lowQualScore : 111 11111 1111 11111111111111111 1 22 1 33333333333 1 4444444444444444444444444
lowQualScore : 6 66 66 0 6 2 4 5 000 00000 2222 2 44444444444444444 2 5555555 22 77 5 3333 1 55555555555 4 2 1 3 4444 0 2 8888888 2222222222222222222222222 5
lowQualScore : . .. .. . . . . . ... ..... .... . ................. . ....... .. .. . .... . ........... . . . . .... . . ....... ......................... .
lowQualScore : 7 11 11 7 0 5 2 7 000 11111 1111 1 00000000000000000 0 9999999 55 11 8 9999 4 99999999999 6 9 9 8 2222 8 1 6666666 8888888888888888888888888 3
consensus : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGACTGTGNGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAA--ATAGTGTACATGTATT----ACACGAAGAACAGGTA---N--T----GGTCTNCGGGTCTG-AAACAGCTGCGATA----TGTCGTACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAAC-G-G-----AA-----A------C-ATNC--T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
Reference ( gi|6104 ) : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGATTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTGT-----------------GCTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAA--ATTCTGTACATGTTTT----ACACGAAGAACAGGTA---T--T----GGTCTTCGGTTCTG-AAACAGCTGCAATA----TGTCATACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAAC-G-G-----AA-----G------C-ATTC--T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6106 : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCAGTATATGTCGCGACTGTATGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTTT-----------------GCTAATAGTCGAATAGTAC-------ATTGTAA--ATATTGTAAATGTATT----ACACGGAGAACAGGTA---T--T----GGTCTTCGGTTCTG-AAACAGCTGCGATA----TGTCATACAACAAAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAAC-G-G-----AA-----A------C-TTTC--T----TTATTTATGAAGTG-TAA
gi|6105 : TTAACGCGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGATATACGTCGCAACTGTGGGGATGGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTGG-----------------TCTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAA--ATATTGTACATGTATT----ACATGAAGAACAGGTA---T--T----GGTCTTCGGGTCTGAAAACA-CTGCGATA----TGTTATACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAAG-G-G-----AA-----A------C-ATTC--T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6107 : TTAACGCGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAATAAGTATATATCGCGTCTGTGTGGATTGCTGGTTGAA-AT---ACTTC-A---AAT----TCGGTGT-----------------GTTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAA--ATATTGTACATGTATT----ACATGAAGAACAGGTA---T--T----GGTATTCAGGTCAG-AAACAGCTGAAACA----TCTCATACAACATAGTGAGATGGATGATAATGTTCTAAAAC-G-G-----AA-----A------T-ATTC--T----TGATTTGTGAAGTG-
gi|6108 : TTTACACGTC--A--TGTCGCAAGAATTGTACAACCGGTATAAGTCGCGACTGTGGGGATTGCTGGTCGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGTCGAACAGTATGTAAATAAATGATA--ATATTGTACATGTATT----ACATGAAAAACAGGTG---C--T----GGTCTTCGGGTCTG-AAACAGCTGCGTTT----TGTCATACATCATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTTAAAC-G-G-----AA-----A------C-ATTC--T----TTA-TTGTGAAGTG-TAA
gi|6109 : TTA-ACGCT--AAATGTCGTAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCAACT
gi|6110 : TTA-ACGCTTAA--TGTCGCAAGATTTGCACCACCGATATATGTCGCAA
gi|6111 : --A--TGTCGCAAGATTTGTACAACTGGTATATGTCGCAA
gi|6113 : --A--TGTCACATGATTTGTACCACCGGTATATGTCGCAA
gi|6112 : --A--TGTCGCAAGATTTGTACCACCGGTATTGGTCGCAACT
gi|6114 : TGTTTGAATATTTAGCTTC-AGTTTATGCCATCGAGG------------------GATAATAGATGAATAGTAC-------AATGTAA--ATATTGTACACGTATT----ACATTAAGAACAGTTA---A--T----GGTCTACGGGTCTC-AAACAGCTGCGATATGTCTGTCATACAAAATTGT--------CGATAATGTTCTAAAGCAG-A-----AA-----A------CAATAC--TTAG-TTATTTGTGAAGTG-
gi|6115 : A-AT---GTTTCCA---TAT----TCAGCGTATTTTTTGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTAC-------ATTGTAA--GTATTGTACATGATTT----ACACGAAGAACAGGAA---A-------GGTCTACGGATCTG-AAACAGATGCGATT----TGTCAAACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAGC-C-A-----AA-----A--------ATTTAGT----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6116 : A-AT---GTTT------TAT----TCGAGG------------------GCTAATAGACGAATATTAC-------AATGTAA--ATATTGTACATGTAAT----ACATGAAGAACAGGTA---A--T----GGTCTACGAGTCTG-AAACAGCTGCGATA----TGTCATACTAAATAATGAGATGGACGATAATATTCTAAAAC-G-C-----AA-----
gi|6117 : GT-----------------GCCGATAGACGAATAGTAT-------AATGTAA--GTAGTGTACATGTATT----ACACGAAGAATAGGTA---G--TCTAAGGTCTTCGGGTCTG-AAACAGTTGCGATA----TGTCGTACAGCATAGTGAGATGGATACTAATGTTCTAAACC-G-A-----AA-----A------TAAAGC--T----TTATTTGTTAAGTA-a
gi|6118 : GT-----------------GCCAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAA--GTAGTGTACATGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGC-C--TAA--GGTCTTCTGA-CTG-AAACAGTTGCGATA----TGTCGTACAGCATAGTGAGATGGATACTAATGTTCTAAAAC-G-A-----AA-----A------T-AAAA--C----TTATTTGTAAAGTG-
gi|6119 : GT-----------------GCTAACATGCAAATAGTAC-------AAGGTAA--GTAGTGTACATGTATT----ACAAGAAGAACATGTA---A--T----TGTCTACGGGTCTA-AAACAGCTGCGATA----TGCCATACAAAATAATGAGATGGACGATAATGTTCTAAATC-G-GAAAAAAA-----G------T-ACTTAGT----TTATTTGTGAAGTG-CAA
gi|6120 : GT-----------------GC-GACAGACGAATAGAAC-------AATGTAA--GTAGTGTACATGTATT----ACACAAAGAATAGGTAGC-C--TAA--GGTATTCTGGTCTG-AAACAGTTGCGATA----TGTCGTACAGCATAGTAAGATGGATACTAATGTTCTAAAAC-GAA-----AA-----A------A-AAAC--T----TTATTTGTAAAGTGCTAA
gi|6121 : GT-----------------GCCGATAGACGAAAAGTAC-------AATGTAA--GTAGTGTTCATGTATT----ACACAAAGAATAGGTAAC-C--TAA--GGTCTTCGGGTCTG-AAACAGTTGCGATA----TGTCGTACAGCATAGTG-GAT--AC--TAATGTTCTAAAAC-G-A-----AA-----A------TAAAAC--A----TTATTTGCAAAGTG-
gi|6122 : GT-----------------GCCGATAGACAAATAGTAC-------AATGTAAGAAGTGTACACATGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGC-C--TAA--GGTCTTCGGGTCTG-AAACTGTTGTGATA----TGTCGTACAGCATAGTGAGA
gi|6123 : GT-----------------GCTGATAGACGAATTGTAC-------AATGTAA--GTAGTGTACATGTATT----ATA-GAAGAATAGGTA------------GCCTAAGGTC------------GCGATA----TGCCGTACAGCATAGTGATATGGATACTAATATTCTTAAAT-G-A-----AA-----A------TAAAAC--T----TTATTTGTAAAGTGCTAA
gi|6125 : -----------------GCTAATTGAGGAATAGTAC-------AATGTAA--ATAGTGTACATGTATT----ACATGAAGGACAGGTA---A--T----GGTGTACGGGTCTG-ATACAGTTGCGATA----TGTCATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAAC-G-G-----AAAAAATA------C-GTAG--T----TAATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6126 : -----------------GCTAATAGAGGAATAGTAC-------AATGTAA--ATATTGTACACGTATT----ACATGAAGAACAGGTA---A--T----GGTCTACGGGTCTG-AAACAGCTGCGATA----TGTCATACAAAATAGTAAGATAG-CGATAATGTTCTATAAC-G-T-----AA-----
gi|6127 : -----------------GCTAATAGACGATTAGAAC-------AATGTAA--AAAGTATACATGTATT----ACATGGAGAACAGGTA---A--T----GGTCTACGAGTCTA-AAACAGCTGCGATA----TGTGCTACAAAATAGTGAGATGGACGATGATGTTTTAAAGC-A-A-----AA-----A------A-ATAC--TTAGGTTAATTTTGAAGTG-TAAa
gi|6128 : -----------------GCTAACAGAGGAATAGTAC-------AATGTTA--ATAGTGTACATGTATT----CTATGAAGAACAGGTA---A--T----GTTCTACGTGTCTG-AAACAGCTGCGATA----TGTCATGCATAATAGTGAGATGAACGATAATGTTCTAAAAC-
gi|6124 : -----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAA--ATAGCATACATATACT----ACATGAAGAACAGGTA---A--T----GGTCTACGGGTCTG-AAATAGCTG
gi|6129 : -----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AAGGTAT--ATATTGTATATGTATT----GCACGAAGAACAGG
gi|6130 : TAATAGACGAATAATAC-------AATGTAT--ATAGTGTACATGTATCCAACACATAAAGAACAACTA---A--T----GGTCTACGGGTCTG-AAACAGCTG-ACCG----TGTCATACAAAATAGTGAGATTGATGATAATGTTCTAAAAC-G-G-----AA-----AAAATACC-ATT-----------TTTGTGAAGTG-TAA
gi|6131 : CAAAAAGTAC-------AAAGTAA--GTAGTGTACATGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGCCTAAT----GGTCATTGGGTCTG-AAACAGCTGCAATA----TGTCGTACAATATAGTGATAT------TAATGTTCTAAAAC-G-A-----AA-----
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111111111111 22222222222 2222222222222222222222
lowQualScore : 4 55 55 1 1 5 888 5 888 0000 4 33333333333333333 5555555 0 22 3333 0 33333333333 1 1 22 22 2 888888 55555 2222222222222222222222 4
lowQualScore : . .. .. . . . ... . ... .... . ................. ....... . .. .... . ........... . . .. .. . ...... ..... ...................... .
lowQualScore : 3 55 55 0 4 0 888 0 888 6666 2 33333333333333333 7777777 9 44 7777 9 77777777777 0 8 55 22 0 999999 33333 4444444444444444444444 7
consensus : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGACTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAACAGGTAA-----T----GGTCTNCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-GTACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAAC-G----G-AA-----AC-----A---TAC----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
Reference ( family-674 ) : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGACTGTGNGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAACAGGTAN-----T----GGTCTNCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-GTACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAAC-G----G-AA-----AC-----A---TNC----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6104 : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGATTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTGT-----------------GCTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAAATTCTGTACA--TGTTTT----ACACGAAGAACAGGTAT-----T----GGTCTTCGGTTCTG-AAACAGCTG--CAATATGTC-ATACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAAC-G----G-AA-----GC-----A---TTC----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6105 : TTAACGCGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGATATACGTCGCAACTGTGGGGATGGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTGG-----------------TCTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--TGTATT----ACATGAAGAACAGGTAT-----T----GGTCTTCGGGTCTGAAAACA-CTG--CGATATGTT-ATACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAAG-G----G-AA-----AC-----A---TTC----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6106 : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCAGTATATGTCGCGACTGTATGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTTT-----------------GCTAATAGTCGAATAGTAC-------ATTGTAAATATTGTAAA--TGTATT----ACACGGAGAACAGGTAT-----T----GGTCTTCGGTTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATACAACAAAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAAC-G----G-AA-----AC-----T---TTC----T----TTATTTATGAAGTG-TAA
gi|6107 : TTAACGCGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAATAAGTATATATCGCGTCTGTGTGGATTGCTGGTTGAA-AT---ACTTC-A---AAT----TCGGTGT-----------------GTTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--TGTATT----ACATGAAGAACAGGTAT-----T----GGTATTCAGGTCAG-AAACAGCTG--AAACATCTC-ATACAACATAGTGAGATGGATGATAATGTTCTAAAAC-G----G-AA-----AT-----A---TTC----T----TGATTTGTGAAGTG-
gi|6108 : TTTACACGTC--A--TGTCGCAAGAATTGTACAACCGGTATAAGTCGCGACTGTGGGGATTGCTGGTCGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGTCGAACAGTATGTAAATAAATGATAATATTGTACA--TGTATT----ACATGAAAAACAGGTGC-----T----GGTCTTCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGTTTTGTC-ATACATCATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTTAAAC-G----G-AA-----AC-----A---TTC----T----TTA-TTGTGAAGTG-TAA
gi|6109 : TTA-ACGCT--AAATGTCGTAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCAACT
gi|6110 : TTA-ACGCTTAA--TGTCGCAAGATTTGCACCACCGATATATGTCGCAA
gi|6111 : --A--TGTCGCAAGATTTGTACAACTGGTATATGTCGCAA
gi|6112 : --A--TGTCGCAAGATTTGTACCACCGGTATTGGTCGCAACT
gi|6113 : --A--TGTCACATGATTTGTACCACCGGTATATGTCGCAA
gi|6114 : TGTTTGAATATTTAGCTTC-AGTTTATGCCATCGAGG------------------GATAATAGATGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--CGTATT----ACATTAAGAACAGTTAA-----T----GGTCTACGGGTCTC-AAACAGCTG--CGATATGTCTGT----CATA-CAAAATTGTCGATAATGTTCTAAAGCAG----A-AA-----ACA----A---TAC----TTAG-TTATTTGTGAAGTG-
gi|6115 : A-AT---GTTTCCA---TAT----TCAGCGTATTTTTTGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTAC-------ATTGTAAGTATTGTACA--TGATTT----ACACGAAGAACAGGAAA----------GGTCTACGGATCTG-AAACAGATG--CGATTTGTC-AAACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAGC-C----A-AA-----A------A---TTTAG--T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6116 : A-AT---GTTT------TAT----TCGAGG------------------GCTAATAGACGAATATTAC-------AATGTAAATATTGTACA--TGTAAT----ACATGAAGAACAGGTAA-----T----GGTCTACGAGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATACTAAATAATGAGATGGACGATAATATTCTAAAAC-G----C-AA-----A
gi|6117 : GT-----------------GCCGATAGACGAATAGTAT-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAATAGGTAG-----TCTAAGGTCTTCGGGTCTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTGAGATGGATACTAATGTTCTAAACC-G----A-AA-----ATA----A---AGC----T----TTATTTGTTAAGTA-
gi|6118 : GT-----------------GCCAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAATAGGTAG-----CCTAAGGTCTTCTGA-CTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTGAGATGGATACTAATGTTCTAAAAC-G----A-AA-----AT-----A---AAA----C----TTATTTGTAAAGTG-
gi|6119 : GT-----------------GCTAACATGCAAATAGTAC-------AAGGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACAAGAAGAACATGTAA-----T----TGTCTACGGGTCTA-AAACAGCTG--CGATATGCC-ATACAAAATAATGAGATGGACGATAATGTTCTAAATC-G----G-AA-----AA-----AAAGTACTTAGT----TTATTTGTGAAGTG-CAA
gi|6120 : GT-----------------GC-GACAGACGAATAGAAC-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACAAAGAATAGGTAG-----CCTAAGGTATTCTGGTCTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTAAGATGGATACTAATGTTCTAAAAC-GA---A-AA-----AA-----A---AAC----T----TTATTTGTAAAGTGCTAA
gi|6121 : GT-----------------GCCGATAGACGAAAAGTAC-------AATGTAAGTAGTGTTCA--TGTATT----ACACAAAGAATAGGTAA-----CCTAAGGTCTTCGGGTCTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTG-GAT--AC--TAATGTTCTAAAAC-G----A-AA-----ATA----A---AAC----A----TTATTTGCAAAGTG-
gi|6122 : GT-----------------GCCGATAGACAAATAGTAC-------AATGTAAGAAGTGTACACATGTATT----ACACGAAGAATAGGTAG-----CCTAAGGTCTTCGGGTCTG-AAACTGTTG--TGATATGTC-GTACAGCATAGTGAGA
gi|6123 : GT-----------------GCTGATAGACGAATTGTAC-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ATA-GAAGAATAGGTA------------GCCTA-AGGTC-----------G--CGATATGCC-GTACAGCATAGTGATATGGATACTAATATTCTTAAAT-G----A-AA-----ATA----A---AAC----T----TTATTTGTAAAGTGCTAA
gi|6124 : -----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGCATACA--TATACT----ACATGAAGAACAGGTAA-----T----GGTCTACGGGTCTG-AAATAGCTG--
gi|6125 : -----------------GCTAATTGAGGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACATGAAGGACAGGTAA-----T----GGTGTACGGGTCTG-ATACAGTTG--CGATATGTC-ATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAAC-G----G-AAAAAATAC-----G---TAG----T----TAATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6126 : -----------------GCTAATAGAGGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--CGTATT----ACATGAAGAACAGGTAA-----T----GGTCTACGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATACAAAATAGTAAGATAG-CGATAATGTTCTATAAC-G----T-AA-----A
gi|6127 : -----------------GCTAATAGACGATTAGAAC-------AATGTAAAAAGTATACA--TGTATT----ACATGGAGAACAGGTAA-----T----GGTCTACGAGTCTA-AAACAGCTG--CGATATGTG-CTACAAAATAGTGAGATGGACGATGATGTTTTAAAGC-A----A-AA-----AA-----A---TAC----TTAGGTTAATTTTGAAGTG-TAA
gi|6128 : -----------------GCTAACAGAGGAATAGTAC-------AATGTTAATAGTGTACA--TGTATT----CTATGAAGAACAGGTAA-----T----GTTCTACGTGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATGCATAATAGTGAGATGAACGATAATGTTCTAAAAC-
gi|6129 : -----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AAGGTATATATTGTATA--TGTATT----GCACGAAGAACAGG
gi|6130 : TAATAGACGAATAATAC-------AATGTATATAGTGTACA--TGTATCCAACACATAAAGAACAACTAA-----T----GGTCTACGGGTCTG-AAACAGCTGACCG---TGTC-ATACAAAATAGTGAGATTGATGATAATGTTCTAAAAC-G----GAAA-----AA-----A---TAC----C----ATTTTTGTGAAGTG-TAA
gi|6131 : CAAAAAGTAC-------AAAGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGCCTAAT----GGTCATTGGGTCTG-AAACAGCTG--CAATATGTC-GTACAATATAGTGATAT------TAATGTTCTAAAAC-GAAAAA-AA-----ACAAAAAA---CAC----T----TCATTTGTTTAGTG-
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111111111111 22222222222 11111111111111111111111
lowQualScore : 4 55 55 1 5 888 5 888 0000 4 33333333333333333 5555555 0 22 3333 0 22222222222 1 1 22 22 2 2 888888 55555 66666666666666666666666 4
lowQualScore : . .. .. . . ... . ... .... . ................. ....... . .. .... . ........... . . .. .. . . ...... ..... ....................... .
lowQualScore : 3 55 55 4 0 888 0 888 6666 2 33333333333333333 7777777 9 44 7777 9 11111111111 0 8 55 22 0 0 999999 33333 99999999999999999999999 7
consensus : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGACTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTNCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-GTACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AC-----A---TA-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
Reference ( family-674 ) : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGACTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTNCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-GTACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AC-----A---TA-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6104 : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGATTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTGT-----------------GCTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAAATTCTGTACA--TGTTTT----ACACGAAGAACAGGTA-----TT----GGTCTTCGGTTCTG-AAACAGCTG--CAATATGTC-ATACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----GC-----A---TT-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6105 : TTAACGCGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGATATACGTCGCAACTGTGGGGATGGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTGG-----------------TCTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--TGTATT----ACATGAAGAACAGGTA-----TT----GGTCTTCGGGTCTGAAAACA-CTG--CGATATGTT-ATACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-G-G----G-AA-----AC-----A---TT-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6106 : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCAGTATATGTCGCGACTGTATGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTTT-----------------GCTAATAGTCGAATAGTAC-------ATTGTAAATATTGTAAA--TGTATT----ACACGGAGAACAGGTA-----TT----GGTCTTCGGTTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATACAACAAAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AC-----T---TT-C----T----TTATTTATGAAGTG-TAA
gi|6107 : TTAACGCGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAATAAGTATATATCGCGTCTGTGTGGATTGCTGGTTGAA-AT---ACTTC-A---AAT----TCGGTGT-----------------GTTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--TGTATT----ACATGAAGAACAGGTA-----TT----GGTATTCAGGTCAG-AAACAGCTG--AAACATCTC-ATACAACATAGTGAGATGGATGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AT-----A---TT-C----T----TGATTTGTGAAGTG-
gi|6108 : TTTACACGTC--A--TGTCGCAAGAATTGTACAACCGGTATAAGTCGCGACTGTGGGGATTGCTGGTCGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGTCGAACAGTATGTAAATAAATGATAATATTGTACA--TGTATT----ACATGAAAAACAGGTG-----CT----GGTCTTCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGTTTTGTC-ATACATCATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTTAAA-C-G----G-AA-----AC-----A---TT-C----T----TTA-TTGTGAAGTG-TAA
gi|6109 : TTA-ACGCT--AAATGTCGTAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCAACT
gi|6110 : TTA-ACGCTTAA--TGTCGCAAGATTTGCACCACCGATATATGTCGCAA
gi|6111 : --A--TGTCGCAAGATTTGTACAACTGGTATATGTCGCAA
gi|6112 : --A--TGTCGCAAGATTTGTACCACCGGTATTGGTCGCAACT
gi|6113 : --A--TGTCACATGATTTGTACCACCGGTATATGTCGCAA
gi|6114 : TGTTTGAATATTTAGCTTC-AGTTTATGCCATCGAGG------------------GATAATAGATGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--CGTATT----ACATTAAGAACAGTTA-----AT----GGTCTACGGGTCTC-AAACAGCTG--CGATATGTCTGT----CATA-CAAAATTGTCGATAATGTTCTAAAG-CAG----A-AA-----ACA----A---TA-C----TTAG-TTATTTGTGAAGTG-
gi|6115 : A-AT---GTTTCCA---TAT----TCAGCGTATTTTTTGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTAC-------ATTGTAAGTATTGTACA--TGATTT----ACACGAAGAACAGGAA-----A-----GGTCTACGGATCTG-AAACAGATG--CGATTTGTC-AAACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAGCC-A----A-AA-----AT-----T---TA-G----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6116 : A-AT---GTTT------TAT----TCGAGG------------------GCTAATAGACGAATATTAC-------AATGTAAATATTGTACA--TGTAAT----ACATGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTACGAGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATACTAAATAATGAGATGGACGATAATATTCTAAAA-C-G----C-AA-----A
gi|6117 : GT-----------------GCCGATAGACGAATAGTAT-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAATAGGTA-----GTCTAAGGTCTTCGGGTCTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTGAGATGGATACTAATGTTCTAAAC-C-G----A-AA-----AT-----A---AAGC----T----TTATTTGTTAAGTA-
gi|6118 : GT-----------------GCCAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGCCT-AA----GGTCTTCTGA-CTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTGAGATGGATACTAATGTTCTAAAA-C-G----A-AA-----AT-----A---AA-A----C----TTATTTGTAAAGTG-
gi|6119 : GT-----------------GCTAACATGCAAATAGTAC-------AAGGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACAAGAAGAACATGTA-----AT----TGTCTACGGGTCTA-AAACAGCTG--CGATATGCC-ATACAAAATAATGAGATGGACGATAATGTTCTAAAT-C-G----G-AA-----AA-----AAAGTA-CTTAGT----TTATTTGTGAAGTG-CAA
gi|6120 : GT-----------------GC-GACAGACGAATAGAAC-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACAAAGAATAGGTAGCCT-AA----GGTATTCTGGTCTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTAAGATGGATACTAATGTTCTAAAA-C-GA---A-AA-----AA-----A---AA-C----T----TTATTTGTAAAGTGCTAA
gi|6121 : GT-----------------GCCGATAGACGAAAAGTAC-------AATGTAAGTAGTGTTCA--TGTATT----ACACAAAGAATAGGTA-----ACCTAAGGTCTTCGGGTCTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTG-GAT--AC--TAATGTTCTAAAA-C-G----A-AA-----ATA----A---AA-C----A----TTATTTGCAAAGTG-
gi|6122 : GT-----------------GCCGATAGACAAATAGTAC-------AATGTAAGAAGTGTACACATGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGCCT-AA----GGTCTTCGGGTCTG-AAACTGTTG--TGATATGTC-GTACAGCATAGTGAGA
gi|6123 : GT-----------------GCTGATAGACGAATTGTAC-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ATA-GAAGAATAGGTA------------GCCTA-AGGTC-----------G--CGATATGCC-GTACAGCATAGTGATATGGATACTAATATTCTTAAA-T-G----A-AA-----ATA----A---AA-C----T----TTATTTGTAAAGTGCTAA
gi|6124 : -----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGCATACA--TATACT----ACATGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTACGGGTCTG-AAATAGCTG--
gi|6125 : -----------------GCTAATTGAGGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACATGAAGGACAGGTA-----AT----GGTGTACGGGTCTG-ATACAGTTG--CGATATGTC-ATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AAAAAATAC-----G---TA-G----T----TAATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6126 : -----------------GCTAATAGAGGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--CGTATT----ACATGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTACGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATACAAAATAGTAAGATAG-CGATAATGTTCTATAA-C-G----T-AA-----A
gi|6127 : -----------------GCTAATAGACGATTAGAAC-------AATGTAAAAAGTATACA--TGTATT----ACATGGAGAACAGGTA-----AT----GGTCTACGAGTCTA-AAACAGCTG--CGATATGTG-CTACAAAATAGTGAGATGGACGATGATGTTTTAAAG-C-A----A-AA-----AA-----A---TA-C----TTAGGTTAATTTTGAAGTG-TAA
gi|6128 : -----------------GCTAACAGAGGAATAGTAC-------AATGTTAATAGTGTACA--TGTATT----CTATGAAGAACAGGTA-----AT----GTTCTACGTGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATGCATAATAGTGAGATGAACGATAATGTTCTAAAA-C-
gi|6129 : -----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AAGGTATATATTGTATA--TGTATT----GCACGAAGAACAGG
gi|6130 : TAATAGACGAATAATAC-------AATGTATATAGTGTACA--TGTATCCAACACATAAAGAACAACTA-----AT----GGTCTACGGGTCTG-AAACAGCTGACCG---TGTC-ATACAAAATAGTGAGATTGATGATAATGTTCTAAAA-C-G----GAAA-----AA-----A---TA-C----C----ATTTTTGTGAAGTG-TAA
gi|6131 : CAAAAAGTAC-------AAAGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGCCTAAT----GGTCATTGGGTCTG-AAACAGCTG--CAATATGTC-GTACAATATAGTGATAT------TAATGTTCTAAAA-C-GAAAAA-AA-----ACAAAAAA---CA-C----T----TCATTTGTTTAGTG-
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111111111111 22222222222 11111111111111111111111
lowQualScore : 4 55 55 1 5 888 5 888 0000 4 33333333333333333 5555555 0 22 3333 0 22222222222 1 1 22 22 2 2 888888 55555 66666666666666666666666 4
lowQualScore : . .. .. . . ... . ... .... . ................. ....... . .. .... . ........... . . .. .. . . ...... ..... ....................... .
lowQualScore : 3 55 55 4 0 888 0 888 6666 2 33333333333333333 7777777 9 44 7777 9 11111111111 0 8 55 22 0 0 999999 33333 99999999999999999999999 7
consensus : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGACTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTNCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-GTACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AC-----A---TA-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
Reference ( family-674 ) : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGACTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTNCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-GTACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AC-----A---TA-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6104 : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGATTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTGT-----------------GCTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAAATTCTGTACA--TGTTTT----ACACGAAGAACAGGTA-----TT----GGTCTTCGGTTCTG-AAACAGCTG--CAATATGTC-ATACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----GC-----A---TT-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6105 : TTAACGCGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGATATACGTCGCAACTGTGGGGATGGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTGG-----------------TCTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--TGTATT----ACATGAAGAACAGGTA-----TT----GGTCTTCGGGTCTGAAAACA-CTG--CGATATGTT-ATACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-G-G----G-AA-----AC-----A---TT-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6106 : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCAGTATATGTCGCGACTGTATGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTTT-----------------GCTAATAGTCGAATAGTAC-------ATTGTAAATATTGTAAA--TGTATT----ACACGGAGAACAGGTA-----TT----GGTCTTCGGTTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATACAACAAAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AC-----T---TT-C----T----TTATTTATGAAGTG-TAA
gi|6107 : TTAACGCGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAATAAGTATATATCGCGTCTGTGTGGATTGCTGGTTGAA-AT---ACTTC-A---AAT----TCGGTGT-----------------GTTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--TGTATT----ACATGAAGAACAGGTA-----TT----GGTATTCAGGTCAG-AAACAGCTG--AAACATCTC-ATACAACATAGTGAGATGGATGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AT-----A---TT-C----T----TGATTTGTGAAGTG-
gi|6108 : TTTACACGTC--A--TGTCGCAAGAATTGTACAACCGGTATAAGTCGCGACTGTGGGGATTGCTGGTCGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGTCGAACAGTATGTAAATAAATGATAATATTGTACA--TGTATT----ACATGAAAAACAGGTG-----CT----GGTCTTCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGTTTTGTC-ATACATCATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTTAAA-C-G----G-AA-----AC-----A---TT-C----T----TTA-TTGTGAAGTG-TAA
gi|6109 : TTA-ACGCT--AAATGTCGTAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCAACT
gi|6110 : TTA-ACGCTTAA--TGTCGCAAGATTTGCACCACCGATATATGTCGCAA
gi|6111 : --A--TGTCGCAAGATTTGTACAACTGGTATATGTCGCAA
gi|6112 : --A--TGTCGCAAGATTTGTACCACCGGTATTGGTCGCAACT
gi|6113 : --A--TGTCACATGATTTGTACCACCGGTATATGTCGCAA
gi|6114 : TGTTTGAATATTTAGCTTC-AGTTTATGCCATCGAGG------------------GATAATAGATGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--CGTATT----ACATTAAGAACAGTTA-----AT----GGTCTACGGGTCTC-AAACAGCTG--CGATATGTCTGT----CATA-CAAAATTGTCGATAATGTTCTAAAG-CAG----A-AA-----ACA----A---TA-C----TTAG-TTATTTGTGAAGTG-
gi|6115 : A-AT---GTTTCCA---TAT----TCAGCGTATTTTTTGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTAC-------ATTGTAAGTATTGTACA--TGATTT----ACACGAAGAACAGGAA-----A-----GGTCTACGGATCTG-AAACAGATG--CGATTTGTC-AAACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAGCC-A----A-AA-----AT-----T---TA-G----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6116 : A-AT---GTTT------TAT----TCGAGG------------------GCTAATAGACGAATATTAC-------AATGTAAATATTGTACA--TGTAAT----ACATGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTACGAGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATACTAAATAATGAGATGGACGATAATATTCTAAAA-C-G----C-AA-----A
gi|6117 : GT-----------------GCCGATAGACGAATAGTAT-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAATAGGTA-----GTCTAAGGTCTTCGGGTCTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTGAGATGGATACTAATGTTCTAAAC-C-G----A-AA-----AT-----A---AAGC----T----TTATTTGTTAAGTA-
gi|6118 : GT-----------------GCCAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGCCT-AA----GGTCTTCTGA-CTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTGAGATGGATACTAATGTTCTAAAA-C-G----A-AA-----AT-----A---AA-A----C----TTATTTGTAAAGTG-
gi|6119 : GT-----------------GCTAACATGCAAATAGTAC-------AAGGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACAAGAAGAACATGTA-----AT----TGTCTACGGGTCTA-AAACAGCTG--CGATATGCC-ATACAAAATAATGAGATGGACGATAATGTTCTAAAT-C-G----G-AA-----AA-----AAAGTA-CTTAGT----TTATTTGTGAAGTG-CAA
gi|6120 : GT-----------------GC-GACAGACGAATAGAAC-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACAAAGAATAGGTAGCCT-AA----GGTATTCTGGTCTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTAAGATGGATACTAATGTTCTAAAA-C-GA---A-AA-----AA-----A---AA-C----T----TTATTTGTAAAGTGCTAA
gi|6121 : GT-----------------GCCGATAGACGAAAAGTAC-------AATGTAAGTAGTGTTCA--TGTATT----ACACAAAGAATAGGTA-----ACCTAAGGTCTTCGGGTCTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTG-GAT--AC--TAATGTTCTAAAA-C-G----A-AA-----ATA----A---AA-C----A----TTATTTGCAAAGTG-
gi|6122 : GT-----------------GCCGATAGACAAATAGTAC-------AATGTAAGAAGTGTACACATGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGCCT-AA----GGTCTTCGGGTCTG-AAACTGTTG--TGATATGTC-GTACAGCATAGTGAGA
gi|6123 : GT-----------------GCTGATAGACGAATTGTAC-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ATA-GAAGAATAGGTA------------GCCTA-AGGTC-----------G--CGATATGCC-GTACAGCATAGTGATATGGATACTAATATTCTTAAA-T-G----A-AA-----ATA----A---AA-C----T----TTATTTGTAAAGTGCTAA
gi|6124 : -----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGCATACA--TATACT----ACATGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTACGGGTCTG-AAATAGCTG--
gi|6125 : -----------------GCTAATTGAGGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACATGAAGGACAGGTA-----AT----GGTGTACGGGTCTG-ATACAGTTG--CGATATGTC-ATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AAAAAATAC-----G---TA-G----T----TAATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6126 : -----------------GCTAATAGAGGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--CGTATT----ACATGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTACGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATACAAAATAGTAAGATAG-CGATAATGTTCTATAA-C-G----T-AA-----A
gi|6127 : -----------------GCTAATAGACGATTAGAAC-------AATGTAAAAAGTATACA--TGTATT----ACATGGAGAACAGGTA-----AT----GGTCTACGAGTCTA-AAACAGCTG--CGATATGTG-CTACAAAATAGTGAGATGGACGATGATGTTTTAAAG-C-A----A-AA-----AA-----A---TA-C----TTAGGTTAATTTTGAAGTG-TAA
gi|6128 : -----------------GCTAACAGAGGAATAGTAC-------AATGTTAATAGTGTACA--TGTATT----CTATGAAGAACAGGTA-----AT----GTTCTACGTGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATGCATAATAGTGAGATGAACGATAATGTTCTAAAA-C-
gi|6129 : -----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AAGGTATATATTGTATA--TGTATT----GCACGAAGAACAGG
gi|6130 : TAATAGACGAATAATAC-------AATGTATATAGTGTACA--TGTATCCAACACATAAAGAACAACTA-----AT----GGTCTACGGGTCTG-AAACAGCTGACCG---TGTC-ATACAAAATAGTGAGATTGATGATAATGTTCTAAAA-C-G----GAAA-----AA-----A---TA-C----C----ATTTTTGTGAAGTG-TAA
gi|6131 : CAAAAAGTAC-------AAAGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGCCTAAT----GGTCATTGGGTCTG-AAACAGCTG--CAATATGTC-GTACAATATAGTGATAT------TAATGTTCTAAAA-C-GAAAAA-AA-----ACAAAAAA---CA-C----T----TCATTTGTTTAGTG-
blockSeqs : C TA AA G T TTA C GTT GCCA T ATTTTTTGCCATCGAGG GTAAATA CA CAAC GCCTAAT T A AC TG C A AAAAA AAAAT AAAAGTACTTAGT C
blockSeqs : C . . C . . . . . T . . . . GTCTAA T . . A . . AA . CAAAAAACACT C
blockSeqs : C . . T . . . . . T . . . . GCCTAA T . . A . . GA . CAATACTTAG .
blockSeqs : C . . T . . . . . C . . . . GCCTAA T . . A . . G . AATACTTAGG .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . ACCTAA A . . A . . G . TAAAGCT .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . GCCTAA A . . A . . G . TAAAACA .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . TT A . . A . . G . TAAAACT .
blockSeqs : . . . . . . TT T . . G . . A . CATTCT .
blockSeqs : . . . . . . TT T . . G . . A . CTTTCT .
blockSeqs : . . . . CT A . . A . . C . TATTCT .
blockSeqs : . . . . AT T . . G . . A . CATTCT .
blockSeqs : . . . . AT T . . G . . A . TTTAGT .
blockSeqs : . . . . AT T . . G . . G . TAAAAC .
blockSeqs : . . . . AT A . . G . . A . AAAACT .
blockSeqs : . . . . AT A . . A . . A . CGTAGT .
blockSeqs : . . . . AT A . . A . . G . AATACC .
blockSeqs : . . . . AT A . . C . . T .
blockSeqs : . . . . AT A . . A . . A .
blockSeqs : . . . . AT A . . A . .
blockSeqs : . . . . A A . . G
blockSeqs : . . . . T . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGACTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTNCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-GTACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AC-----A---TA-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
finalCons : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGACTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTNCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-GTACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AC-----A---TA-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111111111111 22222222222 11111111111111111111111
lowQualScore : 4 55 55 1 5 888 5 888 0000 4 33333333333333333 5555555 0 22 3333 0 22222222222 1 1 22 22 2 2 888888 55555 66666666666666666666666 4
lowQualScore : . .. .. . . ... . ... .... . ................. ....... . .. .... . ........... . . .. .. . . ...... ..... ....................... .
lowQualScore : 3 55 55 4 0 888 0 888 6666 2 33333333333333333 7777777 9 44 7777 9 11111111111 0 8 55 22 0 0 999999 33333 99999999999999999999999 7
consensus : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGACTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTNCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-GTACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AC-----A---TA-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
Reference ( family-674 ) : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGACTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTNCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-GTACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AC-----A---TA-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6104 : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCGATTGTGGGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTGT-----------------GCTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAAATTCTGTACA--TGTTTT----ACACGAAGAACAGGTA-----TT----GGTCTTCGGTTCTG-AAACAGCTG--CAATATGTC-ATACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----GC-----A---TT-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6105 : TTAACGCGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCGATATACGTCGCAACTGTGGGGATGGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTGG-----------------TCTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--TGTATT----ACATGAAGAACAGGTA-----TT----GGTCTTCGGGTCTGAAAACA-CTG--CGATATGTT-ATACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-G-G----G-AA-----AC-----A---TT-C----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6106 : TTTACACGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAACCAGTATATGTCGCGACTGTATGGATCGCTGGTTGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGTTT-----------------GCTAATAGTCGAATAGTAC-------ATTGTAAATATTGTAAA--TGTATT----ACACGGAGAACAGGTA-----TT----GGTCTTCGGTTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATACAACAAAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AC-----T---TT-C----T----TTATTTATGAAGTG-TAA
gi|6107 : TTAACGCGTT--A--TGTCGCAAGATTTGTACAATAAGTATATATCGCGTCTGTGTGGATTGCTGGTTGAA-AT---ACTTC-A---AAT----TCGGTGT-----------------GTTAATAGTCGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--TGTATT----ACATGAAGAACAGGTA-----TT----GGTATTCAGGTCAG-AAACAGCTG--AAACATCTC-ATACAACATAGTGAGATGGATGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AA-----AT-----A---TT-C----T----TGATTTGTGAAGTG-
gi|6108 : TTTACACGTC--A--TGTCGCAAGAATTGTACAACCGGTATAAGTCGCGACTGTGGGGATTGCTGGTCGAA-AT---GCTTC-A---TAT----TCGGCGT-----------------GCTAATAGTCGAACAGTATGTAAATAAATGATAATATTGTACA--TGTATT----ACATGAAAAACAGGTG-----CT----GGTCTTCGGGTCTG-AAACAGCTG--CGTTTTGTC-ATACATCATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTTAAA-C-G----G-AA-----AC-----A---TT-C----T----TTA-TTGTGAAGTG-TAA
gi|6109 : TTA-ACGCT--AAATGTCGTAAGATTTGTACAACCGGTATATGTCGCAACT
gi|6110 : TTA-ACGCTTAA--TGTCGCAAGATTTGCACCACCGATATATGTCGCAA
gi|6111 : --A--TGTCGCAAGATTTGTACAACTGGTATATGTCGCAA
gi|6112 : --A--TGTCGCAAGATTTGTACCACCGGTATTGGTCGCAACT
gi|6113 : --A--TGTCACATGATTTGTACCACCGGTATATGTCGCAA
gi|6114 : TGTTTGAATATTTAGCTTC-AGTTTATGCCATCGAGG------------------GATAATAGATGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--CGTATT----ACATTAAGAACAGTTA-----AT----GGTCTACGGGTCTC-AAACAGCTG--CGATATGTCTGT----CATA-CAAAATTGTCGATAATGTTCTAAAG-CAG----A-AA-----ACA----A---TA-C----TTAG-TTATTTGTGAAGTG-
gi|6115 : A-AT---GTTTCCA---TAT----TCAGCGTATTTTTTGCCATCGAGGGCTAATAGACGAATAGTAC-------ATTGTAAGTATTGTACA--TGATTT----ACACGAAGAACAGGAA-----A-----GGTCTACGGATCTG-AAACAGATG--CGATTTGTC-AAACAACATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAGCC-A----A-AA-----AT-----T---TA-G----T----TTATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6116 : A-AT---GTTT------TAT----TCGAGG------------------GCTAATAGACGAATATTAC-------AATGTAAATATTGTACA--TGTAAT----ACATGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTACGAGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATACTAAATAATGAGATGGACGATAATATTCTAAAA-C-G----C-AA-----A
gi|6117 : GT-----------------GCCGATAGACGAATAGTAT-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAATAGGTA-----GTCTAAGGTCTTCGGGTCTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTGAGATGGATACTAATGTTCTAAAC-C-G----A-AA-----AT-----A---AAGC----T----TTATTTGTTAAGTA-
gi|6118 : GT-----------------GCCAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGCCT-AA----GGTCTTCTGA-CTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTGAGATGGATACTAATGTTCTAAAA-C-G----A-AA-----AT-----A---AA-A----C----TTATTTGTAAAGTG-
gi|6119 : GT-----------------GCTAACATGCAAATAGTAC-------AAGGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACAAGAAGAACATGTA-----AT----TGTCTACGGGTCTA-AAACAGCTG--CGATATGCC-ATACAAAATAATGAGATGGACGATAATGTTCTAAAT-C-G----G-AA-----AA-----AAAGTA-CTTAGT----TTATTTGTGAAGTG-CAA
gi|6120 : GT-----------------GC-GACAGACGAATAGAAC-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACAAAGAATAGGTAGCCT-AA----GGTATTCTGGTCTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTAAGATGGATACTAATGTTCTAAAA-C-GA---A-AA-----AA-----A---AA-C----T----TTATTTGTAAAGTGCTAA
gi|6121 : GT-----------------GCCGATAGACGAAAAGTAC-------AATGTAAGTAGTGTTCA--TGTATT----ACACAAAGAATAGGTA-----ACCTAAGGTCTTCGGGTCTG-AAACAGTTG--CGATATGTC-GTACAGCATAGTG-GAT--AC--TAATGTTCTAAAA-C-G----A-AA-----ATA----A---AA-C----A----TTATTTGCAAAGTG-
gi|6122 : GT-----------------GCCGATAGACAAATAGTAC-------AATGTAAGAAGTGTACACATGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGCCT-AA----GGTCTTCGGGTCTG-AAACTGTTG--TGATATGTC-GTACAGCATAGTGAGA
gi|6123 : GT-----------------GCTGATAGACGAATTGTAC-------AATGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ATA-GAAGAATAGGTA------------GCCTA-AGGTC-----------G--CGATATGCC-GTACAGCATAGTGATATGGATACTAATATTCTTAAA-T-G----A-AA-----ATA----A---AA-C----T----TTATTTGTAAAGTGCTAA
gi|6124 : -----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AATGTAAATAGCATACA--TATACT----ACATGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTACGGGTCTG-AAATAGCTG--
gi|6125 : -----------------GCTAATTGAGGAATAGTAC-------AATGTAAATAGTGTACA--TGTATT----ACATGAAGGACAGGTA-----AT----GGTGTACGGGTCTG-ATACAGTTG--CGATATGTC-ATACAAAATAGTGAGATGGACGATAATGTTCTAAAA-C-G----G-AAAAAATAC-----G---TA-G----T----TAATTTGTGAAGTG-TAA
gi|6126 : -----------------GCTAATAGAGGAATAGTAC-------AATGTAAATATTGTACA--CGTATT----ACATGAAGAACAGGTA-----AT----GGTCTACGGGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATACAAAATAGTAAGATAG-CGATAATGTTCTATAA-C-G----T-AA-----A
gi|6127 : -----------------GCTAATAGACGATTAGAAC-------AATGTAAAAAGTATACA--TGTATT----ACATGGAGAACAGGTA-----AT----GGTCTACGAGTCTA-AAACAGCTG--CGATATGTG-CTACAAAATAGTGAGATGGACGATGATGTTTTAAAG-C-A----A-AA-----AA-----A---TA-C----TTAGGTTAATTTTGAAGTG-TAA
gi|6128 : -----------------GCTAACAGAGGAATAGTAC-------AATGTTAATAGTGTACA--TGTATT----CTATGAAGAACAGGTA-----AT----GTTCTACGTGTCTG-AAACAGCTG--CGATATGTC-ATGCATAATAGTGAGATGAACGATAATGTTCTAAAA-C-
gi|6129 : -----------------GCTAATAGACGAATAGTAC-------AAGGTATATATTGTATA--TGTATT----GCACGAAGAACAGG
gi|6130 : TAATAGACGAATAATAC-------AATGTATATAGTGTACA--TGTATCCAACACATAAAGAACAACTA-----AT----GGTCTACGGGTCTG-AAACAGCTGACCG---TGTC-ATACAAAATAGTGAGATTGATGATAATGTTCTAAAA-C-G----GAAA-----AA-----A---TA-C----C----ATTTTTGTGAAGTG-TAA
gi|6131 : CAAAAAGTAC-------AAAGTAAGTAGTGTACA--TGTATT----ACACGAAGAATAGGTAGCCTAAT----GGTCATTGGGTCTG-AAACAGCTG--CAATATGTC-GTACAATATAGTGATAT------TAATGTTCTAAAA-C-GAAAAA-AA-----ACAAAAAA---CA-C----T----TCATTTGTTTAGTG-