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lowQualScore                  :   1   8              2  8      2  8 0000 7777   444 444  77  5555    88  0    33333333333  7  666 555555555       777   1          77777      1         9   666 00 00  11111       222222222   5  000        4    777           777  2 22 11  2   5  5            6 2222222222                 000000  7 99999999999999        
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Reference ( gi|9394 )         : GATTGTAGCTGCACAGGTATCCTATATTTAAATGGACTGTG----TTTAG-T---AT--AT----TAGT-CTA-TTTT-------A-G-TT-AA---TA--------GTCTTGC---ATAGCTCTATATTG-----AATGCCCATGATACTAATAA---C--A--TCG-TT-TGACATT---------CCC-TA-TAACCATTATACAGT---AGTGTTTACTGT--TAAT--G--GTGAAC-CA-TATAACCCTGTA-C--AT-G--A-GTACATTGTTATTTATA------TA-C-A-T--TAA--AT-TGTATATT
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gi|9409                       :                                              aTTAA-T---AT--TT----TA-T-TTA-TTTTTTAATTAA-T-TT-AA---TA---------TATTGTGTTATAACTCTATATTG-----AATGCTGATGACACTAATAA---C--G--TCA-TA-TGGCATT---------CCC-TA-CCACCATTATTCAGT---AGTATTTACTGA--TATT--G--GTTAAC-CA-TATAGCCCGATA-C--TT-A--A-GTATATTGCTATTTATA------TA-C-T-T--T----ATGTGTATAT
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Reference ( family-672 )      : GAATGTGGCTGCACAGGTATC-TAT-ATTTAAGTGAACGATGTTTA-AT---AT--AT----TAGT-CTA-------TTTT-------A-G-TTAA---T-------A------GTCTTGCGT---AACTCTATATTG-----AATGCCCATGACACTA-A-TAA---CG--TCA--TNTGACATTCCCTAN-AACCATTATNCAGT---AGTGTTTACTGTTANT--G--GTAAAC-CA-TATAACCCTGT-A-C--AT--AA-GTACATTGCTAT--TTATA------TA-C-A-T--TAA--AT-TGTATATT
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gi|9403                       :                                        ATGTTTG-GTT-ATTAAT----TAGTGT-A-------ATTT-------ATG-TC-----T-------T------ATCTTGCGT---AACTCTATATTG-----AATGTTAATGACTCTA-A-TAA---CG--TC-A--TTTGACATTCCCTTATACCATTATTCAGC---AGTTTTTACTGATATT--T--GTAAAC-CA-TATAGCCCTAT-A-C---T--AG-ATATATTGCTAT--TTATA------TA-C-A-G--T-A--TT-TGTATA
gi|9404                       :                                 aatttttatGTTTGGAT--ATTAAT----TAGTGT-A-------ATTT-------A---TGAC---T-------A------ATCTTGCGT---AACTCTATATTG-----AATGTTAATGACTCTA-G-TAA---CG--TC-A--TTTGACATTCCCTAATACCATTATTCAGC---AGTTTTTACTGATATT--G--GTAAAC-CA-TATAGCCCTAT-A-C---T--AG-GTATATTGCTAT--TTATA------TA-C-A-G--T-A--TT-TGTATA
gi|9405                       :                                          aTTTA-AT--AT--AT----T-GTTT----------------------------------------------GTCTTGCAT---AACTCTATATTG-----AATGCTGATGACACTA-T-TAA---CG--TC-A--TATGGCATTCCCTACCACCATTATTCAGT---AGTATTTACTGATATT--G--GTAAAC-CATTATAGCCCTAT-A-C--TT--AA-GTATATTGCTAT--TTATA------TA-T-A-TACTAT--ATGTGTATAT
gi|9406                       :                                         aaTTTA-ATTAAT---T----TAATAT-A-------TT-----------G-TT-----T--------------GTCTTGCAT---AACTCTATATTG-----AATGCTGATGACACTA-A-TAA---CG--TC-A--TATGGCATTCCCTACCACCATTATTCAGT---AGTATTTACTGATATT--G--GTAAAC-CA-TATAGCCCTAT-A-C--TT--AA-GTATATTGCTAT--TTATA------TA-C------TAT--ATGTGTATAT
gi|9407                       :                       tttaattctttttatttATGTTTG-GTT-ATTAAT----TAGTGA-A-------ATTT-------A---TCAC---T-------A------GTCTTGCGT---AACT----ATTG------------------------------CG--TC-A--TTTGACATTCCCTAATACCATTATTCAGC---AGTGTTTACTGATATT--G--GTAAAC-CA-TATAGCCCAAT-A-C---T--AG-GTATATTGCTAT--TTATA------TA-C-A-G--T-A--TT-TGTATA
gi|9408                       :                                     ttttatTTTA-AT-------T----TAATAT-A-------TT-----------G-TT-----T--------------GTCTTGCAT---AACTCTATATTG-----AATGCTGATGACACTA-A-TAA---CG--TC-A--TATGGCATTCC-TACCACCATTATTCAGT---AGTATTTACTGATATT--G--GTAAGC-CA-TATAGCCCTAT-A-C--TT--AA-GTATACTGCTAT--TTATA------TA-C------TAT--ATGTGTATAT
gi|9409                       :                            tttaattcttttttttTTA-AT--AT--TT----TA-TTT-A-------TTTTTTAATTAA-T-TTAA---T-------A-------TATTGTGTTATAACTCTATATTG-----AATGCTGATGACACTA-A-TAA---CG--TC-A--TATGGCATTCCCTACCACCATTATTCAGT---AGTATTTACTGATATT--G--GTTAAC-CA-TATAGCCCGAT-A-C--TT--AA-GTATATTGCTAT--TTATA------TA-C-T-T--T----ATGTGTATAT
gi|9410                       :                                            TTA-AT--AT--TT----TA-TTT-AATTCTTTTTTT-------A-A-TTAA---TTTAAGATATTGTTTGTCTTGCAT---AACTCTATATTG-----AATGCTGATGACACTA-T-TAA---CACATC-A--TATGGCATTCCCTATCACCATTATTCAGT---AGTATTTACTGATATT--G--GTAAAC-CA-TATAGCCCTAT-A-C--TT--AA-GTATATTGCTAT--TTATA------TA-C------TAT--ATGTTTATAT
gi|9411                       :                                               -AT--ATTAAT----TAGTGT-A-------TTTT-------A---TGAC---T-------A------ATCTTGCTT---AACTCTATATTA-----AATGTTAATGACTCTA-G-TAA---CG--TC-A--TTTGACATTCCCTAATACCATTATTCAGC---AGT-TTTACTGATATT--G--GTAAACAAA-TATAGCCCTAT-A-C---T--AG-GTATATTGCTAT--TTGTA------TA-C-A-G--T-A--TT-TGTATA
gi|9412                       :                                                      --AT----TAGT---A-------TTTT-------A---TTAA---T-------A------GTCTTGCAT---AACTCTATAATG-----AATGCCCATGACACTA-A-TAA---CA--TC-A--TATGATTCTCCCCATCACCATTATACATT---AGTGTTTACTATTAAT--G--GAAAAC-CA-TATAACCCTGT-A-C--AT--AA-GTACATTGCTAT--TTATA------TA-C-A-G--TCA--A--TGTATAT
gi|9413                       :                                                                                              AA---T-------A------GTCTTGTGT---AACTTTATATTG-----AATA-TCAGGATGGTAGA-TAT---C----C-A--TA--ATATTCCCTACAACCACTCTG-AGT---AGTGTGTATTG--AGTGCG--ATAAAC-CA-TATAATCCTGT-A-C---TGAAA-GTAGGTTATTAT--TTTTA------TGCC-A-T--GAA--CT-TGCATA
gi|9414                       :                                                                 tatttatattaaaTTT-------A-GATTAAAAAT-------A------GTCTTGAAT---AACTCTTTATTG-----AATATC-GTGATGGTA-AGTAT---C----C-A--TA--ATATTCCCTACAACCGCTCT-CAGT---AGTGTGTATTG--AGT--GCGATAAAC-CA-TATAATCCCGT-A-CCGA---AA-GTACGTTGTTAT--TTTTA------TG-CTA-T--GAA--TT-TGCATA
gi|9415                       :                                                                                           ataAA---T-------A------GTCTTGTGT---AACTCTATACTG-----AATA-TCAGGGTGGTA-G-TAA---C----C-A--AA--ATATTCCCTACAACCG-CACTCATT---AGTGTATATTG--AGTGCG--ATGAGC-CA-TATAATCCCGT-A-CCAAC--AG-GTACGTTATTAT--TTTTA------TG-C-T-A--TGT--AT-TGCATA
gi|9416                       :                                                                                              AA---T-------A------GTTTTGTGT---AACTCTATATTG-----AATA-TCAGGGTGGTAGG-TAT---C----C-A--TA--ATATTCCCTACAACCAT------------GTATTGAGTG----C--G--ATAAGC-CA-TATAATCCCGT-ACC--AA--AA-G----TTATTAT--TTTTA------TG-C-T-T--TGA--AT-
gi|9417                       :                                                                                                                                   TACATTG-----AATGCCAATATCACTT-A-CAG---CA--GC-A--TATGACCTTTCCTATCACCATAATACAGC---AGTGTTTACTGTTAAT--G--GTAAAC-CA-TATAACAGTGT-A-C---T--GATGTATATTGTTAT--TTA


blockSeqs                     :                      C  TT              A     G  TATTA   ATAT    C C ATTCTTT    TTAATTAAT      AAA TTAAGATATTGTTT         TAT            CATTG      C    T    G G   AAG ACA  G AT TT           AA        A    TAT           T  G GC CG      A  T           T C CGA GA AT            AA     TACATG  C ATAG   A TTA G
blockSeqs                     :                      C  T               A     .  TATTA   .       C T T          TAG            A   A                      .              .          C    T    G .   .   A    . .  TT           AA        A    .             T  A GC .       .  .           . . CAA .  T             .      .       . ATAC   A A   G
blockSeqs                     :                      C  A               T     .  ATTA    .       C . .          TAA            .   C                      .              .          T    T    . .   .   A    . .  TT           AA        A    .             T  A .  .       .  .           . . A   .  C             .      .       . AGT    T A   G
blockSeqs                     :                      .  A               T     .  TAAT    .       C . .          CAG            .   C                      .              .          C    T    . .   .   A    . .  AC           TA        A    .             T  A .  .       .  .           . . A   .  A             .      .       . TAT    A T   G
blockSeqs                     :                      .  T               T     .  ATTA    .       C . .          TTG            .   A                      .              .          C    T    . .   .   A    . .  TT           AA        A    .             T  A .  .       .  .           . . A   .  C             .      .       . AT     A A   G
blockSeqs                     :                      .  A               G     .  AT      .       A . .          ATG            .   C                      .              .          T    T    . .   .   A    . .  AT           AA        A    .             T  A .  .       .  .           . . A   .  C             .      .       . AT     A G   .
blockSeqs                     :                      .  T               A     .  AT      .       C . .          AGA            .   C                      .              .          C    T    . .   .   A    . .  AT           AA        A    .             T  A .  .       .  .           . . A   .  C             .      .       . AT     A A   .
blockSeqs                     :                      .  A               A     .  GT      .       C . .          AG             .   C                      .              .          C    T    . .   .   A    . .  AT           TC        A    .             T  A .  .       .  .           . . A   .  A             .      .       . AT     A A   .
blockSeqs                     :                      .  T               T     .  AT      .       A . .          AG             .   T                      .              .          A    C    . .   .   A    . .  TT           AC        T    .             T  A .  .       .  .           . . A   .  A             .      .       . AT     A T   .
blockSeqs                     :                      .  T               G     .  AT      .       T . .          AG             .   A                      .              .          C    T    . .   .   A    . .  TT           AA        A    .             T  A .  .       .  .           . . A   .  A             .      .       . TT     A G   .
blockSeqs                     :                      .  T               T     .  AT      .       A . .          AG             .   A                      .              .          A    T    . .   .   A    . .  AT           AT        A    .             A  T .  .       .  .           . . T   .  A             .      .       . AA     A T   .
blockSeqs                     :                      .  T               T     .  AT      .       G . .          AC             .   T                      .              .          C    C    . .   .   G    . .  AT           AT        T    .             A  T .  .       .  .           . . A   .  G             .      .       . AT     A T   .
blockSeqs                     :                                         T     .  AT      .       G . .          AG             .   A                      .              .          A    C    . .   .   G    . .  TT           CC        T    .             A  T .  .       .  .           . . T   .  G             .      .       . AG     A A   .
blockSeqs                     :                                         T     .  TG      .       T . .          AA             .   T                      .              .          A    C    . .   .   G    . .  AT           CC        T    .             A  T .  .       .  .           . . T   .  A             .      .       . AG     A A   .
blockSeqs                     :                                               .  AT      .       A . .          G              .   A                      .              .          G    C    . .   .   G    . .  AT           AT        T    .             A  T .  .       .  .           . . T   .  A             .      .       . AG     C T   .
blockSeqs                     :                                               .  TA      .       G . .          A              .   A                      .              .          G    C    . .   .   G    . .  AT           CC        T    .             A  T .  .       .  .           . . T   .  G             .      .       . TT     A A   .
blockSeqs                     :                                               .  AT      .       A . .          A              .   A                      .              .          G    C    . .   .   G    . .  TT           CC        T    .             A  T .  .       .  .           . . T   .  A             .      .       . AG     A A   .
blockSeqs                     :                                               .  AT      .       T . .          G              .   A                      .              .          G    C    . .   .   G    . .  AT           TC        T    .             A  T .  .       .  .           . . A   .  A             .      .       . AG     G A   .
blockSeqs                     :                                               .  AT      .       T . .          A              .   A                      .              .          G    C    . .   .   G    . .  AT           AT        T    .             A  T .  .       .  .           . . A   .  A             .      .       . AT     G T   .
blockSeqs                     :                                               .  .       .       G . .          G              .   A                      .              .          A    C    . .   .   A    . .  T            TC        T    .             T  A .  .       .  .           . . .   .  G             .      .       . TA     . A   .
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blockSeqs                     :                                                                                                .   .                      .              .          .    .    . .   .   .    . .  .            .         .    .             .  . .  .       .  .           . . .   .  .             .                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .          .    .    . .   .   .    .                                                                                                                                     


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lowQualScore                  :                      2  11            2 0     8  777777  7777    3 5 4444444    11111111111    111 55555555555555       4 666            66666      6    2    9 4   555 888  9 00 77           00        0    666           8  0 11 00  1   5  5           5 5 666 00 66            00     666666  6 444444 0 666 0        
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Reference ( family-672 )      : GAATGTGGCTGCACAGGTATC-TAT-ATTTAAGTGAACGANGTTTA-AT--AT--AT----TAGTNT-A-------TTTT-------A-G-TTAA---T-------A------GTCTTGCGT---AACTCTATATTG-----AATGCCCATGACACTA-A-TAA---CG--TC-A--TATGACATTCCCTANNACCATTATNCAGT---AGTGTTTACTGTTANT--G--GTGAAC-CA-TATAACCCTGT-A-C--AT--AA-GTACATTGTTAT--TTATA------TA-C-A-T--TAA--AT-TGTATATT
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gi|9400                       :    TGTGGCTGCACAGGTATC-TAT-ATTTAAGTGAACTGGGTTTA-AT--AT--AT----TAGTTT-A-------TTTT-------A-G-TTAA---T-------A------GTCTTGCAT---AGCTCTATATTG-----AATGCCCATGATACTA-A-T---------------TA----------------CATTATT---T---ACTGTT-------AAT--G--GTGAAC-CA-TATAACCCTGT-A-C--AT--GA-GTACATTGTTATAATAGTA------TA-C-A-A--TAA--TT-TGTATATT
gi|9401                       :      TGGCTGCGCTGGTATCCTTT-ATTCATATG--CAATATTCA-GT--TA--AC----TAGTATTA-------TTGT---------G-TTCC---T-------T------GTCTCTCGT---TACTCTATATTG-----AATGCGAATGA-ACCA-A-TAAAAGCA--TA-AATTATGACCTTCCCTAACAACAATTTACAGC---AGTGTTTACTGTTA-----------AC-CA-TATAACCGTGT-G-C--TT--AA-ATACGTTGTTAT--TTATA------TA-C-AGT--TAATTAT-AGTATA
gi|9402                       :        GTTGCACAGCTATCCTTT-ATTTAAATGAATTGTGTTTA-GT---------------------------TTTT-------A---TTAA---T-------A------GTCTTGTGT---AACTCTATAT-G-----AGCGCCCGTGATACTA-A-TAA---CA--TC-A--TATGACATTCACTAAAACCATTATACAATTATAGTGTTTACTGTTAAT--G--GTGAGC-TA-TATAGCCCTGT-A-C--AT--GA-GTACATTGCTAT--GTATA------TA-C-A-T--TAA--GT-TGTATATT
gi|9403                       :                                        ATGTTTG-GTT-ATTAAT----TAGTGT-A-------ATTT-------ATG-TC-----T-------T------ATCTTGCGT---AACTCTATATTG-----AATGTTAATGACTCTA-A-TAA---CG--TC-A--TTTGACATTCCCTTATACCATTATTCAGC---AGTTTTTACTGATATT--T--GTAAAC-CA-TATAGCCCTAT-A-C---T--AG-ATATATTGCTAT--TTATA------TA-C-A-G--T-A--TT-TGTATA
gi|9404                       :                                 aatttttatGTTTGGAT--ATTAAT----TAGTGT-A-------ATTT-------A---TGAC---T-------A------ATCTTGCGT---AACTCTATATTG-----AATGTTAATGACTCTA-G-TAA---CG--TC-A--TTTGACATTCCCTAATACCATTATTCAGC---AGTTTTTACTGATATT--G--GTAAAC-CA-TATAGCCCTAT-A-C---T--AG-GTATATTGCTAT--TTATA------TA-C-A-G--T-A--TT-TGTATA
gi|9405                       :                                          aTTTA-AT--AT--AT----T-GTTT----------------------------------------------GTCTTGCAT---AACTCTATATTG-----AATGCTGATGACACTA-T-TAA---CG--TC-A--TATGGCATTCCCTACCACCATTATTCAGT---AGTATTTACTGATATT--G--GTAAAC-CATTATAGCCCTAT-A-C--TT--AA-GTATATTGCTAT--TTATA------TA-T-A-TACTAT--ATGTGTATAT
gi|9406                       :                                         aaTTTA-ATTAAT---T----TAATAT-A-------TT-----------G-TT-----T--------------GTCTTGCAT---AACTCTATATTG-----AATGCTGATGACACTA-A-TAA---CG--TC-A--TATGGCATTCCCTACCACCATTATTCAGT---AGTATTTACTGATATT--G--GTAAAC-CA-TATAGCCCTAT-A-C--TT--AA-GTATATTGCTAT--TTATA------TA-C------TAT--ATGTGTATAT
gi|9407                       :                       tttaattctttttatttATGTTTG-GTT-ATTAAT----TAGTGA-A-------ATTT-------A---TCAC---T-------A------GTCTTGCGT---AACT----ATTG------------------------------CG--TC-A--TTTGACATTCCCTAATACCATTATTCAGC---AGTGTTTACTGATATT--G--GTAAAC-CA-TATAGCCCAAT-A-C---T--AG-GTATATTGCTAT--TTATA------TA-C-A-G--T-A--TT-TGTATA
gi|9408                       :                                     ttttatTTTA-AT-------T----TAATAT-A-------TT-----------G-TT-----T--------------GTCTTGCAT---AACTCTATATTG-----AATGCTGATGACACTA-A-TAA---CG--TC-A--TATGGCATTCC-TACCACCATTATTCAGT---AGTATTTACTGATATT--G--GTAAGC-CA-TATAGCCCTAT-A-C--TT--AA-GTATACTGCTAT--TTATA------TA-C------TAT--ATGTGTATAT
gi|9409                       :                            tttaattcttttttttTTA-AT--AT--TT----TA-TTT-A-------TTTTTTAATTAA-T-TTAA---T-------A-------TATTGTGTTATAACTCTATATTG-----AATGCTGATGACACTA-A-TAA---CG--TC-A--TATGGCATTCCCTACCACCATTATTCAGT---AGTATTTACTGATATT--G--GTTAAC-CA-TATAGCCCGAT-A-C--TT--AA-GTATATTGCTAT--TTATA------TA-C-T-T--T----ATGTGTATAT
gi|9410                       :                                            TTA-AT--AT--TT----TA-TTT-AATTCTTTTTTT-------A-A-TTAA---TTTAAGATATTGTTTGTCTTGCAT---AACTCTATATTG-----AATGCTGATGACACTA-T-TAA---CACATC-A--TATGGCATTCCCTATCACCATTATTCAGT---AGTATTTACTGATATT--G--GTAAAC-CA-TATAGCCCTAT-A-C--TT--AA-GTATATTGCTAT--TTATA------TA-C------TAT--ATGTTTATAT
gi|9411                       :                                               -AT--ATTAAT----TAGTGT-A-------TTTT-------A---TGAC---T-------A------ATCTTGCTT---AACTCTATATTA-----AATGTTAATGACTCTA-G-TAA---CG--TC-A--TTTGACATTCCCTAATACCATTATTCAGC---AGT-TTTACTGATATT--G--GTAAACAAA-TATAGCCCTAT-A-C---T--AG-GTATATTGCTAT--TTGTA------TA-C-A-G--T-A--TT-TGTATA
gi|9412                       :                                                      --AT----TAGT---A-------TTTT-------A---TTAA---T-------A------GTCTTGCAT---AACTCTATAATG-----AATGCCCATGACACTA-A-TAA---CA--TC-A--TATGATTCTCCCCATCACCATTATACATT---AGTGTTTACTATTAAT--G--GAAAAC-CA-TATAACCCTGT-A-C--AT--AA-GTACATTGCTAT--TTATA------TA-C-A-G--TCA--A--TGTATAT
gi|9413                       :                                                                                              AA---T-------A------GTCTTGTGT---AACTTTATATTG-----AATA-TCAGGATGGTAGA-TAT---C----C-A--TA--ATATTCCCTACAACCACTCTG-AGT---AGTGTGTATTG--AGTGCG--ATAAAC-CA-TATAATCCTGT-A-C---TGAAA-GTAGGTTATTAT--TTTTA------TGCC-A-T--GAA--CT-TGCATA
gi|9414                       :                                                                 tatttatattaaaTTT-------A-GATTAAAAAT-------A------GTCTTGAAT---AACTCTTTATTG-----AATATC-GTGATGGTA-AGTAT---C----C-A--TA--ATATTCCCTACAACCGCTCT-CAGT---AGTGTGTATTG--AGT--GCGATAAAC-CA-TATAATCCCGT-A-CCGA---AA-GTACGTTGTTAT--TTTTA------TG-CTA-T--GAA--TT-TGCATA
gi|9415                       :                                                                                           ataAA---T-------A------GTCTTGTGT---AACTCTATACTG-----AATA-TCAGGGTGGTA-G-TAA---C----C-A--AA--ATATTCCCTACAACCG-CACTCATT---AGTGTATATTG--AGTGCG--ATGAGC-CA-TATAATCCCGT-A-CCAAC--AG-GTACGTTATTAT--TTTTA------TG-C-T-A--TGT--AT-TGCATA
gi|9416                       :                                                                                              AA---T-------A------GTTTTGTGT---AACTCTATATTG-----AATA-TCAGGGTGGTAGG-TAT---C----C-A--TA--ATATTCCCTACAACCAT------------GTATTGAGTG----C--G--ATAAGC-CA-TATAATCCCGT-ACC--AA--AA-G----TTATTAT--TTTTA------TG-C-T-T--TGA--AT-
gi|9417                       :                                                                                                                                   TACATTG-----AATGCCAATATCACTT-A-CAG---CA--GC-A--TATGACCTTTCCTATCACCATAATACAGC---AGTGTTTACTGTTAAT--G--GTAAAC-CA-TATAACAGTGT-A-C---T--GATGTATATTGTTAT--TTA