--A--GCGT-ATAAAGGGAATGGCCGAATTTAATGTTGAGAGAACT
gi|24994 : -----AT--AC-TAAT-T--AAGGCAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24995 : -TGTAAGGGAATGGCCGTATCTAATGTTGAGAGAATT
gi|24996 : GAAAGGGAATGGCCGTATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24997 : AAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24998 : AAGGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|24999 : AAGGGAATGGTCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|25000 : GGGAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|25001 : GGAAATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT
gi|25002 : AATGGCCGAATCTAATGTTGAGAGAACT