lowQualScore : 1 0 222 888 1 22 222 7
lowQualScore : . . ... ... . .. ... .
lowQualScore : 7 7 666 666 5 00 666 0
consensus : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCGCAG---TGATA-N-GT-T--ATG---GTAGTAGTCAGACA
Reference ( gi|39110 ) : CCCTGACATGTTCCAGAATGTCATACAGCCGCAG---TGATA-T-GT-T--ATG---GAAGTAGTCAGACA
gi|39111 : CCCTGACATGTTCTAGAATGTCATACAGCCGCAG---TGATA-T-GT-T--ATG---GAAGTAGTCAGACA
gi|39108 : CCCTGATATGTTCCAGAATATCATACAGCAGCAG---TGATA-T-GT-T--ATG---GAAGTAGTCGGACA
gi|39106 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGTAGCAG---TGATA-G-GT-T--ATG---GAAGTAGTCAGACAg
gi|39109 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCACAG---TGATA-A-GT-T--ATG---GTAGTAGTCAGACAg
gi|39107 : CCCTGACATGTTTTAGAATATCATACAGTAGCAG---TGATA-T-GT-T--ATG---GAAGTAGTCAGACAg
gi|39118 : CCCTGACATGTTCCATAATGTGATACAGCCGCAG---TGATA-T-GT-T--ACG---GTAGTAGTCAGACAg
gi|39114 : CCCTGACATGTTCCATAATGTCATACAGCCGTAG---TGATA-G-GT-T--ATG---GTAGTAGTCAGACA
gi|39113 : CCCTAACATGTTCCATAATGTCATACAGCCGCAG---TGATA-A-GT-T--ATG---GTAGTAGTCAGACA
gi|39105 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGTAGCAG---TGATA-A-GT-T--GTG---GAAGTAGTCAGACA
gi|39117 : CCCTGACATGTTCCAGGATATCATAAAGCCGCAA---TGGCA-T-GT-T--ATG---GTAGTAGTCAGACAg
gi|39112 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATATAGTCGCAT---TGATA-A-GT-T--ATG---GAAATAGTCAGAg
gi|39119 : CCCAGACATGTTCCATAATGTCATAGAGCCGCAG---TGATA-A-GT-T--ACG---GTAGTAGTCAGACA
gi|39124 : CCCTGACATGTTCCATAATATCATACAGCCGTAG---TGATA-T-GT-T--ATG---GTAGTAG
gi|39121 : CCCTGACATGTTCCAGAATGCCATACAGCCGCAG---TGATA-A-GT-T--ACT---GTTGTCGTCAGACA
gi|39123 : CCCTGACATGTTCCATAATATCATACAGCCACAGTGATGATA-T-GT-T--ATG---GTAATAGTCCGACA
gi|39116 : CCCTGACATGTTCCGTAATGCCATACAGTCGCAG---TGATA-A-GT-T--ACG---GTATTAGTCAGACA
gi|39115 : CCCTGACATGTTCTATAATATCATACAGCCACAG---TGATA-A-GT-T--ACT---GTAGTAGTCAGACA
gi|39125 : CCCTGACATGTTCCATAATGTCATACAGCC-CAG---TGATA-G-GT-T--CCG---GTTGTAGTCAGACAg
gi|39120 : CCCTAACATGTTCTATAATATCATACAGCCACAG---TGATA-A-GT-T--ACT---GTAGTAGTCAGACA
gi|39122 : CTCTGACATGTTCCAAAATATCTTACAGCAGTAG---TGATA-T-GT-T--ATG---GTAGTAG---GACA
gi|39129 : CCATGATATGTTCCATAATAACACAATGCCATAG---TGATA-T-GT-T--ATG---TTAGTAGTCAGACAg
gi|39127 : CCCTGACATATTCCAGAATATAATACGGTCGCAG---TGATA-TAGTGT--ATG---
gi|39128 : CCTTGACATATTCGAGAATATAATACAGTCACAG---TGATAGT-GT-TTGATACATGAAGTAGTCGGA
gi|39126 : CCCTGACATGTACCTTAATATCATACTGTTGCAG---TGATAGT-G--T--ATG---ATAGTAGTCAGA
gi|39130 : CCTGACATGTTCCAGAATGTCATACAGCAGCAG---TGATA-T-GT-T--ATG---GAAGTAGTCAGACA
gi|39131 : CATGTTGCAGAATATTGTATAGTAGCAG---TGATA-G-GC-T--GTG---TAAGTAGTCAGAC
gi|39132 : ATGTTCCAGAATATCGTGCAGTCGCAT---TGATA-A-GT-T--ATG---GAAATAGTCAGACA
Alignments
lowQualScore : 1 222 33 1 4444444
lowQualScore : . ... .. . .......
lowQualScore : 3 555 99 4 9999999
consensus : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCGCAG---TGATA-NGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
Reference ( family-671 ) : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCGCAG---TGATA-NGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39105 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGTAGCAG---TGATA-AGT-TGTGGA------AGTAGTCAGACA
gi|39106 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGTAGCAG---TGATA-GGT-TATGGA------AGTAGTCAGACAg
gi|39107 : CCCTGACATGTTTTAGAATATCATACAGTAGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCAGACAg
gi|39108 : CCCTGATATGTTCCAGAATATCATACAGCAGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCGGACAg
gi|39109 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCACAG---TGATA-AGT-TATGGT------AGTAGTCAGACAg
gi|39110 : CCCTGACATGTTCCAGAATGTCATACAGCCGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCAGACAg
gi|39111 : CCCTGACATGTTCTAGAATGTCATACAGCCGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCAGACA
gi|39112 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATATAGTCGCAT---TGATA-AGT-TATGGA------AATAGTCAGA
gi|39113 : CCCTAACATGTTCCATAATGTCATACAGCCGCAG---TGATA-AGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39114 : CCCTGACATGTTCCATAATGTCATACAGCCGTAG---TGATA-GGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39115 : CCCTGACATGTTCTATAATATCATACAGCCACAG---TGATA-AGT-TACTGT------AGTAGTCAGACA
gi|39116 : CCCTGACATGTTCCGTAATGCCATACAGTCGCAG---TGATA-AGT-TACGGT------ATTAGTCAGACAg
gi|39117 : CCCTGACATGTTCCAGGATATCATAAAGCCGCAA---TGGCA-TGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39118 : CCCTGACATGTTCCATAATGTGATACAGCCGCAG---TGATA-TGT-TACGGT------AGTAGTCAGACAg
gi|39119 : CCCAGACATGTTCCATAATGTCATAGAGCCGCAG---TGATA-AGT-TACGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39120 : CCCTAACATGTTCTATAATATCATACAGCCACAG---TGATA-AGT-TACTGT------AGTAGTCAGACA
gi|39121 : CCCTGACATGTTCCAGAATGCCATACAGCCGCAG---TGATA-AGT-TACTGT------TGTCGTCAGACA
gi|39122 : CTCTGACATGTTCCAAAATATCTTACAGCAGTAG---TGATA-TGT-TATGGT------AGTAG---GACA
gi|39123 : CCCTGACATGTTCCATAATATCATACAGCCACAGTGATGATA-TGT-TATGGT------AATAGTCCGACAg
gi|39124 : CCCTGACATGTTCCATAATATCATACAGCCGTAG---TGATA-TGT-TATGGT------AGTAG
gi|39125 : CCCTGACATGTTCCATAATGTCATACAGCC-CAG---TGATA-GGT-TCCGGT------TGTAGTCAGACA
gi|39126 : CCCTGACATGTACCTTAATATCATACTGTTGCAG---TGATA-GTG-TATGAT------AGTAGTCAGA
gi|39127 : CCCTGACATATTCCAGAATATAATACGGTCGCAG---TGATATAGTGTATG
gi|39128 : CCTTGACATATTCGAGAATATAATACAGTCACAG---TGATAGTGT-T-TGATACATGAAGTAGTCGGA
gi|39129 : CCATGATATGTTCCATAATAACACAATGCCATAG---TGATA-TGT-TATGTT------AGTAGTCAGACA
gi|39130 : CCTGACATGTTCCAGAATGTCATACAGCAGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCAGACA
gi|39131 : CATGTTGCAGAATATTGTATAGTAGCAG---TGATA-GGC-TGTGTA------AGTAGTCAGAC
gi|39132 : ATGTTCCAGAATATCGTGCAGTCGCAT---TGATA-AGT-TATGGA------AATAGTCAGACA
Alignments
lowQualScore : 1 222 33 1 4444444
lowQualScore : . ... .. . .......
lowQualScore : 3 555 99 4 9999999
consensus : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCGCAG---TGATA-NGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
Reference ( family-671 ) : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCGCAG---TGATA-NGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39105 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGTAGCAG---TGATA-AGT-TGTGGA------AGTAGTCAGACA
gi|39106 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGTAGCAG---TGATA-GGT-TATGGA------AGTAGTCAGACAg
gi|39107 : CCCTGACATGTTTTAGAATATCATACAGTAGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCAGACAg
gi|39108 : CCCTGATATGTTCCAGAATATCATACAGCAGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCGGACAg
gi|39109 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCACAG---TGATA-AGT-TATGGT------AGTAGTCAGACAg
gi|39110 : CCCTGACATGTTCCAGAATGTCATACAGCCGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCAGACAg
gi|39111 : CCCTGACATGTTCTAGAATGTCATACAGCCGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCAGACA
gi|39112 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATATAGTCGCAT---TGATA-AGT-TATGGA------AATAGTCAGA
gi|39113 : CCCTAACATGTTCCATAATGTCATACAGCCGCAG---TGATA-AGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39114 : CCCTGACATGTTCCATAATGTCATACAGCCGTAG---TGATA-GGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39115 : CCCTGACATGTTCTATAATATCATACAGCCACAG---TGATA-AGT-TACTGT------AGTAGTCAGACA
gi|39116 : CCCTGACATGTTCCGTAATGCCATACAGTCGCAG---TGATA-AGT-TACGGT------ATTAGTCAGACAg
gi|39117 : CCCTGACATGTTCCAGGATATCATAAAGCCGCAA---TGGCA-TGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39118 : CCCTGACATGTTCCATAATGTGATACAGCCGCAG---TGATA-TGT-TACGGT------AGTAGTCAGACAg
gi|39119 : CCCAGACATGTTCCATAATGTCATAGAGCCGCAG---TGATA-AGT-TACGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39120 : CCCTAACATGTTCTATAATATCATACAGCCACAG---TGATA-AGT-TACTGT------AGTAGTCAGACA
gi|39121 : CCCTGACATGTTCCAGAATGCCATACAGCCGCAG---TGATA-AGT-TACTGT------TGTCGTCAGACA
gi|39122 : CTCTGACATGTTCCAAAATATCTTACAGCAGTAG---TGATA-TGT-TATGGT------AGTAG---GACA
gi|39123 : CCCTGACATGTTCCATAATATCATACAGCCACAGTGATGATA-TGT-TATGGT------AATAGTCCGACAg
gi|39124 : CCCTGACATGTTCCATAATATCATACAGCCGTAG---TGATA-TGT-TATGGT------AGTAG
gi|39125 : CCCTGACATGTTCCATAATGTCATACAGCC-CAG---TGATA-GGT-TCCGGT------TGTAGTCAGACA
gi|39126 : CCCTGACATGTACCTTAATATCATACTGTTGCAG---TGATA-GTG-TATGAT------AGTAGTCAGA
gi|39127 : CCCTGACATATTCCAGAATATAATACGGTCGCAG---TGATATAGTGTATG
gi|39128 : CCTTGACATATTCGAGAATATAATACAGTCACAG---TGATAGTGT-T-TGATACATGAAGTAGTCGGA
gi|39129 : CCATGATATGTTCCATAATAACACAATGCCATAG---TGATA-TGT-TATGTT------AGTAGTCAGACA
gi|39130 : CCTGACATGTTCCAGAATGTCATACAGCAGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCAGACA
gi|39131 : CATGTTGCAGAATATTGTATAGTAGCAG---TGATA-GGC-TGTGTA------AGTAGTCAGAC
gi|39132 : ATGTTCCAGAATATCGTGCAGTCGCAT---TGATA-AGT-TATGGA------AATAGTCAGACA
blockSeqs : G TGA TA G TACATGA
blockSeqs : G . GT . A
blockSeqs : G . G . A
blockSeqs : G . T . A
blockSeqs : G . T . T
blockSeqs : G . A . A
blockSeqs : G . T . A
blockSeqs : T . T . A
blockSeqs : T . A . T
blockSeqs : T . A . T
blockSeqs : T . G . T
blockSeqs : G . A . T
blockSeqs : T . A . T
blockSeqs : T . T . T
blockSeqs : T . T . T
blockSeqs : G . A . T
blockSeqs : A . A . T
blockSeqs : T . A . T
blockSeqs : T . T . T
blockSeqs : T . T . T
blockSeqs : T . T . T
blockSeqs : G . G . T
blockSeqs : G . G . T
blockSeqs : T . T . A
blockSeqs : G . T . A
blockSeqs : G . G . A
blockSeqs : G . A .
blockSeqCons :
originalCons : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCGCAG---TGATA-NGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
finalCons : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCGCAG---TGATA-NGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
Alignments
lowQualScore : 1 222 33 1 4444444
lowQualScore : . ... .. . .......
lowQualScore : 3 555 99 4 9999999
consensus : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCGCAG---TGATA-NGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
Reference ( family-671 ) : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCGCAG---TGATA-NGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39105 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGTAGCAG---TGATA-AGT-TGTGGA------AGTAGTCAGACA
gi|39106 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGTAGCAG---TGATA-GGT-TATGGA------AGTAGTCAGACAg
gi|39107 : CCCTGACATGTTTTAGAATATCATACAGTAGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCAGACAg
gi|39108 : CCCTGATATGTTCCAGAATATCATACAGCAGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCGGACAg
gi|39109 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATACAGCCACAG---TGATA-AGT-TATGGT------AGTAGTCAGACAg
gi|39110 : CCCTGACATGTTCCAGAATGTCATACAGCCGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCAGACAg
gi|39111 : CCCTGACATGTTCTAGAATGTCATACAGCCGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCAGACA
gi|39112 : CCCTGACATGTTCCAGAATATCATATAGTCGCAT---TGATA-AGT-TATGGA------AATAGTCAGA
gi|39113 : CCCTAACATGTTCCATAATGTCATACAGCCGCAG---TGATA-AGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39114 : CCCTGACATGTTCCATAATGTCATACAGCCGTAG---TGATA-GGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39115 : CCCTGACATGTTCTATAATATCATACAGCCACAG---TGATA-AGT-TACTGT------AGTAGTCAGACA
gi|39116 : CCCTGACATGTTCCGTAATGCCATACAGTCGCAG---TGATA-AGT-TACGGT------ATTAGTCAGACAg
gi|39117 : CCCTGACATGTTCCAGGATATCATAAAGCCGCAA---TGGCA-TGT-TATGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39118 : CCCTGACATGTTCCATAATGTGATACAGCCGCAG---TGATA-TGT-TACGGT------AGTAGTCAGACAg
gi|39119 : CCCAGACATGTTCCATAATGTCATAGAGCCGCAG---TGATA-AGT-TACGGT------AGTAGTCAGACA
gi|39120 : CCCTAACATGTTCTATAATATCATACAGCCACAG---TGATA-AGT-TACTGT------AGTAGTCAGACA
gi|39121 : CCCTGACATGTTCCAGAATGCCATACAGCCGCAG---TGATA-AGT-TACTGT------TGTCGTCAGACA
gi|39122 : CTCTGACATGTTCCAAAATATCTTACAGCAGTAG---TGATA-TGT-TATGGT------AGTAG---GACA
gi|39123 : CCCTGACATGTTCCATAATATCATACAGCCACAGTGATGATA-TGT-TATGGT------AATAGTCCGACAg
gi|39124 : CCCTGACATGTTCCATAATATCATACAGCCGTAG---TGATA-TGT-TATGGT------AGTAG
gi|39125 : CCCTGACATGTTCCATAATGTCATACAGCC-CAG---TGATA-GGT-TCCGGT------TGTAGTCAGACA
gi|39126 : CCCTGACATGTACCTTAATATCATACTGTTGCAG---TGATA-GTG-TATGAT------AGTAGTCAGA
gi|39127 : CCCTGACATATTCCAGAATATAATACGGTCGCAG---TGATATAGTGTATG
gi|39128 : CCTTGACATATTCGAGAATATAATACAGTCACAG---TGATAGTGT-T-TGATACATGAAGTAGTCGGA
gi|39129 : CCATGATATGTTCCATAATAACACAATGCCATAG---TGATA-TGT-TATGTT------AGTAGTCAGACA
gi|39130 : CCTGACATGTTCCAGAATGTCATACAGCAGCAG---TGATA-TGT-TATGGA------AGTAGTCAGACA
gi|39131 : CATGTTGCAGAATATTGTATAGTAGCAG---TGATA-GGC-TGTGTA------AGTAGTCAGAC
gi|39132 : ATGTTCCAGAATATCGTGCAGTCGCAT---TGATA-AGT-TATGGA------AATAGTCAGACA