lowQualScore : 11 111111111111 11111111111111111111
lowQualScore : 22 4 3333 22 77777 1 1 22 1 6 222 1 7 88 22 222222222222 22222222222222222222 22 7777777 666 3 1 1 3333 44
lowQualScore : .. . .... .. ..... . . .. . . ... . . .. .. ............ .................... .. ....... ... . . . .... ..
lowQualScore : 33 8 3333 11 77777 5 5 11 5 1 777 5 7 55 11 111111111111 55555555555555555555 11 7777777 999 1 6 6 5555 66
consensus : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA---C-T-TT-ACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC--------------------A--TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
Reference ( gi|134224 ) : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CCTAAA---C-T-TG-ACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC--------------------A--TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134223 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA---C-T-TT-ACAATTTCTC--ATCAT------------TATAC--------------------A--TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134225 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA---C-T-TT-TCAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC--------------------G--TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134226 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-AT-TAT--TGA-CTTAAA---A-T-TT-ACAGTTTCTC--ATCAT------------TATGC--------------------A--TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134227 : ATAGACA--TA-AACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA---C-T-TT-ACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC--------------------A--TTC-------A---ATCGCC-A-A-TA-----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134229 : ATAGATA--TA-GACG----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA---T-T-TC-ACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC--------------------A--TAC-------A---ATTGAC-A-A-TTT----TT--TCGCACATGTCAGATTTAAGCA
gi|134228 : ACAGACA--TA-AATA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAGA---C-T-TT-GCAGTTTCTC--ATCAT------------TATAT--------------------A--TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAA----TT--TTGCACATGACAGATAAAAGCA
gi|134230 : ATGGACA--CA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TAA-CTTAAA---C-T-TT-ACAGTGGCTC--ATCAA------------TATAC--------------------A--TAC-------A---ATTTAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATTTAAGCA
gi|134231 : ATAAACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-AAT--TGA-CTTAAA---C-T-TT-ACAGTTTCTT--GTCAC------------TATAC--------------------A--TAC-------A---ATTGAC-A-A-CA-----TA--ATGTACATGACAGATATAAGCA
gi|134232 : ATAGACA--TA-GAAA----A--A-----G-TT-TAT--TGA-CTTAAA---C-T-TT-ACAGTTTCTT--ATCAT------------TATAC--------------------A--TAC-------T---CTTGAC-A-A-TAT----CT--TTGCACATGACATATATAACCA
gi|134233 : ATAGACA--AA-GATA----T--A-----T-TT-CAT--TAA-CTTAAA---C-T-TT-ACAGTTTGT------------------------C--------------------G--TAC-------A---ATTGGC-A-A-TA-----GT--TTGTGTATCACAGATATAAGCA
gi|134234 : ATAAACA--AA-GCCA----T--T-----T-TT-TGT--TTA-CTGAAA---C-T-CT-ACAGTTTCTC--ATCGT------------TATACTAACAGTTTATCACCGTTACACTTAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--AGGTACATGCCATATATAAACA
gi|134236 : ATAGACA--TA-GA------T--A-----T-TTATAA--TAA-CCTAAAGCTT-T-TG--CAGTTTCTA--GTCAT------------TATAC--------------------A--TAC-------A---CTTAGC-A-A-TA
gi|134235 : ATAGATAACTA-GATT----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA---C-TATT-ACAGTTTTTC--ATCAT------------TACAA--------------------A--TATGTGATAAA---ATAAAT-ACA-CAT----TC--ACACACGTGACATATCTGAACA
gi|134237 : ATAAACA--TA-GATA----T--A-----T-TT-T-----------------C-T-TT-ACAATTTCTT--AACAT------------TATAC--------------------A--TAC-------A---ACTGAC-
gi|134238 : TAGACA--TA-GGCA----T--A-----T-TC-TAT--TGA-CTTAAA---C-T-TT-ACAGTTTCTC--ACCAT------------TATAC--------------------A--TAC-------A---ATTGAC-A-A-TGT----TT--TTGCAAATGACAGATATAAGCA
gi|134239 : TAGACA--TA-GATACATAT--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA---C-T-TT-ACAGTTTCTC--ATCAT------------TA-GC--------------------A--TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGTACATGACAGATATAAGCA
gi|134240 : AGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA---C-T-TA-ACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAT--------------------A--TAC-------A---ATTTAC-A-A-TAG----AT--TTGCACATGCCAGATATAAGCA
gi|134241 : AGACA--TAAGACA----T--AAGACAT-TT-TAT--TTA-CTTAAA---C-TATATACAGTTTCTCGTATCA-------------TATAC--------------------A--TATATA----A---ATTAACAA-A-TAT----TTCATT--ACATGACAGGTATGA
gi|134242 : AGACT--TAAGACA----T----------TT-TAT--TGA-CTTAAA---C-TATATACAGTTTCTC--GTCATCA----------TATAC--------------------A--TAT-------ATATATTAACAA-A-TATAACATT------ACATGACAGGTAT
gi|134243 : AGACA--TAAGATA----T--AAGACAT-TT-TAT--TGA-CTCAAA---C-TATATACAGTTTCTC--GTCATCATATACATATATATAC--------------------A--TAT-------ATAAATTAAC-A-AATAT----TTCATT--ACATGACAGGTAT
gi|134244 : AGACA--TA-AA-A----C--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA---C-TATATACAGCTTCTC--GTCATCA----------TATAC--------------------A--TAT-------AT--AT--A--A-A-TAT----AT--TTG
gi|134245 : GACA--TA-GACA----T--A-----T-T--------------------C-T-TT-ACAGCTTCTC--ATCAT------------TATAT--------------------A--TAC-------A---ATTGCT-A-A-TAT----TT--
gi|134246 : A--TA-CACT----T--A-----T-CT-TAT--TGA-CTAAAA---C-T-TT-ACAATTTTCC--ATCGT------------TATAC--------------------A--TAC-------A---AATGAT-A-T-TAT------------ATACGCCAGATATAGGTA
gi|134247 : --TA-GATA----C--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA---CTT-TT-ACAGTTTTTC--ATCAT------------AAGAA--------------------A--TAT-------A-----TGAC-A-A-AAT----AA--ATGCACA
gi|134248 : A-GACA----TCTA-----TGTT-TATAATAAACTTAAG---C-T-TT-ACAGTGTCTC--GTCAT------------TATAT--------------------G--TAC-------A---ATCGAC-A-A-TAT----TA--TTGTACGTG
gi|134249 : ----T--A-----T-GT-TAC--TGA-CTAAAA---C-T-TT-ACAGTTCC-------AT------------TATTC--------------------A--TAC-------A---AATGCC-A-A-TAT----TT--ATGTACATGACATATATAAGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111 111111111111111111111
lowQualScore : 22 4 3333 22 77777 1 1 22 1 22 1 7 5 22 111111111111 1 222222222222222222222 7777777 666 3 1 1 3333 44
lowQualScore : .. . .... .. ..... . . .. . .. . . . .. ............ . ..................... ....... ... . . . .... ..
lowQualScore : 22 6 1111 00 44444 5 5 00 5 00 5 4 9 00 777777777777 5 666666666666666666666 4444444 777 0 5 5 4444 44
consensus : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
Reference ( family-681 ) : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134223 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAATTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134224 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CCTAAA--C-T-T-GACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134225 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TTCAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-G---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134226 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-AT-TAT--TGA-CTTAAA--A-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATGC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134227 : ATAGACA--TA-AACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TTC-------A---ATCGCC-A-A-TA-----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134228 : ACAGACA--TA-AATA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAGA--C-T-T-TGCAGTTTCTC--ATCAT------------TATAT-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAA----TT--TTGCACATGACAGATAAAAGCA
gi|134229 : ATAGATA--TA-GACG----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--T-T-T-CACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TTT----TT--TCGCACATGTCAGATTTAAGCA
gi|134230 : ATGGACA--CA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TAA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTGGCTC--ATCAA------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTTAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATTTAAGCA
gi|134231 : ATAAACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-AAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTT--GTCAC------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-CA-----TA--ATGTACATGACAGATATAAGCA
gi|134232 : ATAGACA--TA-GAAA----A--A-----G-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTT--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------T---CTTGAC-A-A-TAT----CT--TTGCACATGACATATATAACCA
gi|134233 : ATAGACA--AA-GATA----T--A-----T-TT-CAT--TAA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTGT------------------------C-G---------------------TAC-------A---ATTGGC-A-A-TA-----GT--TTGTGTATCACAGATATAAGCA
gi|134234 : ATAAACA--AA-GCCA----T--T-----T-TT-TGT--TTA-CTGAAA--C-T-C-TACAGTTTCTC--ATCGT------------TATACTAACAGTTTATCACCGTTACACTTAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--AGGTACATGCCATATATAAACA
gi|134235 : ATAGATAACTA-GATT----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-TAT-TACAGTTTTTC--ATCAT------------TACAA-A---------------------TATGTGATAAA---ATAAAT-ACA-CAT----TC--ACACACGTGACATATCTGAACA
gi|134236 : ATAGACA--TA-GA------T--A-----T-TTATAA--TAA-CCTAAAGCT-T-T-TGCAGTTTCTA--GTCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---CTTAGC-A-A-TA
gi|134237 : ATAAACA--TA-GATA----T--A-----T-TT-T----------------C-T-T-TACAATTTCTT--AACAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ACTGAC-
gi|134238 : TAGACA--TA-GGCA----T--A-----T-TC-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ACCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TGT----TT--TTGCAAATGACAGATATAAGCA
gi|134239 : TAGACA--TA-GATACATAT--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TA-GC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGTACATGACAGATATAAGCA
gi|134240 : AGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-AACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAT-A---------------------TAC-------A---ATTTAC-A-A-TAG----AT--TTGCACATGCCAGATATAAGCA
gi|134241 : AGACA--TAAGACA----T--AAGACAT-TT-TAT--TTA-CTTAAA--C-TATATACAGTTTCTCGTATCA-------------TATAC-A---------------------TATATA----A---ATTAACAA-A-TAT----TTCATT--ACATGACAGGTATGA
gi|134242 : AGACT--TAAGACA----T----------TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-TATATACAGTTTCTC--GTCATCA----------TATAC-A---------------------TAT-------ATATATTAACAA-A-TATAACATT------ACATGACAGGTAT
gi|134243 : AGACA--TAAGATA----T--AAGACAT-TT-TAT--TGA-CTCAAA--C-TATATACAGTTTCTC--GTCATCATATACATATATATAC-A---------------------TAT-------ATAAATTAAC-A-AATAT----TTCATT--ACATGACAGGTAT
gi|134244 : AGACA--TA-AA-A----C--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-TATATACAGCTTCTC--GTCATCA----------TATAC-A---------------------TAT-------AT--AT--A--A-A-TAT----AT--TTG
gi|134245 : GACA--TA-GACA----T--A-----T-T-------------------C-T-T-TACAGCTTCTC--ATCAT------------TATAT-A---------------------TAC-------A---ATTGCT-A-A-TAT----TT--
gi|134246 : A--TA-CACT----T--A-----T-CT-TAT--TGA-CTAAAA--C-T-T-TACAATTTTCC--ATCGT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---AATGAT-A-T-TAT------------ATACGCCAGATATAGGTA
gi|134247 : --TA-GATA----C--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--CTT-T-TACAGTTTTTC--ATCAT------------AAGAA-A---------------------TAT-------A-----TGAC-A-A-AAT----AA--ATGCACA
gi|134248 : A-GACA----TCTA-----TGTT-TATAATAAACTTAAG--C-T-T-TACAGTGTCTC--GTCAT------------TATAT-G---------------------TAC-------A---ATCGAC-A-A-TAT----TA--TTGTACGTG
gi|134249 : ----T--A-----T-GT-TAC--TGA-CTAAAA--C-T-T-TACAGTTCC-------AT------------TATTC-A---------------------TAC-------A---AATGCC-A-A-TAT----TT--ATGTACATGACATATATAAGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111 111111111111111111111
lowQualScore : 22 4 3333 22 77777 1 1 22 1 22 1 7 5 22 111111111111 1 222222222222222222222 7777777 666 3 1 1 3333 44
lowQualScore : .. . .... .. ..... . . .. . .. . . . .. ............ . ..................... ....... ... . . . .... ..
lowQualScore : 22 6 1111 00 44444 5 5 00 5 00 5 4 9 00 777777777777 5 666666666666666666666 4444444 777 0 5 5 4444 44
consensus : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
Reference ( family-681 ) : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134223 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAATTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134224 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CCTAAA--C-T-T-GACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134225 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TTCAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-G---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134226 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-AT-TAT--TGA-CTTAAA--A-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATGC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134227 : ATAGACA--TA-AACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TTC-------A---ATCGCC-A-A-TA-----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134228 : ACAGACA--TA-AATA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAGA--C-T-T-TGCAGTTTCTC--ATCAT------------TATAT-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAA----TT--TTGCACATGACAGATAAAAGCA
gi|134229 : ATAGATA--TA-GACG----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--T-T-T-CACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TTT----TT--TCGCACATGTCAGATTTAAGCA
gi|134230 : ATGGACA--CA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TAA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTGGCTC--ATCAA------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTTAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATTTAAGCA
gi|134231 : ATAAACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-AAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTT--GTCAC------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-CA-----TA--ATGTACATGACAGATATAAGCA
gi|134232 : ATAGACA--TA-GAAA----A--A-----G-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTT--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------T---CTTGAC-A-A-TAT----CT--TTGCACATGACATATATAACCA
gi|134233 : ATAGACA--AA-GATA----T--A-----T-TT-CAT--TAA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTGT------------------------C-G---------------------TAC-------A---ATTGGC-A-A-TA-----GT--TTGTGTATCACAGATATAAGCA
gi|134234 : ATAAACA--AA-GCCA----T--T-----T-TT-TGT--TTA-CTGAAA--C-T-C-TACAGTTTCTC--ATCGT------------TATACTAACAGTTTATCACCGTTACACTTAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--AGGTACATGCCATATATAAACA
gi|134235 : ATAGATAACTA-GATT----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-TAT-TACAGTTTTTC--ATCAT------------TACAA-A---------------------TATGTGATAAA---ATAAAT-ACA-CAT----TC--ACACACGTGACATATCTGAACA
gi|134236 : ATAGACA--TA-GA------T--A-----T-TTATAA--TAA-CCTAAAGCT-T-T-TGCAGTTTCTA--GTCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---CTTAGC-A-A-TA
gi|134237 : ATAAACA--TA-GATA----T--A-----T-TT-T----------------C-T-T-TACAATTTCTT--AACAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ACTGAC-
gi|134238 : TAGACA--TA-GGCA----T--A-----T-TC-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ACCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TGT----TT--TTGCAAATGACAGATATAAGCA
gi|134239 : TAGACA--TA-GATACATAT--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TA-GC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGTACATGACAGATATAAGCA
gi|134240 : AGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-AACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAT-A---------------------TAC-------A---ATTTAC-A-A-TAG----AT--TTGCACATGCCAGATATAAGCA
gi|134241 : AGACA--TAAGACA----T--AAGACAT-TT-TAT--TTA-CTTAAA--C-TATATACAGTTTCTCGTATCA-------------TATAC-A---------------------TATATA----A---ATTAACAA-A-TAT----TTCATT--ACATGACAGGTATGA
gi|134242 : AGACT--TAAGACA----T----------TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-TATATACAGTTTCTC--GTCATCA----------TATAC-A---------------------TAT-------ATATATTAACAA-A-TATAACATT------ACATGACAGGTAT
gi|134243 : AGACA--TAAGATA----T--AAGACAT-TT-TAT--TGA-CTCAAA--C-TATATACAGTTTCTC--GTCATCATATACATATATATAC-A---------------------TAT-------ATAAATTAAC-A-AATAT----TTCATT--ACATGACAGGTAT
gi|134244 : AGACA--TA-AA-A----C--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-TATATACAGCTTCTC--GTCATCA----------TATAC-A---------------------TAT-------AT--AT--A--A-A-TAT----AT--TTG
gi|134245 : GACA--TA-GACA----T--A-----T-T-------------------C-T-T-TACAGCTTCTC--ATCAT------------TATAT-A---------------------TAC-------A---ATTGCT-A-A-TAT----TT--
gi|134246 : A--TA-CACT----T--A-----T-CT-TAT--TGA-CTAAAA--C-T-T-TACAATTTTCC--ATCGT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---AATGAT-A-T-TAT------------ATACGCCAGATATAGGTA
gi|134247 : --TA-GATA----C--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--CTT-T-TACAGTTTTTC--ATCAT------------AAGAA-A---------------------TAT-------A-----TGAC-A-A-AAT----AA--ATGCACA
gi|134248 : A-GACA----TCTA-----TGTT-TATAATAAACTTAAG--C-T-T-TACAGTGTCTC--GTCAT------------TATAT-G---------------------TAC-------A---ATCGAC-A-A-TAT----TA--TTGTACGTG
gi|134249 : ----T--A-----T-GT-TAC--TGA-CTAAAA--C-T-T-TACAGTTCC-------AT------------TATTC-A---------------------TAC-------A---AATGCC-A-A-TAT----TT--ATGTACATGACATATATAAGC
blockSeqs : AC A CATA CT AGACA G A AA A GC T A A GT CATATACATATA T ACAGTTTATCACCGTTACACT GTGATAA TAT A C A AACA CA
blockSeqs : . A . . AGACA . . . . . . A A . CA . . ATA TAA A . . . CA
blockSeqs : . A . . . . . . . . . A A . CA . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
finalCons : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111 111111111111111111111
lowQualScore : 22 4 3333 22 77777 1 1 22 1 22 1 7 5 22 111111111111 1 222222222222222222222 7777777 666 3 1 1 3333 44
lowQualScore : .. . .... .. ..... . . .. . .. . . . .. ............ . ..................... ....... ... . . . .... ..
lowQualScore : 22 6 1111 00 44444 5 5 00 5 00 5 4 9 00 777777777777 5 666666666666666666666 4444444 777 0 5 5 4444 44
consensus : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
Reference ( family-681 ) : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134223 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAATTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134224 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CCTAAA--C-T-T-GACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134225 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TTCAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-G---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134226 : ATAGACA--TA-GACA----T--A-----T-AT-TAT--TGA-CTTAAA--A-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATGC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134227 : ATAGACA--TA-AACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TTC-------A---ATCGCC-A-A-TA-----TT--TTGCACATGACAGATATAAGCA
gi|134228 : ACAGACA--TA-AATA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAGA--C-T-T-TGCAGTTTCTC--ATCAT------------TATAT-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAA----TT--TTGCACATGACAGATAAAAGCA
gi|134229 : ATAGATA--TA-GACG----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--T-T-T-CACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TTT----TT--TCGCACATGTCAGATTTAAGCA
gi|134230 : ATGGACA--CA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TAA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTGGCTC--ATCAA------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTTAC-A-A-TAT----TT--TTGCACATGACAGATTTAAGCA
gi|134231 : ATAAACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-AAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTT--GTCAC------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-CA-----TA--ATGTACATGACAGATATAAGCA
gi|134232 : ATAGACA--TA-GAAA----A--A-----G-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTT--ATCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------T---CTTGAC-A-A-TAT----CT--TTGCACATGACATATATAACCA
gi|134233 : ATAGACA--AA-GATA----T--A-----T-TT-CAT--TAA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTGT------------------------C-G---------------------TAC-------A---ATTGGC-A-A-TA-----GT--TTGTGTATCACAGATATAAGCA
gi|134234 : ATAAACA--AA-GCCA----T--T-----T-TT-TGT--TTA-CTGAAA--C-T-C-TACAGTTTCTC--ATCGT------------TATACTAACAGTTTATCACCGTTACACTTAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--AGGTACATGCCATATATAAACA
gi|134235 : ATAGATAACTA-GATT----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-TAT-TACAGTTTTTC--ATCAT------------TACAA-A---------------------TATGTGATAAA---ATAAAT-ACA-CAT----TC--ACACACGTGACATATCTGAACA
gi|134236 : ATAGACA--TA-GA------T--A-----T-TTATAA--TAA-CCTAAAGCT-T-T-TGCAGTTTCTA--GTCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---CTTAGC-A-A-TA
gi|134237 : ATAAACA--TA-GATA----T--A-----T-TT-T----------------C-T-T-TACAATTTCTT--AACAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ACTGAC-
gi|134238 : TAGACA--TA-GGCA----T--A-----T-TC-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ACCAT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TGT----TT--TTGCAAATGACAGATATAAGCA
gi|134239 : TAGACA--TA-GATACATAT--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-TACAGTTTCTC--ATCAT------------TA-GC-A---------------------TAC-------A---ATTGAC-A-A-TAT----TT--TTGTACATGACAGATATAAGCA
gi|134240 : AGACA--TA-GACA----T--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-T-T-AACAGTTTCTC--ATCAT------------TATAT-A---------------------TAC-------A---ATTTAC-A-A-TAG----AT--TTGCACATGCCAGATATAAGCA
gi|134241 : AGACA--TAAGACA----T--AAGACAT-TT-TAT--TTA-CTTAAA--C-TATATACAGTTTCTCGTATCA-------------TATAC-A---------------------TATATA----A---ATTAACAA-A-TAT----TTCATT--ACATGACAGGTATGA
gi|134242 : AGACT--TAAGACA----T----------TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-TATATACAGTTTCTC--GTCATCA----------TATAC-A---------------------TAT-------ATATATTAACAA-A-TATAACATT------ACATGACAGGTAT
gi|134243 : AGACA--TAAGATA----T--AAGACAT-TT-TAT--TGA-CTCAAA--C-TATATACAGTTTCTC--GTCATCATATACATATATATAC-A---------------------TAT-------ATAAATTAAC-A-AATAT----TTCATT--ACATGACAGGTAT
gi|134244 : AGACA--TA-AA-A----C--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--C-TATATACAGCTTCTC--GTCATCA----------TATAC-A---------------------TAT-------AT--AT--A--A-A-TAT----AT--TTG
gi|134245 : GACA--TA-GACA----T--A-----T-T-------------------C-T-T-TACAGCTTCTC--ATCAT------------TATAT-A---------------------TAC-------A---ATTGCT-A-A-TAT----TT--
gi|134246 : A--TA-CACT----T--A-----T-CT-TAT--TGA-CTAAAA--C-T-T-TACAATTTTCC--ATCGT------------TATAC-A---------------------TAC-------A---AATGAT-A-T-TAT------------ATACGCCAGATATAGGTA
gi|134247 : --TA-GATA----C--A-----T-TT-TAT--TGA-CTTAAA--CTT-T-TACAGTTTTTC--ATCAT------------AAGAA-A---------------------TAT-------A-----TGAC-A-A-AAT----AA--ATGCACA
gi|134248 : A-GACA----TCTA-----TGTT-TATAATAAACTTAAG--C-T-T-TACAGTGTCTC--GTCAT------------TATAT-G---------------------TAC-------A---ATCGAC-A-A-TAT----TA--TTGTACGTG
gi|134249 : ----T--A-----T-GT-TAC--TGA-CTAAAA--C-T-T-TACAGTTCC-------AT------------TATTC-A---------------------TAC-------A---AATGCC-A-A-TAT----TT--ATGTACATGACATATATAAGC