lowQualScore : 1111 111111 2222222222222222222 111111111 22 1 11 111111 1
lowQualScore : 55 33 8888 666666 1 1 444444 6 1 999999 22 1 22 9999999999999999999 2 88 777777777777 333 2 5 5 555 1 44 3 6 6666 222222222 0 00 44 44 44 2 3 2 7 2 44 7777 55 3 7 3 55 66 0 111111 5 5 7 2 5
lowQualScore : .. .. .... ...... . . ...... . . ...... .. . .. ................... . .. ............ ... . . . ... . .. . . .... ......... . .. .. .. .. . . . . . .. .... .. . . . .. .. . ...... . . . . .
lowQualScore : 22 33 5555 555555 7 7 888888 9 7 666666 44 9 66 8888888888888888888 0 88 000000000000 777 2 0 9 888 0 66 3 8 7777 222222222 5 00 66 66 88 9 7 7 3 5 44 7777 00 6 3 6 00 11 1 999999 0 0 3 8 0
consensus : ATACAATA-CAATA-CAATAT-CC-TTTATTCA------CTCAGT-T-C------ACAT-A---N--A--CATGAAATCATGAGGTCAT-G--CA------A----------A-GTTGT-AAA--GTGTTAAGGCTCAT-----A------T---AAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGANA---TAGT--TC-AAATTCATAAC-CT-AGGAAAN--G-----GAACA--AC--AT--TCG-TCAGTTTTNGTGGGAGAGTTCCACGANATACATGGTCA----CAT--T-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
Reference ( gi|143976 ) : ATACAATA-CAATA-CAATAT-GC-TTTATTCA------CTCAGT-T-C------ATAT-A---A--A--CATGAAATCATGAGGTCAT-G--CA------A----------T-GTTGT-AAA--GTGTTAAGGCTCAT-----A------T---AAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATCCATAAC-CT-AGGAAAT--G-----GAACA--AC--AT--TTG-TCAGTTTTTGTGGGAGACTTCCACGATATGCACGGTTA----CAT--T-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAGATTATTTCAATTCATTTTCTTATTGTCACAATA
gi|143975 : ATACAATA-CAATA-CAATAA-CC-TTTATTCA------CTCAGT-T-C------ACAT-A---T--A--CATAAAATCATGAGGTCAT-G--TA------A----------A-GTTGT-AAA--GTGTTAAGACTCAT-----A------T---AAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCATAAC-CT-AAGAAAT--G-----GAACA--AC--AT--TTG-TCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACGATATACATGGTTA----CAT--T-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--G---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTTTTATTAACAAAATA
gi|143977 : ATACAATG-CAATA-CAATAT--------------------CAGT-T-C------ATAT-A---T--A--CATGAAATCATGAGGTCAT-A--CA------A----------A-GTTGT-AAA--GTGTTAAGACTCAT-----A------T---AAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCTTAAC-CT-AGGAAAT--G-----GAACA--AC--AT--TTG-TCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACGATATGCACGGTTA----CAT--T-C-A-TATA--TTTAGC--CTGCA--A---CATTTGACT-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCATATTATCAAAATA
gi|143978 : ATACAATA-CAATA-CAATAT-CC-TTTATTCA------CTCAGT-T-C------ACAT-A---T--A--CATGAAATCATGAGGTCAT-G--CA------A----------A-GTTGT-GAA--GTGTTAAGGGTCAT-----A------T---AAGATGGT-TAGTAAT-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCATAAC-CT-AACAAAT--G-----GA------------------CCGTTTTTGTTGGAGAGTTCCACGATATGCATGGTTA----CAT--T-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TTAATATGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATAATCAAAATA
gi|143979 : ATACAACT-CAATA-CAATAT-CC-TTTATTCA------CTCAGA-T-C------ACAT-A---T--A--CATGAAATCATGAGGTCAT-G--CA------A----------A-GTTGT-AAA--GTGTTAAGGCTCAT-----A------T---AAGATGGC-TA------GTATACAGCATATATTTCGGATA---TAGT--TC-AAATTCATAAC-CT-AGGA
gi|143981 : ATACAATA-CAATA-CAATAT-CC-TTTATTCA------CACAGT-T-C------ACAT-ATTTAT-A--CATGAAATCGTGAGGTCAT-G--CA------A----------A-GTTTT-AAA--GTGTTAAGGCTCAT-----A------T---AAGATGGT-TAGTAAC-G
gi|143982 : ATTCAATT-CAATT-CAATAT-CC-TTAATTCT------CTCAGT-T-C------ACTT-A---AT-A--CATAAAATCATGATGTCAT-G--CA------A----------A-ATTGC-GAA--ATGTTAA--------------------------ATGGT-GAGCAAT-ATATACAGCATTAATTTCAAATA----AGA--TCTAAATTTATGAC-C---AGAAATAAG-----GAACG--TCTAAT--TCA-TCATATTTGGTATGAGAGTTTTAAGAATTACAAAGTCA----TAC--T-C-A--ATAATTTTGACATTTATA--AGTGCATTTAAC
gi|143980 : ATTCAATA-CAATT-CAATAT-CC-TTTATTCG------CCCAGTATAC------ATAT-A---T--A--CATG-AATCATGAAGTCAT-G--CA------AAATTCTGAAGT-GTCAT-AAA--GTGTAAAGGCTCAT-----A------T---AAAA
gi|143984 : ATACAATA-CAATA-CAATAT-CA-TTTATTCA------CTCAAT-T-C------ATAT-----A--A--CATGAAATAATGA
gi|143983 : ATACAATA-CAATA-CAATAT-CC-TTTATTCA------CTAATT-T-C------ACAT-A---
gi|143985 : ATACAGTA-CAATA-CAATAG-CC-TTTATTCA------CTCTGC-T-C------AAAT-A---T--A--CATGAGAca
gi|143986 : TATAATA-CAATT-TAAT------TTTATTTAATAAAACTGA-T-T-C------ACATTA---AT-A--TATGAAACCAAGAGGTTAT-G--CA------A----------A-GATTT-AAA--GTTGTAATACTAAT-----A------T---AAGACGGT-AAAAAAC-GTAAACAGCATATATTTCAGAAA---TAAT--TT-GAATTTATAAC-CT-GGGAAAA--A-----GAACGTCAC--AT--TCG-TCAATTTTTGAGGGAGAGCTCCACGA--------ATTA----CA-------A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGATA-TT-ATACGCAAATaatgaaattgtaaagctat
gi|143987 : TATATTA-CAATA-CAATAT-CC-TTTATTCA------CTCAGT-T-C------A-----------A--CATGAAATCATGAGGTCAT-A--CA------T----------A-ATCGA-AAAT-ATGTTAAGGCTCAT-----A------T---AAGATGGT-TAGTAACAGTATaacatattattatcaaaa
gi|143988 : TACAATTTCAATT-CAATAT------CATTTA------CTCAGA-T-C------ACAT-A---A-------TA----CATAAGGTCAT-G--CA------A----------A-ATTGT-TAG--GTGTTAAGGGTCAT-----A------T---AAAATGAT-AAGTAAA-GAACATAGTATATACTTTAAATGCTTTAATTATT-AGGTTTATAAC-CA-TGGAAAA--A-----GAA-A--AT--ATCATTGATCAAATTTAGTTGGAGAGTTTCACAATATATAT--TCA----TGT--T-T-A-TA-A--TTT
gi|143989 : TACAATA-CAATA-CACTAT-CC-TTTATTCA------CTCAGT-T-C------ACAT-A---T--A--CATGAAATCATGACGTCAT-G--CA------A----------
gi|143991 : ACAACAACAATAACAATAT-G--TTTATTCA------CACAGA-A-A------ATA--A---A--A--CATGACACCATGAGGTGAT-G--CA------T----------C-ATTTC-AAAT-ATGTTAATGATCATATATAA------T---AAGGTGGT-TAGTAGCTGTATag
gi|143990 : ACAA-A-CAATA-CAATAT--C-TTTATTCA------CTTAGT-T-C------A-AG-A---A--A--CATGAACTCATGAAGTCATAG--TACTTTACA----------TAATTGA-AAAATATATTAAGGCTCA
gi|143992 : CAATT-CAATT-CAATATCAT-TTTATTAA------CTCAAT-T-C------ACAT-A---CTTA--CATGAAATCATGAGGGCAT-GTACA------A-------------TTGT-AAA--GTGTGAAAGCTAAT-----A------T---AAGATGGT-TAGTAAT-GTATAAAGAATACCTTTCAAACA---TATT--TC-AAATTCATGAT-AT-GATAAAA--A-----GAGTATCAC--AT--TTG-ACAATTTTAGT
gi|143993 : CAATT-CTATT-CAATGT-CCGTTTATTCA------CTCTGT-T-CGCATACATAC-A---T--A--TATGAAATCATGAGGACAT-G--CG------C----------A-GTTGT-AAA--GTGTTA
gi|143994 : AAT--CAGTT-CAATAT-AT-TTTATTCA------CTCAGT-T-C------ACAA-A---AT-A--CATGAAAACATTGGGTCAT-G--CA------A----------A-ATTGCAAAA--GTGCAAAGGCCCAT-----A------A---ACGATGGTATA-TAAC-G--TACAGTAT
gi|143995 : -CAATT-CAATAT-TC-TTTATTCA------CTGAG------------------------------------TAAGG-CAT-G--CA------C----------A-GTTGT-AAA--G--------------------------------ATGTC-TAGTGAC-GCATACAGCATACATTCCAAACA---CATT--TT-AAATATATAAA----ACGAAAA--A-----GAGAG--A---AT--TTA----------GTGGGAGAGTTCC-CGAAATACA---TTAATATCATGTT-C-AATATA--TTTGAC--TTTTC--C---TATTTGACA-TA-ATACGTAAAT--GTCCAGTCGATTTTCTTGTTGTTGAAATA
gi|143996 : -CAATAT-CC-TTTATACG------TCCAGT-T-C------ACAT-A---G--ATACATGAAGTCATGAGGGCAT-A--C------------------------T-AAA--GTGT-------CAC-----A------T---AAGATGGC-TAGTAAC-GTAAACAGCATTCATTTCAAACA---CATT--TT-AAATTTATAAC----ACAAAAT--G-----G
gi|143997 : C-TTCATTCA------CTCAGT-T-C------ACAT-A---T--A--CACGAAATCACGATGTCAT-G--CA------A----------A-GTTGT-AAA--GTGTTAAGGCTCAT-----T------T---AAGATTGT-TAGTAAC-GTATATAGAATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCATAAC-TT-AGGAAAT--G-----GAACA--AC--AT--TTG-TCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACTATATGCATGGTCA----CAT--T-T-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACT-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
gi|143998 : aatattacacTTATTCA------CTCAGT-T-C------ACAC-A---AATA--CAGGAAATCATGAGGGCGT-G--CA-------------------------AAA--GTGTTA-----TAT-----G------T---A-----------TAAC-TTAAACAGCA-AAATTTCAAACA---CATT--TC-AAATTCATAACATT-AGAACAT--
gi|143999 : TTCAG-----TTCAGT-T-C------AGAT-C---A--G---ATCAAATCATGATGTCAT-G--CA------A----------A-ATTTC-AAAA-GTGTT--GATCCAT-----AAGATGAC---AAGATGGT-TA
gi|144000 : GTTTAGGCTCAT-----A------TATGAAGGTGGT-TAGTA
gi|144002 : ATAAT-CTGAGAAAAA--GTCTAAGAGCATCAC--AT--TCA-ACAATTTTAGTGGGAGAGTTCCACGAAATACAAAACCA----TAT--T-CAA-TATA--TTTGAA--ATTTA--C---AATTTGACATTT-ATAttcgtcaagtttagtgggagagtttaacgaaatacattatcataatcaatatattgggttttcactacattttacatcacacgtacattagttcaat
gi|144001 : TAAT-CT-GGGAAAA--A-----GAACATAAC--AT--TCA-TCGTTTTTTGTGGGAGACTTCCATGAAATACATGGTCA----TAT--TCC-A-CATA--T
gi|144000 : atttt--AT--TCG-TCAAGTTTAGTGGGAGAGTTTAACGAAATACATTATCA----TAA--T-CAA-TATA--TTGGGT--TTTCACTA---CATTTTACA-TC-ACACGTACATTAGTTCAAT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 111111111 11111 1
lowQualScore : 44 22 3333 555 666666 1 1 22 22 22222 66 444444 66666666 0 7777777777 44 66 111111 2 4 1 555 33 2 33 222 2 1 77777 0 999999999 1 1 1 1 00000 0 3 0 44 55 999999 4 4 3
lowQualScore : .. .. .... ... ...... . . .. .. ..... .. ...... ........ . .......... .. .. ...... . . . ... .. . .. ... . . ..... . ......... . . . . ..... . . . .. .. ...... . . .
lowQualScore : 55 77 7777 777 222222 6 6 22 22 44444 00 888888 33333333 7 6666666666 33 44 333333 2 7 0 444 99 9 44 999 9 0 11111 2 555555555 9 9 0 0 88888 1 3 0 66 55 888888 4 4 2
consensus : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CAC-AT--AT----A--CA------TGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGANA---TAGT--TC-AAATTCAT--AACCT-AGGAA-ANG-----GAACA--A---C--ATTCGTCAGTTTTNGTGGGAGAGTTCCACGANATACAT---GGTCACATT-C-ATATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
Reference ( family-670 ) : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CAC-AT--AN----A--CA------TGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGANA---TAGT--TC-AAATTCAT--AACCT-AGGAA-ANG-----GAACA--A---C--ATTCGTCAGTTTTNGTGGGAGAGTTCCACGANATACAT---GGTCACATT-C-ATATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
gi|143975 : ATACAATA-CAATA-CAATAA----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CAC-AT--AT----A--CA------TAAAATCATGAGGTCA--------TGTAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGACTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCAT--AACCT-AAGAA-ATG-----GAACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACGATATACAT---GGTTACATT-C-ATATA--TTTGGC--CTGTA--G---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTTTTATTAACAAAATA
gi|143976 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----G-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CAT-AT--AA----A--CA------TGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAT----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATCCAT--AACCT-AGGAA-ATG-----GAACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGACTTCCACGATATGCAC---GGTTACATT-C-ATATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAGATTATTTCAATTCATTTTCTTATTGTCACAATA
gi|143977 : ATACAATG-CAATA-CAATAT----C--------------------AGT-T-CAT-AT--AT----A--CA------TGAAATCATGAGGTCA--------TACAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGACTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCTT--AACCT-AGGAA-ATG-----GAACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACGATATGCAC---GGTTACATT-C-ATATA--TTTAGC--CTGCA--A---CATTTGACT-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCATATTATCAAAATA
gi|143978 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CAC-AT--AT----A--CA------TGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--GAA--GTGTTAAGGGTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAT-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCAT--AACCT-AACAA-ATG-----GA------------------CCGTTTTTGTTGGAGAGTTCCACGATATGCAT---GGTTACATT-C-ATATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TTAATATGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATAATCAAAATA
gi|143979 : ATACAACT-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGA-T-CAC-AT--AT----A--CA------TGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGC-TA------GTATACAGCATATATTTCGGATA---TAGT--TC-AAATTCAT--AACCT-AGGA
gi|143980 : ATTCAATA-CAATT-CAATAT----C-C-TTTATTCG------CCCAGTATACAT-AT--AT----A--CA------TG-AATCATGAAGTCA--------TGCAAAATTCTGAAGTGTCAT--AAA--GTGTAAAGGCTCAT------ATAAAA
gi|143981 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CACAGT-T-CAC-AT--ATTTATA--CA------TGAAATCGTGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTTT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-G
gi|143982 : ATTCAATT-CAATT-CAATAT----C-C-TTAATTCT------CTCAGT-T-CAC-TT--AAT---A--CA------TAAAATCATGATGTCA--------TGCAAA----------ATTGC--GAA--ATGTTAA------------------ATGGT-GAGCAAT-ATATACAGCATTAATTTCAAATA----AGA--TCTAAATTTAT--GACC--AGAAATAAG-----GAACG--T---CTAATTCATCATATTTGGTATGAGAGTTTTAAGAATTACAA---AGTCATACT-C-A-ATAATTTTGACATTTATA--AGTGCATTTAAC
gi|143983 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTAATT-T-CAC-AT--AC----A--
gi|143984 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-A-TTTATTCA------CTCAAT-T-CAT-AT--A-----A--CA------TGAAATAATGA
gi|143985 : ATACAGTA-CAATA-CAATAG----C-C-TTTATTCA------CTCTGC-T-CAA-AT--AT----A--CA------TGAGA-AATGAAAT----------TGTAAA----------GCTAT--
gi|143986 : TATAATA-CAATT-TAAT----------TTTATTTAATAAAACTGA-T-T-CAC-ATTAAT----A--TA------TGAAACCAAGAGGTTA--------TGCAAA----------GATTT--AAA--GTTGTAATACTAAT------ATAAGACGGT-AAAAAAC-GTAAACAGCATATATTTCAGAAA---TAAT--TT-GAATTTAT--AACCT-GGGAA-AAA-----GAACGTCA---C--ATTCGTCAATTTTTGAGGGAGAGCTCCACGAATTACA----------------ATATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGATA-TT-ATACGCAAAT------AA--CA---TATTATTATCAAAA
gi|143987 : TATATTA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CA------------A--CA------TGAAATCATGAGGTCA--------TACATA----------ATCGA--AAAT-ATGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAACAGTAT
gi|143988 : TACAATTTCAATT-CAATAT----C------ATTTA------CTCAGA-T-CAC-AT--A---------A------TA----CATAAGGTCA--------TGCAAA----------ATTGT--TAG--GTGTTAAGGGTCAT------ATAAAATGAT-AAGTAAA-GAACATAGTATATACTTTAAATGCTTTAATTATT-AGGTTTAT--AACCA-TGGAA-AAA-----GAA-A--ATATC--ATTGATCAAATTTAGTTGGAGAGTTTCACAATATATAT-----TCATGTT-T-ATA-A--TTT
gi|143989 : TACAATA-CAATA-CACTAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CAC-AT--AT----A--CA------TGAAATCATGACGTCA--------TGCAAA----------G
gi|143990 : ACAA-A-CAATA-CAATAT----C---TTTATTCA------CTTAGT-T-CA--AG--AA----A--CA------TGAACTCATGAAGTCATAGTACTTTACATA----------ATTGA--AAAATATATTAAGGCTCA
gi|143991 : ACAACAACAATAACAATAT----G---TTTATTCA------CACAG----AAA-AT--AA----AA-CA------TGACACCATGAGGTGA--------TGCATC----------ATTTC--AAAT-ATGTTAATGATCATATATA-ATAAGGTGGT-TAGTAGCTGTAT
gi|143992 : CAATT-CAATT-CAATAT----CAT-TTTATTAA------CTCAAT-T-CAC-AT--ACTT--A--CA------TGAAATCATGAGGGCA--------TGTACA----------ATTGT--AAA--GTGTGAAAGCTAAT------ATAAGATGGT-TAGTAAT-GTATAAAGAATACCTTTCAAACA---TATT--TC-AAATTCAT--GATAT-GATAA-AAA-----GAGTATCA---C--ATTTGACAATTTTAGT
gi|143993 : CAATT-CTATT-CAATGT----C-CGTTTATTCA------CTCTGT-T-CGC-AT--AC----A--TACATATATGAAATCATGAGGACA--------TGCGCA----------GTTGT--AAA--GTGTTA
gi|143994 : AAT--CAGTT-CAATAT----A-T-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAAA--AT----A--CA------TGAAAACATTGGGTCA--------TGCAAA----------ATTGCA-AAA--GTGCAAAGGCCCAT------AAACGATGGTATA-TAAC-G--TACAGTAT
gi|143995 : -CAATT-CAATAT----T-C-TTTATTCA------CTGAGT-------------------------------------AAGG-CA--------TGCACA----------GTTGT--AAA--G------------------------ATGTC-TAGTGAC-GCATACAGCATACATTCCAAACA---CATT--TT-AAATATATAAAAC----GAAA-AAG-----AGAGA--A----------------TTTAGTGGGAGAGTTCC-CGAAATACATTAATATCATGTT-CAATATA--TTTGAC--TTTTC--C---TATTTGACA-TA-ATACGTAAAT--GTCCAGTCGATTTTCTTGTTGTTGAAATA
gi|143996 : -CAATAT----C-C-TTTATACG------TCCAGT-T-CAC-AT--AG----ATACA------TGAAGTCATGAGGGCA--------TAC-----------------T--AAA--GTGT-------CAC------ATAAGATGGC-TAGTAAC-GTAAACAGCATTCATTTCAAACA---CATT--TT-AAATTTAT--AAC---ACAAA-ATG-----G
gi|143997 : AATATTACAC-C-TTCATTCA------CTCAGT-T-CAC-AT--AT----A--CA------CGAAATCACGATGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------TTAAGATTGT-TAGTAAC-GTATATAGAATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCAT--AACTT-AGGAA-ATG-----GAACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACTATATGCAT---GGTCACATT-T-ATATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACT-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
gi|143998 : TTATTCA------CTCAGT-T-CAC-AC--AA----ATACA------GGAAATCATGAGGGCG--------TGCA-------------------AAA--GTGTTA-----TAT------GTA-----------TAAC-TTAAACAGCA-AAATTTCAAACA---CATT--TC-AAATTCAT--AAC
gi|143999 : TTCAG-----TTCAGT-T-CAG-AT---C----A--GA------TCAAATCATGATGTCA--------TGCAAA----------ATT-TCAAAA--GTGTT--GATCCATAAGATGACAAGATGGT-TAattagaacat
gi|144000 : GT--TT-AGGCTCAT--A---T-ATGAA-GGT-----GGTTA--G---T--ATTCGTCAAGTTTAGTGGGAGAGTTTAACGAAATACAT---TATCATAAT-CAATATA--TTGGGT--TTTCACTA---CATTTTACA-TC-ACACGTACATTAGTTCAAT
gi|144001 : ATTTTT--AATCT-GGGAA-AAA-----GAACATAA---C--ATTCATCGTTTTTTGTGGGAGACTTCCATGAAATACAT---GGTCATATTCC-ACATA--T
gi|144002 : AT--AATCTGAGAAA-AAGTCTAAGAGCATCA---C--ATTCAACAATTTTAGTGGGAGAGTTCCACGAAATACAA---AACCATATT-CAATATA--TTTGAA--ATTTA--C---AATTTGACATTT-ATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111111 111111111
lowQualScore : 44 22 3333 555 666666 1 1 0 22 99999999999 1 66666666 0 7777777777 44 66 111111 2 4 1 555 33 2 222 2 1 77777 3 0 999999999 1 1 1 1 999999 0 3 6 3 44 55 999999 4 4 3
lowQualScore : .. .. .... ... ...... . . . .. ........... . ........ . .......... .. .. ...... . . . ... .. . ... . . ..... . . ......... . . . . ...... . . . . .. .. ...... . . .
lowQualScore : 55 77 7777 777 222222 6 6 6 22 00000000000 6 33333333 7 6666666666 33 44 333333 2 7 0 444 99 9 999 9 0 11111 1 2 555555555 9 9 0 0 000000 1 3 7 3 66 55 888888 4 4 2
consensus : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGANA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AGGAA-ANG-----GA-ACA--A---C--ATTCGTCAGTTTTNGTGGGAGAGTTCCACGANATACATGG---TCACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
Reference ( family-670 ) : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGANA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AGGAA-ANG-----GA-ACA--A---C--ATTCGTCAGTTTTNGTGGGAGAGTTCCACGANATACATGG---TCACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
gi|143975 : ATACAATA-CAATA-CAATAA----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATAAAATCATGAGGTCA--------TGTAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGACTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AAGAA-ATG-----GA-ACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACGATATACATGG---TTACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--G---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTTTTATTAACAAAATA
gi|143976 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----G-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CATAT--A------A----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAT----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATCCATAACCT-AGGAA-ATG-----GA-ACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGACTTCCACGATATGCACGG---TTACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAGATTATTTCAATTCATTTTCTTATTGTCACAATA
gi|143977 : ATACAATG-CAATA-CAATAT----C--------------------AGT-T-CATAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TACAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGACTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCTTAACCT-AGGAA-ATG-----GA-ACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACGATATGCACGG---TTACATT-C-A-TATA--TTTAGC--CTGCA--A---CATTTGACT-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCATATTATCAAAATA
gi|143978 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--GAA--GTGTTAAGGGTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAT-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AACAA-ATG-----GA-------------------CCGTTTTTGTTGGAGAGTTCCACGATATGCATGG---TTACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TTAATATGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATAATCAAAATA
gi|143979 : ATACAACT-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGA-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGC-TA------GTATACAGCATATATTTCGGATA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AGGA
gi|143980 : ATTCAATA-CAATT-CAATAT----C-C-TTTATTCG------CCCAGTATACATAT--A------T----A-CATG-AATCATGAAGTCA--------TGCAAAATTCTGAAGTGTCAT--AAA--GTGTAAAGGCTCAT------ATAAAA
gi|143981 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CACAGT-T-CACAT--A------TTTATA-CATGAAATCGTGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTTT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-G
gi|143982 : ATTCAATT-CAATT-CAATAT----C-C-TTAATTCT------CTCAGT-T-CACTT--AA-----T----A-CATAAAATCATGATGTCA--------TGCAAA----------ATTGC--GAA--ATGTTAA------------------ATGGT-GAGCAAT-ATATACAGCATTAATTTCAAATA----AGA--TCTAAATTTATGACC--AGAAATAAG-----GA-ACG--T---CTAATTCATCATATTTGGTATGAGAGTTTTAAGAATTACAAAG---TCATACT-C-A--ATAATTTTGACATTTATA--AGTGCATTTAAC
gi|143983 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTAATT-T-CACAT--A------C----A-
gi|143984 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-A-TTTATTCA------CTCAAT-T-CATAT--A-----------A-CATGAAATAATGA
gi|143985 : ATACAGTA-CAATA-CAATAG----C-C-TTTATTCA------CTCTGC-T-CAAAT--A------T----A-CATGAGA-AATGAAAT----------TGTAAA----------GCTAT--
gi|143986 : TATAATA-CAATT-TAAT----------TTTATTTAATAAAACTGA-T-T-CACATTAA------T----A-TATGAAACCAAGAGGTTA--------TGCAAA----------GATTT--AAA--GTTGTAATACTAAT------ATAAGACGGT-AAAAAAC-GTAAACAGCATATATTTCAGAAA---TAAT--TT-GAATTTATAACCT-GGGAA-AAA-----GA-ACGTCA---C--ATTCGTCAATTTTTGAGGGAGAGCTCCACGAATTACA----------------A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGATA-TT-ATACGCAAAT------AA--CA---TATTATTATCAAAA
gi|143987 : TATATTA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CA-----------------A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TACATA----------ATCGA--AAAT-ATGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAACAGTAT
gi|143988 : TACAATTTCAATT-CAATAT----C------ATTTA------CTCAGA-T-CACAT--A--------------ATA----CATAAGGTCA--------TGCAAA----------ATTGT--TAG--GTGTTAAGGGTCAT------ATAAAATGAT-AAGTAAA-GAACATAGTATATACTTTAAATGCTTTAATTATT-AGGTTTATAACCA-TGGAA-AAA-----GA-A-A--ATATC--ATTGATCAAATTTAGTTGGAGAGTTTCACAATATATAT-----TCATGTT-T-A-TA-A--TTT
gi|143989 : TACAATA-CAATA-CACTAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGACGTCA--------TGCAAA----------G
gi|143990 : ACAA-A-CAATA-CAATAT----C---TTTATTCA------CTTAGT-T-CA-AG--A------A----A-CATGAACTCATGAAGTCATAGTACTTTACATA----------ATTGA--AAAATATATTAAGGCTCA
gi|143991 : ACAACAACAATAACAATAT----G---TTTATTCA------CACAG----AAAAT--A------A----AACATGACACCATGAGGTGA--------TGCATC----------ATTTC--AAAT-ATGTTAATGATCATATATA-ATAAGGTGGT-TAGTAGCTGTAT
gi|143992 : CAATT-CAATT-CAATAT----CAT-TTTATTAA------CTCAAT-T-CACAT--ACT----T----A-CATGAAATCATGAGGGCA--------TGTACA----------ATTGT--AAA--GTGTGAAAGCTAAT------ATAAGATGGT-TAGTAAT-GTATAAAGAATACCTTTCAAACA---TATT--TC-AAATTCATGATAT-GATAA-AAA-----GA-GTATCA---C--ATTTGACAATTTTAGT
gi|143993 : CAATT-CTATT-CAATGT----C-CGTTTATTCA------CTCTGT-T-CGCAT--ACATACAT----A-TATGAAATCATGAGGACA--------TGCGCA----------GTTGT--AAA--GTGTTA
gi|143994 : AAT--CAGTT-CAATAT----A-T-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAA--AA-----T----A-CATGAAAACATTGGGTCA--------TGCAAA----------ATTGCA-AAA--GTGCAAAGGCCCAT------AAACGATGGTATA-TAAC-G--TACAGTAT
gi|143995 : -CAATT-CAATAT----T-C-TTTATTCA------CTGAGT-----------------------------------AAGG-CA--------TGCACA----------GTTGT--AAA--G------------------------ATGTC-TAGTGAC-GCATACAGCATACATTCCAAACA---CATT--TT-AAATATATAAA---ACGAA-AAA-----GAGAGA--A----------------TTTAGTGGGAGAGTTCC-CGAAATACATTAATATCATGTT-C-AATATA--TTTGAC--TTTTC--C---TATTTGACA-TA-ATACGTAAAT--GTCCAGTCGATTTTCTTGTTGTTGAAATA
gi|143996 : -CAATAT----C-C-TTTATACG------TCCAGT-T-CACAT--AGA----T----A-CATGAAGTCATGAGGGCA--------TAC-----------------T--AAA--GTGT-------CAC------ATAAGATGGC-TAGTAAC-GTAAACAGCATTCATTTCAAACA---CATT--TT-AAATTTATAAC---ACAAA-ATG-----G
gi|143997 : AATATTACAC-C-TTCATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CACGAAATCACGATGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------TTAAGATTGT-TAGTAAC-GTATATAGAATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCATAACTT-AGGAA-ATG-----GA-ACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACTATATGCATGG---TCACATT-T-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACT-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
gi|143998 : TTATTCA------CTCAGT-T-CACAC--AAA----T----A-CAGGAAATCATGAGGGCG--------TGCA-------------------AAA--GTGTTA-----TAT------GTA-----------TAAC-TTAAACAGCA-AAATTTCAAACA---CATT--TC-AAATTCATAAC
gi|143999 : TTCAG-----TTCAGT-T-CAGAT---------C----A-GATCAAATCATGATGTCA--------TGCAAA----------ATT-TCAAAA--GTGTT--GATCCATAAGATGACAAGATGGT-TAattagaacat
gi|144000 : GT--TT-AGGCTCATA---T-ATGAA-GGT-----GG-TTA--G---T--ATTCGTCAAGTTTAGTGGGAGAGTTTAACGAAATACATTA---TCATAAT-CAA-TATA--TTGGGT--TTTCACTA---CATTTTACA-TC-ACACGTACATTAGTTCAAT
gi|144001 : ATTTTTAATCT-GGGAA-AAA-----GA-ACATAA---C--ATTCATCGTTTTTTGTGGGAGACTTCCATGAAATACATGG---TCATATTCC-A-CATA--T
gi|144002 : ATAATCTGAGAAA-AAGTCTAAGA-GCATCA---C--ATTCAACAATTTTAGTGGGAGAGTTCCACGAAATACAAAA---CCATATT-CAA-TATA--TTTGAA--ATTTA--C---AATTTGACATTT-ATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111111 111111111
lowQualScore : 44 22 3333 555 666666 1 1 0 22 99999999999 1 66666666 0 7777777777 44 66 111111 2 4 1 555 33 2 222 2 1 77777 3 0 999999999 1 1 1 1 999999 0 3 6 3 44 55 999999 4 4 3
lowQualScore : .. .. .... ... ...... . . . .. ........... . ........ . .......... .. .. ...... . . . ... .. . ... . . ..... . . ......... . . . . ...... . . . . .. .. ...... . . .
lowQualScore : 55 77 7777 777 222222 6 6 6 22 00000000000 6 33333333 7 6666666666 33 44 333333 2 7 0 444 99 9 999 9 0 11111 1 2 555555555 9 9 0 0 000000 1 3 7 3 66 55 888888 4 4 2
consensus : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGANA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AGGAA-ANG-----GA-ACA--A---C--ATTCGTCAGTTTTNGTGGGAGAGTTCCACGANATACATGG---TCACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
Reference ( family-670 ) : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGANA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AGGAA-ANG-----GA-ACA--A---C--ATTCGTCAGTTTTNGTGGGAGAGTTCCACGANATACATGG---TCACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
gi|143975 : ATACAATA-CAATA-CAATAA----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATAAAATCATGAGGTCA--------TGTAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGACTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AAGAA-ATG-----GA-ACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACGATATACATGG---TTACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--G---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTTTTATTAACAAAATA
gi|143976 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----G-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CATAT--A------A----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAT----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATCCATAACCT-AGGAA-ATG-----GA-ACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGACTTCCACGATATGCACGG---TTACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAGATTATTTCAATTCATTTTCTTATTGTCACAATA
gi|143977 : ATACAATG-CAATA-CAATAT----C--------------------AGT-T-CATAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TACAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGACTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCTTAACCT-AGGAA-ATG-----GA-ACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACGATATGCACGG---TTACATT-C-A-TATA--TTTAGC--CTGCA--A---CATTTGACT-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCATATTATCAAAATA
gi|143978 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--GAA--GTGTTAAGGGTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAT-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AACAA-ATG-----GA-------------------CCGTTTTTGTTGGAGAGTTCCACGATATGCATGG---TTACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TTAATATGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATAATCAAAATA
gi|143979 : ATACAACT-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGA-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGC-TA------GTATACAGCATATATTTCGGATA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AGGA
gi|143980 : ATTCAATA-CAATT-CAATAT----C-C-TTTATTCG------CCCAGTATACATAT--A------T----A-CATG-AATCATGAAGTCA--------TGCAAAATTCTGAAGTGTCAT--AAA--GTGTAAAGGCTCAT------ATAAAA
gi|143981 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CACAGT-T-CACAT--A------TTTATA-CATGAAATCGTGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTTT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-G
gi|143982 : ATTCAATT-CAATT-CAATAT----C-C-TTAATTCT------CTCAGT-T-CACTT--AA-----T----A-CATAAAATCATGATGTCA--------TGCAAA----------ATTGC--GAA--ATGTTAA------------------ATGGT-GAGCAAT-ATATACAGCATTAATTTCAAATA----AGA--TCTAAATTTATGACC--AGAAATAAG-----GA-ACG--T---CTAATTCATCATATTTGGTATGAGAGTTTTAAGAATTACAAAG---TCATACT-C-A--ATAATTTTGACATTTATA--AGTGCATTTAAC
gi|143983 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTAATT-T-CACAT--A------C----A-
gi|143984 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-A-TTTATTCA------CTCAAT-T-CATAT--A-----------A-CATGAAATAATGA
gi|143985 : ATACAGTA-CAATA-CAATAG----C-C-TTTATTCA------CTCTGC-T-CAAAT--A------T----A-CATGAGA-AATGAAAT----------TGTAAA----------GCTAT--
gi|143986 : TATAATA-CAATT-TAAT----------TTTATTTAATAAAACTGA-T-T-CACATTAA------T----A-TATGAAACCAAGAGGTTA--------TGCAAA----------GATTT--AAA--GTTGTAATACTAAT------ATAAGACGGT-AAAAAAC-GTAAACAGCATATATTTCAGAAA---TAAT--TT-GAATTTATAACCT-GGGAA-AAA-----GA-ACGTCA---C--ATTCGTCAATTTTTGAGGGAGAGCTCCACGAATTACA----------------A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGATA-TT-ATACGCAAAT------AA--CA---TATTATTATCAAAA
gi|143987 : TATATTA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CA-----------------A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TACATA----------ATCGA--AAAT-ATGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAACAGTAT
gi|143988 : TACAATTTCAATT-CAATAT----C------ATTTA------CTCAGA-T-CACAT--A--------------ATA----CATAAGGTCA--------TGCAAA----------ATTGT--TAG--GTGTTAAGGGTCAT------ATAAAATGAT-AAGTAAA-GAACATAGTATATACTTTAAATGCTTTAATTATT-AGGTTTATAACCA-TGGAA-AAA-----GA-A-A--ATATC--ATTGATCAAATTTAGTTGGAGAGTTTCACAATATATAT-----TCATGTT-T-A-TA-A--TTT
gi|143989 : TACAATA-CAATA-CACTAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGACGTCA--------TGCAAA----------G
gi|143990 : ACAA-A-CAATA-CAATAT----C---TTTATTCA------CTTAGT-T-CA-AG--A------A----A-CATGAACTCATGAAGTCATAGTACTTTACATA----------ATTGA--AAAATATATTAAGGCTCA
gi|143991 : ACAACAACAATAACAATAT----G---TTTATTCA------CACAG----AAAAT--A------A----AACATGACACCATGAGGTGA--------TGCATC----------ATTTC--AAAT-ATGTTAATGATCATATATA-ATAAGGTGGT-TAGTAGCTGTAT
gi|143992 : CAATT-CAATT-CAATAT----CAT-TTTATTAA------CTCAAT-T-CACAT--ACT----T----A-CATGAAATCATGAGGGCA--------TGTACA----------ATTGT--AAA--GTGTGAAAGCTAAT------ATAAGATGGT-TAGTAAT-GTATAAAGAATACCTTTCAAACA---TATT--TC-AAATTCATGATAT-GATAA-AAA-----GA-GTATCA---C--ATTTGACAATTTTAGT
gi|143993 : CAATT-CTATT-CAATGT----C-CGTTTATTCA------CTCTGT-T-CGCAT--ACATACAT----A-TATGAAATCATGAGGACA--------TGCGCA----------GTTGT--AAA--GTGTTA
gi|143994 : AAT--CAGTT-CAATAT----A-T-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAA--AA-----T----A-CATGAAAACATTGGGTCA--------TGCAAA----------ATTGCA-AAA--GTGCAAAGGCCCAT------AAACGATGGTATA-TAAC-G--TACAGTAT
gi|143995 : -CAATT-CAATAT----T-C-TTTATTCA------CTGAGT-----------------------------------AAGG-CA--------TGCACA----------GTTGT--AAA--G------------------------ATGTC-TAGTGAC-GCATACAGCATACATTCCAAACA---CATT--TT-AAATATATAAA---ACGAA-AAA-----GAGAGA--A----------------TTTAGTGGGAGAGTTCC-CGAAATACATTAATATCATGTT-C-AATATA--TTTGAC--TTTTC--C---TATTTGACA-TA-ATACGTAAAT--GTCCAGTCGATTTTCTTGTTGTTGAAATA
gi|143996 : -CAATAT----C-C-TTTATACG------TCCAGT-T-CACAT--AGA----T----A-CATGAAGTCATGAGGGCA--------TAC-----------------T--AAA--GTGT-------CAC------ATAAGATGGC-TAGTAAC-GTAAACAGCATTCATTTCAAACA---CATT--TT-AAATTTATAAC---ACAAA-ATG-----G
gi|143997 : AATATTACAC-C-TTCATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CACGAAATCACGATGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------TTAAGATTGT-TAGTAAC-GTATATAGAATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCATAACTT-AGGAA-ATG-----GA-ACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACTATATGCATGG---TCACATT-T-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACT-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
gi|143998 : TTATTCA------CTCAGT-T-CACAC--AAA----T----A-CAGGAAATCATGAGGGCG--------TGCA-------------------AAA--GTGTTA-----TAT------GTA-----------TAAC-TTAAACAGCA-AAATTTCAAACA---CATT--TC-AAATTCATAAC
gi|143999 : TTCAG-----TTCAGT-T-CAGAT---------C----A-GATCAAATCATGATGTCA--------TGCAAA----------ATT-TCAAAA--GTGTT--GATCCATAAGATGACAAGATGGT-TAattagaacat
gi|144000 : GT--TT-AGGCTCATA---T-ATGAA-GGT-----GG-TTA--G---T--ATTCGTCAAGTTTAGTGGGAGAGTTTAACGAAATACATTA---TCATAAT-CAA-TATA--TTGGGT--TTTCACTA---CATTTTACA-TC-ACACGTACATTAGTTCAAT
gi|144001 : ATTTTTAATCT-GGGAA-AAA-----GA-ACATAA---C--ATTCATCGTTTTTTGTGGGAGACTTCCATGAAATACATGG---TCATATTCC-A-CATA--T
gi|144002 : ATAATCTGAGAAA-AAGTCTAAGA-GCATCA---C--ATTCAACAATTTTAGTGGGAGAGTTCCACGAAATACAAAA---CCATATT-CAA-TATA--TTTGAA--ATTTA--C---AATTTGACATTT-ATA
blockSeqs : TT AA TACA AT ATAAAA A A TA CATACAT A TAGTACTT ATTCTGAAGT CA AT AAGATG A A G CTT TA T CTG T T TCTAA G ATATC T G T T TTAATA C A A AT AT AGTG T A T
blockSeqs : AA A . CG G . . . TTTAT . . . A T ATATA . T G . . . CT . T . . TCTA T G T T CGG . A . . . CTA . . T
blockSeqs : A A . C . . . . CTT . . . . T . . . G . . . CT . T . . TCAC C G T T CGG . . . . . A . . T
blockSeqs : G A . C . . . . GAT . . . . . . . . T . . . CT . A . . TCAC C T G A TGG . . . . . A . . T
blockSeqs : A A . C . . . . AAT . . . . . . . . T . . . CT . A . . TAAC G A T A AAG . . . . . A . . T
blockSeqs : T T . C . . . . AT . . . . . . . . A . . . CT . A . . TCAC T A A T TGG . . . . . A . . .
blockSeqs : A A . C . . . . AT . . . . . . . . T . . . CA . A . . AC T A A A TTA . . . . . C . . .
blockSeqs : A T . C . . . . A . . . . . . . . C . . . AT . A . . AC C G A T TGG . . . . . A . .
blockSeqs : T A . C . . . . T . . . . . . . . C . . . TT . T . . AC C A T A AAA . . . . . C
blockSeqs : A A . A . . . . T . . . . . . . . C . . . CT . T . . GT C T A A T . . . .
blockSeqs : A A . C . . . . T . . . . . . . . G . . . C . G . . A . A T A . . . . .
blockSeqs : A T . C . . . . T . . . . . . . . C . . . T . A . . . . . A
blockSeqs : A A . C . . . . C . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : A T . T . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : A A . C . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : A A . C . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : T T . C . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : T T . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : AC*******
originalCons : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGANA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AGGAA-ANG-----GA-ACA--A---C--ATTCGTCAGTTTTNGTGGGAGAGTTCCACGANATACATGG---TCACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
finalCons : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGANA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AGGAA-ANG-----GA-ACAAC-------ATTCGTCAGTTTTNGTGGGAGAGTTCCACGANATACATGG---TCACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111111 111111111
lowQualScore : 44 22 3333 555 666666 1 1 0 22 99999999999 1 66666666 0 7777777777 44 66 111111 2 4 1 555 33 2 222 2 1 77777 3 0 999999999 1 1 1 1 999999 0 3 6 3 44 55 999999 4 4 3
lowQualScore : .. .. .... ... ...... . . . .. ........... . ........ . .......... .. .. ...... . . . ... .. . ... . . ..... . . ......... . . . . ...... . . . . .. .. ...... . . .
lowQualScore : 55 77 7777 777 222222 6 6 6 22 00000000000 6 33333333 7 6666666666 33 44 333333 2 7 0 444 99 9 999 9 0 11111 1 2 555555555 9 9 0 0 000000 1 3 7 3 66 55 888888 4 4 2
consensus : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGANA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AGGAA-ANG-----GA-ACA--A---C--ATTCGTCAGTTTTNGTGGGAGAGTTCCACGANATACATGG---TCACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
Reference ( family-670 ) : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGANA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AGGAA-ANG-----GA-ACA--A---C--ATTCGTCAGTTTTNGTGGGAGAGTTCCACGANATACATGG---TCACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
gi|143975 : ATACAATA-CAATA-CAATAA----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATAAAATCATGAGGTCA--------TGTAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGACTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AAGAA-ATG-----GA-ACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACGATATACATGG---TTACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--G---CATTTGACA-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTTTTATTAACAAAATA
gi|143976 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----G-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CATAT--A------A----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAT----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATCCATAACCT-AGGAA-ATG-----GA-ACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGACTTCCACGATATGCACGG---TTACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TT-ATACGCAGATTATTTCAATTCATTTTCTTATTGTCACAATA
gi|143977 : ATACAATG-CAATA-CAATAT----C--------------------AGT-T-CATAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TACAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGACTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCTTAACCT-AGGAA-ATG-----GA-ACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACGATATGCACGG---TTACATT-C-A-TATA--TTTAGC--CTGCA--A---CATTTGACT-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCATATTATCAAAATA
gi|143978 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--GAA--GTGTTAAGGGTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAT-GTATACAGCATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AACAA-ATG-----GA-------------------CCGTTTTTGTTGGAGAGTTCCACGATATGCATGG---TTACATT-C-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACA-TTAATATGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATAATCAAAATA
gi|143979 : ATACAACT-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGA-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGC-TA------GTATACAGCATATATTTCGGATA---TAGT--TC-AAATTCATAACCT-AGGA
gi|143980 : ATTCAATA-CAATT-CAATAT----C-C-TTTATTCG------CCCAGTATACATAT--A------T----A-CATG-AATCATGAAGTCA--------TGCAAAATTCTGAAGTGTCAT--AAA--GTGTAAAGGCTCAT------ATAAAA
gi|143981 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CACAGT-T-CACAT--A------TTTATA-CATGAAATCGTGAGGTCA--------TGCAAA----------GTTTT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAAC-G
gi|143982 : ATTCAATT-CAATT-CAATAT----C-C-TTAATTCT------CTCAGT-T-CACTT--AA-----T----A-CATAAAATCATGATGTCA--------TGCAAA----------ATTGC--GAA--ATGTTAA------------------ATGGT-GAGCAAT-ATATACAGCATTAATTTCAAATA----AGA--TCTAAATTTATGACC--AGAAATAAG-----GA-ACG--T---CTAATTCATCATATTTGGTATGAGAGTTTTAAGAATTACAAAG---TCATACT-C-A--ATAATTTTGACATTTATA--AGTGCATTTAAC
gi|143983 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTAATT-T-CACAT--A------C----A-
gi|143984 : ATACAATA-CAATA-CAATAT----C-A-TTTATTCA------CTCAAT-T-CATAT--A-----------A-CATGAAATAATGA
gi|143985 : ATACAGTA-CAATA-CAATAG----C-C-TTTATTCA------CTCTGC-T-CAAAT--A------T----A-CATGAGA-AATGAAAT----------TGTAAA----------GCTAT--
gi|143986 : TATAATA-CAATT-TAAT----------TTTATTTAATAAAACTGA-T-T-CACATTAA------T----A-TATGAAACCAAGAGGTTA--------TGCAAA----------GATTT--AAA--GTTGTAATACTAAT------ATAAGACGGT-AAAAAAC-GTAAACAGCATATATTTCAGAAA---TAAT--TT-GAATTTATAACCT-GGGAA-AAA-----GA-ACGTCA---C--ATTCGTCAATTTTTGAGGGAGAGCTCCACGAATTACA----------------A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGATA-TT-ATACGCAAAT------AA--CA---TATTATTATCAAAA
gi|143987 : TATATTA-CAATA-CAATAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CA-----------------A-CATGAAATCATGAGGTCA--------TACATA----------ATCGA--AAAT-ATGTTAAGGCTCAT------ATAAGATGGT-TAGTAACAGTAT
gi|143988 : TACAATTTCAATT-CAATAT----C------ATTTA------CTCAGA-T-CACAT--A--------------ATA----CATAAGGTCA--------TGCAAA----------ATTGT--TAG--GTGTTAAGGGTCAT------ATAAAATGAT-AAGTAAA-GAACATAGTATATACTTTAAATGCTTTAATTATT-AGGTTTATAACCA-TGGAA-AAA-----GA-A-A--ATATC--ATTGATCAAATTTAGTTGGAGAGTTTCACAATATATAT-----TCATGTT-T-A-TA-A--TTT
gi|143989 : TACAATA-CAATA-CACTAT----C-C-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CATGAAATCATGACGTCA--------TGCAAA----------G
gi|143990 : ACAA-A-CAATA-CAATAT----C---TTTATTCA------CTTAGT-T-CA-AG--A------A----A-CATGAACTCATGAAGTCATAGTACTTTACATA----------ATTGA--AAAATATATTAAGGCTCA
gi|143991 : ACAACAACAATAACAATAT----G---TTTATTCA------CACAG----AAAAT--A------A----AACATGACACCATGAGGTGA--------TGCATC----------ATTTC--AAAT-ATGTTAATGATCATATATA-ATAAGGTGGT-TAGTAGCTGTAT
gi|143992 : CAATT-CAATT-CAATAT----CAT-TTTATTAA------CTCAAT-T-CACAT--ACT----T----A-CATGAAATCATGAGGGCA--------TGTACA----------ATTGT--AAA--GTGTGAAAGCTAAT------ATAAGATGGT-TAGTAAT-GTATAAAGAATACCTTTCAAACA---TATT--TC-AAATTCATGATAT-GATAA-AAA-----GA-GTATCA---C--ATTTGACAATTTTAGT
gi|143993 : CAATT-CTATT-CAATGT----C-CGTTTATTCA------CTCTGT-T-CGCAT--ACATACAT----A-TATGAAATCATGAGGACA--------TGCGCA----------GTTGT--AAA--GTGTTA
gi|143994 : AAT--CAGTT-CAATAT----A-T-TTTATTCA------CTCAGT-T-CACAA--AA-----T----A-CATGAAAACATTGGGTCA--------TGCAAA----------ATTGCA-AAA--GTGCAAAGGCCCAT------AAACGATGGTATA-TAAC-G--TACAGTAT
gi|143995 : -CAATT-CAATAT----T-C-TTTATTCA------CTGAGT-----------------------------------AAGG-CA--------TGCACA----------GTTGT--AAA--G------------------------ATGTC-TAGTGAC-GCATACAGCATACATTCCAAACA---CATT--TT-AAATATATAAA---ACGAA-AAA-----GAGAGA--A----------------TTTAGTGGGAGAGTTCC-CGAAATACATTAATATCATGTT-C-AATATA--TTTGAC--TTTTC--C---TATTTGACA-TA-ATACGTAAAT--GTCCAGTCGATTTTCTTGTTGTTGAAATA
gi|143996 : -CAATAT----C-C-TTTATACG------TCCAGT-T-CACAT--AGA----T----A-CATGAAGTCATGAGGGCA--------TAC-----------------T--AAA--GTGT-------CAC------ATAAGATGGC-TAGTAAC-GTAAACAGCATTCATTTCAAACA---CATT--TT-AAATTTATAAC---ACAAA-ATG-----G
gi|143997 : AATATTACAC-C-TTCATTCA------CTCAGT-T-CACAT--A------T----A-CACGAAATCACGATGTCA--------TGCAAA----------GTTGT--AAA--GTGTTAAGGCTCAT------TTAAGATTGT-TAGTAAC-GTATATAGAATATATTTCAGAGA---TAGT--TC-AAATTCATAACTT-AGGAA-ATG-----GA-ACA--A---C--ATTTGTCAGTTTTTGTGGGAGAGTTCCACTATATGCATGG---TCACATT-T-A-TATA--TTTGGC--CTGTA--A---CATTTGACT-TT-ATACGCAAATTATTTCAATTCATTTTCTTATTATCAAAATA
gi|143998 : TTATTCA------CTCAGT-T-CACAC--AAA----T----A-CAGGAAATCATGAGGGCG--------TGCA-------------------AAA--GTGTTA-----TAT------GTA-----------TAAC-TTAAACAGCA-AAATTTCAAACA---CATT--TC-AAATTCATAAC
gi|143999 : TTCAG-----TTCAGT-T-CAGAT---------C----A-GATCAAATCATGATGTCA--------TGCAAA----------ATT-TCAAAA--GTGTT--GATCCATAAGATGACAAGATGGT-TAattagaacat
gi|144000 : GT--TT-AGGCTCATA---T-ATGAA-GGT-----GG-TTA--G---T--ATTCGTCAAGTTTAGTGGGAGAGTTTAACGAAATACATTA---TCATAAT-CAA-TATA--TTGGGT--TTTCACTA---CATTTTACA-TC-ACACGTACATTAGTTCAAT
gi|144001 : ATTTTTAATCT-GGGAA-AAA-----GA-ACATAA---C--ATTCATCGTTTTTTGTGGGAGACTTCCATGAAATACATGG---TCATATTCC-A-CATA--T
gi|144002 : ATAATCTGAGAAA-AAGTCTAAGA-GCATCA---C--ATTCAACAATTTTAGTGGGAGAGTTCCACGAAATACAAAA---CCATATT-CAA-TATA--TTTGAA--ATTTA--C---AATTTGACATTT-ATA