lowQualScore                  :                                11                                  11                       
lowQualScore                  :                   1  3 1  44   00        6 3 0 666666 1  4         77   2                   
lowQualScore                  :                   .  . .  ..   ..        . . . ...... .  .         ..   .                   
lowQualScore                  :                   6  2 6  22   22        5 8 3 000000 5  6         33   3                   
consensus                     : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CAC-CTTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTNCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
Reference ( gi|155601 )       : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CAC-ATTCGCACATCTTGC------C-CT-GAGTAACTTGGAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155602                     : ACTCCAACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CAC-ATTCGCACACCCTGCCCAGAGC-CT-GAGTAACTTTCAAAATTGTCCCGCTACGCCCCTG
gi|155605                     : ACTACCACCAGCGGAAGT-GG-A-AC--CAC-CTTCGCACACCTTAT------C-CT-GAGTAACTGGCAAAGTTGTCACGCTACGCTCC
gi|155603                     : ACTCCCATTAGCAGAAGT-GT-A-AT--CAC-ATTTGCACACCCTGC------C-CT-GAGTTACTTGCAAAGTTGTCATGCTACGCCTCTG
gi|155604                     : ACTCCCACCAGCAGAAGT-GG-A-AT--GAC-TTTTGCATGCCCTGA------C-TT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155606                     : ACTTCCACCTGCGGAAGT-GG-A-AC--CTC-CTTCGCACACTTTAT------C-CT-GAGTAACTTTCAAAGTTGTCACGCTACGCTCCTG
gi|155607                     : ACTTACACCAGCGGAAG--AG-A-AT--CAC-ATTAGCCCACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGTCAAGTTGTCATGCTACGCTCCTG
gi|155608                     : ACCCCCATCAGCGGAAGT-GGGA-AT--CAT-CTTCGCACACCTTAT------C-CTTAAGTAACTTCCAAATTTGTCACGCTACGCCCTTG
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gi|155609                     : ACTCCCTCCAGCAGATTT-GG-A-AC--CAC-CCTTGCGCACCCTGC------C-CT-TAGTAACTTGCCAAGTTGTCACGCTACGCTCCT
gi|155612                     : ACCCCCATCAGCAGAAGT-GGGA-AT--CAC-CCTCGCACGCCTTAT------C-CTTGAGTAACTTCCAAATGTGTCACGCTACGCCCTTG
gi|155611                     : ACTCCCACCAGCGGCAGT-TG-A-AC--AAC-CGTCGAACACCCTAC------C-CA-GAGTAGTTTGCAAAGTTGTCTCGCTACGCCTCTG
gi|155614                     : ACTCCCACAAACGTAAGT-GG-A-AC--CAC-CCTCGTTCACCCTGC------C-CT-GAGTAATTTACAAA-----CACGCTACGCTCCTG
gi|155613                     : ACTCCCACCAGAGGAAGA-TG-A-AC--AAC-CTTCGCACGCCCTGC------C-CT-GAG-AATTTGCAAAGATGTCATG-TACACTCCTG
gi|155615                     : ACTCCCACCAGCGGAAAT-GG-A-AC--CAC-CCTCGCACGCCCTGC------C-CT-GAGTAATT
gi|155616                     : ACCCTCACCAACGTAAGT-GG-A-ATTCCAC--CTCGTATACCT-GC------C-CT-GAGTTACTTCCATATCTGTTACGCTACGCCCCTG
gi|155617                     : ACCCTCACCAGCGTAAGT-GG-T-AT--TCCGACTGGTACACCTTCC------C-TT-G-GTAACTTCCAAATATGTCACGCTACGCCCCT
gi|155618                     : ACCCCCATCAGCCGAAGT-GG-GTAT--GGC-CCTCGCGCACCATAC------C-TT-GAGTGACTTTCAAATTTGTCATGCTA
gi|155619                     :  CTCCTACAAGCAGAAGT-GG-A-AT--CAC-CTCCGCAAATTGTGC------A-CT-GAGTAACTTGCAAAGTGGTCATACCGTGCCCTTG
gi|155620                     :   TCCCATCAGGGGAAGT-GG-G-AT--CCC-ATAC-CAAACC---C------A-CC-GAGTAATTTCCAAATTTGTCATGCTACGC
gi|155621                     :   TCCCATCAGAGGAAGT-GG-G-AC--CCC-ATCCTAAC--CCCAC------C-C--GACTAACTTCCAAATTTGTCAAGCTATG
gi|155622                     :    CCCACCAGTGGAACT-GG-A-AT--CAC-ATTCGCACACTCTGT------TACT-GAGTAACTTGAAAAGTTGTCACTTTA-GTCCC
gi|155623                     :     CCATCAGCGGAAATGGG-A-GT--CAC-CCTCCCACACCTTAT------C-CTCGATTAACTTCCAAAATTCTCACGTCACGCCCTTG
gi|155624                     :         CAGCGTAAGT-GG-G-ATTCCGC--CTCGTACACATT-C------C-CT-GAGTAACTCCCAAATATGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155625                     :          AGCGGAAGT-GA-A-AG--CAC-CTTCGCACATCCTGC------G-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTAACGCTACGCTCCTG
gi|155626                     :               AAG--GG-A-AT--CAC-ATTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155627                     :                           --CAC-ATACAAACACCCCACA-----C-CT-TAGTAACTTCCAAATTTGTCACGCTACGCCTCTG





Alignments
lowQualScore                  :                   1  3 1  44    22            0 555555 1  4         1    1                   
lowQualScore                  :                   .  . .  ..    ..            . ...... .  .         .    .                   
lowQualScore                  :                   5  1 5  22    11            6 777777 5  4         0    8                   
consensus                     : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACC--TTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
Reference ( family-677 )      : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACC--TTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTNCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155601                     : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACA--TTCGCACATCTTGC------C-CT-GAGTAACTTGGAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155602                     : ACTCCAACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACA--TTCGCACACCCTGCCCAGAGC-CT-GAGTAACTTTCAAAATTGTCCCGCTACGCCCCTG
gi|155603                     : ACTCCCATTAGCAGAAGT-GT-A-AT--CACA--TTTGCACACCCTGC------C-CT-GAGTTACTTGCAAAGTTGTCATGCTACGCCTCTG
gi|155604                     : ACTCCCACCAGCAGAAGT-GG-A-AT--GACT--TTTGCATGCCCTGA------C-TT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155605                     : ACTACCACCAGCGGAAGT-GG-A-AC--CACC--TTCGCACACCTTAT------C-CT-GAGTAACTGGCAAAGTTGTCACGCTACGCTCC
gi|155606                     : ACTTCCACCTGCGGAAGT-GG-A-AC--CTCC--TTCGCACACTTTAT------C-CT-GAGTAACTTTCAAAGTTGTCACGCTACGCTCCTG
gi|155607                     : ACTTACACCAGCGGAAG--AG-A-AT--CACA--TTAGCCCACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGTCAAGTTGTCATGCTACGCTCCTG
gi|155608                     : ACCCCCATCAGCGGAAGT-GGGA-AT--CATC--TTCGCACACCTTAT------C-CTTAAGTAACTTCCAAATTTGTCACGCTACGCCCTTG
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gi|155613                     : ACTCCCACCAGAGGAAGA-TG-A-AC--AACC--TTCGCACGCCCTGC------C-CT-GAG-AATTTGCAAAGATGTCATG-TACACTCCTG
gi|155614                     : ACTCCCACAAACGTAAGT-GG-A-AC--CACC--CTCGTTCACCCTGC------C-CT-GAGTAATTTACAAA-----CACGCTACGCTCCTG
gi|155615                     : ACTCCCACCAGCGGAAAT-GG-A-AC--CACC--CTCGCACGCCCTGC------C-CT-GAGTAATT
gi|155616                     : ACCCTCACCAACGTAAGT-GG-A-ATTCCACC--T-CGTATACC-TGC------C-CT-GAGTTACTTCCATATCTGTTACGCTACGCCCCTG
gi|155617                     : ACCCTCACCAGCGTAAGT-GG-T-AT--T-CCGACTGGTACACCTTCC------C-TT-G-GTAACTTCCAAATATGTCACGCTACGCCCCT
gi|155618                     : ACCCCCATCAGCCGAAGT-GG-GTAT--GGCC--CTCGCGCACCATAC------C-TT-GAGTGACTTTCAAATTTGTCATGCTA
gi|155619                     :  CTCCTACAAGCAGAAGT-GG-A-AT--CACC--TCCGCAAATTGTGC------A-CT-GAGTAACTTGCAAAGTGGTCATACCGTGCCCTTG
gi|155620                     :   TCCCATCAGGGGAAGT-GG-G-AT--CCCA--TAC-CAAACCC-AC------C----GAGTAATTTCCAAATTTGTCATGCTACGC
gi|155621                     :   TCCCATCAGAGGAAGT-GG-G-AC--C-CC--ATCCTA-ACCCCAC------C-C--GACTAACTTCCAAATTTGTCAAGCTATG
gi|155622                     :    CCCACCAGTGGAACT-GG-A-AT--CACA--TTCGCACACTCTGT------TACT-GAGTAACTTGAAAAGTTGTCACTTTA-GTCCC
gi|155623                     :     CCATCAGCGGAAATGGG-A-GT--CACC--CTCCCACACCTTAT------C-CTCGATTAACTTCCAAAATTCTCACGTCACGCCCTTG
gi|155624                     :         CAGCGTAAGT-GG-G-ATTCCGCC--T-CGTACACATT-C------C-CT-GAGTAACTCCCAAATATGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155625                     :          AGCGGAAGT-GA-A-AG--CACC--TTCGCACATCCTGC------G-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTAACGCTACGCTCCTG
gi|155626                     :               AAG--GG-A-AT--CACA--TTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155627                     :                                        ACACCCCACA-----C-CT-TAGTAACTTCCAAATTTGTCACGCTACGCCTCTG





Alignments
lowQualScore                  :                   1  3 1  44    22            0 555555 1  4         2    1                   
lowQualScore                  :                   .  . .  ..    ..            . ...... .  .         .    .                   
lowQualScore                  :                   5  1 5  22    11            6 777777 5  4         2    8                   
consensus                     : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACC--TTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
Reference ( family-677 )      : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACC--TTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155601                     : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACA--TTCGCACATCTTGC------C-CT-GAGTAACTTGGAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
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gi|155605                     : ACTACCACCAGCGGAAGT-GG-A-AC--CACC--TTCGCACACCTTAT------C-CT-GAGTAACTGGCAAAGTTGTCACGCTACGCTCC
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gi|155607                     : ACTTACACCAGCGGAAG--AG-A-AT--CACA--TTAGCCCACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGTCAAGTTGTCATGCTACGCTCCTG
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gi|155613                     : ACTCCCACCAGAGGAAGA-TG-A-AC--AACC--TTCGCACGCCCTGC------C-CT-GAG-AATTTGCAAAGATGTCATG-TACACTCCTG
gi|155614                     : ACTCCCACAAACGTAAGT-GG-A-AC--CACC--CTCGTTCACCCTGC------C-CT-GAGTAATTTACAAA-----CACGCTACGCTCCTG
gi|155615                     : ACTCCCACCAGCGGAAAT-GG-A-AC--CACC--CTCGCACGCCCTGC------C-CT-GAGTAATT
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gi|155617                     : ACCCTCACCAGCGTAAGT-GG-T-AT--T-CCGACTGGTACACCTTCC------C-TT-G-GTAACTTCCAAATATGTCACGCTACGCCCCT
gi|155618                     : ACCCCCATCAGCCGAAGT-GG-GTAT--GGCC--CTCGCGCACCATAC------C-TT-GAGTGACTTTCAAATTTGTCATGCTA
gi|155619                     :  CTCCTACAAGCAGAAGT-GG-A-AT--CACC--TCCGCAAATTGTGC------A-CT-GAGTAACTTGCAAAGTGGTCATACCGTGCCCTTG
gi|155620                     :   TCCCATCAGGGGAAGT-GG-G-AT--CCCA--TAC-CAAACCC-AC------C----GAGTAATTTCCAAATTTGTCATGCTACGC
gi|155621                     :   TCCCATCAGAGGAAGT-GG-G-AC--C-CC--ATCCTA-ACCCCAC------C-C--GACTAACTTCCAAATTTGTCAAGCTATG
gi|155622                     :    CCCACCAGTGGAACT-GG-A-AT--CACA--TTCGCACACTCTGT------TACT-GAGTAACTTGAAAAGTTGTCACTTTA-GTCCC
gi|155623                     :     CCATCAGCGGAAATGGG-A-GT--CACC--CTCCCACACCTTAT------C-CTCGATTAACTTCCAAAATTCTCACGTCACGCCCTTG
gi|155624                     :         CAGCGTAAGT-GG-G-ATTCCGCC--T-CGTACACATT-C------C-CT-GAGTAACTCCCAAATATGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155625                     :          AGCGGAAGT-GA-A-AG--CACC--TTCGCACATCCTGC------G-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTAACGCTACGCTCCTG
gi|155626                     :               AAG--GG-A-AT--CACA--TTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155627                     :                                        ACACCCCACA-----C-CT-TAGTAACTTCCAAATTTGTCACGCTACGCCTCTG


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blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         C    T
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         G    G
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         G    G
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         G    G
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         C    T
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         G    G
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         A    T
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         C    T
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         C    T
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         T    G
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         G    T
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         C    T
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         C    G
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         G    A
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         C    T
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         C    G
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         G    G
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         G    T
blockSeqs                     :                   .  . .  .     .               .      .  .         C    .
blockSeqs                     :                                                 .      .  .               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACC--TTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
finalCons                     : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACC--TTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG





Alignments
lowQualScore                  :                   1  3 1  44    22            0 555555 1  4         2    1                   
lowQualScore                  :                   .  . .  ..    ..            . ...... .  .         .    .                   
lowQualScore                  :                   5  1 5  22    11            6 777777 5  4         2    8                   
consensus                     : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACC--TTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
Reference ( family-677 )      : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACC--TTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155601                     : ACTCCCACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACA--TTCGCACATCTTGC------C-CT-GAGTAACTTGGAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155602                     : ACTCCAACCAGCGGAAGT-GG-A-AT--CACA--TTCGCACACCCTGCCCAGAGC-CT-GAGTAACTTTCAAAATTGTCCCGCTACGCCCCTG
gi|155603                     : ACTCCCATTAGCAGAAGT-GT-A-AT--CACA--TTTGCACACCCTGC------C-CT-GAGTTACTTGCAAAGTTGTCATGCTACGCCTCTG
gi|155604                     : ACTCCCACCAGCAGAAGT-GG-A-AT--GACT--TTTGCATGCCCTGA------C-TT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155605                     : ACTACCACCAGCGGAAGT-GG-A-AC--CACC--TTCGCACACCTTAT------C-CT-GAGTAACTGGCAAAGTTGTCACGCTACGCTCC
gi|155606                     : ACTTCCACCTGCGGAAGT-GG-A-AC--CTCC--TTCGCACACTTTAT------C-CT-GAGTAACTTTCAAAGTTGTCACGCTACGCTCCTG
gi|155607                     : ACTTACACCAGCGGAAG--AG-A-AT--CACA--TTAGCCCACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGTCAAGTTGTCATGCTACGCTCCTG
gi|155608                     : ACCCCCATCAGCGGAAGT-GGGA-AT--CATC--TTCGCACACCTTAT------C-CTTAAGTAACTTCCAAATTTGTCACGCTACGCCCTTG
gi|155609                     : ACTCCCTCCAGCAGATTT-GG-A-AC--CACC--CTTGCGCACCCTGC------C-CT-TAGTAACTTGCCAAGTTGTCACGCTACGCTCCT
gi|155610                     : ACTCCCACCAGTGGAGAT-GG-A-AC--AACC--TTCGTACACCCT-------------GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACACTACACTCCTG
gi|155611                     : ACTCCCACCAGCGGCAGT-TG-A-AC--AACC--GTCGAACACCCTAC------C-CA-GAGTAGTTTGCAAAGTTGTCTCGCTACGCCTCTG
gi|155612                     : ACCCCCATCAGCAGAAGT-GGGA-AT--CACC--CTCGCACGCCTTAT------C-CTTGAGTAACTTCCAAATGTGTCACGCTACGCCCTTG
gi|155613                     : ACTCCCACCAGAGGAAGA-TG-A-AC--AACC--TTCGCACGCCCTGC------C-CT-GAG-AATTTGCAAAGATGTCATG-TACACTCCTG
gi|155614                     : ACTCCCACAAACGTAAGT-GG-A-AC--CACC--CTCGTTCACCCTGC------C-CT-GAGTAATTTACAAA-----CACGCTACGCTCCTG
gi|155615                     : ACTCCCACCAGCGGAAAT-GG-A-AC--CACC--CTCGCACGCCCTGC------C-CT-GAGTAATT
gi|155616                     : ACCCTCACCAACGTAAGT-GG-A-ATTCCACC--T-CGTATACC-TGC------C-CT-GAGTTACTTCCATATCTGTTACGCTACGCCCCTG
gi|155617                     : ACCCTCACCAGCGTAAGT-GG-T-AT--T-CCGACTGGTACACCTTCC------C-TT-G-GTAACTTCCAAATATGTCACGCTACGCCCCT
gi|155618                     : ACCCCCATCAGCCGAAGT-GG-GTAT--GGCC--CTCGCGCACCATAC------C-TT-GAGTGACTTTCAAATTTGTCATGCTA
gi|155619                     :  CTCCTACAAGCAGAAGT-GG-A-AT--CACC--TCCGCAAATTGTGC------A-CT-GAGTAACTTGCAAAGTGGTCATACCGTGCCCTTG
gi|155620                     :   TCCCATCAGGGGAAGT-GG-G-AT--CCCA--TAC-CAAACCC-AC------C----GAGTAATTTCCAAATTTGTCATGCTACGC
gi|155621                     :   TCCCATCAGAGGAAGT-GG-G-AC--C-CC--ATCCTA-ACCCCAC------C-C--GACTAACTTCCAAATTTGTCAAGCTATG
gi|155622                     :    CCCACCAGTGGAACT-GG-A-AT--CACA--TTCGCACACTCTGT------TACT-GAGTAACTTGAAAAGTTGTCACTTTA-GTCCC
gi|155623                     :     CCATCAGCGGAAATGGG-A-GT--CACC--CTCCCACACCTTAT------C-CTCGATTAACTTCCAAAATTCTCACGTCACGCCCTTG
gi|155624                     :         CAGCGTAAGT-GG-G-ATTCCGCC--T-CGTACACATT-C------C-CT-GAGTAACTCCCAAATATGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155625                     :          AGCGGAAGT-GA-A-AG--CACC--TTCGCACATCCTGC------G-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTAACGCTACGCTCCTG
gi|155626                     :               AAG--GG-A-AT--CACA--TTCGCACACCCTGC------C-CT-GAGTAACTTGCAAAGTTGTCACGCTACGCCCCTG
gi|155627                     :                                        ACACCCCACA-----C-CT-TAGTAACTTCCAAATTTGTCACGCTACGCCTCTG